Идентификаторы.org

Identifiers.org — проект, предоставляющий стабильные и постоянные идентификаторы для записей данных, используемых в науках о жизни. Идентификаторы предоставляются в форме унифицированных идентификаторов ресурсов (URI). Это также система разрешения, которая опирается на коллекции, перечисленные в реестре MIRIAM, для предоставления прямого доступа к различным экземплярам идентифицированных записей.

URI и система разрешения

URI Identifiers.org [1] [2] являются постоянными идентификаторами, которые одновременно определяют коллекцию данных, используя пространства имен Реестра, и идентификатор записи в коллекции в форме уникального разрешимого URI . Система разрешения Identifiers.org построена на информации, хранящейся в Реестре MIRIAM [3] , который представляет собой базу данных, в которой хранятся пространства имен, назначенные обычно используемым коллекциям данных (базам данных и онтологиям ) для наук о жизни. Она преобразует URI Identifiers.org в различные URL-адреса, ведущие к различным экземплярам записи, идентифицированной с помощью URI. Identifiers.org является частью платформы взаимодействия ELIXIR .

Структура идентификатора

URI Identifiers.org состоит из нескольких частей:

  • Протокол. URI Identifiers.org — это HTTP URI, начинающиеся с «http:/».
  • Сбор данных. Это пространства имен, перечисленные в реестре MIRIAM . Например, "pubmed" для ресурса публикации PubMed , "ec-code" для номенклатуры ферментов и "go" для онтологии генов.
  • Запись в коллекции. Например, «9606» — это «3-фтортолуол» в коллекции PubChem, это «Homo sapiens» в коллекции «taxonomy», а это публикация по общественным наукам в коллекции «pubmed».
  • Необязательно: URI Identifiers.org могут быть дополнены параметрами, например, указывающими, какой ресурс использовать для разрешения, «профилями», которые управляют поведением резолвера и т. д.
Структура и примеры URI Identifiers.org.

Использование

Система позволяет осуществлять последовательную и единообразную аннотацию наборов данных. Это, в свою очередь, облегчает выравнивание и интеграцию данных. URI Identifiers.org используются для кодирования метаданных в стандартных форматах инициативы COMBINE [4] , таких как SBML . В частности, такие базы данных, как BioModels Database и Reactome, экспортируют свои данные в SBML с перекрестными ссылками, закодированными с помощью URI Identifiers.org. Эти URI также используются в различных проектах семантической сети, таких как Bio2RDF , Open PHACTS и платформа EBI RDF [5]. Identifiers.org является частью платформы взаимодействия Европейской инфраструктуры биологических наук для биологической информации .

Сравнение с другими системами URI

URI Identifiers.org разрабатывались с 2011 года как разрешимая версия идентификаторов MIRIAM , разработанных с 2005 года, которые имели форму URN и не поддавались прямому разрешению. URI Identifiers.org похожи на PURL , хотя и предоставляют альтернативные разрешения для коллекций с несколькими экземплярами. Они также похожи на DOI , но предоставляют понятные человеку имена коллекций и повторно используют идентификатор записи, назначенный поставщиком данных.

Смотрите также

Ссылки

  1. ^ Juty, N; Le Novère, N; Laibe, C (2012). «Identifiers.org и реестр MIRIAM: ресурсы сообщества для обеспечения постоянной идентификации». Nucleic Acids Research . 40 (выпуск базы данных): D580–6. doi :10.1093/nar/gkr1097. PMC 3245029.  PMID 22140103  .
  2. ^ http://identifiers.org/ Сайт Identifiers.org
  3. ^ Laibe, C; Le Novère, N (2007). "Ресурсы MIRIAM: инструменты для создания и разрешения надежных перекрестных ссылок в системной биологии". BMC Systems Biology . 1 : 58. doi : 10.1186/1752-0509-1-58 . PMC 2259379. PMID  18078503 . 
  4. ^ http://co.mbine.org/ Веб-сайт вычислительного моделирования в биологии
  5. ^ S Jupp, J Malone, J Bolleman, M Brandizi, M Davies, L Garcia, A Gaulton, S Gehant, C Laibe, N Redaschi, SM Wimalaratne, M Martin, N Le Novère, H Parkinson, E Birney, AM Jenkinson (2014) Платформа EBI RDF: связанные открытые данные для наук о жизни. Биоинформатика doi : 10.1093/bioinformatics/btt765
  • сайт identifiers.org
  • стандарты инициативы COMBINE
  • Open PHACTS, открытое фармакологическое пространство
Retrieved from "https://en.wikipedia.org/w/index.php?title=Identifiers.org&oldid=1251060831"