Минимальная информация, необходимая в аннотации моделей

MIRIAM (Minimum Information Required In The Annotation of Models [1] ) — это попытка на уровне сообщества стандартизировать процессы аннотирования и курирования количественных моделей биологических систем. [2] Она состоит из набора руководящих принципов, подходящих для использования с любым структурированным форматом, что позволяет различным группам сотрудничать и обмениваться полученными моделями. Соблюдение этих руководящих принципов также облегчает совместное использование программного обеспечения и сервисных инфраструктур, созданных на основе деятельности по моделированию.

Идея «набора хороших практик», включая «некоторые обязательные метаданные», была впервые предложена Николя Ле Новером в октябре 2004 года в рамках обсуждения разработки общей базы данных моделей в системной биологии (что привело к созданию базы данных BioModels ). Эти первоначальные идеи были далее уточнены на встрече в Гейдельберге во время ICSB 2004 с представителями многих других заинтересованных групп.

MIRIAM — зарегистрированный проект MIBBI (минимальная информация для биологических и биомедицинских исследований). [3]

Руководящие принципы МИРИАМ

Руководство MIRIAM состоит из трех частей: справочная информация , аннотация об авторстве и аннотация внешних ресурсов , каждая из которых касается отдельного аспекта информации, которая должна быть включена в модель.

Справочная корреспонденция

«Справочная информация» касается базовой справочной информации, необходимой для использования модели, подробно описывая на общем уровне формат файла модели и возможность его инстанцирования для целей моделирования.

  • Файл модели должен быть закодирован в общедоступном, стандартизированном, машиночитаемом формате ( SBML , CellML , GENESIS , ...).
  • Файл модели должен быть действительным с точки зрения схемы кодирования.
  • Модель должна быть связана с описанием или публикацией, подробно описывающей ее происхождение, даже если она является составной.
  • Закодированная структура модели должна отражать (биологический) процесс(ы), подробно описанный в справочном описании.
  • Модель должна быть допускающей инстанцирование; необходимые количественные параметры, такие как начальные условия, должны быть предоставлены, если они требуются для моделирования.
  • При реализации модель должна быть способна воспроизводить репрезентативные результаты, указанные в справочном описании, в пределах эпсилон (алгоритмы, ошибки округления).

Атрибутивная аннотация

«Аннотация об атрибуции» содержит информацию об атрибуции, которая должна быть встроена в файл модели.

  • Модель должна иметь название.
  • Модель должна включать ссылку на описание источника, указывающее авторов модели.
  • Модель должна содержать имя и контактные данные создателей модели.
  • Необходимо указать дату и время создания модели и последнего изменения. История модели полезна, но не обязательна.
  • Модель должна быть связана с точным заявлением об условиях ее использования и распространения, независимо от того, является ли она «бесплатной для использования» или нет.

Аннотация внешнего ресурса

«Внешняя аннотация ресурсов» определяет способ, которым должны быть построены аннотации. Эти аннотации содержат ссылки на сущности в базах данных, классификациях, онтологиях и т. д. Одной из целей аннотации является обеспечение однозначной идентификации различных компонентов модели.

  • Аннотация должна однозначно связывать часть знания с компонентом модели.
  • Ссылочную информацию следует описывать с помощью триплета {data collection, collection-specific identifier, optional qualifier}:
    • Аннотация должна быть выражена в виде унифицированного идентификатора ресурса (URI).
    • В рамках сбора данных следует проанализировать идентификатор, специфичный для коллекции.
    • Для уточнения связи между компонентами модели и указанной информацией следует использовать квалификаторы (необязательно), например, «has_a», «is_version_of» и «is_homolog_to».

Более подробную информацию о существующих квалификаторах можно найти на сайте BioModels.net. [4]

До сих пор аннотация в основном является ручной работой, поэтому для обеспечения их долговечности необходимо использование постоянных URI. Было признано, что генерация действительных и уникальных URI для аннотации требует создания каталога общих пространств имен для использования сообществом. Эта функция предоставляется реестром MIRIAM . Реестр также предоставляет множество вспомогательных функций для включения автоматизированных процедур на основе этих URI. Возможность генерации разрешаемых идентификаторов обеспечивается посредством использования разрешающего слоя Identifiers.org .

Смотрите также

Ссылки

  1. ^ В оригинальной статье использовался глагол «запрошенный», но в результате использования сообществом он превратился в «требуемый» и соответствует другим стандартам минимальной информации (MI), доступным на портале MIBBI.
  2. ^ Ле Новер, Николя ; Финни, Эндрю; Хука, Майкл; Бхалла, Упиндер С; Кампань, Фабьен; Кольядо-Видес, Хулио; Крампин, Эдмунд Дж; Холстед, Мэтт; и др. (2005). «Минимум информации, запрашиваемый в аннотации биохимических моделей (МИРИАМ)». Природная биотехнология . 23 (12): 1509–15 . doi : 10.1038/nbt1156 . hdl : 11858/00-001M-0000-0010-853F-C . ПМИД  16333295.
  3. ^ http://www.mibbi.org/ Минимальная информация для биологических и биомедицинских исследований [ необходим неосновной источник ]
  4. ^ "веб-сайт". Biomodels.net. 1999-02-22 . Получено 2012-10-09 .
Взято с "https://en.wikipedia.org/w/index.php?title=Минимальная_информация,_необходимая_в_аннотации_моделей&oldid=1237832467"