Информационный ресурс о белках

Информационный ресурс по белкам ( PIR ) , расположенный в Медицинском центре Джорджтаунского университета , является интегрированным публичным ресурсом биоинформатики для поддержки геномных и протеомных исследований, а также научных изысканий. Он содержит базы данных последовательностей белков [1] [2] [3] [4] [5] [6] [7]

История

PIR был создан в 1984 году Национальным фондом биомедицинских исследований в качестве ресурса для помощи исследователям и клиентам в идентификации и интерпретации информации о последовательности белков . До этого фонд составил первую всеобъемлющую коллекцию макромолекулярных последовательностей в Атласе последовательности и структуры белков, опубликованном с 1964 по 1974 год под редакцией Маргарет Дейхофф . Дейхофф и ее исследовательская группа были пионерами в разработке компьютерных методов для сравнения последовательностей белков, для обнаружения отдаленно связанных последовательностей и дупликаций внутри последовательностей, а также для вывода эволюционных историй из выравниваний последовательностей белков. [8]

Вайнона Баркер и Роберт Ледли взяли на себя руководство проектом после смерти Дейхоффа в 1983 году. В 1999 году Кэти Х. Ву присоединилась к Национальному фонду биомедицинских исследований, а затем к Медицинскому центру Джорджтаунского университета, чтобы возглавить биоинформатические усилия PIR, и сначала была главным исследователем, а с 2001 года — директором. [ необходима цитата ]

На протяжении четырех десятилетий PIR предоставлял научному сообществу бесплатный доступ ко многим базам данных белков и инструментам анализа, включая Базу данных белковых последовательностей, первую международную базу данных (см. PIR-International), которая выросла из Атласа белковых последовательностей и структур. [ необходима ссылка ]

В 2002 году PIR – вместе со своими международными партнерами, Европейским институтом биоинформатики и Швейцарским институтом биоинформатики – получили грант от NIH на создание UniProt , единой всемирной базы данных белковых последовательностей и функций, путем объединения баз данных Protein Information Resource-Protein Sequence Database, Swiss-Prot и TrEMBL . По состоянию на 2010 год [обновлять]PIR предлагает широкий спектр ресурсов, в основном ориентированных на содействие распространению и стандартизации аннотации белков: PIRSF, [9] iProClass и iProLINK.

Protein Ontology — еще одна популярная база данных, выпущенная Protein Information Resource. [10] [11]

Ссылки

  1. ^ http://pir.georgetown.edu/ Архивировано 12 марта 2014 г. на официальном сайте Wayback Machine PIR в Джорджтаунском университете.
  2. ^ Wu, Cathy; Nebert, Daniel W. (2004). «Обновление о завершении генома и аннотациях: Информационный ресурс о белках». Human Genomics . 1 (3): 229–33. doi : 10.1186 /1479-7364-1-3-229 . PMC  3525084. PMID  15588483.
  3. ^ Wu, CH (2003). «Информационный ресурс по белкам». Nucleic Acids Research . 31 (1): 345–347. doi :10.1093/nar/gkg040. PMC 165487. PMID  12520019 . 
  4. ^ Ву, CH; Хуанг, Х; Армински, Л; Кастро-Альвеар, Дж; Чен, Ю; Ху, ЗЗ; Ледли, РС; Льюис, КЦ; Мьюз, Х.В.; Оркатт, Британская Колумбия; Сузек, Б.Е.; Цугита, А; Винаяка, ЧР; Да, ЛС; Чжан, Дж; Баркер, WC (1 января 2002 г.). «Информационный ресурс о белках: интегрированный общедоступный ресурс функциональной аннотации белков». Исследования нуклеиновых кислот . 30 (1): 35–37. дои : 10.1093/нар/30.1.35. ISSN  1362-4962. ПМК 99125 . ПМИД  11752247. 
  5. ^ Barker, WC; Garavelli, JS; Hou, Z.; Huang, H.; Ledley, RS; McGarvey, PB; Mewes, HW; Orcutt, BC; Pfeiffer, F.; Tsugita, A.; Vinayaka, CR; Xiao, C.; Yeh, LS; Wu, C. (2001). «Ресурс информации о белках: общественный ресурс для экспертной аннотации данных о белках». Nucleic Acids Research . 29 (1): 29–32. doi :10.1093/nar/29.1.29. PMC 29802. PMID  11125041 . 
  6. ^ Barker, WC (2000). «Информационный ресурс белков (PIR)». Nucleic Acids Research . 28 (1): 41–44. doi :10.1093/nar/28.1.41. PMC 102418. PMID  10592177 . 
  7. ^ Джордж, Д.Г.; Додсон, Р.Дж.; Гаравелли, Дж.С.; Хафт, Д.Х.; Хант, LT; Маржек, CR; Оркатт, BC; Сидман, KE; Шринивасарао, GY; Йе, Л.-С.Л.; Армински, Л.М.; Ледли, Р.С.; Цугита, А.; Баркер, WC (1997). "Информационный ресурс по белкам (PIR) и международная база данных последовательностей белков PIR". Nucleic Acids Research . 25 (1): 24–27. doi :10.1093/nar/25.1.24. PMC 146415 . PMID  9016497. 
  8. ^ Изет, М (2016). «Самые влиятельные ученые в развитии медицинской информатики (13): Маргарет Белль Дэйхофф». Acta Inform Med . 24 (4).
  9. ^ Ву, CH; Никольская А.; Хуанг, Х.; Да, ЛС; Натале, округ Колумбия; Винаяка, ЧР; Ху, ЗЗ; Мазумдер, Р.; Кумар, С.; Куртезис, П.; Ледли, РС; Сузек, Б.Е.; Армински, Л.; Чен, Ю.; Чжан, Дж.; Карденас, Дж.Л.; Чунг, С.; Кастро-Альвеар, Дж.; Динков Г.; Баркер, WC (2004). «PIRSF: Система классификации семейств на информационном ресурсе по белкам». Исследования нуклеиновых кислот . 32 (90001): 112Д–114. дои : 10.1093/nar/gkh097. ПМК 308831 . ПМИД  14681371. 
  10. ^ "GeorgeTown.edu - Protein Ontology". Архивировано из оригинала 2011-03-10 . Получено 2017-12-04 .
  11. ^ Чикко, Давиде; Массероли, Марко (2019). «Биологические и медицинские онтологии: онтология белков (PRO)». Энциклопедия биоинформатики и вычислительной биологии . С. 832–837. doi :10.1016/B978-0-12-809633-8.20396-8. ISBN 9780128114322. S2CID  66974875.
Взято с "https://en.wikipedia.org/w/index.php?title=Информационный_ресурс_о_белках&oldid=1188090534"