Бактероиды тетайотаомикрон
Виды бактерий

Бактероиды тетайотаомикрон
Научная классификация Редактировать эту классификацию
Домен:Бактерии
Тип:Бактероидота
Сорт:Бактероидии
Заказ:Бактероиды
Семья:Бактероидные
Род:Бактероиды
Разновидность:
Б. тетайотаомикрон
Биномиальное имя
Бактероиды тетайотаомикрон
(Дистазо 1912) Кастеллани и Чалмерс 1919

Bacteroides thetaiotaomicron — грамотрицательная, облигатно анаэробная бактерия и важный член микробиоты кишечника человека, особенно толстого кишечника. B. thetaiotaomicron принадлежит к роду Bacteroides — группе, известной своей ролью в сложном микробном сообществе микробиоты кишечника . Его протеом , состоящий из 4779 членов, включает систему получения и расщепления пищевых полисахаридов , которые в противном случае было бы трудно переварить человеческому организму. [1]

Бактерия кодирует ферменты, такие как гликозидгидролазы и полисахаридлиазы, что позволяет ей расщеплять пищевые волокна, такие как целлюлоза и гемицеллюлоза, на ферментируемые субстраты. Эта метаболическая активность генерирует короткоцепочечные жирные кислоты (SCFA), такие как ацетат и пропионат, которые поглощаются хозяином и обеспечивают критически важные источники энергии для клеток толстой кишки. [2]

B. thetaiotaomicron является условно-патогенным микроорганизмом и может стать вирулентным у лиц с ослабленным иммунитетом . B. thetaiotaomicron ассоциируется с другими комменсальными бактериями и индукцией регуляторных Т-клеток , которые необходимы для поддержания иммунной толерантности и предотвращения чрезмерной воспалительной реакции в слизистой оболочке кишечника. [3] Благодаря своей адаптивности и взаимодействию с иммунной и метаболической системами хозяина, B. thetaiotaomicron служит модельным организмом для изучения симбиоза , микробной экологии и взаимодействий кишечника и хозяина.

История и таксономия

Bacteroides thetaiotaomicron был впервые описан в 1912 году под названием Bacillus thetaiotaomicron и перенесен в род Bacteroides в 1919 году. [4] Видовое название происходит от греческих букв theta , iota и omicron ; в Списке названий прокариот, имеющих место в номенклатуре, это указано как «относящееся к морфологии вакуолизированных форм». [4] Название используется в качестве примера «произвольного» названия вида в Международном кодексе номенклатуры прокариот . [5] [6] Бактериальный тип Bacteroidota , отличающийся своей уникальной подвижностью, присутствует в широком диапазоне экосистем, мест обитания, образов жизни и физиологических состояний. [7] Род Bacteroides представляет собой наиболее известные бактерии в кишечнике людей, особенно в западных цивилизациях. Хотя он в изобилии встречается у людей, точное распределение варьируется между отдельными людьми и может зависеть от генома хозяина, диеты и других факторов. [8]

Эволюция

Bacteroides thetaiotaomicron — это распространенная бактерия в микробиоме кишечника человека , которая развивалась вместе с людьми для поддержки пищеварения и общего здоровья. Со временем эта бактерия развила способность расщеплять сложные углеводы на простые сахара, что помогает виду-хозяину получать больше энергии из потребляемой пищи. B. thetaiotaomicron имеет ряд специализированных ферментов , которые позволяют ей перерабатывать различные растительные волокна и другие пищевые компоненты, обнаруженные в кишечнике человека. Благодаря этим адаптациям она стала неотъемлемой частью экосистемы кишечника, принося пользу как себе, так и хозяину, играя большую роль в поддержании сбалансированного микробиома. [1]

Эволюция B. thetaiotaomicron , по-видимому, была сформирована изменением рациона питания и иммунной системы ее человеческих хозяев, что повлияло на генетические и функциональные особенности бактерии. Например, у нее есть гены, которые помогают ей обнаруживать и реагировать на различные питательные вещества, что делает ее более устойчивой к изменениям в рационе. Bacteroides thetaiotaomicron предпочитает питательные вещества в разные периоды жизни хозяина, особенно до и после периода отлучения младенца от груди. В период сосания предпочтительны олигосахариды, содержащиеся в материнском молоке, и другие углеводы хозяина. После периода отлучения от груди она предпочитает полисахариды растительного происхождения, такие как те, которые содержатся в рационе. [9] Она также играет роль в регуляции иммунной системы хозяина, уменьшая воспаление и способствуя стабильной среде кишечника. Эта связь отражает сложную коэволюцию, в которой выигрывают и человек-хозяин, и B. thetaiotaomicron , показывая, насколько взаимосвязанными стали микробиом кишечника и здоровье человека. [10] [11]

Эволюция сотрудничества в микробиоте кишечника, особенно с участием Bacteroides thetaiotaomicron , подчеркивает, как микробы кишечника адаптируются к сосуществованию и даже взаимодействию друг с другом и со своими хозяевами. Это сотрудничество позволяет B. thetaiotaomicron получать доступ к питательным веществам и выживать в сложной, конкурентной среде кишечника. Со временем эволюционное давление сформировало метаболические пути и механизмы коммуникации этой бактерии, что позволило ей процветать в симбиозе со своим хозяином, улучшая как выживаемость микробов, так и здоровье хозяина посредством мутуалистических взаимодействий. [12]

Диапазон хостов

Bacteroides thetaiotaomicron был выделен от людей, крупного рогатого скота, свиней, коз и мышей. [13] [14] Штамм Bacteroides thetaiotaomicron GA17 особенно связан с людьми. [15]

Геном

Геном B. thetaiotaomicron был секвенирован в 2003 году. Это одна кольцевая хромосома двухцепочечной ДНК. Ее длина составляет 6,26 мегабаз , но она имеет относительно небольшое количество отдельных генов . Это связано с генами, кодирующими белки, которые необычно велики по сравнению с другими прокариотами . [16] Эта геномная особенность свойственна и другому представителю рода, Bacteroides fragilis . [17] Обширное количество 16S рРНК, подсчитанное Проектом микробиома человека (HMP), показало, что геном содержит гены, связанные с расщеплением полисахаридов , включая гликозидгидролазы (GH) и полисахаридлиазы (PL), а также белки, связывающие крахмал . [16] [17] [18]

B. thetaiotaomicron имеет систему утилизации крахмала (Sus), которая позволяет бактериям связывать сложные полисахариды с поверхностью клетки, а ферменты внешней мембраны расщепляют их на простые сахара. Полисахариды, которые перевариваются B. thetaiotaomicron или через Sus, преобразуются в моносахариды, которые затем могут быть поглощены клетками человека для метаболизма. [19] [16] Использование Sus позволяет этой бактерии регулировать экспрессию сложных полисахаридов, что дает преимущество перед другими бактериями, которые не способны регулировать свою среду. [16]

Эти гены вместе с сигма-факторами типа ECF позволяют B. thetaiotaomicron соотносить доступность питательных веществ с экспрессией определенных генов. [16] Геном также содержит множество генов, которые кодируют белки, участвующие в распознавании и реагировании на внеклеточную среду, такие как сигма-факторы и двухкомпонентные системы . [16] [20] [21] Колокализация гена, кодирующего пищеварительные ферменты, с сигма-факторами внецитоплазматической функции и системами передачи сигнала создает механизм, который регулирует экспрессию генов на основе доступности питательных веществ в окружающей среде. [ 16] Геном B. thetaiotaomicron кодирует большое количество малых некодирующих РНК , которые также играют ключевую роль в регуляторных процессах, хотя на сегодняшний день охарактеризовано лишь несколько из них. [22] B. thetaiotaomicron имеет несколько различных типов мобильных генетических элементов, включая плазмиду в 33 килобазы, 63 транспозазы и четыре гомолога конъюгативного транспозона CTnDOT. CTnDOT кодирует устойчивость к антибиотикам эритромицину и тетрациклину и горизонтально передается между видами Bacteroides , а также другой кишечной микробиотой. [16]

Метаболизм

Bacteroides thetaiotaomicron способен метаболизировать очень широкий спектр в противном случае неперевариваемых полисахаридов , таких как амилоза , амилопектин и пуллулан . [20] Его набор ферментов, используемых для гидролиза гликозидных связей , является одним из крупнейших известных у прокариот , и даже считается, что он способен гидролизовать почти все гликозидные связи в биологических полисахаридах. Как основной организм кишечной флоры человека, расщепляющий растительные полисахариды, он может использовать пищевые углеводы , а также те, которые получены от хозяина , в зависимости от доступности питательных веществ. [23] Сложные растительные полисахариды, в отличие от простых моносахаридов и дисахаридов , которые перевариваются и всасываются в тонком кишечнике, остаются для использования в качестве источника пищи в толстой кишке. [19] Сложные полисахариды ферментируются в толстой кишке с образованием короткоцепочечных жирных кислот (SCFA), таких как ацетат и пропионат. Эти короткоцепочечные жирные кислоты служат источниками энергии для колоноцитов и обладают противовоспалительными свойствами [2]. B. thetaiotaomicron также использует гликолиз, путь Эмбдена-Мейерхофа-Парнаса (ЭМП) и ферментацию для метаболизма сахаров. [24]

B. thetaiotaomicron способен доминировать над многими другими кишечными бактериями в толстой кишке человека, используя свою превосходную способность усваивать достаточное количество питательных веществ. [19] Это возможно благодаря комбинированному воздействию увеличенного количества гликозилгидролаз , которые расщепляют ферменты, мембраносвязывающие белки и сахароспецифичные транспортеры. [19] Существует 172 гликозилгидролазы, продуцируемых B. thetaiotaomicron , что больше, чем у любой другой секвенированной бактерии, что обеспечивает ферменты, которые вносят продукты гидролиза в хозяина. [19] Все Bacteriodes используют локусы утилизации полисахаридов (PUL), кластеры генов которых кодируют системы, которые нацеливаются на углеводы и расщепляют их. [25] Частью этих систем являются углевод-активные ферменты (CAZymes), которые могут очень эффективно расщеплять сложные углеводы, содержащиеся в рационе. Было идентифицировано три различных PUL, которые используют RG-II, диетический углевод с наибольшей структурной сложностью, в качестве субстрата. Деградом RG-II содержит 23 фермента, которые нацелены на последовательные гликозидные связи в RG-II, что приводит к его разборке. [25]

B. thetaiotaomicron аэротолерантен и может выживать, но не расти, при воздействии кислорода . Кислород имеет ограниченный доступ в эукариотических средах-хозяевах, таких как кишечник человека. Может происходить образование активных форм кислорода (ROS), таких как перекись водорода, что угрожает флоре, атакуя ферменты кофакторов железа, широко используемые в метаболизме. [26] Чтобы снизить концентрацию кислорода, B. thetaiotaomicron экспрессирует ряд белков, которые удаляют ROS, такие как перекись водорода , при воздействии воздуха. [26]

Роль в микробиоме человека

Представители рода Bacteroides составляют около четверти микробной популяции в кишечнике взрослого человека. В долгосрочном исследовании видов Bacteroides в клинических образцах B. thetaiotaomicron был вторым наиболее распространенным изолированным видом после Bacteroides fragilis . [26] Он имеет решающее значение для людей, поскольку способен переваривать растительные материалы, которые ферменты в кишечнике не могут. [16]

B. thetaiotaomicron — это комменсал , тип симбиоза , то есть он обеспечивает хозяина ключевыми преимуществами, такими как пищеварение. [16] [17] B. thetaiotaomicron имеет гораздо больше гликозилгидролаз, из которых 61% расположены во внешней мембране или внеклеточном матриксе, что говорит о том, что пищеварительные способности служат хозяину бактерии больше, чем что-либо другое. [20] Гликозилгидролазы выражают 23 специфические ферментативные функции, которые снабжают хозяина или даже других микробов в кишечной флоре продуктами распада гидролиза. [19] Он также обладает способностью регулировать синтез эпителиальных гликанов , процесс, который включает его способность чувствовать доступность окружающих питательных веществ, например, в просвете кишечника. Он способен обнаруживать питательные вещества и задействовать ферменты хозяина, которые создают и модифицируют гликаны, когда их мало в их среде. Этот механизм регуляции позволяет B. thetaiotaomicron поддерживать предпочтительные для него условия окружающей среды. [16]

Предыдущие исследования показывают, что B. thetaiotaomicron стимулирует ангиогенез , то есть образование новых кровеносных сосудов, во время развития кишечника после рождения. В этих исследованиях использовались стерильные мыши для контроля микробиоты и мышам прививали определенную бактерию, B. thetaiotaomicron . Ангиогенез также приносит пользу хозяину, увеличивая способность человека усваивать питательные вещества, которые микроб помогает производить. [16]

B. thetaiotaomicron доминирует в микробиоме кишечника, а также помогает в другом постнатальном развитии кишечника с образованием слизистого барьера в кишечнике, который играет важную роль в поддержании гомеостаза хозяина и микробиоты. [27] [28] Слизистый барьер, расположенный между эпителием кишечника и микробиотой, является полупроницаемым, что позволяет усваивать необходимые питательные вещества, ограничивая при этом прохождение патогенных молекул. [27] [29] Почти 90% бактерий в микробиоте кишечника, колонизирующих желудочно-кишечный тракт (ЖКТ), относятся к типам Bacteroidetes или Firmicutes. [27] Способность B. thetaiotaomicron расти на полисахаридах, полученных от хозяина, в слизи является основным фактором, способствующим его стойкости в ЖКТ. [27] 

Вид Bacteroides обладает способностью производить отдельные липополисахариды (ЛПС), что предполагает, что он имеет потенциал для изменения врожденного иммунитета, поскольку гликолипиды , как известно, взаимодействуют с иммунной системой млекопитающих, в частности, посредством восприятия окружающих бактерий. Эти структуры ЛПС демонстрируют лестничный рисунок, указывающий на антиген O; однако, B. thetaiotaomicron в частности производит небольшие липоолигосахариды (ЛОС) при отсутствии антигена O. Обилие этих ЛПС и ЛОС указывает на то, что они могут функционировать, обеспечивая связь между хозяином и комменсальными микробами. [8]

Роль в иммунном ответе

B. thetaiotaomicron является видным членом микробиоты кишечника человека, и его роль в иммунном ответе сложна. Взаимодействие между B. thetaiotaomicron и иммунной системой способствует поддержанию гомеостаза кишечника и развитию иммунной системы. Противовоспалительные и иммуномодулирующие свойства внеклеточных везикул, генерируемых распространенными кишечными бактериями человека B. thetaiotaomicron , очевидны, наряду с идентификацией молекулярных механизмов, управляющих их взаимодействием с врожденными иммунными клетками. [30] B. thetaiotaomicron был связан с другими комменсальными бактериями и индукцией регуляторных Т-клеток, которые необходимы для поддержания иммунной толерантности и предотвращения чрезмерной воспалительной реакции. [3] [31]

Внешние мембранные везикулы (OMV) не только помогают защищать B. thetaiotaomicron от деградации, но и играют важную роль в стимулировании регуляторных ответов дендритных клеток . OMV B. thetaiotaomicron в здоровом кишечнике стимулируют дендритные клетки толстой кишки (DC) для экспрессии IL-10 . T-клетки стимулируются IL-10 и экспрессируются через врожденную иммунную систему через макрофаги и DC. OMV B. thetaiotaomicron у людей с язвенным колитом (UC) и болезнью Крона (CD) не способны стимулировать экспрессию IL-10, что приводит к потере регуляторных DC. При этих заболеваниях OMV B. thetaiotaomicron также вызывают значительно меньшее количество DC для экспрессии. Эти результаты также наблюдались у пациентов с неактивными заболеваниями, что означает, что дефекты иммунного ответа присущи воспалительному заболеванию кишечника (IBD). [32] [ требуется лучший источник ]

Патология

B. thetaiotaomicron также является условно-патогенным микроорганизмом и может инфицировать ткани, подверженные воздействию кишечной флоры. [26] Находясь в кишечнике, B. thetaiotaomicron обычно поддерживает полезные отношения со своим хозяином. Однако он может оказывать вредное воздействие, если попадает в другие области тела, которые не оснащены для эффективного взаимодействия с этим типом бактерий. В случае разрыва желудочно -кишечного тракта B. thetaiotaomicron, а также другие кишечные бактерии могут быть высвобождены из кишечника. [17] Это может привести к таким заболеваниям, как бактериемия , то есть наличие бактерий в кровотоке. B. thetaiotaomicron также может вызывать бактериальную инфекцию в тканях, которая вызывает иммунный ответ и способствует образованию абсцесса .

Благодаря своим способностям метаболизировать полисахариды, B. thetaiotaomicron вносит вклад в источник пищи других компонентов микробиома кишечника . Например, бактерии экспрессируют ферменты сиалидазы , но они не могут катаболизировать сиаловую кислоту . Следовательно, их присутствие увеличивает количество доступной сиаловой кислоты в кишечнике, которая может быть использована другими организмами для получения энергии. Эта специфическая способность позволяет расти патогенным бактериям, таким как Clostridioides difficile , которые используют сиаловую кислоту в качестве источника углерода. [33] Аналогичным образом было показано , что B. thetaiotaomicron усугубляет патогенную инфекцию E. coli из-за своей способности обогащать доступность питательных веществ для патогенов, таких как E. coli . [34] Ферментативные свойства B. thetaiotaomicron позволяют ему и дальше процветать в конкурентной среде человеческого кишечника.

Исследовать

Благодаря своей способности расщеплять сложные полисахариды, особенно те, которые содержатся в пищевых волокнах, которые люди не могут переварить должным образом, B. thetaiotaomicron стал модельным микробом для изучения микробиоты кишечника человека. [35] B. thetaiotaomicron играет заметную роль в здоровье кишечника, особенно в отношении его противовоспалительных свойств, которые важны при таких состояниях, как воспалительное заболевание кишечника (ВЗК) и болезнь Крона . [36] Исследования колита , формы ВЗК, показали, что B. thetaiotaomicron усиливает слизистый барьер, модулирует иммунный ответ микробиоты кишечника и противодействует дисбактериозу, обычно наблюдаемому у пациентов с ВЗК, подчеркивая роль B. thetaiotaomicron в предотвращении хронического воспаления. [34] В исследовании воспалительного заболевания кишечника (ВЗК) у мышей было обнаружено, что B. thetaiotaomicron облегчает колит при сочетании с Faecalibacterium prausnitzii . При сочетании с Faecalibacterium prausnitzii B. thetaiotaomicron оказалась квалифицированной бактерией для использования при трансплантации фекальной микробиоты и в общих будущих терапевтических отчетах . [37]

Его полностью секвенированный геном позволяет B. thetaiotaomicron подвергаться генетическим манипуляциям. Геном изменяется для понимания взаимодействия хозяина и бактерий, а также взаимодействия с другими микробами. [38] Было обнаружено, что B. thetaiotaomicron может быть сконструирован для поддержания долгосрочного хранения ответов на условия окружающей среды. Это может привести к возможности контролировать эффекты поверхностных полисахаридов , колонизации и общего здоровья кишечника хозяина. [39] Исследования также показали, что при воздействии желчи B. thetaiotaomicron развивает физиологические адаптации, позволяющие ему увеличивать свою способность к колонизации. Эти адаптации, вызванные желчью, включают в себя улучшенные механизмы толерантности к стрессу и повышенную выработку эффлюксных насосов , которые в конечном итоге обеспечивают перекрестную защиту от вредных агентов, таких как антибиотики . Однако концентрация желчи, необходимая для обеспечения этих адаптаций, может быть доступна только в определенных частях кишечника. [40]

Bacteroides thetaiotaomicron был оценен как индикатор фекального загрязнения. [41] Фекалии от разных видов хозяев приводят к различным рискам для здоровья. [42] Например, кишечные вирусы от людей являются причиной большинства желудочно-кишечных заболеваний, в то время как инфекционные паразиты, как правило, передаются от домашнего скота. [43] Определение происхождения фекалий является первым шагом в понимании риска контакта, а также того, как устранить угрозу заражения. Было обнаружено, что специфический маркер B. thetaiotaomicron , в частности, связанный с человеком штамм Bacteroides thetaiotaomicron GA17, [15] был точным индикатором фекального загрязнения. [44] Присутствие B. thetaiotaomicron больше у людей, чем у нелюдей, что делает его хорошим индикатором присутствия человеческих фекалий. [45] Точность теста в сочетании с более быстрым временем анализа для идентификации B. thetaiotaomicron в образцах делает эти бактерии – или бактериофаги, которые их инфицируют [46] – подходящим претендентом для будущей идентификации фекальных загрязнений. [44]

Ссылки

  1. ^ ab Comstock LE, Coyne MJ (октябрь 2003 г.). " Bacteroides thetaiotaomicron : динамичный, нишево-адаптированный человеческий симбионт". BioEssays . 25 (10): 926– 9. doi :10.1002/bies.10350. PMID  14505359.
  2. ^ ab Lovegrove A, Edwards CH, De Noni I, Patel H, El SN, Grassby T и др. (январь 2017 г.). «Роль полисахаридов в пище, пищеварении и здоровье». Критические обзоры по науке о продуктах питания и питании . 57 (2). Национальная медицинская библиотека: 237– 253. doi : 10.1080/10408398.2014.939263. PMC 5152545. PMID  25921546 . 
  3. ^ ab Wegorzewska MM, Glowacki RW, Hsieh SA, Donermeyer DL, Hickey CA, Horvath SC и др. (февраль 2019 г.). «Диета модулирует реакции Т-клеток толстой кишки, регулируя экспрессию антигена Bacteroides thetaiotaomicron». Science Immunology . 4 (32). doi :10.1126/sciimmunol.aau9079. PMC 6550999. PMID 30737355  . 
  4. ^ ab "Bacteroides". Список названий прокариот, имеющих положение в номенклатуре . Получено 20 мая 2018 г.
  5. ^ Oren A, Vandamme P, Schink B (июнь 2016 г.). «Заметки об использовании греческих корней слов в названиях родов и видов прокариот». Международный журнал систематической и эволюционной микробиологии . 66 (6): 2129– 40. doi : 10.1099/ijsem.0.001063 . PMID  27055242.
  6. ^ Trüper HG (апрель 1999). «Как назвать прокариот?: Этимологические соображения, предложения и практические советы по номенклатуре прокариот». FEMS Microbiology Reviews . 23 (2): 231– 249. doi : 10.1111/j.1574-6976.1999.tb00397.x .
  7. ^ Ханке Р. Л., Мейер-Кольтхофф Дж. П., Гарсия-Лопес М., Мукерджи С., Хантман М., Иванова Н. Н. и др. (2016-12-20). "Таксономическая классификация Bacteroidetes на основе генома". Frontiers in Microbiology . 7 : 2003. doi : 10.3389 /fmicb.2016.02003 . PMC 5167729. PMID  28066339. 
  8. ^ ab Jacobson AN, Choudhury BP, Fischbach MA (март 2018 г.). Relman DA (ред.). "Биосинтез липоолигосахарида из Bacteroides thetaiotaomicron". mBio . 9 (2). doi :10.1128/mBio.02289-17. PMC 5850320 . PMID  29535205. 
  9. ^ Bjursell MK, Martens EC, Gordon JI (ноябрь 2006 г.). «Функциональные геномные и метаболические исследования адаптаций известного симбионта кишечника взрослого человека, Bacteroides thetaiotaomicron, к периоду сосания». Журнал биологической химии . 281 (47): 36269– 79. doi : 10.1074/jbc.M606509200 . PMID  16968696.
  10. ^ Hooper LV, Wong MH, Thelin A, Hansson L, Falk PG, Gordon JI (февраль 2001 г.). «Молекулярный анализ комменсальных взаимоотношений хозяина и микробов в кишечнике». Science . 291 (5505): 881– 4. Bibcode :2001Sci...291..881H. doi :10.1126/science.291.5505.881. PMID  11157169.
  11. ^ Xu J, Bjursell MK, Himrod J, Deng S, Carmichael LK, Chiang HC и др. (март 2003 г.). «Геномный взгляд на симбиоз человека и Bacteroides thetaiotaomicron». Science . 299 (5615). New York, NY: 2074– 6. Bibcode :2003Sci...299.2074X. doi :10.1126/science.1080029. PMID  12663928.
  12. ^ Ракофф-Наум С., Фостер К. Р., Комсток Л. Э. (май 2016 г.). «Эволюция сотрудничества в микробиоте кишечника». Nature . 533 (7602): 255– 9. Bibcode :2016Natur.533..255R. doi :10.1038/nature17626. PMC 4978124 . PMID  27111508. 
  13. ^ Porter NT, Luis AS, Martens EC (ноябрь 2018 г.). «Bacteroides thetaiotaomicron». Тенденции в микробиологии . 26 (11): 966– 7. doi :10.1016/j.tim.2018.08.005. PMID  30193959.
  14. ^ Li H, Wang XK, Tang M, Lei L, Li JR, Sun H и др. (2024). «Bacteroides thetaiotaomicron улучшает гепатостеатоз у мышей, регулируя микробный состав кишечника, метаболизм фолиевой кислоты и ненасыщенных жирных кислот в кишечнике». Gut Microbes . 16 (1): 2304159. doi :10.1080/19490976.2024.2304159. PMC 10824146 . PMID  38277137. 
  15. ^ ab Ballesté E, Blanch AR, Mendez J, Sala-Comorera L, Maunula L, Monteiro S и др. (2021). «Бактериофаги являются хорошими оценщиками человеческих вирусов, присутствующих в воде». Границы микробиологии . 12 : 619495. doi : 10.3389/fmicb.2021.619495 . ПМК 8128106 . ПМИД  34012424. 
  16. ^ abcdefghijkl Сюй Дж., Бьюрселл М.К., Химрод Дж., Дэн С., Кармайкл Л.К., Чан Х.К. и др. (март 2003 г.). «Геномный взгляд на симбиоз человека и Bacteroides thetaiotaomicron». Наука . 299 (5615): 2074– 6. Бибкод : 2003Sci...299.2074X. дои : 10.1126/science.1080029. PMID  12663928. S2CID  34071235.
  17. ^ abcd Wexler HM (октябрь 2007 г.). «Бактероиды: хорошие, плохие и нитти-гритти». Clinical Microbiology Reviews . 20 (4): 593– 621. doi :10.1128/CMR.00008-07. PMC 2176045. PMID 17934076  . 
  18. ^ Ye M, Yu J, Shi X, Zhu J, Gao X, Liu W (2021). «Катаболизм полисахаридов кишечной бактерией человека - Bacteroides thetaiotaomicron : достижения и перспективы». Критические обзоры в области пищевой науки и питания . 61 (21): 3569–88 . doi :10.1080/10408398.2020.1803198. PMID  32779480.
  19. ^ abcdef Comstock LE, Coyne MJ (октябрь 2003 г.). «Bacteroides thetaiotaomicron: динамичный, нишево-адаптированный человеческий симбионт». BioEssays . 25 (10): 926– 9. doi :10.1002/bies.10350. PMID  14505359.
  20. ^ abc Xu J, Chiang HC, Bjursell MK, Gordon JI (январь 2004 г.). «Сообщение от симбионта кишечника человека: чувствительность — необходимое условие для обмена». Trends in Microbiology . 12 (1): 21– 28. doi :10.1016/j.tim.2003.11.007. PMID  14700548.
  21. ^ Flint HJ, Bayer EA, Rincon MT, Lamed R, White BA (февраль 2008 г.). «Утилизация полисахаридов кишечными бактериями: потенциал для новых идей из геномного анализа». Nature Reviews. Microbiology . 6 (2): 121– 131. doi :10.1038/nrmicro1817. PMID  18180751. S2CID  10400358.
  22. ^ Райан Д., Дженнихес Л., Рейхардт С., Барквист Л., Вестерманн А.Дж. (июль 2020 г.). «Карта транскриптома высокого разрешения идентифицирует малую РНК-регуляцию метаболизма у кишечного микроба Bacteroides thetaiotaomicron». Nature Communications . 11 (1): 3557. Bibcode :2020NatCo..11.3557R. doi : 10.1038/s41467-020-17348-5 . PMC 7366714 . PMID  32678091. 
  23. ^ Sonnenburg JL, Xu J, Leip DD, Chen CH, Westover BP, Weatherford J, et al. (март 2005 г.). «Поиск гликанов in vivo адаптированным к кишечнику бактериальным симбионтом». Science . 307 (5717): 1955– 9. Bibcode :2005Sci...307.1955S. doi :10.1126/science.1109051. PMID  15790854. S2CID  13588903.
  24. ^ Олифант К, Аллен-Верко Э (июнь 2019 г.). «Метаболизм макронутриентов микробиомом кишечника человека: основные побочные продукты ферментации и их влияние на здоровье хозяина». Микробиом . 7 (1): 91. doi : 10.1186/s40168-019-0704-8 . PMC 6567490 . PMID  31196177. 
  25. ^ аб Трован Ф., Коррейя В.Г., Лоренсу Ф.М., Рибейру Д.О., Карвалью А.Л., Пальма А.С. и др. (2023-01-02). «Структура углеводсвязывающего модуля Bacteroides thetaiotaomicron дает новое представление о распознавании сложных пектиновых полисахаридов микробиомом человека». Журнал структурной биологии . 7 : 100084. дои : 10.1016/j.yjsbx.2022.100084 . ПМЦ 9843283 . ПМИД  36660365. 
  26. ^ abcd Mishra S, Imlay JA (декабрь 2013 г.). «Анаэробная бактерия Bacteroides thetaiotaomicron использует консорциум ферментов для удаления перекиси водорода». Молекулярная микробиология . 90 (6): 1356–71 . doi :10.1111/mmi.12438. PMC 3882148. PMID  24164536 . 
  27. ^ abcd Wrzosek L, Miquel S, Noordine ML, Bouet S, Joncquel Chevalier-Curt M, Robert V и др. (май 2013 г.). "Bacteroides thetaiotaomicron и Faecalibacterium prausnitzii влияют на выработку гликанов слизи и развитие бокаловидных клеток в эпителии толстой кишки у модельного гнотобиотического грызуна". BMC Biology . 11 : 61. doi : 10.1186/1741-7007-11-61 . PMC 3673873 . PMID  23692866. 
  28. ^ Xu J, Gordon JI (сентябрь 2003 г.). «Почитай своих симбионтов». Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки . 100 (18): 10452– 9. doi : 10.1073 /pnas.1734063100 . PMC 193582. PMID  12923294. 
  29. ^ Vancamelbeke M, Vermeire S (сентябрь 2017 г.). «Кишечный барьер: фундаментальная роль в здоровье и болезни». Expert Review of Gastroenterology & Hepatology . 11 (9): 821– 834. doi :10.1080/17474124.2017.1343143. PMC 6104804. PMID  28650209 . 
  30. ^ Фонсека С., Карвальо А.Л., Микель-Клопес А., Джонс Э.Дж., Юдейкис Р., Стенц Р. и др. (10.11.2022). «Внеклеточные везикулы, продуцируемые кишечной комменсальной бактерией Bacteroides thetaiotaomicron, вызывают противовоспалительные реакции со стороны клеток врожденного иммунитета». Границы микробиологии . 13 : 1050271. doi : 10.3389/fmicb.2022.1050271 . ПМЦ 9684339 . ПМИД  36439842. 
  31. ^ Wu HJ, Wu E (январь 2012 г.). «Роль микробиоты кишечника в иммунном гомеостазе и аутоиммунитете». Gut Microbes . 3 (1): 4– 14. doi : 10.4161/gmic.19320 . PMC 3337124. PMID  22356853 . 
  32. ^ Дюрант Л., Стенц Р., Нобл А., Брукс Дж., Гичева Н., Редди Д. и др. (июнь 2020 г.). «Везикулы наружной мембраны, полученные из Bacteroides thetaiotaomicron, способствуют регуляторным реакциям дендритных клеток в норме, но не при воспалительных заболеваниях кишечника». Microbiome . 8 (1): 88. doi : 10.1186/s40168-020-00868-z . PMC 7282036 . PMID  32513301. 
  33. ^ Bäumler AJ, Sperandio V (июль 2016 г.). «Взаимодействие между микробиотой и патогенными бактериями в кишечнике». Nature . 535 (7610): 85– 93. Bibcode :2016Natur.535...85B. doi :10.1038/nature18849. PMC 5114849 . PMID  27383983. 
  34. ^ ab Curtis MM, Hu Z, Klimko C, Narayanan S, Deberardinis R, Sperandio V (декабрь 2014 г.). «Кишечный комменсал Bacteroides thetaiotaomicron обостряет кишечную инфекцию посредством изменения метаболического ландшафта». Cell Host & Microbe . 16 (6): 759– 769. doi :10.1016/j.chom.2014.11.005. PMC 4269104 . PMID  25498343. 
  35. ^ Равчеев ДА, Годзик А, Остерман АЛ, Родионов ДА (декабрь 2013 г.). «Утилизация полисахаридов в кишечной бактерии человека Bacteroides thetaiotaomicron: сравнительная геномная реконструкция метаболических и регуляторных сетей». BMC Genomics . 14 : 873. doi : 10.1186/1471-2164-14-873 . PMC 3878776 . PMID  24330590. 
  36. ^ Delday M, Mulder I, Logan ET, Grant G (январь 2019 г.). «Bacteroides thetaiotaomicron облегчает воспаление толстой кишки в доклинических моделях болезни Крона». Воспалительные заболевания кишечника . 25 (1): 85–96 . doi :10.1093/ibd/izy281. PMC 6290787. PMID  30215718 . 
  37. ^ Xu B, Fu Y, Yin N, Qin W, Huang Z, Xiao W и др. (май 2024 г.). «Bacteroides thetaiotaomicron и Faecalibacterium prausnitzii служили ключевыми компонентами трансплантации фекальной микробиоты для облегчения колита». Am J Physiol Gastrointest Liver Physiol . 326 (5): G607 – G621 . doi :10.1152/ajpgi.00303.2023. PMC 11376976 . PMID  38502145.  
  38. ^ Лай Ю, Хаяши Н, Лу ТК (октябрь 2022 г.). «Инженерия комменсала кишечника человека Bacteroides thetaiotaomicron с помощью синтетической биологии». Современное мнение в области химической биологии . 70 : 102178. doi : 10.1016/j.cbpa.2022.102178. ПМИД  35759819.
  39. ^ Mimee M, Tucker AC, Voigt CA, Lu TK (июль 2015 г.). «Программирование человеческой комменсальной бактерии Bacteroides thetaiotaomicron для восприятия и реагирования на стимулы в микробиоте кишечника мышей». Cell Systems . 1 (1): 62– 71. doi :10.1016/j.cels.2015.06.001. PMC 4762051 . PMID  26918244. 
  40. ^ Béchon N, Mihajlovic J, Lopes AA, Vendrell-Fernández S, Deschamps J, Briandet R и др. (февраль 2022 г.). «Bacteroides thetaiotaomicron использует широко распространенную внеклеточную ДНКазу для содействия образованию желчно-зависимой биопленки». Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки . 119 (7). Bibcode : 2022PNAS..11911228B. doi : 10.1073/pnas.2111228119 . PMC 8851478. PMID  35145026 . 
  41. ^ Aslan A, Rose JB (январь 2013 г.). «Оценка специфичности хозяина Bacteroides thetaiotaomicron alpha-1-6, гена маннаназы как маркера сточных вод». Письма в прикладную микробиологию . 56 (1): 51– 56. doi :10.1111/lam.12013. PMID  23078617.
  42. ^ Santiago-Rodriguez TM, Hollister EB (январь 2023 г.). «Вирусная метагеномика как инструмент отслеживания источников фекального загрязнения: подход «Единое здоровье». Вирусы . 15 (1): 236. doi : 10.3390/v15010236 . PMC 9863393. PMID  36680277 . 
  43. ^ Холкомб ДА, Стюарт ДжР (2020-09-01). «Микробные индикаторы фекального загрязнения: недавний прогресс и проблемы в оценке качества воды». Current Environmental Health Reports . 7 (3): 311– 324. Bibcode : 2020CEHR....7..311H. doi : 10.1007/s40572-020-00278-1. ISSN  2196-5412. PMC 7458903. PMID 32542574  . 
  44. ^ ab Zlender T, Rupnik M (2023). "Обзор молекулярных маркеров для идентификации источников фекального загрязнения, не относящихся к человеку". Frontiers in Microbiology . 14 : 1256174. doi : 10.3389/fmicb.2023.1256174 . PMC 10701406. PMID  38075863 . 
  45. ^ Carson CA, Christiansen JM, Yampara-Iquise H, Benson VW, Baffaut C, Davis JV и др. (август 2005 г.). «Специфичность маркера Bacteroides thetaiotaomicron для человеческих фекалий». Applied and Environmental Microbiology . 71 (8): 4945– 9. Bibcode :2005ApEnM..71.4945C. doi :10.1128/AEM.71.8.4945-4949.2005. PMC 1183297 . PMID  16085903. 
  46. ^ Méndez J, García-Aljaro C, Muniesa M, Pascual-Benito M, Ballesté E, López P и др. (январь 2022 г.). «Моделирование загрязнения водоемов человеком с использованием соматических колифагов и бактериофагов, которые инфицируют штамм Bacteroides thetaiotaomicron GA17». Журнал управления окружающей средой . 301 : 113802. Bibcode : 2022JEnvM.30113802M. doi : 10.1016/j.jenvman.2021.113802. hdl : 2445/194493 . PMID:  34638039.
Взято с "https://en.wikipedia.org/w/index.php?title=Bacteroides_thetaiotaomicron&oldid=1259814878"