Skyline (программное обеспечение)

Горизонт
Разработчик(и)	Брендан X. Маклин и др.
Первоначальный выпуск	17 февраля 2009 г. ; 15 лет назад ( 2009-02-17 )
Стабильный релиз	21.2
Написано в	С#
Операционная система	Окна
Тип	Биоинформатика / Программное обеспечение для масс-спектрометрии
Лицензия	Лицензия Apache 2.0
Веб-сайт	Домашняя страница Skyline

Skyline — это программное обеспечение с открытым исходным кодом для анализа данных целевой протеомики ^[1]^[2] и метаболомики ^{[3] . Оно работает на}Microsoft Windows и поддерживает форматы необработанных данных от нескольких поставщиков масс-спектрометрии. Оно содержит графический пользовательский интерфейс для отображения хроматографических данных для отдельных пептидов или малых молекул-аналитов.

Skyline поддерживает несколько рабочих процессов, включая мониторинг выбранных реакций (SRM) / мониторинг множественных реакций (MRM), ^[4] мониторинг параллельных реакций (PRM), ^[5]^[6] сбор данных, не зависящий от данных (DIA/SWATH) ^[7] и целевое сбор данных, зависящее от данных . ^[8]

Смотрите также

Ссылки

^ MacLean B, Tomazela DM и др. (2010). «Skyline: редактор документов с открытым исходным кодом для создания и анализа целевых экспериментов по протеомике». Биоинформатика . 26 (7): 966–8. doi :10.1093/bioinformatics/btq054. PMC 2844992. PMID 20147306 .
^ Pino L, et al. (2017). «Экосистема Skyline: Информатика для количественной масс-спектрометрической протеомики». Mass Spectrometry Reviews . 39 (3): 229–244. doi :10.1002/mas.21540. PMC 5799042. PMID 28691345 .
^ Адамс К и др. (2020). «Skyline for Small Molecules: A Unifying Software Package for Quantitative Metabolomics». Журнал исследований протеома . 19 (4): 1447–1458. doi : 10.1021/acs.jproteome.9b00640. PMC 7127945. PMID 31984744 .
^ Abbatiello S, et al. (2015). «Масштабное межлабораторное исследование по разработке, аналитической проверке и применению высокомультиплексных количественных пептидных анализов для измерения онкологических белков в плазме». Mol Cell Proteomics . 14 (9): 2357–74. doi : 10.1074/mcp.M114.047050 . PMC 4563721 . PMID 25693799.
^ Шеррод С. и др. (2012). «Количественное определение модификаций белков без использования меток с помощью псевдоселективного мониторинга реакции с внутренними референтными пептидами». Журнал исследований протеома . 11 (6): 3467–79. doi :10.1021/pr201240a. PMC 3368409. PMID 22559222 .
^ Шиллинг Б. и др. (2015). «Мультиплексный, запланированный, высокоразрешающий параллельный мониторинг реакций на полносканирующем QQTOF-приборе с интегрированными зависящими от данных и целевыми масс-спектрометрическими рабочими процессами». Аналитическая химия . 87 (20): 10222–9. doi :10.1021/acs.analchem.5b02983. PMC 5677521. PMID 26398777 .
^ Navarro P, et al. (2016). «Многоцентровое исследование сопоставляет программные инструменты для количественной оценки протеома без меток». Nature Biotechnology . 34 (11): 1130–1136. doi :10.1038/nbt.3685. PMC 5120688 . PMID 27701404.
^ Шиллинг Б. и др. (2012). «Платформонезависимая и безмаркерная количественная оценка протеомных данных с использованием хроматограмм, извлеченных с помощью MS1, в Skyline: применение к ацетилированию и фосфорилированию белков». Mol Cell Proteomics . 11 (5): 202–214. doi : 10.1074/mcp.M112.017707 . PMC 3418851 . PMID 22454539.

Внешние ссылки

Домашняя страница Skyline

[pmid20147306-1] MacLean B, Tomazela DM и др. (2010). «Skyline: редактор документов с открытым исходным кодом для создания и анализа целевых экспериментов по протеомике». Биоинформатика . 26 (7): 966–8. doi :10.1093/bioinformatics/btq054. PMC 2844992. PMID 20147306 .

[pmid28691345-2] Pino L, et al. (2017). «Экосистема Skyline: Информатика для количественной масс-спектрометрической протеомики». Mass Spectrometry Reviews . 39 (3): 229–244. doi :10.1002/mas.21540. PMC 5799042. PMID 28691345 .

[pmid31984744-3] Адамс К и др. (2020). «Skyline for Small Molecules: A Unifying Software Package for Quantitative Metabolomics». Журнал исследований протеома . 19 (4): 1447–1458. doi : 10.1021/acs.jproteome.9b00640. PMC 7127945. PMID 31984744 .

[pmid25693799-4] Abbatiello S, et al. (2015). «Масштабное межлабораторное исследование по разработке, аналитической проверке и применению высокомультиплексных количественных пептидных анализов для измерения онкологических белков в плазме». Mol Cell Proteomics . 14 (9): 2357–74. doi : 10.1074/mcp.M114.047050 . PMC 4563721 . PMID 25693799.

[pmid22559222-5] Шеррод С. и др. (2012). «Количественное определение модификаций белков без использования меток с помощью псевдоселективного мониторинга реакции с внутренними референтными пептидами». Журнал исследований протеома . 11 (6): 3467–79. doi :10.1021/pr201240a. PMC 3368409. PMID 22559222 .

[pmid26398777-6] Шиллинг Б. и др. (2015). «Мультиплексный, запланированный, высокоразрешающий параллельный мониторинг реакций на полносканирующем QQTOF-приборе с интегрированными зависящими от данных и целевыми масс-спектрометрическими рабочими процессами». Аналитическая химия . 87 (20): 10222–9. doi :10.1021/acs.analchem.5b02983. PMC 5677521. PMID 26398777 .

[pmid27701404-7] Navarro P, et al. (2016). «Многоцентровое исследование сопоставляет программные инструменты для количественной оценки протеома без меток». Nature Biotechnology . 34 (11): 1130–1136. doi :10.1038/nbt.3685. PMC 5120688 . PMID 27701404.

[pmid22454539-8] Шиллинг Б. и др. (2012). «Платформонезависимая и безмаркерная количественная оценка протеомных данных с использованием хроматограмм, извлеченных с помощью MS1, в Skyline: применение к ацетилированию и фосфорилированию белков». Mol Cell Proteomics . 11 (5): 202–214. doi : 10.1074/mcp.M112.017707 . PMC 3418851 . PMID 22454539.