WD40 повторить

Домен WD, повтор G-бета
Ленточная диаграмма C-концевого домена WD40 Tup1 (транскрипционный корепрессор в дрожжах), который принимает 7-лопастную бета-пропеллерную складку. Лента окрашена от синего ( N-конец ) до красного ( C-конец ). [1]
Идентификаторы
Символ	WD40
Пфам	ПФ00400
Клан ПФАМ	CL0186
ИнтерПро	IPR001680
ПРОСИТ	PDOC00574
СКОП2	1gp2 / SCOPe / SUPFAM
CDD	cd00200
Доступные структуры белков: Пфам   структуры / ECOD   ПДБ RCSB PDB; PDBe; PDBj PDBsum резюме структуры ПДБ 1b9x ​, 1b9y ​, 1erj ​, 1gg2 ​, 1got ​, 1gp2 ​, 1gxr ​, 1nex ​, 1nr0 ​, 1omw ​, 1p22 ​, 1pev ​, 1pgu ​, 1pi6 ​, 1s4u ​, 1sq9 ​, 1tbg ​, 1u4c ​, 1xhm ​, 1yfq ​, 2bcj ​, 2ce8 ​, 2ce9 ​, 2trc

Повтор WD40 (также известный как повтор WD или бета-трансдуцина ) представляет собой короткий структурный мотив , состоящий приблизительно из 40 аминокислот , часто заканчивающийся дипептидом триптофана - аспарагиновой кислоты (WD). ^[2] Тандемные копии этих повторов обычно складываются вместе, образуя тип кольцевого соленоидного домена белка, называемого доменом WD40 .

Белки, содержащие домен WD40, имеют от 4 до 16 повторяющихся единиц, все из которых, как полагают, образуют кольцевую структуру бета-пропеллера (см. рисунок справа). ^{[3] [4]} Домен WD40 состоит из нескольких повторов, вариабельной области из примерно 20 остатков в начале, за которой следует более распространенный повторяющийся набор остатков. Эти повторы обычно образуют четырехцепочечный антипараллельный бета-слой или лопасть. Эти лопасти объединяются, образуя пропеллер, причем наиболее распространенным является бета-пропеллер с 7 лопастями. Лопасти сцепляются таким образом, что последняя бета-нить одного повтора формируется с первыми тремя следующего повтора, образуя трехмерную структуру лопасти.

Белки с повторами WD40 представляют собой большое семейство, обнаруженное у всех эукариот , и участвуют в различных функциях, начиная от передачи сигнала и регуляции транскрипции до контроля клеточного цикла , аутофагии и апоптоза . ^[5] Основная общая функция всех белков с повторами WD40 заключается в координации многобелковых комплексных сборок, где повторяющиеся единицы служат жестким каркасом для взаимодействия белков. Специфичность белков определяется последовательностями вне самих повторов. Примерами таких комплексов являются белки G (бета-субъединица является бета-пропеллером), фактор транскрипции TAFII и убиквитинлигаза E3 . ^{[3] [4]}

Согласно первоначальному анализу генома человека повторы WD40 являются восьмым по величине семейством белков. Всего было идентифицировано 277 белков, содержащих их. ^[6] Гены человека, кодирующие белки, содержащие этот домен, включают:

• AAAS , AAMP , AHI1 , AMBRA1 , APAF1 , ARPC1A , ARPC1B , ATG16L1 ,
• BOP1 , BRWD1 , BRWD3 , BTRC , BUB3 ,
• C6orf11, CDC20 , CDC40 , CDRT1, CHAF1B , CIAO1 , CIRH1A , COPA , COPB2 , CORO1A , CORO1B , CORO1C , CORO2A , CORO2B, CORO6 , CORO7, CSTF1 ,
• DDB2 , DENND3, DMWD , DMXL1, DMXL2 , DNAI1 , DNAI2 , DNCI1, DTL , DYNC1I1 , DYNC1I2 , EDC4,
• EED , EIF3S2, ELP2 , EML1 , EML2, EML3, EML4 , EML4-ALK, EML5, ERCC8 ,
• FBXW10 , FBXW11 , FBXW2 , FBXW4 , FBXW5 , FBXW7 , FBXW8 , FBXW9, FZR1 ,
• ГБЛ, GEMIN5 , GNB1 , GNB1L , GNB2 , GNB2L1 , GNB3 , GNB4 , GNB5 , GRWD1 , GTF3C2 ,
• HERC1 , HIRA , HZGJ,
• IFT121, IFT122, IFT140 , IFT172, IFT80 , IQWD1,
• КАТНБ1 , КИАА1336, КИФ21А , КИФ21Б , КМ-ПА-2,
• КЕАП1 ,
• LLGL1 , LLGL2, LRBA , LRRK1 , LRRK2 , LRWD1, LYST ,
• MAPKBP1, MED16 , MORG1,
• NBEA, NBEAL1 , NEDD1 , NLE1 , NSMAF, NUP37 , NUP43 , NWD1 ,
• PAAF1 , PAFAH1B1 , PAK1IP1 , PEX7 , PHIP, PIK3R4 , PLAA , PLRG1 , PPP2R2A , PPP2R2B , PPP2R2C , PPP2R2D , PPWD1, PREB , PRPF19 , PRPF4 , PWP1 , PWP2 ,
• RAE1 , RPTOR , RBBP4 , RBBP5 , RBBP7 , RFWD2 , RFWD3, RRP9 ,
• SCAP , SEC13 , SEC31A , SEC31B, SEH1L, SHKBP1, SMU1 , SPAG16, SPG, STRAP , STRN , STRN3 , STRN4 , STXBP5 , STXBP5L,
• TAF5 , TAF5L , TBL1X , TBL1XR1 , TBL1Y, TBL2, TBL3, TEP1 , THOC3, THOC6, TLE1 , TLE2 , TLE3 , TLE4 , TLE6, TRAF7, TSSC1 , TULP4, TUWD12,
• УТП15 , УТП18 ,
• WAIT1, WDF3, WDFY1, WDFY2, WDFY3 , WDFY4, WDHD1 , WDR1 , WDR10, WDR11 , WDR12 , WDR13, WDR16, WDR17, WDR18 , WDR19, WDR20, WDR21A, WDR21C, WDR22, WDR23 , WDR24 , WDR25, WDR26 , WDR27, WDR3 , WDR31, WDR32, WDR33, WDR34, WDR35 , WDR36, WDR37 , WDR38 , WDR4 , WDR40A, WDR40B, WDR40C, WDR41, WDR42A, WDR42B, WDR43, WDR44 , WDR46 , WDR47 , WDR48, WDR49, WDR5 , WDR51A, WDR51B, WDR52, WDR53 , WDR54, WDR55, WDR57, WDR59 , WDR5B, WDR6, WDR60, WDR61, WDR62, WDR63, WDR64 , WDR65 , WDR66, WDR67, WDR69, WDR7, WDR70 , WDR72, WDR73, WDR74, WDR75, WDR76, WDR77 , WDR78, WDR79, WDR8 , WDR81 , WDR82, WDR85, WDR86, WDR88 , WDR89, WDR90 , WDR91, WDR92, WDSOF1, WDSUB1, WDTC1 , WSB1 , WSB2,
• ZFP106

• Бета-пропеллер
• Томосин , белок с двумя доменами WD40
• Тандемные повторы белков

• Класс мотива ресурса эукариотического линейного мотива LIG_APCC_Dbox_1
• Класс мотива ресурса эукариотического линейного мотива LIG_APCC_KENbox_2
• Класс мотива ресурса эукариотического линейного мотива LIG_COP1
• Класс мотива ресурса эукариотического линейного мотива LIG_CRL4_Cdt2_1
• Класс мотива ресурса эукариотического линейного мотива LIG_CRL4_Cdt2_2
• Класс мотива ресурса эукариотического линейного мотива LIG_EH1_1
• Класс мотива ресурса эукариотического линейного мотива LIG_GLEBS_BUB3_1
• Класс мотива ресурса эукариотического линейного мотива LIG_RAPTOR_TOS_1
• Класс мотива ресурса эукариотического линейного мотива LIG_SCF_FBW7_1
• Класс мотива ресурса эукариотического линейного мотива LIG_SCF_FBW7_2
• Класс мотива ресурса эукариотического линейного мотива LIG_SCF-TrCP1_1
• Класс мотива ресурса эукариотического линейного мотива LIG_WRPW_1
• Класс мотива ресурса эукариотического линейного мотива LIG_WRPW_2
• Класс мотива ресурса эукариотического линейного мотива TRG_ER_diArg_1
• Класс мотива ресурса эукариотического линейного мотива TRG_ER_diLys_1
• Класс мотива ресурса эукариотического линейного мотива TRG_Golgi_diPhe_1
• Класс мотива ресурса эукариотического линейного мотива TRG_PTS2