SNW1

SNW1
Идентификаторы
Псевдонимы	SNW1 , Bx42, NCOA-62, PRPF45, Prp45, SKIIP, SKIP, домен SNW, содержащий 1, SKIP1, FUN20
Внешние идентификаторы	ОМИМ : 603055; МГИ : 1913604; гомологен : 56557; Генные карты : SNW1; OMA :SNW1 — ортологи
Расположение гена ( человек )
Хр.	Хромосома 14 (человек)
Конец	77,761,207 п.н.
Расположение гена ( Мышь )
Хр.	Хромосома 12 (мышь)
Конец	87,519,044 п.н.
Паттерн экспрессии РНК
	Верх выражен в
	эпителий носоглотки; ; околоушная железа; ; Ахиллово сухожилие; ; амниотическая жидкость; ; париетальная плевра; ; сухожилие двуглавой мышцы плеча; ; зародышевый эпителий; ; трабекулярная кость; ; большеберцовая кость; ; полая вена;
	Верх выражен в
	почечное тельце; ; Эпителий сосудистого сплетения; ; пигментный эпителий сетчатки; ; собирательный проток мозгового вещества; ; мочеточник; ; двигательный нейрон; ; верхнечелюстной выступ; ; примитивная черта; ; желудочковая зона; ; генитальный бугорок;
	Больше данных по справочным выражениям
	; ;
	Больше данных по справочным выражениям
Генная онтология
Молекулярная функция	активность корепрессора транскрипции; активность коактиватора транскрипции; Связывание выемки; связывание белков; связывание рецептора ретиноевой кислоты; Связывание SMAD; связывание рецептора витамина D; Связывание РНК; связывание ферментов; связывание андрогеновых рецепторов;
Клеточный компонент	каталитический шаг 2 сплайсосома; ядерная матрица; нуклеоплазма; комплекс факторов элонгации положительной транскрипции циклин/CDK; сплайсосомный комплекс; ядро; ядерное тело; сплайсосомный комплекс после высвобождения мРНК; ядерная пылинка; Сплайсосома каталитического шага 2 типа U2;
Биологический процесс	Сигнальный путь Notch; клеточный ответ на ретиноевую кислоту; позитивная регуляция сигнального пути рецептора трансформирующего фактора роста бета; внутренний апоптотический сигнальный путь в ответ на повреждение ДНК медиаторами класса p53; регуляция транскрипции, ДНК-шаблонная; позитивная регуляция сплайсинга мРНК через сплайсосому; регуляция сигнального пути рецептора ретиноевой кислоты; регуляция транскрипции РНК-полимеразой II; процессинг мРНК; регуляция сигнального пути рецептора витамина D; отрицательная регуляция транскрипции РНК-полимеразой II; позитивная регуляция нейрогенеза; сигнальный путь рецептора ретиноевой кислоты; положительная регуляция метилирования гистона H3-K4; Сплайсинг РНК; позитивная регуляция сигнального пути рецептора витамина D; инициация транскрипции с промотора РНК-полимеразы II; вирусный процесс; негативная регуляция транскрипции, ДНК-шаблон; позитивная регуляция хозяином вирусной транскрипции; положительная регуляция транскрипции РНК-полимеразой II; транскрипция, ДНК-шаблон; сплайсинг мРНК через сплайсосому; генерация каталитической сплайсосомы для второго этапа переэтерификации; позитивная регуляция транскрипции целевого рецептора Notch; позитивная регуляция сигнального пути Notch;
	Источники:Amigo/QuickGO
Ортологи
	22938
	66354
	ENSG00000100603
	ENSMUSG00000021039
	Q13573
	Q9CSN1
	NM_012245 ; NM_001318844
	NM_025507
	NP_001305773 ; NP_036377
	NP_079783
	Викиданные
Просмотр/редактирование человека	Просмотр/редактирование мыши

Ген, кодирующий белок у вида Homo sapiens

Белок 1, содержащий домен SNW, представляет собой белок , который у людей кодируется геном SNW1 . [ ^5]^[6]^[7]

Функция

Этот ген, член семейства генов SNW, кодирует коактиватор, который усиливает транскрипцию с некоторых промоторов Pol II. Этот коактиватор может связываться с лиганд-связывающим доменом рецептора витамина D и с ретиноидными рецепторами для усиления экспрессии генов, опосредованной витамином D, ретиноевой кислотой, эстрогеном и глюкокортикоидами. Он также может функционировать как фактор сплайсинга, взаимодействуя с поли(А)-связывающим белком 2, чтобы напрямую контролировать экспрессию мышечно-специфических генов на уровне транскрипции. Наконец, белок может быть вовлечен в онкогенез, поскольку он взаимодействует с областью онкопротеинов SKI, которая необходима для трансформирующей активности. ^[7]

Взаимодействия

Было показано, что SNW1 взаимодействует с:

ЦИР , ^[8]
Рецептор кальцитриола , ^[6]^[9]
Гистондеацетилаза 2 , ^[8]
Матери против декапентаплегического гомолога 2 , ^[10]
Матери против декапентаплегического гомолога 3 , ^[10]
ВЫЕМКА1 ^[11]^[12]
Ядерный рецепторный корепрессор 2 , ^[8]^[11]
Коактиватор ядерного рецептора 1 , ^[9]
ПАБПН1 , ^[13]
РБПЖ , ^[8]^[11]
Белок ретинобластомы , ^[14] и
Белок SKI . ^[15]^[16]^[10]

Ссылки

^ abc GRCh38: Ensembl выпуск 89: ENSG00000100603 – Ensembl , май 2017 г.
^ abc GRCm38: Ensembl выпуск 89: ENSMUSG00000021039 – Ensembl , май 2017 г.
^ "Human PubMed Reference:". Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США .
^ "Mouse PubMed Reference:". Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США .
^ Фолк П., Пута Ф, Крпейсова Л, Благускова А, Маркос А, Рабино М, Доттин Р.П. (ноябрь 1996 г.). «Гомолог белка, связывающего хроматин Bx42, идентифицированный в Dictyostelium». Джин . 181 ( 1–2 ): 229–31 . doi :10.1016/S0378-1119(96)00483-0. ПМИД 8973337.
^ ab Baudino TA, Kraichely DM, Jefcoat SC, Winchester SK, Partridge NC, MacDonald PN (июнь 1998 г.). «Выделение и характеристика нового белка-коактиватора NCoA-62, участвующего в транскрипции, опосредованной витамином D». Журнал биологической химии . 273 (26): 16434– 41. doi : 10.1074/jbc.273.26.16434 . PMID 9632709.
^ ab "Ген Entrez: домен SNW1 SNW, содержащий 1".
^ abcd Чжоу С., Фуджимуро М., Се Дж. Дж., Чен Л., Хейворд С.Д. (февраль 2000 г.). «Роль SKIP в активации EBNA2 промоторов, репрессированных CBF1». Журнал вирусологии . 74 (4): 1939–47 . doi :10.1128/jvi.74.4.1939–1947.2000. ПМК 111672 . ПМИД 10644367.
^ ab Zhang C, Baudino TA, Dowd DR, Tokumaru H, Wang W, MacDonald PN (ноябрь 2001 г.). «Тройные комплексы и кооперативное взаимодействие между взаимодействующим белком NCoA-62/Ski и коактиваторами стероидных рецепторов в транскрипции, опосредованной рецептором витамина D». Журнал биологической химии . 276 (44): 40614– 20. doi : 10.1074/jbc.M106263200 . PMID 11514567.
^ abc Leong GM, Subramaniam N, Figueroa J, Flanagan JL, Hayman MJ, Eisman JA, Kouzmenko AP (май 2001 г.). «Ski-взаимодействующий белок взаимодействует с белками Smad для усиления трансформирующего фактора роста-бета-зависимой транскрипции». Журнал биологической химии . 276 (21): 18243– 8. doi : 10.1074/jbc.M010815200 . PMID 11278756.
^ abc Zhou S, Fujimuro M, Hsieh JJ, Chen L, Miyamoto A, Weinmaster G, Hayward SD (апрель 2000 г.). «SKIP, белок, ассоциированный с CBF1, взаимодействует с доменом повтора анкирина NotchIC для облегчения функции NotchIC». Молекулярная и клеточная биология . 20 (7): 2400– 10. doi :10.1128/mcb.20.7.2400-2410.2000. PMC 85419. PMID 10713164.
^ Beatus P, Lundkvist J, Oberg C, Pedersen K, Lendahl U (июнь 2001 г.). «Происхождение области повтора анкирина во внутриклеточных доменах Notch имеет решающее значение для регуляции активности промотора HES». Механизмы развития . 104 ( 1– 2): 3– 20. doi : 10.1016/s0925-4773(01)00373-2 . PMID 11404076.
^ Kim YJ, Noguchi S, Hayashi YK, Tsukahara T, Shimizu T, Arahata K (май 2001 г.). «Продукт гена окулофарингеальной мышечной дистрофии, поли(А)-связывающий белок 2, взаимодействует с SKIP и стимулирует экспрессию мышечно-специфических генов». Human Molecular Genetics . 10 (11): 1129– 39. doi : 10.1093/hmg/10.11.1129 . PMID 11371506.
^ Prathapam T, Kühne C, Banks L (декабрь 2002 г.). «Skip взаимодействует с супрессором опухоли ретинобластомы и подавляет его активность по подавлению транскрипции». Nucleic Acids Research . 30 (23): 5261– 8. doi :10.1093/nar/gkf658. PMC 137971 . PMID 12466551.
^ Prathapam T, Kühne C, Hayman M, Banks L (сентябрь 2001 г.). «Ski взаимодействует с эволюционно консервативным доменом SNW Skip». Nucleic Acids Research . 29 (17): 3469– 76. doi :10.1093/nar/29.17.3469. PMC 55893. PMID 11522815 .
^ Dahl R, Wani B, Hayman MJ (март 1998). «Онкопротеин Ski взаимодействует со Skip, человеческим гомологом Drosophila Bx42». Oncogene . 16 (12): 1579–86 . doi : 10.1038/sj.onc.1201687 . PMID 9569025.

Дальнейшее чтение

Dahl R, Wani B, Hayman MJ (март 1998). «Онкопротеин Ski взаимодействует со Skip, человеческим гомологом Drosophila Bx42». Онкоген . 16 (12): 1579– 86. doi : 10.1038/sj.onc.1201687 . PMID 9569025.
Чжоу С., Фуджимуро М., Се Дж.Дж., Чен Л., Хейворд С.Д. (февраль 2000 г.). «Роль SKIP в активации EBNA2 промоторов, репрессированных CBF1». Журнал вирусологии . 74 (4): 1939–47 . doi :10.1128/JVI.74.4.1939–1947.2000. ПМЦ 111672 . ПМИД 10644367.
Zhou S, Fujimuro M, Hsieh JJ, Chen L, Miyamoto A, Weinmaster G, Hayward SD (апрель 2000 г.). "SKIP, белок, ассоциированный с CBF1, взаимодействует с доменом повтора анкирина NotchIC для облегчения функции NotchIC". Молекулярная и клеточная биология . 20 (7): 2400– 10. doi :10.1128/MCB.20.7.2400-2410.2000. PMC 85419. PMID 10713164 .
Leong GM, Subramaniam N, Figueroa J, Flanagan JL, Hayman MJ, Eisman JA, Kouzmenko AP (май 2001 г.). «Взаимодействующий со Ski белок взаимодействует с белками Smad, усиливая трансформирующий фактор роста-бета-зависимую транскрипцию». Журнал биологической химии . 276 (21): 18243– 8. doi : 10.1074/jbc.M010815200 . PMID 11278756.
Kim YJ, Noguchi S, Hayashi YK, Tsukahara T, Shimizu T, Arahata K (май 2001 г.). «Продукт гена окулофарингеальной мышечной дистрофии, поли(А)-связывающий белок 2, взаимодействует с SKIP и стимулирует экспрессию мышечно-специфических генов». Human Molecular Genetics . 10 (11): 1129– 39. doi : 10.1093/hmg/10.11.1129 . PMID 11371506.
Beatus P, Lundkvist J, Oberg C, Pedersen K, Lendahl U (июнь 2001 г.). «Происхождение области повтора анкирина во внутриклеточных доменах Notch имеет решающее значение для регуляции активности промотора HES». Механизмы развития . 104 ( 1– 2): 3– 20. doi : 10.1016/S0925-4773(01)00373-2 . PMID 11404076.
Zhou S, Hayward SD (сентябрь 2001 г.). «Ядерная локализация CBF1 регулируется взаимодействием с комплексом корепрессора SMRT». Молекулярная и клеточная биология . 21 (18): 6222– 32. doi :10.1128/MCB.21.18.6222-6232.2001. PMC 87339. PMID 11509665 .
Zhang C, Baudino TA, Dowd DR, Tokumaru H, Wang W, MacDonald PN (ноябрь 2001 г.). «Тройные комплексы и кооперативное взаимодействие между взаимодействующим белком NCoA-62/Ski и коактиваторами стероидных рецепторов в транскрипции, опосредованной рецептором витамина D». Журнал биологической химии . 276 (44): 40614– 20. doi : 10.1074/jbc.M106263200 . PMID 11514567.
Prathapam T, Kühne C, Hayman M, Banks L (сентябрь 2001 г.). «Ski взаимодействует с эволюционно консервативным доменом SNW Skip». Nucleic Acids Research . 29 (17): 3469– 76. doi :10.1093/nar/29.17.3469. PMC 55893. PMID 11522815 .
Jurica MS, Licklider LJ, Gygi SR, Grigorieff N, Moore MJ (апрель 2002 г.). «Очистка и характеристика нативных сплайсосом, подходящих для трехмерного структурного анализа». РНК . 8 (4): 426– 39. doi :10.1017/S1355838202021088. PMC 1370266 . PMID 11991638.
Wardell SE, Boonyaratanakornkit V, Adelman JS, Aronheim A, Edwards DP (август 2002 г.). "Jun dimerization protein 2 functions as a progesterone receptor N-terminal domain coactivator". Молекулярная и клеточная биология . 22 (15): 5451– 66. doi :10.1128/MCB.22.15.5451-5466.2002. PMC 133955. PMID 12101239 .
Prathapam T, Kühne C, Banks L (декабрь 2002 г.). «Skip взаимодействует с супрессором опухоли ретинобластомы и подавляет его активность по подавлению транскрипции». Nucleic Acids Research . 30 (23): 5261– 8. doi :10.1093/nar/gkf658. PMC 137971 . PMID 12466551.
Petersen HH, Hilpert J, Militz D, Zandler V, Jacobsen C, Roebroek AJ, Willnow TE (февраль 2003 г.). "Функциональное взаимодействие мегалина с мегалинсвязывающим белком (MegBP), новой молекулой-адаптером, содержащей тетратрикопептидный повтор". Journal of Cell Science . 116 (Pt 3): 453– 61. doi : 10.1242/jcs.00243 . PMID 12508107.
Barry JB, Leong GM, Church WB, Issa LL, Eisman JA, Gardiner EM (март 2003 г.). «Взаимодействие SKIP/NCoA-62, TFIIB и рецептора ретиноида X с остатками спирали H10 рецептора витамина D». Журнал биологической химии . 278 (10): 8224– 8. doi : 10.1074/jbc.C200712200 . PMID 12529369.
Zhang C, Dowd DR, Staal A, Gu C, Lian JB, van Wijnen AJ, Stein GS, MacDonald PN (сентябрь 2003 г.). «Ядерный коактиватор-62 кДа/Ski-взаимодействующий белок — это связанный с ядерным матриксом коактиватор, который может связывать транскрипцию, опосредованную рецептором витамина D, и сплайсинг РНК». Журнал биологической химии . 278 (37): 35325– 36. doi : 10.1074/jbc.M305191200 . PMID 12840015.
Leong GM, Subramaniam N, Issa LL, Barry JB, Kino T, Driggers PH, Hayman MJ, Eisman JA, Gardiner EM (март 2004 г.). "Взаимодействующий со Ski белок, бифункциональный ядерный рецепторный корегулятор, который взаимодействует с N-CoR/SMRT и p300". Biochemical and Biophysical Research Communications . 315 (4): 1070– 6. doi :10.1016/j.bbrc.2004.02.004. PMID 14985122.

[refGRCh38Ensembl-1] GRCh38: Ensembl выпуск 89: ENSG00000100603 – Ensembl , май 2017 г.

[refGRCm38Ensembl-2] GRCm38: Ensembl выпуск 89: ENSMUSG00000021039 – Ensembl , май 2017 г.

[3] "Human PubMed Reference:". Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США .

[4] "Mouse PubMed Reference:". Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США .

[pmid8973337-5] Фолк П., Пута Ф, Крпейсова Л, Благускова А, Маркос А, Рабино М, Доттин Р.П. (ноябрь 1996 г.). «Гомолог белка, связывающего хроматин Bx42, идентифицированный в Dictyostelium». Джин . 181 ( 1–2 ): 229–31 . doi :10.1016/S0378-1119(96)00483-0. ПМИД 8973337.

[pmid9632709-6] Baudino TA, Kraichely DM, Jefcoat SC, Winchester SK, Partridge NC, MacDonald PN (июнь 1998 г.). «Выделение и характеристика нового белка-коактиватора NCoA-62, участвующего в транскрипции, опосредованной витамином D». Журнал биологической химии . 273 (26): 16434– 41. doi : 10.1074/jbc.273.26.16434 . PMID 9632709.

[entrez-7] "Ген Entrez: домен SNW1 SNW, содержащий 1".

[pmid10644367-8] Чжоу С., Фуджимуро М., Се Дж. Дж., Чен Л., Хейворд С.Д. (февраль 2000 г.). «Роль SKIP в активации EBNA2 промоторов, репрессированных CBF1». Журнал вирусологии . 74 (4): 1939–47 . doi :10.1128/jvi.74.4.1939–1947.2000. ПМК 111672 . ПМИД 10644367.

[pmid11514567-9] Zhang C, Baudino TA, Dowd DR, Tokumaru H, Wang W, MacDonald PN (ноябрь 2001 г.). «Тройные комплексы и кооперативное взаимодействие между взаимодействующим белком NCoA-62/Ski и коактиваторами стероидных рецепторов в транскрипции, опосредованной рецептором витамина D». Журнал биологической химии . 276 (44): 40614– 20. doi : 10.1074/jbc.M106263200 . PMID 11514567.

[pmid11278756-10] Leong GM, Subramaniam N, Figueroa J, Flanagan JL, Hayman MJ, Eisman JA, Kouzmenko AP (май 2001 г.). «Ski-взаимодействующий белок взаимодействует с белками Smad для усиления трансформирующего фактора роста-бета-зависимой транскрипции». Журнал биологической химии . 276 (21): 18243– 8. doi : 10.1074/jbc.M010815200 . PMID 11278756.

[pmid10713164-11] Zhou S, Fujimuro M, Hsieh JJ, Chen L, Miyamoto A, Weinmaster G, Hayward SD (апрель 2000 г.). «SKIP, белок, ассоциированный с CBF1, взаимодействует с доменом повтора анкирина NotchIC для облегчения функции NotchIC». Молекулярная и клеточная биология . 20 (7): 2400– 10. doi :10.1128/mcb.20.7.2400-2410.2000. PMC 85419. PMID 10713164.

[pmid11404076-12] Beatus P, Lundkvist J, Oberg C, Pedersen K, Lendahl U (июнь 2001 г.). «Происхождение области повтора анкирина во внутриклеточных доменах Notch имеет решающее значение для регуляции активности промотора HES». Механизмы развития . 104 ( 1– 2): 3– 20. doi : 10.1016/s0925-4773(01)00373-2 . PMID 11404076.

[pmid11371506-13] Kim YJ, Noguchi S, Hayashi YK, Tsukahara T, Shimizu T, Arahata K (май 2001 г.). «Продукт гена окулофарингеальной мышечной дистрофии, поли(А)-связывающий белок 2, взаимодействует с SKIP и стимулирует экспрессию мышечно-специфических генов». Human Molecular Genetics . 10 (11): 1129– 39. doi : 10.1093/hmg/10.11.1129 . PMID 11371506.

[pmid12466551-14] Prathapam T, Kühne C, Banks L (декабрь 2002 г.). «Skip взаимодействует с супрессором опухоли ретинобластомы и подавляет его активность по подавлению транскрипции». Nucleic Acids Research . 30 (23): 5261– 8. doi :10.1093/nar/gkf658. PMC 137971 . PMID 12466551.

[pmid11522815-15] Prathapam T, Kühne C, Hayman M, Banks L (сентябрь 2001 г.). «Ski взаимодействует с эволюционно консервативным доменом SNW Skip». Nucleic Acids Research . 29 (17): 3469– 76. doi :10.1093/nar/29.17.3469. PMC 55893. PMID 11522815 .

[pmid9569025-16] Dahl R, Wani B, Hayman MJ (март 1998). «Онкопротеин Ski взаимодействует со Skip, человеческим гомологом Drosophila Bx42». Oncogene . 16 (12): 1579–86 . doi : 10.1038/sj.onc.1201687 . PMID 9569025.