БиоJS
БиоJS
Первоначальный выпуск2012
Репозиторий
  • github.com/biojs/biojs
Написано вJavaScript
ТипБиоинформатика
ЛицензияАпач 2
Веб-сайтbiojs.net

BioJS — это проект с открытым исходным кодом для биоинформатических данных в Интернете. [1] Его цель — разработать библиотеку компонентов JavaScript с открытым исходным кодом для визуализации биологических данных. [2] BioJS разрабатывает и поддерживает небольшие строительные блоки (компоненты), которые могут быть повторно использованы другими. Для обнаружения доступных компонентов BioJS поддерживает реестр Архивировано 13.03.2018 на Wayback Machine .

История

Первая версия BioJS была выпущена в 2012 году Джоном Гомесом Карвахалом. Она была разработана как библиотека веб-компонентов JavaScript для представления биологических данных в веб-приложениях. Версия 2.0 включала полную переработку библиотеки и была выпущена в 2014 году как проект Google Summer of Code под руководством Мануэля Корпаса и разработанная Дэвидом Дао и Себастьяном Вильцбахом. С тех пор в проект внесли свой вклад более 100 человек. В настоящее время в реестре BioJS доступно более 150 компонентов.

Избранный список опубликованных компонентов

  • Просмотрщик DAG [3]
  • Просмотрщик содержимого ДНК [4]
  • Просмотрщик функций [5]
  • HeatMapViewer [6]
  • Анализ межрудных расстояний [7]
  • Интерминировать конечные точки [8]
  • KEGGViewer [9]
  • Взаимодействие ИПН [10]
  • PsicquicGraph [11]
  • Последовательность [12]
  • wigExplorer [13]
  • деревоВиджет [14]

Учреждения, использующие BioJS

Смотрите также

Ссылки

  1. ^ Корпус ; Хименес, Рафаэль; Карбон, Сет Дж; Гарсиа, Алекс; Гарсия, Лейла; Гольдберг, Татьяна; Гомес, Джон; Кальдеримис, Алексис; Льюис, Сюзанна Э; Малвани, Ян; Павлик, Александра; Роуленд, Фрэнсис; Салазар, Густаво; Шрайбер, Фабиан; Силлито, Ян; Спунер, Уильям Х; Спасибо, Анил; Вильявесес, Хосе М; Яхдав, Гай; Хермякоб, Хеннинг (2014). «BioJS: стандарт с открытым исходным кодом для биологической визуализации – его статус в 2014 году». F1000Исследования . 3 : 55. doi : 10.12688/f1000research.3-55.v1 . ISSN  2046-1402. PMC  4103492. PMID  25075290 .
  2. ^ "BioJS Vision and Mission". BioJS. Архивировано из оригинала 10 августа 2014 года . Получено 29 августа 2014 года .
  3. ^ Калдеримис, Алексис; Степан, Радек; Салливан, Джули; Лайн, Рэйчел; Лайн, Майкл; Миклем, Гос (2014). «BioJS DAGViewer: повторно используемый компонент JavaScript для отображения направленных графов». F1000Research . 3 : 51. doi : 10.12688/f1000research.3-51.v1 . ISSN  2046-1402. PMC 3945768 . PMID  24627804. 
  4. ^ Тханки, Анил С.; Каим, Шабхонам; Корпас, Мануэль ; Дэйви, Роберт П. (2014). «DNAContentViewer — компонент BioJS для визуализации контента GC/AT». F1000Research . 3 : 54. doi : 10.12688/f1000research.3-54.v1 . ISSN  2046-1402.
  5. ^ Гарсия, Лейла; Яхдав, Гай; Мартин, Мария-Хесус (2014). "FeatureViewer, компонент BioJS для визуализации аннотаций на основе позиции в последовательностях белков". F1000Research . 3 : 47. doi : 10.12688/f1000research.3-47.v2 . ISSN  2046-1402. PMC 3983936 . PMID  24741440. 
  6. ^ Яхдав, Гай; Хехт, Максимилиан; Пасманик-Чор, Метсада; Йехескель, Адва; Рост, Буркхард (2014). "HeatMapViewer: интерактивное отображение 2D-данных в биологии". F1000Research . 3 : 48. doi : 10.12688/f1000research.3-48.v1 . ISSN  2046-1402. PMC 4023661. PMID  24860644 . 
  7. ^ Калдеримис, Алексис; Степан, Радек; Салливан, Джули; Лайн, Рэйчел; Лайн, Майкл; Миклем, Гос (2014). "Анализ списков BioJS InterMine: компонент BioJS для отображения графического или статистического анализа коллекций элементов из конечных точек InterMine". F1000Research . 3 : 45. doi : 10.12688/f1000research.3-45.v1 . ISSN  2046-1402.
  8. ^ Калдеримис, Алексис; Степан, Радек; Салливан, Джули; Лайн, Рэйчел; Лайн, Майкл; Миклем, Гос (2014). "Компонент BioJS InterMineTable: компонент BioJS для отображения данных из конечных точек веб-сервиса, совместимых с InterMine". F1000Research . 3 : 46. doi : 10.12688/f1000research.3-46.v1 . ISSN  2046-1402.
  9. ^ Вильявесес, Хосе М.; Хименес, Рафаэль К.; Хаберманн, Бьянка Х. (2014). "KEGGViewer, компонент BioJS для визуализации путей KEGG". F1000Research . 3 : 43. doi : 10.12688/f1000research.3-43.v1 . ISSN  2046-1402. PMC 3954160. PMID  24715980 . 
  10. ^ Салазар, Густаво А.; Мейнтьес, Эйтон; Малдер, Никола (2014). «Макеты PPI: компоненты BioJS для отображения белок-белковых взаимодействий». F1000Research . 3 : 50. doi : 10.12688/f1000research.3-50.v1 . ISSN  2046-1402. PMC 4103490. PMID  25075288 . 
  11. ^ Villaveces, Jose M.; Jimenez, Rafael C.; Habermann, Bianca H. (2014). "PsicquicGraph, компонент BioJS для визуализации молекулярных взаимодействий с серверов PSICQUIC". F1000Research . 3 : 44. doi : 10.12688 /f1000research.3-44.v1 . ISSN  2046-1402. PMC 4097353. PMID  25075287. 
  12. ^ Гомес, Джон; Хименес, Рафаэль (2014). «Sequence, компонент BioJS для визуализации последовательностей». F1000Research . 3 : 52. doi : 10.12688/f1000research.3-52.v1 . ISSN  2046-1402. PMC 4103491. PMID 25075289  . 
  13. ^ Thanki, Anil S.; Jimenez, Rafael C.; Kaithakottil, Gemy G.; Corpas, Manuel ; Davey, Robert P. (2014). "wigExplorer, компонент BioJS для визуализации данных о париках". F1000Research . 3 : 53. doi : 10.12688/f1000research.3-53.v2 . ISSN  2046-1402. PMC 5054804. PMID  27781080 . 
  14. ^ Шрайбер, Фабиан (2014). "treeWidget: компонент BioJS для визуализации филогенетических деревьев". F1000Research . 3 : 49. doi : 10.12688/f1000research.3-49.v1 . ISSN  2046-1402.
  • Официальный сайт
  • Biojs на GitHub
Взято с "https://en.wikipedia.org/w/index.php?title=BioJS&oldid=1211880381"