Эвриархеоты
Царство архей

Эвриархеоты
Halobacterium sp. штамм NRC-1, каждая клетка около 5 мкм в длину.
Научная классификация Редактировать эту классификацию
Домен:Археи
Королевство:Euryarchaeota
Woese , Kandler & Wheelis , 1990 [1]
Типы [2]
Синонимы
  • не Euryarchaeota ss Гаррити и Холт 2002
  • Эвриархеиды Лукета 2012
  • Метанокреатрисы Маргулис и Шварц 1982
  • Метанобактерии (Гаррити и Холт) Орен и Гёкер 2024

Эвриархеоты (от древнегреческого εὐρύς eurús, «широкий, широкий») — царство архей . [3] Эвриархеоты весьма разнообразны и включают метаногенов , которые производят метан и часто встречаются в кишечнике; галобактерии , которые выживают при экстремальных концентрациях соли ; и некоторые чрезвычайно термофильные аэробы и анаэробы, которые обычно живут при температурах от 41 до 122 °C. Они отделены от других архей в основном на основе последовательностей рРНК и их уникальной ДНК-полимеразы. [4] Единственное валидно опубликованное название для этой группы в соответствии с Прокариотическим кодексом — Methanobacteriati . [5]

Описание

Эвриархеоты разнообразны по внешнему виду и метаболическим свойствам. Тип содержит организмы различных форм, включая как палочки, так и кокки . Эвриархеоты могут казаться грамположительными или грамотрицательными в зависимости от того, присутствует ли псевдомуреин в клеточной стенке. [6] Эвриархеоты также демонстрируют разнообразный образ жизни, включая метаногенов, галофилов, сульфатредукторов и экстремальных термофилов в каждом. [6] Другие живут в океане, взвешенные с планктоном и бактериями. Хотя эти морские эвриархеоты трудно культивировать и изучать в лаборатории, геномное секвенирование предполагает, что они являются подвижными гетеротрофами . [7]

Хотя ранее считалось, что эвриархеоты живут только в экстремальных условиях (с точки зрения температуры, содержания соли и/или pH), статья Корженкова и др., опубликованная в январе 2019 года, показала, что эвриархеоты также живут в умеренных условиях, таких как низкотемпературные кислые среды. В некоторых случаях эвриархеоты превосходили численностью присутствующие бактерии. [8] Эвриархеоты также были обнаружены в других умеренных условиях, таких как водные источники, болота, почва и ризосферы . [9] Некоторые эвриархеоты обладают высокой степенью адаптации; отряд, называемый Halobacteriales, обычно встречается в чрезвычайно соленых и богатых серой средах, но также может расти при концентрации соли, составляющей всего 2,5% в морской воде. [9] В ризосферах присутствие эвриархеоты, по-видимому, зависит от присутствия микоризных грибов ; более высокая популяция грибов коррелировала с более высокой частотой и разнообразием эвриархеот, в то время как отсутствие микоризных грибов коррелировало с отсутствием эвриархеот. [9]

Номенклатурный статус

Согласно Международному кодексу номенклатуры прокариот , для этой группы не было (и не может быть) допустимого названия, поскольку она превышает уровень филума. В 2024 году Кодекс был изменен, чтобы включить уровни царства и домена. В том же году название Methanobacteriati было валидно опубликовано для этой группы, что сделало ее первым и единственным «допустимым названием» в соответствии с Кодексом. [5] LPSN , который присоединяется к Кодексу , принимает эту точку зрения и [10] перечисляет более ранние Euryarchaeota как невалидно опубликованный филум. [11]

Конкурирующий SeqCode для некультивируемых таксонов также не имеет уровня выше типа, поэтому "Euryarchaeota" также не имеет там никакого положения. Название Methanobacteriati также не имеет никакого положения: SeqCode автоматически принимает название, сделанное в соответствии с прокариотическим кодом, только если оно старше 2023 года. [12]

Euryarchaeota была указана в таксономическом браузере Национального центра биотехнологической информации (NCBI) [13] как текущее название типа (Euryarchaeota Garrity and Holt 2002 ) до сентября 2024 года, при этом Methanobacteriota рассматривалась как гетеротипический синоним. [14] С октября 2024 года перечислены названия Methanobacteriati для царства и Halobacteriota , Methanobacteriota и Thermoplasmatota для включенных типов. [15]

Таксон Euryarchaeota также указан в «Руководстве по систематике архей и бактерий» Берджи, но это связано с тем, что последняя версия главы была опубликована в 2017 году. [16]

Euryarchaeota/ Methanobacteriati не указан как таксон в базе данных таксономии генома (GTDB), поскольку алгоритм не генерирует царства.

Филогения

LTP на основе 16S рРНК _12_2021. [17] [18] [19]
Археи

Другие филогенетические анализы предполагают, что археи клада DPANN также могут принадлежать к Euryarchaeota и что они могут даже быть полифилетической группой, занимающей различные филогенетические позиции внутри Euryarchaeota. Также ведутся споры о том, следует ли классифицировать тип Altiarchaeota в DPANN или Euryarchaeota. [20] Кладограмма, обобщающая это предложение, представлена ​​ниже. [21] [22] Группы, отмеченные в кавычках, являются линиями, отнесенными к DPANN, но филогенетически отделенными от остальных.

Домбровски и др. 2019, [20] Джордан и др. 2017 [21] и Кавальер-Смит 2020. [22]53 маркерных белка на основе GTDB 09-RS220. [23] [24] [25]
Археи
Археи

"Ундинахеоты"

Метанобактериота_А

" Метанококки "

" Хадархеота "

«Хадархея»

Метанобактериота_B [26] [27]

" Термококки "

"Метанамада"
"Гидротермархеоты"

«Гидротермархея»

Метанобактериота
"Неоэвриархеоты"
Термоплазматота

«Иземархея» (МБГ-Д, Э2)

«Посейдония» (МГII и МГIII) [28]

" Термоплазматия "

Галобактериота

" Метаномикробия "

«Метанолипария»

" Археоглобия "

«Синтрофархея»

Метаноцеллия

Метаносарциния

Метанонатронархея

Галобактерии

" Протеоархеоты "
Прометеархеаты

Прометеархеоты

Термопротеати

Термопротеота

DPANN /
[Нанообъделлати]
"Эвриархеоты"/
[Метанобактерии]

Смотрите также

Ссылки

  1. ^ Woese CR, Kandler O, Wheelis ML (июнь 1990 г.). «К естественной системе организмов: предложение для доменов Archaea, Bacteria и Eucarya». Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки . 87 (12): 4576– 9. Bibcode : 1990PNAS ...87.4576W. doi : 10.1073/pnas.87.12.4576 . PMC  54159. PMID  2112744.
  2. ^ Кастель CJ, Банфилд JF (2018). «Основные новые микробные группы расширяют разнообразие и изменяют наше понимание древа жизни». Cell . 172 (6): 1181– 1197. doi : 10.1016/j.cell.2018.02.016 . PMID  29522741.
  3. ^ Hogan CM (2010). E. Monosson, C. Cleveland (ред.). "Archaea". Энциклопедия Земли . Национальный совет по науке и окружающей среде . Получено 18 августа 2017 г.
  4. ^ Lincoln SA, Wai B, Eppley JM, Church MJ, Summons RE, DeLong EF (июль 2014 г.). «Планктонные эвриархеоты являются значительным источником архейных тетраэфирных липидов в океане». Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки . 111 (27): 9858– 63. Bibcode : 2014PNAS..111.9858L. doi : 10.1073/pnas.1409439111 . PMC 4103328. PMID  24946804 . 
  5. ^ ab Göker, Markus; Oren, Aharon (2024-01-22). "Действительная публикация названий двух доменов и семи царств прокариот". International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology . 74 (1). doi :10.1099/ijsem.0.006242. ISSN  1466-5026.
  6. ^ ab Garrity GM, Holt JG (2015). "Euryarchaeota phy. nov.". В Whitman WB (ред.). Bergey's Manual of Systematics of Archaea and Bacteria . John Wiley & Sons . doi :10.1002/9781118960608. ISBN 9781118960608.
  7. ^ Iverson V, Morris RM, Frazar CD, Berthiaume CT, Morales RL, Armbrust EV (февраль 2012 г.). «Распутывание геномов из метагеномов: выявление некультивируемого класса морских эвриархеот». Science . 335 (6068): 587– 90. Bibcode :2012Sci...335..587I. doi :10.1126/science.1212665. PMID  22301318. S2CID  31381073.
  8. ^ Корженков АА, Тощаков СВ, Барджела Р, Гиббард Х, Феррер М, Теплюк АВ, Джонс ДЛ, Кубланов ИВ, Голышин ПН, Голышина ОВ (январь 2019). "Археи доминируют в микробном сообществе в экосистеме с низкой и умеренной температурой и экстремальной кислотностью". Микробиом . 7 (1): 11. doi : 10.1186/s40168-019-0623-8 . PMC 6350386 . PMID  30691532. 
  9. ^ abc Bomberg M, Timonen S (октябрь 2007 г.). «Распределение крен- и эуриархеот в микоризосферах сосны обыкновенной и гумусе бореальных лесов». Microbial Ecology . 54 (3): 406– 16. Bibcode :2007MicEc..54..406B. doi :10.1007/s00248-007-9232-3. PMID  17334967. S2CID  19425171.
  10. ^ LPSN: Kingdom Methanobacteriati. Получено 25 сентября 2024 г.
  11. ^ LPSN: Phylum "Euryarchaeota". Получено 25 сентября 2024 г.
  12. ^ SeqCode Registry: «Euryarchaeota». Получено 25 сентября 2024 г.
  13. ^ Sayers; et al. "Euryarchaeota (дерево)". Таксономический браузер . База данных таксономии Национального центра биотехнологической информации (NCBI) . Получено 25.09.2024 .Архивировано 25.09.2024 в Wayback Machine
  14. ^ Sayers; et al. "Euryarchaeota". Таксономический браузер . База данных таксономии Национального центра биотехнологической информации (NCBI) . Получено 25.09.2024 .Архивировано 25.09.2024 в Wayback Machine
  15. ^ Sayers; et al. "Methanobacteriati". Таксономический браузер . База данных таксономии Национального центра биотехнологической информации (NCBI) . Получено 2024-10-10 .
  16. ^ Bergey's Manual of Systematics of Archaea and Bacteria: AZ Listing. Последнее обновление: 27 марта 2017 г. Wiley Online Library, John Wiley & Sons, Inc. Получено 25 сентября 2024 г.
  17. ^ "The LTP" . Получено 23 февраля 2021 г. .
  18. ^ "Дерево LTP_all в формате newick" . Получено 23 февраля 2021 г. .
  19. ^ "LTP_12_2021 Release Notes" (PDF) . Получено 23 февраля 2021 г. .
  20. ^ ab Нина Домбровски, Джун-Хо Ли, Том А. Уильямс, Пьер Оффре, Аня Спанг (2019). Геномное разнообразие, образ жизни и эволюционное происхождение архей DPANN. Природа.
  21. ^ ab Jordan T. Bird, Brett J. Baker, Alexander J. Probst, Mircea Podar, Karen G. Lloyd (2017). Культурно-независимые геномные сравнения выявляют экологические адаптации для Altiarchaeales. Frontiers.
  22. ^ ab Кавальер-Смит, Томас; Чао, Эма Э-Юнг (2020). «Многодоменные рибосомальные белковые деревья и планктобактериальное происхождение неомуры (эукариоты, архебактерии)». Protoplasma . 257 (3): 621– 753. doi :10.1007/s00709-019-01442-7. PMC 7203096 . PMID  31900730. 
  23. ^ "GTDB release 09-RS220". База данных таксономии генома . Получено 10 мая 2024 г.
  24. ^ "ar53_r220.sp_label". База данных таксономии генома . Получено 10 мая 2024 г.
  25. ^ "История таксона". База данных таксономии генома . Получено 10 мая 2024 г.
  26. ^ Аня Спанг, Ева Ф. Касерес, Тейс Дж. Г. Эттема: Геномное исследование разнообразия, экологии и эволюции архейной области жизни. В: Science Volume 357 Issue 6351, eaaf3883, 11 августа 2017 г., doi:10.1126/science.aaf3883
  27. ^ Иногда неправильно пишут Theinoarchaea: Catherine Badel, Gaël Erauso, Annika L. Gomez, Ryan Catchpole, Mathieu Gonnet, Jacques Oberto, Patrick Forterre, Violette Da Cunha: Глобальное распространение и эволюционная история семейства плазмид архей pT26‐2. В: Environmental Microbiology. sfam 10 сентября 2019 г. doi:10.1111/1462-2920.14800
  28. ^ NCBI: Candidatus Poseidoniia (класс)

Дальнейшее чтение

  • Кавальер-Смит Т. (январь 2002 г.). «Неомуранское происхождение архебактерий, негибактериальный корень универсального дерева и бактериальная мегаклассификация». Международный журнал систематической и эволюционной микробиологии . 52 (ч. 1): 7–76 . doi : 10.1099/00207713-52-1-7 . PMID  11837318.
  • Woese CR, Gupta R, Hahn CM, Zillig W, Tu J (1984). «Филогенетические отношения трех серозависимых архебактерий». Systematic and Applied Microbiology . 5 (1): 97– 105. Bibcode : 1984SyApM...5...97W. doi : 10.1016/S0723-2020(84)80054-5. PMID  11541975.
  • Garrity GM, Holt JG (2001). "Phylum AII. Euryarchaeota phy. nov." . В DR Boone, RW Castenholz (ред.). Bergey's Manual of Systematic Bacteriology Volume 1: The Archaea and the deep branching and phototrophic Bacteria (2-е изд.). Нью-Йорк: Springer Verlag . стр. 169. ISBN 978-0-387-98771-2.
На Викискладе есть медиафайлы по теме Euryarchaeota .
Взято с "https://en.wikipedia.org/w/index.php?title=Euryarchaeota&oldid=1272396481"