| Туннель | Открытие | Начальное местоположение | Конечное местоположение | Примечание |
|---|
| Тоннель Сэйкан - линия Кайкё | 13 марта 1988 г. | Хонсю | Хоккайдо | второй по длине железнодорожный тоннель в мире (~53,85 км) |
| Туннель Цугару - линия Цугару-Кайкё | | Сотогахама -чо в Аомори | Имабецу -тё в Аомори | ~5,88 км |
| | | | |
| Туннель Ичиносеки - Тохоку Синкансэн | 1982 | Станция Итиносеки | | 9.730 км |
| Туннель Иватэ-Итинохе - Тохоку Синкансэн | 2002 | Мориока, Иватэ | Хатинохе, Аомори | |
| Туннель Фукусима – Тохоку Синкансэн | | | | |
| Туннель Насу – Тохоку Синкансэн | 1982 | | | 7.030 км |
| Туннель Саннохе - Тохоку Синкансэн | 2002 | Станция Нинохе | Станция Хатинохе | 8.250 км |
| Туннель Дзао - Тохоку Синкансэн | | | | |
| | | | |
| Туннель Дайсимидзу — Дзёэцу Синкансэн | 1982 | Префектура Гунма | Префектура Ниигата | |
| Тоннель Симидзу - линия Дзёэцу | | Префектура Гунма | Префектура Ниигата | |
| Тоннель Син-Симидзу - линия Дзёэцу | | | | |
| Туннель Цукиёно - линия Дзёэцу | | | | 7.295 км |
| Туннель Харуна - Дзёэцу Синкансэн | | | | |
| Туннель Накаяма - Дзёэцу Синкансэн | | | | |
| Туннель Сиодзава - Дзёэцу Синкансэн | | | | |
| Туннель Уонума - Дзёэцу Синкансэн | | | | |
| | | | |
| Туннель Бентеньяма – Токайдо Синкансэн | 1963 | | | 1.316 км |
| Туннель Хорикоси – Токайдо Синкансэн | 1963 | | | 1.415 км |
| Туннель Идзумигоси - Токайдо Синкансэн | 1963 | | | 3.193 км |
| Туннель Канбара – Токайдо Синкансэн | 1968 | | | 4.934 км |
| Туннель Макинохара – Токайдо Синкансэн | 1968 | | | 2.917 км |
| Туннель Нангосан – Токайдо Синкансэн | 1961 | | | 5.170 км |
| Туннель Танна – Токайдо Синкансэн | 1934 | Токио | Кобе |
| Тоннель Син-Танна (параллельный старому тоннелю Танна ) — Токайдо Синкансэн | | | | |
| Туннель Нихонзака (железнодорожный) - Токайдо Синкансэн | | | | |
| Туннель Отоваяма - Токайдо Синкансэн | | | | 5.045 км |
| Туннель Юи - Токайдо Синкансэн | 1968 | | | 3.993 км |
| Тоннель Ханэда — грузовая линия Токайдо | 1973 | | | 6.472 км |
| | | | |
| Туннель Айой - Саньо Синкансэн | | | | 3.988 км |
| Туннель Аки - Саньо Синкансэн | | | | |
| Тоннель Фукуока - Sanyō Shinkansen | 1975 | | | 8.488 км |
| Туннель Хосака - Саньо Синкансэн | 1975 | | | 7.588 км |
| Туннель Китакюсю - Саньё Синкансэн | 1975 | | | 11.747 км |
| Туннель Кобе - Sanyō Shinkansen | 1972 | Станция Син-Кобе | Станция Ниси-Акаси | 7.970км |
| Тоннель Канмон — главная линия Санё | 1942 | Симоносеки, Ямагути | Китакюсю, Фукуока | |
| Тоннель Син-Канмон - Sanyō Shinkansen | | | | |
| Туннель Рокко - Саньо Синкансэн | | | | |
| | | | |
| Туннель Син-Ноборикава - линия Сэкисё | | | | |
| Туннель Син-Карикачи - главная линия Немуро | | | | |
| Тоннель Сензан - линия Сензан | | | | |
| Туннель Сенган для дороги № 46 и туннель JR Сенган для Акита-Синкансэн ( линия Тазавако ) | | | | |
| Туннель Рокуджуриго - линия Тадами | | | | |
| | | | |
| Туннель Сасаго - скоростная автомагистраль Тюо | 1977 | Оцуки, Яманаси | Косю, Яманаси | |
| Туннель Энрей - главная линия Тюо | 1983 | Окая, Нагано | Сиодзири, Нагано | ~5,994 км |
| Тоннель Охара - линия Иида | | | | |
| | | | |
| Туннель Акима – Хокурику Синкансэн | 1997 | Такасаки | Каруизава | 8.295 км |
| Туннель Горигамине – Хокурику Синкансэн | 1997 | Уэда | Чикума | 15.175 км |
| Туннель Хокурику - линия Хокурику | | | | |
| Тоннель Кубики - линия Хокурику | | | | |
| | | | |
| Туннель Нагасаки - главная линия Нагасаки | | | | |
| Тоннель Масаки - железная дорога Санрику | | | | |
| | | | |
| Туннель Акакура — линия Хокухоку | | | | |
| Туннель Набетатеяма - линия Хокухоку | | | | |
| Туннель Якуситогэ - линия Хокухоку | | | | |
| Туннель Киригатакэ — линия Хокухоку | | | | |
| | | | |
| Туннель Карисака | 1998 | Титибу, Сайтама | Яманаси, Яманаси | |
| Тоннель Син-Кобе (скоростная автомагистраль) | 2012 | город Кобе | Minoya Junction | Длина 8,5 км |
| Тоннель Юмесаки | 2009 | остров Сакисима | Остров Юмешима , Осака | Длина 2,138 км |
| Туннель Кан-Эцу - скоростная автомагистраль Кан-Эцу | 1991 | Минаками , Гунма | Юдзава , Ниигата | самый длинный автодорожный туннель в Японии (~11 км) |
| Туннель Хида - скоростная автомагистраль Токай-Хокурику | 2008 | Город Хида, Гифу | Деревня Сиракава, Гифу | второй по длине автодорожный туннель в Японии (~10,7 км) |
| Мост-тоннель Tokyo Bay Aqua-Line | 18 декабря 1997 г. | Кавасаки, Канагава | Кисарадзу, Тиба | третий по длине автодорожный туннель в Японии |
| Туннель Энасан - скоростная автомагистраль Тюо | 1985 | Нагано | Город Накацугава , Гифу | четвертый по длине автодорожный туннель в Японии (~8,6 км) |
| Тоннель Икута - линия Мусасино | 1976 | Станция Икута | | 10.359 км |
