WDR5

WDR5
Доступные структуры
ПДБ	Поиск ортолога: PDBe RCSB
Список идентификационных кодов PDB
	2CNX, 2CO0, 2G99, 2G9A, 2GNQ, 2H13, 2H14, 2H68, 2H6K, 2H6N, 2H6Q, 2H9L, 2H9M, 2H9N, 2H9P, 2O9K, 3EG6, 3EMH, 3MXX, 3N0D, 3N0E, 3 П4Ф, 3ПСЛ, 3СМР, 3УР4, 3УВК, 3УВЛ, 3УВМ, 3УВН, 3УВО, 4A7J, 4CY1, 4CY2, 4ERQ, 4ERY, 4ERZ, 4ES0, 4ESG, 4EWR, 4GM3, 4GM8, 4GM9, 4GMB, 4IA9, 4O45, 4QL1, 4Y7R, 5EAL, 5EAP, 5EAR, 4QQE, 5EAM
Идентификаторы
Псевдонимы	WDR5 , BIG-3, CFAP89, SWD3, белок 5, содержащий повторы WD, домен повторов WD 5
Внешние идентификаторы	ОМИМ : 609012; МГИ : 2155884; гомологен : 59931; GeneCards : WDR5; OMA :WDR5 — ортологи
Расположение гена ( человек )
Хр.	Хромосома 9 (человек)
Конец	134,159,968 п.н.
Расположение гена ( Мышь )
Хр.	Хромосома 2 (мышь)
Конец	27,426,547 п.н.
Паттерн экспрессии РНК
	Верх выражен в
	кожа руки; ; левое яичко; ; правое яичко; ; сперма; ; икроножная мышца; ; полушарие мозжечка; ; правое полушарие мозжечка; ; передняя доля гипофиза; ; вторичный ооцит; ; гонада;
	Верх выражен в
	вторичный ооцит; ; первичный ооцит; ; зигота; ; примитивная полоса; ; собирательный проток мозгового вещества; ; эпибласт; ; гранулоцит; ; почечное тельце; ; сомит; ; желудочковая зона;
	Больше данных по справочным выражениям
	Больше данных по справочным выражениям
Генная онтология
Молекулярная функция	Активность гистонметилтрансферазы (специфическая для H3-K4); Активность ацетилтрансферазы гистонов (специфическая для H4-K8); Активность ацетилтрансферазы гистонов (специфическая для H4-K5); связывание метилированного гистона; связывание белков; Активность ацетилтрансферазы гистонов (специфическая для H4-K16); активность гистон-лизин N-метилтрансферазы; связывание гистонов;
Клеточный компонент	Комплекс Set1C/КОМПАС; внутриклеточная анатомическая структура; нуклеоплазма; Комплекс MLL1; Комплекс МЛЛ3/4; комплекс гистонацетилтрансферазы; ядро; комплекс гистонметилтрансферазы; цилиарное базальное тело;
Биологический процесс	развитие скелетной системы; регуляция транскрипции, ДНК-шаблонная; транскрипция, ДНК-шаблон; ацетилирование гистона H4-K5; Метилирование гистона H3-K4; ацетилирование гистона H3; ацетилирование гистона H4-K16; развитие нейронной проекции; ацетилирование гистона H4-K8; сборка ресничек; посттрансляционная модификация белка; регуляция дифференцировки мегакариоцитов; организация хроматина;
	Источники:Amigo/QuickGO
Ортологи
	11091
	140858
	ENSG00000196363
	ENSMUSG00000026917
	Р61964
	Р61965
	NM_017588 ; NM_052821
	NM_080848
	NP_060058 ; NP_438172
	NP_543124
	Викиданные
Просмотр/редактирование человека	Просмотр/редактирование мыши

Ген, кодирующий белок у вида Homo sapiens

Белок 5, содержащий повторы WD, представляет собой белок , который у людей кодируется геном WDR5 . ^[5]^[6]

Этот ген кодирует член семейства белков повторов WD. Повторы WD представляют собой минимально консервативные области из приблизительно 40 аминокислот, обычно заключенные в скобки gly-his и trp-asp (GH-WD), что может способствовать образованию гетеротримерных или мультипротеиновых комплексов. Члены этого семейства участвуют в различных клеточных процессах, включая прогрессию клеточного цикла, передачу сигнала, апоптоз и регуляцию генов. Этот белок содержит 7 повторов WD. Были идентифицированы альтернативно сплайсированные варианты транскриптов, кодирующие тот же белок. ^[6]

Взаимодействия

Было показано, что WDR5 взаимодействует с фактором клетки-хозяина C1 ^[7]^[8] и MLL . ^[7] Он также взаимодействует с длинной некодирующей РНК HOTTIP и с lncRNA NeST. ^[9]^[10] WDR5 является ключевым фактором, определяющим присоединение MYC к хроматину ^[11]

Ссылки

^ abc GRCh38: Ensembl выпуск 89: ENSG00000196363 – Ensembl , май 2017 г.
^ abc GRCm38: Ensembl выпуск 89: ENSMUSG00000026917 – Ensembl , май 2017 г.
^ "Human PubMed Reference:". Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США .
^ "Mouse PubMed Reference:". Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США .
^ Gori F, Divieti P, Demay MB (декабрь 2001 г.). «Клонирование и характеристика нового белка с повтором WD-40, который значительно ускоряет дифференциацию остеобластов». J Biol Chem . 276 (49): 46515–22. doi : 10.1074/jbc.M105757200 . PMID 11551928.
^ ab "Ген Entrez: WDR5 WD повторяющийся домен 5".
^ ab Yokoyama, Akihiko; Wang Zhong; Wysocka Joanna; Sanyal Mrinmoy; Aufiero Deborah J; Kitabayashi Issay; Herr Winship; Cleary Michael L (июль 2004 г.). "Leukemia proto-oncoprotein MLL forms a SET1-like histone methyltransferase complex with menin to regulation Hox gene expression". Mol. Cell. Biol . 24 (13): 5639–49. doi :10.1128/MCB.24.13.5639-5649.2004. ISSN 0270-7306. PMC 480881. PMID 15199122 .
^ Высоцка, Джоанна; Майерс Майкл П; Лаэрти Кэрол Д; Эйзенман Роберт Н; Герр Уиншип (апрель 2003 г.). "Человеческая деацетилаза Sin3 и метилтрансфераза гистона H3-K4, связанная с тритораксом Set1/Ash2, селективно связаны с фактором пролиферации клеток HCF-1". Genes Dev . 17 (7): 896–911. doi :10.1101/gad.252103. ISSN 0890-9369. PMC 196026. PMID 12670868 .
^ Уэллс, Александрия К.; Побезинская, Елена Л.; Побезинский, Леонид А. (апрель 2020 г.). «Некодирующие РНК в биологии Т-клеток CD8». Молекулярная иммунология . 120 : 67–73. doi :10.1016/j.molimm.2020.01.023. ISSN 1872-9142. PMC 7093237 . PMID 32085976.
^ Wang KC, Yang YW, Liu B, Sanyal A, Corces-Zimmerman R, Chen Y и др. (2011). «Длинная некодирующая РНК поддерживает активный хроматин для координации гомеозисной экспрессии генов». Nature . 472 (7341): 120–4. Bibcode :2011Natur.472..120W. doi :10.1038/nature09819. PMC 3670758 . PMID 21423168.
^ Томас, Л. Р.; Танси, В. П. (2015). «Взаимодействие с WDR5 способствует распознаванию целевых генов и возникновению опухолей MYC». Molecular Cell . 58 (3): 1–13. doi :10.1016/j.molcel.2015.02.028. PMC 4427524 . PMID 25818646.

Дальнейшее чтение

Strausberg RL, Feingold EA, Grouse LH и др. (2003). «Создание и начальный анализ более 15 000 полноразмерных последовательностей ДНК человека и мыши». Proc. Natl. Acad. Sci. USA . 99 (26): 16899–903. Bibcode : 2002PNAS...9916899M. doi : 10.1073/pnas.242603899 . PMC 139241. PMID 12477932 .
Wysocka J, Myers MP, Laherty CD и др. (2003). "Человеческая деацетилаза Sin3 и метилтрансфераза гистона H3-K4, связанная с тритораксом Set1/Ash2, селективно связаны с фактором пролиферации клеток HCF-1". Genes Dev . 17 (7): 896–911. doi :10.1101/gad.252103. PMC 196026. PMID 12670868 .
Gori F, Demay MB (2004). "BIG-3, новый белок с повтором WD-40, экспрессируется в развивающейся пластинке роста и ускоряет дифференциацию хондроцитов in vitro". Эндокринология . 145 (3): 1050–4. doi : 10.1210/en.2003-1314 . PMID 14657013.
Ota T, Suzuki Y, Nishikawa T и др. (2004). «Полное секвенирование и характеристика 21 243 полноразмерных человеческих кДНК». Nat. Genet . 36 (1): 40–5. doi : 10.1038/ng1285 . PMID 14702039.
Yokoyama A, Wang Z, Wysocka J, et al. (2004). "Протоонкопротеин лейкемии MLL образует комплекс метилтрансферазы гистонов типа SET1 с менином для регуляции экспрессии гена Hox". Mol. Cell. Biol . 24 (13): 5639–49. doi : 10.1128/MCB.24.13.5639-5649.2004. PMC 480881. PMID 15199122.
Gerhard DS, Wagner L, Feingold EA и др. (2004). «Состояние, качество и расширение проекта NIH по полноразмерной ДНК: коллекция генов млекопитающих (MGC)». Genome Res . 14 (10B): 2121–7. doi :10.1101/gr.2596504. PMC 528928. PMID 15489334 .
Andersen JS, Lam YW, Leung AK и др. (2005). «Динамика ядрышкового протеома». Nature . 433 (7021): 77–83. Bibcode :2005Natur.433...77A. doi :10.1038/nature03207. PMID 15635413. S2CID 4344740.
Wysocka J, Swigut T, Milne TA и др. (2005). «WDR5 ассоциируется с гистоном H3, метилированным в K4, и необходим для метилирования H3 K4 и развития позвоночных». Cell . 121 (6): 859–72. doi : 10.1016/j.cell.2005.03.036 . PMID 15960974. S2CID 17521631.
Dou Y, Milne TA, Tackett AJ и др. (2005). "Физическая ассоциация и функция координат метилтрансферазы H3 K4 MLL1 и ацетилтрансферазы H4 K16 MOF". Cell . 121 (6): 873–85. doi : 10.1016/j.cell.2005.04.031 . PMID 15960975. S2CID 14717470.
Rual JF, Venkatesan K, Hao T и др. (2005). «К карте протеомного масштаба сети взаимодействия белок-белок человека». Nature . 437 (7062): 1173–8. Bibcode :2005Natur.437.1173R. doi :10.1038/nature04209. PMID 16189514. S2CID 4427026.
Gori F, Friedman L, Demay MB (2006). «Wdr5, новый белок с повтором WD, регулирует дифференцировку остеобластов и хондроцитов in vivo». Журнал Musculoskeletal & Neuronal Interactions . 5 (4): 338–9. PMID 16340128.
Lim J, Hao T, Shaw C и др. (2006). «Сеть взаимодействия белок-белок при наследственных атаксиях и расстройствах дегенерации клеток Пуркинье у человека». Cell . 125 (4): 801–14. doi : 10.1016/j.cell.2006.03.032 . PMID 16713569. S2CID 13709685.
Ruthenburg AJ, Wang W, Graybosch DM и др. (2006). «Распознавание и презентация гистона H3 модулем WDR5 комплекса MLL1». Nat. Struct. Mol. Biol . 13 (8): 704–12. doi :10.1038/nsmb1119. PMC 4698793. PMID 16829959 .
Кутюр JF, Коллазо E, Тривел RC (2006). «Молекулярное распознавание гистона H3 белком WD40 WDR5». Nat. Struct. Mol. Biol . 13 (8): 698–703. doi :10.1038/nsmb1116. PMID 16829960. S2CID 26165068.
Dou Y, Milne TA, Ruthenburg AJ и др. (2006). «Регулирование активности метилтрансферазы MLL1 H3K4 ее основными компонентами». Nat. Struct. Mol. Biol . 13 (8): 713–9. doi :10.1038/nsmb1128. PMID 16878130. S2CID 12849159.
Schuetz A, Allali-Hassani A, Martín F и др. (2006). «Структурная основа молекулярного распознавания и презентации гистона H3 с помощью WDR5». EMBO J. 25 ( 18): 4245–52. doi :10.1038/sj.emboj.7601316. PMC 1570438. PMID 16946699 .
Ewing RM, Chu P, Elisma F и др. (2007). "Крупномасштабное картирование взаимодействий белок-белок человека с помощью масс-спектрометрии". Mol. Syst. Biol . 3 (1): 89. doi :10.1038/msb4100134. PMC 1847948 . PMID 17353931.
Bryan AF, Wang J, Howard GC и др. (2020). «WDR5 — это консервативный регулятор экспрессии генов синтеза белка». Nucleic Acids Research . 48 (6): 2924–2941. doi : 10.1093/nar/gkaa051 . PMC 7102967. PMID 31996893 .

Эта статья о гене на человеческой хромосоме 9 — заглушка . Вы можете помочь Википедии, расширив ее.

[refGRCh38Ensembl-1] GRCh38: Ensembl выпуск 89: ENSG00000196363 – Ensembl , май 2017 г.

[refGRCm38Ensembl-2] GRCm38: Ensembl выпуск 89: ENSMUSG00000026917 – Ensembl , май 2017 г.

[3] "Human PubMed Reference:". Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США .

[4] "Mouse PubMed Reference:". Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США .

[pmid11551928-5] Gori F, Divieti P, Demay MB (декабрь 2001 г.). «Клонирование и характеристика нового белка с повтором WD-40, который значительно ускоряет дифференциацию остеобластов». J Biol Chem . 276 (49): 46515–22. doi : 10.1074/jbc.M105757200 . PMID 11551928.

[entrez-6] "Ген Entrez: WDR5 WD повторяющийся домен 5".

[pmid15199122-7] Yokoyama, Akihiko; Wang Zhong; Wysocka Joanna; Sanyal Mrinmoy; Aufiero Deborah J; Kitabayashi Issay; Herr Winship; Cleary Michael L (июль 2004 г.). "Leukemia proto-oncoprotein MLL forms a SET1-like histone methyltransferase complex with menin to regulation Hox gene expression". Mol. Cell. Biol . 24 (13): 5639–49. doi :10.1128/MCB.24.13.5639-5649.2004. ISSN 0270-7306. PMC 480881. PMID 15199122 .

[pmid12670868-8] Высоцка, Джоанна; Майерс Майкл П; Лаэрти Кэрол Д; Эйзенман Роберт Н; Герр Уиншип (апрель 2003 г.). "Человеческая деацетилаза Sin3 и метилтрансфераза гистона H3-K4, связанная с тритораксом Set1/Ash2, селективно связаны с фактором пролиферации клеток HCF-1". Genes Dev . 17 (7): 896–911. doi :10.1101/gad.252103. ISSN 0890-9369. PMC 196026. PMID 12670868 .

[9] Уэллс, Александрия К.; Побезинская, Елена Л.; Побезинский, Леонид А. (апрель 2020 г.). «Некодирующие РНК в биологии Т-клеток CD8». Молекулярная иммунология . 120 : 67–73. doi :10.1016/j.molimm.2020.01.023. ISSN 1872-9142. PMC 7093237 . PMID 32085976.

[pmid21423168-10] Wang KC, Yang YW, Liu B, Sanyal A, Corces-Zimmerman R, Chen Y и др. (2011). «Длинная некодирующая РНК поддерживает активный хроматин для координации гомеозисной экспрессии генов». Nature . 472 (7341): 120–4. Bibcode :2011Natur.472..120W. doi :10.1038/nature09819. PMC 3670758 . PMID 21423168.

[11] Томас, Л. Р.; Танси, В. П. (2015). «Взаимодействие с WDR5 способствует распознаванию целевых генов и возникновению опухолей MYC». Molecular Cell . 58 (3): 1–13. doi :10.1016/j.molcel.2015.02.028. PMC 4427524 . PMID 25818646.