Аполипопротеин CI — это белковый компонент липопротеинов , который у человека кодируется геном APOC1 . [ 5] [6]
Функция
Белок, кодируемый этим геном, является членом семейства аполипопротеинов C. Этот ген экспрессируется в основном в печени и активируется, когда моноциты дифференцируются в макрофаги . Для этого гена были обнаружены альтернативно сплайсированные варианты транскриптов, но биологическая ценность некоторых вариантов не была определена. [7]
Аполипопротеин CI имеет длину 57 аминокислот , обычно присутствующих в плазме и отвечающих за активацию этерифицированного лецитинового холестерина, играющего важную роль в обмене этерифицированного холестерина между липопротеинами и в удалении холестерина из тканей. Его основная функция — ингибирование белка-переносчика эфиров холестерина (CETP), вероятно, путем изменения электрического заряда молекул ЛПВП .
Во время голодания (как и другие аполипопротеины C) он находится в основном в ЛПВП , тогда как после еды он находится на поверхности других липопротеинов. Когда белки, богатые триглицеридами, такие как хиломикроны и ЛПОНП, расщепляются, этот апопротеин снова переносится в ЛПВП. Это один из самых положительно заряженных белков в организме человека.
Псевдоген
Псевдоген этого гена расположен на 4 кб ниже гена apoC-I в той же ориентации на хромосоме 19, где оба находятся в кластере генов аполипопротеина. Этот псевдоген, который, как сообщалось, также присутствовал у денисовцев и неандертальцев , произошел от двух отдельных событий. После расхождения обезьян Нового Света от человеческой линии ген apoC-I был дуплицирован. Было показано, что у обезьян Старого Света и человекообразных обезьян, отличных от людей, есть два активных гена. Один из дубликатов кодирует основной белок, обозначенный apoC-IB, который ортологичен человеческому аполипопротеину CI. Другой кодирует кислый белок, apoC-IA, который ортологичен виртуальному белку, кодируемому псевдогеном. Событие псевдогенизации произошло где-то между расхождением бонобо и шимпанзе от человеческой линии и прибытием денисовцев и неандертальцев. Псевдоген возникает из-за изменения одного нуклеотида в кодоне для предпоследней аминокислоты, т.е. глутамина, в сигнальной последовательности, что приводит к стоп-кодону. [8] [9] [10]
Интерактивная карта маршрутов
Нажмите на гены, белки и метаболиты ниже, чтобы перейти к соответствующим статьям. [§ 1]
^ Интерактивную карту путей можно редактировать на WikiPathways: «Statin_Pathway_WP430».
Ссылки
^ abc GRCh38: Ensembl выпуск 89: ENSG00000130208 – Ensembl , май 2017 г.
^ abc GRCm38: Ensembl выпуск 89: ENSMUSG00000040564 – Ensembl , май 2017 г.
^ "Human PubMed Reference:". Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США .
^ "Mouse PubMed Reference:". Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США .
^ Tata F, Henry I, Markham AF, Wallis SC, Weil D, Grzeschik KH и др. (1985). «Выделение и характеристика клона кДНК для человеческого аполипопротеина CI и отнесение гена к хромосоме 19». Human Genetics . 69 (4): 345– 9. doi :10.1007/BF00291654. PMID 2985493. S2CID 32767041.
^ Смит М., ван дер Коой-Мейс Э., Франц Р.Р., Хавекес Л., Класен ЕС (январь 1988 г.). «Кластер генов аполипопротеина на хромосоме 19. Определенная локализация гена APOC2 и полиморфного сайта Hpa I, связанного с гиперлипопротеинемией III типа». Генетика человека . 78 (1): 90–3 . doi : 10.1007/BF00291243. PMID 2892779. S2CID 22711986.
^ "Ген Энтреза: аполипопротеин CI APOC1".
^ Puppione DL, Ryan CM, Bassilian S, Souda P, Xiao X, Ryder OA, Whitelegge JP (март 2010 г.). «Обнаружение двух различных форм apoC-I у больших обезьян». Сравнительная биохимия и физиология. Часть D, Геномика и протеомика . 5 (1): 73– 9. doi :10.1016/j.cbd.2009.12.003. PMC 2830554. PMID 20209111 .
^ Puppione D, Whitelegge JP (октябрь 2013 г.). «Протеогеномный обзор изменений в приматном apoC-I в ходе эволюции». Frontiers in Biology . 8 (5): 533– 548. doi :10.1007/s11515-013-1278-7. PMC 5528196. PMID 28757862 .
^ Puppione DL (сентябрь 2014 г.). «Высшие приматы, но не обезьяны Нового Света, имеют дублирующий набор энхансеров, фланкирующих их гены apoC-I». Сравнительная биохимия и физиология. Часть D, Геномика и протеомика . 11 : 45– 8. doi :10.1016/j.cbd.2014.08.001. PMID 25160599.
Дальнейшее чтение
Shulman RS, Herbert PN, Wehrly K, Fredrickson DS (январь 1975). "Полная аминокислотная последовательность THF CI (apoLp-Ser), аполипопротеина из липопротеинов очень низкой плотности человека". Журнал биологической химии . 250 (1): 182– 90. doi : 10.1016/S0021-9258(19)41998-4 . PMID 166984.
Lauer SJ, Walker D, Elshourbagy NA, Reardon CA, Levy-Wilson B, Taylor JM (май 1988). «Две копии гена человеческого аполипопротеина CI тесно связаны с геном аполипопротеина E». Журнал биологической химии . 263 (15): 7277– 86. doi : 10.1016/S0021-9258(18)68638-7 . PMID 2835369.
Smit M, van der Kooij-Meijs E, Woudt LP, Havekes LM, Frants RR (май 1988). "Точная локализация участка рестрикции HpaI, ассоциированного с семейной дисбеталипопротеинемией, в промоторной области гена APOC1". Biochemical and Biophysical Research Communications . 152 (3): 1282– 8. doi :10.1016/S0006-291X(88)80424-8. PMID 2897845.
Davison PJ, Norton P, Wallis SC, Gill L, Cook M, Williamson R, Humphries SE (май 1986). «Существуют две последовательности генов для человеческого аполипопротеина CI (apo CI) на хромосоме 19, одна из которых находится в 4 кб от гена apo E». Biochemical and Biophysical Research Communications . 136 (3): 876– 84. doi :10.1016/0006-291X(86)90414-6. PMID 3013172.
Myklebost O, Rogne S (август 1986). «Ген человеческого аполипопротеина CI расположен на расстоянии 4,3 килобаз от гена аполипопротеина E на хромосоме 19». Human Genetics . 73 (4): 286– 9. doi :10.1007/BF00279087. PMID 3017837. S2CID 11662593.
Джексон Р. Л., Спэрроу Дж. Т., Бейкер Х. Н., Моррисетт Дж. Д., Тонтон О. Д., Готто А. М. (август 1974 г.). «Первичная структура аполопопротеина-серина». Журнал биологической химии . 249 (16): 5308– 13. doi : 10.1016/S0021-9258(19)42365-X . PMID 4369340.
Knott TJ, Robertson ME, Priestley LM, Urdea M, Wallis S, Scott J (май 1984). «Характеристика мРНК, кодирующих предшественника человеческого аполипопротеина CI». Nucleic Acids Research . 12 (9): 3909– 15. doi :10.1093/nar/12.9.3909. PMC 318798. PMID 6328444 .
Servillo L, Brewer HB, Osborne JC (февраль 1981 г.). «Оценка смешанного взаимодействия между аполипопротеинами A-II и равновесной седиментацией CI». Биофизическая химия . 13 (1): 29– 38. doi :10.1016/0301-4622(81)80022-1. PMID 6789904.
Curry MD, McConathy WJ, Fesmire JD, Alaupovic P (апрель 1981 г.). «Количественное определение аполипопротеинов CI и C-II в плазме человека с помощью отдельных электроиммуноанализов». Клиническая химия . 27 (4): 543– 8. doi : 10.1093/clinchem/27.4.543 . PMID 7471419.
Rozek A, Buchko GW, Cushley RJ (июнь 1995 г.). «Конформация двух пептидов, соответствующих остаткам 7-24 и 35-53 человеческого аполипопротеина CI в присутствии додецилсульфата натрия с помощью спектроскопии CD и ЯМР». Биохимия . 34 (22): 7401– 8. doi :10.1021/bi00022a013. PMID 7779782.
Маруяма К, Сугано С (январь 1994). «Олиго-кэппинг: простой метод замены кэп-структуры эукариотических мРНК олигорибонуклеотидами». Gene . 138 ( 1– 2): 171– 4. doi :10.1016/0378-1119(94)90802-8. PMID 8125298.
Trask B, Fertitta A, Christensen M, Youngblom J, Bergmann A, Copeland A и др. (январь 1993 г.). «Картирование гибридизации флуоресценции in situ человеческой хромосомы 19: расположение цитогенетической полосы 540 космид и 70 генов или ДНК-маркеров». Genomics . 15 (1): 133– 45. doi :10.1006/geno.1993.1021. PMID 8432525.
Камино К, Ёсивва А, Нишиваки Й, Нагано К, Ямамото Х, Кобаяши Т и др. (1996). «Исследование генетической ассоциации между старческой деменцией типа болезни Альцгеймера и кластером генов APOE/C1/C2». Геронтология . 42 (Приложение 1): 12– 9. doi :10.1159/000213820. PMID 8804993.
Rozek A, Buchko GW, Kanda P, Cushley RJ (сентябрь 1997 г.). "Конформационные исследования N-концевого липид-ассоциированного домена человеческого аполипопротеина CI с помощью CD и 1H ЯМР-спектроскопии". Protein Science . 6 (9): 1858– 68. doi :10.1002/pro.5560060906. PMC 2143781 . PMID 9300485.
Suzuki Y, Yoshitomo-Nakagawa K, Maruyama K, Suyama A, Sugano S (октябрь 1997 г.). «Конструирование и характеристика библиотеки кДНК с полной длиной и обогащенной 5'-концом». Gene . 200 ( 1– 2): 149– 56. doi :10.1016/S0378-1119(97)00411-3. PMID 9373149.
Halushka MK, Fan JB, Bentley K, Hsie L, Shen N, Weder A и др. (Июль 1999 г.). «Модели однонуклеотидных полиморфизмов в генах-кандидатах гомеостаза кровяного давления». Nature Genetics . 22 (3): 239– 47. doi :10.1038/10297. PMID 10391210. S2CID 4636523.
Freitas EM, Zhang WJ, Lalonde JP, Tay GK, Gaudieri S, Ashworth LK и др. (1999). «Секвенирование 42kb кластера генов APO E-C2 выявляет новый ген: PEREC1». Последовательность ДНК . 9 (2): 89– 100. doi :10.3109/10425179809086433. PMID 10520737.
Gautier T, Masson D, de Barros JP, Athias A, Gambert P, Aunis D и др. (декабрь 2000 г.). «Человеческий аполипопротеин CI отвечает за способность липопротеинов высокой плотности плазмы ингибировать активность белка-переносчика эфиров холестерина». Журнал биологической химии . 275 (48): 37504– 9. doi : 10.1074/jbc.M007210200 . PMID 10978346.
Hartley JL, Temple GF, Brasch MA (ноябрь 2000 г.). «Клонирование ДНК с использованием in vitro сайт-специфической рекомбинации». Genome Research . 10 (11): 1788– 95. doi :10.1101/gr.143000. PMC 310948. PMID 11076863 .
Внешние ссылки
Расположение генома человека APOC1 и страница с подробностями гена APOC1 в браузере геномов UCSC .
PDBe-KB предоставляет обзор всей структурной информации, доступной в PDB для человеческого аполипопротеина CI.
