Получение данных, независимое от

В масс-спектрометрии метод получения данных , независимый от данных ( DIA ), представляет собой метод определения молекулярной структуры, при котором все ионы в выбранном диапазоне m/z фрагментируются и анализируются на втором этапе тандемной масс-спектрометрии . [1] [2] Тандемные масс-спектры получаются либо путем фрагментации всех ионов, которые попадают в масс-спектрометр в заданное время (так называемый широкополосный DIA), либо путем последовательной изоляции и фрагментации диапазонов m/z . [3] DIA является альтернативой методу получения данных, зависящему от данных (DDA), при котором фиксированное количество исходных ионов выбирается и анализируется с помощью тандемной масс-спектрометрии .

Широкополосный доступ

Одним из первых подходов DIA был метод диссоциации с использованием сопла-скиммера, называемый диссоциацией, вызванной столкновениями дробовика (CID). [4] [5] Фрагментация может происходить в источнике ионов масс-спектрометра путем увеличения напряжения сопла-скиммера при ионизации электрораспылением .

MS E — это широкополосный метод DIA, который использует чередующиеся низкоэнергетические CID и высокоэнергетические CID. Низкоэнергетический CID используется для получения масс-спектров ионов-предшественников , тогда как высокоэнергетический CID используется для получения информации о ионах-продуктах с помощью тандемной масс-спектрометрии. [5]

Анализ данных

Анализ данных обычно является сложной задачей для методов DIA, поскольку полученные спектры фрагментных ионов сильно мультиплексированы. В спектрах DIA, следовательно, прямая связь между ионом-предшественником и его фрагментными ионами теряется, поскольку фрагментные ионы в спектрах DIA могут потенциально быть результатом нескольких ионов-предшественников (любой ион-предшественник, присутствующий в диапазоне m/z, из которого был получен спектр DIA).

Один из подходов к анализу данных DIA пытается использовать поисковые системы на основе баз данных, используемые при получении данных, зависящих от них, для поиска полученных мультиплексированных спектров. [4] [6] Этот подход можно улучшить, назначая отдельные фрагментные ионы ионам-предшественникам, наблюдаемым при сканировании ионов-предшественников, используя профиль элюирования фрагментных ионов и ионов-предшественников, а затем выполняя поиск полученных «псевдоспектров». [5]

Второй подход к анализу данных DIA основан на целевом анализе, также известном как SWATH-MS (последовательное оконное получение всех теоретических спектров масс-спектров фрагментных ионов). [7] Этот подход использует целевое извлечение следов фрагментных ионов непосредственно для идентификации и количественной оценки без явной попытки демультиплексировать спектры фрагментных ионов DIA.

Смотрите также

Ссылки

  1. ^ Doerr, Allison (2014). "DIA масс-спектрометрия". Nature Methods . 12 (1): 35. doi :10.1038/nmeth.3234. ISSN  1548-7091. S2CID  83712891.
  2. ^ Лоу, Кай Понг; Лим, Юн Пин (2014). «Последние достижения в области масс-спектрометрии: независимый от данных анализ и мониторинг гиперреакций». Expert Review of Proteomics . 10 (6): 551– 566. doi :10.1586/14789450.2013.858022. ISSN  1478-9450. PMID  24206228. S2CID  29969570.
  3. ^ Чепмен, Джон Д.; Гудлетт, Дэвид Р.; Масселон, Кристоф Д. (2014). «Мультиплексная и независимая от данных тандемная масс-спектрометрия для глобального профилирования протеома». Обзоры масс-спектрометрии . 33 (6): 452– 470. Bibcode : 2014MSRv...33..452C. doi : 10.1002/mas.21400. ISSN  0277-7037. PMID  24281846.
  4. ^ ab Purvine, Samuel; Eppel, Jason-Thomas; Yi, Eugene C.; Goodlett, David R. (2003). «Диссоциация пептидов, вызванная столкновением дробовика с использованием времяпролетного масс-анализатора». Proteomics . 3 (6): 847– 850. doi :10.1002/pmic.200300362. ISSN  1615-9853. PMID  12833507. S2CID  31639003.
  5. ^ abc Plumb, Robert S.; Johnson, Kelly A.; Rainville, Paul; Smith, Brian W.; Wilson, Ian D.; Castro-Perez, Jose M.; Nicholson, Jeremy K. (2006). "UPLC/MSE; новый подход к получению информации о молекулярных фрагментах для выяснения структуры биомаркеров". Rapid Communications in Mass Spectrometry . 20 (13): 1989– 1994. Bibcode : 2006RCMS...20.1989P. doi : 10.1002/rcm.2550. ISSN  0951-4198. PMID  16755610.
  6. ^ Venable JD, Dong MQ, Wohlschlegel J, Dillin A, Yates JR (2004). «Автоматизированный подход к количественному анализу сложных пептидных смесей из тандемных масс-спектров». Nat. Methods . 1 (1): 39– 45. doi :10.1038/nmeth705. PMID  15782151. S2CID  9780065.
  7. ^ Gillet LC, Navarro P, Tate S, Röst H, Selevsek N, Reiter L, Bonner R, Aebersold R (2012). "Целевое извлечение данных спектров MS/MS, полученных путем получения данных, независимых от данных: новая концепция для последовательного и точного анализа протеома". Mol. Cell. Proteomics . 11 (6): O111.016717. doi : 10.1074/mcp.O111.016717 . PMC 3433915 . PMID  22261725. 

Дальнейшее чтение

  • Бильбао, Айветт; Варезио, Эммануэль; Любан, Джереми; Страмбио-де-Кастилья, Катерина; Хопфгартнер, Жерар; Мюллер, Маркус; Лисачек, Фредерик (2015). «Стратегии обработки и программные решения для получения данных, независимых от данных, в масс-спектрометрии». Протеомика . 15 ( 5– 6): 964– 980. doi : 10.1002/pmic.201400323 . ISSN  1615-9853. PMID  25430050. S2CID  24822571.
Получено с "https://en.wikipedia.org/w/index.php?title=Независимое_от_данных_приобретение&oldid=1216371208"