Консорциум геномных стандартов
Основные этапы GSC
Основные этапы деятельности Консорциума по геномным стандартам с момента его создания в 2005 году

Консорциум по геномным стандартам (GSC) — это инициатива, направленная на более полное описание нашей коллекции геномов, метагеномов и маркерных генов. Созданное в сентябре 2005 года, [1] это международное сообщество включает представителей ряда крупных центров секвенирования и биоинформатики (включая NCBI , EMBL , DDBJ , JCVI , JGI , EBI , Sanger , FIG) и научно-исследовательских институтов. Целью GSC является продвижение механизмов стандартизации описания (мета)геномов, включая обмен и интеграцию (мета)геномных данных. Количество и темпы проектов по геномному и метагеномному секвенированию будут только увеличиваться по мере того, как использование методов сверхвысокой пропускной способности станет обычным явлением, а стандарты станут жизненно важными для научного прогресса и обмена данными .

Миссия

Стандарты, разработанные сообществом, имеют наилучшие шансы на успех, если они разрабатываются под эгидой международных рабочих групп. Участниками GSC являются биологи, специалисты по информатике, те, кто создает геномные базы данных и проводит крупномасштабные сравнительные геномные анализы, а также те, кто имеет опыт создания стандартов, разработанных сообществом. Миссия GSC заключается в работе с более широким сообществом в направлении:

  • внедрение новых геномных стандартов
  • методы сбора и обмена метаданными
  • гармонизация усилий по сбору и анализу метаданных в рамках более широкого сообщества геномистов

Выполнение этой миссии путем проведения личных встреч, формирования рабочих групп и создания консенсусных продуктов, которые могут быть широко использованы в этом сообществе. Объединение исследователей, работающих в разных системах, для работы над общей проблемой. [2]

MIGS/MIMS/MIMARKS и другие проекты

GSC опубликовал спецификацию «Минимальная информация о последовательности (мета)генома» и теперь завершил спецификацию «Минимальная информация о последовательности окружающей среды». MIGS/MIMS/MIMARKS предоставляет расширение минимальной информации, уже собранной первичными архивами нуклеотидных последовательностей (INSDC или DDBJ/ENA/GenBank). Разработка любого контрольного списка должна быть открытым и итеративным процессом, в котором участвует сбалансированная группа участников. Кроме того, этот процесс разработки должен поддерживаться предоставлением механизмов для достижения соответствия, если контрольный список должен быть принят в качестве инструмента для стандартизации определенной области знаний. Работа по достижению этой цели породила ряд взаимосвязанных проектов, которые более подробно описаны здесь: проекты GSC. К ним относятся язык разметки геномных контекстных данных (GCDML), геномный розеттский камень (GRS), Habitat-Lite. Более новые проекты включают проект M5.

Связи с другими группами

GSC заинтересован в создании и построении связей с другими сообществами. Как указано выше, GSC занимается разработкой онтологии в рамках OBO Foundry. GSC также является одним из основателей сообщества Minimum Information about a Biomedical or Biological Investigation (MIBBI), зонтичного сообщества для поддержки и координации разработки контрольных списков, описывающих Минимальные стандарты информации .

GSC и проект «Микробиом Земли» поддерживают формат файла матрицы биологических наблюдений (BIOM), открытый формат файла на основе JSON для представления произвольных наблюдений с помощью таблиц сопряженности образцов с соответствующими метаданными образцов и наблюдений. [3]

Публикации

GSC ведет список публикаций на своей вики - GSC Publications. Этот список включает отчеты со всех семинаров, статьи из специального выпуска журнала OMICS по стандартам данных и публикации, описывающие спецификации MIGS/MIMS и MIMARKS в журнале Nature Biotechnology (май 2008 и май 2011 соответственно). GSC также опубликовал серию статей "Genomic Standards Consortium and Beyond" в журнале GigaScience . [4] [2]

Ссылки

  1. ^ Field, Dawn; Amaral-Zettler, Linda; Cochrane, Guy; Cole, James R.; Dawyndt, Peter; Garrity, George M.; Gilbert, Jack; Glöckner, Frank Oliver; Hirschman, Lynette; Karsch-Mizrachi, Ilene; Klenk, Hans-Peter (2011-06-21). "Консорциум по геномным стандартам". PLOS Biology . 9 (6): e1001088. doi : 10.1371/journal.pbio.1001088 . ISSN  1545-7885. PMC 3119656.  PMID 21713030  .
  2. ^ ab Schriml, Lynn M (2022-01-01). «Десятилетие GigaScience: 10 лет развития ландшафта геномных и биомедицинских стандартов». GigaScience . 11 : giac047. doi :10.1093/gigascience/giac047. ISSN  2047-217X. PMC 9112763 . PMID  35579551. 
  3. ^ Макдональд, Дэниел; Клементе, Хосе С; Кучински, Джастин; Райдаут, Джай Рам; Стомбо, Джесси; Вендель, Дуг; Вилке, Андреас; Хьюз, Сьюзан; Хафнагл, Джон; Мейер, Фолкер; Найт, Роб (01.12.2012). «Формат матрицы биологических наблюдений (BIOM) или как я научился перестать беспокоиться и полюбил оме-оме». GigaScience . 1 (1): 2047–217X–1–7. doi : 10.1186/2047-217X-1-7 . ISSN  2047-217X. PMC 3626512 . PMID  23587224. 
  4. ^ "Консорциум по геномным стандартам и далее". Oxford Academic . Получено 2022-05-26 .
  • Домашняя страница GSC
  • Часто задаваемые вопросы о GSC
  • проекты GSC
Взято с "https://en.wikipedia.org/w/index.php?title=Консорциум_геномных_стандартов&oldid=1261063584"