Белок 2 домена связывания метил-CpG

МБД2
Доступные структуры
ПДБ	Поиск ортолога: PDBe RCSB
Список идентификационных кодов PDB
	2L2L
Идентификаторы
Псевдонимы	MBD2 , DMTase, NY-CO-41, белок 2 домена связывания метил-CpG
Внешние идентификаторы	ОМИМ : 603547; МГИ : 1333813; гомологен : 2918; Генные карты : MBD2; OMA :MBD2 — ортологи
Расположение гена ( человек )
Хр.	Хромосома 18 (человек)
Конец	54,224,669 п.н.
Расположение гена ( Мышь )
Хр.	Хромосома 18 (мышь)
Конец	70,759,202 п.н.
Паттерн экспрессии РНК
	Верх выражен в
	эпителий десны; ; миндалина; ; эпителий толстой кишки; ; полость рта; ; клетки костного мозга; ; околоушная железа; ; белые кровяные клетки; ; икроножный нерв; ; слизистая оболочка пищевода; ; моноцит;
	Верх выражен в
	эпителий уретры; ; гранулоцит; ; Ячейка Панета; ; эпителий мужской уретры; ; эпителий женской уретры; ; волосяной фолликул; ; аортальный клапан; ; восходящая аорта; ; губа; ; подчелюстная железа;
	Больше данных по справочным выражениям
	; ;
	Больше данных по справочным выражениям
Генная онтология
Молекулярная функция	Связывание ДНК с цис-регуляторной областью РНК-полимеразы II, специфичное для последовательности; связывание ДНК; специфическое связывание домена белка; связывание метил-CpG; Связывание домена цинкового пальца C2H2; связывание хроматина; связывание белков; связывание siRNA; связывание нуклеосомной ДНК; связывание сателлитной ДНК; связывание мРНК;
Клеточный компонент	цитоплазма; комплекс гистондеацетилазы; гетерохроматин; хроматин; ядро; нуклеоплазма; цитозоль; белок-содержащий комплекс;
Биологический процесс	регуляция транскрипции, ДНК-шаблонная; отрицательная регуляция транскрипции РНК-полимеразой II; транскрипция, ДНК-шаблон; позитивная регуляция сигнального пути Wnt; регуляция пролиферации клеточной популяции; материнское поведение; негативная регуляция транскрипции, ДНК-шаблон; старение; реакция на механический раздражитель; реакция на эстрадиол; клеточный ответ на органическое циклическое соединение; реакция на уровень питательных веществ; реакция на органическое циклическое соединение; позитивная регуляция связывания хроматина; развитие сердца; развитие эмбриональных органов; рДНК гетерохроматиновая сборка; регуляция метилирования ДНК; Сборка гетерохроматина, зависящая от метилирования ДНК;
	Источники:Amigo/QuickGO
Ортологи
	8932
	17191
	ENSG00000134046
	ENSMUSG00000024513
	Q9UBB5
	Q9Z2E1
	NM_015832 ; NM_003927
	NM_010773 ; NM_001311071
	НП_003918 ; НП_056647 ; НП_056647.1
	NP_001298000 ; NP_034903
	Викиданные
Просмотр/редактирование человека	Просмотр/редактирование мыши

Protein-coding gene in the species Homo sapiens

Белок 2 домена связывания метил-CpG — это белок , который у людей кодируется геном MBD2 . [ ^5]^[6]

Функция

Метилирование ДНК является основной модификацией эукариотических геномов и играет важную роль в развитии млекопитающих. Человеческие белки MECP2 , MBD1 , MBD2 , MBD3 и MBD4 составляют семейство ядерных белков, связанных наличием в каждом домена связывания метил-CpG (MBD). Каждый из этих белков, за исключением MBD3, способен специфически связываться с метилированной ДНК. MECP2, MBD1 и MBD2 также могут подавлять транскрипцию с метилированных промоторов генов. Белок, кодируемый этими генами, может функционировать как медиатор биологических последствий сигнала метилирования. Также сообщается, что MBD2 и MBD3 привлекают комплекс NuRD к областям ДНК в зависимости от их селективного связывания метилированных участков CpG. Таким образом, MBD2/NuRD и MBD3/NuRD определяют два различных белковых комплекса с различными биохимическими и функциональными свойствами. ^[7]

Взаимодействия

Было показано, что белок 2 домена связывания метил-CpG взаимодействует с:

GATAD2B , ^[8]^[9]
HDAC1 , ^[8]^[10]^[11]
Гистондеацетилаза 2 , ^[8]^[10]^[11]
МБД3 ^[11]^[12]
МИЗФ , ^[13] и
SIN3A . ^[14]

Ссылки

^ abc GRCh38: Ensembl выпуск 89: ENSG00000134046 – Ensembl , май 2017 г.
^ abc GRCm38: Ensembl выпуск 89: ENSMUSG00000024513 – Ensembl , май 2017 г.
^ "Human PubMed Reference:". Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США .
^ "Mouse PubMed Reference:". Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США .
^ Хендрих Б., Бёрд А. (ноябрь 1998 г.). «Идентификация и характеристика семейства белков, связывающих метил-CpG млекопитающих». Mol Cell Biol . 18 (11): 6538– 47. doi : 10.1128/mcb.18.11.6538. PMC 109239. PMID 9774669.
^ Хендрих Б., Эбботт К., Маккуин Х., Чемберс Д., Кросс С., Берд А. (сентябрь 1999 г.). «Геномная структура и хромосомное картирование генов Mbd1, Mbd2, Mbd3 и Mbd4 у мышей и человека». Геном Mamm . 10 (9): 906– 12. doi :10.1007/s003359901112. PMID 10441743. S2CID 819148.
^ Guezennec, Xavier; et al. (2006). "MBD2/NuRD и MBD3/NuRD, два различных комплекса с различными биохимическими и функциональными свойствами". Молекулярная и клеточная биология . 26 (3): 843– 851. doi :10.1128/MCB.26.3.843-851.2006. PMC 1347035. PMID 16428440 .
^ abc Brackertz M, Boeke J, Zhang R, Renkawitz R (октябрь 2002 г.). «Два высокородственных белка p66 составляют новое семейство мощных репрессоров транскрипции, взаимодействующих с MBD2 и MBD3». J. Biol. Chem . 277 (43): 40958– 66. doi : 10.1074/jbc.M207467200 . PMID 12183469.
^ Feng Q, Cao R, Xia L, Erdjument-Bromage H, Tempst P, Zhang Y (январь 2002 г.). «Идентификация и функциональная характеристика компонентов p66/p68 комплекса MeCP1». Mol. Cell. Biol . 22 (2): 536– 46. doi : 10.1128 /mcb.22.2.536-546.2002. PMC 139742. PMID 11756549.
^ ab Ng HH, Zhang Y, Hendrich B, Johnson CA, Turner BM, Erdjument-Bromage H, Tempst P, Reinberg D, Bird A (сентябрь 1999 г.). "MBD2 — это транскрипционный репрессор, принадлежащий комплексу гистондеацетилазы MeCP1". Nat. Genet . 23 (1): 58– 61. doi : 10.1038/12659. hdl : 1842/684 . PMID 10471499. S2CID 6147725.
^ abc Zhang Y, Ng HH, Erdjument-Bromage H, Tempst P, Bird A, Reinberg D (август 1999). «Анализ субъединиц NuRD выявляет комплекс ядра гистондеацетилазы и связь с метилированием ДНК». Genes Dev . 13 (15): 1924– 35. doi :10.1101/gad.13.15.1924. PMC 316920. PMID 10444591 .
^ Jiang CL, Jin SG, Pfeifer GP (декабрь 2004 г.). «MBD3L1 — это транскрипционный репрессор, который взаимодействует с метил-CpG-связывающим белком 2 (MBD2) и компонентами комплекса NuRD». J. Biol. Chem . 279 (50): 52456– 64. doi : 10.1074/jbc.M409149200 . PMID 15456747.
^ Sekimata M, Takahashi A, Murakami-Sekimata A, Homma Y (ноябрь 2001 г.). «Участие нового белка цинкового пальца, MIZF, в репрессии транскрипции путем взаимодействия с белком, связывающим метил-CpG, MBD2». J. Biol. Chem . 276 (46): 42632– 8. doi : 10.1074/jbc.M107048200 . PMID 11553631.
^ Boeke J, Ammerpohl O, Kegel S, Moehren U, Renkawitz R (ноябрь 2000 г.). «Минимальный репрессивный домен MBD2b перекрывается с доменом связывания метил-CpG и напрямую связывается с Sin3A». J. Biol. Chem . 275 (45): 34963– 7. doi : 10.1074/jbc.M005929200 . PMID 10950960.

Дальнейшее чтение

Scanlan MJ, Chen YT, Williamson B, Gure AO, Stockert E, Gordan JD, Türeci O, Sahin U, Pfreundschuh M, Old LJ (1998). "Характеристика антигенов рака толстой кишки человека, распознаваемых аутологичными антителами". Int. J. Cancer . 76 (5): 652– 8. doi : 10.1002/(SICI)1097-0215(19980529)76:5<652::AID-IJC7>3.0.CO;2-P . PMID 9610721.
Zhang Y, LeRoy G, Seelig HP, Lane WS, Reinberg D (1998). «Специфический для дерматомиозита аутоантиген Mi2 является компонентом комплекса, содержащего гистондеацетилазу и активность ремоделирования нуклеосом». Cell . 95 (2): 279– 89. doi : 10.1016/S0092-8674(00)81758-4 . PMID 9790534. S2CID 18786866.
Tong JK, Hassig CA, Schnitzler GR, Kingston RE, Schreiber SL (1998). «Деацетилирование хроматина комплексом ремоделирования АТФ-зависимых нуклеосом». Nature . 395 (6705): 917– 21. Bibcode :1998Natur.395..917T. doi :10.1038/27699. PMID 9804427. S2CID 4355885.
Bhattacharya SK, Ramchandani S, Cervoni N, Szyf M (1999). "Белок млекопитающих со специфической деметилазной активностью для mCpG ДНК". Nature . 397 (6720): 579– 83. Bibcode :1999Natur.397..579B. doi :10.1038/17533. PMID 10050851. S2CID 4408031.
Zhang Y, Ng HH, Erdjument-Bromage H, Tempst P, Bird A, Reinberg D (1999). «Анализ субъединиц NuRD выявляет комплекс ядра гистондеацетилазы и связь с метилированием ДНК». Genes Dev . 13 (15): 1924– 35. doi :10.1101/gad.13.15.1924. PMC 316920. PMID 10444591 .
Ng HH, Zhang Y, Hendrich B, Johnson CA, Turner BM, Erdjument-Bromage H, Tempst P, Reinberg D, Bird A (1999). "MBD2 является транскрипционным репрессором, принадлежащим к комплексу гистондеацетилазы MeCP1". Nat. Genet . 23 (1): 58– 61. doi :10.1038/12659. hdl : 1842/684 . PMID 10471499. S2CID 6147725.
Tatematsu KI, Yamazaki T, Ishikawa F (2000). «Комплекс MBD2-MBD3 связывается с полуметилированной ДНК и образует комплекс, содержащий DNMT1 в фокусах репликации в поздней S-фазе». Genes Cells . 5 (8): 677– 88. doi : 10.1046/j.1365-2443.2000.00359.x . PMID 10947852. S2CID 25185979.
Boeke J, Ammerpohl O, Kegel S, Moehren U, Renkawitz R (2001). "Минимальный репрессивный домен MBD2b перекрывается с доменом связывания метил-CpG и напрямую связывается с Sin3A". J. Biol. Chem . 275 (45): 34963– 7. doi : 10.1074/jbc.M005929200 . PMID 10950960.
Humphrey GW, Wang Y, Russanova VR, Hirai T, Qin J, Nakatani Y, Howard BH (2001). "Стабильные комплексы гистондеацетилазы, отличающиеся наличием белков домена SANT CoREST/kiaa0071 и Mta-L1". J. Biol. Chem . 276 (9): 6817– 24. doi : 10.1074/jbc.M007372200 . PMID 11102443.
Feng Q, Zhang Y (2001). «Комплекс MeCP1 подавляет транскрипцию посредством предпочтительного связывания, ремоделирования и деацетилирования метилированных нуклеосом». Genes Dev . 15 (7): 827–32 . doi :10.1101/gad.876201. PMC 312663. PMID 11297506.
Sekimata M, Takahashi A, Murakami-Sekimata A, Homma Y (2001). "Участие нового белка цинкового пальца, MIZF, в репрессии транскрипции путем взаимодействия с белком, связывающим метил-CpG, MBD2". J. Biol. Chem . 276 (46): 42632– 8. doi : 10.1074/jbc.M107048200 . PMID 11553631.
Müller-Tidow C, Kügler K, Diederichs S, Klümpen S, Möller M, Vogt U, Metzger R, Schneider PM, Berdel WE, Serve H (2001). "Потеря экспрессии белков домена связывания метил-CpG, рекрутирующих HDAC, при раке человека". Br. J. Cancer . 85 (8): 1168– 74. doi :10.1054/bjoc.2001.2041. PMC 2375156 . PMID 11710831.
Feng Q, Cao R, Xia L, Erdjument-Bromage H, Tempst P, Zhang Y (2002). «Идентификация и функциональная характеристика компонентов p66/p68 комплекса MeCP1». Mol. Cell. Biol . 22 (2): 536– 46. doi :10.1128/MCB.22.2.536-546.2002. PMC 139742 . PMID 11756549.
Bakker J, Lin X, Nelson WG (2002). «Метилл-CpG-связывающий доменный белок 2 подавляет транскрипцию с гиперметилированных промоторов гена глутатион-S-трансферазы класса пи в клетках гепатоцеллюлярной карциномы». J. Biol. Chem . 277 (25): 22573– 80. doi : 10.1074/jbc.M203009200 . PMID 11960994.
Saito M, Ishikawa F (2002). «Домен связывания mCpG человеческого MBD3 не связывается с mCpG, но взаимодействует с компонентами NuRD/Mi2 HDAC1 и MTA2». J. Biol. Chem . 277 (38): 35434– 9. doi : 10.1074/jbc.M203455200 . PMID 12124384.
Detich N, Theberge J, Szyf M (2002). "Промотор-специфическая активация и деметилирование с помощью MBD2/деметилазы". J. Biol. Chem . 277 (39): 35791– 4. doi : 10.1074/jbc.C200408200 . PMID 12177048.
Brackertz M, Boeke J, Zhang R, Renkawitz R (2002). «Два тесно связанных белка p66 составляют новое семейство мощных репрессоров транскрипции, взаимодействующих с MBD2 и MBD3». J. Biol. Chem . 277 (43): 40958– 66. doi : 10.1074/jbc.M207467200 . PMID 12183469.
Krithivas A, Fujimuro M, Weidner M, Young DB, Hayward SD (2002). «Взаимодействие белков, направленное на ассоциированный с латентностью ядерный антиген герпесвируса, ассоциированного с саркомой Капоши, с клеточными хромосомами». J. Virol . 76 (22): 11596– 604. doi :10.1128/JVI.76.22.11596-11604.2002. PMC 136775. PMID 12388720 .

[refGRCh38Ensembl-1] GRCh38: Ensembl выпуск 89: ENSG00000134046 – Ensembl , май 2017 г.

[refGRCm38Ensembl-2] GRCm38: Ensembl выпуск 89: ENSMUSG00000024513 – Ensembl , май 2017 г.

[3] "Human PubMed Reference:". Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США .

[4] "Mouse PubMed Reference:". Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США .

[pmid9774669-5] Хендрих Б., Бёрд А. (ноябрь 1998 г.). «Идентификация и характеристика семейства белков, связывающих метил-CpG млекопитающих». Mol Cell Biol . 18 (11): 6538– 47. doi : 10.1128/mcb.18.11.6538. PMC 109239. PMID 9774669.

[pmid10441743-6] Хендрих Б., Эбботт К., Маккуин Х., Чемберс Д., Кросс С., Берд А. (сентябрь 1999 г.). «Геномная структура и хромосомное картирование генов Mbd1, Mbd2, Mbd3 и Mbd4 у мышей и человека». Геном Mamm . 10 (9): 906– 12. doi :10.1007/s003359901112. PMID 10441743. S2CID 819148.

[Guezennec-7] Guezennec, Xavier; et al. (2006). "MBD2/NuRD и MBD3/NuRD, два различных комплекса с различными биохимическими и функциональными свойствами". Молекулярная и клеточная биология . 26 (3): 843– 851. doi :10.1128/MCB.26.3.843-851.2006. PMC 1347035. PMID 16428440 .

[pmid12183469-8] Brackertz M, Boeke J, Zhang R, Renkawitz R (октябрь 2002 г.). «Два высокородственных белка p66 составляют новое семейство мощных репрессоров транскрипции, взаимодействующих с MBD2 и MBD3». J. Biol. Chem . 277 (43): 40958– 66. doi : 10.1074/jbc.M207467200 . PMID 12183469.

[pmid11756549-9] Feng Q, Cao R, Xia L, Erdjument-Bromage H, Tempst P, Zhang Y (январь 2002 г.). «Идентификация и функциональная характеристика компонентов p66/p68 комплекса MeCP1». Mol. Cell. Biol . 22 (2): 536– 46. doi : 10.1128 /mcb.22.2.536-546.2002. PMC 139742. PMID 11756549.

[pmid10471499-10] Ng HH, Zhang Y, Hendrich B, Johnson CA, Turner BM, Erdjument-Bromage H, Tempst P, Reinberg D, Bird A (сентябрь 1999 г.). "MBD2 — это транскрипционный репрессор, принадлежащий комплексу гистондеацетилазы MeCP1". Nat. Genet . 23 (1): 58– 61. doi : 10.1038/12659. hdl : 1842/684 . PMID 10471499. S2CID 6147725.

[pmid10444591-11] Zhang Y, Ng HH, Erdjument-Bromage H, Tempst P, Bird A, Reinberg D (август 1999). «Анализ субъединиц NuRD выявляет комплекс ядра гистондеацетилазы и связь с метилированием ДНК». Genes Dev . 13 (15): 1924– 35. doi :10.1101/gad.13.15.1924. PMC 316920. PMID 10444591 .

[pmid15456747-12] Jiang CL, Jin SG, Pfeifer GP (декабрь 2004 г.). «MBD3L1 — это транскрипционный репрессор, который взаимодействует с метил-CpG-связывающим белком 2 (MBD2) и компонентами комплекса NuRD». J. Biol. Chem . 279 (50): 52456– 64. doi : 10.1074/jbc.M409149200 . PMID 15456747.

[pmid11553631-13] Sekimata M, Takahashi A, Murakami-Sekimata A, Homma Y (ноябрь 2001 г.). «Участие нового белка цинкового пальца, MIZF, в репрессии транскрипции путем взаимодействия с белком, связывающим метил-CpG, MBD2». J. Biol. Chem . 276 (46): 42632– 8. doi : 10.1074/jbc.M107048200 . PMID 11553631.

[pmid10950960-14] Boeke J, Ammerpohl O, Kegel S, Moehren U, Renkawitz R (ноябрь 2000 г.). «Минимальный репрессивный домен MBD2b перекрывается с доменом связывания метил-CpG и напрямую связывается с Sin3A». J. Biol. Chem . 275 (45): 34963– 7. doi : 10.1074/jbc.M005929200 . PMID 10950960.