PomBase
База данных по Schizosaccharomyces pombe

PomBase
Содержание
ОписаниеНаучный ресурс по Schizosaccharomyces pombe

Типы собираемых данных		Молекулярная функция, Биологический процесс, Клеточный компонент, Фенотип, Генотип, Аллель, Модификация белка, Экспрессия гена, Экспрессия белка, Последовательность нуклеотидов, Последовательность РНК, Последовательность белка, Геномика, Ортологи человека, Ортологи Saccharomyces cerevisiae, Комплементация, Ассоциации с заболеваниями, Характеристики белка, Физические взаимодействия, Генетические взаимодействия
ОрганизмыSchizosaccharomyces pombe
Контакт
Исследовательский центрКембриджский университет и Университетский колледж Лондона
АвторыАнтония Лок, Мидори А. Харрис, Мануэль Лера-Рамирес, Паскаль Карме, Ким Разерфорд, Хуан Мата, Юрг Бэлер, Стив Оливер , Валери Вуд
Первичная ссылкаРезерфорд и др. (2024) [1]
Дата выпуска2011
Доступ
Веб-сайтpombase.org
URL-адрес для загрузкиЗагрузки
Разнообразный
ЛицензияЛицензия Creative Commons Attribution 4.0 International, GNU General Public License, Лицензия MIT
Политика кураторстваПрофессионально и общественно курируемо
Добавляемые в закладки
сущности		Да

PomBase — это база данных модельных организмов , которая обеспечивает онлайн-доступ к последовательности генома делящихся дрожжей Schizosaccharomyces pombe и аннотированным функциям, а также широкому спектру вручную курируемых функциональных данных, специфичных для генов. Веб-сайт PomBase был переработан в 2016 году, чтобы предоставить пользователям более интегрированный и эффективный сервис (описан в [2] ).

Обработка данных и контроль качества

Обзор данных, предоставляемых PomBase, и способов доступа к ним.

Сотрудники PomBase вручную отбирают самые разные типы данных, используя как первичную литературу, так и биоинформатические источники, а также применяют многочисленные механизмы для обеспечения как синтаксической, так и биологической валидности содержания. [3]

Типы собираемых данных включают:

  • Последовательность и особенности генома (например, физическое расположение генов в геноме)
  • Функции белков и некодируемых РНК , клеточные процессы, в которых они участвуют, и места их локализации
  • Фенотипы, связанные с различными аллелями и генотипами
  • Конкретные места модификации белков и когда они происходят
  • Ортологи генов S. pombe у человека и почкующихся дрожжей (набор данных, подобранный вручную)
  • Метаданные наборов данных, загруженных в браузер генома
  • Ассоциации заболеваний, когда известно, что человеческий ортолог вызывает заболевание
  • Данные о том, когда экспрессируются определенные гены
  • Данные о комплементарности, где имеется функциональная комплементарность между геном делящихся дрожжей и геном другого организма
  • Субъединичный состав комплексов

Организация данных

Аннотацию гена можно просматривать либо на уровне гена (на страницах генов), либо на уровне термина (на страницах терминов онтологии). Это позволяет:

  • Просмотреть все аннотации, созданные для гена, например pat1
  • Просмотреть все гены, аннотированные термином, например, цитокинез
  • Просмотреть все аннотации, созданные на основе определенной ссылки, например 26776736 Чика и др. 2016

Наборы данных по всему геному (включая наборы данных белков, все аннотации, вручную подобранные списки ортологов и т. д.) можно получить на странице наборов данных. Наборы данных, подходящие для отображения в браузере генома и загруженные, можно получить через экземпляр PomBase JBrowse.

PomBase использует несколько биологических онтологий для сбора геноспецифической информации, в том числе:

  • Генная онтология (GO) — используется для описания ферментативных функций, биологических ролей и клеточного расположения генных продуктов.
  • Онтология фенотипа делящихся дрожжей (FYPO) [4] Используется для связывания фенотипов с аллелями генов по сравнению с фенотипом эталонного штамма.
  • Онтология последовательностей — используется для описания свойств ДНК или белка.
  • Модификации белков - с использованием PSI-MOD [5]

Статус характеристики гена

Страница GO slim содержит обзор «биологической роли» всех «известных» генов делящихся дрожжей — это белки, которые были либо экспериментально охарактеризованы у делящихся дрожжей, либо у другого вида и перенесены посредством ортологии.

Примечательно, что почти 20% эукариотических протеомов, от дрожжей до человека, не охарактеризованы с точки зрения путей и процессов, в которых участвуют эти белки, [6] что делает это одной из величайших нерешенных проблем в биологии . Роль, которую эти белки играют в биологии, еще не была обнаружена ни у одного вида. Чтобы помочь исследованию этих неизвестных белков, PomBase ведет инвентаризацию неохарактеризованных белков делящихся дрожжей. Список приоритетных неизученных генов представляет собой подмножество неохарактеризованных генов делящихся дрожжей, которые сохранились у человека, что делает его особенно приоритетной целью исследования.

Сообщество совместного курирования

Чтобы дополнить работу небольшой команды профессиональных кураторов PomBase, исследователи делящихся дрожжей вносят аннотации непосредственно в PomBase через инновационную схему кураторства сообщества, для которой был разработан онлайн-инструмент кураторства Canto [ 7] . Кураторство сообщества проверяется сотрудниками PomBase, и это приводит к высокоточным, эффективно совместно курируемым аннотациям. [8]

PomBase поддерживает страницу статистики аннотаций.

Обновления базы знаний

  • Обновления новостей на домашней странице PomBase
  • Сообщения в списке рассылки исследовательского сообщества
  • Обновления базы данных NAR ([Исследования нуклеиновых кислот])
  • Твиты (@PomBase)
  • Группа в фейсбуке
  • Группа Linkedin

Документация

Pombase предоставляет как документацию, так и ответы на часто задаваемые вопросы.

Использование PomBase в качестве исследовательского инструмента рассматривается в главе книги «Базы данных генома эукариот» (методы и протоколы). [9] Разработки и обновления описаны в статьях выпуска базы данных NAR. [10] [11] [2] Подробный обзор использования S. pombe в качестве модельного организма см. в учебнике по генетике [12]

Ссылки

  1. ^ Резерфорд, Ким М.; Лера-Рамирес, Мануэль; Вуд, Валери (2024). «PomBase: глобальный основной ресурс биоданных — рост, сотрудничество и устойчивость». Генетика . doi : 10.1093/genetics/iyae007 . PMID  38376816.
  2. ^ ab Lock, A; Rutherford, K; Harris, MA; Hayles, J; Oliver, SG; Bähler, J; Wood, V (13 октября 2018 г.). «PomBase 2018: управляемая пользователем повторная реализация базы данных делящихся дрожжей обеспечивает быстрый и интуитивно понятный доступ к разнообразной, взаимосвязанной информации». Nucleic Acids Research . 47 (D1): D821–D827. doi :10.1093/nar/gky961. PMC 6324063 . PMID  30321395. 
  3. ^ Wood, V; Carbon, S; Harris, MA; Lock, A; Engel, SR; Hill, DP; Van Auken, K; Attrill, H; Feuermann, M; Gaudet, P; Lovering, RC; Poux, S; Rutherford, KM; Mungall, CJ (сентябрь 2020 г.). "Term Matrix: новая система контроля качества аннотаций генной онтологии, основанная на шаблонах совместной аннотации терминов онтологии". Open Biology . 10 (9): 200149. doi : 10.1098/rsob.200149 . PMC 7536087 . PMID  32875947. 
  4. ^ Harris MA, Lock A, Bähler J, Oliver SG, Wood V (июль 2013 г.). «FYPO: Онтология фенотипа делящихся дрожжей». Биоинформатика . 29 (13): 1671–8. doi :10.1093/bioinformatics/btt266. PMC 3694669. PMID  23658422 . 
  5. ^ Монтекки-Палацци, Л.; Бивис, Р.; Бинц, ПА; Чалкли, Р.Дж.; Коттрелл, Дж.; Кризи, Д.; Шофшталь, Дж.; Сеймур, С.Л.; Гаравелли, Дж.С. (август 2008 г.). «Стандарт сообщества PSI-MOD для представления данных о модификации белков». Nature Biotechnology . 26 (8): 864–6. doi :10.1038/nbt0808-864. PMID  18688235. S2CID  205270043.
  6. ^ Wood, V; Lock, A; Harris, MA; Rutherford, K; Bähler, J; Oliver, SG (28 февраля 2019 г.). «Скрытое на виду: что еще предстоит открыть в эукариотическом протеоме?». Open Biology . 9 (2): 180241. doi :10.1098/rsob.180241. PMC 6395881. PMID  30938578 . 
  7. ^ Rutherford KM, Harris MA, Lock A, Oliver SG, Wood V (июнь 2014 г.). «Canto: онлайн-инструмент для кураторства литературы в сообществе». Биоинформатика . 30 (12): 1791–2. doi :10.1093/bioinformatics/btu103. PMC 4058955. PMID  24574118 . 
  8. ^ Лок, А.; Харрис, МА; Резерфорд, К.; Хейлс, Дж.; Вуд, В. (1 января 2020 г.). «Сообщество кураторов в PomBase: предоставление экспертам по делящимся дрожжам возможности предоставлять подробные, стандартизированные, общедоступные аннотации из исследовательских публикаций». База данных: The Journal of Biological Databases and Curation . 2020. doi :10.1093/ database /baaa028. PMC 7192550. PMID  32353878. 
  9. ^ Лок, А.; Резерфорд, К.; Харрис, МА; Вуд, В. (2018). «PomBase: научный ресурс для делящихся дрожжей». Базы данных геномных эукариот . Методы в молекулярной биологии. Том 1757. С. 49–68. doi :10.1007/978-1-4939-7737-6_4. ISBN 978-1-4939-7736-9. PMC  6440643 . PMID  29761456.
  10. ^ Wood V, Harris MA, McDowall MD, Rutherford K, Vaughan BW, Staines DM, Aslett M, Lock A, Bähler J, Kersey PJ, Oliver SG (январь 2012 г.). "PomBase: комплексный онлайн-ресурс по делящимся дрожжам". Nucleic Acids Res. 40 (выпуск базы данных): D695–9. doi :10.1093/nar/gkr853. PMC 3245111. PMID  22039153.  
  11. ^ McDowall MD, Harris MA, Lock A, Rutherford K, Staines DM, Bähler J, Kersey PJ, Oliver SG, Wood V (январь 2015 г.). "PomBase 2015: обновления базы данных делящихся дрожжей". Nucleic Acids Res. 43 (выпуск базы данных): D656–61. doi :10.1093/nar/gku1040. PMC 4383888 . PMID  25361970.  
  12. ^ Хоффман CS, Вуд V, Фантес PA (октябрь 2015 г.). «Древние дрожжи для молодых генетиков: практическое руководство по модельной системе Schizosaccharomyces pombe». Генетика . 201 (2): 403–23. doi :10.1534/genetics.115.181503. PMC 4596657. PMID  26447128 . 
  • PomBase
Взято с "https://en.wikipedia.org/w/index.php?title=PomBase&oldid=1214731230"