Перевернутый повтор
Последовательность нуклеиновой кислоты

Инвертированный повтор (или IR ) представляет собой одноцепочечную последовательность нуклеотидов , за которой следует ее обратный комплемент . [1] Промежуточная последовательность нуклеотидов между исходной последовательностью и обратным комплементом может иметь любую длину, включая нулевую. Например, 5'---TTACGnnnnnn CGTAA---3' представляет собой инвертированную повторную последовательность. Когда промежуточная длина равна нулю, составная последовательность является палиндромной последовательностью . [2]

Как инвертированные повторы, так и прямые повторы представляют собой типы нуклеотидных последовательностей , которые встречаются повторно. Эти повторяющиеся последовательности ДНК часто варьируются от пары нуклеотидов до целого гена , в то время как близость повторяющихся последовательностей варьируется между широко распространенными и простыми тандемными массивами . [3] Короткие тандемные повторяющиеся последовательности могут существовать как всего несколько копий в небольшом регионе, так и тысячи копий, рассеянных по всему геному большинства эукариот . [4] Повторяющиеся последовательности с примерно 10–100 парами оснований известны как минисателлиты , в то время как более короткие повторяющиеся последовательности, имеющие в основном 2–4 пары оснований, известны как микросателлиты . [5] Наиболее распространенные повторы включают динуклеотидные повторы, которые имеют основания AC на одной цепи ДНК и GT на комплементарной цепи. [3] Некоторые элементы генома с уникальными последовательностями функционируют как экзоны , интроны и регуляторная ДНК. [6] Хотя наиболее известными локусами повторяющихся последовательностей являются центромера и теломера , [6] большая часть повторяющихся последовательностей в геноме обнаружена среди некодирующей ДНК . [5]

Инвертированные повторы имеют ряд важных биологических функций. Они определяют границы в транспозонах и указывают области, способные к самокомплементарному спариванию оснований (области в пределах одной последовательности, которые могут образовывать пары оснований друг с другом). Эти свойства играют важную роль в нестабильности генома [7] и способствуют не только клеточной эволюции и генетическому разнообразию [8], но также мутациям и болезням [9] . Для того чтобы подробно изучить эти эффекты, был разработан ряд программ и баз данных, помогающих в обнаружении и аннотации инвертированных повторов в различных геномах.

Понимание инвертированных повторов

Пример перевернутого повтора

Последовательность из 5 пар оснований слева «повторяется» и «инвертируется», образуя последовательность справа.

Начиная с этой начальной последовательности: 5'-TTACG-3'
           

Комплемент, созданный путем спаривания оснований, выглядит следующим образом: 3'-AATGC-5'
           

Обратный комплемент: 5'-CGTAA-3'
           

А инвертированная повторяющаяся последовательность выглядит так: 5'---TTACGnnnnnn CGTAA---3'
           

«nnnnnn» представляет собой любое количество промежуточных нуклеотидов.

Против прямого повтора

Прямой повтор происходит, когда последовательность повторяется с тем же шаблоном ниже по течению. [1] Нет инверсии и обратного комплемента, связанных с прямым повтором. Нуклеотидная последовательность, написанная жирным шрифтом, обозначает повторяющуюся последовательность. Она может иметь или не иметь промежуточных нуклеотидов.

5´ TTACG nnnnnnTTACG 3´
3´ AATGC nnnnnnAATGC 5´

С лингвистической точки зрения типичный прямой повтор можно сравнить с рифмованием, например, «time on ad ime ».

Против тандемного повторения

Прямой повтор без промежуточных нуклеотидов между начальной последовательностью и ее копией ниже по течению — это тандемный повтор . Нуклеотидная последовательность, выделенная жирным шрифтом, обозначает повторяющуюся последовательность.

5´ TTACG TTACG 3´
3´ ААТГК ААТГК 5´

С лингвистической точки зрения типичный тандемный повтор можно сравнить с заиканием или намеренным повторением слов, например, «пока-пока».

Против палиндрома

Инвертированная повторяющаяся последовательность без промежуточных нуклеотидов между исходной последовательностью и ее нисходящим обратным комплементом является палиндромом . [1]
    ПРИМЕР:
        Шаг 1: начать с инвертированного повтора: 5' TTACGnnnnnnCGTAA 3'         Шаг 2: удалить промежуточные нуклеотиды: 5' TTACGCGTAA 3'         Эта полученная последовательность является палиндромной, поскольку она является обратным комплементом самой себя. [1]

5' TTACGCGTAA 3'   тестовая последовательность (из шага 2 с удаленными промежуточными нуклеотидами)
3' AATGCGCATT 5'   дополнение к тестовой последовательности
5' TTACGCGTAA 3'   обратный комплемент Это то же самое, что и тестовая последовательность выше, и, таким образом, это палиндром.

Биологические особенности и функциональность

Условия, благоприятствующие синтезу

Разнообразные повторы по всему геному происходят из мобильных элементов , которые, как теперь понимают, «прыгают» по разным геномным участкам, не перенося свои исходные копии. [10] Последующее перемещение одних и тех же последовательностей в течение многочисленных поколений обеспечивает их множественность по всему геному. [10] Ограниченная рекомбинация последовательностей между двумя различными элементами последовательности, известная как консервативная сайт-специфическая рекомбинация (CSSR), приводит к инверсиям сегмента ДНК, основанным на расположении последовательностей распознавания рекомбинации на донорской ДНК и реципиентной ДНК. [10] Опять же, ориентация двух рекомбинирующих сайтов в молекуле донорской ДНК относительно асимметрии промежуточных последовательностей расщепления ДНК, известной как область кроссинговера, имеет решающее значение для образования либо инвертированных повторов, либо прямых повторов. [10] Таким образом, рекомбинация, происходящая в паре инвертированных сайтов, инвертирует последовательность ДНК между двумя сайтами. [10] Были обнаружены очень стабильные хромосомы со сравнительно меньшим количеством инвертированных повторов, чем прямых повторов, что предполагает связь между стабильностью хромосом и количеством повторов. [11]

Регионы, где присутствие обязательно

Терминальные инвертированные повторы были обнаружены в ДНК различных эукариотических транспозонов, хотя их источник остается неизвестным. [12] Инвертированные повторы в основном обнаруживаются в точках начала репликации клеточного организма и органелл, которые варьируются от фаговых плазмид, митохондрий и эукариотических вирусов до клеток млекопитающих. [13] Точки начала репликации фага G4 и других родственных фагов включают сегмент из почти 139 нуклеотидных оснований, которые включают три инвертированных повтора, которые необходимы для начала репликации. [13]

В геноме

В значительной степени части нуклеотидных повторов довольно часто наблюдаются как часть редких комбинаций ДНК. [14] Три основных повтора, которые в основном встречаются в определенных конструкциях ДНК, включают в себя очень точные гомопурин-гомопиримидиновые инвертированные повторы, которые иначе называются H-палиндромами, обычное явление в тройных спиральных H-конформациях, которые могут включать либо TAT, либо CGC-нуклеотидные триады. Другие можно описать как длинные инвертированные повторы, имеющие тенденцию образовывать шпильки и крестообразные, и, наконец, прямые тандемные повторы, которые обычно существуют в структурах, описываемых как скользящая петля, крестообразная и левосторонняя Z-ДНК. [14]

Распространено у разных организмов

Прошлые исследования показывают, что повторы являются общей чертой эукариот, в отличие от прокариот и архей . [14] Другие отчеты показывают, что независимо от сравнительной нехватки повторяющихся элементов в прокариотических геномах, они, тем не менее, содержат сотни или даже тысячи больших повторов. [15] Текущий геномный анализ, по-видимому, предполагает существование большого избытка совершенных инвертированных повторов во многих прокариотических геномах по сравнению с эукариотическими геномами. [16]

Псевдоузел с четырьмя наборами инвертированных повторов. Инвертированные повторы 1 и 2 создают стебель для стебля-петли A и являются частью петли для стебля-петли B. Аналогично инвертированные повторы 3 и 4 образуют стебель для стебля-петли B и являются частью петли для стебля-петли A.

Для количественной оценки и сравнения инвертированных повторов между несколькими видами, а именно археями, см. [17]

Инвертированные повторы в псевдоузлах

Псевдоузлы — это распространенные структурные мотивы, обнаруженные в РНК. Они образованы двумя вложенными стебель-петлями, так что стебель одной структуры образован петлей другой. Среди псевдоузлов существует множество топологий складывания и большое разнообразие длин петель, что делает их структурно разнообразной группой. [18]

Инвертированные повторы являются ключевым компонентом псевдоузлов, как можно увидеть на иллюстрации естественного псевдоузла, обнаруженного в компоненте РНК человеческой теломеразы . [19] В эту структуру вовлечены четыре различных набора инвертированных повторов. Наборы 1 и 2 являются стеблем стебля-петли A и являются частью петли для стебля-петли B. Аналогично, наборы 3 и 4 являются стеблем для стебля-петли B и являются частью петли для стебля-петли A.

Псевдоузлы играют ряд различных ролей в биологии. Псевдоузел теломеразы на иллюстрации имеет решающее значение для активности этого фермента. [ 19] Рибозим вируса гепатита дельта (HDV) сворачивается в структуру с двойным псевдоузлом и самостоятельно расщепляет свой кольцевой геном, производя РНК длиной в один геном. Псевдоузлы также играют роль в запрограммированном сдвиге рамки рибосомы , обнаруженном в некоторых вирусах и необходимом для репликации ретровирусов . [18]

В рибопереключателях

Инвертированные повторы играют важную роль в рибопереключателях , которые являются регуляторными элементами РНК, которые контролируют экспрессию генов, которые производят мРНК, частью которой они являются. [10] Упрощенный пример рибопереключателя флавинмононуклеотида (ФМН) показан на иллюстрации. Этот рибопереключатель существует в транскрипте мРНК и имеет несколько структур стебель-петля выше по течению от кодирующей области . Однако на иллюстрации показаны только ключевые стебель-петли, которые были значительно упрощены, чтобы помочь показать роль инвертированных повторов. В этом рибопереключателе есть несколько инвертированных повторов, как показано зеленым (желтый фон) и синим (оранжевый фон).

При отсутствии FMN структура Anti-termination является предпочтительной конформацией для транскрипта мРНК. Она создается путем спаривания оснований инвертированной области повтора, обведенной красным. Когда FMN присутствует, он может связываться с петлей и предотвращать образование структуры Anti-termination. Это позволяет двум различным наборам инвертированных повторов образовывать пары оснований и формировать структуру Termination. [20] Стебель-петля на 3'-конце является терминатором транскрипции , поскольку последовательность, непосредственно следующая за ней, представляет собой цепочку урацилов (U). Если эта стебель-петля образуется (из-за присутствия FMN) по мере того, как растущая цепь РНК выходит из комплекса РНК-полимеразы , она создаст достаточно структурного напряжения, чтобы вызвать диссоциацию цепи РНК и, таким образом, завершить транскрипцию. Диссоциация происходит легко, поскольку спаривание оснований между U в РНК и A в цепи шаблона является самым слабым из всех пар оснований. [10] Таким образом, при более высоких уровнях концентрации ФМН подавляет собственную транскрипцию, увеличивая образование терминальной структуры.

Мутации и болезни

Инвертированные повторы часто описываются как «горячие точки» эукариотической и прокариотической геномной нестабильности. [7] Считается, что длинные инвертированные повторы оказывают большое влияние на стабильность генома различных организмов. [21] Это проиллюстрировано на примере E. coli , где геномные последовательности с длинными инвертированными повторами редко реплицируются, а скорее быстро удаляются. [21] Опять же, длинные инвертированные повторы, наблюдаемые у дрожжей, в значительной степени способствуют рекомбинации в пределах одной и той же и соседних хромосом, что приводит к одинаково высокой скорости делеции. [21] Наконец, очень высокая скорость делеции и рекомбинации также наблюдалась в областях хромосом млекопитающих с инвертированными повторами. [21] Сообщаемые различия в стабильности геномов взаимосвязанных организмов всегда являются признаком несоответствия в инвертированных повторах. [11] Нестабильность возникает из-за тенденции инвертированных повторов складываться в шпильковые или крестообразные структуры ДНК. Эти особые структуры могут препятствовать или запутывать репликацию ДНК и другие виды геномной активности. [7] Таким образом, инвертированные повторы приводят к особым конфигурациям как в РНК , так и в ДНК, которые в конечном итоге могут вызывать мутации и заболевания . [9]

Инвертированный повтор, изменяющийся на/из выдавленной крестообразной формы. A: Инвертированные повторяющиеся последовательности; B: Петля; C: Стебель с парами оснований инвертированных повторяющихся последовательностей

На рисунке показан инвертированный повтор, подвергающийся крестообразной экструзии. ДНК в области инвертированного повтора раскручивается и затем рекомбинирует, образуя четырехстороннее соединение с двумя структурами стебель-петля . Крестообразная структура возникает из-за того, что инвертированные повторные последовательности самоспариваются друг с другом на своей собственной нити. [22]

Выдавленные крестообразные структуры могут приводить к мутациям со сдвигом рамки считывания , когда последовательность ДНК имеет инвертированные повторы в форме палиндрома, объединенные с областями прямых повторов с обеих сторон. Во время транскрипции проскальзывание и частичная диссоциация полимеразы от шаблонной нити могут приводить как к делеционным, так и к инсерционным мутациям. [9] Делеция происходит, когда часть раскрученной шаблонной нити образует стебель-петлю, которая «пропускается» транскрипционным аппаратом. Инсерция происходит, когда стебель-петля образуется в диссоциированной части зарождающейся (ново синтезированной) нити, заставляя часть шаблонной нити транскрибироваться дважды. [9]

Дефицит антитромбина из-за точечной мутации

Несовершенные инвертированные повторы могут приводить к мутациям через внутрицепочечное и межцепочечное переключение. [9] Кодирующая область гена антитромбина III является примером несовершенного инвертированного повтора, как показано на рисунке справа. Структура стебля-петли формируется с выступом внизу , поскольку G и T не образуют пары. Событие переключения нити может привести к замене G (в выступе) на A, что устраняет «несовершенство» в инвертированном повторе и обеспечивает более прочную структуру стебля-петли. Однако замена также создает точечную мутацию, преобразующую кодон GCA в ACA. Если за событием переключения нити следует второй раунд репликации ДНК , мутация может закрепиться в геноме и привести к заболеванию. В частности, миссенс-мутация приведет к дефектному гену и дефициту антитромбина, что может привести к развитию венозной тромбоэмболии (сгустки крови в вене). [9]

Несовершенный остеогенез из-за мутации со сдвигом рамки считывания

Мутации в гене коллагена могут привести к заболеванию несовершенный остеогенез , которое характеризуется хрупкостью костей. [9] На иллюстрации петля-стебель, образованная из несовершенного инвертированного повтора, мутирует с вставкой нуклеотида тимина (T) в результате меж- или внутрицепочечного переключения. Добавление T создает парное основание «совпадение» с аденином (A), который ранее был «шишкой» на левой стороне стебля. Хотя это добавление делает стебель более прочным и совершенствует инвертированный повтор, оно также создает мутацию сдвига рамки в последовательности нуклеотидов, которая изменяет рамку считывания и приводит к неправильной экспрессии гена. [9]

Программы и базы данных

В следующем списке представлена ​​информация и внешние ссылки на различные программы и базы данных для инвертированных повторов:

  • non-B DB База данных для интегрированных аннотаций и анализа не-B ДНК, формирующих мотивы. [23] Эта база данных предоставлена ​​Центром передовых биомедицинских вычислений (ABCC) в тогдашней Национальной лаборатории исследований рака имени Фредерика (FNLCR). Она охватывает конформации A-ДНК и Z-ДНК, также известные как «не-B ДНК», поскольку они не являются более распространенной формой B-ДНК правой двойной спирали Уотсона-Крика . Эти «не-B ДНК» включают левостороннюю Z-ДНК, крестообразную , триплексную , тетраплексную и шпильковую структуры. [23] Поиск может выполняться по различным «типам повторов» (включая инвертированные повторы) и по нескольким видам.
  • База данных инвертированных повторов Архивировано 01.09.2020 в Wayback Machine Boston University. Эта база данных представляет собой веб-приложение, которое позволяет запрашивать и анализировать повторы, хранящиеся в проекте PUBLIC DATABASE. Ученые также могут анализировать свои собственные последовательности с помощью алгоритма Inverted Repeats Finder. [24]
  • P-MITE: база данных Plant MITE — эта база данных для миниатюрных инвертированных-повторяющихся транспозируемых элементов (MITE) содержит последовательности из геномов растений . Последовательности можно искать или загружать из базы данных. [25]
  • EMBOSS — это «Европейский открытый программный пакет для молекулярной биологии», работающий на UNIX и UNIX-подобных операционных системах. [26] Документация и исходные файлы программ доступны на веб-сайте EMBOSS. Приложения, специально связанные с инвертированными повторами, перечислены ниже:
    • EMBOSS einverted: Находит инвертированные повторы в последовательностях нуклеотидов . Пороговые значения могут быть установлены для ограничения области поиска. [26]
    • EMBOSS палиндром: Находит палиндромы, такие как области петли стебля в последовательностях нуклеотидов. Программа найдет последовательности, которые включают разделы несовпадений и пробелов, которые могут соответствовать выпуклостям в петле стебля. [26]

Ссылки

  1. ^ abcd Ussery, David W.; Wassenaar, Trudy; Borini, Stefano (2008-12-22). "Частоты слов, повторы и структуры, связанные с повторами, в бактериальных геномах". Computing for Comparative Microbial Genomics: Bioinformatics for Microbiologists . Computational Biology. Vol. 8 (1 ed.). Springer. pp.  133–144 . ISBN 978-1-84800-254-8.
  2. ^ Ye, Congting; Ji, Guoli; Liang, Chun (2014). "detectIR: новая программа для обнаружения совершенных и несовершенных инвертированных повторов с использованием комплексных чисел и векторных вычислений". PLOS ONE . 9 (11): e113349. Bibcode : 2014PLoSO...9k3349Y. doi : 10.1371/journal.pone.0113349 . PMC 4237412. PMID  25409465 . 
  3. ^ ab Richards, GR; Richards, RI (25 апреля 1995 г.). «Простые тандемные повторы ДНК и генетические заболевания человека». Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки . 92 (9): 3636– 41. Bibcode : 1995PNAS...92.3636S. doi : 10.1073 /pnas.92.9.3636 . PMC 42017. PMID  7731957. 
  4. ^ van Belkum, A; Scherer, S; van Alphen, L; Verbrugh, H (июнь 1998 г.). «Короткие последовательности ДНК-повторов в прокариотических геномах». Microbiology and Molecular Biology Reviews . 62 (2): 275– 93. doi : 10.1128 /MMBR.62.2.275-293.1998. PMC 98915. PMID  9618442. 
  5. ^ ab Ramel, C (июнь 1997 г.). «Мини- и микросателлиты». Environmental Health Perspectives . 105 (Suppl 4): 781– 9. doi :10.2307/3433284. JSTOR  3433284. PMC 1470042. PMID  9255562 . 
  6. ^ ab Eichler, EE (август 1998). «Маскирующие повторы: паралогичные ловушки человеческого генома». Genome Research . 8 (8): 758– 62. doi : 10.1101/gr.8.8.758 . PMID  9724321.
  7. ^ abc Миркин, И; Нараянан, В; Лобачев, К. С.; Миркин, С. М. (22 июля 2008 г.). «Остановка репликации при нестабильных инвертированных повторах: взаимодействие между шпильками ДНК и белками, стабилизирующими вилку». Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки . 105 (29): 9936– 41. Bibcode : 2008PNAS..105.9936V. doi : 10.1073/pnas.0804510105 . PMC 2481305. PMID  18632578 . 
  8. ^ Lin, CT; Lin, WH; Lyu, YL; Whang-Peng, J (1 сентября 2001 г.). «Инвертированные повторы как генетические элементы для содействия инвертированной дупликации ДНК: последствия для амплификации генов». Nucleic Acids Research . 29 (17): 3529– 38. doi :10.1093/nar/29.17.3529. PMC 55881 . PMID  11522822. 
  9. ^ abcdefgh Bissler, JJ (27 марта 1998 г.). «DNA inverted repeats and human disease» (PDF) . Frontiers in Bioscience . 3 (4): d408–18. doi :10.2741/a284. PMID  9516381. S2CID  12982. Архивировано из оригинала (PDF) 3 марта 2019 г.
  10. ^ abcdefg School, James D. Watson, Cold Spring Harbor Laboratory, Tania A. Baker, Massachusetts Institute of Technology, Stephen P. Bell, Massachusetts Institute of Technology, Alexander Gann, Cold Spring Harbor Laboratory, Michael Levine, University of California, Berkeley, Richard Losik, Harvard University; совместно со Stephen C. Harrison, Harvard Medical (2014). Молекулярная биология гена (седьмое изд.). Бостон: Benjamin-Cummings Publishing Company. ISBN 9780321762436.{{cite book}}: CS1 maint: несколько имен: список авторов ( ссылка )
  11. ^ ab Achaz, G; Coissac, E; Netter, P; Rocha, EP (август 2003 г.). «Связи между инвертированными повторами и структурной эволюцией бактериальных геномов». Genetics . 164 (4): 1279– 89. doi :10.1093/genetics/164.4.1279. PMC 1462642 . PMID  12930739. 
  12. ^ Чжан, HH; Сюй, HE; ​​Шэнь, YH; Хань, MJ; Чжан, Z (январь 2013 г.). «Происхождение и эволюция шести миниатюрных инвертированных повторяющихся транспозируемых элементов у Bombyx mori и Rhodnius prolixus». Genome Biology and Evolution . 5 (11): 2020– 31. doi :10.1093/gbe/evt153. PMC 3845634. PMID 24115603  . 
  13. ^ ab Pearson, CE; Zorbas, H; Price, GB; Zannis-Hadjopoulos, M (октябрь 1996 г.). «Инвертированные повторы, стебель-петли и крестообразные: значение для инициации репликации ДНК». Journal of Cellular Biochemistry . 63 (1): 1– 22. doi :10.1002/(SICI)1097-4644(199610)63:1<1::AID-JCB1>3.0.CO;2-3. PMID  8891900. S2CID  22204780.
  14. ^ abc Heringa, J (июнь 1998). «Обнаружение внутренних повторов: насколько они распространены?». Current Opinion in Structural Biology . 8 (3): 338– 45. doi :10.1016/S0959-440X(98)80068-7. PMID  9666330.
  15. ^ Treangen, TJ; Abraham, AL; Touchon, M; Rocha, EP (май 2009 г.). «Генезис, эффекты и судьбы повторов в прокариотических геномах» (PDF) . FEMS Microbiology Reviews . 33 (3): 539–71 . doi : 10.1111/j.1574-6976.2009.00169.x . PMID  19396957.
  16. ^ Ladoukakis, ED; Eyre-Walker, A (сентябрь 2008 г.). "Избыток малых инвертированных повторов у прокариот" (PDF) . Journal of Molecular Evolution . 67 (3): 291– 300. Bibcode :2008JMolE..67..291L. CiteSeerX 10.1.1.578.7466 . doi :10.1007/s00239-008-9151-z. PMID  18696026. S2CID  29953202. 
  17. ^ Хоссейни, М.; Пратас, Д.; Пинхо, А. Дж. (2017). «О роли инвертированных повторов в сходстве последовательностей ДНК». 11-я Международная конференция по практическим применениям вычислительной биологии и биоинформатики . Достижения в области интеллектуальных систем и вычислений. Том 616. Springer. С.  228– 236. doi :10.1007/978-3-319-60816-7_28. ISBN 978-3-319-60815-0.
  18. ^ ab Staple, DW; Butcher, SE (июнь 2005 г.). «Псевдоузлы: структуры РНК с разнообразными функциями». PLOS Biology . 3 (6): e213. doi : 10.1371/journal.pbio.0030213 . PMC 1149493. PMID  15941360 .  Значок открытого доступа
  19. ^ ab Chen, JL; Greider, CW (7 июня 2005 г.). "Функциональный анализ структуры псевдоузла в РНК теломеразы человека". Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки . 102 (23): 8080– 5, обсуждение 8077–9. Bibcode :2005PNAS..102.8080C. doi : 10.1073/pnas.0502259102 . PMC 1149427 . PMID  15849264. 
  20. ^ Winkler, WC; Cohen-Chalamish, S; Breaker, RR (10 декабря 2002 г.). «Структура мРНК, которая контролирует экспрессию генов путем связывания FMN». Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки . 99 (25): 15908– 13. Bibcode : 2002PNAS ...9915908W. doi : 10.1073/pnas.212628899 . PMC 138538. PMID  12456892. 
  21. ^ abcd Stormo, G; Chang, KY; Varley, K; Stormo, GD (28 февраля 2007 г.). Hall, Neil (ред.). "Доказательства активного поддержания структур инвертированных повторов, выявленные с помощью сравнительного геномного подхода". PLOS ONE . ​​2 (2): e262. Bibcode :2007PLoSO...2..262Z. doi : 10.1371/journal.pone.0000262 . PMC 1803023 . PMID  17327921.  Значок открытого доступа
  22. ^ Ramreddy, T; Sachidanandam, R; Strick, TR (май 2011 г.). «Обнаружение в реальном времени крестообразной экструзии с помощью наноманипуляции с одной молекулой ДНК». Nucleic Acids Research . 39 (10): 4275– 83. doi :10.1093/nar/gkr008. PMC 3105387. PMID  21266478. 
  23. ^ ab Cer, RZ; Donohue, DE; Mudunuri, US; Temiz, NA; Loss, MA; Starner, NJ; Halusa, GN; Volfovsky, N; Yi, M; Luke, BT; Bacolla, A; Collins, JR; Stephens, RM (январь 2013 г.). "Non-B DB v2.0: база данных предсказанных не-B ДНК-формирующих мотивов и связанные с ней инструменты". Nucleic Acids Research . 41 (выпуск базы данных): D94 – D100 . doi :10.1093/nar/gks955. PMC 3531222 . PMID  23125372.  
  24. ^ Гельфанд, Y; Родригес, A; Бенсон, G (январь 2007 г.). "TRDB — база данных тандемных повторов". Nucleic Acids Research . 35 (выпуск базы данных): D80–7. doi :10.1093/nar/gkl1013. PMC 1781109. PMID  17175540 . 
  25. ^ Chen, J; Hu, Q; Zhang, Y; Lu, C; Kuang, H (29 октября 2013 г.). "P-MITE: база данных для миниатюрных инвертированных-повторяющихся мобильных элементов растений". Nucleic Acids Research . 42 (1): D1176–81. doi :10.1093/nar/gkt1000. PMC 3964958. PMID  24174541 . 
  26. ^ abc Райс, П.; Лонгден, И.; Блисби, А. (июнь 2000 г.). «EMBOSS: Европейский открытый программный пакет для молекулярной биологии». Тенденции в генетике . 16 (6): 276– 7. doi :10.1016/S0168-9525(00)02024-2. PMID  10827456.
Взято с "https://en.wikipedia.org/w/index.php?title=Инвертированный_повтор&oldid=1245234288"