Промотор (генетика)
Участок ДНК, стимулирующий транскрипцию
  1 :  РНК-полимераза
  2 :  Репрессор
  3 : Промоутер
  4 :  Оператор
  5 :  Лактоза
  6 : lacZ, 7 : lacY, 8 : lacA.
Вверху : Транскрипция гена выключена. Лактозы для ингибирования репрессора нет, поэтому репрессор связывается с оператором, что препятствует связыванию РНК-полимеразы с промотором и созданию мРНК, кодирующей ген лактазы.
Внизу : Ген включен. Лактоза ингибирует репрессор, позволяя РНК-полимеразе связываться с промотором и экспрессировать гены, которые синтезируют лактазу. В конце концов лактаза переварит всю лактозу, пока не останется ни одной, которая могла бы связываться с репрессором. Затем репрессор свяжется с оператором, останавливая производство лактазы.

В генетике промотор — это последовательность ДНК , с которой связываются белки, чтобы инициировать транскрипцию одного транскрипта РНК из ДНК ниже промотора. Транскрипт РНК может кодировать белок ( мРНК ) или может иметь функцию сам по себе, например, тРНК или рРНК . Промоторы расположены вблизи мест начала транскрипции генов, выше по течению на ДНК (по направлению к 5'-области смысловой цепи ). Промоторы могут быть длиной около 100–1000 пар оснований , последовательность которых сильно зависит от гена и продукта транскрипции, типа или класса РНК-полимеразы, привлеченной к сайту, и вида организма. [1] [2]

Обзор

Для осуществления транскрипции фермент, синтезирующий РНК, известный как РНК-полимераза , должен прикрепиться к ДНК вблизи гена. Промоторы содержат определенные последовательности ДНК, такие как элементы ответа , которые обеспечивают безопасный начальный сайт связывания для РНК-полимеразы и для белков, называемых факторами транскрипции , которые рекрутируют РНК-полимеразу. Эти факторы транскрипции имеют определенные активаторные или репрессорные последовательности соответствующих нуклеотидов, которые прикрепляются к определенным промоторам и регулируют экспрессию генов. [ необходима цитата ]

У бактерий
Промотор распознается РНК-полимеразой и связанным с ней сигма-фактором , которые, в свою очередь, часто переносятся в ДНК промотора посредством связывания белка-активатора с его собственным сайтом связывания ДНК поблизости.
У эукариот
Процесс более сложный, и для связывания РНК -полимеразы II с промотором необходимо не менее семи различных факторов.
В археях
Промотор напоминает эукариотический, хотя и сильно упрощенный. Он содержит элементы BRE и TATA и распознается TFB и TBP. [3]

Промоторы представляют собой критические элементы, которые могут работать совместно с другими регуляторными областями ( энхансерами , сайленсерами , граничными элементами/ изоляторами ) для управления уровнем транскрипции данного гена. Промотор индуцируется в ответ на изменения в избытке или конформации регуляторных белков в клетке, что позволяет активировать факторы транскрипции для привлечения РНК-полимеразы. [4] [5]

Учитывая короткие последовательности большинства элементов промотора, промоторы могут быстро эволюционировать из случайных последовательностей. Например, в E. coli ~60% случайных последовательностей могут эволюционировать до уровней экспрессии, сопоставимых с диким типом промотора lac с одной мутацией, и что ~10% случайных последовательностей могут служить активными промоторами даже без эволюции. [6]

Определение относительного местоположения

Поскольку промоторы обычно непосредственно примыкают к рассматриваемому гену, позиции в промоторе обозначаются относительно сайта начала транскрипции , где начинается транскрипция ДНК для конкретного гена (т. е. позиции выше по течению представляют собой отрицательные числа, отсчитываемые в обратном порядке от -1, например, -100 представляет собой позицию на 100 пар оснований выше по течению). [ необходима ссылка ]

Элементы

Бактериальный

У бактерий промотор содержит два коротких элемента последовательности, расположенных примерно в 10 ( Pribnow Box ) и 35 нуклеотидах выше места начала транскрипции . [2]

  • Последовательность в позиции -10 (элемент -10) имеет консенсусную последовательность TATAAT.
  • Последовательность в позиции -35 (элемент -35) имеет консенсусную последовательность TTGACA.
  • Вышеуказанные консенсусные последовательности, хотя и сохраняются в среднем, не обнаруживаются в нетронутом виде в большинстве промоторов. В среднем только 3–4 из 6 пар оснований в каждой консенсусной последовательности обнаруживаются в любом данном промоторе. На сегодняшний день идентифицировано немного природных промоторов, которые обладают неповрежденными консенсусными последовательностями как в -10, так и в -35; было обнаружено, что искусственные промоторы с полной консервацией элементов -10 и -35 транскрибируются с более низкими частотами, чем те, у которых есть несколько несовпадений с консенсусом.
  • Оптимальное расстояние между последовательностями -35 и -10 составляет 17 п.н. Последовательность спейсера влияет на силу промотора до 600 раз. [7]
  • Некоторые промоторы содержат один или несколько субсайтов элемента промотора выше по течению (элемент UP) [8] ( консенсусная последовательность 5'-AAAAAAARNR-3' при центрировании в области -42; консенсусная последовательность 5'-AWWWWWTTTTT-3' при центрировании в области -52; W = A или T; R = A или G; N = любое основание). [9]
  • Сайт начала транскрипции имеет консенсусную последовательность YRY. [7]

Вышеуказанные промоторные последовательности распознаются только голоферментом РНК-полимеразы, содержащим сигма-70 . Холоферменты РНК-полимеразы, содержащие другие сигма-факторы, распознают различные основные промоторные последовательности.

← вверх по течению вниз по течению →5'-XXXXXXXXXPPPPPPXXXXXXPPPPPPXXXXGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGGXXXX-3' -35 -10 Ген для транскрибирования

Вероятность появления каждого нуклеотида

для последовательности -10 ТАТААТ77% 76% 60% 61% 56% 82%
для последовательности -35 ТТГАСА69% 79% 61% 56% 54% 54%

Двунаправленный (прокариотический)

Промоторы могут быть очень близко расположены в ДНК. Такие «близко расположенные промоторы» наблюдались в ДНК всех форм жизни, от людей [10] до прокариот [11] и являются высококонсервативными. [12] Поэтому они могут обеспечивать некоторые (в настоящее время неизвестные) преимущества. Эти пары промоторов могут быть расположены в расходящихся, тандемных и сходящихся направлениях. Они также могут регулироваться факторами транскрипции и различаться по различным признакам, таким как расстояние между нуклеотидами, сила двух промоторов и т. д. Самым важным аспектом двух близко расположенных промоторов является то, что они, скорее всего, будут мешать друг другу. Несколько исследований изучали это с использованием как аналитических, так и стохастических моделей. [13] [14] [15] Существуют также исследования, в которых измерялась экспрессия генов в синтетических генах или от одного до нескольких генов, контролируемых двунаправленными промоторами. [16]

Изображение явления интерференции между тандемными промоторами. Рисунок создан с помощью BioRender.com

Совсем недавно одно исследование измерило большинство генов, контролируемых тандемными промоторами в E. coli . [17] В этом исследовании были измерены две основные формы помех. Одна из них — когда РНК-полимераза находится на нисходящем промоторе, блокируя движение РНК-полимераз, удлиняющихся от восходящего промотора. Другая — когда два промотора расположены так близко, что когда РНК-полимераза находится на одном из промоторов, она блокирует любую другую РНК-полимеразу от достижения другого промотора. Эти события возможны, поскольку РНК-полимераза занимает несколько нуклеотидов при связывании с ДНК, в том числе в точках начала транскрипции. Аналогичные события происходят, когда промоторы находятся в расходящихся и сходящихся формациях. Возможные события также зависят от расстояния между ними.

Эукариотические

Промоторы генов обычно располагаются выше гена и могут иметь регуляторные элементы, находящиеся на расстоянии нескольких килобаз от места начала транскрипции (энхансеры). У эукариот транскрипционный комплекс может заставить ДНК согнуться, что позволяет размещать регуляторные последовательности далеко от фактического места транскрипции. Эукариотические РНК-полимераза-II-зависимые промоторы могут содержать ТАТА-бокс ( консенсусная последовательность TATAAA), который распознается общим фактором транскрипции TATA-связывающим белком (TBP); и элемент распознавания B (BRE), который распознается общим фактором транскрипции TFIIB . [18] [19] [20] Элемент TATA и BRE обычно располагаются близко к месту начала транскрипции (обычно в пределах 30–40 пар оснований).

Регуляторные последовательности эукариотических промоторов обычно связывают белки, называемые факторами транскрипции, которые участвуют в формировании транскрипционного комплекса. Примером является E-box (последовательность CACGTG), который связывает факторы транскрипции в основном семействе спираль-петля-спираль (bHLH) (например, BMAL1-Clock , cMyc ). [21] Некоторые промоторы, на которые нацелены несколько факторов транскрипции, могут достигать гиперактивного состояния, что приводит к повышению транскрипционной активности. [22]

  • Основной промотор – минимальная часть промотора, необходимая для правильной инициации транскрипции [18]
  • Проксимальный промотор – проксимальная последовательность выше гена, которая, как правило, содержит первичные регуляторные элементы.
  • Дистальный промотор – дистальная последовательность выше гена, которая может содержать дополнительные регуляторные элементы, часто с более слабым влиянием, чем проксимальный промотор.
    • Все, что находится выше по течению (но не энхансер или другая регуляторная область, влияние которой не зависит от положения/ориентации)
    • Специфические сайты связывания факторов транскрипции

Промоторы млекопитающих

Регуляция транскрипции у млекопитающих . Активная регуляторная область энхансера способна взаимодействовать с промоторной областью своего целевого гена путем образования хромосомной петли. Это может инициировать синтез матричной РНК (мРНК) РНК-полимеразой II (РНКП II), связанной с промотором в месте начала транскрипции гена. Петля стабилизируется одним архитектурным белком, прикрепленным к энхансеру, и одним, прикрепленным к промотору, и эти белки соединяются, образуя димер (красные зигзаги). Специфические регуляторные факторы транскрипции связываются с мотивами последовательности ДНК на энхансере. Общие факторы транскрипции связываются с промотором. Когда фактор транскрипции активируется сигналом (здесь обозначен как фосфорилирование, показанное маленькой красной звездочкой на факторе транскрипции на энхансере), энхансер активируется и теперь может активировать свой целевой промотор. Активный энхансер транскрибируется на каждой цепи ДНК в противоположных направлениях связанными РНКП II. Медиатор (коактиватор) (комплекс, состоящий примерно из 26 белков во взаимодействующей структуре) передает регуляторные сигналы от энхансерных факторов транскрипции, связанных с ДНК, к промотору.

Повышенная экспрессия генов у млекопитающих инициируется, когда сигналы передаются на промоторы, связанные с генами. Последовательности ДНК промотора могут включать различные элементы, такие как CpG-островки (присутствуют примерно в 70% промоторов), TATA-бокс (присутствуют примерно в 24% промоторов), инициатор (Inr) (присутствуют примерно в 49% промоторов), элементы распознавания TFIIB выше и ниже по течению (BREu и BREd) (присутствуют примерно в 22% промоторов) и элемент промотора ниже по течению (DPE) (присутствуют примерно в 12% промоторов). [24] Наличие нескольких метилированных сайтов CpG в CpG-островках промоторов вызывает стабильное подавление генов. [25] Однако присутствие или отсутствие других элементов оказывает относительно небольшое влияние на экспрессию генов в экспериментах. [26] Две последовательности, TATA-бокс и Inr, вызвали небольшое, но значительное увеличение экспрессии (увеличение на 45% и 28% соответственно). Элементы BREu и BREd значительно снизили экспрессию на 35% и 20% соответственно, а элемент DPE не оказал никакого обнаруженного эффекта на экспрессию. [26]

Цис-регуляторные модули , локализованные в областях ДНК, удаленных от промоторов генов, могут оказывать очень большое влияние на экспрессию генов, при этом некоторые гены подвергаются 100-кратному увеличению экспрессии из-за такого цис-регуляторного модуля. [27] Эти цис-регуляторные модули включают энхансеры , сайленсеры , инсуляторы и элементы привязки. [28] Среди этого созвездия элементов энхансеры и связанные с ними факторы транскрипции играют ведущую роль в регуляции экспрессии генов. [29]

Энхансеры — это области генома, которые являются основными элементами регуляции генов. Энхансеры контролируют программы экспрессии генов, специфичные для типа клеток, чаще всего, прокладывая петли на больших расстояниях, чтобы физически приблизиться к промоторам своих целевых генов. [30] В исследовании нейронов коры головного мозга было обнаружено 24 937 петель, которые приводят энхансеры к промоторам. [27] Множественные энхансеры, каждый из которых часто находится на расстоянии десятков или сотен тысяч нуклеотидов от своих целевых генов, прокладывают петли к своим промоторам целевых генов и координируют друг с другом, чтобы контролировать экспрессию своего общего целевого гена. [30]

Схематическая иллюстрация в этом разделе показывает энхансер, образующий петлю, чтобы приблизиться к промотору целевого гена. Петля стабилизируется димером соединительного белка (например, димером CTCF или YY1 ), при этом один член димера прикреплен к своему связывающему мотиву на энхансере, а другой член прикреплен к своему связывающему мотиву на промоторе (представлен красными зигзагами на иллюстрации). [31] Несколько факторов транскрипции, специфичных для клеточных функций (в человеческой клетке насчитывается около 1600 факторов транскрипции [32] ), обычно связываются со специфическими мотивами на энхансере [33], и небольшая комбинация этих связанных с энхансером факторов транскрипции, когда они приближаются к промотору с помощью петли ДНК, регулируют уровень транскрипции целевого гена. Медиатор (коактиватор) (комплекс, обычно состоящий из около 26 белков во взаимодействующей структуре) передает регуляторные сигналы от факторов транскрипции, связанных с ДНК-энхансером, непосредственно ферменту РНК-полимеразе II (pol II), связанному с промотором. [34]

Активные энхансеры обычно транскрибируются с обеих цепей ДНК с помощью РНК-полимераз, действующих в двух разных направлениях, производя две эРНК, как показано на рисунке. [35] Неактивный энхансер может быть связан с неактивным фактором транскрипции. Фосфорилирование фактора транскрипции может активировать его, а активированный фактор транскрипции может затем активировать энхансер, с которым он связан (см. маленькую красную звездочку, представляющую фосфорилирование фактора транскрипции, связанного с энхансером на рисунке). [36] Активированный энхансер начинает транскрипцию своей РНК перед активацией промотора для инициирования транскрипции информационной РНК с его целевого гена. [37]

Двунаправленный (млекопитающие)

Двунаправленные промоторы — это короткие (<1 кбн) ​​межгенные области ДНК между 5'-концами генов в двунаправленной паре генов. [38] «Двунаправленная пара генов» относится к двум соседним генам, закодированным на противоположных цепях, с их 5'-концами, ориентированными друг на друга. [39] Два гена часто функционально связаны, и модификация их общей промотерной области позволяет им совместно регулироваться и, таким образом, совместно экспрессироваться. [40] Двунаправленные промоторы являются общей чертой геномов млекопитающих . [41] Около 11% человеческих генов являются двунаправленно парными. [38]

Двунаправленно спаренные гены в базе данных Gene Ontology разделяли по крайней мере одну назначенную базой данных функциональную категорию со своими партнерами в 47% случаев. [42] Анализ микрочипов показал, что двунаправленно спаренные гены коэкспрессируются в более высокой степени, чем случайные гены или соседние однонаправленные гены. [38] Хотя коэкспрессия не обязательно указывает на корегуляцию, было показано, что метилирование двунаправленных промоторных областей снижает регуляцию обоих генов, а деметилирование повышает регуляцию обоих генов. [43] Однако из этого правила есть исключения. В некоторых случаях (около 11%) экспрессируется только один ген из двунаправленной пары. [38] В этих случаях промотор участвует в подавлении неэкспрессированного гена. Механизмом, лежащим в основе этого, может быть конкуренция за те же полимеразы или модификация хроматина . Дивергентная транскрипция может смещать нуклеосомы для повышения регуляции транскрипции одного гена или удалять связанные факторы транскрипции для снижения регуляции транскрипции одного гена. [44]

Некоторые функциональные классы генов с большей вероятностью будут двунаправленно спаренными, чем другие. Гены, вовлеченные в репарацию ДНК, в пять раз чаще регулируются двунаправленными промоторами, чем однонаправленными. Шаперонные белки в три раза чаще, а митохондриальные гены — более чем в два раза чаще. Многие основные гены домашнего хозяйства и клеточного метаболизма регулируются двунаправленными промоторами. [38] Чрезмерное представительство двунаправленно спаренных генов репарации ДНК связывает эти промоторы с раком . Сорок пять процентов соматических онкогенов человека , по-видимому, регулируются двунаправленными промоторами — значительно больше, чем гены, не вызывающие рак. Гиперметилирование промоторов между парами генов WNT9A /CD558500, CTDSPL /BC040563 и KCNK15 /BF195580 было связано с опухолями. [43]

Определенные характеристики последовательности были обнаружены в двунаправленных промоторах, включая отсутствие боксов TATA , обилие CpG-островков и симметрию вокруг средней точки доминирующих Cs и As с одной стороны и Gs и Ts с другой. Недавно было показано, что мотив с консенсусной последовательностью TCTCGCGAGA, также называемый элементом CGCG, управляет двунаправленной транскрипцией, управляемой PolII, в CpG-островках. [45] Боксы CCAAT являются обычным явлением, поскольку они присутствуют во многих промоторах, в которых отсутствуют боксы TATA. Кроме того, мотивы NRF-1, GABPA , YY1 и ACTACAnnTCCC представлены в двунаправленных промоторах со значительно более высокой частотой, чем в однонаправленных промоторах. Отсутствие боксов TATA в двунаправленных промоторах предполагает, что боксы TATA играют роль в определении направленности промоторов, но контрпримеры двунаправленных промоторов действительно содержат боксы TATA, а однонаправленные промоторы без них указывают на то, что они не могут быть единственным фактором. [46]

Хотя термин «двунаправленный промотор» относится конкретно к промоторным областям генов, кодирующих мРНК , анализы люциферазы показали, что более половины человеческих генов не имеют сильного направленного смещения. Исследования показывают, что некодирующие РНК часто связаны с промоторными областями генов, кодирующих мРНК. Была выдвинута гипотеза, что набор и инициация РНК-полимеразы II обычно начинаются двунаправленно, но расходящаяся транскрипция останавливается на контрольной точке позже во время элонгации. Возможные механизмы, лежащие в основе этой регуляции, включают последовательности в промоторной области, модификацию хроматина и пространственную ориентацию ДНК. [44]

Археи

Архейный промотор напоминает эукариотический: обычно встречаются блок TATA (в точке -26/-27) и восходящий BRE (в точке -33/-34), связывающиеся с TBP и TFB (гомолог TFIIB). [3] Иногда также встречаются элемент инициатора (INR) вблизи сайта начала транскрипции [TSS] и проксимальный элемент промотора (PPE) между BRE-TATA и TSS. Эти два элемента не являются необходимыми, но усиливают силу промотора. [47] TFE (гомолог TFIIE ) способствует инициации в субоптимальных последовательностях промотора. [47] Он связывается между -10 и +1, вблизи Inr. [3]

Строгое сохранение этих мотивов не является необходимым, и многие археи с высоким GC% показывают «вырожденные» TATA-боксы. Скорее, это энергетические (дуплексная энтальпия, дуплексная стабильность) и структурные (внутренняя кривизна, сгибаемость) особенности промотора, которые в основном имеют значение. [47]

Субгеномный

Субгеномный промотор — это промотор, добавляемый к вирусу для определенного гетерологичного гена, что приводит к образованию мРНК только для этого гена. Многие вирусы РНК с положительным смыслом производят эти субгеномные мРНК (sgRNA) в качестве одного из распространенных методов инфицирования, используемых этими вирусами, и обычно транскрибируют поздние вирусные гены. Субгеномные промоторы варьируются от 24 нуклеотидов ( вирус Синдбис ) до более 100 нуклеотидов ( вирус некротического желтого венозного некроза свеклы ) и обычно находятся выше начала транскрипции. [48]

Обнаружение

Было разработано множество алгоритмов для облегчения обнаружения промоторов в геномной последовательности, а предсказание промотора является общим элементом многих методов предсказания генов . Было разработано много таких инструментов. [49] Бактериальный промоторный регион расположен перед консенсусными последовательностями -35 и -10. Чем ближе промоторный регион к консенсусным последовательностям, тем чаще будет происходить транскрипция этого гена. Для промоторных регионов не существует установленного шаблона, как для консенсусных последовательностей.

Один из подходов заключается в использовании биофизической теории того, почему работают промоторы. Для архей комбинация рассчитанных энергетических и структурных характеристик может обнаружить промоторы. [47] Для бактерий биофизическая модель, которая оценивает вероятность связывания РНКП-сигма70, может обнаружить и оценить силу промоутеров. [7]

Другой подход заключается в использовании программы сопоставления с образцом на основе известных промоторов, от простых регулярных выражений, созданных вручную, до продвинутых методов машинного обучения , таких как деревья решений, скрытые марковские модели (HMM) и нейронные сети . YAPP, программа прогнозирования эукариотических основных промоутеров 2000-х годов, использует HMM. [50] В публикации 2017 года предсказываются бактериальные и эукариотические промоторы с использованием сверточной нейронной сети . [51]

Связывание

Инициация транскрипции представляет собой многоступенчатый последовательный процесс, включающий несколько механизмов: локализацию промотора, первоначальное обратимое связывание РНК-полимеразы, конформационные изменения в РНК-полимеразе, конформационные изменения в ДНК, связывание нуклеозидтрифосфата (NTP) с функциональным комплексом РНК-полимераза-промотор и непродуктивную и продуктивную инициацию синтеза РНК. [52] [2]

Процесс связывания промотора имеет решающее значение для понимания процесса экспрессии генов. Настройка синтетических генетических систем основана на точно спроектированных синтетических промоторах с известными уровнями скоростей транскрипции. [2]

Расположение

Хотя РНК-полимераза голофермента проявляет высокое сродство к неспецифическим участкам ДНК, эта характеристика не позволяет нам прояснить процесс локализации промотора. [53] Этот процесс локализации промотора был приписан структуре голофермента к ДНК и сигма 4 к ДНК комплексам. [54]

Заболевания, связанные с аберрантной функцией

Большинство заболеваний имеют гетерогенную природу, что означает, что одно «заболевание» часто представляет собой множество различных заболеваний на молекулярном уровне, хотя проявляющиеся симптомы и реакция на лечение могут быть идентичны. То, как заболевания различного молекулярного происхождения реагируют на лечение, частично рассматривается в дисциплине фармакогеномики .

Здесь не перечислены многие виды рака, включающие аберрантную транскрипционную регуляцию из-за создания химерных генов посредством патологической хромосомной транслокации . Важно отметить, что вмешательство в количество или структуру белков, связанных с промотором, является одним из ключей к лечению заболевания без воздействия на экспрессию неродственных генов, разделяющих элементы с целевым геном. [55] Некоторые гены, изменение которых нежелательно, способны влиять на потенциал клетки стать раковой. [56]

CpG-островки в промоторах

У людей около 70% промоторов, расположенных вблизи места начала транскрипции гена (проксимальные промоторы), содержат островок CpG . [57] [58] Островки CpG обычно имеют длину от 200 до 2000 пар оснований, содержат пары оснований C: G >50% и имеют области ДНК , где за нуклеотидом цитозина следует нуклеотид гуанина , и это часто происходит в линейной последовательности оснований вдоль направления 5' → 3' .

Дистальные промоторы также часто содержат CpG-островки, такие как промотор гена репарации ДНК ERCC1 , где промотор, содержащий CpG-островок, расположен примерно на 5400 нуклеотидов выше кодирующей области гена ERCC1 . [59] CpG-островки также часто встречаются в промоторах для функциональных некодирующих РНК, таких как микроРНК .

Метилирование CpG-островков стабильно подавляет гены

У людей метилирование ДНК происходит в 5'-положении пиримидинового кольца остатков цитозина в CpG-сайтах с образованием 5-метилцитозинов . Наличие множественных метилированных CpG-сайтов в CpG-островках промоторов вызывает стабильное подавление генов. [25] Подавление гена может быть инициировано другими механизмами, но за этим часто следует метилирование CpG-сайтов в CpG-островке промотора, что вызывает стабильное подавление гена. [25]

Гипер/гипометилирование промотора CpG при раке

Как правило, при прогрессировании рака сотни генов подавляются или активируются . Хотя подавление некоторых генов при раке происходит в результате мутации, большая часть канцерогенного подавления генов является результатом измененного метилирования ДНК (см. Метилирование ДНК при раке ). Метилирование ДНК, вызывающее подавление при раке, обычно происходит в нескольких сайтах CpG на островах CpG , которые присутствуют в промоторах генов, кодирующих белки.

Измененная экспрессия микроРНК также подавляет или активирует многие гены при прогрессировании рака (см. микроРНК при раке ). Измененная экспрессия микроРНК происходит посредством гипер/гипометилирования участков CpG в CpG-островках в промоторах, контролирующих транскрипцию микроРНК .

Подавление активности генов репарации ДНК посредством метилирования CpG-островков в их промоторах, по-видимому, особенно важно при прогрессировании рака (см. метилирование генов репарации ДНК при раке ).

Канонические последовательности и дикий тип

Использование термина каноническая последовательность для обозначения промотора часто проблематично и может привести к недопониманию последовательностей промотора. Канонический подразумевает идеальный, в некотором смысле.

В случае сайта связывания фактора транскрипции может быть одна последовательность, которая связывает белок наиболее сильно в определенных клеточных условиях. Это можно назвать каноническим.

Однако естественный отбор может благоприятствовать менее энергичному связыванию как способу регулирования транскрипционного выхода. В этом случае мы можем назвать наиболее распространенную последовательность в популяции последовательностью дикого типа. Она может даже не быть самой выгодной последовательностью в преобладающих условиях.

Последние данные также указывают на то, что несколько генов (включая протоонкоген c-myc ) имеют мотивы G-квадруплекса в качестве потенциальных регуляторных сигналов.

Разработка и проектирование синтетических промоутеров

Промоторы являются важными элементами регуляции генов, используемыми при настройке синтетически разработанных генетических цепей и метаболических сетей . Например, для сверхэкспрессии важного гена в сети, чтобы обеспечить более высокую выработку целевого белка, синтетические биологи разрабатывают промоторы для повышения его экспрессии . Автоматизированные алгоритмы могут использоваться для проектирования нейтральной ДНК или инсуляторов, которые не запускают экспрессию генов нижестоящих последовательностей. [60] [2]

Заболевания, которые могут быть связаны с вариациями

Некоторые случаи многих генетических заболеваний связаны с изменениями в промоторах или факторах транскрипции.

Вот несколько примеров:

Учредительный против регулируемого

Некоторые промоторы называются конститутивными, поскольку они активны в любых условиях в клетке, в то время как другие регулируются , становясь активными в клетке только в ответ на определенные стимулы.

Тканеспецифический промотор

Тканеспецифический промотор — это промотор, который активен только в определенных типах клеток.

Использование термина

Когда некоторые авторы ссылаются на промотор, то на самом деле имеют в виду промотор + оператор ; т. е. промотор lac является индуцируемым IPTG, что означает, что помимо промотора lac присутствует также оперон lac . Если бы оператор lac отсутствовал, IPTG не имел бы индуцируемого эффекта. [ необходима цитата ] Другим примером является система Tac-промотор (Ptac). Обратите внимание, что tac записывается как промотор tac, в то время как на самом деле tac является и промотором, и оператором. [65]

Смотрите также

Ссылки

  1. ^ Sharan R (4 января 2007 г.). «Анализ биологических сетей: транскрипционные сети – анализ последовательности промотора» (PDF) . Тель-Авивский университет . Получено 30 декабря 2012 г. .
  2. ^ abcde LaFleur TL, Hossain A, Salis HM (сентябрь 2022 г.). «Автоматизированное модельно-предсказательное проектирование синтетических промоторов для управления транскрипционными профилями у бактерий». Nature Communications . 13 (1): 5159. Bibcode :2022NatCo..13.5159L. doi :10.1038/s41467-022-32829-5. PMC 9440211 . PMID  36056029. 
  3. ^ abc Wenck, BR; Santangelo, TJ (октябрь 2020 г.). «Архейная транскрипция». Транскрипция . 11 (5): 199– 210. doi :10.1080/21541264.2020.1838865. PMC 7714419. PMID  33112729 . 
  4. ^ Янив М (сентябрь 2014 г.). «Ремоделирование хроматина: от транскрипции до рака». Cancer Genetics . 207 (9): 352– 7. doi :10.1016/j.cancergen.2014.03.006. PMID  24825771.
  5. ^ Civas A, Génin P, Morin P, Lin R, Hiscott J (февраль 2006 г.). «Организация промотора генов интерферона-A дифференцированно влияет на вызванную вирусом экспрессию и восприимчивость к TBK1 и IKKepsilon». Журнал биологической химии . 281 (8): 4856– 66. doi : 10.1074/jbc.M506812200 . PMID  16380379.
  6. ^ Yona AH, Alm EJ, Gore J (апрель 2018 г.). «Случайные последовательности быстро превращаются в промоторы de novo». Nature Communications . 9 (1): 1530. Bibcode :2018NatCo...9.1530Y. doi :10.1038/s41467-018-04026-w. PMC 5906472 . PMID  29670097. 
  7. ^ abc Куо, Сюэ-Тин; Чанг, Джошуа Кевин; Чанг, Клара; Шен, Вэй-И; Хсу, Кристина; Лай, Шэн-Вэнь; Чжоу, Хсин-Хун Дэвид (2025-01-01). «Раскройте стартовый элемент и архитектуру промотора в домене Бактерии». bioRxiv : 2025–01.23.634641. doi :10.1101/2025.01.23.634641.
  8. ^ Росс В., Госинк К.К., Саломон Дж., Игараси К., Зоу С., Исихама А. и др. (ноябрь 1993 г.). «Третий элемент узнавания в бактериальных промоторах: связывание ДНК альфа-субъединицей РНК-полимеразы». Наука . 262 (5138): 1407–1413 . Бибкод : 1993Sci...262.1407R. дои : 10.1126/science.8248780. ПМИД  8248780.
  9. ^ Estrem ST, Ross W, Gaal T, Chen ZW, Niu W, Ebright RH, Gourse RL (август 1999). «Архитектура бактериального промотора: структура подсайта элементов UP и взаимодействия с карбоксиконцевым доменом субъединицы альфа РНК-полимеразы». Genes & Development . 13 (16): 2134– 2147. doi :10.1101/gad.13.16.2134. PMC 316962 . PMID  10465790. 
  10. ^ Adachi N, Lieber MR (июнь 2002 г.). «Двунаправленная организация генов: общая архитектурная особенность генома человека». Cell . 109 (7): 807– 809. doi : 10.1016/S0092-8674(02)00758-4 . PMID  12110178.
  11. ^ Herbert M, Kolb A, Buc H (май 1986). «Перекрывающиеся промоторы и их контроль в Escherichia coli: случай gal». Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки . 83 (9): 2807– 2811. Bibcode : 1986PNAS ...83.2807H. doi : 10.1073/pnas.83.9.2807 . PMC 323395. PMID  3010319. 
  12. ^ Korbel JO, Jensen LJ, von Mering C, Bork P (июль 2004 г.). «Анализ геномного контекста: прогнозирование функциональных ассоциаций из консервативных двунаправленно транскрибируемых пар генов». Nature Biotechnology . 22 (7): 911– 917. doi :10.1038/nbt988. PMID  15229555. S2CID  3546895.
  13. ^ Sneppen K, Dodd IB, Shearwin KE, Palmer AC, Schubert RA, Callen BP, Egan JB (февраль 2005 г.). «Математическая модель транскрипционной интерференции с помощью трафика РНК-полимеразы в Escherichia coli». Журнал молекулярной биологии . 346 (2): 399– 409. doi :10.1016/j.jmb.2004.11.075. PMID  15670592.
  14. ^ Мартинс Л., Мякеля Дж., Хаккинен А., Кандхавелу М., Юли-Харья О., Фонсека Дж. М., Рибейро А. С. (май 2012 г.). «Динамика транскрипции близко расположенных промоторов в Escherichia coli, одно событие за раз». Журнал теоретической биологии . 301 : 83–94 . Bibcode : 2012JThBi.301...83M. doi : 10.1016/j.jtbi.2012.02.015. PMID  22370562.
  15. ^ Häkkinen A, Oliveira SM, Neeli-Venkata R, Ribeiro AS (декабрь 2019 г.). «Транскрипционное закрытое и открытое комплексное образование координирует экспрессию генов с общей промоторной областью». Журнал Королевского общества, Интерфейс . 16 (161): 20190507. doi : 10.1098/rsif.2019.0507 . PMC 6936044. PMID  31822223 . 
  16. ^ Bordoy AE, Varanasi US, Courtney CM, Chatterjee A (декабрь 2016 г.). «Транскрипционная интерференция в конвергентных промоторах как средство для настраиваемой экспрессии генов». ACS Synthetic Biology . 5 (12): 1331– 1341. doi :10.1021/acssynbio.5b00223. PMID  27346626.
  17. ^ Чаухан В., Бахрудин М.Н., Пальма Ч.С., Баптиста И.С., Алмейда Б.Л., Дэш С. и др. (январь 2022 г.). «Аналитическая кинетическая модель нативных тандемных промоторов в E. coli». PLOS Computational Biology . 18 (1): e1009824. Bibcode : 2022PLSCB..18E9824C. doi : 10.1371/journal.pcbi.1009824 . PMC 8830795. PMID  35100257 . 
  18. ^ ab Smale ST, Kadonaga JT (2003). "Промотор ядра РНК-полимеразы II". Annual Review of Biochemistry . 72 : 449–479 . doi :10.1146/annurev.biochem.72.121801.161520. PMID  12651739.
  19. ^ Гершензон НИ, Иошихес ИП (апрель 2005). «Синергия элементов промотора ядра человеческой Pol II, выявленная с помощью статистического анализа последовательностей». Биоинформатика . 21 (8): 1295–1300 . doi : 10.1093/bioinformatics/bti172 . PMID  15572469.
  20. ^ Lagrange T, Kapanidis AN, Tang H, Reinberg D, Ebright RH (январь 1998 г.). «Новый элемент основного промотора в транскрипции, зависящей от РНК-полимеразы II: связывание ДНК, специфичное для последовательности, фактором транскрипции IIB». Genes & Development . 12 (1): 34– 44. doi :10.1101/gad.12.1.34. PMC 316406 . PMID  9420329. 
  21. ^ Левин М., Тьян Р. (июль 2003 г.). «Регуляция транскрипции и разнообразие животных». Nature . 424 (6945): 147– 151. Bibcode :2003Natur.424..147L. doi :10.1038/nature01763. PMID  12853946. S2CID  4373712.
  22. ^ Liefke R, Windhof-Jaidhauser IM, Gaedcke J, Salinas-Riester G, Wu F, Ghadimi M, Dango S (июнь 2015 г.). «Окислительная деметилаза ALKBH3 маркирует гиперактивные промоторы генов в клетках рака человека». Genome Medicine . 7 (1): 66. doi : 10.1186/s13073-015-0180-0 . PMC 4517488 . PMID  26221185. 
  23. ^ Juven-Gershon T, Kadonaga JT (март 2010 г.). «Регуляция экспрессии генов через основной промотор и базальный транскрипционный аппарат». Developmental Biology . 339 (2): 225– 229. doi :10.1016/j.ydbio.2009.08.009. PMC 2830304. PMID  19682982 . 
  24. ^ Yang C, Bolotin E, Jiang T, Sladek FM, Martinez E (март 2007 г.). «Преобладание инициатора над боксом TATA в генах человека и дрожжей и идентификация мотивов ДНК, обогащенных в человеческих промоторах без TATA». Gene . 389 (1): 52– 65. doi :10.1016/j.gene.2006.09.029. PMC 1955227 . PMID  17123746. 
  25. ^ abc Bird A (январь 2002 г.). «Паттерны метилирования ДНК и эпигенетическая память». Гены и развитие . 16 (1): 6–21 . doi : 10.1101/gad.947102 . PMID  11782440.
  26. ^ ab Weingarten-Gabbay S, Nir R, Lubliner S, Sharon E, Kalma Y, Weinberger A, Segal E (февраль 2019 г.). «Систематическое исследование человеческих промоутеров». Genome Research . 29 (2): 171– 183. doi :10.1101/gr.236075.118. PMC 6360817 . PMID  30622120. 
  27. ^ ab Beagan JA, Pastuzyn ED, Fernandez LR, Guo MH, Feng K, Titus KR и др. (июнь 2020 г.). «Трехмерная реструктуризация генома в зависимости от временных шкалы экспрессии нейрональных генов, вызванной активностью». Nature Neuroscience . 23 (6): 707– 717. doi :10.1038/s41593-020-0634-6. PMC 7558717 . PMID  32451484. 
  28. ^ Verheul TC, van Hijfte L, Perenthaler E, Barakat TS (2020). "Почему YY1: Механизмы регуляции транскрипции Инь-Ян 1". Frontiers in Cell and Developmental Biology . 8 : 592164. doi : 10.3389/fcell.2020.592164 . PMC 7554316. PMID  33102493 . 
  29. ^ Spitz F, Furlong EE (сентябрь 2012 г.). «Транскрипционные факторы: от связывания энхансера до контроля развития». Nature Reviews. Genetics . 13 (9): 613– 626. doi :10.1038/nrg3207. PMID  22868264. S2CID  205485256.
  30. ^ ab Schoenfelder S, Fraser P (август 2019). «Дальнодействующие контакты энхансера и промотора в контроле экспрессии генов». Nature Reviews. Genetics . 20 (8): 437– 455. doi :10.1038/s41576-019-0128-0. PMID  31086298. S2CID  152283312.
  31. ^ Weintraub AS, Li CH, Zamudio AV, Sigova AA, Hannett NM, Day DS и др. (декабрь 2017 г.). «YY1 — структурный регулятор петель энхансер-промотор». Cell . 171 (7): 1573–1588.e28. doi :10.1016/j.cell.2017.11.008. PMC 5785279 . PMID  29224777. 
  32. ^ Lambert SA, Jolma A, Campitelli LF, Das PK, Yin Y, Albu M и др. (февраль 2018 г.). «Факторы транскрипции человека». Cell . 172 (4): 650– 665. doi : 10.1016/j.cell.2018.01.029 . PMID  29425488.
  33. ^ Grossman SR, Engreitz J, Ray JP, Nguyen TH, Hacohen N, Lander ES (июль 2018 г.). «Позиционная специфичность различных классов факторов транскрипции в пределах энхансеров». Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки . 115 (30): E7222 – E7230 . Bibcode : 2018PNAS..115E7222G. doi : 10.1073/pnas.1804663115 . PMC 6065035. PMID  29987030 .  
  34. ^ Allen BL, Taatjes DJ (март 2015 г.). «Комплекс-медиатор: центральный интегратор транскрипции». Nature Reviews. Молекулярная клеточная биология . 16 (3): 155– 166. doi :10.1038/nrm3951. PMC 4963239. PMID  25693131 . 
  35. ^ Михайличенко О., Бондаренко В., Харнетт Д., Шор ИЕ., Мэйлс М., Виалес Р. Р., Фурлонг Е. Е. (январь 2018 г.). «Степень активности энхансера или промотора отражается уровнями и направленностью транскрипции эРНК». Гены и развитие . 32 (1): 42– 57. doi :10.1101/gad.308619.117. PMC 5828394. PMID 29378788  . 
  36. ^ Li QJ, Yang SH, Maeda Y, Sladek FM, Sharrocks AD, Martins-Green M (январь 2003 г.). «Активация Elk-1, зависящая от фосфорилирования киназы MAP, приводит к активации коактиватора p300». The EMBO Journal . 22 (2): 281– 291. doi :10.1093/emboj/cdg028. PMC 140103 . PMID  12514134. 
  37. ^ Carullo NV, Phillips Iii RA, Simon RC, Soto SA, Hinds JE, Salisbury AJ и др. (сентябрь 2020 г.). «Усилительные РНК предсказывают регуляторные связи энхансер-ген и имеют решающее значение для функции энхансера в нейронных системах». Nucleic Acids Research . 48 (17): 9550– 9570. doi :10.1093/nar/gkaa671. PMC 7515708 . PMID  32810208. 
  38. ^ abcde Trinklein ND, Aldred SF, Hartman SJ, Schroeder DI, Otillar RP, Myers RM (январь 2004 г. ) . «Обилие двунаправленных промоторов в геноме человека». Genome Research . 14 (1): 62– 66. doi :10.1101/gr.1982804. PMC 314279. PMID  14707170. 
  39. ^ Yang MQ, Koehly LM, Elnitski LL (апрель 2007 г.). «Комплексная аннотация двунаправленных промоторов выявляет совместную регуляцию генов рака груди и яичников». PLOS Computational Biology . 3 (4): e72. Bibcode : 2007PLSCB...3...72Y. doi : 10.1371/journal.pcbi.0030072 . PMC 1853124. PMID  17447839 . 
  40. ^ Adachi N, Lieber MR (июнь 2002 г.). «Двунаправленная организация генов: общая архитектурная особенность генома человека». Cell . 109 (7): 807– 809. doi : 10.1016/S0092-8674(02)00758-4 . PMID  12110178. S2CID  8556921.
  41. ^ Koyanagi KO, Hagiwara M, Itoh T, Gojobori T, Imanishi T (июль 2005 г.). «Сравнительная геномика двунаправленных пар генов и ее влияние на эволюцию системы регуляции транскрипции». Gene . 353 (2): 169– 176. doi :10.1016/j.gene.2005.04.027. PMID  15944140.
  42. ^ Liu B, Chen J, Shen B (май 2011 г.). «Геномный анализ предпочтения связывания факторов транскрипции двунаправленных промоторов человека и функциональная аннотация родственных пар генов». BMC Systems Biology . 5 (Suppl 1): S2. doi : 10.1186/1752-0509-5-S1-S2 . PMC 3121118 . PMID  21689477. 
  43. ^ ab Shu J, Jelinek J, Chang H, Shen L, Qin T, Chung W, et al. (Май 2006). «Подавление двунаправленных промоторов метилированием ДНК при опухолеобразовании». Cancer Research . 66 (10): 5077– 5084. doi : 10.1158/0008-5472.CAN-05-2629 . PMID  16707430.
  44. ^ ab Wei W, Pelechano V, Järvelin AI, Steinmetz LM (июль 2011 г.). «Функциональные последствия двунаправленных промоторов». Trends in Genetics . 27 (7): 267– 276. doi :10.1016/j.tig.2011.04.002. PMC 3123404. PMID  21601935 . 
  45. ^ Mahpour A, Scruggs BS, Smiraglia D, Ouchi T, Gelman IH (2018-10-17). "Элемент, чувствительный к метилу, индуцирует двунаправленную транскрипцию в промоторах, ассоциированных с CpG-островками без TATA". PLOS ONE . ​​13 (10): e0205608. Bibcode :2018PLoSO..1305608M. doi : 10.1371/journal.pone.0205608 . PMC 6192621 . PMID  30332484. 
  46. ^ Lin JM, Collins PJ, Trinklein ND, Fu Y, Xi H, Myers RM, Weng Z (июнь 2007 г.). «Связывание факторов транскрипции и модифицированные гистоны в двунаправленных промоторах человека». Genome Research . 17 (6): 818– 827. doi :10.1101/gr.5623407. PMC 1891341. PMID 17568000  . 
  47. ^ abcd Мартинес, GS; Саркар, S; Кумар, A; Перес-Руэда, E; де Авила E Сильва, S (октябрь 2021 г.). «Характеристика промоторов в геномах архей на основе структурных параметров ДНК». MicrobiologyOpen . 10 (5): e1230. doi :10.1002/mbo3.1230. PMC 8553660 . PMID  34713600. 
  48. ^ Koev G, Miller WA (июль 2000 г.). «Вирус с положительной цепью РНК и тремя очень разными субгеномными промоторами РНК». Journal of Virology . 74 (13): 5988– 5996. doi :10.1128/jvi.74.13.5988-5996.2000. PMC 112095 . PMID  10846080. 
  49. ^ "Онлайн-инструменты анализа - Промоутеры". molbiol-tools.ca .
  50. ^ "Предсказатель основного промотора эукариотического ядра YAPP" . www.bioinformatics.org .
  51. ^ Умаров, РК; Соловьев, ВВ (2017). «Распознавание прокариотических и эукариотических промоторов с использованием сверточных нейронных сетей глубокого обучения». PloS one . 12 (2): e0171410. doi : 10.1371/journal.pone.0171410 . PMID  28158264.
  52. ^ deHaseth PL, Zupancic ML, Record MT (июнь 1998 г.). «Взаимодействие РНК-полимеразы с промотором : приходы и уходы РНК-полимеразы». Журнал бактериологии . 180 (12): 3019– 3025. doi :10.1128/jb.180.12.3019-3025.1998. PMC 107799. PMID  9620948. 
  53. ^ Singer P, Wu CW (октябрь 1987 г.). «Поиск промотора РНК-полимеразой Escherichia coli на кольцевой ДНК-матрице». Журнал биологической химии . 262 (29): 14178– 14189. doi : 10.1016/S0021-9258(18)47921-5 . PMID  3308887.
  54. ^ Борухов С., Нудлер Э. (апрель 2003 г.). «Холофермент РНК-полимеразы: структура, функция и биологические последствия». Current Opinion in Microbiology . 6 (2): 93– 100. doi :10.1016/s1369-5274(03)00036-5. PMID  12732296.
  55. ^ Copland JA, Sheffield-Moore M, Koldzic-Zivanovic N, Gentry S, Lamprou G, Tzortzatou-Stathopoulou F, et al. (Июнь 2009). «Рецепторы половых стероидов в дифференцировке скелета и эпителиальной неоплазии: возможно ли тканеспецифическое вмешательство?». BioEssays . 31 (6): 629– 641. doi :10.1002/bies.200800138. PMID  19382224. S2CID  205469320.
  56. ^ Влахопулос С.А., Логотети С., Микас Д., Гиарика А., Горгулис В., Зумпурлис В. (апрель 2008 г.). «Роль АТФ-2 в онкогенезе». Биоэссе . 30 (4): 314–327 . doi :10.1002/bies.20734. PMID  18348191. S2CID  678541.
  57. ^ Saxonov S, Berg P, Brutlag DL (январь 2006 г.). «Полногеномный анализ динуклеотидов CpG в геноме человека различает два различных класса промоторов». Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки . 103 (5): 1412– 1417. Bibcode : 2006PNAS..103.1412S. doi : 10.1073/pnas.0510310103 . PMC 1345710. PMID  16432200 . 
  58. ^ Deaton AM, Bird A (май 2011). «CpG-островки и регуляция транскрипции». Genes & Development . 25 (10): 1010– 1022. doi :10.1101/gad.2037511. PMC 3093116. PMID  21576262 . 
  59. ^ Chen HY, Shao CJ, Chen FR, Kwan AL, Chen ZP (апрель 2010 г.). «Роль гиперметилирования промотора ERCC1 в лекарственной устойчивости к цисплатину в глиомах человека». International Journal of Cancer . 126 (8): 1944–1954 . doi : 10.1002/ijc.24772 . PMID  19626585.
  60. ^ Hossain A, Lopez E, Halper SM, Cetnar DP, Reis AC, Strickland D и др. (декабрь 2020 г.). «Автоматизированное проектирование тысяч неповторяющихся частей для проектирования стабильных генетических систем». Nature Biotechnology . 38 (12): 1466– 1475. doi :10.1038/s41587-020-0584-2. PMID  32661437. S2CID  220506228.
  61. ^ Hobbs K, Negri J, Klinnert M, Rosenwasser LJ, Borish L (декабрь 1998 г.). «Интерлейкин-10 и полиморфизмы промотора трансформирующего фактора роста бета при аллергии и астме». American Journal of Respiratory and Critical Care Medicine . 158 (6): 1958–1962 . doi :10.1164/ajrccm.158.6.9804011. PMID  9847292.
  62. ^ Burchard EG, Silverman EK, Rosenwasser LJ, Borish L, Yandava C, Pillari A, et al. (сентябрь 1999 г.). «Связь между вариантом последовательности в промоторе гена IL-4 и FEV1 при астме». American Journal of Respiratory and Critical Care Medicine . 160 (3): 919– 922. doi :10.1164/ajrccm.160.3.9812024. PMID  10471619.
  63. ^ Кулозик А.Е., Беллан-Кох А., Бейл С., Коне Э., Клейхауэр Э. (май 1991 г.). «Промежуточная талассемия: умеренное снижение транскрипционной активности гена бета-глобина из-за новой мутации проксимального элемента промотора CACCC». Кровь . 77 (9): 2054– 2058. doi : 10.1182/blood.V77.9.2054.2054 . PMID  2018842.
  64. ^ Петрий Ф., Джайлз Р.Х., Дауверс Х.Г., Сарис Дж.Дж., Хеннекам Р.К., Масуно М. и др. (июль 1995 г.). «Синдром Рубинштейна-Тайби, вызванный мутациями транскрипционного коактиватора CBP». Природа . 376 (6538): 348–351 . Бибкод : 1995Natur.376..348P. дои : 10.1038/376348a0. PMID  7630403. S2CID  4254507.
  65. ^ Малой С. «Векторы экспрессии». Университет штата Сан-Диего .
На Викискладе есть медиафайлы по теме Генетические промоторы .
  • ORegAnno – Открытая база данных нормативных аннотаций
  • Определение участков связывания белка на молекуле ДНК. Обучающее видео на YouTube
  • Проект «Промоторы Плеяды» — исследовательский проект, целью которого является создание 160 полностью охарактеризованных промоторов человеческой ДНК размером менее 4 кб (MiniPromoters) для управления экспрессией генов в определенных областях мозга, представляющих терапевтический интерес.
  • ENCODE threads Explorer РНК и хроматиновые модификации паттернов вокруг промоторов. Nature (журнал)
Взято с "https://en.wikipedia.org/w/index.php?title=Promoter_(genetics)&oldid=1273597487"