БиоПАКС
BioPAX (Biological Pathway Exchange) — это стандартный язык на основе RDF / OWL для представления биологических путей на молекулярном и клеточном уровне. Его основное применение — содействие обмену данными о путях. Данные о путях отражают наше понимание биологических процессов, но их быстрый рост требует разработки баз данных и вычислительных инструментов для помощи в интерпретации. Однако текущая фрагментация информации о путях во многих базах данных с несовместимыми форматами создает препятствия для ее эффективного использования. BioPAX решает эту проблему, значительно упрощая сбор, индексацию, интерпретацию и распространение данных о путях. BioPAX может представлять метаболические и сигнальные пути, молекулярные и генетические взаимодействия и сети регуляции генов. BioPAX был создан в результате процесса сообщества. Благодаря BioPAX доступны миллионы взаимодействий, организованных в тысячи путей во многих организмах из растущего числа источников. Таким образом, большие объемы данных о путях доступны в вычислимой форме для поддержки визуализации, анализа и биологических открытий.
Поддерживается различными онлайн-базами данных (например, Reactome ) и инструментами. Последняя выпущенная версия — BioPAX Level 3. Также предпринимаются попытки создать версию BioPAX как часть OBO .
Управление и развитие
Следующая версия BioPAX, Level 4, разрабатывается сообществом исследователей. Разработка координируется редакционной коллегией и поддерживается различными рабочими группами BioPAX.
Systems Biology Pathway Exchange (SBPAX) — это расширение для уровня 3 и предложение для уровня 4 для добавления количественных данных и терминов системной биологии (таких как онтология системной биологии ). Экспорт SBPAX был реализован базами данных путей Signaling Gateway Molecule Pages [ 1] и базой данных SABIO-Reaction Kinetics . Импорт SBPAX был реализован фреймворком клеточного моделирования Virtual Cell .
Другие предложения для уровня 4 включают улучшенную поддержку семантической паутины , проверки и визуализации.
Базы данных с BioPAX Export
Онлайн-базы данных, предлагающие экспорт BioPAX, включают:
- Страницы молекул сигнального шлюза (SGMP)
- Реактом
- БиоЦик
- ИНОХ
- Биомодели
- База данных взаимодействия путей Nature/NCI
- Карта раковых клеток
- Путь Commons
- Netpath — кураторский ресурс о путях передачи сигналов у людей
- ConsensusPathDB — база данных, интегрирующая сети функционального взаимодействия человека
- ПАНТЕРА (Список путей)
- WikiPathways
- ФармГКБ / ФармГКБ*
Программное обеспечение
Программное обеспечение, поддерживающее BioPAX, включает:
- Paxtools, Java API для обработки файлов BioPAX
- Systems Biology Linker (Sybil), приложение для визуализации BioPAX и преобразования BioPAX в SBML , как часть Virtual Cell .
- ChiBE (Chisio BioPAX Editor), [2] приложение для визуализации и редактирования BioPAX.
- BioPAX Validator — синтаксические и семантические правила и передовой опыт (wiki проекта)
- Cytoscape включает в себя ридер BioPAX и другие расширения, такие как плагин PathwayCommons и приложение CyPath2.
- BiNoM — плагин cytoscape для сетевого анализа с функциями импорта и экспорта файлов BioPAX уровня 3.
- BioPAX-pattern, API Java для определения и поиска графических шаблонов в файлах BioPAX.
Смотрите также
- СБМЛ
- Связанные открытые словари
Ссылки
- ^ Динасарапу AR; Сондерс Б; Озерлат И; Азам К; Субраманиам С (2010). «Страницы молекул сигнальных шлюзов – перспектива модели данных». Биоинформатика . 27 (12): 1736– 1738. doi :10.1093/bioinformatics/btr190. PMC 3106186. PMID 21505029 .
- ^ Бабур, Озгун, Угур Догрусоз, Эмек Демир и Крис Сандер. «ChiBE: интерактивная визуализация и манипуляция моделями путей BioPAX». Биоинформатика 26, № 3 (2010): 429-431.
Внешние ссылки
- Домашняя страница BioPAX
- BioPAX Sourceforge Wiki
