Белок
Биомолекула, состоящая из цепочек аминокислотных остатков

Представление трехмерной структуры белка миоглобина , показывающее бирюзовые α-спирали . Этот белок был первым, чья структура была решена с помощью рентгеновской кристаллографии . Ближе к правому центру среди спиралей, простетическая группа, называемая гемовой группой (показана серым цветом) со связанной молекулой кислорода (красной).

Белки — это крупные биомолекулы и макромолекулы , состоящие из одной или нескольких длинных цепочек аминокислотных остатков . Белки выполняют широкий спектр функций в организмах, включая катализ метаболических реакций , репликацию ДНК , реагирование на стимулы , обеспечение структуры клеток и организмов и транспортировку молекул из одного места в другое. Белки отличаются друг от друга в первую очередь последовательностью аминокислот, которая определяется последовательностью нуклеотидов их генов и которая обычно приводит к сворачиванию белка в определенную трехмерную структуру , определяющую его активность.

Линейная цепочка аминокислотных остатков называется полипептидом . Белок содержит по крайней мере один длинный полипептид. Короткие полипептиды, содержащие менее 20–30 остатков, редко считаются белками и обычно называются пептидами . Отдельные аминокислотные остатки связаны между собой пептидными связями и соседними аминокислотными остатками. Последовательность аминокислотных остатков в белке определяется последовательностью гена , которая закодирована в генетическом коде . В общем, генетический код определяет 20 стандартных аминокислот; но в некоторых организмах генетический код может включать селеноцистеин и — в некоторых археях — пирролизин . Вскоре после или даже во время синтеза остатки в белке часто химически модифицируются путем посттрансляционной модификации , которая изменяет физические и химические свойства, сворачивание, стабильность, активность и, в конечном счете, функцию белков. Некоторые белки имеют присоединенные непептидные группы, которые можно назвать простетическими группами или кофакторами . Белки могут работать вместе для выполнения определенной функции, и они часто объединяются, образуя стабильные белковые комплексы .

После образования белки существуют только в течение определенного периода, а затем разрушаются и перерабатываются клеточным механизмом в процессе оборота белков . Продолжительность жизни белка измеряется периодом его полураспада и охватывает широкий диапазон. Они могут существовать в течение минут или лет, при этом средняя продолжительность жизни составляет 1–2 дня в клетках млекопитающих. Аномальные или неправильно свернутые белки разрушаются быстрее либо из-за того, что они предназначены для разрушения, либо из-за своей нестабильности.

Как и другие биологические макромолекулы, такие как полисахариды и нуклеиновые кислоты , белки являются неотъемлемыми частями организмов и участвуют практически во всех процессах внутри клеток . Многие белки являются ферментами , которые катализируют биохимические реакции и жизненно важны для метаболизма . Некоторые белки выполняют структурные или механические функции, такие как актин и миозин в мышцах, а также белки-каркасы цитоскелета , которые поддерживают форму клетки. Другие белки важны для передачи сигналов клетками, иммунных реакций , клеточной адгезии и клеточного цикла . У животных белки необходимы в рационе для обеспечения незаменимыми аминокислотами, которые не могут быть синтезированы . Пищеварение расщепляет белки для метаболического использования.

История и этимология

Открытие и ранние исследования

Белки изучались и распознавались с 1700-х годов Антуаном Фуркрой и другими, [1] [2] которые часто собирательно называли их « альбуминами » или «белковыми материалами» ( Eiweisskörper , на немецком языке). [2] Глютен , например, был впервые выделен из пшеницы в опубликованном исследовании около 1747 года, а позже было установлено, что он существует во многих растениях. [1] В 1789 году Антуан Фуркрой выделил три различных разновидности животных белков: альбумин , фибрин и желатин . [3] Растительные белки, изученные в конце 1700-х и начале 1800-х годов, включали глютен , растительный альбумин , глиадин и легумин . [1]

Белки были впервые описаны голландским химиком Герардом Йоханнесом Мульдером и названы шведским химиком Йенсом Якобом Берцелиусом в 1838 году. [4] [5] Мульдер провел элементный анализ обычных белков и обнаружил, что почти все белки имеют одинаковую эмпирическую формулу , C 400 H 620 N 100 O 120 P 1 S 1 . [6] Он пришел к ошибочному выводу, что они могут состоять из одного типа (очень большой) молекулы. Термин «белок» для описания этих молекул был предложен коллегой Мульдера Берцелиусом; белок происходит от греческого слова πρώτειος ( proteios ), что означает «первичный», [7] «во главе» или «стоящий впереди», [2] + -in . Малдер продолжил идентифицировать продукты распада белка, такие как аминокислота лейцин, для которой он нашел (почти точную) молекулярную массу 131 Да . [6]

Ранние ученые-диетологи, такие как немец Карл фон Фойт, считали, что белок является наиболее важным питательным веществом для поддержания структуры тела, поскольку обычно считалось, что «плоть создает плоть». [8] Около 1862 года Карл Генрих Риттхаузен выделил аминокислоту глутаминовую кислоту . [9] Томас Берр Осборн составил подробный обзор растительных белков на Коннектикутской сельскохозяйственной экспериментальной станции . Осборн, наряду с Лафайетом Менделем , установил несколько незаменимых аминокислот в экспериментах по кормлению лабораторных крыс. [10] Диеты, в которых отсутствует незаменимая аминокислота, задерживают рост крыс, что соответствует закону минимума Либиха . [11] Последняя обнаруженная незаменимая аминокислота, треонин , была идентифицирована Уильямом Каммингом Роузом . [12]

Трудность очистки белков затрудняла работу ранних биохимиков белков. Белки можно было получить в больших количествах из крови, яичных белков и кератина , но отдельные белки были недоступны. В 1950-х годах компания Armour Hot Dog Company очистила 1 кг бычьей панкреатической рибонуклеазы А и сделала ее свободно доступной для ученых. Этот жест помог рибонуклеазе А стать главной целью биохимических исследований на последующие десятилетия. [6]

Полипептиды

полипептид

Понимание белков как полипептидов , или цепочек аминокислот, пришло благодаря работам Франца Хофмейстера и Германа Эмиля Фишера в 1902 году. [13] [14] Центральная роль белков как ферментов в живых организмах, которые катализируют реакции, не была полностью оценена до 1926 года, когда Джеймс Б. Самнер показал, что фермент уреаза на самом деле является белком. [15]

Лайнус Полинг считается автором успешного предсказания регулярных вторичных структур белков на основе водородных связей , идея впервые была выдвинута Уильямом Эстбери в 1933 году. [16] Более поздняя работа Вальтера Каузмана по денатурации , [17] [18] основанная частично на предыдущих исследованиях Кая Линдерстрёма-Ланга , [19] способствовала пониманию сворачивания и структуры белка, опосредованных гидрофобными взаимодействиями . [20]

Первым белком, аминокислотная цепь которого была секвенирована, был инсулин , его исследовал Фредерик Сенгер в 1949 году. Сенгер правильно определил аминокислотную последовательность инсулина, тем самым окончательно показав, что белки состоят из линейных полимеров аминокислот, а не из разветвленных цепей, коллоидов или циклолов . [21] За это достижение он получил Нобелевскую премию в 1958 году . [22] Исследования Кристиана Анфинсена по процессу окислительного сворачивания рибонуклеазы А, за которые он получил Нобелевскую премию в 1972 году, укрепили термодинамическую гипотезу сворачивания белка, согласно которой свернутая форма белка представляет собой минимум его свободной энергии . [23] [24]

Структура

Джон Кендрю с моделью миоглобина в процессе разработки

С развитием рентгеновской кристаллографии стало возможным определять структуры белков, а также их последовательности. [25] Первыми структурами белков, которые были определены, были гемоглобин Макса Перуца и миоглобин Джона Кендрю в 1958 году. [26] [27] Использование компьютеров и увеличение вычислительной мощности способствовало секвенированию сложных белков. В 1999 году Роджер Корнберг секвенировал сложнейшую структуру РНК-полимеразы, используя высокоинтенсивные рентгеновские лучи синхротронов . [25]

С тех пор была разработана криоэлектронная микроскопия (крио-ЭМ) больших макромолекулярных ансамблей [28] . Крио-ЭМ использует образцы белков, которые заморожены, а не кристаллы, и пучки электронов, а не рентгеновские лучи. Это наносит меньший ущерб образцу, позволяя ученым получать больше информации и анализировать более крупные структуры. [25] Вычислительное предсказание структуры белка небольших структурных доменов белка [29] помогло исследователям приблизиться к разрешению структур белка на атомном уровне. По состоянию на апрель 2024 года [обновлять]Банк данных белков содержит 181 018 рентгеновских, 19 809 ЭМ и 12 697 ЯМР- структур белков. [30]

Классификация

Белки в первую очередь классифицируются по последовательности и структуре, хотя обычно используются и другие классификации. В частности, для ферментов система счисления EC обеспечивает функциональную схему классификации. [31] Аналогично, онтология генов классифицирует как гены, так и белки по их биологической и биохимической функции и по их внутриклеточному расположению. [32]

Сходство последовательностей используется для классификации белков как с точки зрения эволюционного, так и функционального сходства. Это может использовать как целые белки, так и домены белков , особенно в многодоменных белках . Домены белков позволяют классифицировать белки по комбинации последовательности, структуры и функции, и их можно комбинировать многими способами. В раннем исследовании 170 000 белков около двух третей были назначены по крайней мере один домен, причем более крупные белки содержали больше доменов (например, белки, более 600 аминокислот , имеющие в среднем более 5 доменов). [33]

Биохимия

Химическая структура пептидной связи (внизу) и трехмерная структура пептидной связи между аланином и соседней аминокислотой (вверху/вставка). Сама связь состоит из элементов CHON .
Резонансные структуры пептидной связи , которая связывает отдельные аминокислоты с образованием белкового полимера

Большинство белков состоят из линейных полимеров , построенных из серий до 20 L -α- аминокислот. Все протеиногенные аминокислоты имеют общую структуру, в которой α-углерод связан с аминогруппой , карбоксильной группой и переменной боковой цепью . Только пролин отличается от этой базовой структуры, поскольку его боковая цепь является циклической, связанной с аминогруппой, ограничивая гибкость белковой цепи. [34] Боковые цепи стандартных аминокислот имеют различные химические структуры и свойства, и именно комбинированный эффект всех аминокислот определяет его трехмерную структуру и химическую реактивность. [35]

Аминокислоты в полипептидной цепи связаны пептидными связями между амино- и карбоксильной группой. Отдельная аминокислота в цепи называется остатком , а связанный ряд атомов углерода, азота и кислорода известен как основная цепь или белковый остов. [36] : 19  Пептидная связь имеет две резонансные формы, которые придают остову некоторый характер двойной связи . Альфа-углерод примерно копланарен азоту и карбонильной (C=O) группе. Два других двугранных угла в пептидной связи определяют локальную форму, принимаемую белковым остовом. Одним из следствий характера двойной связи NC(O) является то, что белки являются несколько жесткими. [36] : 31  Полипептидная цепь заканчивается свободной аминогруппой, известной как N-конец или аминоконец, и свободной карбоксильной группой, известной как C-конец или карбоксильный конец . [37] По соглашению, пептидные последовательности записываются от N-конца к C-концу, что соответствует порядку, в котором белки синтезируются рибосомами . [37] [38]

Слова «белок» , «полипептид» и «пептид» немного двусмысленны и могут пересекаться по значению. «Белок» обычно используется для обозначения полной биологической молекулы в стабильной конформации , тогда как «пептид» обычно зарезервирован для коротких аминокислотных олигомеров, часто не имеющих стабильной трехмерной структуры. Но граница между ними нечетко определена и обычно лежит около 20–30 остатков. [39]

Белки могут взаимодействовать со многими типами молекул и ионов, в том числе с другими белками , с липидами , с углеводами и с ДНК . [40] [41] [42]

Изобилие в клетках

Типичная бактериальная клетка, например E. coli и Staphylococcus aureus , по оценкам, содержит около 2 миллионов белков. Более мелкие бактерии, такие как Mycoplasma или спирохеты , содержат меньше молекул, порядка 50 000–1 миллиона. Напротив, эукариотические клетки крупнее и, таким образом, содержат гораздо больше белка. Например, по оценкам , дрожжевые клетки содержат около 50 миллионов белков, а человеческие клетки — порядка 1–3 миллиардов. [43] Концентрация отдельных копий белка колеблется от нескольких молекул на клетку до 20 миллионов. [44] Не все гены, кодирующие белки, экспрессируются в большинстве клеток, и их количество зависит, например, от типа клеток и внешних стимулов. Например, из примерно 20 000 белков, кодируемых человеческим геномом, только 6000 обнаружены в лимфобластоидных клетках. [45] Считается, что наиболее распространенным белком в природе является RuBisCO , фермент, катализирующий включение углекислого газа в органическое вещество в процессе фотосинтеза . Растения могут содержать до 1% по весу этого фермента, [46]

Синтез

Биосинтез

Рибосома производит белок, используя мРНК в качестве матрицы
Последовательность ДНК гена кодирует аминокислотную последовательность белка

Белки собираются из аминокислот с использованием информации, закодированной в генах. Каждый белок имеет свою собственную уникальную последовательность аминокислот, которая определяется последовательностью нуклеотидов гена, кодирующего этот белок. Генетический код представляет собой набор из трех нуклеотидных наборов, называемых кодонами , и каждая трехнуклеотидная комбинация обозначает аминокислоту, например, AUG ( аденин – урацил – гуанин ) является кодом для метионина . Поскольку ДНК содержит четыре нуклеотида, общее количество возможных кодонов равно 64; следовательно, в генетическом коде есть некоторая избыточность, при этом некоторые аминокислоты определяются более чем одним кодоном. [42] : 1002–42  Гены, закодированные в ДНК, сначала транскрибируются в пре- мессенджер РНК (мРНК) белками, такими как РНК-полимераза . Затем большинство организмов обрабатывают пре-мРНК ( первичный транскрипт ), используя различные формы посттранскрипционной модификации , чтобы сформировать зрелую мРНК, которая затем используется в качестве шаблона для синтеза белка рибосомой . У прокариот мРНК может быть использована сразу после ее производства или связана с рибосомой после перемещения от нуклеоида . Напротив, эукариоты производят мРНК в ядре клетки , а затем перемещают ее через ядерную мембрану в цитоплазму , где затем происходит синтез белка . Скорость синтеза белка у прокариот выше, чем у эукариот, и может достигать 20 аминокислот в секунду. [47]

Процесс синтеза белка из шаблона мРНК известен как трансляция . мРНК загружается на рибосому и считывается по три нуклеотида за раз путем сопоставления каждого кодона с его антикодоном спаривания оснований , расположенным на молекуле транспортной РНК , которая несет аминокислоту, соответствующую кодону, который она распознает. Фермент аминоацил тРНК синтетаза «заряжает» молекулы тРНК правильными аминокислотами. Растущий полипептид часто называют зарождающейся цепью . Белки всегда биосинтезируются от N-конца к C-концу . [42] : 1002–42 

Размер синтезированного белка можно измерить по количеству аминокислот, которые он содержит, и по его общей молекулярной массе , которая обычно указывается в единицах дальтон (синоним атомной единицы массы ), или производной единице килодальтон (кДа). Средний размер белка увеличивается от архей к бактериям и эукариотам (283, 311, 438 остатков и 31, 34, 49 кДа соответственно) из-за большего количества доменов белка, составляющих белки в высших организмах. [48] Например, белки дрожжей в среднем имеют длину 466 аминокислот и массу 53 кДа. [39] Самые большие известные белки - это тайтины , компонент мышечного саркомера , с молекулярной массой почти 3000 кДа и общей длиной почти 27 000 аминокислот. [49]

Химический синтез

Синтез пептидов

Короткие белки могут быть синтезированы химически с помощью семейства методов пептидного синтеза . Они основаны на методах органического синтеза, таких как химическое лигирование, для получения пептидов с высоким выходом. [50] Химический синтез позволяет вводить неприродные аминокислоты в полипептидные цепи, например, прикрепляя флуоресцентные зонды к боковым цепям аминокислот. [51] Эти методы полезны в лабораторной биохимии и клеточной биологии , хотя, как правило, не для коммерческих приложений. Химический синтез неэффективен для полипептидов длиннее примерно 300 аминокислот, и синтезированные белки не могут легко принять свою нативную третичную структуру . Большинство методов химического синтеза идут от C-конца к N-концу, в противоположность биологической реакции. [52]

Структура

Кристаллическая структура шаперонина , огромного белкового комплекса. Выделена одна белковая субъединица. Шаперонины способствуют сворачиванию белка.
Три возможных представления трехмерной структуры белка триозофосфатизомеразы . Слева : Полноатомное представление, окрашенное в зависимости от типа атома. Посередине: Упрощенное представление, иллюстрирующее конформацию основной цепи, окрашенное в зависимости от вторичной структуры. Справа : Представление поверхности, доступной растворителю, окрашенное в зависимости от типа остатка (кислотные остатки — красные, основные остатки — синие, полярные остатки — зеленые, неполярные остатки — белые).

Большинство белков сворачиваются в уникальные трехмерные структуры. Форма, в которую белок естественным образом сворачивается, известна как его нативная конформация . [36] : 36  Хотя многие белки могут сворачиваться без посторонней помощи, просто благодаря химическим свойствам их аминокислот, другим требуется помощь молекулярных шаперонов , чтобы свернуться в их нативные состояния. [36] : 37  Биохимики часто ссылаются на четыре различных аспекта структуры белка: [36] : 30–34 

Белки не являются полностью жесткими молекулами. В дополнение к этим уровням структуры, белки могут перемещаться между несколькими связанными структурами, пока они выполняют свои функции. В контексте этих функциональных перестроек эти третичные или четвертичные структуры обычно называются « конформациями », а переходы между ними называются конформационными изменениями. Такие изменения часто вызываются связыванием молекулы субстрата с активным сайтом фермента или физической областью белка, которая участвует в химическом катализе. В растворе структуры белков изменяются из-за тепловой вибрации и столкновений с другими молекулами. [42] : 368–75 

Молекулярная поверхность нескольких белков, показывающая их сравнительные размеры. Слева направо: иммуноглобулин G (IgG, антитело ), ​​гемоглобин , инсулин (гормон), аденилаткиназа (фермент) и глутаминсинтетаза (фермент).

Белки можно неформально разделить на три основных класса, которые коррелируют с типичными третичными структурами: глобулярные белки , фибриллярные белки и мембранные белки . Почти все глобулярные белки растворимы , и многие из них являются ферментами. Фибриллярные белки часто являются структурными, такими как коллаген , основной компонент соединительной ткани, или кератин , белковый компонент волос и ногтей. Мембранные белки часто служат рецепторами или обеспечивают каналы для прохождения полярных или заряженных молекул через клеточную мембрану . [42] : 165–85 

Особый случай внутримолекулярных водородных связей внутри белков, плохо защищенных от воздействия воды и, следовательно, способствующих их собственной дегидратации , называется дегидронами . [53]

Белковые домены

Многие белки состоят из нескольких доменов белка , т. е. сегментов белка, которые складываются в отдельные структурные единицы. [54] : 134  Домены обычно имеют определенные функции, такие как ферментативная активность (например, киназа ), или они служат в качестве модулей связывания. [54] : 155–156 

Домены белков против мотивов . Домены белков (такие как домен EVH1 ) являются функциональными единицами внутри белков, которые складываются в определенные трехмерные структуры. Мотивы обычно представляют собой короткие последовательности со специфическими функциями, но без стабильной трехмерной структуры. Многие мотивы являются сайтами связывания для других белков (такими как красные и зеленые полосы, показанные здесь в контексте белка VASP ). [55]

Последовательность мотива

Короткие аминокислотные последовательности в белках часто действуют как сайты распознавания для других белков. [56] Например, домены SH3 обычно связываются с короткими мотивами PxxP (т. е. 2 пролина [P], разделенных двумя неопределенными аминокислотами [x], хотя окружающие аминокислоты могут определять точную специфичность связывания). Многие такие мотивы были собраны в базе данных Eukaryotic Linear Motif (ELM). [57]

Клеточные функции

Белки являются главными действующими лицами в клетке, как говорят, выполняя обязанности, указанные информацией, закодированной в генах. [39] За исключением определенных типов РНК , большинство других биологических молекул являются относительно инертными элементами, на которые воздействуют белки. Белки составляют половину сухого веса клетки Escherichia coli , тогда как другие макромолекулы, такие как ДНК и РНК, составляют всего 3% и 20% соответственно. [58] Набор белков, экспрессируемых в определенной клетке или типе клеток, известен как ее протеом . [54] : 120 

Фермент гексокиназа показан в виде обычной шаростержневой молекулярной модели. Для масштабирования в правом верхнем углу показаны два его субстрата: АТФ и глюкоза .

Главной характеристикой белков, которая позволяет им выполнять разнообразные функции, является их способность специфически и прочно связывать другие молекулы. Область белка, ответственная за связывание другой молекулы, известна как участок связывания и часто представляет собой углубление или «карман» на молекулярной поверхности. Эта способность связывания опосредована третичной структурой белка, которая определяет карман участка связывания, и химическими свойствами боковых цепей окружающих аминокислот. Связывание белка может быть необычайно прочным и специфическим; например, белок- ингибитор рибонуклеазы связывается с человеческим ангиогенином с субфемтомолярной константой диссоциации (<10−15 М ), но вообще не связывается со своим гомологом амфибий онконазой (> 1 М). Крайне незначительные химические изменения, такие как добавление одной метильной группы к связывающему партнеру, иногда могут быть достаточными для почти полного устранения связывания; например, аминоацил-тРНК-синтетаза, специфичная для аминокислоты валина, дискриминирует очень похожую боковую цепь аминокислоты изолейцина . [59]

Белки могут связываться с другими белками, а также с низкомолекулярными субстратами. Когда белки специфически связываются с другими копиями той же молекулы, они могут олигомеризоваться, образуя фибриллы; этот процесс часто происходит в структурных белках, которые состоят из глобулярных мономеров, которые самоассоциируются, образуя жесткие волокна. Взаимодействия белок-белок регулируют ферментативную активность, контролируют прогрессирование клеточного цикла и позволяют собирать большие белковые комплексы , которые выполняют множество тесно связанных реакций с общей биологической функцией. Белки могут связываться с клеточными мембранами или интегрироваться в них. Способность партнеров по связыванию вызывать конформационные изменения в белках позволяет строить чрезвычайно сложные сигнальные сети. [42] : 830–49  Поскольку взаимодействия между белками обратимы и в значительной степени зависят от доступности различных групп белков-партнеров для формирования агрегатов, способных выполнять дискретные наборы функций, изучение взаимодействий между конкретными белками является ключом к пониманию важных аспектов клеточной функции и, в конечном счете, свойств, которые отличают определенные типы клеток. [60] [61]

Ферменты

Наиболее известная роль белков в клетке — это роль ферментов , которые катализируют химические реакции. Ферменты обычно высокоспецифичны и ускоряют только одну или несколько химических реакций. Ферменты выполняют большинство реакций, участвующих в метаболизме , а также манипулируют ДНК в таких процессах, как репликация ДНК , репарация ДНК и транскрипция . Некоторые ферменты действуют на другие белки, чтобы добавлять или удалять химические группы в процессе, известном как посттрансляционная модификация. Известно, что около 4000 реакций катализируются ферментами. [62] Ускорение скорости, придаваемое ферментативным катализом, часто огромно — до 10 17 -кратного увеличения скорости по сравнению с некатализируемой реакцией в случае оротатдекарбоксилазы (78 миллионов лет без фермента, 18 миллисекунд с ферментом). [63]

Молекулы, связанные и подвергающиеся воздействию ферментов, называются субстратами . Хотя ферменты могут состоять из сотен аминокислот, обычно только небольшая часть остатков контактирует с субстратом, а еще меньшая часть — в среднем три-четыре остатка — напрямую участвует в катализе. [64] Область фермента, которая связывает субстрат и содержит каталитические остатки, известна как активный центр . [54] : 389 

Диригентные белки являются представителями класса белков, которые определяют стереохимию соединения, синтезируемого другими ферментами. [65]

Клеточная сигнализация и связывание лигандов

Ленточная диаграмма мышиного антитела против холеры , связывающего углеводный антиген

Многие белки участвуют в процессе клеточной сигнализации и передачи сигнала . Некоторые белки, такие как инсулин , являются внеклеточными белками, которые передают сигнал от клетки, в которой они были синтезированы, к другим клеткам в отдаленных тканях . Другие являются мембранными белками , которые действуют как рецепторы , основная функция которых заключается в связывании сигнальной молекулы и вызове биохимического ответа в клетке. Многие рецепторы имеют сайт связывания, выставленный на поверхности клетки, и эффекторный домен внутри клетки, который может иметь ферментативную активность или может подвергаться конформационному изменению, обнаруживаемому другими белками внутри клетки. [41] : 251–81 

Антитела являются белковыми компонентами адаптивной иммунной системы , основная функция которых заключается в связывании антигенов или чужеродных веществ в организме и нацелении на их разрушение. Антитела могут секретироваться во внеклеточную среду или закрепляться в мембранах специализированных В-клеток, известных как плазматические клетки . В то время как ферменты ограничены в своем связывающем сродстве к своим субстратам необходимостью проведения своей реакции, антитела не имеют таких ограничений. Связывающее сродство антитела к его цели необычайно велико. [42] : 275–50 

Многие белки-транспортеры лигандов связывают определенные небольшие биомолекулы и транспортируют их в другие места в теле многоклеточного организма. Эти белки должны иметь высокое сродство к связыванию, когда их лиганд присутствует в высоких концентрациях, и высвобождать лиганд, когда он присутствует в низких концентрациях в целевых тканях. Каноническим примером белка, связывающего лиганд, является гемоглобин , который переносит кислород из легких в другие органы и ткани у всех позвоночных и имеет близких гомологов в каждом биологическом царстве . [42] : 222–29  Лектины — это белки, связывающие сахар , которые высокоспецифичны для своих сахарных фрагментов. Лектины обычно играют роль в явлениях биологического распознавания, связанных с клетками и белками. [66] Рецепторы и гормоны — это высокоспецифичные связывающие белки.

Трансмембранные белки могут служить лигандными транспортными белками, которые изменяют проницаемость клеточной мембраны для малых молекул и ионов. Мембрана сама по себе имеет гидрофобное ядро, через которое полярные или заряженные молекулы не могут диффундировать . Мембранные белки содержат внутренние каналы, которые позволяют таким молекулам входить и выходить из клетки. Многие белки ионных каналов специализированы для выбора только определенного иона; например, калиевые и натриевые каналы часто различают только один из двух ионов. [41] : 232–34 

Структурные белки

Структура белка

Структурные белки придают жесткость и ригидность в противном случае жидким биологическим компонентам. Большинство структурных белков являются фиброзными белками ; например, коллаген и эластин являются критическими компонентами соединительной ткани , такой как хрящ , а кератин содержится в твердых или нитевидных структурах, таких как волосы , ногти , перья , копыта и некоторые панцири животных . [42] : 178–81  Некоторые глобулярные белки могут выполнять структурные функции, например, актин и тубулин являются глобулярными и растворимыми как мономеры, но полимеризуются , образуя длинные жесткие волокна, которые составляют цитоскелет , что позволяет клетке сохранять свою форму и размер. [54] : 490 

Другие белки, которые выполняют структурные функции, — это моторные белки, такие как миозин , кинезин и динеин , которые способны генерировать механические силы. Эти белки имеют решающее значение для клеточной подвижности одноклеточных организмов и спермы многих многоклеточных организмов, которые размножаются половым путем . Они генерируют силы, оказываемые сокращающимися мышцами [42] : 258–64, 272  , и играют важную роль во внутриклеточном транспорте. [54] : 481, 490 

Методы исследования

Методы, обычно используемые для изучения структуры и функции белка, включают иммуногистохимию , направленный мутагенез , рентгеновскую кристаллографию , ядерный магнитный резонанс и масс-спектрометрию . Активность и структуры белков могут быть исследованы in vitro , in vivo и in silico . Исследования in vitro очищенных белков в контролируемых средах полезны для изучения того, как белок выполняет свою функцию: [67] например, исследования кинетики ферментов изучают химический механизм каталитической активности фермента и его относительное сродство к различным возможным молекулам субстрата. [68] Напротив, эксперименты in vivo могут предоставить информацию о физиологической роли белка в контексте клетки или даже целого организма , и часто могут предоставить больше информации о поведении белка в различных контекстах. [69] Исследования in silico используют вычислительные методы для изучения белков. [70]

Очистка белка

Белки могут быть очищены от других клеточных компонентов с помощью различных методов, таких как ультрацентрифугирование , осаждение , электрофорез и хроматография ; [36] : 21–24  Появление генной инженерии сделало возможным ряд методов, облегчающих очистку. [71]

Для проведения анализа in vitro белок должен быть очищен от других клеточных компонентов. Этот процесс обычно начинается с лизиса клеток , при котором мембрана клетки разрушается, а ее внутреннее содержимое высвобождается в раствор, известный как сырой лизат . Полученную смесь можно очистить с помощью ультрацентрифугирования , которое фракционирует различные клеточные компоненты на фракции, содержащие растворимые белки; мембранные липиды и белки; клеточные органеллы и нуклеиновые кислоты . Осаждение методом, известным как высаливание, может концентрировать белки из этого лизата. Затем используются различные типы хроматографии для выделения интересующего белка или белков на основе таких свойств, как молекулярная масса, чистый заряд и сродство связывания. [36] : 21–24  Уровень очистки можно контролировать с помощью различных типов гель-электрофореза, если известны молекулярная масса и изоэлектрическая точка желаемого белка , с помощью спектроскопии , если белок имеет различимые спектроскопические характеристики, или с помощью ферментных анализов, если белок обладает ферментативной активностью. Кроме того, белки можно изолировать в соответствии с их зарядом с помощью электрофокусировки . [72]

Для природных белков может потребоваться ряд этапов очистки, чтобы получить белок, достаточно чистый для лабораторных применений. Чтобы упростить этот процесс, часто используется генная инженерия для добавления химических свойств к белкам, которые облегчают их очистку, не влияя на их структуру или активность. Здесь «тег», состоящий из определенной аминокислотной последовательности, часто серии остатков гистидина (« His-тег »), присоединяется к одному концу белка. В результате, когда лизат пропускают через хроматографическую колонку, содержащую никель , остатки гистидина лигируют никель и прикрепляются к колонке, в то время как немаркированные компоненты лизата проходят беспрепятственно. Было разработано несколько тегов, чтобы помочь исследователям очищать определенные белки из сложных смесей. [71]

Локализация на уровне клеток

Белки в различных клеточных компартментах и ​​структурах, помеченные зеленым флуоресцентным белком (здесь белый)

Изучение белков in vivo часто связано с синтезом и локализацией белка внутри клетки. Хотя многие внутриклеточные белки синтезируются в цитоплазме , а мембраносвязанные или секретируемые белки — в эндоплазматическом ретикулуме , специфика того, как белки направляются в определенные органеллы или клеточные структуры, часто неясна. Полезный метод оценки клеточной локализации использует генную инженерию для экспрессии в клетке слитого белка или химеры, состоящей из интересующего природного белка, связанного с « репортером », таким как зеленый флуоресцентный белок (GFP). [73] Затем положение слитого белка внутри клетки можно четко и эффективно визуализировать с помощью микроскопии . [74]

Другие методы выяснения клеточного расположения белков требуют использования известных маркеров компартментов для таких областей, как ЭР, Гольджи, лизосомы или вакуоли, митохондрии, хлоропласты, плазматическая мембрана и т. д. С использованием флуоресцентно меченых версий этих маркеров или антител к известным маркерам становится намного проще определить локализацию интересующего белка. Например, непрямая иммунофлуоресценция позволит провести колокализацию флуоресценции и продемонстрировать местоположение. Флуоресцентные красители используются для маркировки клеточных компартментов с аналогичной целью. [75]

Существуют и другие возможности. Например, иммуногистохимия обычно использует антитело к одному или нескольким интересующим белкам, которые конъюгированы с ферментами, дающими либо люминесцентные, либо хромогенные сигналы, которые можно сравнивать между образцами, что позволяет получить информацию о локализации. [76] Другой применимый метод — это кофракционирование в градиентах сахарозы (или другого материала) с использованием изопикнического центрифугирования . [77] Хотя этот метод не доказывает колокализации компартмента известной плотности и интересующего белка, он указывает на повышенную вероятность. [77]

Наконец, золотым стандартом метода локализации клеток является иммуноэлектронная микроскопия . Этот метод использует антитело к интересующему белку, наряду с классическими методами электронной микроскопии. Образец подготавливается для обычного электронного микроскопического исследования, а затем обрабатывается антителом к ​​интересующему белку, которое конъюгировано с чрезвычайно электроплотным материалом, обычно золотом. Это позволяет локализовать как ультраструктурные детали, так и интересующий белок. [78]

С помощью другого применения генной инженерии, известного как направленный мутагенез , исследователи могут изменять последовательность белка и, следовательно, его структуру, клеточную локализацию и восприимчивость к регуляции. Эта техника даже позволяет включать неестественные аминокислоты в белки, используя модифицированные тРНК, [79] и может позволить рациональный дизайн новых белков с новыми свойствами. [80]

Протеомика

Полный набор белков, присутствующих в клетке или типе клеток в определенный момент времени, называется ее протеомом , а изучение таких крупномасштабных наборов данных определяет область протеомики , названную по аналогии с родственной областью геномики . Ключевые экспериментальные методы в протеомике включают двумерный электрофорез , [81] который позволяет разделять многие белки, масс-спектрометрию , [82] которая позволяет быстро и высокопроизводительно идентифицировать белки и секвенировать пептиды (чаще всего после расщепления в геле ), белковые микрочипы , которые позволяют определять относительные уровни различных белков, присутствующих в клетке, и двухгибридный скрининг , который позволяет систематически исследовать белок-белковые взаимодействия . [83] Полный набор биологически возможных таких взаимодействий известен как интерактом . [84] Систематическая попытка определить структуры белков, представляющих каждую возможную складку, известна как структурная геномика . [85]

Определение структуры

Обнаружение третичной структуры белка или четвертичной структуры его комплексов может дать важные подсказки о том, как белок выполняет свою функцию и как на него можно повлиять, например, при разработке лекарств . Поскольку белки слишком малы, чтобы их можно было увидеть под световым микроскопом , для определения их структуры приходится использовать другие методы. Распространенные экспериментальные методы включают рентгеновскую кристаллографию и ЯМР-спектроскопию , оба из которых могут производить структурную информацию с атомным разрешением. Однако эксперименты с ЯМР способны предоставить информацию, из которой можно оценить подмножество расстояний между парами атомов, а окончательные возможные конформации для белка определяются путем решения задачи о геометрии расстояний . Двойная поляризационная интерферометрия является количественным аналитическим методом измерения общей конформации белка и конформационных изменений, вызванных взаимодействиями или другими стимулами. Круговой дихроизм является еще одним лабораторным методом определения внутреннего β-слоя / α-спирального состава белков. Криоэлектронная микроскопия используется для получения структурной информации с более низким разрешением об очень больших белковых комплексах, включая собранные вирусы ; [41] : 340–41  вариант, известный как электронная кристаллография, может в некоторых случаях давать информацию с высоким разрешением, особенно для двумерных кристаллов мембранных белков. [86] Решенные структуры обычно размещаются в Банке данных о белках (PDB), свободно доступном ресурсе, из которого структурные данные о тысячах белков могут быть получены в форме декартовых координат для каждого атома в белке. [87]

Известно гораздо больше последовательностей генов, чем структур белков. Кроме того, набор решенных структур смещен в сторону белков, которые могут быть легко подвергнуты условиям, требуемым в рентгеновской кристаллографии , одном из основных методов определения структуры. В частности, глобулярные белки сравнительно легко кристаллизуются при подготовке к рентгеновской кристаллографии. Мембранные белки и большие белковые комплексы, напротив, трудно кристаллизуются и недостаточно представлены в PDB. [88] Инициативы структурной геномики пытались исправить эти недостатки путем систематического решения репрезентативных структур основных классов складок. Методы прогнозирования структуры белка пытаются предоставить средства для создания правдоподобной структуры для белков, структуры которых не были экспериментально определены. [89]

Прогнозирование структуры

Составные аминокислоты могут быть проанализированы для прогнозирования вторичной, третичной и четвертичной структуры белка, в данном случае гемоглобина, содержащего гемовые единицы.

В дополнение к области структурной геномики, предсказание структуры белка разрабатывает эффективные математические модели белков для вычислительного предсказания молекулярных образований в теории, вместо обнаружения структур с помощью лабораторных наблюдений. [90] Наиболее успешный тип предсказания структуры, известный как моделирование гомологии , опирается на существование «шаблонной» структуры с последовательностью, схожей с моделируемым белком; цель структурной геномики состоит в том, чтобы обеспечить достаточное представление в решенных структурах для моделирования большинства из тех, которые остаются. [91] Хотя создание точных моделей остается проблемой, когда доступны только отдаленно связанные шаблонные структуры, было высказано предположение, что выравнивание последовательностей является узким местом в этом процессе, поскольку довольно точные модели могут быть получены, если известно «идеальное» выравнивание последовательностей. [92] Многие методы предсказания структуры послужили источником информации для новой области белковой инженерии , в которой уже были разработаны новые белковые складки. [93] Многие белки (у эукариот ~33%) содержат большие неструктурированные, но биологически функциональные сегменты и могут быть классифицированы как внутренне неупорядоченные белки . Прогнозирование и анализ нарушений белков является важной частью характеристики структуры белков. [94]

Моделирование динамических процессов in silico

Более сложной вычислительной проблемой является прогнозирование межмолекулярных взаимодействий, таких как стыковка молекул , [95] сворачивание белков , взаимодействие белок-белок и химическая реактивность. Математические модели для моделирования этих динамических процессов включают молекулярную механику , в частности, молекулярную динамику . В этой связи, моделирование in silico обнаружило сворачивание небольших α-спиральных доменов белка, таких как головка виллина , [96] вспомогательный белок ВИЧ [ 97], а гибридные методы, объединяющие стандартную молекулярную динамику с квантово-механической математикой, исследовали электронные состояния родопсинов . [98]

Помимо классической молекулярной динамики, методы квантовой динамики позволяют моделировать белки в атомистических деталях с точным описанием квантово-механических эффектов. Примерами служат многослойный многоконфигурационный метод Хартри, зависящий от времени, и подход иерархических уравнений движения , которые были применены к растительным криптохромам [99] и бактериальным комплексам сбора света [100] соответственно. Как квантовое, так и классическое механическое моделирование биологических систем чрезвычайно требовательны к вычислительным ресурсам, поэтому распределенные вычислительные инициативы, такие как проект Folding@home, облегчают молекулярное моделирование , используя достижения в параллельной обработке на GPU и методах Монте-Карло . [101] [102]

Химический анализ

Общее содержание азота в органическом веществе в основном формируется аминогруппами в белках. Общий азот по Кьельдалю ( TKN ) — это мера азота, широко используемая при анализе (сточных) вод, почвы, продуктов питания, кормов и органических веществ в целом. Как следует из названия, применяется метод Кьельдаля . Существуют более чувствительные методы. [103] [104]

Пищеварение

Гидролиз белка. X = HCl и тепло для промышленного протеолиза. X = протеаза для биологического протеолиза.

При отсутствии катализаторов белки гидролизуются медленно . [ 105] Расщепление белков на небольшие пептиды и аминокислоты ( протеолиз ) является этапом пищеварения ; эти продукты распада затем всасываются в тонком кишечнике. [106] Гидролиз белков зависит от ферментов, называемых протеазами или пептидазами. Протеазы, которые сами по себе являются белками, бывают нескольких типов в зависимости от конкретных пептидных связей , которые они расщепляют, а также от их тенденции расщеплять пептидные связи на конце белка (экзопептидазы) по сравнению с пептидными связями внутри белка (эндопептидазы). [107] Пепсин является эндопептидазой в желудке. После желудка поджелудочная железа секретирует другие протеазы для завершения гидролиза, к ним относятся трипсин и химотрипсин . [108]

Гидролиз белка используется в коммерческих целях как способ получения аминокислот из объемных источников белка, таких как кровяная мука, перья, кератин. Такие материалы обрабатываются горячей соляной кислотой , которая вызывает гидролиз пептидных связей. [109]

Механические свойства

Механические свойства белков весьма разнообразны и часто являются центральными для их биологической функции, как в случае таких белков, как кератин и коллаген . [110] Например, способность мышечной ткани постоянно расширяться и сокращаться напрямую связана с эластичными свойствами их основного белкового состава. [111] [112] Помимо фибриллярных белков, конформационная динамика ферментов [113] и структура биологических мембран , среди других биологических функций, регулируются механическими свойствами белков. За пределами их биологического контекста уникальные механические свойства многих белков, наряду с их относительной устойчивостью по сравнению с синтетическими полимерами , сделали их желанными целями для разработки материалов следующего поколения. [114] [115]

Модуль Юнга , E, рассчитывается как осевое напряжение σ по результирующей деформации ε. Это мера относительной жесткости материала. В контексте белков эта жесткость часто напрямую коррелирует с биологической функцией. Например, коллаген , обнаруженный в соединительной ткани , костях и хрящах , и кератин , обнаруженный в ногтях, когтях и волосах, имеют наблюдаемую жесткость, которая на несколько порядков выше, чем у эластина , [116] который, как полагают, придает эластичность таким структурам, как кровеносные сосуды , легочная ткань и ткань мочевого пузыря , среди прочих. [117] [118] По сравнению с этим, глобулярные белки , такие как бычий сывороточный альбумин , которые относительно свободно плавают в цитозоле и часто функционируют как ферменты (и, таким образом, подвергаются частым конформационным изменениям), имеют сравнительно гораздо более низкие модули Юнга. [119] [120]

Модуль Юнга одного белка можно найти с помощью моделирования молекулярной динамики . Используя либо атомистические силовые поля, такие как CHARMM или GROMOS , либо крупнозернистые силовые поля, такие как Martini, [121] одну молекулу белка можно растянуть одноосной силой, в то время как полученное расширение регистрируется для расчета деформации. [122] [123] Экспериментально для получения аналогичных данных можно использовать такие методы, как атомная силовая микроскопия . [124]

На макроскопическом уровне модуль Юнга сшитых белковых сетей может быть получен посредством более традиционного механического тестирования . Экспериментально наблюдаемые значения для нескольких белков можно увидеть ниже.

Эластичность различных белков
БелокКласс белкамодуль Юнга
Кератин (сшитый)волокнистый1,5-10 ГПа [125]
Эластин (сшитый)волокнистый1 МПа [116]
Фибрин (сшитый)волокнистый1-10 МПа [116]
Коллаген (сшитый)волокнистый5-7,5 ГПа [116] [126]
Резилин (сшитый)волокнистый1-2 МПа [116]
Альбумин бычьей сыворотки (сшитый)Шаровидный2,5-15 КПа [119]
Белки наружной мембраны β-цилиндраМембрана20-45 ГПа [127]

Смотрите также

Ссылки

  1. ^ abc Osborne TB (1909). «История». Растительные белки . стр.  1– 6.
  2. ^ abc Reynolds JA, Tanford C (2003). Nature's Robots: A History of Proteins (Oxford Paperbacks) . Нью-Йорк, Нью-Йорк: Oxford University Press. стр. 15. ISBN 978-0-19-860694-9.
  3. ^ Tanford C (2001). Роботы природы: история белков. Архив Интернета. Оксфорд; Торонто: Oxford University Press. ISBN 978-0-19-850466-5.
  4. ^ Малдер Г.Дж. (1838). «Сюр-ла-композиция некоторых животных веществ». Bulletin des Sciences Physiques et Naturelles en Néerlande : 104.
  5. ^ Хартли Х. (август 1951 г.). «Происхождение слова «белок»». Nature . 168 (4267): 244. Bibcode : 1951Natur.168..244H. doi : 10.1038/168244a0 . PMID  14875059. S2CID  4271525.
  6. ^ abc Perrett D (август 2007). «От „белка“ к истокам клинической протеомики». Протеомика. Клинические приложения . 1 (8): 720– 738. doi :10.1002/prca.200700525. PMID  21136729. S2CID  32843102.
  7. ^ "Protein (сущ.)". Оксфордский словарь английского языка . Июль 2023. doi :10.1093/OED/5657543824.
  8. ^ Бишофф Т.Л., Войт С (1860). Die Gesetze der Ernaehrung des Pflanzenfressers durch neue Untersuchungen festgestellt (на немецком языке). Лейпциг, Гейдельберг.{{cite book}}: CS1 maint: отсутствует местоположение издателя ( ссылка )
  9. ^ Osborne TB (апрель 1913 г.). "In Memoriam Heinrich Ritthausen". Biochemical Bulletin . II (7). Columbia University Biochemical Association: 338. Получено 1 января 2016 г., архивируется в Библиотеке наследия биоразнообразия
  10. ^ Simoni RD, Hill RL, Vaughan M (2002-05-03). "Пищевая биохимия и аминокислотный состав белков: ранние годы белковой химии. Работа Томаса Б. Осборна и Лафайета Б. Менделя". Журнал биологической химии . 277 (18): 14– 15. doi : 10.1016/S0021-9258(19)35800-4 .
  11. ^ Osborne TB, Mendel LB, Ferry EL, Wakeman AJ (1916). «Минимум аминокислот для поддержания и роста, как это продемонстрировано дальнейшими экспериментами с лизином и триптофаном». Журнал биологической химии . 25 (1): 1– 12. doi : 10.1016/S0021-9258(18)87509-3 .
  12. ^ Simoni RD, Hill RL, Vaughan M (2002-09-13). «Открытие аминокислоты треонин: работа Уильяма К. Роуза». Журнал биологической химии . 277 (37): 56– 58. doi : 10.1016/S0021-9258(20)74369-3 .
  13. ^ "Hofmeister, Franz". encyclopedia.com. Архивировано из оригинала 5 апреля 2017 года . Получено 4 апреля 2017 года .
  14. ^ Koshland DE, Haurowitz F. "Protein, section: Classification of protein". britannica.com. Архивировано из оригинала 4 апреля 2017 г. Получено 4 апреля 2017 г.
  15. ^ Самнер Дж. Б. (август 1926 г.). «Выделение и кристаллизация фермента уреазы». Журнал биологической химии . 69 (2): 435– 441. doi : 10.1016/S0021-9258(18)84560-4 .
  16. ^ Pauling L, Corey RB (май 1951). «Атомные координаты и структурные факторы для двух спиральных конфигураций полипептидных цепей». Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки . 37 (5): 235–240 . Bibcode :1951PNAS...37..235P. doi : 10.1073/pnas.37.5.235 . PMC 1063348. PMID  14834145 . 
  17. ^ Kauzmann W (май 1956). «Структурные факторы денатурации белков». Журнал клеточной физиологии. Приложение . 47 (Suppl 1): 113– 131. doi :10.1002/jcp.1030470410. PMID  13332017.
  18. ^ Kauzmann W (1959). "Некоторые факторы в интерпретации денатурации белка". Advances in Protein Chemistry Volume 14. Vol. 14. pp.  1– 63. doi :10.1016/S0065-3233(08)60608-7. ISBN 978-0-12-034214-3. PMID  14404936.
  19. ^ Kalman SM, Linderstrøm-Lang K, Ottesen M, Richards FM (февраль 1955). «Деградация рибонуклеазы субтилизином». Biochimica et Biophysica Acta . 16 (2): 297– 299. doi :10.1016/0006-3002(55)90224-9. PMID  14363272.
  20. ^ Дилл КА (1990). «Доминирующие силы в сворачивании белков». Биохимия . 29 (31): 7133– 7155. doi :10.1021/bi00483a001. PMID  2207096.
  21. ^ Sanger F (1949). «Конечные пептиды инсулина». The Biochemical Journal . 45 (5): 563– 574. doi : 10.1042/bj0450563. PMC 1275055. PMID  15396627. 
  22. ^ Sanger F. (1958), Нобелевская лекция: Химия инсулина (PDF) , Nobelprize.org, архив (PDF) из оригинала 2013-03-19 , извлечено 2016-02-09
  23. ^ Ричардс FM (1972). «Нобелевская премия по химии 1972 года». Science . 178 (4060): 492– 3. Bibcode : 1972Sci...178..492R. doi : 10.1126/science.178.4060.492. PMID  17754377.
  24. ^ Маршалл GR, Фэн JA, Кустер DJ (2008). «Назад в будущее: Рибонуклеаза А». Биополимеры . 90 (3): 259–77 . doi : 10.1002/bip.20845 . PMID  17868092.
  25. ^ abc Stoddart C (1 марта 2022 г.). «Структурная биология: как белки получили свой крупный план». Knowable Magazine . doi : 10.1146/knowable-022822-1 .
  26. ^ Muirhead H, Perutz MF (август 1963 г.). ". Структура гемоглобина. Трехмерный синтез Фурье восстановленного человеческого гемоглобина с разрешением 5,5 Å". Nature . 199 (4894): 633– 638. Bibcode :1963Natur.199..633M. doi :10.1038/199633a0. PMID  14074546. S2CID  4257461.
  27. ^ Kendrew JC, Bodo G, Dintzis HM, Parrish RG, Wyckoff H, Phillips DC (март 1958). "Трехмерная модель молекулы миоглобина, полученная с помощью рентгеновского анализа". Nature . 181 (4610): 662– 666. Bibcode :1958Natur.181..662K. doi :10.1038/181662a0. PMID  13517261. S2CID  4162786.
  28. ^ Zhou ZH (апрель 2008 г.). «К определению структуры атомного разрешения с помощью криоэлектронной микроскопии отдельных частиц». Current Opinion in Structural Biology . 18 (2): 218– 228. doi :10.1016/j.sbi.2008.03.004. PMC 2714865. PMID  18403197 . 
  29. ^ Keskin O, Tuncbag N, Gursoy A (апрель 2008 г.). «Характеристика и прогнозирование интерфейсов белков для вывода сетей взаимодействия белок-белок». Current Pharmaceutical Biotechnology . 9 (2): 67– 76. doi : 10.2174/138920108783955191. hdl : 11511/32640 . PMID  18393863.
  30. ^ "Summary Statistics". RCSB PDB . Получено 2024-04-20 .
  31. ^ McDonald AG, Tipton KF (2023). «Номенклатура и классификация ферментов: современное состояние». Журнал FEBS . 290 (9): 2214– 2231. doi : 10.1111/febs.16274 . ISSN  1742-464X. PMID  34773359.
  32. ^ Консорциум по онтологии генов (январь 2008 г.). «Проект по онтологии генов в 2008 г.». Nucleic Acids Research . 36 (выпуск базы данных): D440–4. doi :10.1093/nar/gkm883. PMC 2238979. PMID  17984083 . 
  33. ^ Ekman D, Björklund AK, Frey-Skött J, Elofsson A (апрель 2005 г.). «Многодоменные белки в трех царствах жизни: сироты и другие нераспределенные регионы». Журнал молекулярной биологии . 348 (1): 231– 243. doi :10.1016/j.jmb.2005.02.007. PMID  15808866.
  34. ^ Нельсон DL, Кокс MM (2005). Принципы биохимии Ленингера (4-е изд.). Нью-Йорк, Нью-Йорк: WH Freeman and Company.
  35. ^ Gutteridge A, Thornton JM (ноябрь 2005 г.). «Понимание каталитического инструментария природы». Trends in Biochemical Sciences . 30 (11): 622– 629. doi :10.1016/j.tibs.2005.09.006. PMID  16214343.
  36. ^ abcdefg Мюррей RF, Харпер HW, Граннер DK, Мэйес PA, Родвелл VW (2006). Harper's Illustrated Biochemistry . Нью-Йорк: Lange Medical Books/McGraw-Hill. ISBN 978-0-07-146197-9.
  37. ^ ab Reusch W (5 мая 2013 г.). «Пептиды и белки». Химический факультет Мичиганского государственного университета .
  38. ^ Страйер Л. (2002). Биохимия (Пятое изд.). WH Freeman and Company . стр. 826. ISBN 0-7167-4684-0.{{cite book}}: CS1 maint: переопределенная настройка ( ссылка )
  39. ^ abc Lodish H, Berk A, Matsudaira P, Kaiser CA, Krieger M, Scott MP и др. (2004). Молекулярная клеточная биология (5-е изд.). Нью-Йорк, Нью-Йорк: WH Freeman and Company.
  40. ^ Ardejani MS, Powers ET, Kelly JW (август 2017 г.). «Использование кооперативно сложенных пептидов для измерения энергий взаимодействия и конформационных склонностей». Accounts of Chemical Research . 50 (8): 1875– 1882. doi :10.1021/acs.accounts.7b00195. PMC 5584629. PMID  28723063 . 
  41. ^ abcd Branden C, Tooze J (1999). Введение в структуру белка . Нью-Йорк: Garland Pub. ISBN 978-0-8153-2305-1.
  42. ^ abcdefghij Ван Холде К.Э., Мэтьюз К.К. (1996). Биохимия. Менло-Парк, Калифорния: Бенджамин/Каммингс. ISBN 978-0-8053-3931-4.
  43. ^ Milo R (декабрь 2013 г.). «Каково общее количество молекул белка на объем клетки? Призыв переосмыслить некоторые опубликованные значения». BioEssays . 35 (12): 1050– 1055. doi :10.1002/bies.201300066. PMC 3910158 . PMID  24114984. 
  44. ^ Бек М., Шмидт А., Мальмстрём Дж., Клаассен М., Ори А., Шимборска А. и др. (ноябрь 2011 г.). «Количественный протеом линии клеток человека». Молекулярная системная биология . 7 : 549. doi : 10.1038/msb.2011.82. PMC 3261713. PMID  22068332 . 
  45. ^ Wu L, Candille SI, Choi Y, Xie D, Jiang L, Li-Pook-Than J и др. (Июль 2013 г.). «Изменчивость и генетический контроль белкового изобилия у людей». Nature . 499 (7456): 79– 82. Bibcode :2013Natur.499...79W. doi :10.1038/nature12223. PMC 3789121 . PMID  23676674. 
  46. ^ Эллис Р. (1979). «Самый распространенный белок в мире». Тенденции в биохимических науках . 4 (11): 241– 244. doi :10.1016/0968-0004(79)90212-3.
  47. ^ Dobson CM (2000). «Природа и значение сворачивания белков». В Pain RH (ред.). Механизмы сворачивания белков . Оксфорд, Оксфордшир: Oxford University Press. стр.  1– 28. ISBN 978-0-19-963789-8.
  48. ^ Kozlowski LP (январь 2017 г.). "Proteome-pI: база данных изоэлектрических точек протеома". Nucleic Acids Research . 45 (D1): D1112 – D1116 . doi :10.1093/nar/gkw978. PMC 5210655 . PMID  27789699.  
  49. ^ Fulton AB, Isaacs WB (апрель 1991 г.). «Титин, огромный эластичный саркомерный белок с вероятной ролью в морфогенезе». BioEssays . 13 (4): 157– 161. doi :10.1002/bies.950130403. PMID  1859393. S2CID  20237314.
  50. ^ Bruckdorfer T, Marder O, Albericio F (февраль 2004 г.). «От производства пептидов в миллиграммовых количествах для исследований до многотонных количеств для лекарств будущего». Current Pharmaceutical Biotechnology . 5 (1): 29– 43. doi :10.2174/1389201043489620. PMID  14965208.
  51. ^ Schwarzer D, Cole PA (декабрь 2005 г.). «Полусинтез белка и лигирование экспрессированного белка: в погоне за хвостом белка». Current Opinion in Chemical Biology . 9 (6): 561– 569. doi :10.1016/j.cbpa.2005.09.018. PMID  16226484.
  52. ^ Кент SB (февраль 2009). «Полный химический синтез белков». Chemical Society Reviews . 38 (2): 338– 351. doi :10.1039/b700141j. PMID  19169452. S2CID  5432012.
  53. ^ Фернандес А., Скотт Р. (сентябрь 2003 г.). «Дегидрон: структурно кодируемый сигнал для взаимодействия белков». Biophysical Journal . 85 (3): 1914– 1928. Bibcode :2003BpJ....85.1914F. doi :10.1016/S0006-3495(03)74619-0. PMC 1303363 . PMID  12944304. 
  54. ^ abcdef Garrett R, Grisham CM (2010). Биохимия (4-е изд.). Belmont, CA: Brooks/Cole, Cengage Learning. ISBN 978-0-495-10935-8.
  55. ^ Drees F, Gertler FB (2008-02-01). "Ena/VASP: белки на кончике нервной системы". Current Opinion in Neurobiology . Development. 18 (1): 53–59 . doi :10.1016/j.conb.2008.05.007. PMC 2515615. PMID  18508258 . 
  56. ^ Дэйви Н.Э., Ван Рой К., Уэзеритт Р.Дж., Тоедт Г., Уяр Б., Альтенберг Б. и др. (январь 2012 г.). «Признаки коротких линейных мотивов». Молекулярные биосистемы . 8 (1): 268–281 . doi : 10.1039/c1mb05231d. ПМИД  21909575.
  57. ^ Кумар М., Гоув М., Майкл С., Самано-Санчес Х., Панча Р., Главина Дж. и др. (2020-01-08). «ELM — ресурс эукариотических линейных мотивов в 2020 году». Nucleic Acids Research . 48 (D1): D296 – D306 . doi :10.1093/nar/gkz1030. PMC 7145657. PMID  31680160 .  
  58. ^ Воет Д, Воет JG. (2004). Биохимия Том 1 3-е изд. Уайли: Хобокен, Нью-Джерси.
  59. ^ Шанкаранараянан Р., Морас Д. (2001). «Правильность перевода генетического кода». Акта Биохимика Полоника . 48 (2): 323–335 . doi : 10.18388/abp.2001_3918 . ПМИД  11732604.
  60. ^ Copland JA, Sheffield-Moore M, Koldzic-Zivanovic N, Gentry S, Lamprou G, Tzortzatou-Stathopoulou F, et al. (Июнь 2009). «Рецепторы половых стероидов в дифференцировке скелета и эпителиальной неоплазии: возможно ли тканеспецифическое вмешательство?». BioEssays . 31 (6): 629– 641. doi :10.1002/bies.200800138. PMID  19382224. S2CID  205469320.
  61. ^ Самарин С., Нусрат А. (январь 2009 г.). «Регуляция эпителиального апикального соединительного комплекса ГТФазами семейства Rho». Frontiers in Bioscience . 14 (3): 1129– 1142. doi : 10.2741/3298 . PMID  19273120.
  62. ^ Bairoch A (январь 2000 г.). «База данных ENZYME в 2000 г.». Nucleic Acids Research . 28 (1): 304– 305. doi :10.1093/nar/28.1.304. PMC 102465. PMID  10592255 . 
  63. ^ Radzicka A, Wolfenden R (январь 1995). "A proficient genetic genetics". Science . 267 (5194): 90– 93. Bibcode :1995Sci...267...90R. doi :10.1126/science.7809611. PMID  7809611.
  64. ^ Внешние службы EBI (2010-01-20). "Атлас каталитических сайтов Европейского института биоинформатики". Ebi.ac.uk. Архивировано из оригинала 2013-08-03 . Получено 2011-01-16 .
  65. ^ Пикель Б., Шаллер А. (октябрь 2013 г.). «Диригентные белки: молекулярные характеристики и потенциальные биотехнологические применения». Прикладная микробиология и биотехнология . 97 (19): 8427– 8438. doi :10.1007/s00253-013-5167-4. PMID  23989917. S2CID  1896003.
  66. ^ Rüdiger H, Siebert HC, Solís D, Jiménez-Barbero J, Romero A, von der Lieth CW и др. (апрель 2000 г.). «Медицинская химия на основе кода сахара: основы лектинологии и экспериментальные стратегии с лектинами в качестве целей». Current Medicinal Chemistry . 7 (4): 389– 416. doi :10.2174/0929867003375164. PMID  10702616.
  67. ^ Подкомитет Национального исследовательского совета (США) по репродуктивной и развивающейся токсичности (2001), «Планы экспериментальных исследований на животных и in vitro», Оценка воздействия химических и других агентов на репродуктивную и развивающуюся токсичность , National Academies Press , получено 23 декабря 2024 г.
  68. ^ Ricard J, Cornish-Bowden A (июль 1987). «Кооперативные и аллостерические ферменты: 20 лет спустя». European Journal of Biochemistry . 166 (2): 255–272 . doi :10.1111/j.1432-1033.1987.tb13510.x. PMID  3301336.
  69. ^ Липински С., Хопкинс А. (декабрь 2004 г.). «Навигация в химическом пространстве для биологии и медицины». Nature . 432 (7019): 855– 861. Bibcode :2004Natur.432..855L. doi :10.1038/nature03193. PMID  15602551.
  70. ^ Danchin A, Médigue C, Gascuel O, Soldano H, Hénaut A (1991). «От банков данных к базам данных». Исследования в области микробиологии . 142 ( 7–8 ): 913–916 . doi :10.1016/0923-2508(91)90073-J. PMID  1784830.
  71. ^ ab Terpe K (январь 2003 г.). «Обзор слияний теговых белков: от молекулярных и биохимических основ до коммерческих систем». Прикладная микробиология и биотехнология . 60 (5): 523– 533. doi :10.1007/s00253-002-1158-6. PMID  12536251. S2CID  206934268.
  72. ^ Hey J, Posch A, Cohen A, Liu N, Harbers A (2008). «Фракционирование сложных белковых смесей с помощью жидкофазного изоэлектрического фокусирования». 2D PAGE: Подготовка образцов и фракционирование . Методы в молекулярной биологии. Том 424. С.  225–239 . doi :10.1007/978-1-60327-064-9_19. ISBN 978-1-58829-722-8. PMID  18369866.
  73. ^ Степаненко ОВ, Верхуша ВВ, Кузнецова ИМ, Уверский ВН, Туроверов КК (август 2008). "Флуоресцентные белки как биомаркеры и биосенсоры: проливая свет на молекулярные и клеточные процессы". Current Protein & Peptide Science . 9 (4): 338– 369. doi :10.2174/138920308785132668. PMC 2904242 . PMID  18691124. 
  74. ^ Yuste R (декабрь 2005 г.). «Флуоресцентная микроскопия сегодня». Nature Methods . 2 (12): 902– 904. doi :10.1038/nmeth1205-902. PMID  16299474. S2CID  205418407.
  75. ^ Margolin W (январь 2000). "Зеленый флуоресцентный белок как репортер макромолекулярной локализации в бактериальных клетках". Методы . 20 (1): 62–72 . doi :10.1006/meth.1999.0906. PMID  10610805.
  76. ^ Hrycaj S (17 октября 2023 г.). «Иммуногистохимия: истоки, советы и взгляд в будущее». Журнал The Scientist . Получено 22 декабря 2024 г.
  77. ^ ab Walker JH, Wilson K (2000). Принципы и методы практической биохимии . Кембридж, Великобритания: Cambridge University Press. стр.  287–89 . ISBN 978-0-521-65873-7.
  78. ^ Mayhew TM, Lucocq JM (август 2008 г.). «Разработки в области клеточной биологии для количественной иммуноэлектронной микроскопии на основе тонких срезов: обзор». Histochemistry and Cell Biology . 130 (2): 299– 313. doi :10.1007/s00418-008-0451-6. PMC 2491712 . PMID  18553098. 
  79. ^ Hohsaka T, Sisido M (декабрь 2002 г.). «Включение неприродных аминокислот в белки». Current Opinion in Chemical Biology . 6 (6): 809– 815. doi :10.1016/S1367-5931(02)00376-9. PMID  12470735.
  80. ^ Cedrone F, Ménez A, Quéméneur E (август 2000 г.). «Подгонка новых функций ферментов путем рациональной переделки». Current Opinion in Structural Biology . 10 (4): 405– 410. doi :10.1016/S0959-440X(00)00106-8. PMID  10981626.
  81. ^ Görg A, Weiss W, Dunn MJ (декабрь 2004 г.). «Современная технология двумерного электрофореза для протеомики». Proteomics . 4 (12): 3665– 3685. doi :10.1002/pmic.200401031. PMID  15543535. S2CID  28594824.
  82. ^ Conrotto P, Souchelnytskyi S (сентябрь 2008). «Протеомные подходы в биологических и медицинских науках: принципы и приложения». Experimental Oncology . 30 (3): 171– 180. PMID  18806738.
  83. ^ Koegl M, Uetz P (декабрь 2007 г.). «Улучшение систем скрининга двугибридных дрожжей». Briefings in Functional Genomics & Proteomics . 6 (4): 302– 312. doi :10.1093/bfgp/elm035. PMID  18218650.
  84. ^ Plewczyński D, Ginalski K (2009). «Интерактом: прогнозирование белок-белковых взаимодействий в клетках». Cellular & Molecular Biology Letters . 14 (1): 1– 22. doi :10.2478/s11658-008-0024-7. PMC 6275871. PMID  18839074 . 
  85. ^ Zhang C, Kim SH (февраль 2003 г.). «Обзор структурной геномики: от структуры к функции». Current Opinion in Chemical Biology . 7 (1): 28– 32. doi :10.1016/S1367-5931(02)00015-7. PMID  12547423.
  86. ^ Gonen T, Cheng Y, Sliz P, Hiroaki Y, Fujiyoshi Y, Harrison SC и др. (декабрь 2005 г.). «Взаимодействия липидов и белков в двухслойных двумерных кристаллах AQP0». Nature . 438 (7068): 633– 638. Bibcode :2005Natur.438..633G. doi :10.1038/nature04321. PMC 1350984 . PMID  16319884. 
  87. ^ Standley DM, Kinjo AR, Kinoshita K, Nakamura H (июль 2008 г.). «Базы данных структур белков с новыми веб-сервисами для структурной биологии и биомедицинских исследований». Briefings in Bioinformatics . 9 (4): 276–285 . doi : 10.1093/bib/bbn015 . PMID  18430752.
  88. ^ Walian P, Cross TA, Jap BK (2004). "Структурная геномика мембранных белков". Genome Biology . 5 (4): 215. doi : 10.1186/gb-2004-5-4-215 . PMC 395774. PMID  15059248 . 
  89. ^ Sleator RD (2012). «Предсказание функций белков». Функциональная геномика . Методы в молекулярной биологии. Т. 815. С.  15–24 . doi :10.1007/978-1-61779-424-7_2. ISBN 978-1-61779-423-0. PMID  22130980.
  90. ^ Zhang Y (июнь 2008 г.). «Прогресс и проблемы в предсказании структуры белка». Current Opinion in Structural Biology . 18 (3): 342– 348. doi :10.1016/j.sbi.2008.02.004. PMC 2680823. PMID  18436442 . 
  91. ^ Xiang Z (июнь 2006 г.). «Достижения в моделировании гомологической структуры белков». Current Protein & Peptide Science . 7 (3): 217– 227. doi :10.2174/138920306777452312. PMC 1839925. PMID  16787261 . 
  92. ^ Zhang Y, Skolnick J (январь 2005 г.). «Проблема предсказания структуры белка может быть решена с использованием текущей библиотеки PDB». Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки . 102 (4): 1029– 1034. Bibcode : 2005PNAS..102.1029Z . doi : 10.1073/pnas.0407152101 . PMC 545829. PMID  15653774. 
  93. ^ Kuhlman B, Dantas G, Ireton GC, Varani G, Stoddard BL, Baker D (ноябрь 2003 г.). «Дизайн новой глобулярной белковой складки с точностью на атомном уровне». Science . 302 (5649): 1364– 1368. Bibcode :2003Sci...302.1364K. doi :10.1126/science.1089427. PMID  14631033. S2CID  1939390.
  94. ^ Ward JJ, Sodhi JS, McGuffin LJ, Buxton BF, Jones DT (март 2004 г.). «Прогнозирование и функциональный анализ нативного беспорядка в белках из трех царств жизни». Журнал молекулярной биологии . 337 (3): 635–645 . CiteSeerX 10.1.1.120.5605 . doi :10.1016/j.jmb.2004.02.002. PMID  15019783. 
  95. ^ Ritchie DW (февраль 2008 г.). «Последние достижения и будущие направления в стыковке белок-белок». Current Protein & Peptide Science . 9 (1): 1– 15. CiteSeerX 10.1.1.211.4946 . doi :10.2174/138920308783565741. PMID  18336319. 
  96. ^ Zagrovic B, Snow CD, Shirts MR, Pande VS (ноябрь 2002 г.). «Моделирование сворачивания небольшого альфа-спирального белка в атомистических деталях с использованием всемирно распределенных вычислений». Журнал молекулярной биологии . 323 (5): 927–937 . CiteSeerX 10.1.1.142.8664 . doi :10.1016/S0022-2836(02)00997-X. PMID  12417204. 
  97. ^ Herges T, Wenzel W (январь 2005 г.). "In silico фолдинг трехспирального белка и характеристика его ландшафта свободной энергии в силовом поле всех атомов". Physical Review Letters . 94 (1): 018101. arXiv : physics/0310146 . Bibcode :2005PhRvL..94a8101H. doi :10.1103/PhysRevLett.94.018101. PMID  15698135. S2CID  1477100.
  98. ^ Hoffmann M, Wanko M, Strodel P, König PH, Frauenheim T, Schulten K и др. (август 2006 г.). «Настройка цвета в родопсинах: механизм спектрального сдвига между бактериородопсином и сенсорным родопсином II». Журнал Американского химического общества . 128 (33): 10808– 10818. Bibcode : 2006JAChS.12810808H. doi : 10.1021/ja062082i. PMID  16910676.
  99. ^ Mendive-Tapia D, Mangaud E, Firmino T, de la Lande A, Desouter-Lecomte M, Meyer HD и др. (январь 2018 г.). «Многомерное квантово-механическое моделирование переноса электронов и электронной когерентности в растительных криптохромах: роль начальных условий ванны». Журнал физической химии B . 122 (1): 126– 136. doi :10.1021/acs.jpcb.7b10412. PMID  29216421.
  100. ^ Штрюмпфер Дж., Шультен К. (август 2012 г.). «Открытые квантово-динамические вычисления с иерархическими уравнениями движения на параллельных компьютерах». Журнал химической теории и вычислений . 8 (8): 2808– 2816. doi :10.1021/ct3003833. PMC 3480185. PMID  23105920 . 
  101. ^ Scheraga HA, Khalili M, Liwo A (2007). «Динамика фолдинга белков: обзор методов молекулярного моделирования». Annual Review of Physical Chemistry . 58 : 57–83 . Bibcode : 2007ARPC...58...57S. doi : 10.1146/annurev.physchem.58.032806.104614. PMID  17034338.
  102. ^ Zheng S, Javidpour L, Sahimi M, Shing KS, Nakano A (2020). "sDMD: программа с открытым исходным кодом для моделирования прерывистой молекулярной динамики сворачивания и агрегации белков". Computer Physics Communications . 247 : 106873. Bibcode : 2020CoPhC.24706873Z. doi : 10.1016/j.cpc.2019.106873.
  103. ^ Муньос-Уэрта РФ, Гевара-Гонсалес РГ, Контрерас-Медина ЛМ, Торрес-Пачеко И, Прадо-Оливарес Дж, Окампо-Веласкес РВ (август 2013 г.). «Обзор методов определения состояния азота в растениях: преимущества, недостатки и последние достижения». Датчики . 13 (8): 10823– 10843. Bibcode : 2013Senso..1310823M. doi : 10.3390/s130810823 . PMC 3812630. PMID  23959242 . 
  104. ^ Мартин PD, Малли DF, Мэннинг G, Фуллер L (ноябрь 2002 г.). «Определение органического углерода и азота в почве на полевом уровне с использованием ближней инфракрасной спектроскопии». Канадский журнал почвоведения . 82 (4): 413– 422. doi :10.4141/S01-054.
  105. ^ Radzicka A, Wolfenden R (1 января 1996 г.). «Скорости некатализируемого гидролиза пептидных связей в нейтральном растворе и сродство протеаз к переходному состоянию». Журнал Американского химического общества . 118 (26): 6105– 6109. Bibcode : 1996JAChS.118.6105R. doi : 10.1021/ja954077c.
  106. ^ Келлер Дж. (2013). «Желудочно-кишечное пищеварение и всасывание». Энциклопедия биологической химии . Elsevier. С.  354–359 . doi :10.1016/b978-0-12-378630-2.00106-7. ISBN 978-0-12-378631-9.
  107. ^ Ода К (2012). «Новые семейства карбоксильных пептидаз: серин-карбоксильные пептидазы и глутаминовые пептидазы». Журнал биохимии . 151 (1): 13–25 . doi : 10.1093/jb/mvr129 . PMID  22016395.
  108. ^ Switzar L, Giera M, Niessen WM (1 марта 2013 г.). «Переваривание белков: обзор доступных методов и последних разработок». Журнал исследований протеома . 12 (3): 1067– 1077. doi :10.1021/pr301201x. PMID  23368288.
  109. ^ Драуз К., Грейсон И., Климанн А., Криммер Х.П., Лейхтенбергер В., Векбекер С. (2007). «Аминокислоты». Энциклопедия промышленной химии Ульмана . дои : 10.1002/14356007.a02_057.pub2. ISBN 978-3-527-30385-4.
  110. ^ Gosline J, Lillie M, Carrington E, Guerette P, Ortlepp C, Savage K (февраль 2002 г.). Bailey AJ, Macmillan J, Shrewry PR, Tatham AS (ред.). "Эластичные белки: биологические роли и механические свойства". Philosophical Transactions of the Royal Society of London. Серия B, Биологические науки . 357 (1418): 121– 132. doi : 10.1098 /rstb.2001.1022. PMC 1692928. PMID  11911769. 
  111. ^ Маруяма К, Натори Р, Нономура Й (июль 1976). «Новый эластичный белок из мышц». Nature . 262 (5563): 58– 60. Bibcode :1976Natur.262...58M. doi :10.1038/262058a0. PMID  934326.
  112. ^ Tskhovrebova L, Trinick J (февраль 2012 г.). «Создание эластичных мышц: структурная основа растяжения миомезина». PLOS Biology . 10 (2): e1001264. doi : 10.1371/journal.pbio.1001264 . PMC 3279349. PMID  22347814 . 
  113. ^ Mizraji E, Acerenza L, Lin J (ноябрь 1987 г.). «Вязкоупругие модели для ферментов с множественными конформационными состояниями». Журнал теоретической биологии . 129 (2): 163– 175. Bibcode : 1987JThBi.129..163M. doi : 10.1016/s0022-5193(87)80010-3. PMID  3455460.
  114. ^ Шиллер Т, Шайбель Т (2024-04-18). "Биоинспирированные и биомиметические волокна на основе белков и их применение". Материалы по коммуникациям . 5 (1): 56. Bibcode :2024CoMat...5...56S. doi : 10.1038/s43246-024-00488-2 .
  115. ^ Sun J, He H, Zhao K, Cheng W, Li Y, Zhang P и др. (сентябрь 2023 г.). «Белковые волокна с самовосстанавливающимися механическими свойствами с помощью динамической иминной химии». Nature Communications . 14 (1): 5348. Bibcode :2023NatCo..14.5348S. doi :10.1038/s41467-023-41084-1. PMC 10475138 . PMID  37660126. 
  116. ^ abcde Guthold M, Liu W, Sparks EA, Jawerth LM, Peng L, Falvo M и др. (2007-10-02). "Сравнение механических и структурных свойств фибриновых волокон с другими белковыми волокнами". Cell Biochemistry and Biophysics . 49 (3): 165– 181. doi :10.1007/s12013-007-9001-4. PMC 3010386. PMID  17952642 . 
  117. ^ Ван К, Мэн Х, Го З (2021). «Структура эластина, синтез, регуляторный механизм и связь с сердечно-сосудистыми заболеваниями». Frontiers in Cell and Developmental Biology . 9 : 596702. doi : 10.3389/fcell.2021.596702 . PMC 8670233. PMID  34917605 . 
  118. ^ Debelle L, Tamburro AM (февраль 1999). «Эластин: молекулярное описание и функция». Международный журнал биохимии и клеточной биологии . 31 (2): 261– 272. doi :10.1016/S1357-2725(98)00098-3. PMID  10216959.
  119. ^ ab Khoury LR, Popa I (ноябрь 2019 г.). «Химическое разворачивание доменов белка вызывает изменение формы в запрограммированных гидрогелях белка». Nature Communications . 10 (1): 5439. Bibcode :2019NatCo..10.5439K. doi :10.1038/s41467-019-13312-0. PMC 6884551 . PMID  31784506. 
  120. ^ Tan R, Shin J, Heo J, Cole BD, Hong J, Jang Y (октябрь 2020 г.). «Настройка структурной целостности и механических свойств глобулярных белковых везикул путем смешивания сшиваемых и не сшиваемых строительных блоков». Biomacromolecules . 21 (10): 4336– 4344. doi :10.1021/acs.biomac.0c01147. PMID  32955862.
  121. ^ Souza PC, Alessandri R, Barnoud J, Thallmair S, Faustino I, Grünewald F и др. (апрель 2021 г.). «Martini 3: силовое поле общего назначения для крупнозернистой молекулярной динамики» (PDF) . Nature Methods . 18 (4): 382– 388. doi :10.1038/s41592-021-01098-3. PMID  33782607.
  122. ^ "Домашняя страница Петра Шимчака" . www.fuw.edu.pl. ​Проверено 13 мая 2024 г.
  123. ^ Mapplebeck S, Booth J, Shalashilin D (август 2021 г.). «Моделирование динамики вытягивания белка во втором масштабе времени с помощью молекулярной динамики в боксах». Журнал химической физики . 155 (8): 085101. Bibcode : 2021JChPh.155h5101M. doi : 10.1063/5.0059321 . PMID  34470356.
  124. ^ Carrion-Vazquez M, Marszalek PE, Oberhauser AF, Fernandez JM (сентябрь 1999 г.). «Атомно-силовая микроскопия фиксирует фенотипы длины в отдельных белках». Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки . 96 (20): 11288– 11292. Bibcode : 1999PNAS...9611288C. doi : 10.1073 /pnas.96.20.11288 . PMC 18026. PMID  10500169. 
  125. ^ МакКиттрик Дж., Чен П.Ю., Бодде С.Г., Ян В., Новицкая Э.Э., Мейерс М.А. (3 апреля 2012 г.). «Структура, функции и механические свойства кератина». ДЖОМ . 64 (4): 449–468 . Бибкод : 2012JOM....64d.449M. дои : 10.1007/s11837-012-0302-8.
  126. ^ Ян Л., ван дер Верф КО, Фитье CF, Беннинк ML, Дейкстра П.Дж., Фейен Дж. (март 2008 г.). «Механические свойства нативных и сшитых фибрилл коллагена I типа». Биофизический журнал . 94 (6): 2204–2211 . Бибкод : 2008BpJ....94.2204Y. doi : 10.1529/biophysj.107.111013. ПМК 2257912 . ПМИД  18032556. 
  127. ^ Lessen HJ, Fleming PJ, Fleming KG, Sodt AJ (август 2018 г.). «Строительные блоки внешней мембраны: расчет общей модели упругой энергии для мембранных белков β-цилиндра». Journal of Chemical Theory and Computation . 14 (8): 4487– 4497. doi :10.1021/acs.jctc.8b00377. PMC 6191857. PMID  29979594 . 

Дальнейшее чтение

Учебники
  • Бранден С., Тузе Дж. (1999). Введение в структуру белка . Нью-Йорк: Garland Pub. ISBN 978-0-8153-2305-1.
  • Мюррей RF, Харпер HW, Граннер DK, Мейес PA, Родвелл VW (2006). Harper's Illustrated Biochemistry . Нью-Йорк: Lange Medical Books/McGraw-Hill. ISBN 978-0-07-146197-9.
  • Van Holde KE, Mathews CK (1996). Биохимия. Менло-Парк, Калифорния: Benjamin/Cummings Pub. Co., Inc. ISBN 978-0-8053-3931-4.
История
  • Tanford C, Reynolds JA (2001). Nature's Robots: A History of Proteins . Оксфорд, Нью-Йорк: Oxford University Press, США. ISBN 978-0-19-850466-5.

Базы данных и проекты

  • База данных белков NCBI Entrez
  • База данных структур белков NCBI
  • Справочная база данных белков человека
  • Человеческая протеинопедия
  • Folding@Home (Стэнфордский университет) Архивировано 08.09.2012 на Wayback Machine
  • Банк данных белков в Европе (см. также PDBeQuips, короткие статьи и руководства по интересным структурам PDB)
  • Научно-исследовательское объединение по структурной биоинформатике (см. также «Молекула месяца», архив 2020-07-24 на Wayback Machine , представляющая краткие отчеты о выбранных белках из PDB)
  • Proteopedia – Жизнь в 3D: вращаемая, масштабируемая 3D-модель с вики-аннотациями для каждой известной молекулярной структуры белка.
  • UniProt — универсальный источник белка

Учебники и образовательные сайты

  • «Введение в белки» от HOPES (Проект по распространению информации о болезни Гентингтона в образовании в Стэнфорде)
  • Белки: от биогенеза до деградации – Виртуальная библиотека биохимии и клеточной биологии
Взято с "https://en.wikipedia.org/w/index.php?title=Белок&oldid=1272779681"