Мимивирусы
Семейство вирусов

Мимивирусы
Тупанвирус
Классификация вирусов Редактировать эту классификацию
(без рейтинга):Вирус
Область :Вариднавирия
Королевство:Bamfordvirae
Тип:Нуклеоцитовирикота
Сорт:Мегавирицеты
Заказ:Имитервирусы
Семья:Мимивирусы
Подсемейства и роды

Mimiviridae — это семейство вирусов . Естественными хозяевами служат амебы и другие простейшие . Семейство делится на 4 подсемейства. [1] [2] [3] [4] Вирусы этого семейства принадлежат к кладе нуклеоцитоплазматических больших ДНК-вирусов (NCLDV), также называемых гигантскими вирусами .

Mimiviridae — единственный признанный член порядка Imitervirales . Phycodnaviridae и Pandoraviridae из Algavirales являются сестринскими группами Mimiviridae во многих филогенетических анализах. [5]

История

Первый представитель этого семейства, Mimivirus, был обнаружен в 2003 году [6], а первая полная последовательность генома была опубликована в 2004 году [7]. Однако вирус Mimivirus Cafeteria roenbergensis [8] был выделен и частично охарактеризован в 1995 году [9] , хотя в то время хозяин был идентифицирован неправильно, и вирус был обозначен как BV-PW1 [8] .

Таксономия

Группа: dsDNA

Порядок: Imitervirales

Семейство Mimiviridae в настоящее время делится на три подсемейства. [2] [3] [10]

  • Одно подсемейство (род Mimivirus , предлагаемые названия: Megavirinae или Megamimivirinae ) делится на три «линии»:
    • А — Группа мимивирусов: включает мимивирус Acanthamoeba polyphaga , гирудовирус, мамавирус , вирус Крона, вирус Чечевицы, Терра2, вирус Нимейера, вирус Самба. [11] [12]
    • B — Группа Moumouvirus: включает Moumouvirus, Saudi moumouvirus, Moumouvirus goulette, вирус Monve (он же Moumouvirus monve) и вирус Ochan. [13] [11] [14] [12]
    • C — Группа вирусов Courdo11: включает Mont1, [11] Courdo7, Courdo11, Megavirus chilensis, LBA111, мегавирус озера Повай и Terra1. [15] [16]
Большинство Mimiviridae , по-видимому, принадлежат к этому подсемейству (Mimiviruses). [10]
Иногда его также называют группой Mimiviridae I. [17]

Кроме того, было предложено либо расширить Mimiviridae дополнительной предварительной группой III (подсемейство Mesomimivirinae ), либо классифицировать эту группу как сестринское семейство Mesomimiviridae , [19] включающее в себя унаследованную OLPG (Organic Lake Phycodna Group). Это расширение (или сестринское семейство) может состоять из следующих:

  • Вирус Phaeocystis globosa (PgV, представленный штаммом PgV-16T) и вирус Phaeocystis pouchetii (PpV, например, PpV 01)
  • «Органический озёрный фикоднавирус» 1 и 2 (OLV1, OLV2, хозяева вирофага Органического озера )
  • «Мимивирус озера Йеллоустоун» [12] [20] он же «Фикоднавирус озера Йеллоустоун» 4 (YSLGV4)
  • Вирус Chrysochromulina ericina (CeV, например CeV 01)
  • Вирус Aureococcus anophagefferens ( [21] AaV)
  • Вирус Pyramimonas orientalis (PoV)
  • Вирус Тетраселмис (TetV-1) [22]

Эта группа, по-видимому, тесно связана с Mimiviridae, а не с Phycodnaviridae , и поэтому иногда упоминается как еще один кандидат в подсемейство Mesomimivirinae . Иногда расширенное семейство Mimiviridae упоминается как Megaviridae , хотя это не было признано ICTV; в качестве альтернативы расширенную группу можно называть просто Mimiviridae . [3] [23] [24] [25] [26] [17]

С признанием нового порядка Imitervirales ICTV в марте 2020 года больше нет необходимости расширять семейство Mimiviridae , чтобы включить в него группу вирусов с наблюдаемым высоким разнообразием. Вместо этого расширение (или, по крайней мере, его основную кладу ) можно назвать сестринским семейством Mesomimiviridae . [19]

Хотя только несколько членов этого отряда были подробно описаны, кажется вероятным, что их гораздо больше, ожидающих описания и назначения [27] [28] К неназначенным членам относятся вирус Aureococcus anophagefferens (AaV), CpV-BQ2 и Terra2. [ необходима ссылка ]

Структура

Ультраструктура частиц вируса Бодо сальтанс и ее репликация

[18] Вирусы Mimiviridae имеют икосаэдрическую и круглую геометрию с симметрией между T=972 и T=1141 или T=1200. Диаметр составляет около 400 нм, длина — 125 нм. Геномы линейные и несегментированные, длиной около 1200 кб. Геном имеет 911 открытых рамок считывания. [1]

РодСтруктураСимметрияГеномное расположениеГеномная сегментация
МимивирусИкосаэдрическийТ=972-1141 или Т=1200 (Н=19 +/- 1, К=19 +/- 1)ЛинейныйОднодольный
КлоснеувирусИкосаэдрический
CafeteriavirusИкосаэдрическийТ=499ЛинейныйОднодольный
ТупанвирусХвостатый

Жизненный цикл

Репликация следует модели смещения нитей ДНК. Транскрипция с использованием шаблона ДНК является методом транскрипции. Амеба служит естественным хозяином. [1]

РодПодробности о хозяинеТканевой тропизмПодробности записиПодробности релизаМесто репликацииМесто сборкиПередача инфекции
МимивирусАмебаНиктоНеизвестныйНеизвестныйНеизвестныйНеизвестныйПассивная диффузия
КлоснеувирусмикрозоопланктонНиктоНеизвестныйНеизвестныйНеизвестныйЦитоплазмаПассивная диффузия
CafeteriavirusмикрозоопланктонНиктоНеизвестныйНеизвестныйНеизвестныйЦитоплазмаПассивная диффузия

Молекулярная биология

Три предполагаемых фермента репарации эксцизионных оснований ДНК были охарактеризованы из Mimivirus. [29] Путь репарации эксцизионных оснований (BER) был экспериментально реконструирован с использованием очищенных рекомбинантных белков урацил-ДНК-гликозилазы (mvUDG), AP-эндонуклеазы (mvAPE) и белка ДНК-полимеразы X (mvPolX). [29] При реконструкции in vitro mvUDG, mvAPE и mvPolX функционируют сплоченно для восстановления урацил-содержащей ДНК преимущественно путем репарации эксцизионных оснований с длинными участками, и, таким образом, эти процессы, вероятно, участвуют в пути BER на ранней стадии жизненного цикла Mimivirus. [29]

Клинический

Мимивирусы были связаны с пневмонией, но их значение в настоящее время неизвестно. [30] Единственный вирус этого семейства, выделенный от человека на сегодняшний день, — это LBA 111. [31] В Институте Пастера в Иране (Тегеран) исследователи идентифицировали ДНК мимивируса в образцах бронхоальвеолярного лаважа (БАЛ) и мокроты ребенка-пациента, используя ПЦР в реальном времени (2018). Анализ показал 99% гомологию LBA111, линии C Megavirus chilensis . [32] Поскольку до этого открытия было зарегистрировано всего несколько случаев, легитимность мимивируса как нового инфекционного заболевания у людей остается спорной. [33] [34]

Мимивирус также связан с ревматоидным артритом . [35]

Смотрите также

Ссылки

  1. ^ abc "Viral Zone". ExPASy . Получено 15 июня 2015 г. .
  2. ^ ab ICTV. "Virus Taxonomy: 2014 Release" . Получено 15 июня 2015 г. .
  3. ^ abcde Шульц, Фредерик; Ютин, Наталья; Иванова, Наталья Н.; Ортега, Дави Р.; Ли, Тэ Квон; Фирхейлиг, Джулия; Даймс, Хольгер; Хорн, Маттиас; Вагнер, Михаэль (7 апреля 2017 г.). «Гигантские вирусы с расширенным набором компонентов системы трансляции» (PDF) . Science . 356 (6333): 82– 85. Bibcode :2017Sci...356...82S. doi : 10.1126/science.aal4657 . ISSN  0036-8075. PMID  28386012. S2CID  206655792., идентификатор UCPMS: 1889607, PDF
  4. ^ аб Абрахан, Йонатас; Сильва, Лорена; Сильва, Людмила Сантос; Халил, Жак Якуб Бу; Родригес, Родриго; Арантес, Талита; Ассис, Фелипе; Боратто, Пауло; Андраде, Мигель; Крун, Эрна Гессен; Рибейро, Бергманн; Бержье, Иван; Селигманн, Эрве; Гиго, Эрик; Колсон, Филипп; Левассер, Энтони; Кремер, Гвидо; Рауль, Дидье; Скола, Бернар Ла (27 февраля 2018 г.). «Хвостатый гигантский Тупанвирус обладает наиболее полным трансляционным аппаратом из известных виросферы». Природные коммуникации . 9 (1): 749. Бибкод : 2018NatCo...9..749A. doi : 10.1038/s41467-018-03168-1. PMC 5829246. PMID  29487281 .  Рис. 4 и §Обсуждение: «Учитывая, что тупанвирусы составляют сестринскую группу амебных мимивирусов...»
  5. ^ Бэкстрём Д., Ютин Н., Йоргенсен С.Л., Дхарамши Дж., Хома Ф., Заремба-Недведска К., Спанг А., Вольф Ю.И., Кунин Е.В., Эттема Т.Дж. (2019). «Вирусные геномы из глубоководных отложений расширяют мегавиром океана и поддерживают независимое происхождение вирусного гигантизма». мБио . 10 (2): e02497-18. doi : 10.1128/mBio.02497-18. ПМК 6401483 . ПМИД  30837339. PDF
  6. ^ Suzan-Monti, M; La Scola, B; Raoult, D (2006). «Геномные и эволюционные аспекты Mimivirus». Virus Res . 117 (1): 145–155 . doi :10.1016/j.virusres.2005.07.011. PMID  16181700.
  7. ^ Рауль, Д.; Аудик, С; Роберт, К; Абергель, К; Ренесто, П; Огата, Х; Ла Скола, Б; Сьюзан, М; Клавери, Дж. М. (2004). «Геномная последовательность мимивируса размером 1,2 мегабазы». Наука . 306 (5700): 1344–50 . Бибкод : 2004Sci...306.1344R. дои : 10.1126/science.1101485. PMID  15486256. S2CID  84298461.
  8. ^ abc Маттиас Г. Фишер; Майкл Дж. Аллен; Уильям Х. Уилсон; Кертис А. Саттл (2010). «Гигантский вирус с замечательным набором генов заражает морской зоопланктон». Труды Национальной академии наук . 107 (45): 19508– 13. Bibcode : 2010PNAS..10719508F. doi : 10.1073/pnas.1007615107 . PMC 2984142. PMID  20974979 . 
  9. ^ DR Garza; CA Suttle (1995). «Крупные двухцепочечные ДНК-вирусы, которые вызывают лизис морского гетеротрофного нанофлагеллята (Bodo sp.), встречаются в естественных морских вирусных сообществах». Aquatic Microbial Ecology . 9 (3): 203–210 . doi : 10.3354/ame009203 .
  10. ^ ab Colson P, Fournous G, Diene SM, Raoult D (2013). «Использование кодонов, использование аминокислот, транспортная РНК и амино-ацил-тРНК-синтетазы в мимивирусах». Intervirology . 56 (6): 364–75 . doi : 10.1159/000354557 . PMID  24157883.
  11. ^ abc Гайя М., Бенамар С., Бугалми М., Панье И., Кроче О., Колсон П., Рауль Д., Ла Скола Б. (2014). «Замилон, новый вирофаг со специфичностью хозяина Mimiviridae». ПЛОС ОДИН . 9 (4): е94923. Бибкод : 2014PLoSO...994923G. дои : 10.1371/journal.pone.0094923 . ПМЦ 3991649 . ПМИД  24747414. 
  12. ^ abc См. также Abrahão & et al. 2018, рис. 4 на стр. 5
  13. ↑ Десню С., Ла Скола Б., Ютин Н., Фурнус Г., Роберт С., Азза С., Жардо П., Монтей С., Кампокассо А., Кунин Е.В., Рауль Д. (октябрь 2012 г.). «Провирофаги и трансповироны как разнообразный мобилом гигантских вирусов». Учеб. Натл. акад. наук. США . 109 (44): 18078– 83. Бибкод : 2012PNAS..10918078D. дои : 10.1073/pnas.1208835109 . ПМЦ 3497776 . ПМИД  23071316. 
  14. ^ Ютин Н, Вольф ЮИ, Кунин ЕВ (октябрь 2014). «Происхождение гигантских вирусов от более мелких ДНК-вирусов, а не от четвертого домена клеточной жизни». Вирусология . 466–467 : 38–52 . doi :10.1016/j.virol.2014.06.032. PMC 4325995. PMID  25042053 . 
  15. ^ Гайя М, Панье I, Кампокассо А, Фурнус Дж, Рауль Д, Ла Скола Б (2013). «Широкий спектр вирофагов мимивирусов позволяет выделить их с помощью репортера мимивируса». ПЛОС ОДИН . 8 (4): e61912. Бибкод : 2013PLoSO...861912G. дои : 10.1371/journal.pone.0061912 . ПМЦ 3626643 . ПМИД  23596530. 
  16. ^ Для LBA111 и мегавируса озера Повай см. также Abrahão & et al. 2018, рис. 4 на стр. 5.
  17. ^ ab Zhang W, Zhou J, Liu T, Yu Y, Pan Y, Yan S, Wang Y (октябрь 2015 г.). "Четыре новых генома вирусов водорослей, обнаруженных в метагеномах озера Йеллоустоун". Sci Rep . 5 : 15131. Bibcode : 2015NatSR ... 515131Z. doi : 10.1038/srep15131. PMC 4602308. PMID  26459929. 
  18. ^ ab Deeg, CM; Chow, ECT; Suttle, CA (2018). «Вирус Bodo saltans, инфицирующий кинетопластиды (BsV), окно в мир самых распространенных гигантских вирусов в море». eLife . 7 : e33014. doi : 10.7554/eLife.33014 . PMC 5871332 . PMID  29582753. 
  19. ^ ab Джонатан Файле: Гигантские вирусы и их мобильные генетические элементы: гипотеза молекулярного симбиоза, в: Current Opinion in Virology, Volume 33, декабрь 2018 г., стр. 81–88; bioRxiv  2018/04/11/299784
  20. ^ Полные геномы NCBI: Вирусы, ищите «Йеллоустонское озеро»
  21. ^ Moniruzzaman, Mohammad; LeCleir, Gary R.; Brown, Christopher M.; Gobler, Christopher J.; Bidle, Kay D.; Wilson, William H.; Wilhelm, Steven W. (2014). «Геном вируса коричневого прилива (AaV), маленького гиганта из семейства Megaviridae, объясняет расширение генома NCLDV и коэволюцию вируса-хозяина». Вирусология . 466–467 : 60–70 . doi : 10.1016/j.virol.2014.06.031 . PMID  25035289.
  22. ^ Schvarcz CR, Steward GF (май 2018). «Гигантский вирус, заражающий зеленые водоросли, кодирует ключевые гены ферментации». Вирусология . 518 : 423–433 . doi : 10.1016/j.virol.2018.03.010 . PMID  29649682.
    • «В водах Оаху, Гавайи, обнаружен новый гигантский вирус». ScienceDaily (пресс-релиз). 3 мая 2018 г.
  23. ^ Koonin EV, Krupovic M, Yutin N (апрель 2015 г.). «Эволюция двухцепочечных ДНК-вирусов эукариот: от бактериофагов до транспозонов и гигантских вирусов». Ann. NY Acad. Sci . 1341 (1): 10–24 , см. рисунок 3. Bibcode :2015NYASA1341...10K. doi :10.1111/nyas.12728. PMC 4405056 . PMID  25727355. 
  24. ^ Ютин Н., Колсон П., Рауль Д., Кунин ЕВ. (апрель 2013 г.). «Mimiviridae: кластеры ортологичных генов, реконструкция эволюции репертуара генов и предлагаемое расширение семейства гигантских вирусов». Virol. J. 10 : 106. doi : 10.1186/1743-422X-10-106 . PMC 3620924. PMID  23557328 . 
  25. ^ Блог Каролины Рейес, Кеннета Стедмана: Являются ли вирусы Phaeocystis globosa (OLPG) и фикоднавирус Organic Lake частью семейства Phycodnaviridae или Mimiviridae?, на ResearchGate, 8 января 2016 г.
  26. ^ Маруяма Ф., Уэки С. (2016). «Эволюция и филогения крупных ДНК-вирусов, Mimiviridae и Phycodnaviridae, включая недавно охарактеризованный вирус Heterosigma akashiwo». Front Microbiol . 7 : 1942. doi : 10.3389/fmicb.2016.01942 . PMC 5127864. PMID  27965659 . 
  27. ^ Гедин Э, Клавери Дж. М. (август 2005 г.). «Родственники мимивирусов в Саргассовом море». Вирол. Дж . 2 : 62. arXiv : q-bio/0504014 . Бибкод : 2005q.bio.....4014G. дои : 10.1186/1743-422X-2-62 . ПМЦ 1215527 . ПМИД  16105173. 
  28. ^ Monier A, Claverie JM, Ogata H (2008). "Таксономическое распределение крупных ДНК-вирусов в море". Genome Biol . 9 (7): R106. doi : 10.1186/gb-2008-9-7-r106 . PMC 2530865. PMID  18598358 . 
  29. ^ abc Lad SB, Upadhyay M, Thorat P, Nair D, Moseley GW, Srivastava S, Pradeepkumar PI, Kondabagil K. Биохимическая реконструкция пути эксцизионной репарации мимивирусных оснований. J Mol Biol. 2023 1 сентября;435(17):168188. doi: 10.1016/j.jmb.2023.168188. Epub 2023 26 июня. PMID 37380013
  30. ^ Saadi H, Pagnier I, Colson P, Cherif JK, Beji M, Boughalmi M, Azza S, Armstrong N, Robert C, Fournous G, La Scola B, Raoult D (август 2013 г.). «Первая изоляция Mimivirus у пациента с пневмонией». Clin. Infect. Dis . 57 (4): e127–34. doi : 10.1093/cid/cit354 . PMID  23709652.
  31. ↑ Юсуф Н., Панье I, Фурнус Дж., Роберт С., Ла Скола Б., Рауль Д., Колсон П. (апрель 2014 г.). «Полная последовательность генома вируса Courdo11, члена семейства Mimiviridae». Гены вирусов . 48 (2): 218–23 . doi :10.1007/s11262-013-1016-x. PMID  24293219. S2CID  12038772.
  32. ^ Sakhaee, Fatemeh; Vaziri, Farzam; Bahramali, Golnaz; Davar Siadat, Seyed; Fateh, Abolfazl (октябрь 2020 г.). «Легочная инфекция, связанная с мимивирусом у пациента с первичной цилиарной дискинезией». Emerging Infectious Diseases . 26 (10): 2524– 2526. doi : 10.3201/eid2610.191613 . PMC 7510730. PMID  32946733 . 
  33. ^ La Scola, Bernard; Marrie, Thomas J.; Auffray, Jean-Pierre; Raoult, Didier (март 2005 г.). «Мимивирус у пациентов с пневмонией». Emerging Infectious Diseases . 11 (3): 449–452 . doi : 10.3201/eid1103.040538 . PMC 3298252. PMID  15757563 . 
  34. ^ Саади, Ханене; Панье, Изабель; Колсон, Филипп; Канун Шериф, Джуда; Беджи, Маджед; Бугалми, Мондер; Азза, Саид; Армстронг, Николас; Роберт, Кэтрин; Фурнус, Гислен; Ла Скола, Бернар (24 мая 2013 г.). «Первое выделение мимивируса у больного пневмонией». Клинические инфекционные болезни . 57 (4): е127 – е134 . дои : 10.1093/cid/cit354 . PMID  23709652 – через Oxford Academic.
  35. ^ Шах, Н.; Хульсмайер, AJ; Хоххольд, Н.; Нейдхарт, М.; Гей, С.; Хеннет, Т. (2013). «Воздействие мимивирусного коллагена способствует развитию артрита». Журнал вирусологии . 88 (2): 838–45 . doi :10.1128/JVI.03141-13. ПМЦ 3911627 . ПМИД  24173233. 
Wikispecies содержит информацию, связанную с Mimiviridae .
  • Вирусная зона: Mimiviridae
  • ИКТВ
Взято с "https://en.wikipedia.org/w/index.php?title=Mimiviridae&oldid=1231209729"