CTBP2
Ген, кодирующий белок у вида Homo sapiens

CTBP2
Доступные структуры
ПДБПоиск ортолога: PDBe RCSB
Идентификаторы
ПсевдонимыCTBP2 , белок связывания C-конца 2
Внешние идентификаторыОМИМ : 602619; МГИ : 1201686; гомологен : 75187; GeneCards : CTBP2; OMA :CTBP2 — ортологи
Ортологи
РазновидностьЧеловекМышь
Энтрез

1488

13017

Ансамбль

ENSG00000175029

ENSMUSG00000030970

UniProt

Р56545

Р56546

РефСек (мРНК)

НМ_001170744
НМ_009980
НМ_001347623

RefSeq (белок)

НП_001164215
НП_001334552
НП_034110

Местоположение (UCSC)Хр 10: 124.98 – 125.16 МбХр 7: 132.99 – 133.12 Мб
Поиск в PubMed[3][4]
Викиданные
Просмотр/редактирование человекаПросмотр/редактирование мыши

С-концевой связывающий белок 2, также известный как CtBP2, представляет собой белок , который у людей кодируется геном CTBP2 . [ 5] [6] [7]

Функция

CtBP - CtBP1 и CtBP2 у млекопитающих - являются одними из наиболее хорошо охарактеризованных транскрипционных корепрессоров . [8] Обычно они выключают свои целевые гены. Они делают это, связываясь с ДНК-связывающими белками, специфичными для последовательности, которые несут короткий мотив общей формы пролин-изолейцин-аспартат-лейцин-серин (мотив PIDLS). Затем они привлекают ферменты, модифицирующие гистоны, гистондеацетилазы , гистонметилазы и гистондеметилазы . Считается, что эти ферменты работают вместе, чтобы удалить активирующие и добавить репрессивные гистоновые метки. Например, гистондеацетилаза 1 ( HDAC1 ) и HDAC2 могут удалять активирующую метку гистона 3 ацетил лизин 9 (H3K9Ac), затем гистонметилаза G9a может добавлять метильные группы, в то время как гистондеметилаза лизинспецифическая деметилаза 1 ( LSD1 ) может удалять активирующую метку H3K4me. [9]

CtBP связываются со многими различными ДНК-связывающими белками, а также связываются с корепрессорами, которые сами по себе связаны с ДНК-связывающими белками, такими как Friend of GATA ( Fog ). [10] CtBP также могут димеризоваться и мультимеризоваться для соединения более крупных транскрипционных комплексов. Они, по-видимому, в первую очередь являются белками-каркасами, которые позволяют собирать комплексы репрессии генов.

Одним из интересных аспектов CtBP является их способность связываться с NADH и в меньшей степени с NAD + . Было высказано предположение, что это позволит им определять метаболический статус клетки и регулировать гены в ответ на изменения соотношения NADH/NAD + . Соответственно, было обнаружено, что CtBP играют важную роль в биологии жиров, связываясь с ключевыми белками, такими как PRDM16 , NRIP и FOG2 . [11]

Полную функциональную роль белков CtBP у млекопитающих было трудно оценить из-за частичной избыточности между CtBP1 и CtBP2. [12] Аналогичным образом, ранняя летальность нокаутированных CtBP2 и мышей с двойным нокаутом исключает детальный анализ клеточных эффектов удаления этих белков. Важные результаты были получены на модельных организмах, где есть только один ген CtBP. У Drosophila CtBP участвует в развитии и в циркадных ритмах . [13] У червя C. elegans CtBP участвует в продолжительности жизни. [14] Как циркадные ритмы, так и продолжительность жизни, по-видимому, связаны с метаболизмом, что подтверждает роль CtBP в метаболическом распознавании.

Ген млекопитающих CtBP2 производит альтернативные транскрипты, кодирующие два различных белка. В дополнение к транскрипционному репрессору ( корепрессору ), обсуждаемому выше, существует более длинная изоформа, которая является основным компонентом специализированных синапсов, известных как синаптические ленты . Оба белка содержат домен связывания NAD +, аналогичный NAD + -зависимым 2-гидроксикислотным дегидрогеназам . Часть 3'-нетранслируемой области была использована для картирования этого гена на хромосоме 21q21.3; однако было отмечено, что подобные локусы в других местах генома, вероятно, существуют. Анализ бластов показывает, что этот ген присутствует на хромосоме 10. [7]

Альтернативное использование промоутера

В сетчатке позвоночных ген CtBP2 транскрибируется с альтернативных промоторов во время развития сетчатки, давая транскрипционный корегулятор CTBP2, а также более крупный белок каркаса ленточного синапса RIBEYE. [15] Многофункциональная функциональность локуса CtBP2, по-видимому, сохраняется между сетчатками птиц и приматов, при этом продукция мРНК RIBEYE задерживается в процессе развития эпигенетическим механизмом сайленсинга. [16] В развивающейся сетчатке человека транскрипция изоформы мРНК RIBEYE эпигенетически регулируется метилированием ДНК . Последовательности ДНК, включающие проксимальный промотор RIBEYE, обогащены для метилирования ДНК и задерживают транскрипцию этой изоформы, возможно, путем ингибирования связывания фактора транскрипции гомеобокса колбочек и палочек (CRX) . [16] Глобальный анализ транскриптов 3D- органоидов сетчатки, полученных из человеческих плюрипотентных стволовых клеток (hPSC), демонстрирует раннюю и постоянную экспрессию изоформы CTPB2, за которой следует отсроченная экспрессия RIBEYE в развивающемся человеческом глазу. [17]

Взаимодействия

Было показано, что CTBP2 взаимодействует с:

Ссылки

  1. ^ abc GRCh38: Ensembl выпуск 89: ENSG00000175029 – Ensembl , май 2017 г.
  2. ^ abc GRCm38: Ensembl выпуск 89: ENSMUSG00000030970 – Ensembl , май 2017 г.
  3. ^ "Human PubMed Reference:". Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США .
  4. ^ "Mouse PubMed Reference:". Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США .
  5. ^ ab Turner J, Crossley M (сентябрь 1998 г.). «Клонирование и характеристика mCtBP2, корепрессора, который ассоциируется с основным фактором типа Крюппеля и другими регуляторами транскрипции млекопитающих». EMBO J . 17 (17): 5129–40. doi :10.1093/emboj/17.17.5129. PMC 1170841 . PMID  9724649. 
  6. ^ Чиннадурай Г (февраль 2002 г.). «CtBP, нетрадиционный транскрипционный корепрессор в развитии и онкогенезе». Mol. Cell . 9 (2): 213–24. doi : 10.1016/S1097-2765(02)00443-4 . PMID  11864595.
  7. ^ ab "Ген Entrez: белок связывания C-конца CTBP2 2".
  8. ^ Тернер Дж., Кроссли М. (август 2001 г.). «Семейство CtBP: загадочные и ферментативные транскрипционные корепрессоры». BioEssays . 23 (8): 683–90. doi : 10.1002/bies.1097 . PMID  11494316. S2CID  22273095.
  9. ^ Shi Y, Lan F, Matson C, Mulligan P, Whetstine JR, Cole PA, Casero RA, Shi Y (декабрь 2004 г.). «Деметилирование гистонов, опосредованное гомологом ядерной аминоксидазы LSD1». Cell . 119 (7): 941–53. doi : 10.1016/j.cell.2004.12.012 . PMID  15620353. S2CID  10847230.
  10. ^ Fox AH, Liew C, Holmes M, Kowalski K, Mackay J, Crossley M (май 1999). «Транскрипционные кофакторы семейства FOG взаимодействуют с белками GATA посредством множественных цинковых пальцев». EMBO J . 18 (10): 2812–22. doi :10.1093/emboj/18.10.2812. PMC 1171362 . PMID  10329627. 
  11. ^ Джек Б. Х., Пирсон РК, Кроссли М. (май 2011 г.). «Связывающий белок С-конца: метаболический сенсор, участвующий в регуляции адипогенеза». Int. J. Biochem. Cell Biol . 43 (5): 693–6. doi :10.1016/j.biocel.2011.01.017. PMID  21281737.
  12. ^ Хильдебранд Дж. Д., Сориано П. (август 2002 г.). «Перекрывающиеся и уникальные роли белка связывания С-терминала 1 (CtBP1) и CtBP2 во время развития мыши». Mol. Cell. Biol . 22 (15): 5296–307. doi :10.1128/mcb.22.15.5296-5307.2002. PMC 133942. PMID  12101226 . 
  13. ^ Itoh TQ, Matsumoto A, Tanimura T (2013). "Связывающий белок C-терминала (CtBP) активирует экспрессию генов часов E-box с помощью CLOCK/CYCLE у Drosophila". PLOS ONE . ​​8 (4): e63113. Bibcode :2013PLoSO...863113I. doi : 10.1371/journal.pone.0063113 . PMC 3640014 . PMID  23646183. 
  14. ^ Chen S, Whetstine JR, Ghosh S, Hanover JA, Gali RR, Grosu P, Shi Y (февраль 2009 г.). «Консервативный NAD(H)-зависимый корепрессор CTBP-1 регулирует продолжительность жизни Caenorhabditis elegans». Proc. Natl. Acad. Sci. USA . 106 (5): 1496–501. Bibcode :2009PNAS..106.1496C. doi : 10.1073/pnas.0802674106 . PMC 2635826 . PMID  19164523. 
  15. ^ Schmitz F, Konigstorfer A и Sudhof TC (2000). «RIBEYE, компонент синаптических лент: путь белка через эволюцию дает представление о функции синаптической ленты». Neuron . 28 (3): 857–872. doi : 10.1016/s0896-6273(00)00159-8 . PMID  11163272.
  16. ^ ab Gage E, Agarwal D, Chenault C, Washington-Brown K, Szvetecz S, Jahan N, Wang Z, Jones M, Zack, Enke RA, Wahlin KJ (январь 2022 г.). «Временная и изоформ-специфическая экспрессия CTBP2 эволюционно сохраняется между развивающейся сетчаткой цыпленка и человека». Front. Mol. Neurosci . 14 : 773356. doi : 10.3389/fnmol.2021.773356 . PMC 8793361 . PMID  35095414. 
  17. ^ Агарвал Д., Кунс Р., Димитриу К., Барлоу Э., Вахлин К.Дж., Энке РА. (декабрь 2022 г.). «Анализ методом секвенирования РНК при разработке ретинальных органоидов, полученных из индуцированных плюрипотентных стволовых клеток человека». Sci. Data . 9 (1): 759. doi : 10.1038/s41597-022-01853-x . PMC 9734101. PMID  36494376 . 
  18. ^ ab Turner J, Nicholas H, Bishop D, Matthews JM, Crossley M (2003). "Белок LIM FHL3 связывает основной фактор типа Крюппеля/фактор типа Крюппеля 3 и его корепрессорный белок связывания С-терминала 2". J. Biol. Chem . 278 (15): 12786–95. doi : 10.1074/jbc.M300587200 . PMID  12556451.
  19. ^ van Vliet J, Turner J, Crossley M (2000). "Человеческий фактор 8, подобный Krüppel: белок, связывающий CACCC-box, который ассоциируется с CtBP и подавляет транскрипцию". Nucleic Acids Res . 28 (9): 1955–62. doi : 10.1093 /nar/28.9.1955. PMC 103308. PMID  10756197. 
  20. ^ Mirnezami AH, Campbell SJ, Darley M, Primrose JN, Johnson PW, Blaydes JP (2003). "Hdm2 рекрутирует чувствительный к гипоксии корепрессор для негативной регуляции p53-зависимой транскрипции" (PDF) . Curr. Biol . 13 (14): 1234–9. Bibcode :2003CBio...13.1234M. doi :10.1016/S0960-9822(03)00454-8. PMID  12867035. S2CID  2451241.
  21. ^ Руал Дж. Ф., Венкатесан К., Хао Т., Хирозан-Кисикава Т., Дрико А., Ли Н., Берриз Г.Ф., Гиббонс Ф.Д., Дрезе М., Айви-Гедехуссу Н., Клитгорд Н., Саймон С., Боксем М., Мильштейн С., Розенберг Дж., Голдберг Д.С., Чжан Л.В., Вонг С.Л., Франклин Г., Ли С., Альбала Дж.С., Лим Дж., Фротон С., Лламосас Е., Чевик С., Бекс С., Ламеш П., Сикорски Р.С., Ванденхауте Дж., Зогби Х.И., Смоляр А., Босак С. , Секерра Р., Дусетт-Стамм Л., Кьюсик М.Е., Хилл Д.Э., Рот Ф.П., Видал М. (2005). «К карте протеомного масштаба сети межбелковых взаимодействий человека». Природа . 437 (7062): 1173–8. Bibcode : 2005Natur.437.1173R. doi : 10.1038/nature04209. PMID  16189514. S2CID  4427026.
  22. ^ Касте А, Булатуф А, Версини Г, Бонне С, Ожеро П, Виньон Ф, Хохбин С, Жалагье С, Кавайлес В (2004). «Множественные домены взаимодействующего с рецептором белка 140 способствуют ингибированию транскрипции». Нуклеиновые кислоты Рез . 32 (6): 1957–66. дои : 10.1093/nar/gkh524. ПМК 390375 . ПМИД  15060175. 
  23. ^ Мураками А., Ишида С., Терлоу Дж., Ревест Дж. М., Диксон К. (2001). «SOX6 связывает CtBP2, чтобы подавить транскрипцию с промотора Fgf-3». Nucleic Acids Res . 29 (16): 3347–55. doi :10.1093/nar/29.16.3347. PMC 55854. PMID  11504872 . 
  24. ^ Холмс М., Тернер Дж., Фокс А., Чисхолм О., Кроссли М., Чонг Б. (1999). «hFOG-2, новый белок с цинковыми пальцами, связывает корепрессор mCtBP2 и модулирует активацию, опосредованную GATA». J. Biol. Chem . 274 (33): 23491–8. doi : 10.1074/jbc.274.33.23491 . PMID  10438528.

Дальнейшее чтение

  • Schaeper U, Boyd JM, Verma S, Uhlmann E, Subramanian T, Chinnadurai G (ноябрь 1995 г.). «Молекулярное клонирование и характеристика клеточного фосфопротеина, который взаимодействует с консервативным C-концевым доменом аденовируса E1A, участвующим в отрицательной модуляции онкогенной трансформации». Proc. Natl. Acad. Sci. USA . 92 (23): 10467–71. Bibcode :1995PNAS...9210467S. doi : 10.1073/pnas.92.23.10467 . PMC  40632 . PMID  7479821.
  • Sewalt RG, Gunster MJ, van der Vlag J, Satijn DP, Otte AP (январь 1999 г.). «Связывающий белок C-терминала является транскрипционным репрессором, который взаимодействует с определенным классом белков Polycomb позвоночных». Mol. Cell. Biol . 19 (1): 777–87. doi :10.1128/MCB.19.1.777. PMC  83934. PMID  9858600 .
  • Furusawa T, Moribe H, Kondoh H, Higashi Y (декабрь 1999 г.). «Идентификация CtBP1 и CtBP2 как корепрессоров цинкового пальце-гомеодоменного фактора deltaEF1». Mol. Cell. Biol . 19 (12): 8581–90. doi : 10.1128/mcb.19.12.8581. PMC  84984. PMID  10567582.
  • Yu X, Baer R (июнь 2000 г.). «Ядерная локализация и специфическая для клеточного цикла экспрессия CtIP, белка, который ассоциируется с супрессором опухолей BRCA1». J. Biol. Chem . 275 (24): 18541–9. doi : 10.1074/jbc.M909494199 . PMID  10764811.
  • Schmitz F, Königstorfer A, Südhof TC (декабрь 2000 г.). «RIBEYE, компонент синаптических лент: путь белка через эволюцию дает представление о функции синаптической ленты». Neuron . 28 (3): 857–72. doi : 10.1016/S0896-6273(00)00159-8 . PMID  11163272. S2CID  15695695.
  • Valenta T, Lukas J, Korinek V (май 2003 г.). "Взаимодействие фактора транскрипции HMG-box TCF-4 с CtBP1 контролирует экспрессию целевого объекта Wnt Axin2/Conductin в эмбриональных клетках почек человека". Nucleic Acids Res . 31 (9): 2369–80. doi :10.1093/nar/gkg346. PMC  154232. PMID  12711682 .
  • Brandenberger R, Wei H, Zhang S, Lei S, Murage J, Fisk GJ, Li Y, Xu C, Fang R, Guegler K, Rao MS, Mandalam R, Lebkowski J, Stanton LW (июнь 2004 г.). «Характеристика транскриптома проливает свет на сигнальные сети, которые контролируют рост и дифференцировку эмбриональных стволовых клеток человека». Nat. Biotechnol . 22 (6): 707–16. doi :10.1038/nbt971. PMID  15146197. S2CID  27764390.
  • Alpatov R, Munguba GC, Caton P, Joo JH, Shi Y, Shi Y, Hunt ME, Sugrue SP (декабрь 2004 г.). "Ядерный спекл-ассоциированный белок Pnn/DRS связывается с транскрипционным корепрессором CtBP и снимает CtBP-опосредованную репрессию гена E-кадгерина". Mol. Cell. Biol . 24 (23): 10223–35. doi :10.1128 / MCB.24.23.10223-10235.2004. PMC  529029. PMID  15542832.
Взято с "https://en.wikipedia.org/w/index.php?title=CTBP2&oldid=1215905518"