Сравнение реализаций силового поля

Это таблица известных компьютерных программ, реализующих силовые поля молекулярной механики .

ПрограммаОПЛСЯНТАРЬЧАРММГАФФММФФQVBMMУФФКомментарии
АбалонУА94, 96, 99SB, 03, GS, ii, Автоматический генератор FF [1]НетНетНетНетUFF -Dreiding -подобное полеДля белков , ДНК , лигандов
ЯНТАРЬДаДаЧерез инструмент камеры начиная с версии 11ДаНетНетНет
Дизайнер АскалафаУА94, 99СБ, 03НетНетНетНетНет
АвогадроНетНетНетДа94, 94-еНетДа
Воздушный шарНетНетНетНет94НетНетMMFF94-подобный
БОССДаНетНетНетНетНетНет
ЧАРММДа*Да*Да*Через CHARMM-GUI [2]Полная MMFF94, но, по слухам, код не поддерживаетсяНетНет* в стандартной поставке
ГабедитНетДаНетДаДаНетНет
утилита Gaussian mmНетДаНетНетНетНетДаДоступно поле для дрейдинга
GROMACSДаДа*Да*ДаНетНетНет* в стандартной дистрибуции с версии 4.5.0
МОАА89, 94, 99, также с расширенной теорией Хюккеля22, 27Нет94(с)НетНет
НАМДДаДаДаДаНетНетНет
ВДаДаДаНетНетНетНетДля биополимеров
ТинкерУА, АА, АА/Л94, 96, 98, 9919, 27Нет94НетНетДля белков , органических молекул
ЯсараНет94, 96, 99, 03НетНетНетНетНетПлюс пользовательские поля для уточнения найма

Смотрите также

Ссылки

  1. ^ Автоматический генератор силового поля
  2. ^ CHARMM-GUI
Взято с "https://en.wikipedia.org/w/index.php?title=Сравнение_реализаций_силового_поля&oldid=1223558843"