Интерфером
 | |
| Содержание | |
|---|---|
| Описание | база данных генов, регулируемых интерфероном |
| Организмы | Homo sapiens Mus musculus Pan troglodytes |
| Контакт | |
| Лаборатория | Институт медицинских исследований Монаша Кембриджского университета |
| Первичная ссылка | Шамит А. Самараджива и др. (2009) [1] |
| Дата выпуска | 2008 |
| Доступ | |
| Веб-сайт | http://www.interferome.org |
Interferome — это онлайновая биоинформатическая база данных генов , регулируемых интерфероном (IRG). [1] Эти гены, регулируемые интерфероном, также известны как гены, стимулируемые интерфероном (ISG). База данных содержит информацию о генах, регулируемых типом I (IFN alpha, beta), типом II (IFN gamma) и типом III (IFN lambda), и регулярно обновляется. Она используется сообществом исследователей интерферона и цитокинов [2] как инструмент анализа и информационный ресурс. Интерфероны были идентифицированы как противовирусные белки более 50 лет назад. Однако с тех пор было идентифицировано их участие в иммуномодуляции , пролиферации клеток , воспалении и других гомеостатических процессах. Эти цитокины используются в качестве терапевтических средств при многих заболеваниях, таких как хронические вирусные инфекции, рак и рассеянный склероз . [3] Эти интерфероны регулируют транскрипцию приблизительно 2000 генов в зависимости от подтипа интерферона, дозы, типа клеток и стимула. Эта база данных генов, регулируемых интерфероном, представляет собой попытку объединить информацию из высокопроизводительных экспериментов и баз данных молекулярной биологии для получения детального понимания биологии интерферона.
Содержание
Интерфером включает в себя следующие наборы данных:
- Данные об экспрессии генов, регулируемых интерфероном, у Homo sapiens , Mus musculus и Pan troglodytes , отобранные вручную из более чем 30 общедоступных и внутренних наборов данных микрочипов и протеомики .
Инструменты
Interferome предлагает множество способов поиска и извлечения данных из базы данных:
- Определить сигнатуры генов, регулируемых интерфероном, в данных микрочипов;
- Анализ и аннотация онтологии генов ;
- Нормальная экспрессия генов, регулируемых интерфероном, в тканях ;
- Регуляторный анализ генов, регулируемых интерфероном;
- Анализ BLAST (базовый инструмент поиска локального выравнивания) и загрузка последовательности ортологов;
Управление интерферомом
Интерфером управляется командой из Университета Монаша : Институт медицинских исследований Монаша и Кембриджский университет
Ссылки
- ^ ab Samarajiwa, Shamith A; Forster Sam; Auchettl Katie; Hertzog Paul J (январь 2009 г.). "INTERFEROME: база данных генов, регулируемых интерфероном". Nucleic Acids Res . 37 (выпуск базы данных). Англия: D852-7. doi : 10.1093/nar/gkn732. PMC 2686605. PMID 18996892.
- ^ "Главная". isicr.org .
- ^ "О раке". 30 августа 2017 г.
Внешние ссылки
- ИНТЕРФЕРОМ
