сухБ
РНК-семейство
сухБ
Предсказанная вторичная структура и сохранение последовательности suhB
Идентификаторы
СимволсухБ
РфамРФ00519
Другие данные
Тип РНКГен ; мРНК
ДоменыБактерии
ИДТИGO:0006353 GO:0003715
ТАКSO:0000655
Структуры PDBПДБе

suhB , также известный как mmgR ( m akes more granules r egulator), представляет собой некодирующую РНК, многократно обнаруженную в геноме Agrobacterium tumefaciens и родственных альфа-протеобактерий . [1] Другие некодирующие РНК, обнаруженные в том же анализе, включают speF , ybhL , metA и serC . [ 1]

Несколько исследований в Sinorhizobium meliloti показали, что элемент suhB действительно является некодирующей РНК. Впервые он был обнаружен с помощью Нозерн-блоттинга и назван Sm8RNA , [2] затем в исследовании RNAseq и назван SmelC689 . [3]

Цитоплазма мутантного (отсутствующего малую РНК ) фенотипа содержит большее количество гранул хранения полигидроксибутирата (PBH), чем штамм дикого типа. [4] sRNA необходима для регуляции внутриклеточного накопления PBH в Sinorhizobium meliloti . [5]

Нозерн-блоттинг подтвердил экспрессию sRNA в других видах ризобий. Гомологи suhB были обнаружены в большинстве альфа-протеобактерий. Rho-независимый терминатор и одноцепочечный участок 10-mer (UUUCCUCCCU) полностью сохранены. Поэтому было предложено определить новое семейство альфа-протеобактериальных sRNA, alpha-r8, членом которого является suhB . [6]

РНК-связывающий белок Hfq связывает и стабилизирует suhB . [7] [8] Было показано, что экспрессия гена mmgR контролируется азотом (N). [9] Дальнейшие исследования [10] показали, что регуляторные белки NtrC могут быть необходимы для экспрессии гена suhB при ограничении N. При ограничении углерода (C) транскрипция suhB подавляется AntiA. [10]

suhB также присутствует в штамме Sphingopyxis granuli TFA, [11] альфа -протеобактерии , которая использует растворитель тетралин в качестве источника энергии. [12] suhB был обнаружен как sRNA длиной 61 нт с помощью Нозерн-блоттинга в клетках TFA, растущих с высокой скоростью. β-галактозидазная активность слияния PsuhB::lacZ подтвердила более низкую экспрессию suhB в клетках TFA, растущих с низкой скоростью. Мутант, лишенный suhB, экспрессирует гены thn (деградация тетралина) даже в присутствии предпочтительного источника углерода (условия катаболитной репрессии). Этот фенотип обусловлен высвобождением отрицательного эффекта suhB на трансляцию ThnR. Hfq также участвует во взаимодействии между suhB и 5′ UTR thnR мРНК, что приводит к репрессии гена thn в условиях катаболитной репрессии . [11]

Смотрите также

Ссылки

  1. ^ ab Corbino, Keith A; Barrick, Jeffrey E; Lim, Jinsoo; Welz, Rüdiger; Tucker, Brian J; Puskarz, Izabela; Mandal, Maumita; Rudnick, Noam D; Breaker, Ronald R (2005). "Доказательства второго класса рибопереключателей S-аденозилметионина и других регуляторных мотивов РНК у альфа-протеобактерий". Genome Biology . 6 (8): R70. doi : 10.1186/gb-2005-6-8-r70 . PMC  1273637 . PMID  16086852.
  2. ^ Вальверде, Клаудио; Ливни, Джонатан; Шлютер, Ян-Филипп; Рейнкенсмайер, Ян; Беккер, Анке ; Паризи, Густаво (2008). «Прогнозирование генов sRNA Sinorhizobium meliloti и экспериментальное обнаружение в штамме 2011». BMC Genomics . 9 (1): 416. doi : 10.1186/1471-2164-9-416 . PMC 2573895. PMID  18793445 . 
  3. ^ Шлютер, Ян-Филип; Рейнкенсмайер, Ян; Дашке, Свеня; Евгеньева-Хакенберг Елена; Янссен, Стефан; Янике, Себастьян; Беккер, Йорг Д; Гигерих, Роберт; Беккер, Анке (декабрь 2010 г.). «Полногеномное исследование мРНК симбиотической азотфиксирующей альфа-протеобактерии Sinorhizobium meliloti». БМК Геномика . 11 (1). дои : 10.1186/1471-2164-11-245 . ПМЦ 2873474 . ПМИД  20398411. 
  4. ^ Лагарес, А. (2015). Биологическая роль малой регуляторной РНК Sm8 в свободноживущем и симбиотическом Sinorhizobium meliloti . Кандидатская диссертация; Национальный университет Ла-Планта, Аргентина.
  5. ^ Лагарес, Антонио; Борелла, Герман Цейзель; Линне, Уве; Беккер, Анке ; Вальверде, Клаудио (15 апреля 2017 г.). «Регуляция накопления полигидроксибутирата в Sinorhizobium meliloti с помощью транс-кодируемой малой РНК MmgR». Журнал бактериологии . 199 (8). дои : 10.1128/JB.00776-16. ПМК 5370414 . ПМИД  28167519. 
  6. ^ Лагарес, Антонио; Ру, Индра; Вальверде, Клаудио (июнь 2016 г.). «Филогенетическое распределение и эволюционная модель гена малой РНК α-протеобактерий, контролирующего накопление полигидроксибутирата в Sinorhizobium meliloti ». Молекулярная филогенетика и эволюция . 99 : 182–193 . doi : 10.1016/j.ympev.2016.03.026. hdl : 11336/113848 . PMID  27033949.
  7. ^ Торрес-Кесада, Омар; Рейнкенсмайер, Ян; Шлютер, Ян-Филипп; Робледо, Марта; Перегрина, Александра; Гигерих, Роберт; Торо, Николас; Беккер, Анке ; Хименес-Зурдо, Хосе I (май 2014 г.). «Геномное профилирование Hfq-связывающих РНК раскрывает обширную посттранскрипционную перестройку основных реакций на стресс и симбиотических регулонов у Sinorhizobium meliloti». RNA Biology . 11 (5): 563– 579. doi :10.4161/rna.28239. PMC 4152363. PMID  24786641 . 
  8. ^ Собреро, Патрисио; Вальверде, Клаудио (сентябрь 2011 г.). «Доказательства авторегуляции экспрессии hfq в штамме Sinorhizobium meliloti 2011». Архив микробиологии . 193 (9): 629– 639. Bibcode : 2011ArMic.193..629S. doi : 10.1007/s00203-011-0701-1. PMID  21484295. S2CID  7364873.
  9. ^ Ceizel Borella, Germán; Lagares, Antonio; Valverde, Claudio (май 2016 г.). «Экспрессия гена малой РНК Sinorhizobium meliloti mmgR контролируется источником азота». FEMS Microbiology Letters . 363 (9). doi : 10.1093/femsle/fnw069 . hdl : 11336/72806 . PMID  27010014.
  10. ^ ab Ceizel Borella, German; Lagares Jr., Antonio; Valverde, Claudio (1 января 2018 г.). «Экспрессия гена малой регуляторной РНК mmgR регулируется отрицательно AniA и положительно NtrC в Sinorhizobium meliloti 2011». Microbiology . 164 (1): 88–98 . doi : 10.1099/mic.0.000586 . hdl : 11336/42519 . PMID  29214973.
  11. ^ аб Гарсиа-Ромеро, Инмакулада; Фёрстнер, Конрад У.; Сантеро, Эдуардо; Флориано, Белен (14 сентября 2018 г.). «SuhB, небольшая некодирующая РНК, участвующая в катаболитной репрессии генов деградации тетралина в TFA штамма Sphingopyxis granuli ». Экологическая микробиология . 20 (10): 3671–3683 . doi : 10.1111/1462-2920.14360. ISSN  1462-2912. PMID  30033661. S2CID  51707650.
  12. ^ Лопес-Санчес, А.; Флориано, Б.; Андухар, Э.; Эрнаес, М. Дж.; Сантеро, Э. (2009-11-06). «Гены альдегиддегидрогеназы и -окисления, индуцированные тетралином и регулируемые ThnR, в штамме Sphingomonas macrogolitabida TFA». Прикладная и экологическая микробиология . 76 (1): 110– 118. doi :10.1128/aem.01846-09. ISSN  0099-2240. PMC 2798658. PMID 19897762  . 
  • Страница для suhB в Rfam
Значок заглушки

Эта статья по молекулярной или клеточной биологии — заглушка . Вы можете помочь Википедии, расширив ее.

Взято с "https://en.wikipedia.org/w/index.php?title=SuhB&oldid=1251724155"