LRRC40
| LRRC40 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Идентификаторы | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Псевдонимы | LRRC40 , dJ677H15.1, богатый лейцином повтор, содержащий 40 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Внешние идентификаторы | MGI : 1914394; HomoloGene : 9825; GeneCards : LRRC40; OMA :LRRC40 - ортологи | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Викиданные | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Богатый лейцином повтор, содержащий 40 (LRRC40) — это белок , который у людей кодируется геном LRRC40 . [5]
Распространение видов
LRRC40 сохраняется во всех его ортологах . Весь белок высококонсервативен у млекопитающих, в то время как в остальных ортологах высокая степень консерватизма наблюдается в повторах, богатых лейцином. [6] Ортологи были обнаружены вплоть до алой морской анемоны, а гомологи были обнаружены у бактерий и архей с использованием BLAST . [7] В следующей таблице приведена информация о гомологах LRRC40.
| Род Вид | Общее название организма | Дивергенция от людей (MYA) [8] | Присоединение мРНК NCBI | Сходство последовательностей [7] | Длина белка | Общее название гена |
|---|---|---|---|---|---|---|
| Хомо сапиенс [9] | Люди | -- | NM_017768 | 100% | 602 | LRRC40 |
| Пан троглодиты [10] | Обыкновенный шимпанзе | 6.4 | XM_513483 | 99% | 602 | Гипотетический белок |
| Понго абели [11] | Орангутанг | 15.8 | NM_001131180 | 99% | 602 | LRRC40 |
| Макака пучковая [12] | Длиннохвостая макака | 30.2 | АВ179219 | 99% | 602 | Полный LRRC40 |
| Callithrix jacchus [13] | Обыкновенная мартышка | 43,9 | XM_002750952.1 | 99% | 602 | Прогноз: LRRC40 |
| Сус скрофа [14] | Дикий кабан | 92.5 | XM_003127928 | 96% | 602 | Предсказано: белок, подобный LRRC40 |
| Мышечная мышца [15] | Мышь | 94.1 | NM_024194 | 92% | 602 | LRRC40 |
| Монодельфис домашний [16] | Опоссум | 160.2 | XM_001379417 | 86% | 598 | Гипотетический белок |
| Галлус галлус [17] | Курица | 274,8 | NM_001031295 | 85% | 603 | LRRC40 |
| Taeniopygia guttata [18] | Зебровая амадина | 274,8 | XM_002188367 | 85% | 605 | Прогноз: LRRC40 |
| Xenopus (Silurana) тропический [19] | Западная когтистая лягушка | 389,7 | NM_001011310 | 80% | 605 | LRRC40 |
| Данио рерио [20] | Зебрафиш | 444.3 | NM_199862 | 83% | 601 | LRRC40 |
| Салмо салар [21] | Лосось | 444.3 | БТ043621 | 82% | 600 | LRRC40 |
| Nematostella vectensis [22] | Алая актиния | 830.3 | XM_001640230 | 66% | 602 | Предсказанный белок |
| Кулекс пятиполосый [23] | Южный домовой комар | 838.3 | XM_001842697.1 | 58% | 612 | LRRC40 |
Ген
LRRC40 расположен на отрицательной цепи ДНК (см. Смысл (молекулярная биология) ) хромосомы 1 от 70 611 483 до 70 671 223. [24] Ген производит мРНК из 2958 пар оснований . В гене человека есть 15 предсказанных экзонов [9] с четырьмя другими моделями сплайсинга, предсказанными на GeneCards Базой данных альтернативных сплайсов. [25]
Джин соседство
LRRC40 соседствует ниже по течению с LRRC7 (70 225 888 - 70 587 570) на положительной цепи ДНК и выше по течению с SRSF11 (70 687 320-70 716 488) на положительной цепи ДНК.
Экспрессия генов
LRRC40 экспрессируется между 50-м и 100-м процентилем почти в каждой ткани организма. [26]
Белок
Хотя точная функция белка LRRC40 пока не ясна, считается, что он участвует в белок-белковых взаимодействиях, поскольку он является членом семейства белков с богатыми лейциновыми повторами , которые, как известно, участвуют в белок-белковых взаимодействиях . [27]
Характеристики
LRRC40 — это белок из 602 аминокислот с молекулярной массой 68,254 кДа и изоэлектрической точкой 6,04. [28] Ожидается, что LRRC40 локализуется в ядре [29] и не имеет трансмембранных доменов для прикрепления к ядерной мембране . LRRC40 имеет много предсказанных участков фосфорилирования . Из 19 предсказанных участков фосфосерина только два сохраняются в ортологах. [30] Этими двумя участками являются S38 и S391.
Структура белка
Вторичная структура белка имеет узор в областях лейциновых повторов. Каждый лейциновый повтор имеет β-слой и α-спираль . Изображение справа показывает особую подковообразную структуру белка с множеством богатых лейцином повторов. В зависимости от области, где расположены LRR, другие белки могут связываться внутри изгиба подковы или прикрепляться к внешней стороне белка.
Взаимодействие белков
Согласно Genecards, LRRC40 имеет 756 возможных взаимодействий белков . [25] Эти взаимодействия основаны на результатах в базе данных Molecular Interaction, которая предоставила два возможных взаимодействия белков. Два белка описаны в таблице ниже.
| Аббревиатура | Название белка | Присоединение белка NCBI | Местоположение сотовой связи | Функция |
|---|---|---|---|---|
| CDC5L | Белок, подобный 5-му циклу деления клеток | NP_001244 | ядро | Регуляция транскрипции и процессинг мРНК [32] |
| SNW1 | Белок, взаимодействующий с лыжами | NP_036377.1 | ядро | Обработка мРНК [33] |
Ссылки
- ^ abc GRCh38: Ensembl выпуск 89: ENSG00000066557 – Ensembl , май 2017 г.
- ^ abc GRCm38: Ensembl выпуск 89: ENSMUSG00000063052 – Ensembl , май 2017 г.
- ^ "Human PubMed Reference:". Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США .
- ^ "Mouse PubMed Reference:". Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США .
- ^ "Ген Энтреза: повтор, богатый лейцином, содержащий 40".
- ^ Chenna R, Sugawara H, Koike T, Lopez R, Gibson TJ, Higgins DG, Thompson JD (июль 2003 г.). «Множественное выравнивание последовательностей с помощью программ серии Clustal». Nucleic Acids Res . 31 (13): 3497– 500. doi :10.1093/nar/gkg500. PMC 168907. PMID 12824352.
- ^ ab "NCBI BLAST".
- ^ «Древо времени».
- ^ ab "NCBI Nucleotide: NM_017768.4". 24 июня 2018 г.
- ^ "NCBI Nucleotide: XP_513483". 20 марта 2018 г.
- ^ "NCBI Nucleotide: NM_001131180". 19 февраля 2022 г.
- ^ "NCBI Nucleotide: AB179219". 6 октября 2006 г.
- ^ "NCBI Nucleotide: XM_002750952.1". 18 мая 2010 г.
- ^ "NCBI Nucleotide: XM_003127928". 13 мая 2017 г.
- ^ "NCBI Nucleotide: NM_024194". 13 августа 2022 г.
- ^ "NCBI Nucleotide: XM_001379417". 27 апреля 2016 г.
- ^ "NCBI Nucleotide: NM_001031295". 9 марта 2022 г.
- ^ "NCBI Nucleotide: XM_002188367". 12 февраля 2013 г.
- ^ "NCBI Nucleotide: NM_001011310". 19 июня 2021 г.
- ^ "NCBI Nucleotide: NM_199862". 20 ноября 2021 г.
- ^ "NCBI Nucleotide: BT043621". 24 ноября 2009 г.
- ^ "NCBI Nucleotide: XM_001640230". 31 января 2009 г.
- ^ "NCBI Nucleotide: XM_001842697.1". Декабрь 2009 г.
- ^ "Ген NCBI: 55631".
- ^ ab "GeneCards: LRRC40".
- ^ ab "Профили GEO: LRRC40 GDS596".
- ^ Kobe B, Kajava AV (декабрь 2001 г.). «The leucine-rich repeat as a protein recognize motif». Curr. Opin. Struct. Biol . 11 (6): 725– 32. doi :10.1016/S0959-440X(01)00266-4. PMID 11751054.
- ^ "ExPASy: Compute PI/Mw". Архивировано из оригинала 2003-07-23.
- ^ «PSORTII: Инструмент локализации белков».[ постоянная мертвая ссылка ]
- ^ «NetPhos 2.0 Server: Прогнозирование фосфорилирования».
- ^ "NCBI MMDB: Inla S192n G194S" .
- ^ "MINT: CDC5L". Архивировано из оригинала 2013-02-18.
- ^ "MINT: SNW1". Архивировано из оригинала 2013-02-18.
