Дизайнер Аскалафа

Дизайнер Аскалафа
	Ascalaph Designer рендерит дезоксирибонуклеиновую кислоту ( ДНК )
Оригинальный автор(ы)	Алексей Никитин
Разработчик(и)	Гибкая Молекула
Стабильный релиз	1.8.94 / 3 декабря 2015 г. ; 8 лет назад ( 2015-12-03 )
Написано в	С++
Операционная система	Окна
Платформа	x86
Размер	138,9 МБ
Доступно в	Английский
Тип	Молекулярное моделирование
Лицензия	GNU GPL и другие, включая Code Project Open License
Веб-сайт	www.biomolecular-modeling.com/Ascalaph

Ascalaph Designer — это компьютерная программа для молекулярного моделирования общего назначения для молекулярного проектирования и моделирования. Она предоставляет графическую среду для распространенных программ квантового и классического молекулярного моделирования ORCA , NWChem , Firefly , CP2K и MDynaMix ^[1] . ^[2] Молекулярно -механические расчеты охватывают построение моделей, оптимизацию энергии и молекулярную динамику . Firefly (ранее называвшаяся PC GAMESS) ^[3]^[4]^[5] охватывает широкий спектр методов квантовой химии . Ascalaph Designer — это бесплатное программное обеспечение с открытым исходным кодом , выпущенное под лицензией GNU General Public License, версия 2 (GPLv2). ^[6]

Ключевые особенности

Молекулярное моделирование : полимеры, нанотрубки, белки, нуклеиновые кислоты
Семейство силовых полей AMBER - OPLS
Оптимизация геометрии
Молекулярная динамика
Квантовая химия
Гибкая модель SPC ^{[7] для воды}

Использует

Нуклеиновые кислоты ^[8]
Белки
Моделирование липидных бислоев ^[9]
Полиэлектролиты ^[10]
Ионные жидкости ^[11]^[12]
Термодинамические свойства жидкостей ^[13]
Развитие химического силового поля ^[14]

Смотрите также

Ссылки

^ APLyubartsev, A.Laaksonen (2000). "MDynaMix - масштабируемый портативный параллельный пакет моделирования МД для произвольных молекулярных смесей". Computer Physics Communications . 128 (3): 565–589. Bibcode : 2000CoPhC.128..565L. doi : 10.1016/S0010-4655(99)00529-9.
^ APLyubartsev, A.Laaksonen (1998). "Параллельное моделирование молекулярной динамики биомолекулярных систем". Прикладные параллельные вычисления для крупномасштабных научных и промышленных проблем . Lecture Notes in Computer Science. Vol. 1541. Heidelberg: Springer Berlin. pp. 296–303. doi :10.1007/BFb0095310. ISBN 978-3-540-65414-8. S2CID 26892490.
^ Computational Chemistry , Дэвид Янг, Wiley-Interscience, 2001. Приложение AA2.3 стр. 334, GAMESS
^ MW Schmidt; et al. (1993). «Общая атомная и молекулярная электронная структура системы». J. Comput. Chem . 14 (11): 1347–1363. doi :10.1002/jcc.540141112. S2CID 3358041.
^ М. С. Гордон и М. В. Шмидт, Достижения в теории электронной структуры: GAMESS десятилетие спустя , в Теории и приложениях вычислительной химии, первые 40 лет , CE Dykstra, G. Frenking. KS Lim и GE Scusaria, Elsevier, Амстердам, 2005.
^ «Конструктор Аскалафа».
^ Тукан К, Рахман А (1985). «Молекулярно-динамическое исследование атомных движений в воде». Physical Review B. 31 ( 5): 2643–2648. Bibcode : 1985PhRvB..31.2643T. doi : 10.1103/PhysRevB.31.2643. PMID 9936106.
^ Y. Cheng, N. Korolev & L. Nordenskiöld (2006). «Сходства и различия во взаимодействии K+ и Na+ с конденсированной упорядоченной ДНК. Исследование компьютерного моделирования молекулярной динамики». Nucleic Acids Research . 34 (2): 686–696. doi :10.1093/nar/gkj434. PMC 1356527. PMID 16449204 .
^ C.-J. Högberg; AMNikitin и AP Lyubartsev (2008). «Модификация силового поля CHARMM для липидного бислоя DMPC». Journal of Computational Chemistry . 29 (14): 2359–2369. doi :10.1002/jcc.20974. PMID 18512235. S2CID 8599984.
^ А. Вишняков и А. В. Неймарк (2008). "Особенности сольватации сульфированных полиэлектролитов в воде, диметилметилфосфонате и их смеси: исследование методом молекулярного моделирования". J. Chem. Phys . 128 (16): 164902. Bibcode :2008JChPh.128p4902V. doi :10.1063/1.2899327. PMID 18447495.
^ G. Raabe & J. Köhler (2008). "Термодинамические и структурные свойства ионных жидкостей на основе имидазолия из молекулярного моделирования". J. Chem. Phys . 128 (15): 154509. Bibcode :2008JChPh.128o4509R. doi :10.1063/1.2907332. PMID 18433237.
^ X. Wu; Z. Liu; S. Huang; W. Wang (2005). «Моделирование молекулярной динамики ионной жидкой смеси [bmim][BF ₄ ] и ацетонитрила при комнатной температуре с помощью уточненного силового поля». Phys. Chem. Chem. Phys . 7 (14): 2771–2779. Bibcode :2005PCCP....7.2771W. doi :10.1039/b504681p. PMID 16189592.
^ Т. Кузнецова и Б. Квамме (2002). «Термодинамические свойства и межфазное натяжение модельной системы вода–диоксид углерода». Phys. Chem. Chem. Phys . 4 (6): 937–941. Bibcode :2002PCCP....4..937K. doi :10.1039/b108726f.
^ AM Nikitin & AP Lyubartsev (2007). "Новая шестипозиционная модель ацетонитрила для моделирования жидкого ацетонитрила и его водной смеси". J. Comput. Chem . 28 (12): 2020–2026. doi :10.1002/jcc.20721. PMID 17450554. S2CID 5333395.

Внешние ссылки

Официальный сайт
SourceForge
Твиттер

[1] APLyubartsev, A.Laaksonen (2000). "MDynaMix - масштабируемый портативный параллельный пакет моделирования МД для произвольных молекулярных смесей". Computer Physics Communications . 128 (3): 565–589. Bibcode : 2000CoPhC.128..565L. doi : 10.1016/S0010-4655(99)00529-9.

[2] APLyubartsev, A.Laaksonen (1998). "Параллельное моделирование молекулярной динамики биомолекулярных систем". Прикладные параллельные вычисления для крупномасштабных научных и промышленных проблем . Lecture Notes in Computer Science. Vol. 1541. Heidelberg: Springer Berlin. pp. 296–303. doi :10.1007/BFb0095310. ISBN 978-3-540-65414-8. S2CID 26892490.

[3] Computational Chemistry , Дэвид Янг, Wiley-Interscience, 2001. Приложение AA2.3 стр. 334, GAMESS

[4] MW Schmidt; et al. (1993). «Общая атомная и молекулярная электронная структура системы». J. Comput. Chem . 14 (11): 1347–1363. doi :10.1002/jcc.540141112. S2CID 3358041.

[5] М. С. Гордон и М. В. Шмидт, Достижения в теории электронной структуры: GAMESS десятилетие спустя , в Теории и приложениях вычислительной химии, первые 40 лет , CE Dykstra, G. Frenking. KS Lim и GE Scusaria, Elsevier, Амстердам, 2005.

[6] «Конструктор Аскалафа».

[7] Тукан К, Рахман А (1985). «Молекулярно-динамическое исследование атомных движений в воде». Physical Review B. 31 ( 5): 2643–2648. Bibcode : 1985PhRvB..31.2643T. doi : 10.1103/PhysRevB.31.2643. PMID 9936106.

[8] Y. Cheng, N. Korolev & L. Nordenskiöld (2006). «Сходства и различия во взаимодействии K+ и Na+ с конденсированной упорядоченной ДНК. Исследование компьютерного моделирования молекулярной динамики». Nucleic Acids Research . 34 (2): 686–696. doi :10.1093/nar/gkj434. PMC 1356527. PMID 16449204 .

[9] C.-J. Högberg; AMNikitin и AP Lyubartsev (2008). «Модификация силового поля CHARMM для липидного бислоя DMPC». Journal of Computational Chemistry . 29 (14): 2359–2369. doi :10.1002/jcc.20974. PMID 18512235. S2CID 8599984.

[10] А. Вишняков и А. В. Неймарк (2008). "Особенности сольватации сульфированных полиэлектролитов в воде, диметилметилфосфонате и их смеси: исследование методом молекулярного моделирования". J. Chem. Phys . 128 (16): 164902. Bibcode :2008JChPh.128p4902V. doi :10.1063/1.2899327. PMID 18447495.

[11] G. Raabe & J. Köhler (2008). "Термодинамические и структурные свойства ионных жидкостей на основе имидазолия из молекулярного моделирования". J. Chem. Phys . 128 (15): 154509. Bibcode :2008JChPh.128o4509R. doi :10.1063/1.2907332. PMID 18433237.

[12] X. Wu; Z. Liu; S. Huang; W. Wang (2005). «Моделирование молекулярной динамики ионной жидкой смеси [bmim][BF ₄ ] и ацетонитрила при комнатной температуре с помощью уточненного силового поля». Phys. Chem. Chem. Phys . 7 (14): 2771–2779. Bibcode :2005PCCP....7.2771W. doi :10.1039/b504681p. PMID 16189592.

[13] Т. Кузнецова и Б. Квамме (2002). «Термодинамические свойства и межфазное натяжение модельной системы вода–диоксид углерода». Phys. Chem. Chem. Phys . 4 (6): 937–941. Bibcode :2002PCCP....4..937K. doi :10.1039/b108726f.

[14] AM Nikitin & AP Lyubartsev (2007). "Новая шестипозиционная модель ацетонитрила для моделирования жидкого ацетонитрила и его водной смеси". J. Comput. Chem . 28 (12): 2020–2026. doi :10.1002/jcc.20721. PMID 17450554. S2CID 5333395.