ProteoWizard

ProteoWizard
Первоначальный выпуск	14 марта 2008 г. ; 16 лет назад ( 2008-03-14 )
Стабильный релиз	3.0
Репозиторий	github.com/ProteoWizard/pwiz ;
Написано в	С++ , С#
Операционная система	Windows (частичная поддержка OS X и Linux )
Тип	Биоинформатика / Программное обеспечение для масс-спектрометрии
Лицензия	Лицензия Apache 2.0
Веб-сайт	proteowizard.sourceforge.net

ProteoWizard — это набор кроссплатформенных инструментов и библиотек с открытым исходным кодом для анализа данных протеомики. ^[1]^[2] Он обеспечивает фреймворк для унифицированного доступа к файлам данных масс-спектрометрии и выполняет стандартные вычисления наборов данных химии и LCMS. В частности, он способен читать многие из специфичных для поставщика, фирменных форматов и преобразовывать данные в открытый формат данных.

На уровне приложений программное обеспечение предоставляет исполняемые файлы для преобразования данных (msConvert, msConvertGUI и idConvert), визуализации данных (msPicture и seeMS), доступа к данным (msAccess, msCat, idCat и msPicture), анализа данных (peekaboo и msPrefix14) и базовых утилит протеомики (chainsaw). Кроме того, проект также размещает программное обеспечение Skyline, которое помогает создавать, получать и анализировать целевые эксперименты по протеомике, такие как эксперименты SRM .

Основными участниками проекта являются исследовательские лаборатории Tabb, MacCoss и Mallick, а также Insilicos. ^[3]

Смотрите также

Ссылки

^ Кесснер, Д.; Чемберс, М.; Берк, Р.; Агус, Д.; Маллик, П. (ноябрь 2008 г.). «ProteoWizard: программное обеспечение с открытым исходным кодом для быстрой разработки инструментов протеомики». Биоинформатика . 24 (21): 2534–6. doi :10.1093/bioinformatics/btn323. PMC 2732273. PMID 18606607 .
^ Chambers, MC.; Maclean, B.; Burke, R.; Amodei, D.; Ruderman, DL.; Neumann, S.; Gatto, L.; Fischer, B.; et al. (октябрь 2012 г.). «Кроссплатформенный набор инструментов для масс-спектрометрии и протеомики». Nat Biotechnol . 30 (10): 918–20. doi :10.1038/nbt.2377. PMC 3471674. PMID 23051804 .
^ ProteoWizard: Команда

Внешние ссылки

Домашняя страница проекта

[Kessner-2008-1] Кесснер, Д.; Чемберс, М.; Берк, Р.; Агус, Д.; Маллик, П. (ноябрь 2008 г.). «ProteoWizard: программное обеспечение с открытым исходным кодом для быстрой разработки инструментов протеомики». Биоинформатика . 24 (21): 2534–6. doi :10.1093/bioinformatics/btn323. PMC 2732273. PMID 18606607 .

[Chambers-2012-2] Chambers, MC.; Maclean, B.; Burke, R.; Amodei, D.; Ruderman, DL.; Neumann, S.; Gatto, L.; Fischer, B.; et al. (октябрь 2012 г.). «Кроссплатформенный набор инструментов для масс-спектрометрии и протеомики». Nat Biotechnol . 30 (10): 918–20. doi :10.1038/nbt.2377. PMC 3471674. PMID 23051804 .

[3] ProteoWizard: Команда