Коробка Прибнова

Последовательность ДНК, необходимая в бактериальных промоторах для транскрипции

Коробка Прибнова (также известная как коробка Прибнова-Шаллера ) представляет собой последовательность TATAAT из шести нуклеотидов ( тимин , аденин , тимин и т. д.), которая является неотъемлемой частью промотора на ДНК для транскрипции у бактерий . ^[1]^[2] Это идеализированная или консенсусная последовательность — то есть она показывает наиболее часто встречающееся основание в каждой позиции во многих проанализированных промоторах; отдельные промоторы часто отличаются от консенсуса в одной или нескольких позициях. Ее также обычно называют последовательностью или элементом -10 , потому что она центрирована примерно на десять пар оснований выше по течению от места инициации транскрипции.

Коробка Прибнова имеет функцию, похожую на коробку TATA , которая встречается в промоторах эукариот и архей : она распознается и связывается субъединицей РНК-полимеразы во время инициации транскрипции. ^[3] Эта область ДНК также является первым местом, где пары оснований разделяются во время прокариотической транскрипции, чтобы обеспечить доступ к матричной цепи. Богатство AT важно для обеспечения этого разделения, поскольку аденин и тимин легче разделяются (не только из-за меньшего количества водородных связей , но и из-за более слабых эффектов укладки оснований ). ^[4]

Он назван в честь Дэвида Прибнова и Хайнца Шаллера. ^{[ необходима ссылка ]}^[1]^[2]

Вероятность появления каждого нуклеотида вкишечная палочка

Из Харли и др.: ^[5]
Т	А	Т	А	А	Т
82%	89%	52%	59%	49%	89%

В художественной литературе

Термин «ящик Прибнова» используется в 13-м эпизоде сериала «Neon Genesis Evangelion» в отношении камеры, в которой находятся симуляторы Евангелионов для целей тестирования.

Смотрите также

ТАТА-коробка

Ссылки

^ ab Pribnow, David (март 1975). "Нуклеотидная последовательность сайта связывания РНК-полимеразы на раннем промоторе T7". PNAS . 72 (3): 784–788. Bibcode :1975PNAS...72..784P. doi : 10.1073/pnas.72.3.784 . ISSN 1091-6490. PMC 432404 . PMID 1093168.
^ ab Шаллер, Хайнц; Грей, Кристофер; Херрман, Карин (февраль 1975 г.). "Нуклеотидная последовательность сайта связывания РНК-полимеразы из ДНК бактериофага fd". PNAS . 72 (2): 737–741. Bibcode :1975PNAS...72..737S. doi : 10.1073/pnas.72.2.737 . ISSN 1091-6490. PMC 432391 . PMID 1054851.
^ Феклистов, Андрей; Дарст, Сет (2011). «Структурная основа распознавания элемента промотора −10 субъединицей σ бактериальной РНК-полимеразы». Cell . 147 (6): 1257–69. doi :10.1016/j.cell.2011.10.041. PMC 3245737 . PMID 22136875.
^ Яковчук, Питер; Протозанова, Екатерина; Франк-Каменецкий, Максим Д. (январь 2006 г.). «Вклад стэкинга и спаривания оснований в термическую стабильность двойной спирали ДНК». Nucleic Acids Research . 34 (2): 564–574. doi :10.1093/nar/gkj454. ISSN 0305-1048. PMC 1360284 . PMID 16449200.
^ Harley, Calvin B.; Reynolds, Robert P. (март 1987 г.). «Анализ последовательностей промотора E. coli» (PDF, 0,9 МБ) . Nucleic Acids Research . 15 (5): 2343–2361. doi :10.1093/nar/15.5.2343. ISSN 0305-1048. PMC 340638. PMID 3550697 .

Эта статья по генетике — заглушка . Вы можете помочь Википедии, расширив ее.

[Pribnow1975-1] Pribnow, David (март 1975). "Нуклеотидная последовательность сайта связывания РНК-полимеразы на раннем промоторе T7". PNAS . 72 (3): 784–788. Bibcode :1975PNAS...72..784P. doi : 10.1073/pnas.72.3.784 . ISSN 1091-6490. PMC 432404 . PMID 1093168.

[Schaller1975-2] Шаллер, Хайнц; Грей, Кристофер; Херрман, Карин (февраль 1975 г.). "Нуклеотидная последовательность сайта связывания РНК-полимеразы из ДНК бактериофага fd". PNAS . 72 (2): 737–741. Bibcode :1975PNAS...72..737S. doi : 10.1073/pnas.72.2.737 . ISSN 1091-6490. PMC 432391 . PMID 1054851.

[3] Феклистов, Андрей; Дарст, Сет (2011). «Структурная основа распознавания элемента промотора −10 субъединицей σ бактериальной РНК-полимеразы». Cell . 147 (6): 1257–69. doi :10.1016/j.cell.2011.10.041. PMC 3245737 . PMID 22136875.

[Yakovchuk2006-4] Яковчук, Питер; Протозанова, Екатерина; Франк-Каменецкий, Максим Д. (январь 2006 г.). «Вклад стэкинга и спаривания оснований в термическую стабильность двойной спирали ДНК». Nucleic Acids Research . 34 (2): 564–574. doi :10.1093/nar/gkj454. ISSN 0305-1048. PMC 1360284 . PMID 16449200.

[5] Harley, Calvin B.; Reynolds, Robert P. (март 1987 г.). «Анализ последовательностей промотора E. coli» (PDF, 0,9 МБ) . Nucleic Acids Research . 15 (5): 2343–2361. doi :10.1093/nar/15.5.2343. ISSN 0305-1048. PMC 340638. PMID 3550697 .