TAF15

TAF15
Доступные структуры
ПДБ	Поиск человека UniProt: PDBe RCSB
Список идентификационных кодов PDB
	2ММГ
Идентификаторы
Псевдонимы	TAF15 , Npl3, RBP56, TAF2N, TAFII68, фактор 15, связанный с белком, связывающим TATA-box
Внешние идентификаторы	ОМИМ : 601574; МГИ : 1917689; Гомологен : 131088; Генные карты : TAF15; OMA :TAF15 – ортологи
Расположение гена ( человек )
Хр.	Хромосома 17 (человек)
Конец	35,864,615 п.н.
Расположение гена ( Мышь )
Хр.	Хромосома 11 (мышь)
Конец	83,506,743 п.н.
Паттерн экспрессии РНК
	Верх выражен в
	эндометрий; ; ганглионарное возвышение; ; правое яичко; ; левое яичко; ; моноцит; ; лимфатический узел; ; зона кожи; ; кожа живота; ; кожа ноги; ; слизистая оболочка желудка;
	Верх выражен в
	нервный слой сетчатки; ; хвост эмбриона; ; желудочковая зона; ; желточный мешок; ; генитальный бугорок; ; аортальный клапан; ; зубчатая извилина гиппокампа гранулярная клетка образования; ; восходящая аорта; ; пищевод; ; гранулоцит;
	Больше данных по справочным выражениям
	Больше данных по справочным выражениям
Генная онтология
Молекулярная функция	связывание ДНК; связывание белков; связывание ионов металлов; связывание нуклеиновых кислот; Связывание РНК;
Клеточный компонент	цитоплазма; ядрышко; ядро; нуклеоплазма;
Биологический процесс	позитивная регуляция транскрипции, ДНК-шаблон; регуляция транскрипции, ДНК-шаблонная; транскрипция РНК-полимеразой II; инициация транскрипции с промотора РНК-полимеразы II; регуляция передачи сигнала медиаторами класса p53;
	Источники:Amigo/QuickGO
Ортологи
	8148
	70439
	ENSG00000270647 ; ENSG00000276833
	ENSMUSG00000020680
	Q92804
	н/д
	NM_003487 ; NM_139215
	NM_027427
	NP_003478 ; NP_631961
	н/д
	Викиданные
Просмотр/редактирование человека	Просмотр/редактирование мыши

Ген, кодирующий белок у вида Homo sapiens

Фактор 2N, ассоциированный с белком, связывающим TATA, — это белок , который у человека кодируется геном TAF15 . [^5]^[6]^[7]

Функция

Инициация транскрипции РНК-полимеразой II требует активности более 70 полипептидов. Белок, который координирует эту активность, — это фактор транскрипции IID (TFIID), который связывается с основным промотором для правильного позиционирования полимеразы, служит каркасом для сборки остальной части транскрипционного комплекса и действует как канал для регуляторных сигналов. TFIID состоит из белка, связывающего TATA (TBP), и группы эволюционно консервативных белков, известных как факторы, ассоциированные с TBP, или TAF. TAF могут участвовать в базальной транскрипции, служить коактиваторами, функционировать в распознавании промотора или модифицировать общие факторы транскрипции (GTF), чтобы облегчить сборку комплекса и инициацию транскрипции. Этот ген кодирует субъединицу TFIID, присутствующую в подмножестве комплексов TFIID. Транслокации, затрагивающие хромосому 17 и хромосому 9, где расположен ген ядерного рецептора CSMF, приводят к продукту слияния генов, который является РНК-связывающим белком, связанным с подмножеством внескелетных миксоидных хондросарком. Были идентифицированы два транскрипта, кодирующие различные изоформы. ^[7]

Взаимодействия

Было показано, что TAF15 взаимодействует с:

POLR2C , ^[8]
POLR2E , ^[8]
POLR2G , ^[8]
САФБ , ^[9]
TAF11 , ^[8]
TAF13 , ^[8]
TAF5 , ^[8]
TAF7 , ^[8] и
Белок, связывающий TATA ^[10]

Ссылки

^ abc ENSG00000276833 GRCh38: Ensembl выпуск 89: ENSG00000270647, ENSG00000276833 – Ensembl , май 2017 г.
^ abc GRCm38: Ensembl выпуск 89: ENSMUSG00000020680 – Ensembl , май 2017 г.
^ "Human PubMed Reference:". Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США .
^ "Mouse PubMed Reference:". Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США .
^ Morohoshi F, Arai K, Takahashi EI, Tanigami A, Ohki M (15 ноября 1996 г.). «Клонирование и картирование гена RBP56 человека, кодирующего предполагаемый связывающий РНК белок, аналогичный белкам FUS/TLS и EWS». Genomics . 38 (1): 51– 7. doi :10.1006/geno.1996.0591. PMID 8954779.
^ Морохоши Ф, Оцука Ю, Араи К, Итикава Х, Митани С, Мунаката Н, Оки М (декабрь 1998 г.). «Геномная структура генов человека RBP56/hTAFII68 и FUS/TLS». Джин . 221 (2): 191–8 . doi :10.1016/S0378-1119(98)00463-6. ПМИД 9795213.
^ ab "Ген Entrez: TAF15 TAF15 РНК-полимераза II, фактор, ассоциированный с белком, связывающим бокс TATA (TBP), 68 кДа".
^ abcdefg Bertolotti A, Melot T, Acker J, Vigneron M, Delattre O, Tora L (март 1998 г.). "EWS, но не EWS-FLI-1, связан как с TFIID, так и с РНК-полимеразой II: взаимодействия между двумя членами семейства TET, EWS и hTAFII68, и субъединицами комплексов TFIID и РНК-полимеразы II". Mol . Cell. Biol . 18 (3): 1489– 97. doi :10.1128/mcb.18.3.1489. PMC 108863. PMID 9488465.
^ Таунсон SM, Канг K, Ли AV, Остеррайх S (июнь 2004 г.). «Анализ структуры и функции фактора прикрепления каркаса корепрессора эстрогенового рецептора альфа-B1: идентификация мощного домена репрессии транскрипции». J. Biol. Chem . 279 (25): 26074– 81. doi : 10.1074/jbc.M313726200 . PMID 15066997.
^ Хоффманн А., Рёдер РГ. (июль 1996 г.). «Клонирование и характеристика человеческого TAF20/15. Множественные взаимодействия предполагают центральную роль в образовании комплекса TFIID». J. Biol. Chem . 271 (30): 18194– 202. doi : 10.1074/jbc.271.30.18194 . PMID 8663456.

Дальнейшее чтение

Zhou Q, Sharp PA (1995). «Новый механизм и фактор регуляции HIV-1 Tat». EMBO J . 14 (2): 321– 8. doi :10.1002/j.1460-2075.1995.tb07006.x. PMC 398086 . PMID 7835343.
Parada CA, Yoon JB, Roeder RG (1995). «Новое ограничение транскрипции ВИЧ-1, опосредованное LBP-1, на уровне удлинения in vitro». J. Biol. Chem . 270 (5): 2274– 83. doi : 10.1074/jbc.270.5.2274 . PMID 7836461.
Ou SH, Garcia-Martínez LF, Paulssen EJ, Gaynor RB (1994). "Роль фланкирующих мотивов E-box в функции элемента TATA вируса иммунодефицита человека типа 1". J. Virol . 68 (11): 7188– 99. doi :10.1128/JVI.68.11.7188-7199.1994. PMC 237158 . PMID 7933101.
Kashanchi F, Piras G, Radonovich MF, Duvall JF, Fattaey A, Chiang CM, Roeder RG, Brady JN (1994). "Прямое взаимодействие человеческого TFIID с трансактиватором ВИЧ-1 tat". Nature . 367 (6460): 295– 9. Bibcode :1994Natur.367..295K. doi :10.1038/367295a0. PMID 8121496. S2CID 4362048.
Хоффманн А., Редер Р.Г. (1996). «Клонирование и характеристика человеческого TAF20/15. Множественные взаимодействия предполагают центральную роль в образовании комплекса TFIID». J. Biol. Chem . 271 (30): 18194– 202. doi : 10.1074/jbc.271.30.18194 . PMID 8663456.
Wang Z, Morris GF, Rice AP, Xiong W, Morris CB (1996). "Дикие и трансактивационно-дефектные мутанты белка Tat вируса иммунодефицита человека типа 1 связывают человеческий TATA-связывающий белок in vitro". J. Acquir. Immune Defic. Syndr. Hum. Retrovirol . 12 (2): 128– 38. doi : 10.1097/00042560-199606010-00005 . PMID 8680883.
Pendergrast PS, Morrison D, Tansey WP, Hernandez N (1996). «Мутации в карбокси-концевом домене TBP одинаково влияют на синтез полноразмерных и коротких транскриптов вируса иммунодефицита человека типа 1». J. Virol . 70 (8): 5025– 34. doi :10.1128/JVI.70.8.5025-5034.1996. PMC 190456 . PMID 8764009.
Кашанчи Ф., Хлейф С.Н., Дюваль Дж.Ф., Садайе М.Р., Радонович М.Ф., Чо М., Мартин М.А., Чен С.Ю., Вайнманн Р., Брейди Дж.Н. (1996). «Взаимодействие Tat вируса иммунодефицита человека типа 1 с уникальным сайтом TFIID ингибирует отрицательный кофактор Dr1 и стабилизирует комплекс TFIID-TFIIA». Дж. Вирол . 70 (8): 5503–10 . doi :10.1128/JVI.70.8.5503-5510.1996. ПМК 190508 . ПМИД 8764062.
Zhou Q, Sharp PA (1996). "Tat-SF1: кофактор для стимуляции транскрипционного удлинения HIV-1 Tat". Science . 274 (5287): 605– 10. Bibcode :1996Sci...274..605Z. doi :10.1126/science.274.5287.605. PMID 8849451. S2CID 13266489.
Bertolotti A, Lutz Y, Heard DJ, Chambon P, Tora L (1996). "hTAF(II)68, новый белок, связывающий РНК/одноцепочечную ДНК, с гомологией с проонкопротеинами TLS/FUS и EWS, связан как с TFIID, так и с РНК-полимеразой II". EMBO J . 15 (18): 5022– 31. doi :10.1002/j.1460-2075.1996.tb00882.x. PMC 452240 . PMID 8890175.
García-Martínez LF, Ivanov D, Gaynor RB (1997). "Ассоциация Tat с очищенными комплексами преинициации транскрипции ВИЧ-1 и ВИЧ-2". J. Biol. Chem . 272 (11): 6951– 8. doi : 10.1074/jbc.272.11.6951 . PMID 9054383.
Bertolotti A, Melot T, Acker J, Vigneron M, Delattre O, Tora L (1998). "EWS, но не EWS-FLI-1, связан как с TFIID, так и с РНК-полимеразой II: взаимодействия между двумя членами семейства TET, EWS и hTAFII68, и субъединицами комплексов TFIID и РНК-полимеразы II". Mol. Cell. Biol . 18 (3): 1489– 97. doi :10.1128/mcb.18.3.1489. PMC 108863. PMID 9488465 .
Zhang D, Paley AJ, Childs G (1998). «Транскрипционный репрессор ZFM1 взаимодействует с EWS и модулирует его способность активировать транскрипцию». J. Biol. Chem . 273 (29): 18086– 91. doi : 10.1074/jbc.273.29.18086 . PMID 9660765.
Мартини А., Ла Старза Р., Янссен Х., Бильу-Набера С., Корвелейн А., Сомерс Р., Авентин А., Фоа Р., Хагемейер А., Мекуччи С., Маринен П. (2002). «Рекуррентная перестройка гена саркомы Юинга, EWSR1, или его гомолога, TAF15, с транскрипционным фактором CIZ/NMP4 при остром лейкозе». Рак Рез . 62 (19): 5408– 12. PMID 12359745.
Таунсон SM, Канг K, Ли AV, Остеррайх S (2004). «Анализ структуры и функции фактора прикрепления каркаса корепрессора эстрогенового рецептора альфа-B1: идентификация мощного домена репрессии транскрипции». J. Biol. Chem . 279 (25): 26074– 81. doi : 10.1074/jbc.M313726200 . PMID 15066997.
Lee HJ, Kim S, Pelletier J, Kim J (2004). "Стимуляция трансактивации, опосредованной hTAFII68 (NTD), с помощью v-Src". FEBS Lett . 564 ( 1– 2): 188– 98. doi : 10.1016/S0014-5793(04)00314-X . PMID 15094065. S2CID 1526475.
Jin J, Smith FD, Stark C, Wells CD, Fawcett JP, Kulkarni S, Metalnikov P, O'Donnell P, Taylor P, Taylor L, Zougman A, Woodgett JR, Langeberg LK, Scott JD, Pawson T (2004). "Протеомный, функциональный и основанный на доменах анализ in vivo 14-3-3 связывающих белков, участвующих в регуляции цитоскелета и клеточной организации". Curr. Biol . 14 (16): 1436– 50. doi : 10.1016/j.cub.2004.07.051 . PMID 15324660. S2CID 2371325.

Внешние ссылки

Обзор всей структурной информации, доступной в PDB для UniProt : Q92804 (фактор 2N, ассоциированный с белком связывания TATA) на сайте PDBe-KB .

Эта статья о гене на человеческой хромосоме 17 — заглушка . Вы можете помочь Википедии, расширив ее.

[refGRCh38Ensembl-1] ENSG00000276833 GRCh38: Ensembl выпуск 89: ENSG00000270647, ENSG00000276833 – Ensembl , май 2017 г.

[refGRCm38Ensembl-2] GRCm38: Ensembl выпуск 89: ENSMUSG00000020680 – Ensembl , май 2017 г.

[3] "Human PubMed Reference:". Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США .

[4] "Mouse PubMed Reference:". Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США .

[pmid8954779-5] Morohoshi F, Arai K, Takahashi EI, Tanigami A, Ohki M (15 ноября 1996 г.). «Клонирование и картирование гена RBP56 человека, кодирующего предполагаемый связывающий РНК белок, аналогичный белкам FUS/TLS и EWS». Genomics . 38 (1): 51– 7. doi :10.1006/geno.1996.0591. PMID 8954779.

[pmid9795213-6] Морохоши Ф, Оцука Ю, Араи К, Итикава Х, Митани С, Мунаката Н, Оки М (декабрь 1998 г.). «Геномная структура генов человека RBP56/hTAFII68 и FUS/TLS». Джин . 221 (2): 191–8 . doi :10.1016/S0378-1119(98)00463-6. ПМИД 9795213.

[entrez-7] "Ген Entrez: TAF15 TAF15 РНК-полимераза II, фактор, ассоциированный с белком, связывающим бокс TATA (TBP), 68 кДа".

[pmid9488465-8] Bertolotti A, Melot T, Acker J, Vigneron M, Delattre O, Tora L (март 1998 г.). "EWS, но не EWS-FLI-1, связан как с TFIID, так и с РНК-полимеразой II: взаимодействия между двумя членами семейства TET, EWS и hTAFII68, и субъединицами комплексов TFIID и РНК-полимеразы II". Mol . Cell. Biol . 18 (3): 1489– 97. doi :10.1128/mcb.18.3.1489. PMC 108863. PMID 9488465.

[pmid15066997-9] Таунсон SM, Канг K, Ли AV, Остеррайх S (июнь 2004 г.). «Анализ структуры и функции фактора прикрепления каркаса корепрессора эстрогенового рецептора альфа-B1: идентификация мощного домена репрессии транскрипции». J. Biol. Chem . 279 (25): 26074– 81. doi : 10.1074/jbc.M313726200 . PMID 15066997.

[pmid8663456-10] Хоффманн А., Рёдер РГ. (июль 1996 г.). «Клонирование и характеристика человеческого TAF20/15. Множественные взаимодействия предполагают центральную роль в образовании комплекса TFIID». J. Biol. Chem . 271 (30): 18194– 202. doi : 10.1074/jbc.271.30.18194 . PMID 8663456.