Список биологических баз данных

Биологические базы данных являются хранилищами биологической информации. [1] Журнал Nucleic Acids Research регулярно публикует специальные выпуски по биологическим базам данных и содержит список таких баз данных. В выпуске 2018 года содержится список из около 180 таких баз данных и обновлений ранее описанных баз данных. [2] Omics Discovery Index можно использовать для просмотра и поиска в нескольких биологических базах данных. Кроме того, портал NIAID Data Ecosystem Discovery Portal, разработанный Национальным институтом аллергии и инфекционных заболеваний (NIAID), позволяет осуществлять поиск по базам данных.

Мета базы данных

Мета-базы данных — это базы данных баз данных, которые собирают данные о данных для генерации новых данных. Они способны объединять информацию из разных источников и делать ее доступной в новой и более удобной форме или с акцентом на определенном заболевании или организме. Первоначально метаданные были только общим термином, относящимся просто к данным о данных, таким как теги, ключевые слова и заголовки разметки.

Базы данных модельных организмов

Базы данных модельных организмов предоставляют подробные биологические данные для интенсивно изучаемых организмов.

Базы данных нуклеиновых кислот

базы данных ДНК

Первичные базы данных составляют Международную базу данных последовательностей нуклеотидов (INSD). Они включают:

DDBJ (Япония), GenBank (США) и European Nucleotide Archive (Европа) являются репозиториями данных о нуклеотидных последовательностях всех организмов . Все три принимают заявки на нуклеотидные последовательности, а затем ежедневно обмениваются новыми и обновленными данными для достижения оптимальной синхронизации между ними. Эти три базы данных являются основными, поскольку они содержат исходные данные о последовательностях. Они сотрудничают с Sequence Read Archive (SRA), который архивирует необработанные считывания с высокопроизводительных инструментов секвенирования.

Вторичные базы данных: [ требуется разъяснение ]

  • База данных 23andMe
  • HapMap
  • OMIM (Online Mendelian Inheritance in Man): наследственные заболевания
  • РефСек
  • Проект «1000 геномов» : запущен в январе 2008 года. Геномы более тысячи анонимных участников из различных этнических групп были проанализированы и опубликованы.
  • База данных EggNOG: иерархический, функционально и филогенетически аннотированный ортологический ресурс на основе 5090 организмов и 2502 вирусов. Он обеспечивает множественные выравнивания последовательностей и деревья максимального правдоподобия, а также широкую функциональную аннотацию. [6] [7]

Другие базы данных

Базы данных экспрессии генов

Базы данных экспрессии генов

Базы данных экспрессии генов на микрочипах

Базы данных генома

Эти базы данных собирают последовательности генома , аннотируют и анализируют их, а также предоставляют публичный доступ. Некоторые добавляют кураторство экспериментальной литературы для улучшения вычисляемых аннотаций. Эти базы данных могут содержать геномы многих видов или геном одного модельного организма .

Базы данных фенотипов

  • PHI-base : база данных взаимодействия патогена и хозяина. Она связывает генную информацию с фенотипической информацией микробных патогенов на их хозяевах. Информация вручную собирается из рецензируемой литературы.
  • База данных генома крысы RGD : геномные и фенотипические данные для Rattus norvegicus
  • База данных PomBase : вручную отобранные фенотипические данные для дрожжей Schizosaccharomyces pombe

РНКбазы данных

Базы данных аминокислот/белков

(См. также: Список белков в организме человека)

Несколько общедоступных репозиториев данных и ресурсов были разработаны для поддержки и управления информацией, связанной с белками , открытия биологических знаний и генерации гипотез на основе данных. [15] Базы данных в таблице ниже выбраны из баз данных, перечисленных в выпусках баз данных Nucleic Acids Research (NAR) и коллекции баз данных, а также баз данных, перекрестно ссылающихся в UniProt KB. Большинство этих баз данных перекрестно ссылаются на UniProt / UniProt KB, так что идентификаторы могут быть сопоставлены друг с другом. [15]

Белки человека:

В стандартном геноме человека насчитывается около ~20 000 генов, кодирующих белки. (Примерно о ~1200 уже есть статьи в Википедии - Gene Wiki - о них). Если мы включим варианты сплайсинга, то может быть около 500 000 уникальных человеческих белков [16]

Различные типы баз данных белков

Имя БДсайт БДПровайдерИсточники данныхИсточники доходов/спонсоровИнтегрируетУб.РазмерТип БДАктивно поддерживается
ИнтерПроhttp://www.ebi.ac.uk/interpro/Инфраструктура ЭЛИКСИРЕвропейский институт биоинформатикиEMBL , The Welcome Trust, BBSRCCATH-Gene3D, CDD, HAMAP, MobiDB, PANTHER, Pfam, SMART, SUPERFAMILY, SFLD, TIGRFAMs,классифицирует белки по семействам и предсказывает наличие доменов и участковБазы данных белковых последовательностейДа
СледующийProthttps://www.nextprot.org/CALIPHO (группа в SIB)Швейцарский институт биоинформатикиhttps://www.sib.swiss/about/funding-sourcesUniProt , Целлозавр, Гномад, IntAct, Атлас SRAA, Uniprot - GOA, BGEE, COSMIC, MassIVE, Пептидный атласресурс знаний, посвященный человеческому белкуБазы данных белковых последовательностейДа
Вики-пиhttp://severus.dbmi.pitt.edu/wiki-pi/Мадхави К. ГанапатираджуВ настоящее время Wiki-Pi содержит 48 419 уникальных взаимодействий среди 10 492 белков. Однако не ясно, являются ли эти белки уникальными[13]База данных взаимодействия белков??
База данных справочных данных по белкам человекаИнститут биоинформатики (IOB), Бангалор , ИндияОдин источник утверждает, что существует 15000 [17] белков. Но неясно, сколько из них являются уникальными
ПфамИнститут Сэнгерабаза данных семейств белков с выравниваниями и HMMБазы данных белковых последовательностей
Человеческая протеинопедияИнститут биоинформатики (IOB), Бангалор и Университет Джонса Хопкинса ,Human Proteinpedia основана на HPRD (база данных справочных данных по белкам человека), которая является репозиторием, содержащим более 30 000 белков человека. Однако неясно, сколько из них являются уникальными белками.
Атлас белков человекаПравительство ШвецииОн содержит около 10 миллионов изображений IHC чуть менее 25 000 антител. Но опять же неясно, сколько из них являются уникальными
ОТПЕЧАТКИМанчестерский университетсборник белковых отпечатков пальцевБазы данных белковых последовательностей
ПРОСИТбаза данных семейств и доменов белковБазы данных белковых последовательностей
Информационный ресурс о белкахМедицинский центр Джорджтаунского университета [GUMC]Базы данных белковых последовательностей
СУПЕРСЕМЬЯбиблиотека HMM, представляющих суперсемейства, и база данных аннотаций (суперсемейств и семейств) для всех полностью секвенированных организмовБазы данных белковых последовательностей
Swiss-ProtШвейцарский институт биоинформатикибаза знаний о белкахБазы данных белковых последовательностей
Банк данных белковProteinDataBank в Европе (PDBe), [18] ProteinDatabank в Японии (PDBj), [19] Research Collaboratory for Structural Bioinformatics (RCSB) [20](ПДБ)Базы данных структур белков
Структурная классификация белков (SCOP)Базы данных структур белков
База данных CATHБазы данных структур белков
ModBaseЛаборатория Сали , Калифорнийский университет в Сан-Францискобаза данных сравнительных моделей структуры белковБазы данных моделей белков
СИМАПбаза данных сходств белков, рассчитанная с помощью FASTAБазы данных моделей белков
Швейцарская модельсервер и репозиторий моделей структуры белковБазы данных моделей белков
AAindexбаза данных аминокислотных индексов, матриц мутаций аминокислот и парных контактных потенциаловБазы данных моделей белков
БиоГРИДНаучно-исследовательский институт Самуэля Люненфельдаобщий репозиторий для наборов данных взаимодействияБелок-белковые и другие молекулярные взаимодействия
База данных РНК-связывающих белковБелок-белковые и другие молекулярные взаимодействия
База данных взаимодействующих белковКалифорнийский университетБелок-белковые и другие молекулярные взаимодействия
ИнтАкт [21]EMBL-EBIбаза данных с открытым исходным кодом для молекулярных взаимодействийБелок-белковые и другие молекулярные взаимодействия
Нитьоткрытая база данных молекулярных взаимодействий для изучения взаимодействий между белкамиБелок-белковые и другие молекулярные взаимодействия
Атлас белков человекаАтлас белков человеканаправлен на картирование всех человеческих белков в клетках, тканях и органахБазы данных экспрессии белков
ProteinModelPortalПортал белковых моделей базы знаний структурной биологии PSI-Nature????Базы данных 3D-структур белков
Репозиторий SWISS-MODELБаза данных аннотированных 3D-моделей структур белковБазельский университетШвейцарское правительствоБазы данных 3D-структур белков
DisProtБаза данных белковых расстройствИнфраструктура ЭЛИКСИРМедицинская школа Университета Индианы , Университет Темпл , Университет Падуифинансирование из программы Европейского Союза «Горизонт 2020»Swiss Prot/Uni Prot, CATH, Pfam, Europe PMC, BITEM, ECO, Генеонтологиябаза данных экспериментальных доказательств беспорядка в белкахБазы данных 3D-структур белков, Базы данных последовательностей белков
МобиДББаза данных внутренне неупорядоченных и мобильных белковДжон Моулт, Кристин Оренго, Предраг РадивоякУниверситет ПадуиПравительство Италиибаза данных аннотаций внутренних нарушений белковБазы данных 3D-структур белков, Базы данных последовательностей белков
ModBaseБаза данных сравнительных моделей структуры белковУрсула Пипер, Бен Уэбб, Нарайанан Эсвар, Андрей Сали, Роберто СанчесКалифорнийский университет в Сан-Франциско, лаборатория СалиБазы данных 3D-структур белков
PDBsumБаза данных изображений 3D-структур в Protein Data BankЕвропейский институт биоинформатики 2013Добро пожаловать, довериеБазы данных 3D-структур белков
CCDSБаза данных набора белков Consensus CDSNCBI??Базы данных последовательностей
UniProtKBУниверсальный белковый ресурс (UniProt)????Базы данных последовательностей
Швейцарский Прот/Университетский Протhttps://www.sib.swiss/swiss-prot и https://www.uniprot.org/SIB Швейцарский институт биоинформатикиЕвропейский институт биоинформатики (EMBL-EBI)Swiss-Prot собрал более 81 000 вариантов в примерно 13 000 записей последовательностей человеческих белков из рецензируемой литературы. Неясно, сколько уникальных типов белков присутствует в базе данных.

Базы данных путей передачи сигнала

Базы данных метаболических путей и функций белков

Таксономические базы данных

Многочисленные базы данных собирают информацию о видах и других таксономических категориях. Каталог жизни — это особый случай, поскольку это метабаза данных из примерно 150 специализированных «глобальных баз данных видов» (GSD), которые собрали названия и другую информацию о (почти) всех описанных и, таким образом, «известных» видах.

  • BacDive : бактериальная метабаза данных, которая предоставляет информацию о штаммах, связанных с биоразнообразием бактерий и архей, включая таксономическую информацию
  • Каталог жизни : метабаза данных всех видов на Земле
  • EzTaxon-e : база данных для идентификации прокариот на основе последовательностей генов рибосомальной РНК 16S
  • Таксономия NCBI: таксономическая база данных, управляемая NCBI и концентрирующаяся на всех таксонах, для которых доступны последовательности ДНК (эти последовательности хранятся в GenBank , другой базе данных, управляемой NCBI).

Базы данных изображений

Изображения играют важную роль в биомедицине, начиная от изображений антропологических образцов и заканчивая зоологией . Однако существует относительно немного баз данных, посвященных сбору изображений, хотя некоторые проекты, такие как iNaturalist, собирают фотографии как основную часть своих данных. Особым случаем «изображений» являются трехмерные изображения, такие как белковые структуры или трехмерные реконструкции анатомических структур. Базы данных изображений включают, среди прочего: [22]

  • Атлас мозга Аллена
  • Цифровой банк мозга [23]
  • Архив электронных микроскопических изображений (EMPIAR) [24]
  • Ресурс данных изображений [22]
  • Морфобанк
  • Морфоисточник

Радиологические базы данных

Дополнительные базы данных

Базы данных экзосом

  • ExoCarta
  • Атлас внеклеточной РНК: репозиторий профилей внеклеточной РНК, полученных с помощью секвенирования малых РНК и количественной ПЦР из биологических жидкостей человека и мышей

Базы данных математических моделей

Базы данных наустойчивость к противомикробным препаратамставки и потребление антибиотиков

Базы данных наустойчивость к противомикробным препаратаммеханизмы

Базы данных в стиле Wiki

Специализированные базы данных

  • Barcode of Life Data Systems : база данных ДНК-штрихкодов
  • База данных белков бактериальных пестицидов [25] [26]
  • Атлас генома рака (TCGA): содержит данные сотен образцов рака, полученные с использованием высокопроизводительных методов, таких как профилирование экспрессии генов, профилирование вариаций числа копий, генотипирование SNP, профилирование метилирования ДНК по всему геному, профилирование микроРНК и секвенирование экзонов не менее 1200 генов.
  • Целлозавр : источник знаний о клеточных линиях
  • CTD ( база данных сравнительной токсикогеномики ): описывает взаимодействие химических веществ, генов и заболеваний.
  • DiProDB : база данных для сбора и анализа термодинамических, структурных и других свойств динуклеотидов
  • Атлас домашнего хозяйства и референтных транскриптов (HRT Atlas) [27] веб-инструмент для поиска референтных генов/транскриптов, специфичных для клеток, подходящих для нормализации эксперимента qPCR. HRT Atlas также описывает полный список генов и транскриптов домашнего хозяйства человека и мыши
  • Дриада : хранилище данных, лежащих в основе научных публикаций в области фундаментальных и прикладных биологических наук
  • Эдинбургский мышиный атлас
  • База данных эукариотических промоторов EPD
  • FINDbase (База данных частоты наследственных заболеваний)
  • GigaDB : репозиторий крупномасштабных наборов данных, лежащих в основе научных публикаций в области биологических и биомедицинских исследований.
  • HGNC (Комитет по номенклатуре генов HUGO): ресурс для утвержденной номенклатуры генов человека
  • Международный консорциум по эпигеному человека : [28] объединяет эпигеномные справочные данные из известных национальных проектов, таких как канадский CEEHRC, [29] European Blueprint, [30] Европейский архив генома и феномена (EGA [31] ), US ENCODE и NIH Roadmap , немецкий DEEP, [32] японский CREST, [33] корейский KNIH, сингапурская GIS и китайский EpiHK [34]
  • MethBase : база данных данных метилирования ДНК , визуализированных в браузере генома UCSC
  • Minimotif Miner : база данных коротких смежных функциональных пептидных мотивов
  • Онкогеномные базы данных : подборка баз данных, которые используются для исследований рака.
  • PubMed : ссылки и рефераты по естественным наукам и биомедицинским темам
  • Интегрированная база данных млекопитающих RIKEN
  • TDR Targets : база данных хемогеномики, ориентированная на поиск лекарств от тропических болезней
  • TRANSFAC : база данных о факторах транскрипции эукариот, их геномных сайтах связывания и профилях связывания ДНК
  • JASPAR : база данных вручную отобранных, не избыточных профилей связывания факторов транскрипции.
  • MetOSite: база данных о сайтах сульфоксидации метионина и их функциональной роли в белках [35]
  • Проект Healthcare Cost and Utilization Project (HCUP) — крупнейшая коллекция данных о больничном обслуживании в США. Она включает сотни миллионов стационарных, амбулаторных и экстренных записей.
  • LEXAS собирает описания биологических экспериментов из статей PMC.
  • База данных метаболомов крупного рогатого скота — это бесплатная веб-база данных, в которой перечислены известные метаболиты крупного рогатого скота.

Ссылки

  1. ^ Wren JD, Bateman A (октябрь 2008 г.). «Базы данных, могилы данных и пыль на ветру». Биоинформатика . 24 (19): 2127–8. doi : 10.1093/bioinformatics/btn464 . PMID  18819940.
  2. ^ "Том 46 Выпуск D1 | Исследования нуклеиновых кислот | Oxford Academic". academic.oup.com . Получено 04.09.2018 .
  3. ^ Lock A, Rutherford K, Harris MA, Hayles J, Oliver SG, Bähler J, Wood V (январь 2019 г.). «PomBase 2018: управляемая пользователем повторная реализация базы данных делящихся дрожжей обеспечивает быстрый и интуитивно понятный доступ к разнообразной, взаимосвязанной информации». Nucleic Acids Research . 47 (D1): D821–D827. doi :10.1093/nar/gky961. PMC 6324063 . PMID  30321395. 
  4. ^ Zhu B, Stülke J (январь 2018 г.). «SubtiWiki в 2018 г.: от генов и белков до функциональной сетевой аннотации модельного организма Bacillus subtilis». Nucleic Acids Research . 46 (D1): D743–D748. doi :10.1093/nar/gkx908. PMC 5753275. PMID  29788229 . 
  5. ^ Маргарита Гарсия-Эрнандес; Таня Берардини; Гуанхун Чен; Дебби Крист; Эшлинг Дойл; Ева Хуала; Эмма Ни; Марк Ламбрехт; Нил Миллер; Лукас А. Мюллер; Супарна Мундоди; Леонора Райзер; Сын Ю. Ри; Рэнди Шолл; Джули Таклинд; Дэн К. Уимс; Йихе Ву; Ирис Сюй; Дэниел Ю; Чонвон Юн; Пейфэнь Чжан (ноябрь 2002 г.). «ТАИР: ресурс интегрированных данных об арабидопсисе». Функциональная и интегративная геномика . 2 (6): 239–253. doi : 10.1007/s10142-002-0077-z. PMID  12444417. S2CID  7827488.
  6. ^ Powell S, Forslund K, Szklarczyk D, Trachana K, Roth A, Huerta-Cepas J, et al. (январь 2014 г.). "eggNOG v4.0: вложенный вывод ортологии для 3686 организмов". Nucleic Acids Research . 42 (выпуск базы данных): D231-9. doi : 10.1093/nar/gkt1253 . PMC 3964997. PMID  24297252 . 
  7. ^ Huerta-Cepas J, Szklarczyk D, Heller D, Hernández-Plaza A, Forslund SK, Cook H и др. (январь 2019 г.). "eggNOG 5.0: иерархический, функционально и филогенетически аннотированный ресурс ортологии на основе 5090 организмов и 2502 вирусов". Nucleic Acids Research . 47 (D1): D309–D314. doi : 10.1093/nar/gky1085 . PMC 6324079. PMID  30418610 . 
  8. ^ ArrayExpress
  9. ^ ГЕО
  10. ^ "Атлас белков человека". www.proteinatlas.org . Получено 27.05.2019 .
  11. ^ Dash S, Campbell JD, Cannon EK, Cleary AM, Huang W, Kalberer SR и др. (январь 2016 г.). «Информационная система по бобовым (LegumeInfo.org): ключевой компонент набора объединенных ресурсов данных для семейства бобовых». Nucleic Acids Research . 44 (D1): D1181-8. doi :10.1093/nar/gkv1159. PMC 4702835. PMID  26546515 . 
  12. ^ "База данных генома Saccharomyces | SGD". www.yeastgenome.org . Получено 04.09.2018 .
  13. ^ Грант Д., Нельсон Р. Т., Кэннон С. Б., Шумейкер Р. К. (январь 2010 г.). "SoyBase, база данных генетики и геномики сои USDA-ARS". Nucleic Acids Research . 38 (выпуск базы данных): D843-6. doi :10.1093/nar/gkp798. PMC 2808871. PMID  20008513 . 
  14. ^ "IRESbase".
  15. ^ ab Chen C, Huang H, Wu CH (2017). "Базы данных и ресурсы белковой биоинформатики". В Wu CH, Arighi CN, Ross KE (ред.). Белковая биоинформатика . Методы в молекулярной биологии. Т. 1558. Нью-Йорк, Нью-Йорк: Springer New York. стр. 3–39. doi :10.1007/978-1-4939-6783-4_1. ISBN 978-1-4939-6781-0. PMC  5506686 . PMID  28150231.
  16. ^ Карнковская, Анна; Трейтли, Себастьян К.; Брзонь, Ондржей; Новак, Лукаш; Вацек, Войтех; Соукал, Петр; Барлоу, Лаэль Д.; Герман, Эмили К.; Пипалия, Света В.; Панек, Томаш; Жихала, Дэвид; Петржелкова, Романа; Бутенко, Анжелика; Эме, Лаура; Лестница, Кортни В.; Роджер, Эндрю Дж.; Элиаш, Марек; Дакс, Джоэл Б.; Хампл, Владимир (2019). «Геном оксимонад демонстрирует каноническую эукариотическую сложность в отсутствие митохондрии». Молекулярная биология и эволюция . 36 (10): 2292–2312. doi :10.1093/molbev/msz147. PMC 6759080. PMID 31387118  . 
  17. ^ Кешава Прасад, Т.С.; Гоэл, Р.; Кандасами, К.; Киртикумар, С.; Кумар, С.; Мативанан, С.; Теликичерла, Д.; Раджу, Р.; Шафрин, Б.; Венугопал, А.; Балакришнан, Л.; Маримуту, А.; Банерджи, С.; Соманатан, Д.С.; Себастьян, А.; Рани, С.; Рэй, С.; Гаррис Кишор, CJ; Кант, С.; Ахмед, М.; Кашьяп, МК; Мохмуд, Р.; Рамачандра, ЮЛ; Кришна, В.; Рахиман, бакалавр; Мохан, С.; Ранганатан, П.; Рамабадран, С.; Черкады, Р.; Панди, А. (2008). «Справочная база данных по белкам человека — обновление 2009 г.». Исследования нуклеиновых кислот . 37 (выпуск базы данных): D767–D772. doi :10.1093/nar/gkn892. PMC 2686490. PMID  18988627 . 
  18. ^ Mir S, Alhroub Y, Anyango S, Armstrong DR, Berrisford JM, Clark AR и др. (январь 2018 г.). «PDBe: на пути к инфраструктуре многократной доставки данных в банке данных белков в Европе». Nucleic Acids Research . 46 (D1): D486–D492. doi :10.1093/nar/gkx1070. PMC 5753225. PMID  29126160 . 
  19. ^ Kinjo AR, Bekker GJ, Suzuki H, Tsuchiya Y, Kawabata T, Ikegawa Y, Nakamura H (январь 2017 г.). «Банк данных белков Японии (PDBj): обновленные пользовательские интерфейсы, структура описания ресурсов, инструменты анализа для больших структур». Nucleic Acids Research . 45 (D1): D282–D288. doi :10.1093/nar/gkw962. PMC 5210648 . PMID  27789697. 
  20. ^ Rose PW, Prlić A, Altunkaya A, Bi C, Bradley AR, Christie CH и др. (январь 2017 г.). «Банк данных белков RCSB: интегративный взгляд на информацию о белках, генах и трехмерной структуре». Nucleic Acids Research . 45 (D1): D271–D281. doi :10.1093/nar/gkw1000. PMC 5210513 . PMID  27794042. 
  21. ^ Хермякоб Х., Монтекки-Палацци Л., Левингтон С., Мудали С., Керриен С., Орчард С. и др. (январь 2004 г.). «IntAct: база данных молекулярных взаимодействий с открытым исходным кодом». Исследования нуклеиновых кислот . 32 (Проблема с базой данных): D452-5. дои : 10.1093/nar/gkh052. ПМК 308786 . ПМИД  14681455. 
  22. ^ ab Ellenberg J, Swedlow JR, Barlow M, Cook CE, Sarkans U, Patwardhan A и др. (ноябрь 2018 г.). «Призыв к публичным архивам биологических данных изображений». Nature Methods . 15 (11): 849–854. doi :10.1038/s41592-018-0195-8. PMC 6884425 . PMID  30377375. 
  23. ^ Tendler BC, Hanayik T, Ansorge O, Bangerter-Christensen S, Berns GS, Bertelsen MF и др. (март 2022 г.). «Цифровой банк мозга, платформа открытого доступа для наборов данных посмертной визуализации». eLife . 11 : e73153. doi : 10.7554/eLife.73153 . PMC 9042233 . PMID  35297760. 
  24. ^ Iudin A, Korir PK, Salavert-Torres J, Kleywegt GJ, Patwardhan A (май 2016 г.). «EMPIAR: публичный архив необработанных данных изображений электронной микроскопии». Nature Methods . 13 (5): 387–388. doi :10.1038/nmeth.3806. PMID  27067018. S2CID  38996040.
  25. ^ Crickmore, N.; Berry, C.; Panneerselvam, S.; Mishra, R.; Connor, TR; Bonning, BC (ноябрь 2021 г.). «Основанная на структуре номенклатура пестицидных белков Bacillus thuringiensis и других бактерий». Журнал патологии беспозвоночных . 186 (D1): 107438. doi : 10.1016/j.jip.2020.107438 . PMID  32652083.
  26. ^ Panneerselvam S; Mishra R; Berry C; Crickmore N; Bonning BC (2022). «База данных BPPRC: веб-инструмент для доступа и анализа бактериальных пестицидных белков». База данных (Оксфорд) . 186 (D1): 107438. doi : 10.1093 /database/baac022 . PMC 9216523. PMID  35396594. 
  27. ^ Hounkpe BW, Chenou F, de Lima F, De Paula EV (январь 2021 г.). «База данных HRT Atlas v1.0: переопределение генов домашнего хозяйства человека и мыши и референтных транскриптов кандидатов путем добычи массивных наборов данных РНК-секвенирования». Nucleic Acids Research . 49 (D1): D947–D955. doi : 10.1093/nar/gkaa609 . PMC 7778946. PMID  32663312 . 
  28. ^ (IHEC) портал данных
  29. ^ CEEHRC
  30. ^ Чертеж
  31. ^ ЭГА
  32. ^ ГЛУБОКИЙ
  33. ^ КРЕСТ
  34. ^ «Глобальный обмен эпигеномами». Nature Methods . 15 (3): 151. 2018. doi : 10.1038/nmeth.4630 . ISSN  1548-7105.
  35. ^ Valverde H, Cantón FR, Aledo JC (ноябрь 2019 г.). «MetOSite: интегрированный ресурс для изучения сульфооксидации остатков метионина». Биоинформатика . 35 (22): 4849–4850. doi :10.1093/bioinformatics/btz462. PMC 6853639. PMID  31197322 . 
  • Коллекция баз данных по молекулярной биологии исследований нуклеиновых кислот – более 1600 баз данных
  • Список категорий статей по базе данных Nucleic Acid Research (NAR)
Взято с "https://en.wikipedia.org/w/index.php?title=Список_биологических_баз_данных&oldid=1240722230"