Общество FGED
 | |
| Аббревиатура | ФГЕД |
|---|---|
| Формирование | Ноябрь 1999 г (1999-11) |
| Растворился | Сентябрь 2021 г. (2021-09) |
| Тип | НПО |
| Цель | Научный |
Официальный язык | Английский |
Президент | Фрэнсис Уэллетт |
Главный орган | Совет директоров |
| Веб-сайт | www.fged.org |
Functional GEnomics Data Society ( FGED ) (ранее известное как MGED Society ) было некоммерческой, добровольной международной организацией биологов, компьютерных специалистов и аналитиков данных, которая стремится содействовать биологическим и биомедицинским открытиям посредством интеграции данных. Подход FGED заключался в содействии обмену данными основных исследований, созданными в первую очередь с помощью высокопроизводительных технологий , которые генерируют большие наборы данных в области функциональной геномики .
Члены Общества FGED сотрудничали с другими организациями для поддержки эффективного обмена и воспроизводимости данных функциональной геномики; содействия созданию стандартов и программных инструментов, использующих эти стандарты; и содействия обмену высококачественными, хорошо аннотированными данными в сообществах, занимающихся науками о жизни и биомедициной .
Основанная в 1999 году как «Общество данных по экспрессии генов на микрочипах (MGED)», эта организация изменила свое название на «Общество данных по функциональной геномике» в 2010 году, чтобы отразить тот факт, что она расширила свою деятельность за пределы применения ДНК-микрочипов для анализа экспрессии генов , включив в нее такие технологии, как высокопроизводительное секвенирование . [ необходима ссылка ] Область деятельности Общества FGED включает данные, полученные с использованием любой технологии функциональной геномики при ее применении к исследованиям экспрессии генов, связывания, модификации и другим связанным приложениям в масштабе генома.
В сентябре 2021 года Общество FGED прекратило свою деятельность. [1]
История
Общество FGED было создано в 1999 году на встрече по базам данных экспрессии генов на основе ДНК-микрочипов в знак признания необходимости установления стандартов для обмена и хранения данных экспериментов с ДНК-микрочипами . [ необходима ссылка ] Первоначально названное «Общество MGED», общество изначально сосредоточилось на данных по ДНК-микрочипам и экспрессии генов .
Первоначальное общество MGED было зарегистрировано в 2002 году как некоммерческая организация общественного назначения под названием Microarray Gene Expression Data Society и получило постоянный статус благотворительной организации в 2007 году. [ необходима ссылка ] Название MGED было официально изменено в 2007 году на Microarray and Gene Expression Data Society, чтобы подчеркнуть более широкую сферу деятельности.
В сентябре 2008 года Общество решило позиционировать себя просто как Общество MGED, чтобы расширить сферу деятельности Общества за пределы технологий микрочипов и приложений по экспрессии генов, но при этом сохранить признанную ценность имени MGED в сообществе. [ необходима ссылка ]
В июле 2010 года общество проголосовало за изменение своего названия на «Общество функциональных геномных данных (FGED)», чтобы отразить его текущую миссию, которая выходит за рамки микрочипов и экспрессии генов, чтобы охватить данные, полученные с использованием любой технологии функциональной геномики, применяемой к исследованиям геномной экспрессии, связывания , модификации (например, метилирования ДНК ) и других связанных приложений. Это было официально объявлено 14 июля 2010 года на ежегодном собрании общества «MGED13». [2]
Президенты общества FGED
Члены правления и должностные лица FGED Society избираются ежегодно в мае и начинают исполнять свои обязанности в июне. Президенты FGED Society и сроки их полномочий следующие:
- Фрэнсис Уэллетт (2013–2021)
- Джон Квакенбуш (2011–2013)
- Крис Стокерт (2007–2011)
- Кэтрин Болл (2003–2007)
- Алвис Брасма (1999–2003)
Членство
Совет директоров и Консультативный совет FGED состоят из волонтеров из академических кругов, промышленности, правительства и журналов, представляющих срез тех, кто создает, анализирует, архивирует и публикует в области функциональной геномики. Хотя формального членства нет, участники ежегодных собраний FGED считаются частью сообщества FGED.
Стандарты
На сегодняшний день FGED разработала ряд спецификаций стандартов, относящихся к экспериментам с ДНК-микрочипами. Эти стандарты разработаны для улучшения аннотации, коммуникации и обмена данными и результатами таких экспериментов в сообществе исследователей в области естественных наук.
МИНСЕКЕ
Минимальная информация об эксперименте по высокопроизводительному секвенированию (MINSEQE) — это минимальный стандарт содержания данных , который описывает основную информацию, необходимую для адекватного документирования эксперимента по высокопроизводительному секвенированию с целью интерпретации и воспроизведения результатов. [3]
МАЙАМ
MIAME (Minimal Information About a Microarray Experiment) — это стандарт содержания данных, который описывает существенную информацию, необходимую для адекватного документирования эксперимента с ДНК-микрочипом с целью интерпретации и воспроизведения результатов. Это был первый опубликованный пример минимального информационного стандарта для высокопроизводительных экспериментов в науках о жизни, и как таковой он заложил основу для аналогичных стандартов в других областях бионауки.
MAGE-OM и MAGE-TAB
MAGE-OM (MicroArray Gene Expression Object Model) — стандарт обмена данными и моделирования данных для использования при кодировании данных из экспериментов с микрочипами с целью экспорта и импорта в программные инструменты и базы данных через XML- файлы. MAGE-OM — это платформенно-независимая модель, реализованная в формате MAGE-ML на основе XML.
Новая версия MAGE-TAB была разработана для того, чтобы ее было легче понимать и генерировать производителям данных, поскольку она представлена в формате (с разделителями табуляции ), который можно просматривать и редактировать с помощью широкодоступного программного обеспечения для работы с электронными таблицами, такого как Microsoft Excel . [4]
Онтология MGED
Онтология MGED (MO) предоставляет стандартную терминологию для описания компонентов эксперимента с ДНК-микрочипами. [5] Онтология для биомедицинских исследований (OBI) разрабатывается в качестве замены MO. Доступно отображение терминов онтологии из MO в OBI. [6]
Ежегодная встреча
Важнейшим компонентом усилий Общества FGED стало ежегодное собрание FGED, на котором демонстрировались передовые научные работы и продвигались стандарты. [7]
Общество FGED проводит свои ежегодные встречи по всему миру с 1999 года, координируя работу с местной научной организацией, которая предоставляет пространство для выступлений, стендовых докладов, семинаров и обучающих программ.
Прошедшие заседания Общества FGED
Ниже приведен список дат и мест проведения ежегодных собраний Общества FGED. [8] Все собрания с 2010 года и ранее проводились под названием «Общество MGED».
| Дата | Расположение |
|---|---|
| 20 июня 2013 г. | Сиэтл , Вашингтон, США [9] |
| 25 января 2012 г. | Бостон , Массачусетс, США [10] |
| 15 июля 2010 г. | Бостон , Массачусетс, США (совместно с ISMB ) |
| 8 октября 2009 г. | Финикс, Аризона , США |
| 5 сентября 2008 г. | Рива дель Гарда , Трентино, Италия |
| 5 сентября 2007 г. | Брисбен , Австралия |
| 10 сентября 2006 г. | Сиэтл , Вашингтон, США |
| 13 сентября 2005 г. | Берген , Норвегия |
| 10 сентября 2004 г. | Торонто , Канада |
| 5 сентября 2003 г. | Экс-ан-Прованс , Франция |
| 27 сентября 2002 г. | Plaza Heisei, Одайба , Токио, Япония |
| 31 марта 2001 г. | Стэнфордский университет , Калифорния, США |
| 27 мая 2000 г. | DKFZ и EMBL , Гейдельберг, Германия |
| 15 ноября 1999 г. | EBI , Кембридж, Великобритания |
Смотрите также
Ссылки
- ^ "История общества данных функциональной геномики". FGED Society . Получено 13 февраля 2022 г.
- ^ FGED_Society. "Большие новости: MGED имеет новое название: FGED – Functional Genomics Data Society". Twitter . Получено 10 августа 2010 г.
- ^ Functional Genomics Data Society (июнь 2012 г.). «Минимальная информация о высокопроизводительном эксперименте по секвенированию».
- ^ "MAGE-TAB Homepage". Веб-сайт FGED . Получено 2022-02-13 .
- ^ "Часто задаваемые вопросы по онтологии MGED". Веб-сайт проекта MO . Получено 23.11.2008 .
- ^ "Соответствие терминов между MO и онтологией для биомедицинских исследований". Рабочая группа онтологии MGED . Получено 10 августа 2010 г.
- ^ "Список ежегодных собраний FGED". Веб-сайт FGED . Получено 2022-02-13 .
- ^ "FGED Society Meetings". FGED Society . Получено 13 февраля 2022 г. .
- ^ "FGED 15th International Conference: Translational Genomics: Applications of Genomics to Clinical Diagnosis and Treatment, 20–22 June 2013". FGED.org. Архивировано из оригинала 19 сентября 2015 года . Получено 24 сентября 2014 года .
- ^ "Data Sharing and Integration Best Practices, 25–26 января 2012 г. (только по приглашению)". FGED.org. Архивировано из оригинала 21 августа 2016 г. Получено 29 октября 2014 г.
