База данных классификации транспортеров

Классификация мембранных белков, включая ионные каналы

База данных классификации транспортеров (или TCDB ) — это одобренная Международным союзом биохимии и молекулярной биологии (IUBMB) система классификации мембранных транспортных белков , включая ионные каналы . [1] [2] [3]

Классификация

Верхний уровень классификации и несколько примеров белков с известной трехмерной структурой:

1.Каналыи поры

1.Каналы α-типа

1.Б.β-Бочковые пориныи другие белки внешней мембраны

1.СПорообразующие токсины(белки и пептиды)

1.D Каналы, не синтезируемые рибосомами

  • 1.D.1 Семейство каналов грамицидина А
  • 1.D.2 Семейство сирингомицинов , образующих каналы
  • 1.D.3 Семейство сирингопептинов, образующих каналы
  • 1.D.4 Каналообразующая семья Толаасин
  • 1.D.5 Семейство антибиотиков аламетицина или пептабола , формирующих каналы
  • 1.D.6 Семейство комплексных поли-3-гидроксибутиратных Ca 2+ каналов (cPHB-CC)
  • 1.D.7 Семейство бетиколина
  • 1.D.8 Семейство сапонинов
  • 1.D.9 Семейство полиглутаминовых ионных каналов (PG-IC)
  • 1.D.10 Семейство каналов, образующих церамиды
  • 1.D.11 Семейство сурфактинов
  • 1.D.12 Семейство Боверицинов (Боверицинов)
  • 1.D.13 Антибиотики на основе амфипатических пептидов, доставляющие ДНК (DAPA)
  • 1.D.14 Семейство синтетических лей/серных амфипатических каналообразующих пептидов (l/S-SCP)
  • 1.D.15 Семейство даптомицинов (даптомицинов)
  • 1.D.16 Семейство синтетических амфипатических порообразующих гептапептидов (SAPH)
  • 1.D.17 Комбинаторно-спроектированное, порообразующее, семейство β-слоистых пептидов
  • 1.D.18 Семейство порообразующих конъюгатов гуанозина и желчной кислоты
  • 1.D.19 Препарат, образующий каналы Ca 2+ , семейство дигитоксинов
  • 1.D.20 Семейство порообразующих полиеновых макролидных антибиотиков/грибковых агентов (ПМАК)
  • 1.D.21 Семейство липидных нанопор (LipNP)
  • 1.D.22 Протон-транслоцирующий каротиноидный пигмент, семейство зеаксантинов
  • 1.D.23 Семейство порообразующих антимикробных препаратов на основе фениленэтинилена (ПЭПА)
  • 1.D.24 Семейство морских губок политионамида B (pTB)
  • 1.D.25 Семейство ариламиновых фолдамеров (AAF)
  • 1.D.26 Семейство 9'-O-β-D-глюкозидов дигидродегидродикониферилового спирта (DDDC9G)
  • 1.D.27 Семейство изостеров тиомочевины
  • 1.D.28 Семейство липопептаболов
  • 1.D.29 Семейство макроциклических олигохолатов
  • 1.D.30 Семейство искусственных гидразид-присоединенных столбчатых[5]ареновых каналов (HAPA-C)
  • 1.D.31 Семейство амфотерицина B
  • 1.D.32 Семейство порообразующих новицидиновых соединений
  • 1.D.33 Каналообразующее семейство политионамидов B
  • 1.D.34 Каналообразующие олигоэфирные боламфифилы
  • 1.D.35 Семейство циклических липодепсипептидов, образующих поры
  • 1.D.36 Семейство каналов ионов олигоборнена
  • 1.D.37 Семейство Hibicuslide C
  • 1.D.38 Семейство циклических пептидных нанотрубок (cPepNT)
  • 1.D.39 Семейство амфифильных молекулярных ионных каналов на основе азобензола, управляемых светом (AAM-IC)
  • 1.D.40 Семейство липидных тороидальных пор, индуцированных белком
  • 1.D.41 Семейство ионофоров спротетонатного типа (спирогексанолиды)
  • 1.D.42 Семейство каналов Phe-Arg Tripeptide-Pillar[5]Arene (TPPA-C)
  • 1.D.43 Семейство каналов гуанозина динуклеозида триазола (TT-GDN-C)
  • 1.D.44 Семейство синтетических ионных каналов с редокс-активным ферроценом (ICRF)
  • 1.D.45 Семейство сонопорации и электропорации мембранных пор (SEMP)
  • 1.D.46 Семейство ДНК-нанопор (DnaNP)
  • 1.D.47 Семейство порообразующих синтетических циклических пептидов (PSCP)
  • 1.D.48 Порообразующее семейство сирингомицина E
  • 1.D.49 Семейство трансмембранных каротиноидных радикальных каналов (CRC)
  • 1.D.50 Семейство амфифильных бис-катехиновых анионных транспортеров (AC-AT)
  • 1.D.51 Семейство белковых нанопор (ProNP)
  • 1.D.52 Семейство ароматических олигоамидных макроциклических нанопор (OmnNP)
  • 1.D.53 Семейство альфа-, гамма-пептидных нанотрубок (a,gPepNT)
  • 1.D.54 Семейство калийселективных ионного канала гексил-бензоуреидо-15-краун-5-эфира (HBEC)
  • 1.D.55 Семейство нанопор на основе порфирина (PorNP)
  • 1.D.56 Семейство олигомерных нанопор альфа-аминоизобутирата (Aib) (AibNP)
  • 1.D.57 Семейство липидных электропор (LEP)
  • 1.D.58 Семейство продигиозена (продигиозена), транспортирующего анионы
  • 1.D.59 Семейство переносящих анионы переносчиков переносин (перенозинов)
  • 1.D.60 Семейство альфа-гамма-циклических пептидов (AGCP)
  • 1.D.61 Семейство анионофорных 2,6-бис(бензимидазол-2-ил)пиридиновых (ABBP) соединений
  • 1.D.62 Семейство производных бис-триазолилдигуанозина, образующих каналы (TDG)
  • 1.D.63 Семейство нанопор на основе пептидов (PepNP)
  • 1.D.64 Семейство углеродных нанотрубок (CarNT)
  • 1.D.65 Семейство порообразующих амфидиноловых соединений (амфидинол)
  • 1.D.66 Семейство спиральных макромолекулярных нанопор (HmmNP)
  • 1.D.67 Семейство спиральных пептидных ионных каналов, модифицированных краун-эфиром (CEHP)
  • 1.D.68 Семейство порообразующих плевронических блок-полимеров (PPBP)
  • 1.D.69 Семейство конических нанопор (ConNP)
  • 1.D.70 Семейство металлических (Au/Ag/Pt/графен) нанопор (MetNP)
  • 1.D.71 Семейство синтетических пептидов TP359 (TP359)
  • 1.D.72 Семейство триподальных рецепторов на основе триазина для переноса хлорида (CCTTR)
  • 1.D.73 Семейство мезопористых кремниевых нанопор (SilNP)
  • 1.D.74 Семейство синтетических жестких пор п-октифенилового стержня (SSROP), чувствительных к стимулам
  • 1.F.1 Семейство пор слияния синаптосомальных везикул (SVF-поры)
  • 1.F.2 Семейство октамерных экзоцист (экзоцист)
  • 1.G.1 Семейство вирусных порообразующих мембранных белков слияния-1 (VMFP1)
  • 1.G.2 Семейство вирусных порообразующих мембранных белков слияния-2 (VMFP2)
  • 1.G.3 Семейство вирусных порообразующих мембранных белков слияния-3 (VMFP3)
  • 1.G.4 Семейство вирусных порообразующих мембранных белков слияния-4 (VMFP4)
  • 1.G.5 Семейство вирусных порообразующих мембранных белков слияния-5 (VMFP5)
  • 1.G.6 Семейство белков слияния гепаднавируса S (белок HBV-S)
  • 1.G.7 Семейство белков слияния реовирусов FAST (R-FAST)
  • 1.G.8 Семейство белков слияния аренавирусов (AV-FP)
  • 1.G.9 Семейство синцитинов (синцитинов)
  • 1.G.10 Семейство комплексов слияния мембран вируса простого герпеса (HSV-MFC)
  • 1.G.11 Семейство белкового комплекса проникновения в клетку поксвируса (PEP-C)
  • 1.G.12 Семейство белков слияния вируса лейкоза птиц gp95 (ALV-gp95)
  • 1.G.13 Семейство малых трансмембранных белков, ассоциированных со слиянием ортореовирусов (FAST)
  • 1.G.14 Семейство гемагглютинина вируса гриппа/слияния порообразующих белков (Influenza-H/FPP)
  • 1.G.15 Семейство гликопротеинов GP64 (GP64) вируса ядерного полиэдроза Autographa californica
  • 1.G.16 Семейство пептидов слияния вируса иммунодефицита человека типа 1 (ВИЧ-1) (ВИЧ-FP)
  • 1.G.17 Семейство гликопротеинов оболочки вируса лейкемии крупного рогатого скота (BLV-Env)
  • 1.G.18 Пептид слияния SARS-CoV в семействе предшественников гликопротеина-шипа (SARS-FP)
  • 1.G.19 Семейство ротавирусного комплекса слияния поровых мембран (ротавирусного MFC)
  • 1.G.20 Семейство гликопротеинов слияния оболочки Gc хантавируса (Gc-EFG)
  • 1.G.21 Вирус Эпштейна-Барр (вирус герпеса человека 4) семейство Gp42 (Gp42)
  • 1.G.22 Семейство гликопротеинов gO (gO) цитомегаловируса (вируса герпеса человека 5 типа)

1.H Параклеточные каналы

  • 1.H.1 Семейство плотных контактов Клаудина (Claudin1)
  • 1.H.2 Семейство беспозвоночных PMP22-Клаудин (Клаудин2)

1.I Мембранно-связанные каналы

2. Электрохимические потенциал-управляемые транспортеры

2.B Портеры, синтезируемые нерибосомально

  • 2.B.1 Семейство переносчиков валиномицина
  • 2.B.2 Семья Монензинов
  • 2.B.3 Семейство нигерицинов
  • 2.B.4 Семейство антибиотиков макротетролидов (МА)
  • 2.B.5 Семейство макроциклических полиэфиров (МП)
  • 2.B.6 Семейство иономицинов
  • 2.B.7 Семейство трансмембранной α-спиральной пептидной фосфолипидной транслокации (TMP-PLT)
  • 2.B.8 Семейство бафиломицина А1 (бафиломицина)
  • 2.B.9 Функциональное семейство пептидов, проникающих в клетки (CPP)
  • 2.B.10 Синтетический CPP, семейство транспортанов
  • 2.B.11 Семейство ионофоров кальцимицинового или A23187-носителей
  • 2.B.12 Семейство салиномицинов
  • 2.B.13 Семейство антипортеров тетрапиррольных макроциклических анионов (TPMC-AA)
  • 2.B.14 Семейство ионофоров Lasalocid A или X-537A (Lasalocid)
  • 2.B.15 Семейство хлоридных носителей на основе тритиомочевины (TTT-CC)
  • 2.B.16 Семейство соединений-анионов, содержащих галогеновые связи (HCAC)
  • 2.B.17 Семейство котранспортеров (IDC) производных изофталамида H + :Cl
  • 2.B.18 Производное пиридин-2,6-дикарбоксамина (PDCA) H+:Cl семейство котранспортеров
  • 2.B.19 Семейство производных каликс(4)пиррола (C4P)
  • 2.B.20 Семейство хлорид/бикарбонатных обменников продигиозина (Prodigiosin)
  • 2.B.21 Семейство анионных транспортеров производных орто-фенилендиамин-бис-мочевины (oPDA-U)
  • 2.B.22 Семейство имидазолиевых функционализированных анионных транспортеров (IAT)
  • 2.B.23 Гомотетрамерный трансмембранный Zn2 + /Co2 + : протонный синтетический антипортер, семейство Rocker (Рокер)
  • 2.B.24 Семейство анионных носителей 2,6-бис(бензимидазол-2-ил)пиридина (BBP-AC)
  • 2.B.25 Семейство пептид-опосредованных липидных флип-флопов (PLFF)
  • 2.B.26 Семейство бис(имидазолил)-функционализированных бис(холоил) конъюгатов (BIBCC)
  • 2.B.27 Семейство переносчиков анионов трис-мочевины
  • 2.B.29 Анионофорные морские алкалоиды семейства тамбджаминов

2.C Ионно-градиентные источники энергии

  • 2.C.1 Семейство вспомогательных белков TonB-ExbB-ExbD/TolA-TolQ-TolR (TonB) для энергизации активного транспорта, опосредованного рецептором внешней мембраны (OMR)

3.A. Транспортеры, управляемые гидролизом PP-связей

  • 3.A.1 ABC-транспортеры, включая BtuCD, транспортер поглощения молибдата, регулятор трансмембранной проводимости при муковисцидозе и другие
  • 3.A.2 Суперсемейство H + - или Na + -транслоцирующих АТФаз F-типа , АТФаз V-типа и АТФаз A-типа
  • 3.A.3 Суперсемейство АТФазы P-типа
  • 3.A.4 Семейство арсенита-антимонита
  • 3.A.5 Общий секреторный путь (Sec) транслокон (препротеин транслоказа SecY)
  • 3.A.6 Семейство секреторных путей типа III (связанных с вирулентностью) (IIISP)
  • 3.A.7 Семейство секреторного пути типа IV (конъюгационный перенос ДНК-белка или VirB) (IVSP)
  • 3.A.8 Семейство митохондриальных протеинтранслоказ (MPT)
  • 3.A.9 Семейство транслоказ белка оболочки хлоропласта (CEPT или Tic-Toc)
  • 3.A.10 Семейство пирофосфатаз, транслоцирующих H + , Na +
  • 3.A.11 Семейство ДНК-транспортеров трансформации, связанных с бактериальной компетентностью (ДНК-Т)
  • 3.A.12 Семейство транслокаторов септальной ДНК (S-DNA-T)
  • 3.A.13 Семейство экспортеров нитчатых фагов (FPhE)
  • 3.A.14 Семейство экспортеров фимбрилина/белка (FPE)
  • 3.A.15 Семейство белков внешней мембраны, секретирующих главную терминальную ветвь (MTB)
  • 3.A.16 Семейство ретротранслоконов эндоплазматического ретикулярного белка (ER-RT)
  • 3.A.17 Семейство инъектисом фага T7 (T7 Injectisome)
  • 3.A.18 Семейство ядерных экспортеров мРНК (мРНК-Е)
  • 3.A.19 Семейство комплексов распознавания/вставки TMS (TRC)
  • 3.A.20 Семейство импортеров пероксисомальных белков (PPI)
  • 3.A.21 Семейство комплекса биогенеза/вставки мембранного белка, закрепленного на С-концевом хвосте (TAMP-B)
  • 3.A.22 Семейство комплексов экспорта ядерной мРНК (TREX), связанных с транскрипцией TREX/TAP
  • 3.A.23 Семейство путей симбиоза/вирулентности VI типа (VISP)
  • 3.A.24 Семейство систем секреции белков типа VII или ESX (T7SS)
  • 3.A.25 Семейство симбионт-специфических ERAD-подобных машин (SELMA)
  • 3.A.26 Семейство транслоконов экспортируемых белков плазмодия (PTEX)

3.B Транспортеры, управляемые декарбоксилированием

  • 3.B.1 Семейство Na + -транспортирующих декарбоксилаз карбоновых кислот (NaT-DC)

3.C Транспортеры, управляемые метилтрансфером

  • 3.C.1 Семейство Na + -переносящих метилтетрагидрометаноптерин:кофермент М метилтрансфераз (NaT-MMM)

3.D. Окислительно-восстановительные транспортеры

Они включают ряд трансмембранных цитохром b -подобных белков, включая кофермент Q - цитохром c-редуктазу (цитохром bc1); комплекс цитохрома b6f ; формиатдегидрогеназу, респираторную нитратредуктазу ; сукцинат - кофермент Q-редуктазу (фумаратредуктазу); и сукцинатдегидрогеназу . См. цепь переноса электронов .

3.E. Транспортеры, управляемые поглощением света

4. Групповые транслокаторы

4. Групповые транслокаторы, управляемые фосфопереносом

4.B Транспортеры захвата никотинамид рибонуклеозида

  • 4.B.1 Семейство пермеаз захвата никотинамид рибонуклеозида (NR) (PnuC)

4.C Транспортеры, связанные с ацил-КоА-лигазой

  • 4.C.1 Предлагаемое семейство транспортеров жирных кислот (FAT)
  • 4.C.2 Семейство карнитин-О-ацилтрансферазы (CrAT)
  • 4.C.3 Семейство ацил-КоА-тиоэстераз (AcoT)

4.D Полисахаридсинтаза/Экспортеры

  • 4.D.1 Предполагаемое семейство векторной гликозилполимеризации (VGP)
  • 4.D.2 Семейство гликозилтрансферазы 2 (GT2)
  • 4.D.3 Семейство гликанглюкозилтрансфераз (OpgH)

4.E. Групповые транслокаторы, катализируемые вакуолярной полифосфатполимеразой

  • 4.E.1 Семейство вакуолярной (ацидокальцисомной) полифосфатполимеразы (V-PPP)

5. Транспортные переносчики электронов

5.A Трансмембранные переносчики 2-электронов

  • 5.A.1 Семейство оксидоредуктаз дисульфидных связей D (DsbD)
  • 5.A.2 Семейство оксидоредуктаз дисульфидных связей B (DsbB)
  • 5.A.3 Семейство прокариотических молибдоптеринсодержащих оксидоредуктаз (PMO)

5.B Трансмембранные переносчики 1-электрона

8. Вспомогательные факторы, участвующие в транспорте

8.A Вспомогательные транспортные белки

8.B Рибосомально синтезируемые белковые/пептидные токсины, нацеленные на каналы и переносчики

8.C Токсины, синтезируемые не рибосомами, которые воздействуют на каналы и переносчики

9. Не полностью охарактеризованные транспортные системы

9.A Признанные транспортеры неизвестного биохимического механизма

9.B Предполагаемые транспортные белки

9.C Функционально охарактеризованные транспортеры, не имеющие идентифицированных последовательностей

Ссылки

  1. ^ Saier, Milton H.; Reddy, Vamsee S.; Tamang, Dorjee G.; Västermark, Åke (январь 2014 г.). «База данных классификации транспортеров». Nucleic Acids Research . 42 (D1): D251 – D258 . doi :10.1093/nar/gkt1097. PMC  3964967. PMID  24225317 .
  2. ^ Saier, MH; Yen, MR; Noto, K.; Tamang, DG; Elkan, C. (1 января 2009 г.). «База данных классификации транспортеров: последние достижения». Nucleic Acids Research . 37 (База данных): D274 – D278 . doi :10.1093/nar/gkn862. PMC 2686586 . PMID  19022853.  
  3. ^ Saier, MH; Tran, CV; Barabote, RD (1 января 2006 г.). "TCDB: База данных классификации транспортеров для анализа и информации о мембранных транспортных белках". Nucleic Acids Research . 34 (90001): D181 – D186 . doi :10.1093/nar/gkj001. PMC 1334385 . PMID  16381841.  
  • База данных классификации транспортеров
  • Список на qmul.ac.uk
  • Saier MH, Tran CV, Barabote RD (январь 2006 г.). "TCDB: База данных классификации транспортеров для анализа и информации о мембранных транспортных белках". Nucleic Acids Res . 34 (выпуск базы данных): D181–6. doi :10.1093/nar/gkj001. PMC  1334385. PMID  16381841 .
  • Busch W, Saier MH (2002). «Система классификации транспортеров (TC), 2002». Crit. Rev. Biochem. Mol. Biol . 37 (5): 287– 337. doi :10.1080/10409230290771528. PMID  12449427. S2CID  10558982.
  • Классификация переносчиков человека в фармакологии
Получено с "https://en.wikipedia.org/w/index.php?title=База_данных_классификации_транспортеров&oldid=1219405657"