Миколицибактеры
| Миколицибактеры | |
|---|---|
Научная классификация  | |
| Домен: | Бактерии |
| Тип: | Актиномицеты |
| Сорт: | Актиномицеты |
| Заказ: | Микобактерии |
| Семья: | Микобактерии |
| Род: | Миколицибактерии Гупта и др. 2018 [1] |
| Типовой вид | |
| Mycolicibacter terrae (Wayne 1966) Gupta et al. 2018 год | |
| Виды [2] | |
| |
| Синонимы | |
| |
Mycolicibacter — род грамположительных палочковидных бактерий семейства Mycobacteriaceae из порядка Mycobacteriales . [1]
Члены Mycolicibacter были отделены от более крупного рода Mycobacterium в 2018 году Гуптой и др. на основе доказательств из различных филогенетических деревьев, построенных на основе консервативных последовательностей генома, сравнительного геномного анализа и средних значений идентичности аминокислот. [1] В дополнение к этому роду исследование предложило разделение Mycobacterium в общей сложности на пять отдельных родов, что встретило некоторое сопротивление со стороны части научного сообщества. Сопротивление было основано на том, что Mycobacterium содержит некоторые клинически значимые виды, а изменение названия может вызвать путаницу среди врачей и других исследователей. [3]
В 2020 году Ямада и др. проанализировали основные морфологические свойства новых родов, включая диаметр клетки, длину клетки, периметр клетки, округлость клетки и соотношение сторон, и определили, что между пятью родами существуют значительные различия, что подтверждает новое разделение. [4]
Название Mycolicibacter происходит от латинского существительного acidum mycolicum (переводится как миколовая кислота) и латинского существительного bacter (переводится как стержень). Вместе это название относится к роду миколовой кислоты, содержащей палочковидные бактерии. [1]
Биохимические характеристики и молекулярные сигнатуры[1]
Члены Mycolicibacter являются медленнорастущими бактериальными видами (для формирования колоний требуется более семи дней) и нехромогенными (не производят пигмент). Некоторые виды растут со средней скоростью, для формирования колоний требуется 5–15 дней. Хотя большинство членов Mycolicibacter непатогенны, некоторые виды были выделены от животных-хозяев и пациентов-людей. Они имеют более высокое содержание G+C (в диапазоне от 66,3 до 70,3 моль%) и относительно короткие геномы в диапазоне от 3,87 до 5,11 Мбн.
Анализы геномных последовательностей Mycolicibacter выявили 26 консервативных сигнатурных инделей (CSI), специфичных для этого рода в белках, таких как нерибосомальная пептидсинтетаза , нуклеозидгидролаза, регулятор транскрипции семейства TetR, белок A углеродного голодания, склонная к ошибкам ДНК-полимераза, амидогидролаза , белок семейства карбоксимунконолактондекарбоксилазы, поликетидциклаза, белок семейства спироциклазы AveC, белок TobH, UDP-N-ацетилмурамат–L-аланинлигаза , белок, содержащий домен DUF2236, субъединица кобальтхелатазы CobN, альфа/бета-гидролаза , транспортер калия Kef, мембранный белок , белок, содержащий домен DUF222, транспортер MFS, белок, содержащий домен аденилат/гуанилатциклазы, белок, содержащий домен DUF2029 и гипотетические белки. [1] Эти CSI обеспечивают надежный молекулярный метод для идентификации и различения членов Mycolicibacter от других родов семейства Mycobacteriaceae . Кроме того, было идентифицировано 15 уникальных консервативных сигнатурных белков (CSP), которые являются специфичными для большинства или всех членов этого рода.
Филогения
Филогенетика Mycolicibacter основана на анализе всего генома. [1] [a]
| |||||||||||||
Примечания
- ^ Mycolicibacter paraterrae и « Mycolicibacter virginiensis » не включены в это филогенетическое дерево.
Ссылки
- ^ abcdefg Гупта, Радхей С.; Ло, Брайан; Сон, Джин (2018-02-13). «Филогеномика и сравнительные геномные исследования убедительно поддерживают разделение рода Mycobacterium на исправленный род Mycobacterium и четыре новых рода». Frontiers in Microbiology . 9 : 67. doi : 10.3389/fmicb.2018.00067 . ISSN 1664-302X. PMC 5819568. PMID 29497402 .
- ^ Euzéby JP, Parte AC. "Mycolicibacter". Список названий прокариот, имеющих место в номенклатуре (LPSN) . Получено 26 июня 2022 г.
- ^ Тортоли, Энрико; Браун-Эллиотт, Барбара А.; Чалмерс, Джеймс Д.; Чирилло, Даниэла М.; Дейли, Чарльз Л.; Эмлер, Стефан; Флото, Р. Андрес; Гарсия, Мария Дж.; Хофслот, Воутер; Ко, Вон-Юнг; Ланге, Кристоф (01 июля 2019 г.). «То же мясо, другой соус: не обращайте внимания на новые названия микобактерий». Европейский респираторный журнал . 54 (1). дои : 10.1183/13993003.00795-2019 . ISSN 0903-1936. PMID 31296783. S2CID 195893005.
- ^ Ямада, Хироюки; Чикамацу, Кинуё; Аоно, Акио; Мурата, Казуёси; Миядзаки, Наоюки; Каяма, Йоко; Бхатт, Апурва; Фудзивара, Нагатоши; Маэда, Синдзи; Митарай, Сатоши (2020). «Фундаментальная морфология клеток, исследованная с помощью Cryo-TEM, видов новых пяти родов, надежно коррелирует с новой классификацией семейства Mycobacteriaceae». Границы микробиологии . 11 : 562395. дои : 10.3389/fmicb.2020.562395 . ISSN 1664-302X. ПМК 7701246 . ПМИД 33304323.
