TAF13

TAF13
Доступные структуры
ПДБ	Поиск ортолога: PDBe RCSB
Список идентификационных кодов PDB
	1БН8, 1БН9
Идентификаторы
Псевдонимы	TAF13 , TAF(II)18, TAF2K, TAFII-18, TAFII18, фактор 13, связанный с ТАТА-бокс-связывающим белком, MRT60
Внешние идентификаторы	ОМИМ : 600774; МГИ : 1913500; Гомологен : 4126; Генные карты : TAF13; OMA :TAF13 – ортологи
Расположение гена ( человек )
Хр.	Хромосома 1 (человек)
Конец	109,076,012 п.н.
Расположение гена ( Мышь )
Хр.	Хромосома 3 (мышь)
Конец	108,490,538 п.н.
Паттерн экспрессии РНК
	Верх выражен в
	внутренний бледный шар; ; латеральная группа ядер таламуса; ; эпителий десны; ; Район Бродмана 23; ; амниотическая жидкость; ; pars reticulata; ; эндотелиальная клетка; ; Понс; ; субталамическое ядро; ; pars compacta;
	Верх выражен в
	зигота; ; вторичный ооцит; ; первичный ооцит; ; зона кожи; ; слой сетчатки; ; нервный слой сетчатки; ; четырехглавая мышца бедра; ; морула; ; желудочковая зона; ; сперматид;
	Больше данных по справочным выражениям
	Больше данных по справочным выражениям
Генная онтология
Молекулярная функция	Активность ДНК-связывающего фактора транскрипции; связывание белка с С-концом; связывание белков; активность гетеродимеризации белка; связывание ДНК; активность корегулятора транскрипции;
Клеточный компонент	ядрышко; комплекс факторов транскрипции TFIID; ядро; нуклеоплазма;
Биологический процесс	инициация транскрипции с промотора РНК-полимеразы II; регуляция транскрипции, ДНК-шаблонная; транскрипция РНК-полимеразой II; транскрипция, ДНК-шаблон; ДНК-шаблонная транскрипция, инициация; Транскрипция мяРНК с помощью РНК-полимеразы II; регуляция передачи сигнала медиаторами класса p53; регуляция транскрипции РНК-полимеразой II;
	Источники:Amigo/QuickGO
Ортологи
	6884
	99730
	ENSG00000197780
	ENSMUSG00000048100
	Q15543
	Р61216
	NM_005645
	NM_025444
	NP_005636
	NP_079720
	Викиданные
Просмотр/редактирование человека	Просмотр/редактирование мыши

Ген, кодирующий белок у вида Homo sapiens

Фактор инициации транскрипции TFIID субъединица 13 представляет собой белок , который у человека кодируется геном TAF13 . ^[5]^[6]

Функция

Инициация транскрипции РНК-полимеразой II требует активности более 70 полипептидов. Белок, который координирует эту активность, — это фактор транскрипции IID (TFIID), который связывается с основным промотором для правильного позиционирования полимеразы, служит в качестве каркаса для сборки остальной части транскрипционного комплекса и действует как канал для регуляторных сигналов. TFIID состоит из белка, связывающего TATA (TBP), и группы эволюционно консервативных белков, известных как факторы, ассоциированные с TBP, или TAF. TAF могут участвовать в базальной транскрипции, служить коактиваторами, функционировать в распознавании промотора или модифицировать общие факторы транскрипции (GTF), чтобы облегчить сборку комплекса и инициацию транскрипции. Этот ген кодирует небольшую субъединицу, связанную с подмножеством комплексов TFIID. Эта субъединица взаимодействует с TBP и с двумя другими небольшими субъединицами TFIID, TAF10 и TAF11. На хромосоме 6 находится псевдоген. ^[6]

Взаимодействия

Было показано, что TAF13 взаимодействует с TAF15 , ^[7] TAF11 , ^[5]^[8] TAF10 ^[5] и белком, связывающим TATA . ^[5]

Ссылки

^ abc GRCh38: Ensembl выпуск 89: ENSG00000197780 – Ensembl , май 2017 г.
^ abc GRCm38: Ensembl выпуск 89: ENSMUSG00000048100 – Ensembl , май 2017 г.
^ "Human PubMed Reference:". Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США .
^ "Mouse PubMed Reference:". Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США .
^ abcd Mengus G, May M, Jacq X, Staub A, Tora L, Chambon P, Davidson I (май 1995). "Клонирование и характеристика hTAFII18, hTAFII20 и hTAFII28: три субъединицы человеческого фактора транскрипции TFIID". EMBO J . 14 (7): 1520– 31. doi :10.1002/j.1460-2075.1995.tb07138.x. PMC 398239 . PMID 7729427.
^ ab "Ген Entrez: TAF13 TAF13 РНК-полимераза II, фактор, ассоциированный с белком, связывающим бокс TATA (TBP), 18 кДа".
^ Bertolotti A, Melot T, Acker J, Vigneron M, Delattre O, Tora L (март 1998 г.). «EWS, но не EWS-FLI-1, связан как с TFIID, так и с РНК-полимеразой II: взаимодействия между двумя членами семейства TET, EWS и hTAFII68, и субъединицами комплексов TFIID и РНК-полимеразы II». Mol. Cell . Biol . 18 (3): 1489– 97. doi :10.1128/mcb.18.3.1489. PMC 108863. PMID 9488465.
^ Birck C, Poch O, Romier C, Ruff M, Mengus G, Lavigne AC, Davidson I, Moras D (июль 1998 г.). "Человеческие TAF(II)28 и TAF(II)18 взаимодействуют через гистоновую укладку, кодируемую атипичными эволюционно консервативными мотивами, также обнаруженными в семействе SPT3". Cell . 94 (2): 239– 49. doi : 10.1016/S0092-8674(00)81423-3 . PMID 9695952. S2CID 6274415.

Дальнейшее чтение

Zhou Q, Sharp PA (1995). «Новый механизм и фактор регуляции HIV-1 Tat». EMBO J . 14 (2): 321– 8. doi :10.1002/j.1460-2075.1995.tb07006.x. PMC 398086 . PMID 7835343.
Parada CA, Yoon JB, Roeder RG (1995). «Новое ограничение транскрипции ВИЧ-1, опосредованное LBP-1, на уровне удлинения in vitro». J. Biol. Chem . 270 (5): 2274– 83. doi : 10.1074/jbc.270.5.2274 . PMID 7836461.
Ou SH, Garcia-Martínez LF, Paulssen EJ, Gaynor RB (1994). "Роль фланкирующих мотивов E-box в функции элемента TATA вируса иммунодефицита человека типа 1". J. Virol . 68 (11): 7188– 99. doi :10.1128/JVI.68.11.7188-7199.1994. PMC 237158 . PMID 7933101.
Kashanchi F, Piras G, Radonovich MF, Duvall JF, Fattaey A, Chiang CM, Roeder RG, Brady JN (1994). "Прямое взаимодействие человеческого TFIID с трансактиватором ВИЧ-1 tat". Nature . 367 (6460): 295– 9. Bibcode :1994Natur.367..295K. doi :10.1038/367295a0. PMID 8121496. S2CID 4362048.
Wang Z, Morris GF, Rice AP, Xiong W, Morris CB (1996). "Дикие и трансактивационно-дефектные мутанты белка Tat вируса иммунодефицита человека типа 1 связывают человеческий TATA-связывающий белок in vitro". J. Acquir. Immune Defic. Syndr. Hum. Retrovirol . 12 (2): 128– 38. doi : 10.1097/00042560-199606010-00005 . PMID 8680883.
Pendergrast PS, Morrison D, Tansey WP, Hernandez N (1996). «Мутации в карбокси-концевом домене TBP одинаково влияют на синтез полноразмерных и коротких транскриптов вируса иммунодефицита человека типа 1». J. Virol . 70 (8): 5025– 34. doi :10.1128/JVI.70.8.5025-5034.1996. PMC 190456 . PMID 8764009.
Кашанчи Ф., Хлейф С.Н., Дюваль Дж.Ф., Садайе М.Р., Радонович М.Ф., Чо М., Мартин М.А., Чен С.Ю., Вайнманн Р., Брейди Дж.Н. (1996). «Взаимодействие Tat вируса иммунодефицита человека типа 1 с уникальным сайтом TFIID ингибирует отрицательный кофактор Dr1 и стабилизирует комплекс TFIID-TFIIA». Дж. Вирол . 70 (8): 5503–10 . doi :10.1128/JVI.70.8.5503-5510.1996. ПМК 190508 . ПМИД 8764062.
Zhou Q, Sharp PA (1996). "Tat-SF1: кофактор для стимуляции транскрипционного удлинения HIV-1 Tat". Science . 274 (5287): 605– 10. Bibcode :1996Sci...274..605Z. doi :10.1126/science.274.5287.605. PMID 8849451. S2CID 13266489.
García-Martínez LF, Ivanov D, Gaynor RB (1997). "Ассоциация Tat с очищенными комплексами преинициации транскрипции ВИЧ-1 и ВИЧ-2". J. Biol. Chem . 272 (11): 6951– 8. doi : 10.1074/jbc.272.11.6951 . PMID 9054383.
Dantonel JC, Murthy KG, Manley JL, Tora L (1997). «Транскрипционный фактор TFIID рекрутирует фактор CPSF для формирования 3'-конца мРНК». Nature . 389 (6649): 399– 402. Bibcode :1997Natur.389..399D. doi :10.1038/38763. PMID 9311784. S2CID 4413324.
Bertolotti A, Melot T, Acker J, Vigneron M, Delattre O, Tora L (1998). "EWS, но не EWS-FLI-1, связан как с TFIID, так и с РНК-полимеразой II: взаимодействия между двумя членами семейства TET, EWS и hTAFII68, и субъединицами комплексов TFIID и РНК-полимеразы II". Mol. Cell. Biol . 18 (3): 1489– 97. doi :10.1128/mcb.18.3.1489. PMC 108863. PMID 9488465 .
Birck C, Poch O, Romier C, Ruff M, Mengus G, Lavigne AC, Davidson I, Moras D (1998). "Человеческие TAF(II)28 и TAF(II)18 взаимодействуют через гистоновую укладку, кодируемую нетипичными эволюционно консервативными мотивами, также обнаруженными в семействе SPT3". Cell . 94 (2): 239– 49. doi : 10.1016/S0092-8674(00)81423-3 . PMID 9695952. S2CID 6274415.
Имабаяси Х., Мори Т., Годзё С., Киёно Т., Сугияма Т., Ирие Р., Исогай Т., Хата Дж., Тояма И., Умезава А. (2003). «Повторная дифференцировка дедифференцированных хондроцитов и хондрогенез стромальных клеток костного мозга человека через формирование хондросфер с профилированием экспрессии с помощью крупномасштабного анализа кДНК». Exp. Cell Res . 288 (1): 35– 50. doi :10.1016/S0014-4827(03)00130-7. PMID 12878157.

Внешние ссылки

Обзор всей структурной информации, доступной в PDB для UniProt : Q15543 (субъединица 13 фактора инициации транскрипции TFIID) на сайте PDBe-KB .

Эта статья о гене на человеческой хромосоме 1 — заглушка . Вы можете помочь Википедии, расширив ее.

[refGRCh38Ensembl-1] GRCh38: Ensembl выпуск 89: ENSG00000197780 – Ensembl , май 2017 г.

[refGRCm38Ensembl-2] GRCm38: Ensembl выпуск 89: ENSMUSG00000048100 – Ensembl , май 2017 г.

[3] "Human PubMed Reference:". Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США .

[4] "Mouse PubMed Reference:". Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США .

[pmid7729427-5] Mengus G, May M, Jacq X, Staub A, Tora L, Chambon P, Davidson I (май 1995). "Клонирование и характеристика hTAFII18, hTAFII20 и hTAFII28: три субъединицы человеческого фактора транскрипции TFIID". EMBO J . 14 (7): 1520– 31. doi :10.1002/j.1460-2075.1995.tb07138.x. PMC 398239 . PMID 7729427.

[entrez-6] "Ген Entrez: TAF13 TAF13 РНК-полимераза II, фактор, ассоциированный с белком, связывающим бокс TATA (TBP), 18 кДа".

[pmid9488465-7] Bertolotti A, Melot T, Acker J, Vigneron M, Delattre O, Tora L (март 1998 г.). «EWS, но не EWS-FLI-1, связан как с TFIID, так и с РНК-полимеразой II: взаимодействия между двумя членами семейства TET, EWS и hTAFII68, и субъединицами комплексов TFIID и РНК-полимеразы II». Mol. Cell . Biol . 18 (3): 1489– 97. doi :10.1128/mcb.18.3.1489. PMC 108863. PMID 9488465.

[pmid9695952-8] Birck C, Poch O, Romier C, Ruff M, Mengus G, Lavigne AC, Davidson I, Moras D (июль 1998 г.). "Человеческие TAF(II)28 и TAF(II)18 взаимодействуют через гистоновую укладку, кодируемую атипичными эволюционно консервативными мотивами, также обнаруженными в семействе SPT3". Cell . 94 (2): 239– 49. doi : 10.1016/S0092-8674(00)81423-3 . PMID 9695952. S2CID 6274415.