Обсуждение:Монофилия

Эта статья имеет рейтинг C-класса по шкале оценки контента Википедии . Она представляет интерес для следующих WikiProjects :

Эволюционная биология Средняя важность Эта статья является частью WikiProject Evolutionary biology , попытки создать полезный набор статей по эволюционной биологии и связанным с ней подобластям, таким как популяционная генетика , количественная генетика , молекулярная эволюция , филогенетика и эволюционная биология развития . Она отличается от WikiProject Tree of Life тем, что пытается охватить закономерности, процессы и теории, а не систематику и таксономию . Если вы хотите принять участие, есть несколько предложений на этой странице (см. также Wikipedia:Contributing FAQ для получения дополнительной информации) или посетите WikiProject Evolutionary biologyЭволюционная биология Википедия:WikiProject Эволюционная биология Шаблон:WikiProject Эволюционная биология Эволюционная биология Середина This article has been rated as Mid-importance on the project's importance scale. Tree of Life Mid‑importance This article is within the scope of WikiProject Tree of Life, a collaborative effort to improve the coverage of taxonomy and the phylogenetic tree of life on Wikipedia. If you would like to participate, please visit the project page, where you can join the discussion and see a list of open tasks.Tree of LifeWikipedia:WikiProject Tree of LifeTemplate:WikiProject Tree of Lifetaxonomic Mid This article has been rated as Mid-importance on the project's importance scale.

На самом деле, биологи обсуждают этот вопрос в отношении рода Homo прямо сейчас, хотя и по разным причинам. Например, H. heidelbergensis и H. neanderthalensis считаются подвидами H. sapiens. Следовательно, Homo не является строго монофилетическим!

Это неверно. Если бы H. heidelbergensis и H. neanderthalensis были подвидами H. sapiens, то они по определению ИМЕЛИ бы общую предковую форму, и это никак не мешало бы монофилии Homo. -- Taw

Так или иначе, ребята, Homo — не очень хороший пример. Более поучительные придирки можно найти в кладистике Dinosauria/Aves, не так ли?

В этой записи необходимо упомянуть кладистику/клады, чтобы быть понятным. Пользователь:Wetman

Некоторые части этого непонятны или просто неверны. Я не уверен, что сейчас я готов полностью переписать это, но я упомяну основные проблемы здесь на случай, если появится сильная защита статус-кво:

1) Голофилия против монофилии. Обсуждение голофилии в этой статье, вероятно, лучше всего ограничить текущим утверждением "Термин является синонимом необычного термина голофилия". Да, был краткий интерес к использованию слова "голофилия" для того, что мы в настоящее время называем "монофилия", но это второстепенный вопрос, в то время как эта статья, кажется, предполагает, что это главное событие. Если обсуждение этого довольно несуществующего спора необходимо, его лучше всего поместить в статью для термина "голофилия", поскольку этот термин является целиком и полностью порождением этого спора, в то время как "монофилия" - нет.

2) В статье в настоящее время есть ряд предложений, таких как «Однако, при рассмотрении таксономических групп, таких как роды и виды, наиболее подходящая природа этого общего предка неясна. Предположение, что это одна особь или спаривающаяся пара, нереалистично для видов, которые по определению являются скрещивающимися популяциями.[1]» и «Наименование также является проблемой для монофилетических групп: поскольку число предков, от которых происходят монофилетические группы, почти бесконечно, дать каждой кладе уникальное имя невозможно[4] - как показано на неудачных попытках инициировать систему, называемую Филокод. Названия скрывают действительно интересную часть, которая является порядком ветвления, и поэтому малополезны для кладиста [...]», которые подчеркивают эксцентричные возражения против кладизма. Благодаря своему включению они создают впечатление, что концепция монофилии окутана неясностью и спорами и является скорее запутывающей, чем объясняющей. Статья NPOV должна, по-видимому, попытаться выделить и прояснить общепринятое использование и определение термина. Обсуждения несогласия с этой общепринятой точкой зрения не обязательно должны быть полностью удалены, но они не должны доминировать над ней.

3) Включает ли таксон общего предка ныне живущих членов, является довольно щекотливым вопросом, который следует, по крайней мере, упомянуть связным образом. В настоящее время статья выступает за включение вымерших видов в кладистическую классификацию ныне живущих видов без обсуждения, но также иногда не соглашается с собой; это не помогает.

4) Кажется, существует путаница между типологической и филогенетической классификациями, например: «Например, Archaeopteryx выглядит скорее рептильным, чем птичьим — у него есть зубы и ряд других рептильных характеристик. Но у него также есть перья, которые традиционно считались птичьим признаком. У него отсутствует ряд других признаков, общих для всех птиц, поэтому он не может попасть в птичью кладу». Если Aves определяется филогенетически, его принадлежность определяется на основе общего происхождения его членов и ничего более. Только если Aves определяется типологически, определенные черты считаются необходимыми и/или достаточными условиями для членства. Но в этом примере Archaeopteryx, как утверждается, исключен из *клады* (филогенетической единицы) на основании отсутствия определенных признаков, которые предположительно необходимы для членства; т. е. к кладе применяется типологическая интерпретация членства таксона. Этот пример еще больше запутывается из-за проблем, возникающих при попытке последовательного включения вымерших таксонов в классификацию современных таксонов, как упоминалось выше.

5) И очень незначительный момент: называть кладу «монофилией» — очень необычная конструкция. Я не думаю, что когда-либо видел ее использование в филогенетической литературе; вероятно, она где-то есть, но она, по крайней мере, аномальна. Paalexan ( talk ) 00:19, 15 ноября 2009 (UTC) [ ответить ]

Определение полифелтического, в отличие от парафилетического, для меня не имеет смысла. Может ли кто-нибудь помочь прояснить следующие моменты и/или обновить статью.

В филогенетике группа является монофилетической (по-гречески: одного корня), если известно, что все организмы в этой группе произошли от общей предковой формы, и все потомки этой формы включены в группу.

Как возможно, чтобы организмы в группе не имели общей предковой формы? Если эволюционное дерево действительно является деревом, то так будет всегда, и устранение этого условия не повлияет на определение.

Таксономические группы, которые содержат организмы, но не имеют общего предка, называются полифилетическими, а группы, которые содержат некоторых, но не всех потомков данной формы, называются парафилетическими.

Каждое подмножество множества существующих видов всегда будет иметь последнего общего предка. Так что же означает, что таксономическая группа содержит организмы, но не имеет их общего предка?

Разница в том, находится ли последний общий предок в группе. Например, теплокровные позвоночные все произошли от предковой рептилии, но она сама не была теплокровной, поэтому они образуют полифилетическую группу.

Я не эксперт в филогении/кладистике, но насколько я помню, клада могла бы быть полифилетической, если бы два вида были сгруппированы вместе на основе, скажем, физических и поведенческих характеристик, но на самом деле имели разных предков из-за конвергентной эволюции. У меня нет для вас реального примера (и даже хорошего гипотетического), но гипотетически, предположим, что птицы произошли от какого-то динозаврового предка, за исключением страусов, которые сначала прошли часть пути млекопитающих/сумчатых, а затем разветвились оттуда до своей нынешней формы. Страусы тогда сделали бы всю птичью кладу полифилетической, но филогении, возможно, не захотят пересматривать дерево по историческим причинам. Надеюсь, это поможет (и что это даже частично правильно: как я уже сказал, я не эксперт).

Также я сделал небольшую правку, чтобы парафилия ссылалась на эту статью. Potatophysics 04:13, 6 октября 2005 (UTC) [ ответить ]

Не существует непроизвольного различия между парафилией и полифилией при классификации только существующих таксонов. Если эти два термина вообще различаются, таксон называется «парафилетическим», если его члены относительно близкородственны, и «полифилетическим», если его члены относительно отдаленнородственны. Различие возможно только в том случае, если вымершие виды явно включены в классификацию существующих таксонов; тогда можно провести различие между таксонами, которые включают или не включают общего предка существующих видов, включенных в них. Однако включение вымерших видов в кладистическую классификацию существующих видов требует открытия очень большой банки с червями. На практике эта банка с червями обычно остается закрытой; в результате вымершие таксоны не имеют четкого места в кладистической классификации (т. е. классификации существующих и вымерших видов, как правило, несовместимы, если обе не являются типологическими, а не филогенетическими), и различие между парафилией и полифилией, как правило, неприменимо, за исключением произвольного смысла, упомянутого выше. Paalexan ( обсуждение ) 23:37, 14 ноября 2009 (UTC) [ ответ ]

Может ли кто-нибудь перевести это на английский язык так, чтобы его мог понять неспециалист?

• Эволюционные таксономисты используют термин «голофилетический» для обозначения обсуждаемого здесь типа групп, при этом монофилия включает как голофилию, так и парафилию. (Без подписи, пользователем: 66.44.102.50, 1 апреля 2006 г.)

Я бы хотел поддержать эту просьбу. Означает ли это утверждение, что holophyletic — синоним monophyletic? (И почему holophyletic — викиссылка, если она просто перенаправляет обратно на эту статью)? -- SB_Johnny | ^talk 10:13, 28 июля 2006 (UTC) [ ответить ]

Я изменил предложение; надеюсь, новая версия будет более осмысленной. Джош

Намного лучше, спасибо! SB_Johnny | ^talk 10:29, 29 июля 2006 (UTC) [ ответить ]

• Тем не менее, голофилетическая ссылка перенаправляет на монофилию. — Предыдущий неподписанный комментарий был добавлен Wikiality123 ( обсуждение • вклад ) 10:45, 24 апреля 2007 (UTC).[ отвечать ]

Все еще непонятно. Вся идея введения в том, чтобы любой читатель мог понять, о чем идет речь. Этого не было сделано. Слишком много заумных и инсайдерских терминов. - 22:02, 22 февраля 2010 (UTC) — Предыдущий неподписанный комментарий добавлен KitchM ( обсуждение • вклад )

Что это такое и каков источник утверждения о множественном возникновении? Эта статья единственная во всей Википедии, а также в Интернете (согласно Google), где когда-либо упоминаются такие виды. mathrick 00:14, 26 ноября 2006 (UTC) [ ответить ]

Поскольку Google исправляет написание на "Tragopogon miscellus" и выдает результаты о полиплоидии и растениях в Вашингтоне, я утверждаю, что "Iragopogen" — это опечатка. Rehevkor5 23:11, 5 декабря 2006 (UTC) [ ответить ]

Заявление о том, что оно возникло независимо более 20 раз, кажется необычным. Может ли кто-то с большими знаниями об этом сделать большее дело и объяснить это лучше? Это звучит почти невероятным, чтобы поверить.23:59, 21 декабря 2006 (UTC)

Это вызвано запутанным типом эволюции, который по-разному называют редукционным видообразованием, сетчатой ​​эволюцией или гибридным видообразованием. Это хорошо известно в некоторых группах (например, растениях) и представляет собой серьезную проблему для "типичных" прикладных концепций видов. В основном, это вызвано гибридизацией двух видов. Их потомство в конечном итоге становится репродуктивно изолированным от двух "исходных" видов, т. е. нового вида. Поскольку основа для этого нового вида была сформирована двумя другими видами, он может потенциально "повторно эволюционировать" всякий раз, когда два исходных вида вступают в контакт. Подробнее см. гибридное видообразование и полиплоидия . Rabo3 02:13, 1 сентября 2007 (UTC) [ ответить ]

Является ли монофилетическая группа по сути тем же самым, что и клада?23:59, 21 декабря 2006 (UTC)

Идентичный. Дэйв ( обсуждение ) 03:54, 23 января 2010 (UTC) [ ответить ]

Мне интересно получить несколько понятных статей по кладистике, поэтому я собираюсь их отредактировать. Я также работаю над несколькими другими. Меня беспокоят тонкие моменты, то, что делает хорошие статьи хорошими и т. д. Что есть у них, чего нет у нас? Тонкие моменты. Сначала меня интересует ясность. Я верю, что все начинается хорошо. После этого стиль становится менее энциклопедическим; может быть, он пытается быть Стивеном Джеем Гулдом, но — вне контекста. Ссылки — ну, я рад их видеть. Эта первая ссылка, разве мы не можем указать номер страницы?

Так что не расстраивайтесь, помогите. Я работаю очень медленно, много времени. Дэйв ( обсуждение ) 03:54, 23 января 2010 (UTC) [ ответить ]

Ранние работы по кладистике были выполнены на немецком языке и переведены на английский. Иногда, однако, слово, которое кажется лучшим переводом, не используется или используется не так, как в английском, особенно если переводчик больше склонялся к транслитерации. Слова выглядят одинаково, но они не одинаковы. Например, мы не говорим о характерах птиц или рептилий — характер — это символ на странице или состояние этической или моральной правильности. Мы называем признак характеристикой. Но в переводческих контекстах, как только вы понимаете, как его использует автор, характер приемлем. Для наиболее ясного английского я хочу избегать переводных терминов и использовать обычный эквивалент. Дэйв ( talk ) 09:08, 24 января 2010 (UTC) [ ответить ]

• «Однако при рассмотрении таксономических групп, таких как роды и виды, наиболее подходящая природа их общего предка неясна. Предположение, что это будет одна особь или спаривающаяся пара, нереалистично для видов, которые по определению являются скрещивающимися популяциями.[5]

• Однако использование более широкого определения, например, вида и всех его потомков, на самом деле не подходит для определения рода.[5] Удовлетворительное и всеобъемлющее кладистическое определение вида или рода на самом деле невозможно и отражает невозможность бесшовного внедрения градуалистической модели непрерывного изменения в «квантовую» модель Линнея, где виды имеют определенные границы, а посредники между видами не могут быть учтены.[6]"

В этих отрывках есть такие проблемы с английским языком, что они становятся непонятными. Сначала мы говорим о «соответствующей природе». Затем мы ссылаемся на нее с помощью «it», называя ее также индивидуумом или парой спаривания. Извините, но индивидуумы не являются природой, не имеют природы (какова природа Тома, Дика или Гарри, и являются ли они природой?), и пары спаривания тоже. Только универсалии имеют природу: человек, птица, млекопитающее и так далее. Есть вопрос о природе и вопрос об общем предке. Они не идентичны; вы не можете смешивать эти два. Я предполагаю, что под природой вы подразумеваете синапоморфию. С каких пор синапоморфия? Вы имеете в виду, что мы можем игнорировать синапоморфии, которые НЕ являются наиболее соответствующей природой? А что случилось с плезиоморфией, или это то, что вы подразумеваете под природой?

В следующем абзаце, что вы имеете в виду, говоря «не работает на самом деле»? Во-первых, уровень стиля неуместен. Во-вторых, если вы имеете в виду логическую непоследовательность, вы никоим образом не указали, что это такое, и даже не намекнули, что это может быть. Я вижу, вы говорите нам, что «кладистическое определение» вида или рода «фактически невозможно». Мне кажется, вы пытаетесь сказать, что виды и роды не могут быть в стволе клады. Ну, если они не могут быть, я хотел бы знать, что может быть, поскольку не может быть более общих таксонов без подчиненных таксонов. Но, возможно, вы не это имели в виду. То, что вы имеете в виду, совершенно непроницаемо.

Третья проблема — ваши ссылки. Вы продолжаете цитировать Симпсона без указания номеров страниц. Другими словами, нам приходится просматривать всю книгу, чтобы попытаться выяснить, что вы имеете в виду. Это поверхностное отсутствие ссылки может удовлетворить беглый осмотр сисадмина в спешке, но это никоим образом не ссылка. В другой ссылке вы даете нам ссылку на аннотацию статьи, но эта аннотация не имеет никакого отношения к приведенным выше отрывкам. Может быть, статья и имеет, но мы не можем получить ее, не заплатив за нее. Вы не можете ссылаться на платные сайты, разве вы не знали этого? Я не знаю, является ли статья подходящей, так как не могу понять, на что она ссылается. Сначала дайте нам идею, затем дайте ссылку. Никакой идеи, бесполезная ссылка.

На данный момент я оставлю этот отрывок, чтобы дать вам возможность полностью переписать его. Этот подход хорошо сработал в другой статье. Затем я посмотрю на переписанный текст. Если вы не ответите, я проведу дополнительную работу в Интернете, чтобы попытаться выяснить, на какие проблемы вы ссылаетесь, и перепишу его сам. По моему опыту, я думаю, что вам будет лучше всего работать над этим самостоятельно, так что продолжайте. На данный момент я займусь следующей непонятной статьей по кладистике. Нет жесткого и быстрого правила, кладистика должна быть непонятной для широкой публики. Удачи. Дэйв ( обсуждение ) 12:47, 24 января 2010 (UTC) [ ответить ]

Я согласен с Дэйвом , что статья не настолько ясна, как должна быть для такой важной темы. Проблема, однако, двоякая:

• Возникают языковые проблемы, которые может решить компетентный носитель английского языка.
• Проблемы с лежащими в их основе концепциями заключаются в том, что во многих работах они используются непоследовательно и запутанно.

Вторую проблему трудно исправить. Я могу, как мне кажется, объяснить, что должны означать монофилия, парафилия и полифилия, основываясь на геометрии деревьев. Но это не то использование, которое на самом деле содержится в литературе. Это классический пример конфликта, который возникает между нейтральностью и ясным объяснением. Чтобы внести профессиональную предвзятость, хороший преподаватель сложных тем не может не быть ученым, если не оригинальным исследователем, поскольку материал часто нужно синтезировать, чтобы сделать его понятным. Я собираюсь попытаться отредактировать статью, чтобы сделать ее более понятной, но меня вполне могут обвинить в синтезе/POV. Питер Коксхед ( обсуждение ) 09:51, 5 декабря 2010 (UTC) [ ответить ]

Я переписал вводные абзацы, чтобы сделать их более понятными и точными. Комментарии приветствуются! Питер Коксхед ( обсуждение ) 10:34, 5 декабря 2010 (UTC) [ ответить ]

В настоящее время существуют отдельные статьи о монофилии , парафилии и полифилии . Они неизбежно повторяют большую часть одного и того же материала. Хуже того, они не полностью согласуются друг с другом (я пытался это исправить). Если должно быть три отдельных статьи, то есть материал, которого не хватает в некоторых из них, например, в каждой должно быть обсуждение ее преимуществ или недостатков в классификации. Реальность такова, что вы можете понять только по крайней мере два из этих терминов (парафилия и полифилия), противопоставляя их другим. Я решительно выступаю за создание одной основной статьи под одним из заголовков, а затем иметь короткие статьи с определениями под двумя другими, которые используют «see» для указания на основную информацию. Я бы хотел попробовать сделать это, но не в случае существенного сопротивления. Комментарии, пожалуйста. Питер Коксхед ( обсуждение ) 15:54, 6 декабря 2010 (UTC) [ ответить ]

Это одна из многих статей WP, которая, по-видимому, считает неправильным приводить простой пример того, что имеется в виду. Почему бы просто не привести пример какого-нибудь животного, которое считается монофилетическим (и сказать почему), и того, которое является полифилетическим (и сказать почему)? Если картинка стоит тысячи слов, то и пример тоже. Писать статью на эту тему, НИ РАЗУ не упомянув реальные примеры того, о чем они говорят, глупо и претенциозно. Myles325a ​​( talk ) 05:48, 23 августа 2011 (UTC) [ reply ]

На самом деле в статье есть примеры, но я согласен, что они не очевидны. Проблема в том, что стиль статьи отражает тот факт, что эти идеи (монофилия, парафилия и полифилия) несколько спорны среди экспертов. Поэтому текст довольно технический и оборонительный.

Вот примеры:

1. Ныне живущие птицы являются монофилетической группой. То есть биологи полагают, что все виды птиц, живущие сегодня, произошли от одного предкового вида и что ни один другой вид животных не произошел от этого же предка.
2. Группа животных, обычно называемых «рептилиями» — черепахи, ящерицы, змеи, крокодилы и т. д. — не монофилетична. То есть биологи считают, что хотя все они могут быть прослежены до одного предкового вида, птицы произошли от этого же предка, поэтому «рептилии» не включают всех потомков их общего предка. Группа «рептилии + птицы» монофилетична.

Не уверен, поможет ли это! Питер Коксхед ( обсуждение ) 10:40, 23 августа 2011 (UTC) [ ответить ]

Конечно, звучит хорошо (только вы забыли млекопитающих в последнем примере). Петтер Бёкман ( обсуждение ) 15:12, 23 августа 2011 (UTC) [ ответить ]

Некоторое время основным определением было «монофилетическая группа — это таксон (группа организмов), который образует кладу, что означает, что он содержит всех потомков возможного гипотетического ближайшего общего предка членов группы». Недавно это определение было изменено на «... что означает, что он состоит из вида и всех его потомков».

Небольшая проблема с новой версией — это слово «вид»; на этом обычно не настаивают те, кто использует эту форму определения. Предком может быть просто популяция.

Основная проблема объясняется Мишлером (2009): «В рамках хенниговской традиции филогенетической систематики существовало два принципиально разных способа определения монофилии: один — синхронный (т. е. «все и только потомки общего предка»); другой — диахронный (т. е. «предок и все его потомки»)». Мишлер продолжает отдавать предпочтение синхронному определению. [См. Мишлер, Б. Д. (2009), «Виды не являются уникально реальными биологическими сущностями», в Ayala, FJ; Arp, R. (ред.), Contemporary Debates in Philosophy of Biology , Oxford, UK: Wiley-Blackwell, doi :10.1002/9781444314922.ch6 {{citation}}: Неизвестный параметр |lastauthoramp=проигнорирован ( |name-list-style=предложено) ( помощь ) . Более подробное объяснение и предложение — увы, не принятое — об использовании разной терминологии для двух определений в Podani, J. (2010), «Таксономия в эволюционной перспективе: эссе о связях между таксономией и эволюционной теорией» (PDF) , Synbiologia Hungarica , 6 : 1– 42.]

Так что я не собираюсь отменять изменения, но на самом деле оригинал так же правилен, как и новая версия. Разобраться с этим было в моем списке дел некоторое время. Питер Коксхед ( обсуждение ) 11:01, 17 апреля 2012 (UTC) [ ответить ]

Два момента:

• Я не знаю, есть ли что-то особенно «хенниговское» в наших современных концепциях монофилии. Когда Геккель утверждал, что «весь класс млекопитающих монофилетичен», имел ли он в виду что-то другое? ( Геккель, Эрнст (1899). The Last Link: Our Present Knowledge of the Descent of Man (2nd ed.). London: A. and C. Black. p. 36. {{cite book}}: Неизвестный параметр |separator=проигнорирован ( помощь ) )
• «Популяция» кажется безнадежно неопределенным термином. В исследованиях потока энергии в определенном месте первичные потребители — насекомые, млекопитающие и т. д. — иногда рассматриваются как популяция, но, конечно, никто не будет считать их потомков составляющими монофилетическую группу.

Питер М. Браун ( обсуждение ) 14:47, 17 апреля 2012 (UTC) [ ответить ]

В ответ на ваши два пункта:

1. Я не читал Геккеля, но я прочитал большую часть того, что Майр написал об истории предмета. Он очень ясно говорит, что Хенниг изменил значение термина (изменение, против которого Майр всегда возражал): монофилия раньше означала то, что сейчас называется монофилией+парафилией, т.е. происхождение от общего предка без какого-либо требования "всех потомков". Поэтому я был бы вполне уверен, что Геккель не использовал этот термин так, как мы используем его сейчас, после Хеннига.
2. «Популяция» — это термин, используемый в некоторых определениях, и он имеет значение в контексте, то есть как внутривидовая группа. Легко привести примеры, когда «вид» не может быть правильным. Например, современная точка зрения заключается в том, что белый медведь произошел от одной популяции бурых медведей (бурый медведь парафилетичен по отношению к белым медведям). Белые медведи монофилетичны, но предковый вид не может быть включен в кладу, только (возможно) та популяция, которая дала начало белому медведю.

Ключевой момент, который необходимо отметить в статье, заключается в том, что используется много определений. Иногда ясно, какое из них используется; часто это только подразумевается. На практике синхронное определение используется гораздо чаще. Все кладограммы, которые являются результатом молекулярной филогенетики, например, не имеют реальных видов во внутренних узлах; все используемые алгоритмы помещают классифицируемые единицы исключительно в листья; нет никаких «предков», которые можно было бы включить в кладу. Также нет и одного диахронного определения. См. статью PhyloCode : клады на основе стебля и на основе узла (=монофилетические группы) немного отличаются. Питер Коксхед ( обсуждение ) 18:33, 17 апреля 2012 (UTC) [ ответить ]

Довольно. Небольшие, но четкие различия в значении здесь весьма важны. Petter Bøckman ( talk ) 19:16, 17 апреля 2012 (UTC) [ ответить ]

Вы, ребята, на меня напали.

Статья Phylocode не различает клады на основе стебля и на основе узла, а только определения клад на основе стебля и узла . Из-за ограничений наших знаний мы никогда не можем быть уверены, что определение на основе стебля эквивалентно определению на основе узла, но, безусловно, иногда это так. То, что выбирается обоими определениями в таком случае, не является кладой на основе стебля или кладой на основе узла, а просто кладой.

Белый медведь, Ursus maritimus , является видом. Я полагаю, что можно назвать вид — любой вид — монофилетическим. Однако «предковый» белый медведь — это просто белый медведь, и он, безусловно, включен в белых медведей.

Я всегда думал, что кладограммы, полученные в результате молекулярной генетики, например, в Euarchontoglires , могут многое сказать о происхождении. В ней говорится, что были виды, которые были предками приматов и кагуанов, но не тупайи. Что заставляет вас думать, что во внутренних узлах нет видов?

Питер М. Браун ( обсуждение ) — Предыдущий недатированный комментарий добавлен 19:50, 17 апреля 2012 (UTC).[ отвечать ]

Здесь много очков!

Существует два вида диаграмм, которые называются «кладограммами». Один просто показывает порядок ветвления между узлами листьев; внутренние узлы служат только для отображения точек ветвления. В другом виде не только внутренние узлы, но и линии представляют собой реальные организмы/популяции. Это первый вид, который создается всеми алгоритмами, используемыми в кладистике, будь то старые экономичные или новые, основанные на статистических моделях (байесовские, максимального правдоподобия). Предположим, у вас действительно были данные о популяции в то время, когда она собиралась разделиться на два вида, плюс данные о двух видах некоторое время спустя; это могут быть молекулярные данные или морфологические данные. Вы помещаете эти данные о трех сущностях в программу, которая создает дерево. Все три сущности будут отображаться как листья, потому что именно так работают программы: деревья просто показывают ветвление. Посмотрите на любую из статей, которые создают кладограммы таким образом: ни один из видов, используемых в качестве точек данных, никогда не попадает во внутренние узлы. См., например, кладограмму в Polysporangiophyte#Phylogeny (взятую из книги Кенрика и Крейна). Ни одна из вымерших групп никогда не показана как внутренний узел. Конечно, первый тип дерева — это просто абстракция/представление истинных исторических событий, которые более точно представлены вторым типом дерева.

Второй тип дерева, в котором все внутренние линии и узлы соответствуют эволюционирующим популяциям (не видам, поскольку это произвольно наложенные ограничения на непрерывно эволюционирующие популяции), — это «то, что произошло на самом деле». Тот факт, что линии, а также узлы соответствуют организмам, важен. Различные определения в PhyloCode приводят к различным правилам включения. Посмотрите на диаграммы в Cladistics#Phylogenetic definitions of a clade . Когда вы начинаете уточнять понятие «предка» в «коротком» определении диахронической клады, вы можете определить «предка» по-разному. Это просто популяция в точке ветвления (внутренний узел) или она включает все популяции, представленные стеблем вплоть до предыдущей точки ветвления, или она включает только некоторые популяции, представленные стеблем (те, которые обладают некоторой апоморфией)? Эти определения приводят к различным кладам. Если бы у нас было, скажем, пять окаменелостей, соответствующих четырем точкам вдоль ствола плюс точка разветвления, три различных определения по-разному разместили бы окаменелости в кладе: определение, основанное на узле, исключило бы из клады все четыре окаменелости ниже окаменелости точки разветвления; определение, основанное на стволе, включило бы все пять окаменелостей в кладе; определение, основанное на апоморфии, включило бы некоторые из четырех окаменелостей ствола, но не все.

Обратите внимание, что если бы все пять ископаемых были помещены в первый тип дерева, все они были бы листовыми узлами, и различие между узлом/стволом/апоморфией не возникло бы: клады в этом типе дерева всегда и только являются потомками общего предка, что показано рисунком ветвления.

Все это обсуждается в литературе, но, как и многое в теоретической биологии, почти полностью игнорируется большинством биологов, которые не слишком беспокоятся о точности определений. Это очень затрудняет правильное понимание Википедии; с одной стороны, есть теоретические статьи в журналах и т. д., которые тщательно объясняют все тонкие различия, но с другой стороны, есть то, что биологи на самом деле делают, что гораздо более запутанно. Питер Коксхед ( обсуждение ) 22:24, 17 апреля 2012 (UTC) [ ответить ]

Вы приводите доводы в пользу двух типов кладограмм: тех, которые генерируются кладистическими алгоритмами, которые я буду называть Типом I, и тех, которые представляют исторические события, Типом II. Ваш тезис, как я его понимаю, заключается в том, что кладограммы Типа I не предоставляют исторической информации. В поддержку вы просите меня представить сценарий, в котором у нас есть данные о виде, а также данные о двух видах-потомках, указывая на то, что кладограмма Типа I не будет правильно представлять родовые связи. Хотя это и правда, этот факт дает незначительные основания не доверять кладограммам Типа I как источникам исторической информации. Учитывая огромное количество вымерших видов и крошечную выборку ископаемых, которую мы должны предоставить для предоставления информации о них, вероятность того, что любая найденная нами окаменелость будет конспецифична предку другого вида-потомка, настолько мала, что гипотезу можно проигнорировать. Правдоподобная кладограмма Типа II, которая предназначена для представления исторических событий, никогда не поместит фактическую окаменелость во внутренний узел. Даже самая малая вероятность того, что окаменелости могут быть связаны таким образом, как вы описываете, не дает оснований не полагаться на кладограммы типа I для получения информации об исторических событиях.

Кладограмма типа I, говорите вы, «просто показывает порядок ветвления между листовыми узлами». Что такое «порядок ветвления», если он не отражает исторические события ветвления? Алфавитный порядок с использованием номенклатуры ICZN/ICN было бы гораздо проще определить без сложного программного обеспечения; в чем преимущество порядка ветвления?

Нет, я вовсе не утверждаю, что Тип I не предоставляет исторической информации; конечно, предоставляет. Я лишь говорю, что линии и узлы в Типе I не представляют организмы, а лишь порядок ветвления. Поэтому в кладограмме Типа I вопрос о том, какая часть линии находится в кладе, не имеет значения. Питер Коксхед ( обсуждение ) 21:43, 18 апреля 2012 (UTC) [ ответить ]

Повторяю, что такое порядок ветвления? Это не то же самое, что узел, поскольку узел представляет его. Что это за вещь? Питер М. Браун ( обсуждение ) 23:26, 18 апреля 2012 (UTC) [ ответить ]

См. ниже. Питер Коксхед ( обсуждение ) 10:56, 19 апреля 2012 (UTC) [ ответить ]

По вашему мнению, внутренние линии кладограммы типа II не могут относиться к видам, «потому что это произвольно наложенные ограничения на непрерывно развивающиеся популяции». Проблема, как я вас понимаю, заключается в анагенезе: насколько непохожими должны быть особь и ее предок, чтобы их можно было считать разными видами? И этот вопрос сам по себе неоднозначен, поскольку существует множество мер различия. Таким образом, произвольность проявляется в двух моментах: один раз в выборе меры и один раз в выборе предела, в котором могут различаться особи в виде. Таким образом, утверждение, что линии кладограммы представляют виды, является неопределенным в той степени, в которой не указано никакой меры или границы сходства. Но что из этого? За пределами чистой математики все утверждения имеют некоторую степень неопределенности. Неопределенность, связанная с утверждением, что линии относятся к видам, не кажется чрезмерной.

В обычном и кладистическом использовании существует три значения слова «предок», но это не те три, которые вы перечислили. Согласно статье Ancestor , предок — это «родитель или (рекурсивно) родитель предка». Другое значение применимо к видам: вид A является предком вида B, если у каждого индивидуума в B есть предок (в первом значении) в A. Наконец, в более обычном использовании предок человека ограничивается людьми; это третье значение никогда не используется в палеонтологическом контексте, в то время как первые два не накладывают ограничений на временной промежуток между индивидуумом или видом и его предком. Было бы вполне совместимо с филогенетической номенклатурой определить Theria как кладу, происходящую от последнего общего предка людей ( Homo sapiens ) и восточного серого кенгуру ( Macropus giganteus ), хотя этот предок отделен от людей более чем на 150 млн лет, линия проходит через множество точек ветвления, и определение не включает апоморфии. Ни одно из ваших трех определений не допускает этого вполне стандартного использования.

Могут быть и другие проблемы/определения предка; это не было моей целью. Я имел в виду, что определения на основе стебля, узла и апоморфии просто соответствуют различным наборам организмов/ископаемых/видов/всего, что включено в кладу, и в этом смысле, различным кладам. Питер Коксхед ( обсуждение ) 21:43, 18 апреля 2012 (UTC) [ ответить ]

Ни один современный пример не приходит на ум, но долгое время животные, включенные в Crurotarsi , с определением на основе узлов, были в точности теми, которые включены в Pseudosuchia , с определением на основе ствола. Этот вопрос обсуждается в Christopher A. Brochu (1997). "Synonymy, redundancy, and the name of the crocodile stem-group". Journal of Vertebrate Paleontology . 17 : 448– 449. {{cite journal}}: Неизвестный параметр |separator=проигнорирован ( помощь ) Хотя Брошу и считает их разными кладами , насколько ему известно, не было ни одного завропсида, содержащегося в одном из них, который не содержался бы в другом. Он не мог сказать априори , что они не были коэкстенсивными, и, я полагаю, вы не можете уверенно предсказать, «что определения на основе стебля, узла и апоморфии [всегда будут] соответствовать разным наборам организмов/ископаемых/видов/чего угодно». Питер М. Браун ( обсуждение ) 23:26, 18 апреля 2012 (UTC) [ ответ ]

Наконец, вы правильно отметили, что ни одна вымершая группа не является внутренним узлом в кладограмме полиспорангиофитов . Поскольку это обычно не относится к кладограммам, основанным на алгоритмах экономии, я не вижу важности. Кладограмма B на странице 21 Rougier et al. (1996) с таксонами, соответствующими пронумерованным узлам, идентифицированным на страницах 36–38, создана PAUP, но имеет вымершего Triconodonta (узел 6) в качестве внутреннего узла.

Питер М. Браун ( обсуждение ) 18:15, 18 апреля 2012 (UTC) [ ответить ]

Извините, но вы неправильно истолковали эту кладограмму. Таксоны, включенные в анализ, все появляются на листьях; это таксоны в таблице в Приложении II (стр. 36). Затем, после того как PAUP сгенерировал последовательность ветвления, авторы обсуждают клады, которые получаются. Числа идентифицируют стволы поддеревьев, т. е. клады. Клада 6 состоит из триконодонтов Priacodon, Trioracodon, Triconodon и Cloverly. Этой кладе дается название — они называют ее «триконодонты узла 6», но на самом деле это «поддерево с корнем в узле 6» — и они ищут общие черты всех таксонов в кладе триконодонтов, которые затем являются диагностическими для клады. Тот факт, что эти внутренние узлы не являются фактическими предками, а названиями клад над ними, ясен из того факта, что, например, узел 10 называется «Mammalia». Конечно, если ветвление, показанное на кладограмме, верно, то должен был быть предковый организм или популяция, от которой произошли все млекопитающие. Однако, как я отметил выше, если бы у нас была окаменелость этого организма, и мы знали бы его особенности и добавили бы ее в матрицу таксонов-характеристик на стр. 36, а затем снова запустили бы PAUP, она бы оказалась листовым узлом: именно так и работает PAUP. Точно то же самое делается в кладограмме полиспорангиофитов с метками «трахеофиты», «эуфиллофиты» и т. д.

Единственный пример дерева типа II, который я смог найти в Википедии, быстро просмотрев, это Hominid_evolution#Multiregional_model . Тот, кто его рисовал, аккуратно вставил "тонкие шейки" между "пятнами" для видов, но даже так, ясно, что вы не можете точно определить границы клад, не выбрав некоторые отсечки – попробуйте раскрасить клад, определенный H. sapiens и H. neanderthalensis , т. е. всех потомков их LCA. Если бы у нас были ископаемые останки, соответствующие точкам по всем серым областям диаграммы, то различные определения PhyloCode поместили бы некоторые из них в разные клады. Питер Коксхед ( обсуждение ) 22:27, 18 апреля 2012 (UTC) [ ответ ]

Это трудно объяснить ясно без примеров диаграмм, на которые можно сослаться (и я признаю, что некоторые из моих словесных объяснений, включая мое использование «порядка ветвления», не очень хороши). Поскольку я не хочу загружать на Commons диаграммы, которые будут представлять лишь временный интерес, пожалуйста, посмотрите здесь мою попытку более ясно объяснить природу того, что Подани (2010) называет «филогенетическими деревьями» и «кладограммами», и как в них можно определить клады.

Разница между «филогенетическими деревьями» и «кладограммами» (или как вы их там называете) на мой взгляд, в настоящее время не объяснена должным образом в нашем наборе статей о филогенетике. Питер Коксхед ( обсуждение ) 10:56, 19 апреля 2012 (UTC) [ ответить ]

Я удалил из конца раздела «Монофилия#Определения» абзац следующего содержания:

Другие систематики довольствуются тем, что ограничивают свои классификации наблюдаемыми таксонами и не слишком увлекаются предками, стволовыми линиями и другими гипотетическими сущностями, и для них несложно ограничить роды и другие более высокие таксоны так, чтобы они были монофилетическими. Например, мы можем сказать, что Hominini (шимпанзе и люди) образуют монофилетическую группу по отношению к гориллам и орангутанам, основываясь на морфологических и ДНК-признаках, хотя мы не знаем всего обо всех вымерших предшественниках этих существующих таксонов.

Это не соответствует стандартам Википедии по нескольким причинам.

• Источник не указан.
• Никаких примеров "других систематиков" не приводится. Конечно, автор имел в виду группу систематиков, но это могла быть и маргинальная группа.
• Монофилия определяется в терминах предков, поэтому невозможно иметь дело с одним без другого. Хотя клады можно определить как наборы образцов, тем самым исключая «гипотетические сущности», такие как предки, это нестандартно и противоречит определениям в Clade и многих других статьях Википедии.
• Выделение родов и высших таксонов никогда не бывает «прямолинейным».
• Предложение « Гомонини (шимпанзе и люди) образуют монофилетическую группу по отношению к гориллам и орангутанам» выражает необъяснимую связь между одной группой (Гомонини) и другой (гориллы и орангутаны). Как определено в лиде, монофилия — это свойство, а не отношение. Я могу догадаться, что означает «монофилетический по отношению к» (Google scholar выдает много примеров), но это будет ИЛИ.

Все равно, я не хочу удалять все ссылки на добросовестную исследовательскую традицию. Есть ли она? Питер Браун ( обсуждение ) 23:34, 17 июля 2013 (UTC) [ ответить ]

Я думаю, что есть, но его трудно найти (и это одна из причин, по которой было абсолютно правильно удалить этот материал). Биологи, похоже, неохотно пишут об определениях и теории! Часть проблемы в том, что полезное различие Подани между "-филиями" и "-кладиями" не было принято. В его терминологии монофилия определяется так, как в статье, тогда как монокладия состоит только из терминалей. Во многих работах, использующих "монофилию" и "монофилетический", на самом деле относятся только к таксонам в кладограмме, которые обязательно все терминальные, и поэтому строгое определение не применяется. Питер Коксхед ( обсуждение ) 08:27, 18 июля 2013 (UTC) [ ответ ]

Различие между кладистами монофилии в смысле и эволюционистами монофилии в смысле следует четко и нейтрально обсудить. Аргументы с обеих сторон следует упомянуть по крайней мере один раз. Более того, разница между «монофилией», основанной на теории множеств (включая только терминалы), и «монофилией», основанной на теории графов (включая предков), должна быть где-то объяснена (см., например, Podani 2009; Vanderlaan et al. 2013; Aubert 2015). BernZ (обсуждение) 09:53, 11 декабря 2015 (UTC) [ ответить ]

По первому вопросу я не уверен, что именно вы имеете в виду. (Если вы имеете в виду использование «холофилии» для современного смысла «монофилии», то это упоминается в статье, но не очень ясно.) По второму вопросу я полностью согласен – см. мой комментарий выше относительно Подани. В прошлом меня критиковали за попытку вставить обсуждение этого различия на том основании, что это не общепринятое использование. Какова полная цитата Вандерлана и др. 2013 года? С тремя источниками мы должны иметь возможность включить это. Питер Коксхед ( обсуждение ) 12:39, 11 декабря 2015 (UTC) [ ответ ]

По первому вопросу, да, это не ясно, нужно искать эту информацию, чтобы найти ее... Полная цитата - Vanderlaan, TA, MC Ebach, DM Williams, and JS Wilkins. 2013. Defining and redefining monophyly: Haeckel, Hennig, Ashlock, Nelson and the dispers of definitions. Austral. Syst. Bot. 26: 347–355., упоминается в Aubert (2015). Я нигде не видел, чтобы все в Википедии было мейнстримом. BernZ (обсуждение) 19:51, 11 декабря 2015 (UTC) [ ответить ]

На самом деле, я думаю, что меня не вернули, просто раскритиковали, когда я предложил это в обсуждении (которое будет где-то в архивах, не обязательно на этой странице обсуждения). Проблема частично в WP:UNDUE – использование и взгляды Подани, по-видимому, были «маргинальными», и поэтому им придали бы необоснованный вес, включив их сюда, и частично в опоре на первичный источник – мы должны использовать вторичные источники, по крайней мере, чтобы установить, следует ли включать материал в статью (согласно WP:PSTS ). Но если есть больше источников, как, похоже, есть, это другое дело. Питер Коксхед ( обсуждение ) 20:08, 11 декабря 2015 (UTC) [ ответить ]

Итак, основная идея пересмотреть эту статью будет заключаться в том, чтобы в первом разделе обсудить «моно- против голо-», а во втором — «-филия против -клади»? BernZ (обс.) 11:28, 12 декабря 2015 (UTC) [ ответить ]

Я сомневаюсь, что наличие целого раздела о "mono- vs holo-" вызвало бы консенсус или было бы оправдано. Хотя я предпочитаю старую терминологию, не может быть никаких сомнений, что это мертвая тема: "mono-" теперь имеет то же значение, что и "holo-". Краткая заметка об истории - это все, что нужно (т.е. не намного больше, чем есть сейчас). С другой стороны, я хотел бы увидеть раздел о проблеме "-phyly vs -clady", учитывая, что теперь есть достаточно источников.

Однако, есть проблема, как и в моих комментариях в статье Talk:Crown group#Misnamed?. Различие "-phyly vs -clady" применимо в равной степени к парафилии и полифилии , так что следует ли его повторить там?? Питер Коксхед ( обсуждение ) 13:38, 13 декабря 2015 (UTC) [ ответить ]

Что касается «моно- против голо-», я не думаю, что это можно нейтрально считать «мертвой» темой, поскольку статьи по этой теме все еще публикуются в 2015 году. Четыре дня назад — это не история...

Я согласен, что все «филетические отношения» должны быть объединены в одну статью. Однако, в случае различия «-филия против -кладия», кажется, что не существует последовательного различия между паракладией против поликладии, Обер утверждает, что только голофилия и гетерофилия могут быть логически противопоставлены голокладии и гетерокладии. Но это только одна ссылка на данный момент, поэтому обсуждение может вообще не применяться в статьях о парафилии и полифилии . Напротив, как вы сказали, различие между голофилией и голокладией теперь исходит из трех ссылок трех разных авторов. BernZ (обсуждение) 15:59, 13 декабря 2015 (UTC) [ ответить ]

Современное определение слова Reptilia в книгах по зоологии включает в себя птицу (см. статью Википедии о Рептилиях, раздел определений), что делает его монофилетической группой. Это определение не является на 100% общепринятым, как можно увидеть на странице обсуждения этой страницы. Поэтому я думаю, что это, возможно, не лучший пример для использования.

Может быть, тогда нам следует привести другой пример вместо того, который у нас есть здесь, или добавить примечание к тексту диаграммы о том, что не следует путать Рептилии и Рептилии?

Мой источник современного определения Рептилий – ^[1]

Playmobil111 (обсуждение) 15:03, 27 декабря 2016 (UTC) [ ответить ]

Статья запутана, на мой взгляд, из-за непоследовательных определений трех «филий». Каждая из них может быть определена двумя способами: через геометрию кладограммы/филограммы или через происхождение общих характеристик. Неправильно определять монофилию в терминах геометрии, а затем противопоставлять ее полифилии, определенной в терминах характеристик. Питер Коксхед ( обсуждение ) 03:05, 17 августа 2017 (UTC) [ ответ ]

Замечание принято (по поводу предыдущей правки: 02:53, 17 августа 2017 г.); но назидание (для меня) все еще необходимо. Пожалуйста, просмотрите мою текущую версию 3-й графической подписи; затем просмотрите (чуть ниже) еще одну потенциальную версию подписи --- обратите внимание на жирное выделение потенциально нового текста .

]]Файл:Phylogenetic-Groups.svg|миниатюра|300 пикселей|Кладограмма позвоночных, показывающая филогенетические группы. Монофилетический таксон (желтый): группа «рептилий и птиц» , содержит своего последнего общего предка и всех потомков этого общего предка. Парафилетический таксон (голубой): группа рептилий , содержит своего последнего общего предка, но не содержит всех потомков (то есть, Aves) этого общего предка. Полифилетическая группа (красный): группа всех теплокровных животных (Aves и Mammalia), не содержит самого последнего общего предка всех своих членов; эта группа не считается таксоном современными систематиками .[[

Вопросы> 1) Правилен ли новый текст относительно современного использования термина «таксон»? ..и, 2) В широкой области таксономии, есть ли примеры часто упоминаемых групп, которые не являются таксонами? С уважением.// Jbeans ( обсуждение ) 02:04, 28 августа 2017 (UTC) [ ответить ]

«Таксон» (множественное число «таксоны») — это термин, используемый по-разному, но определение в «Таксоне», как мне кажется, отражает наиболее распространенное использование. Поэтому вполне правильно сказать, что группа, состоящая из всех теплокровных животных, теперь не считается таксоном — они не рассматриваются как «единица».

В целом, я долгое время придерживался мнения, что наличие трех статей о монофилии, парафилии и полифилии является ошибкой. Эти три можно понять только путем сравнения друг с другом, поэтому либо все три статьи повторяют одни и те же сравнения, либо они имеют разные и, следовательно, потенциально противоречивые. Питер Коксхед ( обсуждение ) 08:18, 28 августа 2017 (UTC) [ ответить ]

Спасибо; это действительно полезное разъяснение --- я опубликую правку и скоро вернусь сюда, чтобы обсудить очевидную необходимость объединения трех «-филий». // Jbeans ( обсуждение ) 03:08, 30 августа 2017 (UTC) [ ответить ]

Монофилия — это «расположение»… В> Какого рода расположение? ..каковы особенности «расположения»?

A> .. Монофилия — это расположение членов «монофилетической» группы,

..или, чтобы проиллюстрировать проблему:

A> ..Монофилия — это расположение членов «монофильно-подобной» группы;

---здесь модификатор (прилагательное) корневого слова используется для описания корневого слова; это та же самая ошибка «цикла», что и при использовании корневого слова для определения корневого слова.

Далее, даже если «монофилетическая группа» (ранее) описана, читателю все еще остается: ..монофилия (название этой статьи) — это своего рода «расположение» — необъяснимое расположение — которое описывается путем обращения к прилагательной форме корневого слова. Это не подходит для Wp!

…Ах, но позвольте мне попробовать еще раз. Я вернусь сюда --- но не раньше, чем Ирма закончит со мной. Jbeans ( talk ) 10:48, 8 сентября 2017 (UTC) [ ответить ]

Но это не то, что говорится или делается в статье. Сначала она определяет монофилетическую группу с основным требованием, что она «состоит из всех потомков общего предка». Затем она говорит, что расположение членов монофилетической группы называется монофилией. Так что это совсем не цикл; «монофилетическая группа» определяется независимо от «монофилии». Питер Коксхед ( обсуждение ) 12:11, 8 сентября 2017 (UTC) [ ответить ]

Посмотрите, в лиде было много путаницы с редактированием. Дело в том, что это не улучшает статью из-за различий в монофилии и монофилетической группе.

1. Монофилия — это состояние монофитии, то есть состоящее из предка и его потомков. Например, мы могли бы сказать, что определенный набор организмов демонстрирует доказательства монофилии по отношению к определенному предку. Но мы не обязательно будем строить из них группировку.
2. Монофилетическая группа, или клада, отличается незначительно; это таксон , который является монофилетическим . Таксон — это формально названная группа организмов, таких как животные. Так что тонкое различие в том, что на этот раз это таксон, в то время как монофилия не обязательно относится к таксону.
3. Некоторые авторы считают, что голофилия существует только в том случае, если рассматривать организм и всех его потомков, в отличие от монофилии, которая не обязательно включает всех потомков данного предка.

С последними правками эти тонкие различия были утеряны. Предлагаю вернуться к более раннему руководству, которое, как мне кажется, лучше все объясняет. Jules  (Mrjulesd) 20:27, 7 ноября 2020 (UTC) [ ответить ]

Я не думаю, что вышеизложенное верно.

• Некоторые авторы считают, что голофилия существует только если рассматривать организм и всех его потомков – сейчас это мнение меньшинства. Стандартное определение монофилии теперь эквивалентно голофилии.
• Клада — это просто монофилетическая группа. Неважно, решит ли какой-либо таксономист назвать эту кладу формальным именем (ранговым именем или именем филокода). Она остается кладой — монофилетической группой.

Поэтому я считаю, что начало совершенно правильное.

Я посмотрел на фактическое использование в учебниках. Все, что я нашел, согласны с этой точкой зрения. Например, Mauseth (2015), Botany , стр. 444: «Любой предок (любой узел) и все ветви, которые от него отходят, составляют клад». (На практике биологи, занимающиеся только существующими организмами, игнорируют часть о «всех ветвях» и определяют клад, обычно неявно, как любой набор внешних узлов в кладограмме, которые составляют всех потомков одного и того же внутреннего узла.) Питер Коксхед ( обсуждение ) 22:25, 7 ноября 2020 (UTC) [ ответ ]

Я запутался. Согласно статье Clade , термин «клада» характеризует «группу организмов , которые являются монофилетическими , то есть состоят из общего предка и всех (sic) его прямых потомков ». Определение взято из источника. Я прав, что вы оба не согласны — что монофилия эквивалентна голофилии, и последняя не требует учета всех потомков? Я не следил за этой областью, но из предыдущих обсуждений я полагаюсь на экспертизу Питера С. Питер Браун ( обсуждение ) 23:08, 7 ноября 2020 (UTC) [ ответ ]

@ Peter M. Brown : два момента: (1) См. User:Peter coxhead/Work/Phyletic terminology#Comparison of termology, чтобы узнать, как некоторые люди (включая, я думаю, Mrjulesd выше) различают «монофилию» и «голофилию», но в подавляющем большинстве современных терминов они одинаковы. (2) На практике программное обеспечение, которое используется для создания кладограмм и, следовательно, иллюстрации клад, помещает все единицы, включенные в анализ, в качестве конечных (листовых) узлов. Таким образом, внутренние узлы просто служат для определения ветвления; они на самом деле не представляют организмы, даже гипотетические. Если вы сконструировали единицу со всеми признаками, которые подразумеваются для внутреннего узла, и снова запустили программу с добавлением этой единицы, она будет отображаться как новый листовой узел. Поэтому в кладограмме, построенной таким образом, не имеет значения, включаете ли вы внутренние узлы в кладу или нет. Поэтому биологи часто пишут о кладограммах таким образом, который игнорирует внутренние узлы. Конечно, есть и другие виды диаграмм («филограммы»), в которых вымершие организмы/группы помещаются во внутренние узлы, и тогда строгое определение имеет значение. Я не знаю ни одного программного обеспечения, которое поместит некоторые единицы анализа во внутренние узлы, поэтому такие диаграммы рисуются вручную. Так что я не хочу сказать, что строгое определение неверно, а что на практике «ветви» часто пропускаются.

На самом деле, легко найти неверные определения. Например, в словаре растений Кью в определении клады опущено слово «все», поэтому парафилетическая группа может быть кладой по ее определению. Интересно, следует ли включать неверные определения в интересах WP:NPOV . Питер Коксхед ( обсуждение ) 08:02, 8 ноября 2020 (UTC) [ ответить ]

Смотрите, моя центральная мысль в том, что монфилия не всегда подразумевает группировку. Например, собаки моего соседа демонстрируют монфилию по отношению к предку. Но построил ли я таксон для собак моего соседа? Нет, не построил, я просто показал связь. Так что недавние сокращения свинца на самом деле не помогают. Жюль  (Mrjulesd) 02:20, 8 ноября 2020 (UTC) [ ответить ]

@ Mrjulesd : конечно, монофилия всегда определяет, не говоря уже о том, чтобы подразумевать, группировку; связь между сущностями обязательно определяет группу, состоящую из сущностей с этой связью. Тривиально, два родителя и все их потомки составляют монофилетическую группу, т. е. кладу. Есть много клад, которые не названы и не используются как таксоны.

В качестве примера взгляните на кладограмму Fern#Nomenclature and subdivision . В этой кладограмме Psilotopsida и Equisetopsida образуют кладу. Но, насколько мне известно, никто не дал кладе названия; в этом смысле это не таксон. Более поздние работы (которые необходимо добавить в статью) предполагают, что они могут не образовывать кладу. Мы можем обсудить, образуют ли Psilotopsida и Equisetopsida кладу, без необходимости рассматривать кладу как таксон. «Клада» и «таксон» — это два разных понятия. Питер Коксхед ( обсуждение ) 08:02, 8 ноября 2020 (UTC) [ ответ ]

Смотрите, я думаю, что разница между монофилией и монофилетической группой заключается в том, что первая подразумевает группу, а вторая определяет группу. Подсказка в использовании слова «группа»; мы предполагаем, что оно определяет группировку, и хотя это подразумевается в монофилии, это не является конкретным. Как еще вы объясните разницу? Jules  (Mrjulesd) 11:38, 8 ноября 2020 (UTC) [ ответить ]

@ Mrjulesd : конечно, есть четкая разница между «монофилией» в абстрактном смысле и «кладой» (т. е. «монофилетической группой»). Как сейчас говорится в начале, «монофилия — это условие принадлежности к кладе»: «монофилия» — это абстрактное существительное, относящееся к условию, «клада» — это конкретное существительное, относящееся к группе с условием. (Хотя вы можете конкретно говорить о «монофилии», имея в виду «монофилетическую группу».) Сначала проще определить конкретное существительное «клада», но в статьях Википедии принято начинать текст статьи с заголовка. Если бы мы начали с клады, мы могли бы сказать что-то вроде «В биологии клада — это группа организмов, удовлетворяющая условию, что она состоит из предка и всех его потомков. Это условие называется «монофилия»; другое название клады — «монофилетическая группа».

Если вы хотите начать с «монофилии» как абстрактного термина, то в словаре есть следующее определение: «Монофилия — это состояние монофилетичности». ^[1] Затем добавьте: «В биологии термин «монофилетический» используется для описания группы организмов, которая включает всех потомков общего предка, а также самого предка. Монофилетическая группа называется кладой». Питер Коксхед ( обсуждение ) 12:56, 8 ноября 2020 (UTC) [ ответить ]

Именно это я и имел в виду. Монофилия — это связь между организмами, тогда как монофилетическая группа или клада — это группа, построенная по принципу монофилии. Jules  (Mrjulesd) 16:21, 8 ноября 2020 (UTC) [ ответить ]

Хотя это правда, это замкнутый круг, поскольку вы не можете определить принцип монофилии, не ссылаясь на группу организмов. Питер Коксхед ( обсуждение ) 20:30, 8 ноября 2020 (UTC) [ ответить ]

Я думаю, что настоящая разница в том, что есть уровень формальности с «группой». Определение слова «группа» — это «несколько людей или вещей, которые расположены, собраны или классифицированы вместе». Использование слова «группа» подразумевает, что они должны быть объединены, а не просто могут быть объединены. Существует почти бесконечное количество возможных кладов, но клады, как правило, определяются только в том случае, если они считаются полезными. Этот вопрос заключается в том, полезно ли рассматривать элементы как группу? Если так, то имеет смысл это сделать. Jules  (Mrjulesd) 22:04, 8 ноября 2020 (UTC) [ ответить ]

Я думаю, мы должны просто согласиться различаться. Как гласит определение, которое вы дали, любое количество вещей, расположенных вместе, может составлять группу. Нет ничего, что говорит о том, что их следует объединять. Под «кладами определены» вы подразумеваете «названы». Вы не можете «определить» группу организмов как клад: они являются или не являются таковыми в зависимости от их происхождения. Определяются таксоны, а не клады. Питер Коксхед ( обсуждение ) 22:44, 8 ноября 2020 (UTC) [ ответить ]

Ах, но в общепринятом использовании клад относится к таксону. Можете ли вы привести примеры, когда это не так? Назвать кладой что-то, что не является таксоном, крайне маловероятно, это практика. И я говорю о общепринятой практике, а не о том, что вы могли бы сделать теоретически, чтобы доказать свою точку зрения. Jules  (Mrjulesd) 16:21, 9 ноября 2020 (UTC) [ ответить ]

Извините, но это просто неправда. Как один из сотен примеров, которые вы можете быстро найти, выполнив поиск по точной фразе «образуют кладу» через Google Scholar, посмотрите на аннотацию этой статьи. Прочитайте объяснение здесь. Некоторые клады называются таксонами, большинство — нет. «Клада» и «таксон» просто не связаны так, как вы говорите выше. Каждое дерево с N листовыми узлами содержит N−1 кладу, каждая из которых укоренена в одном из N−1 внутренних узлов. Таксономисты должны решать, какие клады целесообразно назвать. Даже палеонтологи, изучающие динозавров, известные своими глубокими иерархиями классификаций, не дают названия всем кладам. Попробуйте поискать по точной фразе «не все клады названы». Самый первый результат, который я получил, начинался со слов «Потому что, конечно, не все клады названы...» Именно так. Питер Коксхед ( обсуждение ) 21:59, 9 ноября 2020 (UTC) [ ответить ]

Я понимаю, что не все клады имеют названия, но как только они устанавливаются, они получают названия, верно? Я говорю о полезных кладах, а не о бесполезных или гипотетических кладах. Вы правы, что не все клады являются таксонами, но проверенные и полезные клады станут таксонами; поскольку они полезны и проверены, они будут названы и добавлены в системы классификации как таксоны. Конечно, мы можем согласиться с этим? Jules  (Mrjulesd) 00:56, 10 ноября 2020 (UTC) [ ответить ]

@ Mrjulesd : конечно, небольшая часть клад, включающих данный набор организмов, будет сочтена таксономистами достаточно полезной для наименования и использования в качестве таксонов. (Но некоторые таксономисты все равно намеренно используют парафилетические группы в качестве таксонов, а в других случаях доказательства могут быть еще недостаточно вескими, чтобы изменить границы.) Но это небольшая часть. Возьмем один реальный пример: Всемирный каталог пауков перечисляет 6245 видов в семействе Salticidae ( пауки-скакуны ). Таким образом, существует 6244 клады (или было бы, если бы мы знали всю кладограмму). Последняя полная классификация семейства (Maddison, 2015) определяет 50 таксонов от подсемейства до подтрибы, и существует 650 родов, так что в общей сложности существует 701 таксон, что составляет 11% от числа клад. Однако, некоторые таксоны известны или предположительно не являются монофилетическими, но пока нет доказательств, чтобы это исправить. Так что если бы вы нарисовали диаграмму Венна, чтобы показать связь между кладами и таксонами в Salticidae, был бы большой круг для кладов и значительно меньший круг для таксонов, не полностью внутри круга клады. Питер Коксхед ( обсуждение ) 10:43, 12 ноября 2020 (UTC) [ ответ ]

@ Peter coxhead : Хорошо, если хотите, мы можем оставить все как есть. Я имел в виду то, что можно назвать «устоявшимися кладами», кладами, для которых есть существенные доказательства их достоверности и которые обладают значительной полезностью, а не гипотетическими или тривиальными примерами кладов. Речь шла скорее о практическом использовании термина, а не о научном определении, но я признаю, что люди не обязательно используют это слово так, как я описал; гипотетический или тривиальный пример все еще можно описать как «клад». Но в любом случае спасибо за ваш вклад. Jules  (Mrjulesd) 12:13, 12 ноября 2020 (UTC) [ ответить ]

@ Mrjulesd : и для вас тоже. Как показывает продолжительность обсуждений здесь и на Talk:Clade , Talk:Monophyly и т. д., кладистическая терминология — запутанная и сбивающая с толку тема, и все обсуждения, по крайней мере, помогают прояснить вопросы. Питер Коксхед ( обсуждение ) 17:26, 12 ноября 2020 (UTC) [ ответить ]