СБМЛ
Формат файла XML для биологических моделей
Язык разметки системной биологии (SBML)
Расширение имени файла
.xml, .sbml
Тип интернет-СМИ
приложение/sbml+xml
Первоначальный выпуск2 марта 2001 г .; 23 года назад ( 2001-03-02 )
Последний релиз
SBML Level 3 Version 2 Core, Release 2
26 апреля 2019 г .; 5 лет назад ( 2019-04-26 )
Тип форматаЯзык разметки
Расширенный отXML
Открытый формат ?Да
Веб-сайтsbml.org

Язык разметки системной биологии ( SBML ) — это формат представления, основанный на XML , для передачи и хранения вычислительных моделей биологических процессов. [1] Это свободный и открытый стандарт с широкой поддержкой программного обеспечения и сообществом пользователей и разработчиков. SBML может представлять множество различных классов биологических явлений , включая метаболические сети , клеточные сигнальные пути, регуляторные сети , инфекционные заболевания и многие другие. [2] [3] [4] Он был предложен в качестве стандарта для представления вычислительных моделей в системной биологии сегодня. [4]

История

В конце 1999 года и начале 2000 года при финансировании со стороны Японской корпорации по науке и технологиям (JST) Хироаки Китано и Джон К. Дойл собрали небольшую группу исследователей для работы над разработкой лучшей программной инфраструктуры для вычислительного моделирования в системной биологии . Хамид Болури был лидером группы разработчиков, в которую входили Эндрю Финни, Герберт Сауро и Майкл Хака. [5] Болури определил необходимость в фреймворке для обеспечения взаимодействия и обмена между различными системами программного обеспечения для моделирования биологии, существовавшими в конце 1990-х годов, и организовал неформальный семинар в декабре 1999 года в Калифорнийском технологическом институте для обсуждения этого вопроса. На этом семинаре присутствовали группы, ответственные за разработку DBSolve, E-Cell, Gepasi, Jarnac, StochSim и The Virtual Cell. Отдельно, ранее в 1999 году, некоторые члены этих групп также обсуждали создание переносимого формата файла для моделей метаболических сетей в группе BioThermoKinetics (BTK). [6] [7] Те же группы, которые присутствовали на первом семинаре Caltech, снова встретились 28–29 апреля 2000 года на первом из недавно созданных циклов встреч под названием Workshop on Software Platforms for Systems Biology . [8] Во время второго семинара стало ясно, что необходим общий формат представления модели для обеспечения обмена моделями между программными инструментами в рамках любой функционирующей структуры взаимодействия, и участники семинара решили, что формат должен быть закодирован в XML .

Команда ERATO из Калтеха разработала предложение для этого формата на основе XML и распространила проект определения среди участников 2-го семинара по программным платформам для системной биологии в августе 2000 года. Этот проект подвергся широкому обсуждению в списках рассылки и во время 2-го семинара по программным платформам для системной биологии [9], состоявшегося в Токио , Япония, в ноябре 2000 года в качестве дополнительного семинара конференции ICSB 2000. После дальнейших доработок, обсуждений и программных реализаций команда Калтеха выпустила спецификацию для SBML уровня 1, версии 1 в марте 2001 года.

SBML Level 2 был задуман на 5-м семинаре по программным платформам для системной биологии, состоявшемся в июле 2002 года в Университете Хартфордшира , Великобритания. [10] К этому времени было вовлечено гораздо больше людей, чем первоначальная группа соавторов SBML, и продолжающаяся эволюция SBML стала более масштабным общественным усилием, при этом было улучшено множество новых инструментов для поддержки SBML. Участники семинара в 2002 году коллективно решили пересмотреть форму SBML в Level 2. Первый проект спецификации Level 2 Version 1 был выпущен в августе 2002 года, а окончательный набор функций был завершен в мае 2003 года на 7-м семинаре по программным платформам для системной биологии в Форт-Лодердейле , Флорида.

Следующая итерация SBML заняла два года отчасти потому, что разработчикам программного обеспечения требовалось время для освоения и понимания более крупного и сложного SBML Level 2. Неизбежное обнаружение ограничений и ошибок привело к разработке SBML Level 2 Version 2, выпущенной в сентябре 2006 года. К этому времени команда редакторов SBML (которые согласовывают предложения по изменениям и пишут согласованный окончательный документ спецификации) изменилась и теперь состояла из Эндрю Финни, Майкла Хака и Николя Ле Новера.

SBML Level 2 Version 3 был опубликован в 2007 году после многочисленных вкладов и обсуждений с сообществом SBML. В 2007 году также были избраны еще два редактора SBML в рамках введения современной организации редакторов SBML в контексте процесса разработки SBML.

SBML Level 2 Version 4 был опубликован в 2008 году после того, как определенные изменения в Level 2 были запрошены по многочисленным просьбам. (Например, электронное голосование сообщества SBML в конце 2007 года показало, что большинство предпочло не требовать строгой согласованности единиц, прежде чем модель SBML будет считаться действительной.) Версия 4 была завершена после встречи SBML Forum, состоявшейся в Гетеборге , Швеция, в качестве дополнительного семинара ICSB 2008 осенью 2008 года. [11]

SBML Level 3 Version 1 Core был опубликован в окончательном виде в 2010 году после продолжительного обсуждения и доработки редакторами SBML и сообществом SBML. Он содержит многочисленные существенные изменения в синтаксисе и конструкциях из Level 2 Version 4, но также представляет собой новую модульную базу для дальнейшего расширения функций и возможностей SBML в будущем.

SBML Level 2 Version 5 был опубликован в 2015 году. Эта редакция включала ряд текстовых (но не структурных) изменений в ответ на отзывы пользователей, тем самым обращаясь к списку опечаток, собранных за многие годы для спецификации SBML Level 2 Version 4. Кроме того, в версии 5 появилась возможность использовать вложенные аннотации в формате аннотаций SBML (формат аннотаций, основанный на подмножестве RDF ) .

Язык

Иногда ошибочно полагают, что SBML ограничен только моделями биохимических сетей, поскольку оригинальные публикации и раннее программное обеспечение были сосредоточены на этой области. В действительности, хотя центральные особенности SBML действительно ориентированы на представление химических реакций, которые действуют на сущности, этот же формализм служит аналогично для многих других типов процессов; более того, SBML имеет языковые особенности, поддерживающие прямое выражение математических формул и прерывистых событий отдельно от процессов реакции, что позволяет SBML представлять гораздо больше, чем только биохимические реакции. Доказательства возможности использования SBML для чего-то большего, чем просто описания биохимии, можно увидеть в разнообразии моделей, доступных в базе данных BioModels .

Цели

SBML имеет три основные цели:

  • позволяют использовать несколько программных инструментов без необходимости переписывать модели для соответствия уникальному формату файла каждого инструмента;
  • позволяют обмениваться моделями и публиковать их в форме, которую могут использовать другие исследователи, даже работая с другими программными средами;
  • обеспечить сохранение моделей после истечения срока службы программного обеспечения, использованного для их создания.

SBML не является попыткой определить универсальный язык для количественных моделей. Цель SBML — служить lingua franca — форматом обмена, используемым различными современными программными инструментами для передачи существенных аспектов вычислительной модели. [12]

Основные возможности

SBML может кодировать модели, состоящие из сущностей (называемых видами в SBML), на которые воздействуют процессы (называемые реакциями ). Важный принцип заключается в том, что модели разлагаются на явно обозначенные составные элементы, набор которых напоминает многословное представление уравнений химических реакций (если модель использует реакции) вместе с необязательными явными уравнениями (опять же, если модель использует их); представление SBML намеренно не приводит модель непосредственно к набору дифференциальных уравнений или другой конкретной интерпретации модели. Эта явная, не зависящая от фреймворка моделирования декомпозиция упрощает для программного инструмента интерпретацию модели и перевод формы SBML в любую внутреннюю форму, которую фактически использует инструмент.

Пакет программного обеспечения может считывать описание модели SBML и переводить его в свой внутренний формат для анализа модели. Например, пакет может предоставлять возможность моделировать модель, строя дифференциальные уравнения, а затем выполнять численное интегрирование по времени для уравнений, чтобы исследовать динамическое поведение модели. Или, в качестве альтернативы, пакет может строить дискретное стохастическое представление модели и использовать метод моделирования Монте-Карло , такой как алгоритм Джиллеспи .

SBML позволяет представлять модели произвольной сложности. Каждый тип компонента в модели описывается с использованием определенного типа структуры данных, которая организует соответствующую информацию. Структуры данных определяют, как полученная модель кодируется в XML.

В дополнение к элементам выше, еще одной важной особенностью SBML является то, что к каждой сущности могут быть прикреплены машиночитаемые аннотации. Эти аннотации могут использоваться для выражения отношений между сущностями в данной модели и сущностями во внешних ресурсах, таких как базы данных. Хорошим примером ценности этого является база данных BioModels, где каждая модель аннотируется и связывается с соответствующими ресурсами данных, такими как публикации, базы данных соединений и путей, контролируемые словари и многое другое. С аннотациями модель становится больше, чем просто представлением математической конструкции — она становится семантически обогащенной структурой для передачи знаний. [13] [14]

Уровни и версии

SBML определяется в Уровнях : совместимые снизу вверх спецификации, которые добавляют функции и выразительную силу. Программные инструменты, которые не нуждаются или не могут поддерживать сложность более высоких Уровней, могут продолжать использовать более низкие Уровни; инструменты, которые могут читать более высокие Уровни, гарантированно также смогут интерпретировать модели, определенные на более низких Уровнях. Таким образом, новые Уровни не заменяют предыдущие. Однако каждый Уровень может иметь несколько Версий внутри себя, и новые Версии Уровня заменяют старые Версии того же Уровня.

В настоящее время определены три уровня SBML. Текущие версии в пределах этих уровней следующие:

  • Уровень 3 Версия 2 Ядро, для которого окончательная спецификация Выпуска 2 была выпущена 26 апреля 2019 г.
  • Уровень 2 Версия 5 Выпуск 1
  • Уровень 1 Версия 2

Инфраструктура программного обеспечения с открытым исходным кодом, такая как libSBML и JSBML, позволяет разработчикам поддерживать все уровни SBML в своем программном обеспечении с минимальными усилиями.

Команда SBML поддерживает публичный трекер проблем, где читатели могут сообщать об ошибках или других проблемах в документах спецификации SBML. Сообщенные проблемы в конечном итоге помещаются в список официальных исправлений, связанных с каждым выпуском спецификации. Списки исправлений документируются на странице спецификаций SBML.org.

Пакеты уровня 3

Разработка SBML Level 3 ведется по модульному принципу. Спецификация Core представляет собой полный формат, который может использоваться отдельно. Дополнительные пакеты Level 3 могут быть наложены на это ядро ​​для предоставления дополнительных, необязательных функций.

Состав иерархической модели

Пакет Hierarchical Model Composition, известный как « comp », был выпущен в ноябре 2012 года. Этот пакет предоставляет возможность включать модели в качестве подмоделей в другую модель. Цель состоит в том, чтобы поддержать способность разработчиков моделей и программных инструментов делать такие вещи, как (1) разбивать большие модели на более мелкие, как способ управления сложностью; (2) включать несколько экземпляров заданной модели в одну или несколько включающих моделей, чтобы избежать буквального дублирования повторяющихся элементов; и (3) создавать библиотеки повторно используемых, проверенных моделей, во многом как это делается в разработке программного обеспечения и других областях инженерии. Спецификация стала кульминацией многолетних обсуждений большого количества людей.

Ограничения баланса потока

Пакет Flux Balance Constraints (под названием « fbc ») был впервые выпущен в феврале 2013 года. Изменения импорта были введены как часть версии 2, [15] выпущенной в сентябре 2015 года. Пакет « fbc » обеспечивает поддержку моделирования на основе ограничений, [16] часто используемого для анализа и изучения биологических сетей как в малых, так и в больших масштабах. [17] Этот пакет SBML использует стандартные компоненты из базовой спецификации SBML уровня 3, включая виды и реакции, и расширяет их дополнительными атрибутами и структурами, чтобы позволить разработчикам моделей определять такие вещи, как границы потоков и функции оптимизации.

Качественные модели

Пакет Qualitative Models или " qual " для SBML Level 3 был выпущен в мае 2013 года. Этот пакет поддерживает представление моделей, в которых отсутствуют глубокие знания биохимических реакций и их кинетики и необходимо использовать качественный подход. Примерами явлений, которые были смоделированы таким образом, являются сети регуляции генов [18] и сигнальные пути [19] , основывающие структуру модели на определении регуляторных или влияющих графов. Определение и использование некоторых компонентов этого класса моделей отличаются от способа определения и использования видов и реакций в основных моделях SBML. Например, качественные модели обычно связывают дискретные уровни активности с пулами сущностей; следовательно, процессы, включающие их, не могут быть описаны как реакции per se, а скорее как переходы между состояниями. Эти системы можно рассматривать как реактивные системы, динамика которых представлена ​​с помощью графов переходов состояний (или других структур Крипке [20] ), в которых узлы являются достижимыми состояниями, а ребра - переходами состояний.

Макет

Пакет макетов SBML возник как набор соглашений об аннотациях, используемых в SBML Level 2. Он был представлен на SBML Forum в Сент-Луисе в 2004 году. [21] Ральф Гейджес написал спецификацию [22] и предоставил реализацию, которая широко использовалась. Это первоначальное определение было переформулировано как пакет SBML Level 3, а спецификация была официально выпущена в августе 2013 года.

Пакет SBML Level 3 Layout предоставляет спецификацию того, как представлять сеть реакций в графической форме. Таким образом, он лучше приспособлен к задаче, чем использование произвольного рисунка или графика. Пакет SBML Level 3 имеет дело только с информацией, необходимой для определения положения и других аспектов макета графика; дополнительные детали, необходимые для завершения графика, а именно, как визуальные аспекты должны быть отображены, являются компетенцией отдельного пакета SBML Level 3, называемого Rendering (прозванного « render »). По состоянию на ноябрь 2015 года доступен проект спецификации для пакета « render », но он еще не был официально завершен. [23]

Пакеты в разработке

Разработка пакетов SBML уровня 3 осуществляется таким образом, что спецификации проверяются и реализации предпринимаются в процессе разработки. Как только спецификация становится стабильной и есть две реализации, которые ее поддерживают, пакет считается принятым. Все пакеты, описанные выше, достигли стадии принятия. В таблице ниже дается краткий обзор пакетов, которые в настоящее время находятся на стадии разработки.

Имя пакетаЭтикеткаОписание
МассивымассивыПоддержка выражения массивов компонентов
РаспределениядистрибПоддержка моделей кодирования, которые выбирают значения из статистических распределений или определяют статистику, связанную с числовыми значениями.
ДинамикадинПоддержка создания и уничтожения сущностей во время симуляции
ГруппыгруппыСредство группировки элементов
Многосостоянные и многокомпонентные видымногоСтруктуры объектов для представления пулов сущностей с несколькими состояниями, состоящих из нескольких компонентов, а также правила реакции с их участием
РендерингоказыватьПоддержка определения графических символов и глифов, используемых в диаграмме модели; дополнение к пакету макета
Обязательные элементытребованиеПоддержка детальной индикации элементов SBML, которые были изменены из-за присутствия другого пакета
Пространственные процессыпространственныйПоддержка описания процессов, включающих пространственный компонент, и описания задействованных геометрий

Структура

Определение модели в SBML уровней 2 и 3 состоит из списков одного или нескольких из следующих компонентов:

  • Определение функции : именованная математическая функция, которая может использоваться в остальной части модели.
  • Определение единицы : Именованное определение новой единицы измерения или переопределение существующей единицы SBML по умолчанию. Именованные единицы могут использоваться в выражении величин в модели.
  • Тип отсека (только в SBML уровня 2): тип места, где могут находиться реагирующие объекты, такие как химические вещества.
  • Видовой тип (только в SBML уровня 2): тип сущности, которая может участвовать в реакциях. Примерами видовых типов являются ионы, такие как Ca 2+ , молекулы, такие как глюкоза или АТФ, сайты связывания на белке и многое другое.
  • Отсек : Хорошо перемешиваемый контейнер определенного типа и конечного размера, где могут находиться виды. Модель может содержать несколько отсеков одного и того же типа отсека. Каждый вид в модели должен находиться в отсеке.
  • Вид : совокупность особей одного и того же видового типа, расположенных в определенном отсеке .
  • Параметр : величина с символическим именем. В SBML термин параметр используется в общем смысле для обозначения именованных величин независимо от того, являются ли они константами или переменными в модели.
  • Начальное назначение : Математическое выражение, используемое для определения начальных условий модели. Этот тип структуры может использоваться только для определения того, как значение переменной может быть рассчитано из других значений и переменных в начале смоделированного времени.
  • Правило : Математическое выражение, используемое в сочетании с дифференциальными уравнениями, построенными на основе набора реакций в модели. Его можно использовать для определения того, как значение переменной может быть рассчитано из других переменных, или для определения скорости изменения переменной. Набор правил в модели можно использовать с уравнениями скорости реакции для определения поведения модели по отношению к времени. Набор правил ограничивает модель на весь период моделируемого времени.
  • Ограничение : Математическое выражение, определяющее ограничение значений переменных модели. Ограничение применяется во все моменты времени моделирования. Набор ограничений в модели не должен использоваться для определения поведения модели по отношению ко времени.
  • Реакция : утверждение, описывающее некоторую трансформацию, транспорт или процесс связывания, который может изменить количество одного или нескольких видов. Например, реакция может описывать, как определенные сущности (реагенты) преобразуются в определенные другие сущности (продукты). Реакции имеют связанные выражения кинетической скорости, описывающие, как быстро они происходят.
  • Событие : утверждение, описывающее мгновенное, прерывистое изменение в наборе переменных любого типа (концентрация видов, размер отсека или значение параметра) при выполнении условия запуска.

DSL, поддерживающие SBML

SBML — это в первую очередь формат для обмена моделями системной биологии между программными средствами моделирования или для архивирования моделей в репозиториях, таких как BiGG, BioModels или JWS Online. Поскольку SBML закодирован в XML и, в частности, использует MathML для представления математики, этот формат не является читаемым человеком. В результате другие группы разработали читаемые человеком форматы, которые можно преобразовывать в SBML и из него.

SBML-стенография

Сокращение SBML — это спецификация и связанный с ней инструментарий Python для взаимного преобразования SBML и сокращенной нотации. Формат был разработан группой системной биологии из Ньюкасла (Великобритания) где-то до 2006 года. [24] Его цель состояла в том, чтобы позволить разработчикам моделей быстрее создавать модели без необходимости писать необработанный XML или использовать инструменты GUI. Предоставляются два инструмента Python: mod2sbml.py и sbml2mod.py. Для помощи в преобразовании требуется пакет libSBML для Python. В настоящее время SBML-shorthand поддерживает SBML Level 3, версию 1.

Следующий код представляет собой пример использования SBML-сокращения для описания простого механизма фермент-субстрат. 

@compartments  cell = 1 @species  cell : Substrate = 10  cell : Enzyme = 5  cell : Complex = 0  cell : Product = 0 @parameters  k1 = 1  k1r = 2 @reactions @rr = Binding  Substrate + Enzyme  ->  Complex  k1 * Substrate * Enzyme - k1r * Complex @r = Conversion  Complex  ->  Product  +  Enzyme  kcat * Complex  :  kcat = 3

Сурьма

Antimony основан на более раннем DSL, реализованном в приложении моделирования Jarnac. [25] Оно, в свою очередь, было основано на приложении моделирования SCAMP [26], которое в конечном итоге черпало вдохновение из языка DSL, разработанного Дэвидом Гарфинкелем для симулятора BIOSIM. [27]

Как и SBML-сокращения, Antimony обеспечивает упрощенное текстовое представление SBML. Он использует минимум знаков препинания, что делает текст более легким для чтения и понимания. Он также позволяет пользователям добавлять комментарии. Antimony реализован с использованием C/C++ [28] и Bison в качестве грамматического анализатора. Однако дистрибутив также включает привязки Python, которые можно установить с помощью pip, чтобы упростить его использование из Python. Он также доступен через пакет Tellurium. [29] Совсем недавно была создана версия JavaScript/WASM [30] , которая позволяет использовать язык Antimony в Интернете. Инструмент веб-сайта makesbml использует версию Javascript. [31] Antimony поддерживает SBML Level 3, версию 2. Antimony также поддерживает следующие пакеты SBML: Hierarchical Model Composition, Flux Balance Constraints и Distributions.

Следующий пример иллюстрирует использование сурьмы для описания простой модели ферментативной кинетики:

 связывание : Субстрат + Фермент -> Комплекс ; k1 * Субстрат * Фермент - k1r * Комплекс ; Преобразование : Комплекс -> Продукт + Фермент ; kcat * Комплекс ;                // Инициализация видов Субстрат = 10 ; Фермент = 5 ; Комплекс = 0 ; Продукт = 0 ;             // Инициализация переменных k1 = 1 ; k1r = 2 ; kcat = 3 ;

Сообщество

По состоянию на февраль 2020 года около 300 программных систем рекламируют поддержку SBML. Текущий список доступен в форме SBML Software Guide, размещенного на SBML.org.

SBML разрабатывался и продолжает разрабатываться сообществом людей, создающих программные платформы для системной биологии, посредством активных списков обсуждений по электронной почте и двухгодичных семинаров. Встречи часто проводятся совместно с другими биологическими конференциями, особенно с Международной конференцией по системной биологии (ICSB). Усилия сообщества координируются выборной редакционной коллегией, состоящей из пяти членов. Каждый редактор избирается на 3-летний невозобновляемый срок.

Такие инструменты, как онлайн-валидатор моделей, а также библиотеки с открытым исходным кодом для включения SBML в программное обеспечение, запрограммированное на языках C , C++ , Java , Python , Mathematica , MATLAB и других, разрабатываются частично командой SBML, а частично — более широким сообществом SBML. [32]

SBML — официальный тип MIME IETF , определенный в RFC 3823. [33]

Смотрите также

Ссылки

  1. ^ Энциклопедия системной биологии Дубицки, В., Волькенхауэр, О., Йокота, Х., Чо, К.-Х. (ред.) SBML, стр. 2057-2062 Springer 2013 ISBN  978-1-4419-9863-7
  2. ^ Хука, М.; Финни, А.; Сауро, HM; Болури, Х.; Дойл, Дж. К.; Китано, Х .; Аркин, АП; Борнштейн, Би Джей; Брей, Д; Корниш-Боуден, А.; Куэльяр, А.А.; Дронов С.; Жиль, Эд; Гинкель, М; Гор, В.; Горянин, И.И.; Хедли, штат Вашингтон; Ходжман, TC; Хофмейр, Ж.-Х.; Хантер, ПиДжей; Джути, Н.С.; Касбергер, Дж.Л.; Кремлинг, А.; Куммер, У.; Ле Новер, Н.; Лоу, LM; Лусио, Д.; Мендес, П .; Минч, Э.; Мьёлснесс, Эд; Накаяма, Ю.; Нельсон, MR; Нильсен, ПФ; Сакурада, Т.; Шафф, Дж. К.; Шапиро, BE; Шимизу, TS; Спенс, HD; Стеллинг, J.; Такахаши, K.; Томита, M.; Вагнер, J.; Ван, J. (2003). «Язык разметки системной биологии (SBML): Средство для представления и обмена моделями биохимических сетей». Биоинформатика . 19 (4): 524–531. CiteSeerX 10.1.1.562.1085 . doi : 10.1093/bioinformatics/btg015 . PMID  12611808. 
  3. ^ Финни, А.; Хака, М. (2003). «Язык разметки системной биологии: уровень 2 и выше». Труды биохимического общества . 31 (6): 1472–3. doi :10.1042/BST0311472. PMID  14641091.
  4. ^ ab Hucka, M.; Finney, A.; Bornstein, BJ; Keating, SM; Shapiro, BE; Matthews, J.; Kovitz, BL; Schilstra, MJ; Funahashi, A.; Doyle, JC; Kitano, H. (2004). «Развитие lingua franca и связанной с ним инфраструктуры программного обеспечения для вычислительной системной биологии: проект языка разметки системной биологии (SBML)» (PDF) . Системная биология . 1 (1): 41–53. doi :10.1049/sb:20045008. PMID  17052114.
  5. ^ Хака, Майкл. "История SBML" . Получено 3 января 2010 г.
  6. ^ bionet.metabolic-reg. "ОБЪЯВЛЕНИЕ: Портативный метаболический бинарный стандарт" . Получено 13 декабря 2010 г.
  7. ^ Келл, ДБ ; Мендес, П. (2008). «Разметка — это модель: рассуждения о моделях системной биологии в эпоху семантической паутины». Журнал теоретической биологии . 252 (3): 538–543. Bibcode : 2008JThBi.252..538K. doi : 10.1016/j.jtbi.2007.10.023. PMID  18054049.
  8. ^ Команда SBML. "Первый семинар по программным платформам для системной биологии" . Получено 3 декабря 2010 г.
  9. ^ Команда SBML. "Второй семинар по программным платформам для системной биологии" . Получено 13 декабря 2010 г.
  10. ^ Команда SBML. "5-й семинар по программным платформам для системной биологии" . Получено 3 января 2010 г.
  11. ^ Команда SBML. "13-й форум SBML" . Получено 3 января 2010 г.
  12. ^ Финни, А., Хака, М., Борнштейн, Б. Дж., Китинг, С. М., Шапиро, Б. Э., Мэтьюз, Дж., Ковиц, Б. Л., Шилстра, М. Дж., Фунахаши, А., Дойл, Дж. К., Китано, Х. (2006). «Инфраструктура программного обеспечения для эффективной коммуникации и повторного использования вычислительных моделей». Системное моделирование в клеточной биологии: от концепций к гайкам и болтам . MIT Press. стр. 369–378.{{cite conference}}: CS1 maint: несколько имен: список авторов ( ссылка )
  13. ^ Краузе, Фалько; Улендорф, Яннис; Любиц, Тимо; Шульц, Марвин; Клипп, Эдда; Либермейстер, Вольфрам (2009). «Аннотация и объединение моделей SBML с семантикой SBML». Биоинформатика . 26 (3): 421–2. doi : 10.1093/биоинформатика/btp642 . ПМИД  19933161.
  14. ^ Альм, Ребекка; Вальтемат, Дагмар; Вольфиен, Маркус; Волькенхауэр, Олаф; Хенкель, Рон (2015). «Извлечение признаков на основе аннотаций из наборов моделей SBML». Журнал биомедицинской семантики . 6 : 20. doi : 10.1186/s13326-015-0014-4 . PMC 4405863. PMID  25904997 . 
  15. ^ Бретт Г. Оливье и Фрэнк Т. Бергманн. "SBML Level 3 Package: Flux Balance Constraints ('fbc')" . Получено 24 ноября 2015 г. .
  16. ^ Орт, Джеффри Д.; Тиле, Инес; Палссон, Бернхард О. (2010). «Что такое анализ баланса потоков?». Nature Biotechnology . 28 (3): 245–8. doi :10.1038/nbt.1614. PMC 3108565. PMID  20212490 . 
  17. ^ Оберхардт, Мэтью А.; Палссон , Бернхард О.; Папин, Джейсон А. (2009). «Применение метаболических реконструкций в масштабе генома». Молекулярная системная биология . 5 : 320. doi :10.1038/msb.2009.77. PMC 2795471. PMID  19888215. 
  18. ^ Батт, Грегори; Роперс, Дельфина; де Йонг, Хидде; Гейзельманн, Йоханнес; Матееску, Раду; Пейдж, Мишель; Шнайдер, Доминик (2005). «Проверка качественных моделей генетических регуляторных сетей путем проверки моделей: анализ реакции на пищевой стресс у Escherichia coli». Биоинформатика . 21 : i19–28. doi : 10.1093/bioinformatics/bti1048 . PMID  15961457.
  19. ^ Хеликар, Томас; Конвалина, Джон; Хайдель, Джек; Роджерс, Джим А. (2008). «Неожиданное принятие решений в сетях передачи биологических сигналов». Труды Национальной академии наук . 105 (6): 1913–1918. Bibcode : 2008PNAS..105.1913H . doi : 10.1073/pnas.0705088105 . PMC 2538858. PMID  18250321. 
  20. ^ Кларк, Э. М., Грумберг, О., Пелед, Д. А. (1999). Модальная проверка . MIT Press.{{cite conference}}: CS1 maint: несколько имен: список авторов ( ссылка )
  21. ^ Команда SBML. "8-й форум SBML" . Получено 3 января 2010 г.
  22. ^ Gauges, Ralph; Rost, Ursula; Sahle, Sven; Wegner, Katja (2006). «Расширение макета диаграммы модели для SBML». Биоинформатика . 22 (15): 1879–85. doi : 10.1093/bioinformatics/btl195 . PMID  16709586.
  23. ^ Ральф Манометры; Свен Сале; Катя Венглер; Фрэнк Т. Бергманн и Сара М. Китинг. «Пакет SBML уровня 3: рендеринг («рендеринг»)» . Проверено 24 ноября 2015 г.
  24. ^ Уилкинсон, Даррен Джеймс (2006). Стохастическое моделирование для системной биологии (1-е изд.). Бока-Ратон, Флорида: Chapman & Hall / CRC. ISBN 1-58488-540-8.
  25. ^ Sauro, Herbert (2001). "JARNAC: система интерактивного метаболического анализа" (PDF) . Анимация клеточной карты . Труды 9-го международного совещания по биотермокинетике: 221–228.
  26. ^ Sauro, Herbert M. (1993). "SCAMP: универсальная программа моделирования и анализа метаболического контроля". Биоинформатика . 9 (4): 441–450. doi :10.1093/bioinformatics/9.4.441. PMID  8402211.
  27. ^ Гарфинкель, Дэвид (август 1968). «Машинно-независимый язык для моделирования сложных химических и биохимических систем». Компьютеры и биомедицинские исследования . 2 (1): 31–44. doi :10.1016/0010-4809(68)90006-2. PMID  5743538.
  28. ^ "sys-био/сурьма" . Лаборатория UW Сауро. 25 июня 2023 г.
  29. ^ Чой, Кири; Медли, Дж. Кайл; Кёниг, Маттиас; Стокинг, Кайлен; Смит, Люциан; Гу, Стэнли; Сауро, Герберт М. (сентябрь 2018 г.). «Теллур: расширяемая среда моделирования на основе Python для систем и синтетической биологии». Биосистемы . 171 : 74–79. doi :10.1016/j.biosystems.2018.07.006. PMC 6108935. PMID 30053414  . 
  30. ^ "Сайт MakeSBML". UW Sauro Lab. 6 июля 2023 г.
  31. ^ "Сайт MakeSBML". UW Sauro Lab. 6 июля 2023 г.
  32. ^ Родригес, Николас; Петтит, Жан-Батист; Далле Пецце, Пьеро; Ли, Лу; Генри, Арно (2016). «Конвертер форматов системной биологии». BMC Bioinformatics . 17 (1): 1–7. doi : 10.1186/s12859-016-1000-2 . PMC 4820913. PMID  27044654 . 
  33. ^ Ковиц, Бенджамин (июнь 2004 г.). «Тип носителя MIME для языка разметки системной биологии (SBML)». Запрос комментариев IETF 3823. Получено 3 января 2010 г.
  • Домашняя страница SBML
  • Презентации и постеры, связанные с SBML, от Nature Precedings
  • Вычислительное моделирование в биологической сети
Взято с "https://en.wikipedia.org/w/index.php?title=SBML&oldid=1192696077"