НейроЛекс
 | В этой статье есть несколько проблем. Помогите улучшить ее или обсудите эти проблемы на странице обсуждения . ( Узнайте, как и когда удалять эти сообщения )
|
 | |
| Содержание | |
|---|---|
| Описание | Динамический лексикон терминов нейронауки в семантической вики |
Типы собираемых данных | Нейробиология |
| Контакт | |
| Авторы | Мэриэнн Мартон, Стивен Ларсон и другие |
| Доступ | |
| Веб-сайт | https://scicrunch.org/scicrunch/interlex/dashboard |
| Разнообразный | |
| Лицензия |  Creative Commons Attribution 3.0 Непортированная лицензия |
NeuroLex — это словарь концепций нейронауки , поддерживаемый проектом Neuroscience Information Framework , который финансируется NIH Blueprint for Neuroscience Research. [1] Это лексическая часть базы знаний NIF , и NeuroLex призван облегчить обзор литературы и обеспечить единообразие терминологии и ее использование исследователями в темах экспериментальной, клинической и транснациональной нейронауки, а также для генетических и геномных ресурсов. [2] Он структурирован как семантическая вики , использующая Semantic MediaWiki .
NIF обеспечивает доступ к ресурсам, которые имеют отношение к нейронауке, поисковым стратегиям, адаптированным к этой области, и доступ к контенту, который традиционно «скрыт» от поисковых систем . Framework представляет собой перечень баз данных нейронауки, аннотированных и интегрированных с единой системой биомедицинской терминологии (т. е. NeuroLex). NIF поддерживает запросы на основе концепций в различных масштабах биологической структуры и на различных уровнях биологической функции.
В рамках NIF предоставляется поисковый интерфейс для множества различных источников информации и данных по нейронауке. Чтобы сделать этот поиск более эффективным, NIF создает онтологии, помогающие организовать понятия нейронауки в иерархии категорий, например, утверждая, что нейрон — это клетка . Это позволит пользователям выполнять более эффективный поиск, а также организовывать и понимать возвращаемую информацию. Но важным дополнением к этой деятельности является четкое определение всех терминов, которые используются для описания данных.
Содержание
Первоначальные записи в NeuroLex были созданы на основе онтологий NIFSTD, которые включали более ранний словарь BIRNLex. В настоящее время он содержит концепции, охватывающие общую анатомию, клетки нервной системы , субклеточные структуры, заболевания , функции и методы. NIF полагается на вклад сообщества для добавления большего количества контента и исправления текущей информации.
Смотрите также
Примечания и ссылки
- ^ Первоначальный контент для этой статьи был адаптирован из проекта NeuroLex, который лицензирован в соответствии с лицензией Creative Commons Attribution.
- ^ Larson SD, Martone ME (2013). "NeuroLex.org: онлайн-фреймворк для нейронаучных знаний". Frontiers in Neuroinformatics . 7 : 18. doi : 10.3389/fninf.2013.00018 . PMC 3757470. PMID 24009581 .
Дальнейшее чтение
NIF был представлен в специальном выпуске журнала Neuroinformatics , опубликованном в сентябре 2008 года:
- Bug WJ, Ascoli GA, Grethe JS, Gupta A, Fennema-Notestine C, Laird AR, Larson SD, Rubin D, Shepherd GM, Turner JA, Martone ME (сентябрь 2008 г.). «Словари NIFSTD и BIRNLex: построение комплексных онтологий для нейронауки». Neuroinformatics . 6 (3): 175–94. doi :10.1007/s12021-008-9032-z. PMC 2743139 . PMID 18975148. Архивировано из оригинала 12 февраля 2009 г.
- Gardner D, Akil H, Ascoli GA, Bowden DM, Bug W, Donohue DE, Goldberg DH, Grafstein B, Grethe JS, Gupta A, Halavi M, Kennedy DN, Marenco L, Martone ME, Miller PL, Müller HM, Robert A, Shepherd GM, Sternberg PW, Van Essen DC, Williams RW (сентябрь 2008 г.). «Информационная структура нейронауки: среда данных и знаний для нейронауки». Neuroinformatics . 6 (3): 149–60. doi :10.1007/s12021-008-9024-z. PMC 2661130 . PMID 18946742.
- Gardner D, Goldberg DH, Grafstein B, Robert A, Gardner EP (сентябрь 2008 г.). «Терминология для обнаружения данных в нейронауке: многодеревный синтаксис и семантика, полученная исследователем». Neuroinformatics . 6 (3): 161–74. doi :10.1007/s12021-008-9029-7. PMC 2663521 . PMID 18958630.
- Gupta A, Bug W, Marenco L, Qian X, Condit C, Rangarajan A, Müller HM, Miller PL, Sanders B, Grethe JS, Astakhov V, Shepherd G, Sternberg PW, Martone ME (сентябрь 2008 г.). «Федеративный доступ к гетерогенным информационным ресурсам в Neuroscience Information Framework (NIF)». Neuroinformatics . 6 (3): 205–17. doi :10.1007/s12021-008-9033-y. PMC 2689790 . PMID 18958629.
- Halavi M, Polavaram S, Donohue DE, Hamilton G, Hoyt J, Smith KP, Ascoli GA (сентябрь 2008 г.). «Внедрение цифровой нейронауки в NeuroMorpho.Org: плотное покрытие и интеграция с NIF». Neuroinformatics . 6 (3): 241–52. doi :10.1007/s12021-008-9030-1. PMC 2655120 . PMID 18949582.
- Marenco L, Ascoli GA, Martone ME, Shepherd GM, Miller PL (сентябрь 2008 г.). «Брокер NIF LinkOut: веб-ресурс для упрощения интеграции федеративных данных с использованием идентификаторов NCBI». Neuroinformatics . 6 (3): 219–27. doi :10.1007/s12021-008-9025-y. PMC 2704600 . PMID 18975149.
- Marenco L, Li Y, Martone ME, Sternberg PW, Shepherd GM, Miller PL (сентябрь 2008 г.). «Проблемы проектирования пилотного интерфейса запросов на основе концепций для информационной инфраструктуры нейроинформатики». Neuroinformatics . 6 (3): 229–39. doi :10.1007/s12021-008-9035-9. PMC 2664632 . PMID 18953674.
- Müller HM, Rangarajan A, Teal TK, Sternberg PW (сентябрь 2008 г.). «Textpresso для нейронауки: поиск полных текстов тысяч научных работ по нейронауке». Neuroinformatics . 6 (3): 195–204. doi :10.1007/s12021-008-9031-0. PMC 2666735 . PMID 18949581.
Внешние ссылки
Interlex ID (P696) (см. использование )
- Сайт НейроЛекс
- Веб-сайт Neuroscience Information Framework (NIF)
- Веб-сайт Национального института здравоохранения NIF
- Ресурсы по биоинформатике в NeuroLex