При условии, что он имеет подходящий контакт с поверхностью электрода (перенос электронов между электродом и белком происходит напрямую) и при условии, что он не денатурирован , белок можно плодотворно исследовать, контролируя ток как функцию потенциала электрода и других экспериментальных параметров.
Могут использоваться различные материалы для электродов. [1] Для работы с мембраносвязанными белками требуются специальные конструкции электродов. [2]
Эксперименты с окислительно-восстановительными белками
Малые окислительно-восстановительные белки, такие как цитохромы и ферредоксины, могут быть исследованы при условии, что их электроактивное покрытие (количество белка, подвергающегося прямому переносу электронов) достаточно велико (на практике больше, чем доля пмоль/см 2 ).
Электрохимические данные, полученные с помощью небольших белков, можно использовать для измерения окислительно-восстановительных потенциалов окислительно-восстановительных участков белка [3], скорости переноса электронов между белком и электродом [4] или скорости химических реакций (таких как протонирование), которые связаны с переносом электронов [5] .
Интерпретация пикового тока и пиковой площади
В эксперименте по циклической вольтамперометрии, проведенном с адсорбированным редокс-белком, окисление и восстановление каждого редокс-сайта отображается в виде пары положительных и отрицательных пиков. Поскольку весь образец окисляется или восстанавливается во время развертки потенциала, пиковый ток и площадь пика должны быть пропорциональны скорости сканирования (наблюдение того, что пиковый ток пропорционален скорости сканирования, доказывает, что редокс-вид, дающий пик, фактически иммобилизован). [3] То же самое справедливо для экспериментов, проведенных с небиологическими редокс-молекулами, адсорбированными на электродах. Теория была в основном разработана французским электрохимиком Этьеном Лавироном в 1980-х годах [4] , [6] , . [7]
Поскольку и этот фарадеевский ток (который возникает в результате окисления/восстановления адсорбированной молекулы), и емкостный ток (который возникает в результате зарядки электрода) увеличиваются пропорционально скорости сканирования, пики должны оставаться видимыми при увеличении скорости сканирования. Напротив, когда окислительно-восстановительный аналит находится в растворе и диффундирует к/от электрода, пиковый ток пропорционален квадратному корню скорости сканирования (см.: уравнение Рэндлса–Севчика ).
Площадь пика
Независимо от скорости сканирования площадь под пиком (в единицах AV) равна , где - число электронов, обмененных при окислении/восстановлении центра, - поверхность электрода, а - электроактивное покрытие (в единицах моль/см 2 ). [3] Последнее, следовательно, можно вывести из площади под пиком после вычитания емкостного тока.
Форма пика
Низкая скорость сканирования
При низкой скорости сканирования не должно быть разделения между окислительными и восстановительными пиками.
Одноэлектронный сайт (например, гем или кластер FeS) дает широкий пик (рис. 1A). Уравнение, которое дает форму и интенсивность пика, следующее:
В идеале пиковое положение находится в обоих направлениях. Пиковый ток равен (он пропорционален скорости сканирования, , и количеству окислительно-восстановительных участков на электроде, ). Идеальная полуширина на полувысоте (HWHH) равна мВ при 20 °C. Неидеальное поведение может привести к тому, что пик будет шире идеального предела.
Форма пика для двухэлектронного окислительно-восстановительного участка (например, флавина ) зависит от стабильности полувосстановленного состояния (рис. 1B). Если полувосстановленное состояние стабильно в широком диапазоне электродного потенциала, сигнал представляет собой сумму двух одноэлектронных пиков (фиолетовая линия на рис. 1B). Если полувосстановленное состояние нестабильно, сигнал представляет собой один пик (красная линия на рис. 1B), который может иметь высоту до четырех раз больше и ширину в два раза меньше одноэлектронного пика. [6] , [8]
Белок, содержащий несколько окислительно-восстановительных центров, должен давать несколько пиков, имеющих одинаковую площадь (масштабируется по ).
Высокая скорость сканирования
Если реакция представляет собой простую реакцию переноса электронов, пики должны оставаться симметричными при высоких скоростях сканирования. Разделение пиков наблюдается при скорости сканирования , где — константа скорости обмена электронов в теории Батлера-Фольмера . Уравнение Лавирона [4] , [8] , [9] предсказывает, что при высоких скоростях сканирования пики разделяются пропорционально . Чем больше или меньше , тем больше разделение пиков. Потенциалы пиков равны , [4] как показано линиями на рис. 2B ( — коэффициент переноса заряда ). Таким образом, изучение экспериментального изменения положения пика в зависимости от скорости сканирования дает информацию о скорости межфазного переноса электронов .
Эффект сопряженных химических реакций
Сопряженные реакции — это реакции, скорость или константа равновесия которых не одинаковы для окисленных и восстановленных форм исследуемого вида. Например, восстановление должно благоприятствовать протонированию ( ): реакция протонирования сопряжена с восстановлением при . Связывание небольшой молекулы (отличной от протона) также может быть сопряжено с окислительно-восстановительной реакцией.
Необходимо рассмотреть два случая в зависимости от того, является ли сопряженная реакция медленной или быстрой (это означает, что временной масштаб сопряженной реакции больше или меньше вольтамперометрического временного масштаба [10] ).
Быстрые химические реакции, сопряженные с переносом электронов (например, протонирование), влияют только на кажущиеся значения и , [7], но пики остаются симметричными. Зависимость от концентрации лиганда (например, зависимость от pH, изображенная на диаграмме Пурбэ ) можно интерпретировать для получения констант диссоциации (например, констант кислотности ) из окисленных или восстановленных форм окислительно-восстановительных видов.
Асимметрия может быть результатом медленных химических реакций, которые связаны с переносом электронов (и управляют им ). Из быстрой сканирующей вольтамперометрии можно получить информацию о скоростях реакций , связанных с переносом электронов. Случай обратимых поверхностных электрохимических реакций, за которыми следуют необратимые химические реакции, был рассмотрен Лавироном в работах [6] , [11], но данные обычно интерпретируются с использованием численного решения соответствующих дифференциальных уравнений. [9]
Эксперименты с окислительно-восстановительными ферментами
Электроактивное покрытие крупных окислительно-восстановительных ферментов (таких как лакказа , гидрогеназа и т. д.) часто слишком мало, чтобы обнаружить какой-либо сигнал в отсутствие субстрата, но электрохимический сигнал усиливается катализом: действительно, каталитический ток пропорционален скорости оборота, умноженной на электроактивное покрытие. Эффект изменения электродного потенциала, pH или концентрации субстратов и ингибиторов и т. д. можно исследовать, чтобы узнать о различных этапах каталитического механизма. [8]
Интерпретация значения каталитического тока
Для фермента, иммобилизованного на электроде, значение тока при определенном потенциале равно , где - число электронов, обмениваемых в каталитической реакции, - поверхность электрода, - электроактивное покрытие, а TOF - частота оборота (или "число оборотов") , то есть число молекул субстрата, преобразуемых в секунду и на молекулу адсорбированного фермента). Последнее можно вывести из абсолютного значения тока только при условии, что оно известно, что бывает редко. Однако информация получается путем анализа относительного изменения тока, которое возникает в результате изменения экспериментальных условий.
Факторами, которые могут влиять на TOF, являются (i) массовый перенос субстрата к электроду, где иммобилизован фермент ( диффузия и конвекция ), (ii) скорость переноса электронов между электродом и ферментом (межфазный перенос электронов) и (iii) «внутренняя» активность фермента, все из которых могут зависеть от потенциала электрода.
Фермент часто иммобилизуется на вращающемся дисковом рабочем электроде (RDE), который быстро вращается, чтобы предотвратить истощение субстрата вблизи электрода. В этом случае массовый перенос субстрата к электроду, где адсорбируется фермент, может не иметь значения.
Стационарный вольтамперометрический отклик
В очень окислительных или очень восстановительных условиях стационарный каталитический ток иногда стремится к предельному значению (плато), которое (при условии отсутствия ограничения массопереноса) относится к активности полностью окисленного или полностью восстановленного фермента соответственно. Если межфазный перенос электронов медленный и если существует распределение скоростей переноса электронов (в результате распределения ориентаций молекул ферментов на электроде), ток продолжает линейно расти с потенциалом вместо того, чтобы достичь плато; в этом случае предельный наклон пропорционален скорости оборота полностью окисленного или полностью восстановленного фермента. [8]
Изменение установившегося тока в зависимости от потенциала часто является сложным (например, не просто сигмоидальным) [12] .
Отклонение от устойчивого состояния
Другой уровень сложности возникает из-за существования медленных окислительно-восстановительных реакций, которые могут изменить активность фермента и заставить реакцию отойти от стационарного состояния. [13] Здесь, медленный означает, что временная шкала (не)активации похожа на вольтамперометрическую временную шкалу [10] . Если используется RDE , эти медленные (не)активации обнаруживаются по гистерезису в каталитической вольтамперограмме, который не обусловлен массопереносом. Гистерезис может исчезнуть при очень высоких скоростях сканирования (если инактивация не успевает произойти) или при очень низких скоростях сканирования (если реакция (не)активации достигает стационарного состояния). [14]
Сочетание вольтамперометрии белковой пленки и спектроскопии
Этот раздел нуждается в расширении . Вы можете помочь, дополнив его. ( Июнь 2019 )
Обычная вольтамперометрия дает ограниченную картину интерфейса фермент-электрод и структуры видов, участвующих в реакции. Дополнение стандартной электрохимии другими методами может дать более полную картину катализа. [15] [16] [17]
Ссылки
^ Jeuken, Lars JC (2016). "Структура и модификация электродных материалов для белковой электрохимии". Биофотоэлектрохимия: от биоэлектрохимии к биофотовольтаике . Достижения в области биохимической инженерии/биотехнологии. Т. 158. Springer, Cham. стр. 43–73. doi :10.1007/10_2015_5011. ISBN9783319506654. PMID 27506830.
^ Jeuken, Lars JC (2009-09-23). "Электроды для интегральных мембранных ферментов". Natural Product Reports . 26 (10): 1234–40. doi :10.1039/b903252e. ISSN 1460-4752. PMID 19779638.
^ abc Бард, Аллен Дж. (2001). Электрохимические методы: основы и применение . Фолкнер, Ларри Р., 1944- (2-е изд.). Нью-Йорк: Wiley. ISBN9780471043720. OCLC 43859504.
^ abcd Laviron, E. (1979). "Общее выражение линейной вольтамперограммы развертки потенциала в случае бездиффузионных электрохимических систем". Журнал электроаналитической химии и межфазной электрохимии . 101 (1): 19–28. doi :10.1016/s0022-0728(79)80075-3.
^ Чен, Кайшэн; Хёрст, Джуди; Камба, Рауль; Бонагура, Кристофер А.; Стаут, К. Дэвид; Берджесс, Барбара. К.; Армстронг, Фрейзер А. (2000-06-15). «Атомно определенный механизм переноса протона в скрытый окислительно-восстановительный центр в белке». Nature . 405 (6788): 814–817. Bibcode :2000Natur.405..814C. doi :10.1038/35015610. ISSN 1476-4687. PMID 10866206. S2CID 4303347.
^ abc Plichon, V.; Laviron, E. (1976). «Теоретическое исследование двухшаговой обратимой электрохимической реакции, связанной с необратимыми химическими реакциями в линейной вольтамперометрии с разверткой потенциала в тонком слое». Журнал электроаналитической химии и межфазной электрохимии . 71 (2): 143–156. doi :10.1016/s0022-0728(76)80030-7.
^ ab Laviron, E. (1980). «Теоретическое исследование электрохимической реакции на поверхности 1e, 1H+ (четырехчленная квадратная схема), когда реакции протонирования находятся в равновесии». Журнал электроаналитической химии и межфазной электрохимии . 109 (1–3): 57–67. doi :10.1016/s0022-0728(80)80106-9.
^ abcd Леже, Кристоф; Бертран, Патрик (2008-07-01). "Прямая электрохимия окислительно-восстановительных ферментов как инструмент для механистических исследований" (PDF) . Chemical Reviews . 108 (7): 2379–2438. doi : 10.1021/cr0680742 . ISSN 0009-2665. PMID 18620368.
^ ab Armstrong, Fraser A.; Camba, Raúl; Heering, Hendrik A.; Hirst, Judy; Jeuken, Lars JC; Jones, Anne K.; Le′ger, Christophe; McEvoy, James P. (2000-01-01). "Быстрые вольтамперометрические исследования кинетики и энергетики сопряженных реакций переноса электронов в белках". Faraday Discussions . 116 (116): 191–203. Bibcode : 2000FaDi..116..191A. doi : 10.1039/b002290j. ISSN 1364-5498. PMID 11197478.
^ ab Savéant, Jean-Michel (2006), Elements of Molecular and Biomolecular Electrochemistry: An Electrochemical Approach to Electron Transfer Chemistry , John Wiley & Sons , стр. 455, doi :10.1002/0471758078, ISBN978-0-471-44573-9
^ Лавирон, Э. (1972). «Влияние адсорбции деполяризатора или продукта электрохимической реакции на полярографические токи». Журнал электроаналитической химии и межфазной электрохимии . 35 (1): 333–342. doi :10.1016/s0022-0728(72)80318-8.
^ Эллиотт, Шон Дж.; Леже, Кристоф; Першад, Харш Р.; Хирст, Джуди; Хеффрон, Керенса; Жине, Николя; Бласко, Фрэнсис; Ротери, Ричард А.; Вайнер, Джоэл Х.; Армстронг, Фрейзер (2002). «Обнаружение и интерпретация оптимумов окислительно-восстановительного потенциала в каталитической активности ферментов». Biochimica et Biophysica Acta (BBA) - Биоэнергетика . 1555 (1–3): 54–59. doi : 10.1016/s0005-2728(02)00254-2 . PMID 12206891.
^ Фурмонд, Винсент; Леже, Кристоф (2017). «Моделирование вольтамперометрии адсорбированных ферментов и молекулярных катализаторов» (PDF) . Current Opinion in Electrochemistry . 1 (1): 110–120. doi :10.1016/j.coelec.2016.11.002.
^ дель Баррио, Мелиса; Сенси, Маттео; Орейн, Кристоф; Бафферт, Кэрол; Дементин, Себастьен; Фурмонд, Венсан; Леже, Кристоф (2018). «Электрохимические исследования гидрогеназ и других ферментов, которые производят и используют солнечное топливо» (PDF) . Accounts of Chemical Research . 51 (3): 769–777. doi :10.1021/acs.accounts.7b00622. ISSN 0001-4842. PMID 29517230. S2CID 3803863.
^ Мургида, Дэниел Х.; Хильдебрандт, Питер (2005). «Окислительно-восстановительные и окислительно-восстановительные процессы гем-протеинов и ферментов на электрохимических интерфейсах». Физическая химия Химическая физика . 7 (22): 3773–84. Bibcode :2005PCCP....7.3773M. doi :10.1039/b507989f. ISSN 1463-9084. PMID 16358026.
^ Эш, Филип А.; Винсент, Кайли А. (2016). Биофотоэлектрохимия: от биоэлектрохимии к биофотовольтаике . Достижения в области биохимической инженерии/биотехнологии. Т. 158. Springer, Cham. стр. 75–110. doi :10.1007/10_2016_3. ISBN9783319506654. PMID 27475648.
^ Корниенко, Николай; Ли, Хоа Х.; Робинсон, Уильям Э.; Хайдари, Нина; Чжан, Дженни З.; Рейснер, Эрвин (1 мая 2019 г.). «Усовершенствованные методы исследования интерфейса фермент–электрод». Accounts of Chemical Research . 52 (5): 1439–1448. doi :10.1021/acs.accounts.9b00087. ISSN 0001-4842. PMC 6533600. PMID 31042353 .