Mycoplasma лаборатория
Планируемый частично синтетический вид бактерий

Mycoplasma лаборатория
Научная классификация Редактировать эту классификацию
Домен:Бактерии
Тип:Микоплазматота
Сорт:Молликуты
Заказ:Микоплазменные
Семья:Mycoplasmataceae
Род:Микоплазма
Разновидность:
М. микоидес
Подвиды:
М. м. JCVI-syn1.0
Имя тринома
Mycoplasma mycoides JCVI-syn1.0
Гибсон и др. , 2010 [a 1]
Синонимы [a 2]

Микоплазменная лаборатория Райха, 2000 г.

Mycoplasma laboratorium или Synthia [b 1] относится к синтетическому штамму бактерии . Проект по созданию новой бактерии развивался с момента его создания. Первоначально целью было идентифицировать минимальный набор генов , необходимых для поддержания жизни из генома Mycoplasma genitalium , и синтетически перестроить эти гены для создания «нового» организма. Mycoplasma genitalium изначально была выбрана в качестве основы для этого проекта, потому что на тот момент у нее было наименьшее количество генов из всех проанализированных организмов. Позже фокус переключился на Mycoplasma mycoides и был принят более пробный подход. [b 2]

Чтобы определить минимально необходимые для жизни гены, каждый из 482 генов M. genitalium был индивидуально удален, и жизнеспособность полученных мутантов была проверена. Это привело к идентификации минимального набора из 382 генов, которые теоретически должны представлять минимальный геном. [a 3] В 2008 году полный набор генов M. genitalium был сконструирован в лаборатории с добавлением водяных знаков для идентификации генов как синтетических. [b 3] [a 4] Однако M. genitalium растет чрезвычайно медленно, и M. mycoides был выбран в качестве нового фокуса для ускорения экспериментов, направленных на определение набора генов, действительно необходимых для роста. [b 4]

В 2010 году полный геном M. mycoides был успешно синтезирован из компьютерной записи и пересажен в существующую клетку Mycoplasma capricolum , из которой была удалена ДНК. [b 5] По оценкам, синтетический геном, использованный для этого проекта, стоил 40 миллионов долларов США и 200 человеко-лет на его создание. [b 4] Новая бактерия смогла вырасти и была названа JCVI-syn1.0, или Synthia. После дополнительных экспериментов по выявлению меньшего набора генов, которые могли бы создать функциональный организм, был получен JCVI-syn3.0, содержащий 473 гена. [b 2] 149 из этих генов имеют неизвестную функцию. [b 2] Поскольку геном JCVI-syn3.0 является новым, он считается первым по-настоящему синтетическим организмом.

Проект минимального генома

Производство Synthia является попыткой в ​​области синтетической биологии в Институте Дж. Крейга Вентера группой из примерно 20 ученых во главе с лауреатом Нобелевской премии Гамильтоном Смитом , включая исследователя ДНК Крейга Вентера и микробиолога Клайда А. Хатчисона III . Общая цель состоит в том, чтобы свести живой организм к его основам и, таким образом, понять, что требуется для создания нового организма с нуля. [a 3] Первоначально внимание было сосредоточено на бактерии M. genitalium , облигатном внутриклеточном паразите , геном которого состоит из 482 генов, включающих 582 970 пар оснований , расположенных на одной кольцевой хромосоме (на момент начала проекта это был самый маленький геном любого известного природного организма, который можно выращивать в свободной культуре). Они использовали транспозонный мутагенез для идентификации генов, которые не были необходимы для роста организма, в результате чего был получен минимальный набор из 382 генов. [a 3] Эта работа была известна как проект «Минимальный геном» . [a 5]

Выбор организма

Микоплазма

Mycoplasma — род бактерий класса Mollicutes в отделе Mycoplasmatota (ранее Tenericutes), характеризующийся отсутствием клеточной стенки (что делает его грамотрицательным ) из-за его паразитического или комменсального образа жизни. В молекулярной биологии этот род привлек большое внимание как из-за того, что он является печально известным трудноустранимым загрязнителем в культурах клеток млекопитающих (он невосприимчив к бета-лактамам и другим антибиотикам ), [a 6] , так и из-за его потенциального использования в качестве модельного организма из-за его небольшого размера генома. [a 7] Выбор рода для проекта Synthia датируется 2000 годом, когда Карл Райх придумал фразу Mycoplasma laboratorium . [a 2]

Другие организмы с небольшими геномами

По состоянию на 2005 год Pelagibacter ubique ( α-протеобактерия порядка Rickettsiales ) имеет наименьший известный геном (1 308 759 пар оснований) среди всех свободноживущих организмов и является одной из наименьших известных самовоспроизводящихся клеток. Это, возможно, самая многочисленная бактерия в мире (возможно, 10 28 отдельных клеток) и, наряду с другими членами клады SAR11 , по оценкам, составляет от четверти до половины всех бактериальных или архейных клеток в океане. [a 8] Она была идентифицирована в 2002 году с помощью последовательностей рРНК и полностью секвенирована в 2005 году. [a 9] Крайне сложно культивировать вид, который не достигает высокой плотности роста в лабораторной культуре. [a 10] [a 11] Несколько недавно открытых видов имеют меньше генов, чем M. genitalium , но не являются свободноживущими: многие важные гены, которые отсутствуют у Hodgkinia cicadicola , Sulcia muelleri , Baumannia cicadellicola (симбионты цикад ) и Carsonella ruddi (симбионт черешковой галловой листоблошки Pachypsylla venusta [a 12] ), могут быть закодированы в ядре хозяина. [a 13] Организмом с наименьшим известным набором генов по состоянию на 2013 год является Nasuia deltocephalinicola , облигатный симбионт . У него всего 137 генов и размер генома 112 кб. [a 14] [b 6]

название видаколичество геновразмер (Мбит/с)
Candidatus Hodgkinia cicadicola Dsem [1]1690,14
Candidatus Carsonella ruddii PV [2]1820,16
Candidatus Sulcia muelleri GWSS [3]2270,25
Candidatus Sulcia muelleri SMDSEM [4]2420,28
Бухнера афидикола ул. Чинара Чедри [5]3570,4261
Микоплазма гениталиум G37 [6]4750,58
Candidatus Phytoplasma mali [7]4790,6
Бухнера афидикола ул. Байзонгия фисташковая [8]5040,6224
Nanoarchaeum equitans Кин4-М [9]5400,49

Методы

Для проекта пришлось разработать или адаптировать несколько лабораторных методик, поскольку он требовал синтеза и манипулирования очень большими фрагментами ДНК.

Трансплантация бактериального генома

В 2007 году группа Вентера сообщила, что им удалось перенести хромосому вида Mycoplasma mycoides в Mycoplasma capricolum с помощью:

  • выделение генома M. mycoides : мягкий лизис клеток, заключенных в агар — расплавленный агар смешивают с клетками и оставляют для образования геля — с последующим электрофорезом в импульсном поле и выделением полосы нужного размера (круговая 1,25 Мбн);
  • обеспечение компетентности клеток-реципиентов M. capricolum : рост в богатой среде сменяется голоданием в бедной среде, где голодание по нуклеотидам приводит к ингибированию репликации ДНК и изменению морфологии; и
  • Полиэтиленгликоль -опосредованная трансформация кольцевой хромосомы в клетки без ДНК с последующей селекцией. [a 15]

Термин «трансформация» используется для обозначения внедрения вектора в бактериальную клетку (электропорацией или тепловым шоком). Здесь трансплантация используется подобно ядерной трансплантации .

Синтез бактериальных хромосом

В 2008 году группа Вентера описала создание синтетического генома, копии последовательности M. genitalium G37 L43967, с помощью иерархической стратегии: [a 16]

  • Синтез → 1kbp: последовательность генома была синтезирована Blue Heron в 1078 кассетах по 1080bp с перекрытием 80bp и сайтами рестрикции NotI (неэффективный, но редкий резак).
  • Лигирование → 10 кбн: 109 групп из серии из 10 последовательных кассет были лигированы и клонированы в E. coli на плазмиде , а правильность перестановки проверена секвенированием.
  • Мультиплексная ПЦР → 100 кбн: 11 групп из 10 последовательных сборок по 10 кбн (выращенных в дрожжах) были объединены с помощью мультиплексной ПЦР с использованием пары праймеров для каждой сборки по 10 кбн.
  • Изоляция и рекомбинация → вторичные сборки были изолированы, соединены и трансформированы в дрожжевые сферопласты без векторной последовательности (присутствующей в сборке 811-900).

Геном этого результата 2008 года, M. genitalium JCVI-1.0, опубликован в GenBank как CP001621.1. Его не следует путать с более поздними синтетическими организмами, обозначенными как JCVI-syn, на основе M. mycoides . [a 16]

Синтетический геном

В 2010 году Вентер и коллеги создали штамм Mycoplasma mycoides JCVI-syn1.0 с синтетическим геномом. [a 1] Изначально синтетическая конструкция не работала, поэтому для точного определения ошибки, которая привела к задержке всего проекта на 3 месяца [b 4], была создана серия полусинтетических конструкций. Причиной неудачи стала единственная мутация сдвига рамки в DnaA , факторе инициации репликации . [a 1]

Целью создания клетки с синтетическим геномом было тестирование методологии как шага к созданию модифицированных геномов в будущем. Использование естественного генома в качестве шаблона минимизировало потенциальные источники неудач. В Mycoplasma mycoides JCVI-syn1.0 присутствует несколько отличий относительно референтного генома, в частности, транспозон E.coli IS1 (инфекция со стадии 10kb) и дупликация 85bp, а также элементы, необходимые для размножения в дрожжах, и остатки из сайтов рестрикции. [a 1]

Возникли разногласия по поводу того, является ли JCVI-syn1.0 настоящим синтетическим организмом. Хотя геном был синтезирован химически во многих частях, он был сконструирован так, чтобы максимально соответствовать родительскому геному, и трансплантирован в цитоплазму естественной клетки. Одна только ДНК не может создать жизнеспособную клетку: для считывания ДНК необходимы белки и РНК, а для разделения ДНК и цитоплазмы требуются липидные мембраны . В JCVI-syn1.0 два вида, используемые в качестве донора и реципиента, принадлежат к одному роду, что снижает потенциальные проблемы несоответствия между белками в цитоплазме хозяина и новым геномом. [a 17] Пол Кейм (молекулярный генетик из Университета Северной Аризоны во Флагстаффе ) отметил, что «перед генными инженерами стоят большие задачи, прежде чем они смогут смешивать, сопоставлять и полностью проектировать геном организма с нуля». [b 4]

Водяные знаки

Скрытый водяной знак на полупроводниковом чипе 1976 года, выступающий в качестве подписи его создателей. Аналогичным образом JC Venter и его команда добавили водяные знаки, используя стоп-кодоны, чтобы подписать свое творение.

Широко разрекламированной особенностью JCVI-syn1.0 является наличие последовательностей водяных знаков. 4 водяных знака (показанные на рисунке S1 в дополнительных материалах статьи [a 1] ) представляют собой закодированные сообщения, записанные в ДНК, длиной 1246, 1081, 1109 и 1222 пар оснований соответственно. Эти сообщения не использовали стандартный генетический код , в котором последовательности из 3 оснований ДНК кодируют аминокислоты, а новый код, изобретенный для этой цели, который читателям предлагалось разгадать. [b 7] Содержание водяных знаков следующее:

  1. Водяной знак 1: HTML- документ, который в веб-браузере читается как текст с поздравлениями декодеру и инструкциями о том, как отправить электронное письмо авторам для подтверждения декодирования.
  2. Водяной знак 2: список авторов и цитата Джеймса Джойса : «Жить, ошибаться, падать, торжествовать, воссоздавать жизнь из жизни».
  3. Водяной знак 3: еще авторы и цитата Роберта Оппенгеймера (без указания авторства): «Видите вещи не такими, какие они есть, а такими, какими они могли бы быть».
  4. Водяной знак 4: еще авторы и цитата Ричарда Фейнмана : «То, чего я не могу построить, я не могу понять».

JCVI-syn3.0

Функции генов в минимальном геноме синтетического организма , Syn 3. [ a 18]

В 2016 году Институт Вентера использовал гены из JCVI-syn1.0 для синтеза меньшего генома, который они назвали JCVI-syn3.0, который содержит 531 560 пар оснований и 473 гена. [b 8] В 1996 году, сравнив M. genitalium с другой небольшой бактерией Haemophilus influenzae , Аркадий Мушегян и Юджин Кунин предположили, что может существовать общий набор из 256 генов, который может быть минимальным набором генов, необходимым для жизнеспособности. [b 9] [a 19] В этом новом организме количество генов может быть сокращено только до 473, 149 из которых имеют функции, которые полностью неизвестны. [b 9] По состоянию на 2022 год неизвестный набор был сужен примерно до 100. [b 10] В 2019 году была опубликована полная вычислительная модель всех путей в клетке Syn3.0, представляющая собой первую полную модель in silico для живого минимального организма. [a 20]

Проблемы и разногласия

Прием

6 октября 2007 года Крейг Вентер объявил в интервью британской газете The Guardian , что та же команда синтезировала химическим путем модифицированную версию единственной хромосомы Mycoplasma genitalium . Синтезированный геном еще не был пересажен в рабочую клетку. На следующий день канадская биоэтическая группа ETC Group опубликовала заявление через своего представителя Пэта Муни , в котором говорилось, что «творение» Вентера было «шасси, на котором можно построить почти все что угодно. Это может быть вклад в человечество, например, новые лекарства, или огромная угроза человечеству, например, биологическое оружие». Вентер прокомментировал: «Мы имеем дело с большими идеями. Мы пытаемся создать новую систему ценностей для жизни. Когда дело касается таких масштабов, нельзя ожидать, что все будут счастливы». [b 11]

21 мая 2010 года Science сообщила, что группа Вентера успешно синтезировала геном бактерии Mycoplasma mycoides из компьютерной записи и пересадила синтезированный геном в существующую клетку бактерии Mycoplasma capricolum , из которой была удалена ДНК. «Синтетическая» бактерия была жизнеспособна, т. е. способна к репликации. [b 1] Вентер описал ее как «первый вид... у которого родителями были компьютеры». [b 12]

Создание новой синтетической бактерии JCVI-3.0 было объявлено в журнале Science 25 марта 2016 года. У нее всего 473 гена. Вентер назвал ее «первым в истории сконструированным организмом» и утверждал, что тот факт, что 149 из требуемых генов имеют неизвестные функции, означает, что «вся область биологии упускает треть того, что необходимо для жизни». [a 21]

Освещение в прессе

Проект получил широкое освещение в прессе благодаря артистизму Вентера, до такой степени, что Джей Кислинг , пионер синтетической биологии и основатель Amyris, заметил: «Единственное регулирование, которое нам нужно, — это рот моего коллеги» [b 13] .

Утилита

Вентер утверждал, что синтетические бактерии являются шагом на пути к созданию организмов для производства водорода и биотоплива , а также для поглощения углекислого газа и других парниковых газов . Джордж М. Чёрч , другой пионер в области синтетической биологии , выразил противоположную точку зрения, что создание полностью синтетического генома не является необходимым, поскольку E. coli растет более эффективно, чем M. genitalium , даже со всей ее дополнительной ДНК; он прокомментировал, что синтетические гены были включены в E. coli для выполнения некоторых из вышеперечисленных задач. [b 14]

Интеллектуальная собственность

Институт Дж. Крейга Вентера подал патенты на геном Mycoplasma laboratorium («минимальный бактериальный геном») в США и за рубежом в 2006 году. [b 15] [b 16] [a 22] Группа ETC, канадская биоэтическая группа, выразила протест на том основании, что патент имел слишком широкую сферу применения. [b 17]

Похожие проекты

С 2002 по 2010 год группа ученых из Венгерской академии наук создала штамм Escherichia coli под названием MDS42, который теперь продается компанией Scarab Genomics из Мэдисона, штат Висконсин, под названием «Чистый геном. E.coli» [b 18] , где 15% генома родительского штамма (E. coli K-12 MG1655) были удалены для повышения эффективности молекулярной биологии, удаления IS-элементов , псевдогенов и фагов, что привело к лучшему сохранению кодируемых плазмидами токсичных генов, которые часто инактивируются транспозонами. [a 23] [a 24] [a 25] Биохимия и механизм репликации не были изменены.

Ссылки

Первичные источники

  1. ^ abcde Gibson, DG; Glass, JI; Lartigue, C.; Noskov, VN; Chuang, R.-Y.; Algire, MA; Benders, GA; Montague, MG; Ma, L.; Moodie, MM; Merryman, C.; Vashee, S.; Krishnakumar, R.; Assad-Garcia, N.; Andrews-Pfannkoch, C.; Denisova, EA; Young, L.; Qi, Z.-Q.; Segall-Shapiro, TH; Calvey, CH; Parmar, PP; Hutchison, CA; Smith, HO; Venter, JC (20 мая 2010 г.). «Создание бактериальной клетки, контролируемой химически синтезированным геномом». Science . 329 (5987): 52– 56. Bibcode : 2010Sci...329...52G. doi : 10.1126/science.1190719 . PMID  20488990.
  2. ^ ab Reich, KA (июнь 2000 г.). «Поиск необходимых генов». Research in Microbiology . 151 (5): 319– 24. doi :10.1016/S0923-2508(00)00153-4. PMID  10919511. Кроме того, сложная генетика этих организмов делает последующую проверку существенности путем направленных нокаутов проблематичной и фактически исключает возможность выполнения синтеза de novo «M. laboratorium», источника внимания в популярной прессе.
  3. ^ abc Glass, John I.; Nacyra Assad-Garcia; Nina Alperovich; Shibu Yooseph; Matthew R. Lewis; Mahir Maruf; Clyde A. Hutchison; Hamilton O. Smith; J. Craig Venter (2006-01-10). "Необходимые гены минимальной бактерии". Труды Национальной академии наук . 103 (2): 425– 430. Bibcode : 2006PNAS..103..425G. doi : 10.1073/pnas.0510013103 . PMC 1324956. PMID  16407165 . 
  4. ^ Gibson, DG; Benders, GA; Andrews-Pfannkoch, C.; Denisova, EA; Baden-Tillson, H.; Zaveri, J.; Stockwell, TB; Brownley, A.; Thomas, DW (2008-02-29). "Полный химический синтез, сборка и клонирование генома Mycoplasma genitalium". Science . 319 (5867): 1215– 1220. Bibcode :2008Sci...319.1215G. doi :10.1126/science.1151721. ISSN  0036-8075. PMID  18218864. S2CID  8190996.
  5. ^ Hutchison CA, Montague MG (2002). «Микоплазмы и концепция минимального генома». Молекулярная биология и патогенность микоплазм (ред. Razin S, Herrmann R) . Нью-Йорк: Kluwer Academic/Plenum. стр.  221–54 . ISBN 978-0-306-47287-9.
  6. ^ Young L, Sung J, Stacey G, Masters JR. «Обнаружение микоплазмы в клеточных культурах». Nat Protoc. 2010 5 (5): 929–34. Epub 2010 Apr 22.
  7. ^ Fraser CM, Gocayne JD, White O и др. (октябрь 1995 г.). «Минимальный набор генов Mycoplasma genitalium ». Science . 270 (5235): 397– 403. Bibcode :1995Sci...270..397F. doi :10.1126/science.270.5235.397. PMID  7569993. S2CID  29825758.
  8. ^ Моррис Р. М. и др. (2002). «Клад SAR11 доминирует в сообществах бактериопланктона на поверхности океана». Nature . 420 (6917): 806– 10. Bibcode :2002Natur.420..806M. doi :10.1038/nature01240. PMID  12490947. S2CID  4360530.
  9. ^ Стивен Дж. Джованнони, Х. Джеймс Трипп и др. (2005). «Упорядочение генома в космополитической океанической бактерии». Science . 309 (5738): 1242– 1245. Bibcode :2005Sci...309.1242G. doi :10.1126/science.1114057. PMID  16109880. S2CID  16221415.
  10. ^ Rappé MS, Connon SA, Vergin KL, Giovannoni SL (2002). «Выращивание повсеместной клады морского бактериопланктона SAR11». Nature . 418 (6898): 630–33 . Bibcode : 2002Natur.418..630R. doi : 10.1038/nature00917. PMID  12167859. S2CID  4352877.
  11. ^ Tripp HJ, Kitner JB, Schwalbach MS, Dacey JW, Wilhelm LJ, Giovannoni SJ (10 апреля 2008 г.). «Морским бактериям SAR11 для роста требуется экзогенная восстановленная сера». Nature . 452 (7188): 741– 4. Bibcode :2008Natur.452..741T. doi :10.1038/nature06776. PMID  18337719. S2CID  205212536.
  12. ^ Накабачи, А.; Ямасита, А.; Тох, Х.; Исикава, Х.; Данбар, HE; Моран, Северная Каролина; Хаттори, М. (2006). «Геном бактериального эндосимбионта карсонеллы длиной 160 тысяч оснований». Наука . 314 (5797): 267. doi :10.1126/science.1134196. PMID  17038615. S2CID  44570539.
  13. ^ Маккатчеон, Дж. П.; Макдональд, Б. Р.; Моран, Н. А. (2009). «Конвергентная эволюция метаболических ролей у бактериальных ко-симбионтов насекомых». Труды Национальной академии наук . 106 (36): 15394– 15399. Bibcode : 2009PNAS..10615394M. doi : 10.1073/pnas.0906424106 . PMC 2741262. PMID  19706397 . 
  14. ^ Нэнси А. Моран; Гордон М. Беннетт (2014). «Крошечные крошечные геномы». Ежегодный обзор микробиологии . 68 : 195–215 . doi : 10.1146/annurev-micro-091213-112901 . PMID  24995872.
  15. ^ Lartigue C, Glass JI, Alperovich N, Pieper R, Parmar PP, Hutchison CA 3rd, Smith HO, Venter JC (3 августа 2007 г.). «Трансплантация генома у бактерий: изменение одного вида на другой». Science . 317 (5838): 632– 8. Bibcode :2007Sci...317..632L. CiteSeerX 10.1.1.395.4374 . doi :10.1126/science.1144622. PMID  17600181. S2CID  83956478. {{cite journal}}: CS1 maint: multiple names: authors list (link) CS1 maint: numeric names: authors list (link)
  16. ^ ab Gibson, B; Clyde A. Hutchison; Cynthia Pfannkoch; J. Craig Venter; et al. (2008-01-24). «Полный химический синтез, сборка и клонирование генома Mycoplasma genitalium». Science . 319 (5867): 1215– 20. Bibcode :2008Sci...319.1215G. doi :10.1126/science.1151721. PMID  18218864. S2CID  8190996.
  17. ^ Поволоцкая, И.С.; Кондрашов, ФА (июнь 2010 г.). «Пространство последовательностей и продолжающееся расширение вселенной белков». Nature . 465 (7300): 922– 6. Bibcode :2010Natur.465..922P. doi :10.1038/nature09105. PMID  20485343. S2CID  4431215.
  18. ^ Хатчисон, Клайд А.; Чуан, Рэй-Юань; Носков, Владимир Н.; Ассад-Гарсия, Насира; Диринк, Томас Дж.; Эллисман, Марк Х.; Гилл, Джон; Каннан, Кришна; Карас, Богумил Дж. (2016-03-25). "Проектирование и синтез минимального бактериального генома". Science . 351 (6280): aad6253. Bibcode :2016Sci...351.....H. doi : 10.1126/science.aad6253 . ISSN  0036-8075. PMID  27013737.
  19. ^ Аркадий Р. Мушегян; Юджин В. Кунин (сентябрь 1996 г.). «Минимальный набор генов для клеточной жизни, полученный путем сравнения полных бактериальных геномов». Proc. Natl. Acad. Sci. USA . 93 (19): 10268– 10273. Bibcode :1996PNAS...9310268M. doi : 10.1073/pnas.93.19.10268 . PMC 38373 . PMID  8816789. 
  20. ^ Брейер, Мэриан; Эрнест, Тайлер М.; Мерриман, Чак; Уайз, Ким С.; Сан, Лицзе; Лайнотт, Микаэла Р.; Хатчисон, Клайд А.; Смит, Гамильтон О.; Лапек, Джон Д.; Гонсалес, Дэвид Дж.; Де Креси-Лагард, Валери; Хаас, Драго; Хансон, Эндрю Д.; Лабхсетвар, Пиюш; Гласс, Джон И.; Лютей-Шультен, Зайда (2019). "Необходимый метаболизм для минимальной клетки". eLife . 8 . doi : 10.7554/eLife.36842 . PMC 6609329 . PMID  30657448. 
  21. ^ Херпер, Мэтью. «После 20 лет поисков биологи создали синтетические бактерии без дополнительных генов». Forbes . Получено 2019-07-02 .
  22. ^ Заявка на патент США: 20070122826 Архивировано 25 ноября 2021 г. на Wayback Machine
  23. ^ Umenhoffer K, Fehér T, Balikó G, Ayaydin F, Pósfai J, Blattner FR, Pósfai G (2010). "Сниженная эволюционная способность Escherichia coli MDS42, клеточного шасси без IS для приложений молекулярной и синтетической биологии". Microbial Cell Factorys . 9 : 38. doi : 10.1186/1475-2859-9-38 . PMC 2891674. PMID  20492662 . 
  24. ^ Pósfai G, Plunkett G 3rd, Fehér T, Frisch D, Keil GM, Umenhoffer K, Kolisnychenko V, Stahl B, Sharma SS, de Arruda M, Burland V, Harcum SW, Blattner FR (2006). "Возникающие свойства Escherichia coli с редуцированным геномом". Science . 312 (5776): 1044– 6. Bibcode :2006Sci...312.1044P. doi :10.1126/science.1126439. PMID  16645050. S2CID  43287314.{{cite journal}}: CS1 maint: multiple names: authors list (link) CS1 maint: numeric names: authors list (link)
  25. ^ Колисниченко В, Планкетт Г 3-й, Херринг CD, Фехер Т, Посфаи Дж, Блаттнер ФР, Посфаи Г (апрель 2002 г.). «Инженерия уменьшенного генома Escherichia coli». Геном Рез . 12 (4): 640–7 . doi :10.1101/гр.217202. ПМК 187512 . ПМИД  11932248. {{cite journal}}: CS1 maint: multiple names: authors list (link) CS1 maint: numeric names: authors list (link)
  1. ^ ab Roberta Kwok (2010). «Геномика: мастера ДНК». Nature . 468 (7320): 22– 5. Bibcode : 2010Natur.468...22K. doi : 10.1038/468022a . PMID  21048740.
  2. ^ abc Callaway, Ewen (2016). ««Минимальная» клетка повышает ставки в гонке за освоение синтетической жизни». Nature . 531 (7596): 557– 558. Bibcode :2016Natur.531..557C. doi : 10.1038/531557a . ISSN  0028-0836. PMID  27029256.
  3. ^ Болл, Филип (2008-01-24). «Геном, сшитый вручную». Nature . doi :10.1038/news.2008.522. ISSN  0028-0836.
  4. ^ abcd Pennisi E (май 2010). «Геномика. Синтетический геном дает новую жизнь бактериям» (PDF) . Science . 328 (5981): 958– 9. doi : 10.1126/science.328.5981.958 . PMID  20488994.
  5. ^ Кацнельсон, Алла (2010-05-20). "Исследователи запускают клетку с синтетическим геномом". Nature . doi : 10.1038/news.2010.253 . ISSN  0028-0836.
  6. ^ Циммер, Карл (2013-08-23). ​​"И геномы продолжают сокращаться..." National Geographic . Архивировано из оригинала 23 августа 2013 г.
  7. ^ Кен Ширрифф (2010-06-10). «Использование Arc для расшифровки секретного водяного знака ДНК Вентера». Блог Кена Ширриффа . Получено 29-10-2010 .
  8. ^ Первая минимальная синтетическая бактериальная клетка. Astrobiology Web . 24 марта 2016 г.
  9. ^ ab Yong, Ed (24 марта 2016 г.). «Таинственная вещь о чудесной новой синтетической клетке».
  10. ↑ Сомерс, Джеймс (7 марта 2022 г.). «Путешествие к центру наших клеток». The New Yorker . Нью-Йорк: Condé Nast .
  11. ^ Пилкингтон, Эд (6 октября 2009 г.). «Я создаю искусственную жизнь, заявляет американский пионер генной инженерии». The Guardian . Лондон . Получено 23 ноября 2012 г.
  12. ^ "Как ученые создали "искусственную жизнь"". BBC News . 2010-05-20 . Получено 21-05-2010 .
  13. ^ Поллак, Эндрю (4 сентября 2010 г.). «Его корпоративная стратегия: научный метод». The New York Times .
  14. ↑ Самый длинный фрагмент синтетической ДНК, Scientific American News , 24 января 2008 г.
  15. ^ «Искусственная жизнь: патент находится на рассмотрении», The Economist , 14 июня 2007 г. Получено 7 октября 2007 г.
  16. ↑ Роджер Хайфилд, «Искусственный микроб, создающий бесконечное биотопливо», Telegraph , 8 июня 2007 г. Получено 7 октября 2007 г.
  17. ^ Янкуловичи, Елена (15.01.2008). «Развивающаяся область синтетической биологии: «Син» или спасение?». Наука в новостях . Получено 03.07.2019 .
  18. ^ "Scarab Genomics LLC. Веб-сайт компании".


  • Институт Дж. Крейга Вентера: исследовательские группы
Retrieved from "https://en.wikipedia.org/w/index.php?title=Mycoplasma_laboratorium&oldid=1261315374"