Мануэль Корпас (ученый)
Британский исследователь биоинформатики
Мануэль Корпас
Портрет Мануэля Корпаса
Рожденный
Мануэль Корпас Лопес

Малага
Альма-матерУниверситет Наварры
Известный
НаградыИнститут устойчивого развития программного обеспечения 2016
Научная карьера
ПоляБиоинформатика
Геномика
Учреждения
ТезисМодели сворачивания в белковых последовательностях  (2007)
научный руководительТерри Эттвуд
Веб-сайт
  • manuelcorpas.com
  • www.cpm.onl
  • www.ice.cam.ac.uk/about-us/staff-profiles/tutor/dr-manuel-corpas
  • www.unir.net/profesores/manuel-corpas/

Мануэль Корпас — англо-испанский биолог и предприниматель, известный прежде всего своим вкладом в область биоинформатики и геномики . В настоящее время Корпас является главным научным сотрудником кембриджского стартапа Cambridge Precision Medicine, [1] преподавателем в Институте непрерывного образования Кембриджского университета и преподавателем в Universidad Internacional de La Rioja . Мануэль работал над геномом человека с самого начала своей карьеры, став одним из первых потребителей, секвенировавших свой собственный геном и геномы близких родственников, которые он опубликовал как Corpasome. [2] Он занимал должности в Earlham Institute в качестве руководителя проекта и в Wellcome Sanger Institute , где разрабатывал базу данных DECIPHER , которая помогает в диагностике пациентов с редкими геномными заболеваниями.

Образование

Корпас получил степень бакалавра наук по биологии в Университете Наварры в 2000 году. В 2007 году он получил степень доктора философии по биоинформатике в Университете Манчестера под руководством профессора Терри Эттвуд и доктора Стива Петтифера, изучающих эволюционную консервацию складок в белках . [3]

Академическая служба

Во время своей докторской диссертации Корпас основал Международный студенческий совет общества вычислительной биологии (ISCBSC), [4] международную организацию студентов, изучающих вычислительную биологию. Международное общество вычислительной биологии официально утвердило Студенческий совет в 2004 году, а Корпас стал его первым председателем. На сегодняшний день Студенческий совет имеет многочисленные региональные студенческие группы по всему миру, охватывающие многие тысячи студентов в этой области. [5] [6] Корпас также организовал первый симпозиум студенческого совета по вычислительной биологии на Европейской конференции по вычислительной биологии в Мадриде (2005). Кроме того, он был председателем первой конференции по биоинформатике в Африке, организованной Африканским обществом биоинформатики и вычислительной биологии .

Исследования и карьера

После нескольких месяцев работы в Испанском национальном институте биоинформатики в Мадриде под руководством Альфонсо Валенсии и в Европейском институте биоинформатики под руководством Эвана Бирни , Корпас устроился в Институт Уэллкома Сэнгера в качестве разработчика базы данных DECIPHER под руководством доктора Хелен В. Фирт. [7] С тех пор он работает в области исследований генома человека и персональной геномики . Во время своей работы в Институте Уэллкома Сэнгера он изначально сосредоточился на разработке инструментов интеграции и визуализации для интерпретации наборов данных Copy Number Variation. [8] [9] Некоторое время спустя он начал свою работу в «Корпасоме». [10] [11] [12] Он был одним из первых, кто опубликовал в Интернете свой личный генотип из 23andMe , назвав этот процесс «геномным блогингом». [13] Вскоре после этого его семья проанализировала свои генотипы, используя сначала данные 23andMe, а затем технологию человеческого экзома и совсем недавно весь геном. [14] Это привело к ряду важных публикаций в области персональной геномики, [15] выполнению первого краудсорсингового анализа семейства геномов. [16] В конце своего пребывания в Институте Сэнгера он организовал сообщество BioJavaScript (BioJS), став его координатором с 2012 по 2017 год. Сообщество BioJS является крупнейшим на сегодняшний день проектом по предоставлению веб-компонентов с открытым исходным кодом для биологической визуализации. Исследовательская группа Корпаса принимала участие в некоторых из наиболее важных разработок этого сообщества открытого программного обеспечения. [17] [18] [19] BioJS включает в себя усилия ведущих мировых ресурсов, таких как Европейский институт биоинформатики , Лаборатория Беркли , Кембриджский университет и другие. Корпасу удалось получить 5 стажировок для Google Summer of Code , что вывело BioJS на международный уровень.

Корпас также был техническим координатором ELIXIR-UK, [20] британского отделения европейской сети ELIXIR по биоинформатике и ресурсам данных. За время работы в качестве технического координатора ELIXIR он участвовал в разработке лучших практик и стандартизированных показателей для измерения воздействия ресурсов данных по всей Европе. За это время он также участвовал в работе Глобальной организации по обучению, образованию и подготовке в области биоинформатики, [21] [22] выступая в качестве председателя их технического комитета и разрабатывая их учебный портал, который предоставляет открытые учебные ресурсы для сообщества биоинформатики.

Помимо работы в Cambridge Precision Medicine, Мануэль является преподавателем в Институте непрерывного образования Кембриджского университета [23] , а также преподает онлайн-курсы по точной медицине на английском и испанском языках. Мануэль имеет более 50 рецензируемых научных публикаций на свое имя [24] и книгу Perfect DNA [25] , в которой он исследует более широкие вопросы, выходящие за рамки науки генетического секвенирования.

Награды и почести

Корпас является членом Института устойчивости программного обеспечения [ 26] и частым докладчиком на всемирно известных мероприятиях в области геномики, таких как Фестиваль геномики в Лондоне, BioData West, Всемирный форум долголетия и другие. Он был включен в каталог как один из ведущих людей в Малаге (Испания), оказывающих влияние на мир. [27]

Ссылки

  1. ^ "CPM - Домашняя страница". www.cpm.onl . Получено 2019-09-04 .
  2. ^ Корпас, Мануэль (2013). "Corpasome". figshare. doi :10.6084/m9.figshare.693052.v3 . Получено 04.09.2019 . {{cite journal}}: Цитировать журнал требует |journal=( помощь )
  3. ^ Корпас, Мануэль (2007). Паттерны складывания в белковых последовательностях (диссертация). Манчестерский университет. doi :10.6084/m9.figshare.964811.v1.
  4. ^ Корпас, Мануэль (август 2005 г.). «Ученые и общества». Nature . 436 (7054): 1204. doi : 10.1038/nj7054-1204b . ISSN  0028-0836. PMID  16144051. S2CID  186242202.
  5. ^ "ISCB-SC RSGs" . Получено 1 февраля 2017 г.
  6. ^ Macintyre, Geoff (2013). «Программа региональных студенческих групп студенческого совета ISCB: истории с дороги». PLOS Computational Biology . 9 (9): e1003241. Bibcode : 2013PLSCB...9E3241M. doi : 10.1371/journal.pcbi.1003241 . PMC 3784494. PMID  24098107 . 
  7. ^ www-core (webteam). "Helen V Firth". www.sanger.ac.uk . Получено 04.09.2019 .
  8. ^ Firth HV, Richards SM, Bevan AP, Clayton S, Corpas M и др. (апрель 2009 г.). "DECIPHER: База данных хромосомного дисбаланса и фенотипа у людей с использованием ресурсов Ensembl". Am. J. Hum. Genet . 84 (4): 524–33. doi :10.1016/j.ajhg.2009.03.010. PMC 2667985. PMID  19344873 . 
  9. ^ Swaminathan GJ; Bragin E; Chatzimichali EA; Corpas M; et al. (2012). «DECIPHER: сетевой ресурс сообщества для клинической интерпретации редких вариантов нарушений развития». Hum. Mol. Genet . 21 (R1): R37–R44. doi :10.1093/hmg/dds362. PMC 3459644. PMID 22962312  . 
  10. ^ Corpas M , Cariaso M, Coletta A, Weiss D, Harrison AP, Moran F, Yang H (12 ноября 2013 г.). «Полный набор данных по геномике семей, являющийся общественным достоянием». bioRxiv 10.1101/000216 . 
  11. ^ Corpas, Manuel (2013). «Краудсорсинг Corpasome». Исходный код для биологии и медицины . 8 (1): 13. doi : 10.1186/1751-0473-8-13 . PMC 3706263. PMID  23799911 . 
  12. ^ Corpas M, Valdivia-Granda W, Torres N, Greshake B, Coletta A, Knaus A, Harrison AP, Cariaso M, Moran F, Nielsen F, Swan D, Weiss Solis DY, Krawitz P, Schacherer F, Schols P, Yang H, Borry P, Glusman G, Robinson PN (ноябрь 2015 г.). "Краудсорсинговый прямой геномный анализ семейного квартета для потребителей". BMC Genomics . 16 (910): 910. doi : 10.1186/s12864-015-1973-7 . PMC 4636840 . PMID  26547235. 
  13. ^ Корпас, Мануэль (2012). «Манифест геномного блоггера». ГигаСайенс . 1 (1): 15. дои : 10.1186/2047-217X-1-15 . ПМЦ 3626510 . ПМИД  23587446. 
  14. ^ "Corpasome at BMC". blogs.biomedcentral.com . 28 июня 2013 г. Получено 29 сентября 2020 г.
  15. ^ Corpas M (июнь 2012 г.). «Семейный опыт персональной геномики». Журнал генетического консультирования . 21 (3): 386–391. doi :10.1007/s10897-011-9473-7. PMC 134180. PMID  22223063 . 
  16. ^ «Keeping It in the family». www.sciencemag.org . Получено 13 августа 2012 г. .
  17. ^ Корпус ; Хименес, Рафаэль; Карбон, Сет Дж; Гарсиа, Алекс; Гарсия, Лейла; Гольдберг, Татьяна; Гомес, Джон; Кальдеримис, Алексис; Льюис, Сюзанна Э; Малвани, Ян; Павлик, Александра; Роуленд, Фрэнсис; Салазар, Густаво; Шрайбер, Фабиан; Силлито, Ян; Спунер, Уильям Х; Спасибо, Анил; Вильявесес, Хосе М; Ячдав, Гай; Хермякоб, Хеннинг (2014). «BioJS: стандарт с открытым исходным кодом для биологической визуализации – его статус в 2014 году». F1000Исследования . 3 : 55. doi : 10.12688/f1000research.3-55.v1 . ISSN  2046-1402. PMC 4103492. PMID  25075290 . 
  18. ^ Тханки, Анил С.; Каим, Шабхонам; Корпас, Мануэль ; Дэйви, Роберт П. (2014). «DNAContentViewer — компонент BioJS для визуализации контента GC/AT». F1000Research . 3 : 54. doi : 10.12688/f1000research.3-54.v1 . ISSN  2046-1402.
  19. ^ Thanki, Anil S.; Jimenez, Rafael C.; Kaithakottil, Gemy G.; Corpas, Manuel ; Davey, Robert P. (2014). "wigExplorer, компонент BioJS для визуализации данных о париках". F1000Research . 3 : 53. doi : 10.12688/f1000research.3-53.v2 . ISSN  2046-1402. PMC 5054804. PMID  27781080 . 
  20. ^ "ELIXIR-UK – Инфраструктура наук о жизни Великобритании для биологической информации" . Получено 04.09.2019 .
  21. ^ "Комитеты | GOBLET". www.mygoblet.org . 16 ноября 2014 г. Получено 24 августа 2016 г.
  22. ^ Corpas, M. ; Jimenez, RC; Bongcam-Rudloff, E. ; Budd, A.; Brazas, MD; Fernandes, PL; van Gelder, C.; Korpelainen, E.; Lewitter, F.; McGrath, A.; MacLean, D.; Palagi, P.; Rother, K.; Taylor, J.; Via, A.; Watson, M.; Schneider, MV; Attwood, TK (2015). «Учебный портал GOBLET: глобальный репозиторий учебных материалов, курсов и тренеров по биоинформатике». Bioinformatics . 31 (1): 140–142. doi :10.1093/bioinformatics/btu601. PMC 4271145 . PMID  25189782. 
  23. ^ "Manuel Corpas - Institute of Continuing Education (ICE)". ice.cam.ac.uk . 12 июля 2018 г. Получено 29 сентября 2020 г.
  24. ^ "Manuel Corpas - Google Scholar Citations". scholar.google.com . Получено 2019-09-04 .
  25. ^ Мануэль Корпас (2016). Идеальная ДНК . Кембридж: ДНКдайджест. ISBN 978-1539783725.
  26. ^ "Fellow Software Sustainability Institute". software.ac.uk . 2016 . Получено 29-09-2020 .
  27. ^ Хой, Малага (10 апреля 2016 г.). «Лос нумерос 1 малагеньос». Малага Хой (на испанском языке) . Проверено 4 сентября 2019 г.
Retrieved from "https://en.wikipedia.org/w/index.php?title=Manuel_Corpas_(scientist)&oldid=1213641705"