Список тем омики по биологии
Вдохновленные терминами геном и геномика , другие слова для описания полных биологических наборов данных, в основном наборов биомолекул, происходящих из одного организма , были придуманы с суффиксом -ом и -омика . Некоторые из этих терминов связаны друг с другом иерархически . Например, геном содержит ORFeome , который дает начало транскриптому , который транслируется в протеом . Другие термины перекрываются и относятся к структуре и/или функции подмножества белков (например, гликом , кином ).
Омицист — ученый, изучающий омеомику и каталогизирующий все подотрасли «омики». [1]
Omics.org — это вики, которая собирает и перечисляет в алфавитном порядке все известные «омы» и «омики». [2]
Список тем
| -оме | Область исследования (-омика) | Коллекция | Родительская тема | Примечания |
|---|---|---|---|---|
| Ацетилом | Ацетиломики [3] | полный набор белков и соответствующих им остатков лизина, которые подвергаются ацетилированию | Молекулярная биология | |
| Аллергеном | Аллергеномика [4] | Протеомика аллергенов | Генетика | |
| Антителом | Антибодиомика | Полный набор антител, присутствующих в организме | Иммунология | |
| Археома | Археомика | Коллективный генетический материал микроорганизмов в археологических образцах | Микробиология | |
| Бактериом | Бактериомика | Сообщество бактерий, связанных с определенной экологической нишей или организмом-хозяином | Микробиология | |
| Библиома | Библиомика | Научно-библиографические данные | ||
| Биоинтерактом | Биоинтерактивность | Полный набор молекулярных взаимодействий в биологической системе | Молекулярная биология | |
| Биом | Вся совокупность экологического сообщества организмов и сред | Экология | ||
| Целлома | Целломика | Клеточная биология | ||
| Коннектом | Коннектомика | Структурные и функциональные связи мозга в различных пространственно-временных масштабах | Нейробиология | |
| Цитом | Цитомика | Клеточные системы организма | Цитология | |
| Редактировать | Сайты редактирования РНК | |||
| Эмбриом | Эмбриомика | Клеточные линии эмбриональных клеток, экспрессируемые гены и антигены, присутствующие в процессе развития | Эмбриология | |
| Окружающая среда | Энвиромика | Факторы окружающей среды, связанные с генами (envirome) | ||
| ДНК окружающей среды | Экологическая омика | Секвенирование окружающей ДНК | ||
| Эпигеном | Эпигеномика | Эпигенетические модификации | Молекулярная генетика | Эпигеномика — это изучение полного набора эпигенетических изменений в генетическом материале клетки, в совокупности известных как эпигеном. |
| Экспозом (2005) | Экспозомика | Воздействие окружающей среды на человека , в том числе в пренатальном периоде | Молекулярная генетика | Предложенный термин и область изучения болезнетворных эффектов факторов окружающей среды (компонент « воспитание » в « природа против воспитания »). [5] |
| Экспозом (2009) | Комплексное профессиональное воздействие и проблемы с профессиональным здоровьем | Охрана труда и техника безопасности | Авторы этого термина знали о предыдущем термине, который использовался выше, но предложили применить его к новой области. [6] [7] | |
| Экзом | Экзомикс | Экзоны в геноме | Молекулярная генетика | |
| Foodome | Фудомика | Вопросы продовольствия и питания, связанные с биоактивностью, качеством, безопасностью и прослеживаемостью пищевых продуктов, посредством применения и интеграции передовых омикс-технологий для улучшения благополучия, здоровья и уверенности потребителей. | Питание | Термин был впервые определен в 2009 году [8]. |
| Геном | Геномика ( Классическая генетика ) | Гены ( последовательности ДНК / хромосомы ) | Генетика | «Геном» относится к набору всех генов в организме. Однако «геном» был придуман за десятилетия до того, как было обнаружено, что большая часть ДНК является « некодирующей » и не является частью гена; таким образом, «геном» изначально относился ко всей коллекции ДНК в организме. Сегодня используются оба определения, в зависимости от контекста. [9] |
| Гликома | Гликомикс | Гликаны | Гликобиология | |
| Хологеном | Гологеномика | Геномы членов сообщества (т.е. холобионтов ) | Метагеномика | |
| Хьюме | Гумеомика | Химические компоненты почвенного гумуса | Наука о почве | |
| Интерфером | Интерферомика | Интерфероны | Иммунология | Также база данных с таким же названием. [10] |
| Интерактом | Интерактомика | Все взаимодействия | Термин «interactomics» обычно не используется. Вместо этого интерактомы считаются изучением системной биологии . [11] [12] | |
| Ионом | Иономика | Неорганические биомолекулы | Молекулярная биология | |
| Киноме | Киномика | Киназы | Молекулярная биология | Белки, которые добавляют фосфатную группу |
| Липидом | Липидомика [13] | Липиды | Биохимия | |
| Механоме | Механомика | Механические системы внутри организма | ||
| Метаболом | Метаболомика | Метаболиты | Все продукты биологической реакции (включая промежуточные продукты) | |
| Метагеном | Метагеномика | Генетический материал, обнаруженный в образце окружающей среды | Молекулярная биология | Предполагается, что генетический материал содержит ДНК из нескольких организмов и, следовательно, из нескольких геномов, отсюда и включение префикса мета- . |
| Металлом | Металломика | Металлы и металлоиды | ||
| Микробиом | микробиомика | Скопление микроорганизмов в другом организме, например, в животном. | Микробиология | |
| Обесидом | Обесидомика | Белки, связанные с ожирением | Протеомика | Введено Пардо и др., 2012. [14] |
| ORFeome | ORFeomics | Открытые рамки считывания (ОРС) | Молекулярная генетика | |
| Органом | Органомика | Взаимодействие органов | Клеточная сигнализация / Клеточная сигнализация и тканевая инженерия | Изучение перекрестных помех между органами с использованием физиологически значимых моделей in vitro |
| Парвоме | Парвомики | Вторичные метаболиты | Биохимия | Придуман Марком Мартином и представлен Джулианом Дэвисом в 2008 году, ссылаясь на латинское parvus, означающее «маленький», и описывая «огромный микробный мир малых (секретируемых) молекул большого структурного разнообразия». [15] См. также [16] |
| Фармакогенетика | Фармакогенетика | Однонуклеотидные полиморфизмы (SNP) и их влияние на фармакокинетику и фармакодинамику | Фармакогеномика Геномика | |
| Фармакогеном | Фармакогеномика | Влияние изменений генома на фармакологию | Фармакогенетика Геномика | |
| Феном | Феномика | Фенотипы | Генетика | |
| Физиома | Физиомика | Физиология организма | ||
| Фитохем | Фитохемомика | Фитохимические вещества | Термин был введен дель Кастильо и др., 2013, Food Research International, [1]. Фитохемомика — это комплексная концепция, направленная на расширение знаний о биологической активности фитохимических веществ, которая приобретает все большее значение в сельскохозяйственных, пищевых, медицинских и косметических науках. | |
| Протеом | Протеомика | Белки | Молекулярная биология | |
| Регулом | Регуломика | Факторы транскрипции и другие молекулы, участвующие в регуляции экспрессии генов | Молекулярная биология | |
| Исследовательский | Области исследований, охватываемые отдельным исследователем или учреждением | Исследовать | Введен Иваном Эриллом на встрече EBM в 2011 году [17] | |
| Секретом | Секретомика | Секретируемые белки | Протеомика | Подмножество протеома , состоящее из белков, активно экспортируемых из клеток. [18] |
| Спичом | Спихеомика | Влияние на усвоение языка | Придумано в рамках проекта Human Speechome [19] | |
| Синтетом | Набор искусственных генов в организме | [20] [ циклическая ссылка ] | ||
| Транскриптом | Транскриптомика | Все молекулы РНК, включая мРНК , рРНК , тРНК и другие некодируемые РНК | Молекулярная биология | |
| Триалом | Лекарство | Данные об интервенционных испытаниях на людях из регистров клинических испытаний, расширенные результатами испытаний и ссылками на полученные публикации | ||
| Топоном | Топономика | Структура клеток и тканей | Молекулярная биология | |
| Виром | Виромика | полный набор вирусов | Вирусология | |
| Летучесть | Летучие вещества | полная коллекция летучих метаболитов | Биомаркеры |
Иерархия тем
Для ясности некоторые темы перечислены более одного раза.
- Библиома
- Коннектом
- Цитом
- Редактировать
- Эмбриом
- Эпигеном
- Метилом [21]
- Экспозом
- Окружающая среда [22]
- Токсом [23]
- Foodome
- Микробиом
- Социом
- Окружающая среда [22]
- Геном
- Хологеном
- Интерактом
- Интерфером
- Ионом
- Флюксом
- Мембраном
- Метагеном
- Металлом
- Микробиом
- Молекулома
- Обесидом
- Органом
- Феном
- Физиома
- Регулом
- Исследовательский
- Топоном
- Триалом
- Антителом [26]
Ссылки
- ^ Ядав СП. (2007). « Целостность суффиксов -омик, -омов и слова Ом». J Biomol Tech . 18 (5): 277. PMC 2392988. PMID 18166670.
- ^ «Ошибка 403 (Неверный пользователь)».
- ^ Вэнь, Сыци; Ли, Цзяцзя; Ян, Цзинжу; Ли, Бяо; Ли, На; Чжань, Сяньцюань (2021). «Количественная ацетиломика выявила изменения в молекулярной сети путей, опосредованных ацетилированием, в нефункциональных нейроэндокринных опухолях гипофиза у человека». Frontiers in Endocrinology . 12. doi : 10.3389/fendo.2021.753606 . ISSN 1664-2392. PMC 8546192. PMID 34712204 .
- ^ Ягами Т., Хайсима Ю., Цучия Т., Томитака-Ягами А., Кано Х., Мацунага К.; Хайсима; Цучия; Томитака-Ягами; Кано; Мацунага (2004). «Протеомный анализ предполагаемых латексных аллергенов». Инт Ар Аллерги Иммунол . 135 (1): 3– 11. doi : 10.1159/000080036. PMID 15286439. S2CID 35112557.
{{cite journal}}: CS1 maint: несколько имен: список авторов ( ссылка ) - ^ Wild CP (2005). «Дополнение генома «экспозомой»: выдающаяся проблема измерения воздействия окружающей среды в молекулярной эпидемиологии». Cancer Epidemiol. Biomarkers Prev . 14 (8): 1847–50 . doi : 10.1158/1055-9965.EPI-05-0456 . PMID 16103423.
- ^ Фейзандье, Лори; Де Годемарис, Режис; Бику, Доминик Дж. (2009). «Сеть проблем гигиены труда: Экспосома». arXiv : 0907.3410 [stat.ME].
- ^ Фейзандье, Лори; Боннетер, Винсент; Де Годемарис, Режис; Бику, Доминик Дж. (2009). «Сетевой подход к надзору за профессиональными воздействиями на здоровье». arXiv : 0907.3355 [stat.ME].
- ^ Cifuentes, A. (2009). "Анализ пищевых продуктов и фудомика". Журнал хроматографии A. 1216 ( 43): 7109. doi : 10.1016/j.chroma.2009.09.018. hdl : 10261/154212 . PMID 19765718.
- ^ "genome, n". Оксфордский словарь английского языка . Март 2008.[ мертвая ссылка ]
- ^ "Главная". interferome.org .
- ^ "Protein Snapshots". www.the-scientist.com . Архивировано из оригинала 2 декабря 2008 г.
- ↑ Главная страница – Interactomics Архивировано 6 июля 2008 г. на Wayback Machine
- ^ Subramaniam S, Fahy E, Gupta S, Sud M, Byrnes RW, Cotter D, Dinasarapu AR, Maurya MR (2011). «Биоинформатика и системная биология липидома». Chemical Reviews . 111 (10): 6452– 6490. doi : 10.1021/cr200295k. PMC 3383319. PMID 21939287.
- ^ Пардо, Мария; Рока-Ривада, Артуро; Сеоане, Луиза Мария; Казануэва, Фелипе Ф. (2012). «Обесидомика: вклад анализа секретома жировой ткани в исследования ожирения». Эндокринная . 41 (3): 374–383 . doi :10.1007/s12020-012-9617-z. PMID 22434412. S2CID 20503653.
- ^ Шехтер М (2014-05-15). "О терминах в биологии: парвоме". Маленькие вещи, рассматриваемые . Получено 2020-04-21 .
- ^ Дэвис Дж., Райан КС (2012). «Введение в парвому: биоактивные соединения в микробном мире». ACS Chemical Biology . 7 (2): 252– 259. doi :10.1021/cb200337h. PMID 22074935.
- ^ (2011) "15th EBM PROGRAM" Архивировано 26 января 2016 г. на конференции Wayback Machine Evolutionary Biology Meeting в Марселе . Получено 14 декабря 2011 г.
- ^ Дов Гринбаум; Николас М. Ласкомб; Рональд Янсен; и др. (2001). «Взаимодействие различных типов геномных данных, от протеома до секретома: «Взаимодействие с функцией». Genome Research . 11 (9): 1463–1468 . doi : 10.1101/gr.207401 . PMID 11544189.
- ↑ Статья BBC о проекте Speechome
- ^ Синтетом
- ^ Карлсон, Скотт М.; Гозани, Ор (2014-10-09). «Развивающиеся технологии картирования метилома белка». Журнал молекулярной биологии . 426 (20): 3350– 3362. doi :10.1016/j.jmb.2014.04.024. ISSN 1089-8638. PMC 4177301. PMID 24805349 .
- ^ Huser, V.; Cimino, JJ (2012). «Точность и отрицательная прогностическая ценность связей между ClinicalTrials.gov и PubMed». Труды ежегодного симпозиума AMIA . 2012 : 400–408 . PMC 3540528. PMID 23304310 .
- ^ Бухифд, Мунир; Андерсен, Мелвин Э.; Багдикян, Кристина; Букельхайде, Ким; Крофтон, Кевин М.; Форнас, Альберт Дж.; Клинсанг, Андре; Ли, Хэнхун; Ливи, Каролина (01 января 2015 г.). «Проект человеческого токсома». АЛЬТЕКС . 32 (2): 112–124 . doi :10.14573/altex.1502091. ISSN 1868-596X. ПМЦ 4778566 . ПМИД 25742299.
- ^ ДеФелипе, Хавьер (2010-11-26). «От коннектома к синаптому: эпическая история любви». Science . 330 (6008): 1198– 1201. Bibcode :2010Sci...330.1198D. doi :10.1126/science.1193378. ISSN 0036-8075. PMID 21109663. S2CID 33348231.
- ^ Копелл, Нэнси Дж.; Гриттон, Говард Дж.; Уиттингтон, Майлз А.; Крамер, Марк А. (2014-09-17). «За пределами коннектома: динамом». Neuron . 83 (6): 1319– 1328. doi :10.1016/j.neuron.2014.08.016. ISSN 1097-4199. PMC 4169213 . PMID 25233314.
- ^ Димитров, ДС (май–июнь 2010 г.). «Терапевтические антитела, вакцины и антителомы». mAbs . 2 (3): 347–56 . doi :10.4161/mabs.2.3.11779. PMC 2881260 . PMID 20400863.
