База данных генома сахаромицетов

Эта статья может потребовать очистки для соответствия стандартам качества Википедии . Конкретная проблема: Неправильная грамматика. Пожалуйста, помогите улучшить эту статью, если можете. ( Ноябрь 2024 ) ( Узнайте, как и когда удалить это сообщение )

База данных генома Saccharomyces ( SGD ) — это научная база данных молекулярной биологии и генетики дрожжей Saccharomyces cerevisiae , которые обычно называют пекарскими или почковыми дрожжами. ^[1] Дополнительная информация находится в курируемом репозитории Yeastract . ^[2]

SGD предоставляет доступ в Интернет к полной геномной последовательности ДНК Saccharomyces cerevisiae , ее генам и их продуктам, фенотипам ее мутантов и литературе, подтверждающей эти данные. В рецензируемом отчете по литературе экспериментальные результаты по функции и взаимодействию генов дрожжей извлекаются с помощью высококачественной ручной обработки и интегрируются в хорошо развитую базу данных. Данные объединяются с качественными высокопроизводительными результатами и размещаются на страницах Locus Summary, которые являются мощным механизмом запросов и богатым браузером генома. Исходя из сложности сбора информации, для интеграции информации и обеспечения продуктивного открытия новых биологических деталей используются многочисленные биоинформатические инструменты. ^[3] Золотой стандарт для функционального описания почкующихся дрожжей предоставляется SGD. SGD также предоставляет платформу для исследования связанных генов и путей в высших организмах. Объем информации и количество характеристик, предоставляемых SGD, значительно возросли после выпуска геномной последовательности S. cerevisiae . SGD помогает исследователям, предоставляя не только базовую информацию, но и такие инструменты, как поиск сходства последовательностей, которые приводят к подробной информации об особенностях генома и связях между генами. SGD представляет информацию с помощью множества удобных для пользователя, динамически создаваемых графических дисплеев, иллюстрирующих физические, генетические и карты особенностей последовательностей. Все данные в SGD находятся в свободном доступе для исследователей и преподавателей по всему миру через веб-страницы, разработанные для оптимальной простоты использования. ^[3]

Biocurator включает обзор опубликованной литературы или наборов данных, что приводит к идентификации и абстрагированию ключевых результатов. Затем результаты включаются в базу данных и используют контролируемые словари, связанные с соответствующими генами или хромосомными областями. По мере сбора большего количества данных биокурирование становится все более важным для биомедицинских исследований.

SGD является источником геномной последовательности для штамма S. cerevisiae S288C и включает каталог генов и хромосомных особенностей.

Одной из важных функций SGD является биокураторство литературы по дрожжам. Биокураторы SGD ищут всю научную литературу, которая имеет отношение к S. cerevisiae , читают статьи и фиксируют свои основные выводы в различных определенных областях базы данных. ^[3]

Биокураторы SGD стремятся аннотировать каждый ген, идентифицируя функцию(и) из первичной литературы и связывая с терминами, используя структурированное представление знаний в онтологии генов . ^[4] Кроме того, функции, идентифицированные в ходе высокопроизводительных экспериментов, а также аннотации функций, предсказанные с помощью вычислений, включены в проект аннотаций GO. ^[5]

Биохимические пути вручную курируются SGD и предоставляются с помощью программного обеспечения Pathway Tools версии 28.0. Набор данных биохимических путей SGD для S. cerevisiae , один из наиболее тщательно курируемых наборов данных среди всех доступных наборов данных Pathway Tools, является золотым стандартом для почкующихся дрожжей; SGD поддерживает постоянные усилия по обновлению и улучшению этих данных. Интерфейс Pathway Tools предоставляет полное описание каждого пути с молекулярными структурами, номерами EC и полным списком ссылок. Обновленный браузер путей предоставляет несколько улучшенных функций, включая загрузку списка генов, обнаруженных в пути, для дальнейшего анализа с помощью других инструментов, доступных в SGD. Браузер путей гиперссылается через раздел «Пути» на странице Locus Summary. ^[3]

SGD продолжает поддерживать геномную номенклатуру S. cerevisiae для поддержания стандартов, определенных сообществом, и для обеспечения соблюдения согласованных руководящих принципов при наименовании новых генов или присвоении новых названий ранее идентифицированным генам. Руководящие принципы сообщества гласят, что первое опубликованное название гена становится стандартным названием. Однако перед публикацией название гена может быть зарегистрировано и отображено в SGD, чтобы уведомить сообщество о его предполагаемом использовании. В случае возникновения разногласий или конфликтов названий кураторы SGD связываются с соответствующими исследователями в сообществе и по возможности договариваются о соглашении. Большинство тех, кто работает над рассматриваемым геном, должны согласиться на любое изменение номенклатуры до его внедрения в SGD. Помимо поддержания генетических названий, SGD гарантирует, что названия открытых рамок считывания (ORF), элементов автономно повторяющейся последовательности (ARS), транспортных РНК (tRNA) и других хромосомных признаков также соответствуют согласованным форматам. За последние 2 года было присвоено 154 новых названия генам и обработано 21 изменение названий, инициированное сообществом. ^[3]

SGD предоставляет несколько различных инструментов анализа.

BLAST , Basic Local Alignment Search Tool , — это программа, разработанная для поиска схожих областей между биологическими последовательностями. SGD позволяет пользователям выполнять поиск BLAST в наборах данных последовательностей S. cerevisiae .

Fungal BLAST позволяет проводить поиск среди нескольких последовательностей грибов

Поисковик терминов Gene Ontology (GO) ищет значимые общие термины GO или их родителей и используется для описания запрашиваемых генов, чтобы помочь пользователям узнать, что общего у этих генов.

GO Slim Mapper сопоставляет аннотации группы генов с более общими терминами и/или группирует их в широкие категории.

Сопоставление шаблонов — это ресурс, который позволяет пользователям искать короткие нуклеотидные или пептидные последовательности, состоящие менее чем из 20 остатков, или неоднозначные/вырожденные шаблоны.

Анализ рестрикции позволяет пользователям выполнять анализ рестрикции, вводя имя последовательности или произвольную последовательность ДНК ^[6]

Wikidata имеет свойство:

• Идентификатор базы данных генома Saccharomyces (P3406) (см. использование )

• База данных генома сахаромицетов