Псевдомонады
Род грамотрицательных бактерий

Псевдомонады
Колонии P. aeruginosa на агаровой пластинке
Научная классификация Редактировать эту классификацию
Домен:Бактерии
Тип:Псевдомонадоты
Сорт:Гаммапротеобактерии
Заказ:Псевдомонадалес
Семья:Pseudomonadaceae
Род:Псевдомонас
Мигула 1894
Типовой вид
Синегнойная палочка
Разновидность

См. текст.

Синонимы
  • « Штуцеримонас » Lalucat et al. 2022 [1]
  • Флавимонас Холмс и др. 1987
  • Хрисеомонас Холмс и др. 1986
  • Serpens Hespell 1977 (Утвержденные списки 1980)

Pseudomonas — род грамотрицательных бактерий, принадлежащих к семейству Pseudomonadaceae в классе Gammaproteobacteria . 313 членов рода [2] [3] демонстрируют большое метаболическое разнообразие и, следовательно, способны колонизировать широкий спектр ниш. [4] Их простота культивирования in vitro и доступность все большего числа последовательностей генома штамма Pseudomonas сделали род прекрасным объектом для научных исследований; наиболее изученные виды включают P. aeruginosa в его роли оппортунистического человеческого патогена , фитопатоген P. syringae , почвенную бактерию P. putida и способствующие росту растений P. fluorescens , P. lini , P. migulae и P. graminis . [5] [6]

Из-за их широкого распространения в воде и семенах растений, таких как двудольные , псевдомонады были обнаружены на ранних этапах истории микробиологии . Родовое название Pseudomonas, созданное для этих организмов, было определено в довольно расплывчатых терминах Вальтером Мигулой в 1894 и 1900 годах как род грамотрицательных, палочковидных и полярно- жгутиковых бактерий с некоторыми спорулирующими видами. [7] [8] Последнее утверждение позже было доказано неверным и было связано с преломляющими гранулами резервных материалов. [9] Несмотря на расплывчатое описание, типовой вид Pseudomonas pyocyanea ( базионим Pseudomonas aeruginosa ) оказался наилучшим описанием. [9]

История классификации

Как и большинство родов бактерий, псевдомонада [примечание 1] последний общий предок жил сотни миллионов лет назад. Первоначально они были классифицированы в конце 19-го века, когда впервые были идентифицированы Уолтером Мигулой . Этимология названия не была указана в то время и впервые появилась в седьмом издании Руководства по систематической бактериологии Берджи (главного авторитета в области бактериальной номенклатуры) как греческие pseudes (ψευδής) «ложный» и -monas (μονάς/μονάδος) «отдельная единица», что может означать ложную единицу; однако Мигула, возможно, подразумевал его как ложную Monas , наножгутикового протиста [9] (впоследствии термин «монада» использовался в ранней истории микробиологии для обозначения одноклеточных организмов). Вскоре другие виды, соответствующие несколько расплывчатому первоначальному описанию Мигулы, были выделены из многих природных ниш, и в то время многие из них были отнесены к роду . Однако с тех пор многие штаммы были переклассифицированы на основе более современной методологии и использования подходов, включающих исследования консервативных макромолекул. [10]

Недавно анализ последовательности 16S рРНК переопределил таксономию многих видов бактерий. [11] В результате род Pseudomonas включает штаммы, ранее классифицированные в родах Chryseomonas и Flavimonas . [12] Другие штаммы, ранее классифицированные в роде Pseudomonas, теперь классифицируются в родах Burkholderia и Ralstonia . [13] [14]

В 2020 году филогеномный анализ 494 полных геномов Pseudomonas выявил два четко определенных вида ( P. aeruginosa и P. chlororaphis ) и четыре более широкие филогенетические группы ( P. fluorescens, P. stutzeri, P. syringae, P. putida ) с достаточным количеством доступных протеомов. [15] Четыре более широкие эволюционные группы включают более одного вида на основе определения вида по уровням средней идентичности нуклеотидов. [16] Кроме того, филогеномный анализ выявил несколько штаммов, которые были неправильно аннотированы к неправильному виду или эволюционной группе. [15] Эта проблема неправильной аннотации была отмечена и в других анализах. [17]

Геномика

В 2000 году была определена полная последовательность генома вида Pseudomonas ; совсем недавно была определена последовательность других штаммов, включая штаммы P. aeruginosa PAO1 (2000), P. putida KT2440 (2002), P. protegens Pf-5 (2005), P. syringae pathovar tomato DC3000 (2003), P. syringae pathovar syringae B728a (2005), P. syringae pathovar phaseolica 1448A (2005), P. fluorescens Pf0-1 и P. entomophila L48. [10]

К 2016 году было секвенировано более 400 штаммов Pseudomonas . [18] Секвенирование геномов сотен штаммов выявило сильно различающиеся виды внутри рода. Фактически, многие геномы Pseudomonas разделяют только 50-60% своих генов, например, P. aeruginosa и P. putida разделяют только 2971 белок из 5350 (или ~55%). [18]

К 2020 году в Genebank было доступно более 500 полных геномов Pseudomonas . Филогеномный анализ использовал 494 полных протеома и идентифицировал 297 основных ортологов, общих для всех штаммов. [15] Этот набор основных ортологов на уровне рода был обогащен белками, участвующими в метаболизме, трансляции и транскрипции, и использовался для создания филогеномного дерева всего рода, чтобы очертить связи между основными эволюционными группами Pseudomonas . [15] Кроме того, для большинства эволюционных групп были идентифицированы группоспецифичные основные белки, что означает, что они присутствовали у всех членов конкретной группы, но отсутствовали у других псевдомонад. Например, были идентифицированы несколько специфичных для P. aeruginosa основных белков, которые, как известно, играют важную роль в патогенности этого вида, такие как CntL, CntM, PlcB, Acp1, MucE, SrfA, Tse1, Tsi2, Tse3 и EsrC . [15]

Характеристики

Представители рода демонстрируют следующие определяющие характеристики: [19]

Другие характеристики, которые, как правило, связаны с видами Pseudomonas (за некоторыми исключениями), включают секрецию пиовердина , флуоресцентного желто-зеленого сидерофора [20] в условиях ограничения железа. Некоторые виды Pseudomonas могут также продуцировать дополнительные типы сидерофоров, такие как пиоцианин Pseudomonas aeruginosa [21] и тиохинолобактин Pseudomonas fluorescens . [22] Виды Pseudomonas также обычно дают положительный результат в тесте на оксидазу , отсутствие образования газа из глюкозы, глюкоза окисляется в тесте окисления/ферментации с использованием теста Хью и Лейфсона O/F, бета- гемолитический (на кровяном агаре ), индол- отрицательный, метиловый красный отрицательный, тест Фогеса-Проскауэра отрицательный и цитрат- положительный. [ необходима цитата ]

Pseudomonas может быть наиболее распространенным зародышеобразователем ледяных кристаллов в облаках, поэтому имеет первостепенное значение для образования снега и дождя по всему миру. [23]

Образование биопленки

Все виды и штаммы Pseudomonas исторически классифицировались как строгие аэробы . Исключения из этой классификации были недавно обнаружены в биопленках Pseudomonas . [24] Значительное количество клеток может продуцировать экзополисахариды, связанные с образованием биопленки. Секреция экзополисахаридов , таких как альгинат, затрудняет фагоцитоз псевдомонад лейкоцитами млекопитающих . [ 25] Продукция экзополисахаридов также способствует образованию поверхностных биопленок , которые трудно удалить с поверхностей для приготовления пищи. Рост псевдомонад на портящихся продуктах может вызывать «фруктовый» запах. [ требуется ссылка ]

Устойчивость к антибиотикам

Большинство Pseudomonas spp. обладают естественной устойчивостью к пенициллину и большинству родственных бета-лактамных антибиотиков , но некоторые чувствительны к пиперациллину , имипенему , тикарциллину или ципрофлоксацину . [25] Аминогликозиды, такие как тобрамицин , гентамицин и амикацин, являются другими вариантами терапии. [ требуется ссылка ]

Эта способность процветать в суровых условиях является результатом их выносливых клеточных стенок , которые содержат белки, известные как порины . Их устойчивость к большинству антибиотиков объясняется эффлюксными насосами , которые выкачивают некоторые антибиотики до того, как они успевают подействовать. [ необходима цитата ]

Pseudomonas aeruginosa все чаще признается новым условно-патогенным микроорганизмом , имеющим клиническое значение. Одной из его наиболее тревожных характеристик является его низкая восприимчивость к антибиотикам. [26] Эта низкая восприимчивость объясняется согласованным действием насосов для оттока множества лекарственных средств сгенами устойчивости к антибиотикам, кодируемыми хромосомами (например, mexAB-oprM , mexXY и т. д. [27] ), и низкой проницаемостью клеточных оболочек бактерий. Помимо внутренней устойчивости, P. aeruginosa легко развивает приобретенную устойчивость либо путем мутации в генах, кодируемых хромосомами, либо путем горизонтального переноса генов детерминант устойчивости к антибиотикам. Развитие множественной лекарственной устойчивости у изолятов P. aeruginosa требует нескольких различных генетических событий, которые включают приобретение различных мутаций и/или горизонтальный перенос генов устойчивости к антибиотикам. Гипермутация благоприятствует отбору мутационно-обусловленной устойчивости к антибиотикам в штаммах P. aeruginosa , вызывающих хронические инфекции, тогда как кластеризация нескольких различных генов устойчивости к антибиотикам в интегронах благоприятствует согласованному приобретению детерминант устойчивости к антибиотикам. Некоторые недавние исследования показали фенотипическую устойчивость, связанную с образованием биопленки или с появлением вариантов с небольшими колониями, что может быть важным в ответе популяций P. aeruginosa на лечение антибиотиками . [10]

Чувствительность к галлию

Хотя галлий не имеет естественной функции в биологии, ионы галлия взаимодействуют с клеточными процессами аналогично железу(III). Когда ионы галлия ошибочно поглощаются бактериями, такими как Pseudomonas , вместо железа(III) , ионы мешают дыханию, и бактерии погибают. Это происходит потому, что железо является окислительно-восстановительно активным, что позволяет переносить электроны во время дыхания, в то время как галлий окислительно-восстановительно неактивен. [28] [29]

Патогенность

Патогены животных

Инфекционные виды включают P. aeruginosa , P. oryzihabitans и P. plecoglossicida . P. aeruginosa процветает в больничной среде и представляет особую проблему в этой среде, поскольку является второй по распространенности инфекцией у госпитализированных пациентов ( внутрибольничные инфекции ). [30] Этот патогенез может быть частично обусловлен белками, секретируемыми P. aeruginosa . Бактерия обладает широким спектром систем секреции , которые экспортируют многочисленные белки, имеющие отношение к патогенезу клинических штаммов. [31] Интересно, что несколько генов, участвующих в патогенезе P. aeruginosa, такие как CntL, CntM, PlcB, Acp1, MucE, SrfA, Tse1, Tsi2, Tse3 и EsrC, являются специфичными для основной группы, [15] что означает, что они являются общими для подавляющего большинства штаммов P. aeruginosa , но не присутствуют у других псевдомонад .

Возбудители болезней растений

P. syringae — это плодовитый фитопатоген . Он существует в виде более 50 различных патоваров , многие из которых демонстрируют высокую степень специфичности хозяина-растения. Многочисленные другие виды Pseudomonas могут выступать в качестве фитопатогенов, в частности, все остальные члены подгруппы P. syringae , но P. syringae является наиболее распространенным и лучше всего изученным. [ необходима цитата ]

Возбудители грибковых заболеваний

P. tolaasii может стать серьезной сельскохозяйственной проблемой, так как может вызвать бактериальную пятнистость культивируемых грибов . [32] Аналогичным образом, P. agarici может вызвать капание жабр у культивируемых грибов. [33]

Использование в качестве агентов биологического контроля

С середины 1980-х годов некоторые представители рода Pseudomonas применялись к семенам зерновых культур или применялись непосредственно к почве в качестве способа предотвращения роста или укоренения патогенов сельскохозяйственных культур. Эта практика в общем называется биоконтролем . Свойства биоконтроля штаммов P. fluorescens и P. protegens (например, CHA0 или Pf-5) в настоящее время изучены лучше всего, хотя неясно, как именно достигаются свойства P. fluorescens , способствующие росту растений . Теории включают: бактерии могут вызывать системную резистентность у растения-хозяина, поэтому оно может лучше противостоять атаке настоящего патогена; бактерии могут вытеснять другие (патогенные) почвенные микробы, например, с помощью сидерофоров, что дает конкурентное преимущество в очистке от железа; бактерии могут вырабатывать соединения, антагонистические другим почвенным микробам, такие как антибиотики феназинового ряда или цианистый водород . Экспериментальные данные подтверждают все эти теории. [34]

Другие известные виды Pseudomonas со свойствами биологического контроля включают P. chlororaphis , который производит антибиотик феназинового типа , активный против некоторых грибковых фитопатогенов, [35] и близкородственный вид P. aurantiaca , который производит ди-2,4-диацетилфторглюцилметан, соединение, обладающее антибиотической активностью против грамположительных организмов. [36]

Использование в качестве агентов биоремедиации

Некоторые представители рода способны метаболизировать химические загрязнители в окружающей среде, и, как следствие, могут использоваться для биоремедиации . Известные виды, продемонстрированные как подходящие для использования в качестве агентов биоремедиации, включают:

Риски, связанные с псевдомонадами

Pseudomonas — род бактерий, известный своей связью с рядом заболеваний, поражающих людей, растения и животных.

Люди и животные

Одним из наиболее тревожных штаммов Pseudomonas является Pseudomonas aeruginosa , который является причиной значительного числа внутрибольничных инфекций. Многочисленные больницы и медицинские учреждения сталкиваются с постоянными проблемами в борьбе с инфекциями Pseudomonas . Симптомы этих инфекций вызваны белками, выделяемыми бактериями, и могут включать пневмонию , заражение крови и инфекции мочевыводящих путей . [46] Pseudomonas aeruginosa очень заразен и демонстрирует устойчивость к лечению антибиотиками, что затрудняет эффективное лечение. Известно, что некоторые штаммы Pseudomonas поражают лейкоциты у различных видов млекопитающих , представляя опасность для людей, крупного рогатого скота, овец и собак. [47]

Рыба

В то время как Pseudomonas aeruginos a, по-видимому, является патогеном, который в первую очередь поражает людей, другой штамм, известный как Pseudomonas plecoglossicida, представляет опасность для рыб. Этот штамм может вызывать вздутие желудка и кровотечение у популяций рыб. [47]

Растения и грибы

Различные штаммы Pseudomonas признаны патогенами в растительном мире. Примечательно, что семейство Pseudomonas syringae связано с болезнями, поражающими широкий спектр сельскохозяйственных растений, при этом различные штаммы демонстрируют адаптацию к определенным видам хозяев. В частности, вирулентный штамм Pseudomonas tolaasii вызывает упадок и деградацию съедобных видов грибов. [47]

Обнаружение возбудителей порчи пищевых продуктов в молоке

Одним из способов идентификации и категоризации нескольких бактериальных организмов в образце является использование риботипирования. [48] При риботипировании из образцов, содержащих виды бактерий, выделяют хромосомную ДНК разной длины и расщепляют на фрагменты. [48] Схожие типы фрагментов из разных организмов визуализируют, а их длины сравнивают друг с другом с помощью саузерн-блоттинга или гораздо более быстрого метода полимеразной цепной реакции (ПЦР) . [48] Затем фрагменты можно сопоставить с последовательностями, обнаруженными у видов бактерий. [48] Показано, что риботипирование является методом выделения бактерий, способных вызывать порчу. [49] Около 51% бактерий Pseudomonas , обнаруженных на заводах по переработке молока, являются P. fluorescens , причем 69% этих изолятов обладают протеазами, липазами и лецитиназами, которые способствуют деградации компонентов молока и последующей порче. [49] Другие виды Pseudomonas могут обладать любой из протеаз, липаз или лецитиназ, или не обладать вообще. [49] Подобная ферментативная активность выполняется Pseudomonas одного и того же риботипа, причем каждый риботип показывает различную степень порчи молока и влияние на вкус. [49] Количество бактерий влияет на интенсивность порчи, при этом неферментативные виды Pseudomonas способствуют порче в большом количестве. [49]

Порча пищевых продуктов наносит ущерб пищевой промышленности из-за образования летучих соединений организмами, метаболизирующими различные питательные вещества, содержащиеся в пищевых продуктах. [50] Загрязнение приводит к возникновению опасностей для здоровья из-за образования токсичных соединений, а также неприятных запахов и привкусов. [50 ] Технология электронного носа позволяет быстро и непрерывно измерять микробную порчу пищевых продуктов, улавливая запахи, производимые этими летучими соединениями. [50] Таким образом, технология электронного носа может применяться для обнаружения следов порчи молока Pseudomonas и изоляции ответственных видов Pseudomonas . [51] Газовый датчик состоит из носовой части, изготовленной из 14 модифицируемых полимерных датчиков, которые могут обнаруживать определенные продукты распада молока, производимые микроорганизмами. [51] Данные датчика производятся путем изменения электрического сопротивления 14 полимеров при контакте с целевым соединением, в то время как четыре параметра датчика могут быть скорректированы для дальнейшего уточнения реакции. [51] Затем ответы могут быть предварительно обработаны нейронной сетью, которая затем может различать микроорганизмы, вызывающие порчу молока, такие как P. fluorescens и P. aureofaciens . [51]

Разновидность

Pseudomonas включает следующие виды, [52] организованные в группы геномного родства: [53] [54] [55] [56] [57] [58] [59]

P. aeruginosaГруппа

P. anguillisepticaГруппа

  • P. anguilliseptica Wakabayashi и Egusa 1972 (Утвержденные списки 1980)
  • P. Benzenivorans Lang et al. 2012 год
  • P. borbori Ванпарис и др. 2006
  • P. campi Тимси и др. 2021
  • P. cuatrocienegasensis Escalante et al. 2009 год
  • P. glareae Романенко и др. 2015 год
  • P. guineae Бозал и др. 2007
  • P. guryensis Ким и др. 2021
  • P. lalucatii Busquets et al. 2021 год
  • P. leptonychotis Novákova et al. 2020 год
  • P. marincola Романенко и др. 2008 год
  • P. peli Vanparys и др. 2006
  • П. сегитис Парк и др. 2006
  • P. taeanensis Ли и др. 2010
  • P. ullengensis Kim et al. 2021 год

P. флуоресцентныйГруппа

Подгруппа P. asplenii

  • P. agarici Молодой 1970 (Утвержденные списки 1980)
  • P. asplenii (Арк и Томпкинс 1946) Савулеску 1947 (Утвержденные списки 1980)
  • P. batumici Киприанова и др. 2011 г.
  • P. fuscovaginae (ex Tanii et al. 1976) Miyajima et al. 1983 год
  • P. gingeri Кутри и др. 1984
  • P. vanderleydeniana Жирар и др. 2022

Подгруппа P. chlororaphis

  • P. aurantiaca Нахимовская 1948 (Утвержденные списки 1980)
  • P. aureofaciens Kluyver 1956 (Утвержденные списки 1980)
  • P. chlororaphis (Гиньяр и Соважо, 1894 г.) Берджи и др., 1930 г. (Утвержденные списки, 1980 г.)
  • P. piscium (Burr et al. 2010) Chen et al. 2018 год

P. corrugata Подгруппа

  • P. alvandae Girard et al. 2022 год
  • P. bijieensis Liang et al. 2021 год
  • P. brassicacearum Achouak et al. 2000 г.
  • P. canavaninivorans Hauth et al. 2022 год
  • P. corrugata Робертс и Скарлетт, 1981 г.
  • P. kilonensis Sikorski et al. 2001 г.
  • P. marvdashtae Жирар и др. 2022
  • P. mediterranea Catara et al. 2002 г.
  • P. ogarae Гарридо-Санс и др. 2022 год
  • P. tehranensis Жирар и др. 2022
  • P. thivervalensis Ачуак и др. 2000
  • P. viciae Чжао и др. 2020
  • P. zanjanensis Girard et al. 2022 год
  • P. zarinae Жирар и др. 2022

Подгруппа P. fluorescens

  • P. allii Савада и др. 2021
  • P. antarctica Reddy et al. 2004 г.
  • P. asgharzadehiana Girard et al. 2022 год
  • P. aylmerensis corrig. Чаганг и др. 2021 год
  • P. azadiae Жирар и др. 2022
  • P. azotoformans Иидзука и Комагата 1963 (Утвержденные списки 1980)
  • P. canadensis Tambong et al. 2017 год
  • P. carnis Лик и др. 2020
  • П. cedrina корриг. Даббусси и др. 2002 г.
  • P. costantinii Munsch et al. 2002 г.
  • P. cremoris Hofmann et al. 2021 год
  • P. cyclaminis Sawada et al. 2021 год
  • P. edaphica Рамирес-Бахена и др. 2019 год
  • P. extremaustralis Лопес и др. 2010 год
  • P. extremorientalis Иванова и др. 2002 г.
  • P. fildesensis Павлов и др. 2020 год
  • P. fluorescens Migula 1895 (Утвержденные списки 1980 г.)
  • P. fulgida Naureen et al. 2005 г.
  • P. grimontii Baida et al. 2002 г.
  • P. haemolytica Hofmann et al. 2020 год
  • P. kairouanensis Oueslati et al. 2020 год
  • P. karstica Швец и др. 2020
  • P. khavaziana Жирар и др. 2022
  • P. kitaguniensis Sawada et al. 2020 год
  • P.lactis von Neubeck et al. 2017 год
  • P.lactucae Sawada et al. 2021 год
  • P. libanensis Dabboussi et al. 1999 год
  • P. lurida Behrendt et al. 2007 год
  • P. marginalis (Brown 1918) Stevens 1925 (Утвержденные списки 1980)
  • P. nabeulensis Oueslati et al. 2020 год
  • P. orientalis Dabboussi et al. 2002 г.
  • P. palleroniana Gardan et al. 2002 г.
  • P. panacis Park и др. 2005
  • P. paracarnis Lick et al. 2021 год
  • P. paralactis von Neubeck et al. 2017 год
  • P. pisciculturae Duman et al. 2021 год
  • P. poae Берендт и др. 2003
  • P. rhodesiae Coroler et al. 1997 год
  • P. salmasensis Girard et al. 2022 год
  • P. salomonii Gardan et al. 2002 г.
  • P. simiae Вела и др. 2006
  • P. sivasensis Duman et al. 2020 год
  • P. spelaei Швец и др. 2020
  • P. synxantha (Ehrenberg 1840) Голландия 1920 (Утвержденные списки 1980)
  • P. tolaasii Paine 1919 (Утвержденные списки 1980)
  • P. tritici Жирар и др. 2022
  • P. trivyis Behrendt et al. 2003 г.
  • P. veronii Elomari et al. 1996 год
  • P. yamanorum Arnau et al. 2015 год

Подгруппа P. fragi

  • P. bubulae Лик и др. 2020
  • P. deceptionensis Carrion et al. 2011 г.
  • P. эндофитика Рамирес-Бахена и др. 2015 год
  • P. fragi (Eichholz 1902) Gruber 1905 (Утвержденные списки 1980)
  • П. Хеллери фон Нойбек и др. 2016 год
  • P. lundensis Molin et al. 1986 год
  • P. paraversuta Lick et al. 2021 год
  • P. psychrophila Yumoto et al. 2002 г.
  • P. saxonica Hofmann et al. 2020 год
  • P. taetrolens Haynes 1957 (Утвержденные списки 1980)
  • P. versuta See-Too et al. 2017 год
  • P. weihenstephanensis von Neubeck et al. 2016 год

Подгруппа P. gessardii

Подгруппа P. jessenii

  • P. azerbaijanoccidentalis corrig. Жирар и др. 2022 год
  • P. azerbaijanorientalis corrig. Жирар и др. 2022
  • P. izuensis Лу и др. 2020
  • P. jessenii Verhille et al. 1999 год
  • P. laurylsulfatiphila corrig. Фурманчик и др. 2019
  • P. laurylsulfativorans corrig. Фурманчик и др. 2019
  • P. mohnii Камара и др. 2007
  • П. Мурей Камара и др. 2007
  • П. Рейнекей Камара и др. 2007 год
  • P. umsongensis Kwon et al. 2003 г.
  • P. vancouverensis Mohn et al. 1999 год

Подгруппа P. koreensis

  • P. allokribbensis Моримото и др. 2021
  • P. anatoliensis Duman et al. 2021 год
  • P. atacamensis Poblete-Morales et al. 2021 год
  • P. atagonensis corrig. Моримото и др. 2020 год
  • P. baetica Лопес и др. 2012
  • P. bananamidigenes Жирар и др. 2021
  • P. botevensis Girard et al. 2021 год
  • P. crudilactis Schlusselhuber et al. 2021 год
  • P. ekonensis Girard et al. 2022 год
  • P. glycinae Цзя и др. 2021
  • P. gozinkensis Morimoto et al. 2021 год
  • P. granadensis Паскуаль и др. 2015
  • P. hamedanensis Girard et al. 2022 год
  • P. helmanticensis Рамирес-Бахена и др. 2014 год
  • P. iranensis Girard et al. 2022 год
  • P. iridis Думан и др. 2021
  • P. horasanensis Girard et al. 2022 год
  • P. koreensis Квон и др. 2003
  • P. kribbensis Chang et al. 2016 год
  • P. monsensis Girard et al. 2022 год
  • P. moraviensis Tvrzová et al. 2006 г.
  • P. neuropathica Думан и др. 2021
  • P. siliginis Girard et al. 2022 год
  • P. tensinigenes Жирар и др. 2022
  • P. triticicola Girard et al. 2022 год
  • P. zeae Жирар и др. 2022

Подгруппа P. mandelii

  • P. arsenicoxydans Campos et al. 2011 г.
  • П. Фаррис Жирар и др. 2022
  • P. frederiksbergensis Andersen et al. 2000 г.
  • P. gregormendelii Kosina et al. 2016 год
  • P. lini Делорм и др. 2002
  • P. mandelii Verhille et al. 1999 год
  • P. migulae Verhille et al. 1999 год
  • P. mucoides Думан и др. 2021
  • P. piscicola Duman et al. 2021 год
  • P. prosekii Kosina et al. 2014 год
  • P. silesiensis Kaminski et al. 2018 год

Подгруппа P. protegens

  • P. aestus Vasconcellos et al. 2017 год
  • P. piscis Лю и др. 2020
  • P. protegens Ramette et al. 2012 год
  • P. saponiphila Lang et al. 2012 год
  • P. sessilinigenes Жирар и др. 2021

incertae sedis

  • P. blatchfordae Блатчфорд и Шустер 1980 г.
  • P. kielensis Gieschler et al. 2021 год

P. linyingensisГруппа

  • P. guangdongensis Yang et al. 2013 год
  • P. linyingensis He et al. 2015 год
  • P. oryzae Ю и др. 2013
  • P. sagittaria Лин и др. 2013

П. желтаяГруппа

  • P. abietaniphila Mohn et al. 1999 год
  • P. bohemica Саати-Сантамария и др. 2018 год
  • P. graminis Behrendt et al. 1999 год
  • P. lutea Пейкс и др. 2004

P. массилиенсисГруппа

  • P. Massiliensis Bardet et al. 2018 год
  • P. typographi Peral-Aranega et al. 2021 год

P. oleovoransГруппа

  • P. alcaliphila Yumoto et al. 2001 г.
  • P. chaetocerotis Жирар и др.
  • P. chengduensis Tao et al. 2014 год
  • P. composti Gibello et al. 2011 г.
  • P. guguanensis Liu et al. 2013 год
  • P. Hydrolytica Zhou et al. 2020 год
  • P. indoloxydans Manickam et al. 2008 год
  • P. khazarica Tarhriz et al. 2020 год
  • P. mendocina Palleroni 1970 (Утвержденные списки 1980)
  • P. oleovorans Ли и Чандлер 1941 (Утвержденные списки 1980)
  • P. sediminis Behera et al. 2018 год
  • P. sihuiensis Ву и др. 2014
  • P. toyotomiensis Hirota et al. 2011 г.

P. oryzihabitansГруппа

  • P. asuensis Редди и Гарсия-Пишель, 2015 г.
  • P. duriflava Лю и др. 2008
  • P. luteola Кодама и др. 1985
  • P. oryzihabitans Kodama et al. 1985 г.
  • P. rhizoryzae Wang et al. 2020 год

P. pohangensisГруппа

П. путидаГруппа

  • P. akappageensis corrig. Моримото и др. 2020 год
  • P. алкилфенолика Мулет и др. 2015 год
  • P. alloputida Keshavarz-Tohid et al. 2020 год
  • P. anuradhapurensis Girard et al. 2022 год
  • P. arcuscaelestis Mulet et al. 2021 год
  • P. asiatica Тохья и др. 2019
  • P. brassicae Sawada et al. 2020 год
  • P. capeferrum Berendsen et al. 2015 год
  • P. cremoricolorata Uchino et al. 2002 г.
  • P. defluvii Цинь и др. 2020
  • P. donghuensis Gao et al. 2015 год
  • P. entomophila Mulet et al. 2012 год
  • P. fakonensis Жирар и др. 2022
  • P. Farsensis Girard et al. 2022 год
  • P. fulva Иидзука и Комагата 1963 (Утвержденные списки 1980)
  • P. guariconensis Toro et al. 2013 год
  • P. huaxiensis Цинь и др. 2019
  • P. hunanensis Гао и др. 2014
  • P. hutmensis Сян и др. 2019
  • P. inefficax Keshavarz-Tohid et al. 2019 год
  • P. japonica Pungrasmi et al. 2008 год
  • P. juntendi Tohya и др. 2019
  • P. kermanshahensis Жирар и др. 2022
  • P. kurunegalensis Girard et al. 2022 год
  • P. laurentiana Райт и др. 2019
  • P. maumuensis Girard et al. 2022 год
  • P. monteilii Elomari et al. 1997 год
  • P. mosselii Daboussi et al. 2002 г.
  • P. muyukensis Жирар и др. 2022
  • P. oryzicola Girard et al. 2022 год
  • P. oryziphila Yang et al. 2021 год
  • P. palmensis Gutierrez-Albanchez et al. 2022 год
  • P. parafulva Uchino et al. 2002 г.
  • P. peradeniyensis Girard et al. 2022 год
  • P. persica Кешаварц-Тохид и др. 2020 год
  • P. plecoglossicida Nishimori et al. 2000 г.
  • P. promysalinigenes Жирар и др. 2022
  • P. putida (Тревисан 1889) Мигула 1895 (Утвержденные списки 1980)
  • P. pyomelaminifaciens Chakraborty et al.
  • P. qingdaonensis Wang et al. 2019 год
  • P. reidholzensis Frasson et al. 2017 год
  • P. shirazensis Жирар и др. 2022
  • P. shirazica Keshavarz-Tohid et al. 2020 год
  • P. sichuanensis Qin et al. 2019 год
  • P. soli Паскуаль и др. 2015
  • P. taiwanensis Wang et al. 2010 год
  • P. tructae О и др. 2019
  • P. urmiensis Girard et al. 2022 год
  • P. vlassakiae Girard et al. 2021 год
  • P. vranovensis Tvrzová et al. 2006 г.
  • P. wadenswilerensis Frasson et al. 2017 год
  • P. wayambapalatensis Girard et al. 2021 год
  • P. xantholysinigenes Жирар и др. 2022
  • P. xanthosomatis corrig. Жирар и др. 2022

P. resinovoransГруппа

  • P. Furukawaii Kimura et al. 2018 год
  • P. lalkuanensis Thorat et al. 2020 год
  • P. mangiferae Anurat et al. 2019 год
  • P. otitidis Кларк и др. 2006
  • P. resinovorans Delaporte et al. 1961 г. (утвержденные списки 1980 г.)

P. ризосфераГруппа

  • P. baltica Gischler et al. 2021 год
  • P. coleopterorum Menéndez et al. 2015 год
  • P. eucalypticola Liu et al. 2021 год
  • P. rhizosphaerae Peix et al. 2003 г.

П. страминеяГруппа

  • P. argentinensis Peix et al. 2005 г.
  • P. daroniae Bueno-Gonzalez et al. 2019 год
  • P. dryadis Буэно-Гонсалес и др. 2019
  • P. flavescens Хильдебранд и др. 1994
  • P. punonensis Ramos et al. 2013 год
  • P. seleniipraecipitans corrig. Охотник и Мантер 2011
  • P. straminea corrig. Иидзука и Комагата 1963 (Утвержденные списки 1980)

P. stutzeriГруппа

  • P. azotifigens Hatayama et al. 2005 г.
  • P. balearica Bennasar et al. 1996 год
  • P. chloritidismutans Вольтеринк и др. 2002
  • P. kirkiae Bueno-Gonzalez et al. 2020 год
  • P. nitrititolerans Peng et al. 2019 год
  • P. nosocomialis Mulet et al. 2019 год
  • P. saudiphocaensis Azhar et al. 2017 год
  • P. songnenensis Zhang et al. 2015 год
  • P. stutzeri (Lehmann и Neumann 1896) Sijderius 1946 (Утвержденные списки 1980)
  • P. urumqiensis Zou et al. 2019 год
  • P. xanthomarina Романенко и др. 2005
  • P. zhaodongensis Zhang et al. 2015 год

P. syringaeГруппа

  • P. alliivorans Zhao et al. 2021 год
  • P. amygdali Psallidas и Panagopoulos 1975 (утвержденные списки 1980 г.)
  • P. asturiensis González et al. 2013 год
  • P. avellanae Janse et al. 1997 год
  • P. cannabina (бывший Шутич и Доусон, 1959) Gardan et al. 1999 год
  • P. capsici Чжао и др. 2021
  • P. caricapapayae Robbs 1956 (Утвержденные списки 1980)
  • P. caspiana Busquets et al. 2017 год
  • P. cerasi Kałuzna et al. 2017 год
  • P. cichorii (Swingle 1925) Stapp 1928 (Утвержденные списки 1980)
  • P. congelans Behrendt et al. 2003 г.
  • P. coronafaciens (Эллиотт 1920) Стивенс 1958
  • P. ficuserectae Перейти к 1983
  • P. floridensis Timilsina et al. 2018 год
  • P. foliumensis Tambong et al. 2021 год
  • P. helianthi Elasri et al. 2001 г.
  • P. meliae Огими 1981
  • P. ovata Рао и др. 2021
  • P. savastanoi (Janse 1982) Gardan et al. 1992 год
  • P. syringae van Hall 1902 (Утвержденные списки 1980 г.)
  • P. томат Гардан и др. 1999
  • P. tremae Гардан и др. 1999
  • P. triticumensis Tambong et al. 2021 год
  • P. viridiflava (Burkholder 1930) Dowson 1939 (Утвержденные списки 1980)

incertae sedis

  • P. acephalitica Tapia-Paniagua et al. 2014 год
  • P. acidophila Imada et al. 1981 год
  • «Ca. P. adelgestsugas» фон Долен и др. 2013 год
  • P. alcaligenes Monias 1928 (Утвержденные списки 1980)
  • P. alginovora Boyen et al. 1990 год
  • P. alkanolytica Накао и Куно 1972 г.
  • P. amyloderamosa Норман и Вобер, 1975 г.
  • P. andersonii Хан и др. 2001
  • P. bathycetes Куигли и Колвелл 1968
  • P. borealis Уилсон и др. 2006
  • P. cavernae Чжу и др. 2022
  • P. Cavernicola Zhu et al. 2022 год
  • P. cellulosa Эндрюс и др. 2000 г.
  • P. clementa Rahman et al. 2010 год
  • P. coenobios Зобелл и Апхэм, 1944 г.
  • P. diazotrophicus Ватанабе и др. 1987
  • P. diterpeniphila Морган и Виндхэм, 2002 г.
  • P. elodea Фиальо и др. 1991
  • P. excibis Штейнхаус
  • P. flexibilis (Hespell 1977) Shin et al. 2016 год
  • P. fluvialis Судан и др. 2018 год
  • P. gelidicola Kadota 1951 (Утвержденные списки 1980)
  • P. guezennei Simon-Colin et al. 2008 год
  • P. halodenitrificans Alonso et al. 2001 г.
  • P. halodurans Cuhel et al. 1981 год
  • P. halosaccharolytica Ohno et al. 1976 год
  • P. halosensibilis Цзоу и Цай, 1994 г.
  • P. hydrothermophila Гото и др. 1978
  • P. Hydrogenovora Igarashi et al. 1980 год
  • P. indica Пандей и др. 2002
  • P. jinanensis Кай и др. 1989
  • P. kuykendallii Hunter and Manter 2012 г.
  • P. lopnurensis Mamtimin et al. 2021 год
  • P. lubricans Rehman et al. 2010 год
  • П. Мацуисоли Лин и др. 2015
  • " P. melophthora Аллен и Райкер 1932
  • P. mesoacidophila Kintaka et al. 1981 год
  • P. multiresinovorans Эрнандес и др. 2008
  • P. perolens Шибальский 1950
  • P. фармакофабрика корриг. Ю и др. 2019 год
  • P. pratensis Zhang et al. 2021 год
  • P. quercus Ли и др. 2021
  • P. raguenesii Simon-Colin et al. 2009 год
  • P. reactans Прис и Вонг 1982
  • P. reptilivora Колдуэлл и Райерсон 1940
  • P. rhizophila Hassen et al. 2018 год
  • P. rhizovicinus He et al. 2021 год
  • P. rubescens Пивник 1955
  • P. schmalbachii Шеломи и др. 2021
  • P. septica Бергей и др. 1930
  • П. Сесами Мадхайян и др. 2017 год
  • P. siderocapsa Фаламин и Пиневич 2006
  • П. суис Вудс 1930
  • P. tamsuii Лян и др. 2015
  • P. tarimensis Anwar et al. 2017 год
  • P. teessidea Рахман и др. 2010
  • P. thermocarboxydovorans Лайонс и др. 1984
  • P. thermotolerans Манайя и Мур 2002 г.
  • P. tianjinensis Chen et al. 2018 год
  • П. Тохонис Ямада и др. 2021
  • P.turbellae Шринивасан 1956 г.
  • P. turukanskensis Коршунова и др. 2016 год
  • P. tuticorinensis Шринивасан 1956 г.
  • P. wenzhouensis Чжан и др. 2021
  • P. xionganensis Zhao et al. 2020 год
  • P. yangonensis Tohya et al. 2020 год

Виды, ранее классифицированные в роде

Недавно анализ последовательности 16S рРНК переопределил таксономию многих видов бактерий, ранее классифицированных как относящиеся к роду Pseudomonas . [11] Ниже перечислены виды, удаленные из Pseudomonas ; щелчок по виду покажет его новую классификацию. Термин «псевдомонада» не применяется строго только к роду Pseudomonas и может использоваться также для включения предыдущих членов, таких как роды Burkholderia и Ralstonia .

α-протеобактерии: P. abikonensis , P.aminevorans , P. azotocolligans , P. carboxoxydo Hydrogena , P.carbonovorans , P. compransoris , P. diminuta , P. echinoides , P. extorquens , P. lindneri , P. mesophilica , P. paucimobilis. , П. радиора , П. родос , П. рибофлавина , П. розовая , П. везикулярис .

β-протеобактерии: P. acidovorans , P. alliicola , P. antimicrobica , P. avenae , P.butanovora , P. caryophylli , P. Cattleyae , P. cepacia , P. cocovenenans , P. delafieldii , P. facilis , P. flava , П. гладиолусы , П. глатеи , П. glumae , P. huttiensis , P. indigofera , P. lanceolata , P. lemoignei , B. mallei , P. mephitica , P. mixta , P. palleronii , P. phenazinium , P. Pickettii , P. plantarii , P. pseudoflava , B. pseudomallei , P. пирроциния , P. рубрилинские , П. Rubrisubalbicans , P. saccharophila , P. solanacearum , P. spinosa , P. syzygii , P. taeniospiralis , P. terrigena , P. testosteroni .

γ-β протеобактерии: P.boreopolis , P.cissicola , P.geniculata , P.hibiscicola , P.maltophilia , P.pictorum .

γ-протеобактерии: P. beijerinckii , P. diminuta , P. doudoroffii , P. elongata , P. flectens , P. marinus , P. halophila , P. iners , P. marina , P. nautica , P. nigrifaciens , P. pavonacea. , [60] P. piscicida , P. станьери .

δ-протеобактерии: P. formicans .

Филогенетика

С помощью филогенетического анализа были определены следующие взаимоотношения между группами геномного сродства : [61] [62]

Псевдомонады

Группа Pseudomonas Massiliensis

Группа Pseudomonas linyingensis

Pseudomonas flexibilis

Pseudomonas термотолерантный

Группа Pseudomonas stutzeri

Pseudomonas matsuisoli

Pseudomonas kuykendallii

Pseudomonas indica

Группа Pseudomonas resinivorans

Группа Pseudomonas aeruginosa

Группа Pseudomonas oryzihabitans

Halopseudomonas (ранее группа P. pertucinogena )

Cellvibrio japonicus (внешняя группа)

Бактериофаги

Существует ряд бактериофагов , которые инфицируют Pseudomonas , например:

Смотрите также

Сноски

  1. ^ Чтобы облегчить изложение на английском языке, названия родов могут быть «упрощены» и образованы в просторечии для обозначения представителя рода: для рода Pseudomonas это «pseudomonad» (множественное число: «pseudomonads»), вариант неноминативных падежей в греческом склонении слова monas, monada . [67] По историческим причинам представители нескольких родов, которые ранее классифицировались как виды Pseudomonas , могут называться псевдомонадами, в то время как термин «флуоресцентная псевдомонада» относится исключительно к нынешним представителям рода Pseudomonas , поскольку они продуцируют пиовердин , флуоресцентный сидерофор . [4] [ нужна страница ] Последний термин, флуоресцентная псевдомонада, отличается от термина группа P. fluorescens , который используется для обозначения подмножества членов Pseudomonas sensu stricto , а не в целом.

Ссылки

  1. ^ Лалукат, Хорхе; Гомила, Маргарита; Мулет, Магдалена; Зарума, Андерсон; Гарсия-Вальдес, Елена (2021). «Прошлое, настоящее и будущее границ рода Pseudomonas : предложение Stutzerimonas gen. nov». Syst Appl Microbiol . 45 (1): 126289. doi :10.1016/j.syapm.2021.126289. hdl : 10261/311157 . PMID  34920232. S2CID  244943909.
  2. ^ Парте, Айдан К.; Сарда Карбасс, Жоаким; Майер-Кольтхофф, Ян П.; Реймер, Лоренц К.; Гёкер, Маркус (2020). «Список названий прокариот со стойкой в ​​номенклатуре (LPSN) перемещается в DSMZ». Международный журнал систематической и эволюционной микробиологии . 70 (11): 5607–5612. doi :10.1099/ijsem.0.004332. PMC 7723251. PMID  32701423 . 
  3. ^ "Genus Pseudomonas". LPSN.dsmz.de . Получено 4 апреля 2023 г. .Частичное цитирование, см. Parte et al., 2020 для ссылки на проект
  4. ^ ab Madigan M; Martinko J, ред. (2006). Brock Biology of Microorganisms (11-е изд.). Prentice Hall. ISBN 0-13-144329-1.
  5. ^ Падда, Киран Прит; Пури, Акшит; Чанвэй, Крис (2019-11-01). «Эндофитная фиксация азота – возможный «скрытый» источник азота для деревьев скрученной широкохвойной сосны, растущих на неиспользуемых участках добычи гравия». FEMS Microbiology Ecology . 95 (11). doi :10.1093/femsec/fiz172. ISSN  0168-6496. PMID  31647534.
  6. ^ Падда, Киран Прит; Пури, Акшит; Чанвэй, Крис П. (2018-09-20). «Изоляция и идентификация эндофитных диазотрофов из деревьев сосны скрученной широкохвойной, растущих на неиспользуемых карьерах по добыче гравия в центральной части Британской Колумбии, Канада». Канадский журнал лесных исследований . 48 (12): 1601–1606. doi : 10.1139/cjfr-2018-0347. hdl : 1807/92505 . ISSN  0045-5067. S2CID  92275030.
  7. ^ Мигула, В. (1894) Über ein neues System der Bakterien. Арб Бактериол Инст Карлсруэ 1: 235–238.
  8. ^ Мигула, В. (1900) System der Bakterien, Vol. 2. Йена, Германия: Густав Фишер.
  9. ^ abc Palleroni, NJ (2010). «История Pseudomonas». Environmental Microbiology . 12 (6): 1377–1383. Bibcode : 2010EnvMi..12.1377P. doi : 10.1111/j.1462-2920.2009.02041.x . PMID  20553550.
  10. ^ abc Корнелис, Пьер, ред. (2008). Pseudomonas: Genomics and Molecular Biology (1-е изд.). Caister Academic Press. ISBN 978-1-904455-19-6.
  11. ^ ab Anzai, Y.; Kim, H.; Park, JY; Wakabayashi, H. (2000). «Филогенетическая принадлежность псевдомонад на основе последовательности 16S рРНК». Международный журнал систематической и эволюционной микробиологии . 50 (4): 1563–89. doi :10.1099/00207713-50-4-1563. PMID  10939664.
  12. ^ Anzai, Yojiro; Kudo, Yuko; Oyaizu, Hiroshi (1997). «Филогения родов Chryseomonas, Flavimonas и Pseudomonas подтверждает синонимию этих трех родов». International Journal of Systematic Bacteriology . 47 (2): 249–251. doi : 10.1099/00207713-47-2-249 . PMID  9103607.
  13. ^ Ябуучи, Эйко; Косако, Ёсимаса; Ояидзу, Хироси; Яно, Икуя; Хотта, Хисако; Хашимото, Ясухиро; Эзаки, Такаюки; Аракава, Мичио (1992). «Предложение о Burkholderia gen. Nov. И передача семи видов группы гомологии II рода Pseudomonas в новый род с типовым видом Burkholderia cepacia (Palleroni and Holmes 1981) comb. Nov». Микробиология и иммунология . 36 (12): 1251–1275. doi : 10.1111/j.1348-0421.1992.tb02129.x . PMID  1283774. S2CID  46648461.
  14. ^ Ябуучи, Эйко; Косако, Ёсимаса; Яно, Икуя; Хотта, Хисако; Нисиучи, Юкико (1995). «Перенос двух видов Burkholderia и Alcaligenes в род Ralstonia. Ноябрь: Предложение о гребне Ralstonia Pickettii (Ralston, Palleroni and Doudoroff 1973). Ноябрь, гребешок Ralstonia solanacearum (Smith 1896). Ноябрь. И Ralstonia euтрофа (Дэвис 1969). гребешок. Ноябрь». Микробиология и иммунология . 39 (11): 897–904. дои : 10.1111/j.1348-0421.1995.tb03275.x . PMID  8657018. S2CID  28187828.
  15. ^ abcdef Николаидис, Мариос; Моссиалос, Димитрис; Оливер, Стивен Г.; Амуциас, Григориос Д. (2020-07-24). "Сравнительный анализ основных протеомов среди основных эволюционных групп Pseudomonas выявляет видоспецифические адаптации для Pseudomonas aeruginosa и Pseudomonas chlororaphis". Разнообразие . 12 (8): 289. doi : 10.3390/d12080289 . ISSN  1424-2818.
  16. ^ Рихтер, Майкл; Росселло-Мора, Рамон (10.11.2009). «Сдвиг геномного золотого стандарта для определения прокариотических видов». Труды Национальной академии наук . 106 (45): 19126–19131. Bibcode : 2009PNAS..10619126R. doi : 10.1073/pnas.0906412106 . ISSN  0027-8424. PMC 2776425. PMID 19855009  . 
  17. ^ Тран, Фуонг Н.; Савка, Майкл А.; Ган, Хан Мин (2017-07-12). «In-silico таксономическая классификация 373 геномов выявила неверную идентификацию видов и новые геновиды в пределах рода Pseudomonas». Frontiers in Microbiology . 8 : 1296. doi : 10.3389/fmicb.2017.01296 . ISSN  1664-302X. PMC 5506229. PMID 28747902  . 
  18. ^ ab Koehorst, Jasper J.; Dam, Jesse CJ; van Heck, Ruben GA; van Saccenti, Edoardo; Martins dos Santos, Vitor AP; Suarez-Diez, Maria; Schaap, Peter J. (2016-12-06). "Сравнение 432 штаммов Pseudomonas посредством интеграции геномных, функциональных, метаболических и экспрессионных данных". Scientific Reports . 6 (1): 38699. Bibcode :2016NatSR...638699K. doi :10.1038/srep38699. ISSN  2045-2322. PMC 5138606 . PMID  27922098. 
  19. ^ Криг, Ноэль (1984). Руководство Берджи по систематической бактериологии, том 1. Балтимор: Williams & Wilkins. ISBN 0-683-04108-8.
  20. ^ Мейер, Жан-Мари; Жоффруа, Валери А.; Байда, Надер; Гардан, Луи; Изард, Даниэль; Лемансо, Филипп; Ашуак, Вафа; Паллерони, Норберто Дж. (2002). «Типирование сидерофоров — мощный инструмент для идентификации флуоресцентных и нефлуоресцентных псевдомонад». Прикладная и экологическая микробиология . 68 (6): 2745–2753. Bibcode : 2002ApEnM..68.2745M. doi : 10.1128/AEM.68.6.2745-2753.2002. PMC 123936. PMID  12039729. 
  21. ^ Lau, Gee W.; Hassett, Daniel J.; Ran, Huimin; Kong F, Fansheng (2004). «Роль пиоцианина в инфекции Pseudomonas aeruginosa». Trends in Molecular Medicine . 10 (12): 599–606. doi :10.1016/j.molmed.2004.10.002. PMID  15567330.
  22. ^ Matthijs, Sandra; Tehrani, Kourosch Abbaspour; Laus, George; Jackson, Robert W.; Cooper, Richard M.; Cornelis, Pierre (2007). «Thioquinolobactin, a Pseudomonas siderophore with antifungal and anti-Pythium activity». Environmental Microbiology . 9 (2): 425–434. Bibcode : 2007EnvMi...9..425M. doi : 10.1111/j.1462-2920.2006.01154.x. PMID  17222140.
  23. ^ Биелло, Дэвид (28 февраля 2008 г.). «Микробы производят снег?». Scientific American .
  24. ^ Хассетт, Дэниел Дж.; Купполетти, Джон; Трапнелл, Брюс; Лимар, Сергей В.; и др. (2002). «Анаэробный метаболизм и определение кворума биопленками Pseudomonas aeruginosa в хронически инфицированных дыхательных путях при кистозном фиброзе: переосмысление стратегий лечения антибиотиками и целевых показателей лекарств». Advanced Drug Delivery Reviews . 54 (11): 1425–1443. doi :10.1016/S0169-409X(02)00152-7. PMID  12458153.
  25. ^ ab Райан, Кеннет Дж.; Рэй, К. Джордж; Шеррис, Джон К., ред. (2004). Sherris Medical Microbiology (4-е изд.). McGraw Hill. ISBN 0-8385-8529-9.
  26. ^ Ван Элдере, Йохан (февраль 2003 г.). «Многоцентровое наблюдение за паттернами восприимчивости Pseudomonas aeruginosa при внутрибольничных инфекциях». Журнал антимикробной химиотерапии . 51 (2): 347–352. doi : 10.1093/jac/dkg102 . PMID  12562701.
  27. ^ Poole, K (январь 2004). «Эффлюкс-опосредованная мультирезистентность у грамотрицательных бактерий». Клиническая микробиология и инфекция . 10 (1): 12–26. doi : 10.1111/j.1469-0691.2004.00763.x . PMID  14706082.
  28. ^ "Ученые обнаружили глины для борьбы со смертельными бактериями". www.infoniac.com . 2007-03-16 . Получено 2008-11-20 .
  29. ^ Смит, Майкл (2007-03-16). "Галлий может обладать свойствами антибиотиков". MedPage Today . Архивировано из оригинала 2008-09-18.
  30. ^ Боди, Джеральд П.; Боливар, Рикардо; Файнштейн, Виктор; Джадея, Лина (1 марта 1983 г.). «Инфекции, вызванные Pseudomonas aeruginosa». Клинические инфекционные заболевания . 5 (2): 279–313. doi :10.1093/clinids/5.2.279. ISSN  1058-4838. PMID  6405475.
  31. ^ Харди, Ким Р.; Помье, Стефани; Вильгельм, Сюзанна (2009). «Секретируемые белки Pseudomonas aeruginosa : их экспортные механизмы и как они способствуют патогенезу». Бактериальные секретируемые белки: секреторные механизмы и роль в патогенезе . Caister Academic Press. ISBN 978-1-904455-42-4.
  32. ^ Броди, Кэтрин Л.; Рейни, Пол Б.; Тестер, Марк; Джонстон, Кейт (1991). «Бактериальная пятнистость культивируемых грибов вызывается токсином липодепсипептида, образующим ионный канал». Молекулярные взаимодействия растений и микробов . 1 (4): 407–411. doi :10.1094/MPMI-4-407.
  33. ^ Young, JM (1970). «Drippy gill: бактериальное заболевание культивируемых грибов, вызванное Pseudomonas agarici n. sp». New Zealand Journal of Agricultural Research . 13 (4): 977–90. Bibcode : 1970NZJAR..13..977Y. doi : 10.1080/00288233.1970.10430530 .
  34. ^ Хаас, Дитер; Дефаго, Женевьева (2005). «Биологический контроль патогенов, передающихся через почву, с помощью флуоресцентных псевдомонад». Nature Reviews Microbiology . 3 (4): 307–319. doi :10.1038/nrmicro1129. PMID  15759041. S2CID  18469703.
  35. ^ Chin-A-Woeng TF; Bloemberg, Guido V.; Mulders, Ine HM; Dekkers, Linda C.; et al. (2000). «Колонизация корней бактерией Pseudomonas chlororaphis PCL1391, продуцирующей феназин-1-карбоксамид, имеет важное значение для биологического контроля гниения корней и ножек томатов». Mol Plant Microbe Interact . 13 (12): 1340–1345. doi : 10.1094/MPMI.2000.13.12.1340 . hdl : 1887/62881 . PMID  11106026.
  36. ^ Есипов, С.Е.; Аданин, В.М.; Баскунов, Б.П.; Киприанова, Е.А.; и др. (1975). "Новый антибиотикоактивный фторглюцид из Pseudomonas aurantiaca" . Антибиотики . 20 ( 12): 1077–81. PMID  1225181.
  37. ^ О'Махони, Марк М.; Добсон, Алан Д.У.; Барнс, Джереми Д.; Синглтон, Ян (2006). «Использование озона в очистке почвы, загрязненной полициклическими ароматическими углеводородами». Chemosphere . 63 (2): 307–314. Bibcode :2006Chmsp..63..307O. doi :10.1016/j.chemosphere.2005.07.018. PMID  16153687.
  38. ^ Yen, KM; Karl, MR; Blatt, LM; Simon, MJ; Winter, RB; Fausset, PR; Lu, HS; Harcourt, AA; Chen, KK (1991). «Клонирование и характеристика кластера генов Pseudomonas mendocina KR1, кодирующего толуол-4-монооксигеназу». Journal of Bacteriology . 173 (17): 5315–27. doi :10.1128/jb.173.17.5315-5327.1991. PMC 208241 . PMID  1885512. 
  39. ^ Уэртас, М.-Дж.; Люке-Альмагро, ВМ; Мартинес-Луке, М.; Бласко, Р.; Морено-Вивиан, К.; Кастильо, Ф.; Ролдан, доктор медицинских наук (2006). «Цианидный метаболизм Pseudomonas pseudoalcaligenes CECT5344: роль сидерофоров». Труды Биохимического общества . 34 (1): 152–5. дои : 10.1042/BST0340152. ПМИД  16417508.
  40. ^ Нодзири, Хидеаки; Маэда, Кана; Секигучи, Хиройо; Урата, Масааки; Шинтани, Масаки; Ёсида, Такако; Хабе, Хироши; Омори, Тошио (2002). «Организация и транскрипционная характеристика генов деградации катехола, участвующих в деградации карбазола штаммом Pseudomonas resinovorans CA10». Бионаука, биотехнология и биохимия . 66 (4): 897–901. doi : 10.1271/bbb.66.897 . PMID  12036072.
  41. ^ Гилани, Разия Алам; Рафик, Мажар; Рехман, Абдул; Мунис, Мухаммад Фарук Хусейн; Рехман, Шафик ур; Чаудхари, Хасан Джавед (2016). «Биодеградация хлорпирифоса бактериями рода Pseudomonas ». Журнал фундаментальной микробиологии . 56 (2): 105–119. doi : 10.1002/jobm.201500336. ISSN  1521-4028. PMID  26837064. S2CID  1373984.
  42. ^ Нам, И. Х.; Чанг, Й. С.; Хонг, Х. Б.; Ли, Й. Э. (2003). «Новая катаболическая активность Pseudomonas veronii в биотрансформации пентахлорфенола». Прикладная микробиология и биотехнология . 62 (2–3): 284–290. doi :10.1007/s00253-003-1255-1. PMID  12883877. S2CID  31700132.
  43. ^ Онака, Кристина; Кинингер, Мартин; Энгессер, Карл Х.; Альтенбухнер, Йозеф (май 2007 г.). «Деградация алкилметилкетонов Pseudomonas veronii». Журнал бактериологии . 189 (10): 3759–3767. doi :10.1128/JB.01279-06. PMC 1913341. PMID  17351032 . 
  44. ^ Маркес, Сильвия; Рамос, Хуан Л. (1993). «Транскрипционный контроль катаболических путей плазмиды TOL Pseudomonas putida ». Молекулярная микробиология . 9 (5): 923–929. doi :10.1111/j.1365-2958.1993.tb01222.x. PMID  7934920. S2CID  20663917.
  45. ^ Sepúlveda-Torres, Lycely Del C.; Rajendran, Narayanan; Dybas, Michael J.; Criddle, Craig S. (1999). «Создание и начальная характеристика мутантов Pseudomonas stutzeri KC с нарушенной способностью к деградации четыреххлористого углерода». Архив микробиологии . 171 (6): 424–429. Bibcode : 1999ArMic.171..424D. doi : 10.1007/s002030050729. PMID  10369898. S2CID  19916486.
  46. ^ «Что такое Pseudomonas Aeruginosa?». WebMD . 27 октября 2022 г. Получено 07.08.2023 г.
  47. ^ abc Wood, Peter (2021-03-16). "Pseudomonas: Как лечить и предотвращать в коммерческих системах водоснабжения". Wychwood Water Systems . Получено 2023-08-07 .
  48. ^ abcd Dasen, SE; LiPuma, JJ; Kostman, JR; Stull, TL (1 октября 1994 г.). "Характеристика ПЦР-риботипирования для Burkholderia (Pseudomonas) cepacia". Журнал клинической микробиологии . 32 (10): 2422–2424. doi :10.1128/JCM.32.10.2422-2424.1994. ISSN  0095-1137. PMC 264078. PMID 7529239  . 
  49. ^ abcde Доган, Белджин; Бур, Кэтрин Дж. (1 января 2003 г.). «Генетическое разнообразие и потенциалы порчи среди Pseudomonas spp., выделенных из жидких молочных продуктов и предприятий по переработке молока». Прикладная и экологическая микробиология . 69 (1): 130–138. Bibcode : 2003ApEnM..69..130D. doi : 10.1128/AEM.69.1.130-138.2003. ISSN  0099-2240. PMC 152439. PMID 12513987  . 
  50. ^ abc Casalinuovo, Ида А.; Ди Пьерро, Донато; Колетта, Массимилиано; Ди Франческо, Паоло (1 ноября 2006 г.). «Применение электронных носов для диагностики заболеваний и обнаружения порчи пищевых продуктов». Датчики . 6 (11): 1428–1439. Бибкод : 2006Senso...6.1428C. дои : 10.3390/s6111428 . ПМК 3909407 . 
  51. ^ abcd Маган, Нареш; Павлоу, Алекс; Хрисантакис, Иоаннис (5 января 2001 г.). «Milk-sense: летучая сенсорная система распознает бактерии порчи и дрожжи в молоке». Датчики и приводы B: Химические . 72 (1): 28–34. doi :10.1016/S0925-4005(00)00621-3.
  52. ^ Pseudomonas в LPSN ; Parte, Aidan C.; Sardà Carbasse, Joaquim; Meier-Kolthoff, Jan P.; Reimer, Lorenz C.; Göker, Markus (1 ноября 2020 г.). «Список названий прокариот со стоянием в номенклатуре (LPSN) перемещается в DSMZ». Международный журнал систематической и эволюционной микробиологии . 70 (11): 5607–5612. doi : 10.1099/ijsem.0.004332 .
  53. ^ Anzai, Y; Kim, H; Park, JY; Wakabayashi, H; Oyaizu, H (2000). «Филогенетическая принадлежность псевдомонад на основе последовательности 16S рРНК». Международный журнал систематической и эволюционной микробиологии . 50 (4): 1563–1589. doi :10.1099/00207713-50-4-1563. ISSN  1466-5034. PMID  10939664.
  54. ^ Jun, Se-Ran; Wassenaar, Trudy M.; Nookaew, Intawat; Hauser, Loren; Wanchai, Visanu; Land, Miriam; Timm, Collin M.; Lu, Tse-Yuan S.; Schadt, Christopher W.; Doktycz, Mitchel J.; Pelletier, Dale A.; Ussery, David W. (2016). «Разнообразие геномов Pseudomonas, включая изоляты, связанные с Populus, как выявлено с помощью сравнительного геномного анализа». Applied and Environmental Microbiology . 82 (1): 375–383. Bibcode : 2016ApEnM..82..375J. doi : 10.1128/AEM.02612-15. ISSN  0099-2240. PMC 4702629. PMID  26519390 . 
  55. ^ Mulet, Magdalena; Lalucat, Jorge; García-Valdés, Elena (2010). «Анализ видов Pseudomonas на основе последовательности ДНК ». Environmental Microbiology . 12 (6): 1513–30. Bibcode : 2010EnvMi..12.1513M. doi : 10.1111/j.1462-2920.2010.02181.x. PMID  20192968.
  56. ^ Mulet, Magdalena; Gomila, Margarita; Scotta, Claudia; Sánchez, David; Lalucat, Jorge; García-Valdés, Elena (2012). «Соответствие между времяпролетной масс-спектрометрией с лазерной десорбцией/ионизацией с использованием цельноклеточной матрицы и подходами анализа многолокусной последовательности при различении видов в пределах рода Pseudomonas». Systematic and Applied Microbiology . 35 (7): 455–464. doi :10.1016/j.syapm.2012.08.007. ISSN  0723-2020. PMID  23140936.
  57. ^ Гомила, Маргарита; Пенья, Арантча; Мулет, Магдалена; Лалукат, Хорхе; Гарсиа-Вальдес, Елена (2015). «Филогеномика и систематика Pseudomonas». Границы микробиологии . 6 : 214. дои : 10.3389/fmicb.2015.00214 . ISSN  1664-302X. ПМЦ 4447124 . ПМИД  26074881. 
  58. ^ Hesse, Cedar; Schulz, Frederik; Bull, Carolee T.; Shaffer, Brenda T.; Yan, Qing; Shapiro, Nicole; Hassan, Karl A.; Varghese, Neha; Elbourne, Liam DH; Paulsen, Ian T.; Kyrpides, Nikos; Woyke, Tanja; Loper, Joyce E. (2018). «Геномная эволюционная история Pseudomonas spp». Environmental Microbiology . 20 (6): 2142–2159. Bibcode :2018EnvMi..20.2142H. doi :10.1111/1462-2920.14130. ISSN  1462-2912. OSTI  1529110. PMID  29633519. S2CID  4737911.
  59. ^ Жирар, Леа; Луд, Седрик; Хёфте, Моника; Вандамм, Питер; Рокни-Заде, Хассан; ван Ноорт, Вера; Лавин, Роб; Де Мот, Рене (2021). «Постоянно расширяющийся род Pseudomonas: описание 43 новых видов и разделение группы Pseudomonas putida». Микроорганизмы . 9 (8): 1766. doi : 10.3390/microorganisms9081766 . ISSN  2076-2607. PMC 8401041. PMID  34442845 . 
  60. ^ Ван Ландсхот, А.; Россау, Р.; Де Лей, Дж. (1986). «Внутри- и межродовые сходства рибосомальных рибонуклеиновых кислот цистронов Acinetobacter». Международный журнал систематической бактериологии . 36 (2): 150. doi : 10.1099/00207713-36-2-150 .
  61. ^ Girard L, Lood C, Höfte M, Vandamme P, Rokni-Zadeh H, van Noort V, Lavigne R, De Mot R. (2021). «Постоянно расширяющийся род Pseudomonas: описание 43 новых видов и разделение группы Pseudomonas putida». Microorganisms . 9 (8): 1766. doi : 10.3390/microorganisms9081766 . PMC 8401041 . PMID  34442845. 
  62. ^ Yi B, Dalpke AH. (2022). «Пересмотр внутриродовой структуры рода Pseudomonas с полной информацией о последовательности всего генома: взгляд на разнообразие и генетические детерминанты, связанные с патогенами». Infect Genet Evol . 97 : 105183. doi : 10.1016/j.meegid.2021.105183 . PMID  34920102. S2CID  245180021.Обратите внимание, что дерево в этой ссылке имеет ту же топологию, но выглядит иначе, поскольку не имеет корней.
  63. ^ аб Хертвельдт, К.; Лавин, Р.; Плетенева Е.; Сернова Н.; Курочкина Л.; Корчевский Р.; Роббен, Дж.; Месянжинов В.; Крылов В.Н.; Волкарт, Г. (2005). «Сравнение геномов крупных фагов Pseudomonas aeruginosa» (PDF) . Журнал молекулярной биологии . 354 (3): 536–545. дои : 10.1016/j.jmb.2005.08.075. PMID  16256135. Архивировано из оригинала (PDF) 4 марта 2016 г. Проверено 27 августа 2015 г.
  64. ^ Лавин, Роб; Нобен, Жан-Поль; Хертвельдт, Кирстен; Цейсенс, Питер-Ян; Бриерс, Ив; Дюмон, Дебора; Рукур, Барт; Крылов Виктор Н.; Месянжинов Вадим Владимирович; Роббен, Йохан; Волкарт, Гвидо (2006). «Структурный протеом бактериофага Pseudomonas aeruginosa φKMV». Микробиология . 152 (2): 529–534. дои : 10.1099/mic.0.28431-0 . ISSN  1465-2080. ПМИД  16436440.
  65. ^ ab Ceyssens, Pieter-Jan; Lavigne, Rob; Mattheus, Wesley; Chibeu, Andrew; Hertveldt, Kirsten; Mast, Jan; Robben, Johan; Volckaert, Guido (2006). «Геномный анализ фагов Pseudomonas aeruginosa LKD16 и LKA1: установление подгруппы φKMV в супергруппе T7». Journal of Bacteriology . 188 (19): 6924–6931. doi :10.1128/JB.00831-06. ISSN  0021-9193. PMC 1595506 . PMID  16980495. 
  66. ^ Ли, Люси Ф.; Боези, JA (1966). «Характеристика бактериофага gh-1 для Pseudomonas putida». Журнал бактериологии . 92 (6). Американское общество микробиологии: 1821–1827. doi : 10.1128/JB.92.6.1821-1827.1966 . PMC 316266. PMID  5958111 . 
  67. ^ Бьюкенен, RE (1955). «Таксономия». Ежегодный обзор микробиологии . 9 : 1–20. doi :10.1146/annurev.mi.09.100155.000245. PMID  13259458.
На Викискладе есть медиафайлы по теме Pseudomonas .

Общий

  • Pseudomonas у истоков мирового дождя и снега
  • Псевдомонады выживают в ядерном реакторе
  • База данных генома Pseudomonas
  • Псевдомонады
  • Флуоресцентное видео Pseudomonas
Взято с "https://en.wikipedia.org/w/index.php?title=Pseudomonas&oldid=1249894731"