БОСС (молекулярная механика)

Система биохимического и органического моделирования
Оригинальный автор(ы)	Уильям Л. Йоргенсен
Разработчик(и)	Исследовательская группа Йоргенсена, Йельский университет
Первоначальный выпуск	1987 ; 37 лет назад ( 1987 )
Стабильный релиз	4.9 / Январь 2013 ; 11 лет назад ( 2013-01 )
Написано в	Фортран
Операционная система	Unix , Linux , Windows
Платформа	x86 , x86-64
Доступно в	Английский
Тип	Молекулярное моделирование
Лицензия	Запатентованный
Веб-сайт	zarbi.chem.yale.edu/software.html

Система биохимического и органического моделирования ( BOSS ) — это универсальная программа молекулярного моделирования, которая выполняет расчеты молекулярной механики , статистическое моделирование механики Metropolis Monte Carlo и полуэмпирические расчеты квантовой механики Austin Model 1 (AM1), PM3 и PDDG/PM3 . ^[1] Расчеты молекулярной механики охватывают минимизацию энергии, анализ нормальных мод и конформационный поиск с использованием силовых полей Optimized Potentials for Liquid Simulations ( OPLS ). BOSS разработана профессором Уильямом Л. Йоргенсеном в Йельском университете и распространяется на коммерческой основе компаниями Cemcomco, LLC и Schrödinger , Inc.

Ключевые особенности

Изобретатель силового поля OPLS
Оптимизация геометрии
Полуэмпирическая квантовая химия
Моделирование МК для чистых жидкостей, растворов, кластеров или газофазных систем
Свободные энергии вычисляются на основе теории статистического возмущения ( теории возмущения свободной энергии (FEP)).
Водные модели TIP3P, TIP4P и TIP5P

^ Йоргенсен, В. Л.; Тирадо-Райвс, Дж. (2005). «Молекулярное моделирование органических и биомолекулярных систем с использованием BOSS и MCPRO». J. Comput. Chem . 26 (16): 1689–1700. doi :10.1002/jcc.20297. PMID 16200637.