A. thaliana был первым растением, для которого была определена высококачественная референтная последовательность генома , и мировое исследовательское сообщество разработало множество других генетических ресурсов и инструментов. Экспериментальные преимущества A. thaliana позволили сделать много важных открытий. [1] [2] [3] [4] [5]
Эти преимущества были тщательно рассмотрены, [6] [7] [8 ] [9] [10] [11] [12] [13] [14] [15] [16] [17] [18] [19] [20] [21]
как и его роль в фундаментальных открытиях в области иммунной системы растений, [22]
естественной изменчивости, [23] [24]
биологии корней, [25]
и других областях. [26]
Ранняя история
A. thaliana был впервые описан Иоганнесом Талем, а затем переименован в его честь. [24]
(См. раздел «Таксономия» основной статьи.) Фридрих Лайбах в 1943 году [27] обрисовал, почему A. thaliana может быть хорошей экспериментальной системой
, и собрал большое количество природных образцов. [6] [12] [13] [24] A. thaliana в значительной степени самоопыляется , поэтому эти образцы представляют собой инбредные штаммы с высокой гомозиготностью, что упрощает генетический анализ. Естественные образцы A. thaliana часто называют « экотипами ». Ранее (1907) Лайбах определил число хромосом A. thaliana (5) в рамках своего докторского исследования. [28]
Студентка Лайбаха Эрна Рейнхольц описала мутагенез A. thaliana с помощью рентгеновского излучения в 1945 году. [29]
Джордж Редеи был пионером в использовании A. thaliana для фундаментальных исследований, мутагенезируя растения с помощью этилметансульфоната (ЭМС), а затем проверяя их на наличие ауксотрофных дефектов [5]
и написав влиятельный обзор в 1975 году. [6]
Редеи распространял стандартные лабораторные образцы «Columbia-0» и «Landsberg erecta» . [8] [18]
Герхард Рёббелен организовал первый Международный симпозиум по арабидопсису в 1965 году. [13]
Рёббелен также основал «Информационную службу по арабидопсису» — информационный бюллетень для обмена информацией в сообществе. [30]
Этот информационный бюллетень поддерживался AR Kranz с 1974 года и публиковался до 1990 года. [13]
Растущий интерес, 1975-1986 гг.
По мере развития методов молекулярной биологии многие исследователи стремились сосредоточить усилия сообщества на общих модельных видах растений, таких как петуния или томат . [12] [13]
Эта концепция изменила акцент давней традиции исследователей, использующих разнообразные агрономически важные виды, такие как кукуруза , ячмень и горох . [13]
Субсообщество A. thaliana поддерживало идеал свободного обмена информацией и материалами, и исследователей привлекала воспринимаемая широко открытая природа молекулярной генетики растений по сравнению с другими областями, которые были лучше устоявшимися и, следовательно, более «переполненными» и конкурентоспособными. [15] Было показано, что геном A. thaliana относительно небольшой и неповторяющийся,
[ 31 ] [32] [33]
что было важным преимуществом для ранних молекулярных методов. [13]
В пионерских исследованиях A. thaliana использовался его природный нитевидный патоген Hyaloperonospora arabidopsidis , модельная фитопатогенная бактерия Pseudomonas syringae и многие другие микробы. [22] Корни A. thaliana прозрачны и имеют относительно простую радиально-симметричную клеточную структуру, что облегчает анализ с помощью микроскопии. [34]
Молекулярное клонирование, 1986-2000 гг.
Клонирование гена A. thaliana , кодирующего алкогольдегидрогеназу , было описано в 1986 году [35],
к тому времени мутации были определены более чем в 200 локусах. [7]
Генетические карты сцепления, популяции QTL и клонирование на основе карт
Разработка генетических карт на основе оцениваемых фенотипов [36]
и молекулярно -генетических маркеров облегчила клонирование мутантных локусов на основе карт с помощью классических « прямых генетических » скринингов. [13] [14] [17]
Растущие объемы данных о последовательностях ДНК облегчили разработку и применение таких молекулярных маркеров. [37] [38]
Описания первых успешных проектов клонирования на основе карт были опубликованы в 1992 году. [39] [40]
A. thaliana может быть генетически трансформирована с использованием Agrobacterium tumefaciens ; трансформация была впервые описана в 1986 году. [42]
Более поздние работы показали, что трансгенные семена могут быть получены простым погружением цветов в подходящую бактериальную суспензию. Изобретение/открытие этого метода «цветочного погружения», опубликованное в 1998 году, [43] сделало A. thaliana, возможно, наиболее легко трансформируемым многоклеточным организмом и имело важное значение для многих последующих исследований. [13]
Эффективная трансформация способствовала инсерционному мутагенезу [44],
как описано ниже.
Факторы транскрипции и регуляция
Цветочные гомеозисные гены и модель ABC
Генетики A. thaliana внесли важный вклад в разработку модели ABC развития цветка
посредством генетического анализа цветочных гомеозисных мутантов . [45] [46] [47] [48]
Гомеодоменные гены
Растительный гомеодоменовый палец так назван из-за его открытия в гомеодомене Arabidopsis . В 1993 году Шиндлер и др. обнаружили палец PHD в белкеHAT3.1 . [49] С тех пор было доказано, что он важен для хроматина в самых разных таксонах. [50]
Гены гомеобокса, подобные KNOTTED, гомологи гена кукурузы KNOTTED1, контролирующие идентичность апикальной меристемы побега , были описаны в 1994 году [51]
, а клонирование локуса SHOOT-MERISTEMLESS было опубликовано в 1996 году. [52]
Проект генома
Международный консорциум начал разрабатывать физическую карту для A. thaliana в 1990 году, а работы по секвенированию и сборке ДНК были формализованы в рамках Инициативы по геному Arabidopsis (AGI) в 1996 году. [4] [10]
Эта работа проводилась параллельно с проектом «Геном человека»
и связанными с ним проектами для других модельных организмов, включая почкующиеся дрожжи S. cerevisiae , нематоду C. elegans и муху Drosophila melanogaster , которые были опубликованы в 1996, [53]
1998, [54]
и 2000, [55]
соответственно. Проект основывался на усилиях по секвенированию экспрессируемых последовательностей тегов
из A. thaliana . [56] [57]
Описания последовательностей хромосом 4 и 2 были опубликованы в 1999 году, [58] [59]
а проект был завершен в 2000 году. [60] [61] [62] [63]
Это был первый референтный геном цветкового растения, что облегчило сравнительную геномику .
Функциональная и сравнительная геномика, 2000-2010 и далее
Проект ННФ 2010
Серия встреч привела к амбициозной долгосрочной инициативе, финансируемой NSF, по определению функции каждого гена A. thaliana к 2010 году. [64] [65]
Целью этого проекта было объединение новых высокопроизводительных технологий с систематическими исследованиями семейства генов и ресурсами сообщества для ускорения прогресса за пределы того, что было возможно посредством разрозненных исследований в одной лаборатории.
Микрочиповый и транскриптомный анализ
Технология ДНК-микрочипов быстро стала применяться в исследованиях A. thaliana и привела к созданию «атласов» экспрессии генов в различных тканях и при различных условиях.
Syngenta разработала и публично поделилась значительной популяцией мутантов T-ДНК, коллекцией Syngenta Arabidopsis Insertion Library (SAIL). Инвестиции промышленности в исследования A. thaliana пострадали из-за закрытия исследовательского института Torrey Mesa (TMRI) компании Syngenta [68] , но оставались устойчивыми. Mendel Biotechnology
сверхэкспрессировала подавляющее большинство факторов транскрипции A. thaliana , чтобы генерировать зацепки для генной инженерии. Cereon Genomics, дочерняя компания Monsanto , секвенировала присоединение Landsberg erecta (с меньшим охватом, чем проект Col-0) и поделилась сборкой вместе с другими данными маркеров последовательности. [38] [69] [70]
подавление РНК
A. thaliana быстро стала важной моделью для изучения малых РНК растений . Мутант argonaute1 , названный так из-за сходства с осьминогами Argonauta , [71] дал название семейству белков Argonaute , играющему центральную роль в подавлении. [16]
Прямые генетические скрининги, сосредоточенные на изменении вегетативной фазы, выявили множество генов, контролирующих биогенез малых РНК. Несколько групп идентифицировали мутации в гене DICER-LIKE1 (кодирующем основной белок DICER, контролирующий биогенез микроРНК в растениях), которые вызывают серьезные дефекты развития. [72] A. thaliana стала важной моделью для РНК-направленного метилирования ДНК (транскрипционного подавления), отчасти потому, что многие мутанты метилирования A. thaliana жизнеспособны, чего нельзя сказать о нескольких модельных животных (у которых такие мутации вызывают летальность). [16]
Растущая популярность других модельных растений
По мере приближения к завершению проекта NSF 2010 наблюдалось заметное снижение интереса финансирующих агентств к A. thaliana , о чем свидетельствует прекращение финансирования исследований A. thaliana со стороны Министерства сельского хозяйства США [ требуется ссылка ] и прекращение финансирования NSF базы данных TAIR . [73] Эта тенденция совпала с прогрессом Национальной инициативы по геному растений (поддерживаемой NSF США), которая началась в 1998 году и уделяла повышенное внимание сельскохозяйственным культурам. Проект геномной последовательности риса
был опубликован в 2002 году [74] [75]
, а затем в 2009 году последовали публикации для сорго [76]
и кукурузы [77].
Проект генома модельного дерева Populus trichocarpa был опубликован в 2006 году. [78]
Проект генома Brachypodium distachyon , низкорослой модельной травы ( Poaceae ), был опубликован в 2010 году. [79]
Объединенный институт генома Министерства энергетики США определил тополь, сорго, B. distachyon , модельную траву C4 Setaria viridis (просо щетинистое), модельный мох Physcomitrella patens , модельную водоросль Chlamydomonas reinhardtii и сою в качестве «флагманских» видов для геномики растений, ориентированной на применение в биоэнергетике . [80]
Влияние технологий секвенирования второго и третьего поколения
A. thaliana продолжает оставаться предметом интенсивного изучения с использованием новых технологий, таких как высокопроизводительное секвенирование. Прямое секвенирование кДНК (« RNA-Seq ») в значительной степени заменило микрочиповый анализ экспрессии генов, и несколько исследований секвенировали кДНК из отдельных клеток ( scRNA-seq ), особенно из корневой ткани. [25]
Картирование мутаций из прямых скринингов все чаще выполняется с помощью прямого секвенирования генома, в некоторых случаях в сочетании с анализом сегрегантов
или обратным скрещиванием . [91] A. thaliana является ведущей моделью для изучения микробиома растений
и естественной генетической изменчивости, [16] [23] [24]
включая исследования ассоциаций по всему геному . Редактирование ДНК под руководством коротких РНК с помощью инструментов CRISPR применяется к A. thaliana с 2013 года. [92]
Внешние ссылки
Архив Электронной информационной службы по арабидопсису (AIS)
Отчеты многонационального руководящего комитета по арабидопсису (с 1990 г.) и протоколы заседаний
Онлайн-книга «Arabidopsis»
Сайт проекта 1001 геном
Ссылки
↑ Норт, Джеффри (30.05.1985). «Генетика растений: наконец-то растение вошло в пантеон?». Nature . 315 (6018): 366–367 . Bibcode : 1985Natur.315Q.366N. doi : 10.1038/315366a0 . ISSN 1476-4687.
^ Николас Уэйд (1999). «Генетики раскрывают секреты „сорняка“». New York Times .
^ Эндрю Поллак (2000). «Определена первая полная генетическая последовательность растения». New York Times .
^ ab Pennisi, Elizabeth (2000-10-06). " Arabidopsis comes of age ". Science . 290 (5489): 32– 35. doi :10.1126/science.290.5489.32. ISSN 0036-8075. PMID 11183143. S2CID 82370817.
^ ab Potter, Erik (2014). "От апатии к апогею". MIZZOU Magazine . hdl :10355/54855. Архивировано из оригинала 2014-10-12 . Получено 2014-08-22 .
^ abc Redei, GP (1975-12-01). " Arabidopsis как генетический инструмент". Annual Review of Genetics . 9 (1): 111– 127. doi :10.1146/annurev.ge.09.120175.000551. ISSN 0066-4197. PMID 1108762.
^ ab Эстель, MA; Сомервилл, Крис Р. (1986). «Мутанты Arabidopsis ». Тенденции в генетике . 2 : 89–93 . doi :10.1016/0168-9525(86)90190-3.
^ аб Редей, Джордж П. (1992). «Эвристический взгляд на прошлое генетики арабидопсиса». Методы исследования арабидопсиса . МИРОВАЯ НАУЧНАЯ. стр. 1–15 . doi : 10.1142/9789814439701_0001. ISBN978-981-02-0904-9. Получено 2022-02-10 .
^ ab Fink, Gerald R. (1998-06-01). «Анатомия революции». Genetics . 149 (2): 473– 477. doi :10.1093/genetics/149.2.473. ISSN 0016-6731 . PMC 1460179. PMID 9611166. Получено 22.10.2017 .
^ ab Meinke, David W.; Cherry, J. Michael; Dean, Caroline; Rounsley, Steven D.; Koornneef, Maarten (1998-10-23). " Arabidopsis thaliana : модельное растение для анализа генома ". Science . 282 (5389): 662– 682. Bibcode :1998Sci...282..662M. CiteSeerX 10.1.1.462.4735 . doi :10.1126/science.282.5389.662. ISSN 0036-8075. PMID 9784120.
^ ab Leonelli, Sabina (2007). «Выращивание сорняков, производство знаний: эпистемическая история Arabidopsis thaliana». История и философия наук о жизни . 29 (2): 193–223 . ISSN 0391-9714. JSTOR 23334228. PMID 18564512. Получено 31 августа 2023 г.
^ ab Koornneef, Maarten; Meinke, David (2010-03-01). «Развитие Arabidopsis как модельного растения». The Plant Journal . 61 (6): 909– 921. doi : 10.1111/j.1365-313X.2009.04086.x . ISSN 1365-313X. PMID 20409266.
^ ab Somssich, Marc (2019-02-28). Краткая история Arabidopsis thaliana (L.) Heynh. Columbia-0. PeerJ Preprints. doi : 10.7287/peerj.preprints.26931v5 . Получено 2021-06-20 .
^ Meinke, David W. (2020). «Идентификация генов EMBRYO-DEFECTIVE (EMB) на уровне генома, необходимых для роста и развития Arabidopsis». New Phytologist . 226 (2): 306–325 . doi : 10.1111/nph.16071 . ISSN 1469-8137. PMID 31334862. S2CID 198171553.
^ Проварт, Николас Дж; Брэди, Шивон М ; Парри, Герайнт; Шмитц, Роберт Дж; Квейч, Кристина; Бонетта, Дарио; Ваезе, Джейми; Шнебергер, Корбиниан; Лорейн, Энн Э (01 апреля 2021 г.). «Anno genominis XX: 20 лет геномики арабидопсиса». Растительная клетка . 33 (4): 832–845 . doi : 10.1093/plcell/koaa038. ISSN 1040-4651. ПМЦ 8226293 . ПМИД 33793861 . Проверено 25 апреля 2022 г.
^ Сомсич, Марк (2022). «Рассвет молекулярной биологии растений: как три ключевые методологии проложили путь». Current Protocols . 2 (4): –417. doi : 10.1002/cpz1.417 . ISSN 2691-1299 . Получено 01.11.2024 .
^ ab Нишимура, Марк Т.; Дангл, Джеффри Л. (2010-03-01). «Арабидопсис и иммунная система растений». The Plant Journal . 61 (6): 1053– 1066. doi :10.1111/j.1365-313X.2010.04131.x. ISSN 1365-313X. PMC 2859471. PMID 20409278 .
^ ab Weigel, Detlef (2012-01-01). "Естественная изменчивость Arabidopsis: от молекулярной генетики к экологической геномике". Физиология растений . 158 (1): 2– 22. doi :10.1104/pp.111.189845. ISSN 0032-0889. PMC 3252104. PMID 22147517 .
^ abcd Кремер, Уте (25.03.2015). «Посадка молекулярных функций в экологическом контексте с Arabidopsis thaliana». eLife . 4 : –06100. doi : 10.7554/eLife.06100 . ISSN 2050-084X. PMC 4373673 . PMID 25807084.
^ ab Шахан, Рэйчел; Нолан, Тревор М; Бенфей, Филип Н (2021-10-13). «Анализ идентичности клеток в апикальной меристеме корня Arabidopsis на основе отдельных клеток: идеи и возможности». Журнал экспериментальной ботаники . 72 (19): 6679– 6686. doi :10.1093/jxb/erab228. ISSN 0022-0957 . PMC 8513161. PMID 34018001. Получено 10.02.2022 .
^ ab Provart, Nicholas J.; Alonso, Jose; Assmann, Sarah M.; Bergmann, Dominique; Brady, Siobhan M.; Brkljacic, Jelena; Browse, John; Chapple, Clint; Colot, Vincent; Cutler, Sean; Dangl, Jeff; Ehrhardt, David; Friesner, Joanna D.; Frommer, Wolf B.; Grotewold, Erich; Meyerowitz, Elliot; Nemhauser, Jennifer ; Nordborg, Magnus; Pikaard, Craig; Shanklin, John; Somerville, Chris; Stitt, Mark; Torii, Keiko U.; Waese, Jamie; Wagner, Doris ; McCourt, Peter (2016-02-01). "50 лет исследований Arabidopsis: основные моменты и будущие направления". New Phytologist . 209 (3): 921– 944. doi : 10.1111/nph.13687 . ISSN 1469-8137. PMID 26465351.
^ Лайбах, Фредерик (1943). « Arabidopsis thaliana (L.) Heynh. als Objekt für Genetische und entwicklungsphysicalologische Untersuchungen». Бот. Архив . 44 : 439–455 .
^ Лайбах, Фридрих (1907). Zur Frage nach der Indianität der Chromosomen im Pflanzenreich (Thesis).
^ Рейнхольц, Эрна (1945). Auslösung von Röntgen-Mutationen bei Arabidopsis thaliana L. Heynh. und ihre Bedeutung für die Pflanzenzüchtung und Evolutionstheorie: Nebst Zusammenfassg (Thesis).
^ Leutwiler, Leslie S.; Hough-Evans, Barbara R.; Meyerowitz, Elliot M. (1984-04-01). "ДНК Arabidopsis thaliana ". Molecular and General Genetics . 194 ( 1– 2): 15– 23. doi :10.1007/BF00383491. ISSN 0026-8925. S2CID 22819802.
^ Pruitt, Robert E.; Meyerowitz, Elliot M. (1986-01-20). «Характеристика генома Arabidopsis thaliana». Журнал молекулярной биологии . 187 (2): 169– 183. doi :10.1016/0022-2836(86)90226-3. ISSN 0022-2836. PMID 3701864. Получено 03.10.2017 .
^ Мейеровиц, Эллиот М. (2023-01-09). "Эллиот М. Мейеровиц". Current Biology . 33 (1): –4–R6. Bibcode : 2023CBio...33R...4M. doi : 10.1016/j.cub.2022.11.040 . ISSN 0960-9822. PMID 36626864. S2CID 255548117.
^ Долан, Л.; Джанмаат, К.; Виллемсен, В.; Линстед, П.; Поэтиг, С.; Робертс, К.; Шерес, Б. (1 сентября 1993 г.). «Клеточная организация корня Arabidopsis thaliana». Разработка . 119 (1): 71–84 . doi :10.1242/dev.119.1.71. hdl : 1874/12639 . ISSN 0950-1991. ПМИД 8275865 . Проверено 10 февраля 2022 г.
^ Чанг, К.; Мейеровиц, Э.М. (1986-03-01). «Молекулярное клонирование и последовательность ДНК гена алкогольдегидрогеназы Arabidopsis thaliana». Труды Национальной академии наук . 83 (5): 1408–1412 . Bibcode : 1986PNAS...83.1408C. doi : 10.1073 /pnas.83.5.1408 . ISSN 0027-8424. PMC 323085. PMID 2937058.
^ Курниф, М.; ван Иден, Дж.; Ханхарт, CJ; Стам, П.; Брааксма, Ф.Дж.; Финстра, WJ (1 июля 1983 г.). «Карта связей Arabidopsis thaliana». Журнал наследственности . 74 (4): 265–272 . doi :10.1093/oxfordjournals.jhered.a109781. ISSN 0022-1503 . Проверено 26 августа 2023 г.
^ Луковиц, Вольфганг; Гиллмор, К. Стюарт; Шайбле, Вольф-Рюдигер (2000-07-01). «Позиционное клонирование в Arabidopsis. Почему приятно иметь геномную инициативу, работающую на вас». Физиология растений . 123 (3): 795– 806. doi :10.1104/pp.123.3.795. ISSN 0032-0889. PMC 1539260. PMID 10889228 .
^ ab Джандер, Георг; Норрис, Сьюзан Р.; Раунсли, Стивен Д.; Буш, Дэвид Ф.; Левин, Ирена М.; Ласт, Роберт Л. (2002-06-01). «Клонирование на основе карт арабидопсиса в эпоху постгенома». Физиология растений . 129 (2): 440– 450. doi :10.1104/pp.003533. ISSN 0032-0889. PMC 1540230. PMID 12068090 .
^ Арондель, В.; Лемье, Б.; Хванг, И.; Гибсон, С.; Гудман, ХМ; Сомервилл, К. Р. (1992-11-20). «Клонирование гена, контролирующего десатурацию жирных кислот омега-3 у Arabidopsis , на основе карты ». Science . 258 (5086): 1353– 1355. Bibcode :1992Sci...258.1353A. doi :10.1126/science.1455229. ISSN 0036-8075. PMID 1455229.
^ Листер, Клэр; Дин, Кэролайн (1993). «Рекомбинантные инбредные линии для картирования RFLP и фенотипических маркеров в Arabidopsis thaliana». The Plant Journal . 4 (4): 745–750 . doi : 10.1046/j.1365-313X.1993.04040745.x . ISSN 1365-313X.
^ Ллойд, Алан М.; Барнасон, Арлин Р.; Роджерс, Стивен Г.; Бирн, Майкл К.; Фрейли, Роберт Т.; Хорш, Роберт Б. (1986-10-24). «Трансформация Arabidopsis thaliana с помощью Agrobacterium tumefaciens». Science . 234 (4775): 464– 466. Bibcode :1986Sci...234..464L. doi :10.1126/science.234.4775.464. PMID 17792019. S2CID 22125701.
^ Клаф, Стивен Дж.; Бент, Эндрю Ф. (1998-12-01). "Цветочная окунание: упрощенный метод трансформации Arabidopsis thaliana с помощью Agrobacterium ". The Plant Journal . 16 (6): 735– 743. doi :10.1046/j.1365-313x.1998.00343.x. ISSN 1365-313X. PMID 10069079. S2CID 410286.
^ Krysan, Patrick J.; Young, Jeffery C.; Sussman, Michael R. (1999-12-01). "T-DNA как инсерционный мутаген в Arabidopsis". The Plant Cell . 11 (12): 2283– 2290. doi :10.1105/tpc.11.12.2283. ISSN 1040-4651. PMC 144136. PMID 10590158 .
^ Энрико С. Коэн; Эллиот М. Мейеровиц (1991). «Война завитков: генетические взаимодействия, контролирующие развитие цветка». Nature . 353 (6339): 31– 37. Bibcode :1991Natur.353...31C. doi :10.1038/353031a0. PMID 1715520. S2CID 4276098.
^ Боуман, Джон Л.; Смит, Дэвид Р.; Мейеровиц, Эллиот М. (15.11.2012). «ABC-модель развития цветка: тогда и сейчас». Development . 139 (22): 4095– 4098. doi : 10.1242/dev.083972 . ISSN 0950-1991. PMID 23093420.
^ Айриш, Вивиан (2017-09-11). "ABC-модель развития цветка". Current Biology . 27 (17): –887–R890. Bibcode : 2017CBio...27.R887I. doi : 10.1016/j.cub.2017.03.045 . ISSN 0960-9822. PMID 28898659.
^ Смит, Дэвид Р. (01.08.2023). «Как гены развития цветка были идентифицированы с использованием прямого генетического скрининга у Arabidopsis thaliana». Генетика . 224 (4). doi :10.1093/genetics/iyad102. ISSN 1943-2631 . PMC 10411571. PMID 37294732. Получено 26.08.2023 .
^ Schindler U, Beckmann H, Cashmore AR (июль 1993 г.). "HAT3.1, новый гомеодоменный белок Arabidopsis, содержащий консервативную богатую цистеином область". The Plant Journal . 4 (1): 137– 50. doi : 10.1046/j.1365-313x.1993.04010137.x . PMID 8106082.
^ Gatchalian, Jovylyn и Tatiana G. Kutateladze. Zhou, Ming-Ming, ed. "PHD finger as histone readers." In Histone Recognition , стр. 27-47. Springer, Cham, 2015.
^ Lincoln, C.; Long, J.; Yamaguchi, J.; Serikawa, K.; Hake, S. (1994-12-01). "Ген гомеобокса, подобный knotted1, у Arabidopsis экспрессируется в вегетативной меристеме и резко изменяет морфологию листьев при сверхэкспрессии в трансгенных растениях". The Plant Cell Online . 6 (12): 1859– 1876. doi :10.1105/tpc.6.12.1859. ISSN 1040-4651. PMC 160567 . PMID 7866029 . Получено 13.05.2013 .
^ Гоффо А., Баррелл Б.Г., Бусси Х., Дэвис Р.В., Дужон Б., Фельдманн Х., Галиберт Ф., Хохайзель Дж.Д., Жак С., Джонстон М., Луи Э.Дж., Мьюз Х.В., Мураками Ю., Филиппсен П., Теттелин Х., Оливер С.Г. (1996) ). «Жизнь с 6000 генами». Наука . 274 (5287): 546, 563–67 . Бибкод : 1996Sci...274..546G. дои : 10.1126/science.274.5287.546. PMID 8849441. S2CID 16763139.
^ Консорциум по секвенированию C. elegans (1998). «Последовательность генома нематоды C. elegans : платформа для исследования биологии». Science . 282 (5396): 2012– 2018. Bibcode :1998Sci...282.2012.. doi :10.1126/science.282.5396.2012. PMID 9851916.
^ Адамс, доктор медицинских наук, Селникер С.Е., Холт Р.А., Эванс Калифорния, Гокейн Дж.Д., Аманатидес П.Г. и др. (март 2000 г.). «Последовательность генома Drosophila melanogaster ». Наука . 287 (5461): 2185–95 . Бибкод : 2000Sci...287.2185.. CiteSeerX 10.1.1.549.8639 . дои : 10.1126/science.287.5461.2185. ПМИД 10731132.
^ Ньюман, Т.; Брейн, Ф.Дж. де; Грин, П.; Кигстра, К.; Кенде, Х.; Макинтош, Л.; Олрогге, Дж.; Райхель, Наташа ; Сомервилл, С.; Томасшоу, М.; Ретцель, Э.; Сомервилл, К. (1 декабря 1994 г.). «Изобилие генов: краткое изложение методов доступа к результатам крупномасштабного частичного секвенирования анонимных клонов кДНК Arabidopsis». Физиология растений . 106 (4): 1241–1255 . doi :10.1104/стр.106.4.1241. ISSN 0032-0889. ПМК 159661 . ПМИД 7846151.
^ Somerville, S; Somerville, C (1996). «Arabidopsis в 7 лет: все еще растет как сорняк». The Plant Cell . 8 (11): 1917– 1933. doi : 10.2307/3870402. ISSN 1040-4651. JSTOR 3870402. PMC 161324. PMID 8953765.
^ Консорциум Европейского союза по секвенированию генома хромосомы 3 Arabidopsis; Исследования, Институт геномики; Институт исследований ДНК Kazusa (2000-12-14). "Последовательность и анализ хромосомы 3 растения Arabidopsis thaliana ". Nature . 408 (6814): 820– 2. Bibcode : 2000Natur.408..820E. doi : 10.1038/35048706. ISSN 1476-4687. PMID 11130713. S2CID 186245749.{{cite journal}}: CS1 maint: числовые имена: список авторов ( ссылка )
^ Институт, Kazusa DNA Research; Консорциум, Cold Spring Harbor и Вашингтонский университет по секвенированию; Консорциум, Европейский союз по секвенированию генома Arabidopsis; Исследования (IPK), Институт генетики растений и сельскохозяйственных культур (2000-12-14). "Последовательность и анализ хромосомы 5 растения Arabidopsis thaliana ". Nature . 408 (6814): 823– 6. Bibcode :2000Natur.408..823K. doi :10.1038/35048507. ISSN 1476-4687. PMID 11130714. S2CID 186243532.
^ Чори, Джоанн; Экер, Джозеф Р.; Бриггс, Стив; Кабош, Мишель; Коруцци, Глория М.; Кук, Дуг; Дангл, Джеффри; Грант, Сара; Герино, Мэри Лу; Хеникофф, Стивен; Мартиенссен, Роб; Окада, Киётака; Райхель, Наташа В.; Сомервилл, Крис Р.; Вайгель, Детлеф (01.06.2000). «Отчет о спонсируемом Национальным научным фондом семинаре: «Проект 2010 года». Функциональная геномика и виртуальное растение. План понимания того, как строятся растения, и как их улучшить». Физиология растений . 123 (2): 423– 426. doi :10.1104/pp.123.2.423. ISSN 0032-0889. PMC 1539254. PMID 10859172 .
^ Сомервилл, Крис; Дангл, Джефф (15.12.2000). «Биология растений в 2010 году». Science . 290 (5499): 2077– 2078. doi :10.1126/science.290.5499.2077. ISSN 0036-8075. PMID 11187833. S2CID 82836727.
^ О'Мэлли, Ронан К.; Экер, Джозеф Р. (2010-03-01). «Связывание генотипа с фенотипом с использованием коллекции немутантов Arabidopsis». The Plant Journal . 61 (6): 928–940 . doi : 10.1111/j.1365-313X.2010.04119.x . ISSN 1365-313X. PMID 20409268.
^ Фогель, Гретхен (13.12.2002). «Отступление от Торри Меса: холодный ветер в исследованиях сельского хозяйства». Science . 298 (5601): 2106. doi :10.1126/science.298.5601.2106a. PMID 12481105. S2CID 44440094 . Получено 23.02.2022 .
^ Раунсли, Стивен (2003-10-01). «Распределение богатства. Механика выпуска данных из промышленности». Физиология растений . 133 (2): 438– 440. doi :10.1104/pp.103.024141. ISSN 0032-0889 . PMC 523870. PMID 14555770. Получено 2022-02-23 .
^ Раунсли, Стивен Д.; Ласт, Роберт Л. (2010). «Дробовики и SNP: как быстрое и дешевое секвенирование революционизирует биологию растений». The Plant Journal . 61 (6): 922– 927. doi :10.1111/j.1365-313X.2009.04030.x. ISSN 1365-313X. PMID 20409267. Получено 23.02.2022 .
^ Бомерт, Карен; Камю, Изабель; Беллини, Екатерина; Буше, Дэвид; Кабош, Мишель; Беннинг, Кристоф (1 января 1998 г.). «AGO1 определяет новый локус Arabidopsis, контролирующий развитие листьев». Журнал ЭМБО . 17 (1): 170–180 . doi :10.1093/emboj/17.1.170. ISSN 0261-4189. ПМК 1170368 . ПМИД 9427751.
^ Schauer, Stephen E; Jacobsen, Steven E; Meinke, David W; Ray, Animesh (2002-11-01). "DICER-LIKE1: слепые люди и слоны в развитии Arabidopsis". Trends in Plant Science . 7 (11): 487– 491. doi :10.1016/S1360-1385(02)02355-5. ISSN 1360-1385. PMID 12417148. Получено 09.06.2017 .
^ Эбботт, Элисон (18.11.2009). «База данных генетики растений под угрозой из-за нехватки средств». Nature News . 462 (7271): 258– 259. doi : 10.1038/462258b . ISSN 0028-0836. PMID 19924178.
^ Ю, Джун; и др. (2002-04-05). "Черновик последовательности генома риса (Oryza sativa L. ssp. indica)". Science . 296 (5565): 79– 92. Bibcode :2002Sci...296...79Y. doi :10.1126/science.1068037. PMID 11935017. S2CID 208529258 . Получено 2021-10-01 .
^ Шнабл, Патрик С.; и др. (2009-11-20). «Геном кукурузы B73: сложность, разнообразие и динамика». Science . 326 (5956): 1112– 1115. Bibcode :2009Sci...326.1112S. doi :10.1126/science.1178534. PMID 19965430. S2CID 21433160 . Получено 01.10.2021 .
^ Тускан Г.А., Дифазио С., Янссон С., Больманн Дж., Григорьев И., Хеллстен Ю. и др. (сентябрь 2006 г.). «Геном черного тополя Populus trichocarpa (Torr. & Grey)». Наука . 313 (5793): 1596–604 . Бибкод : 2006Sci...313.1596T. дои : 10.1126/science.1128691. PMID 16973872. S2CID 7717980.
^ Vogel, John P.; et al. (2010). «Секвенирование генома и анализ модельной травы Brachypodium distachyon». Nature . 463 (7282): 763– 768. Bibcode :2010Natur.463..763T. doi : 10.1038/nature08747 . ISSN 1476-4687. PMID 20148030. S2CID 4367075.
^ "Plant Flagship Genomes". DOE Joint Genome Institute . Получено 2022-02-10 .
^ Ausubel, Frederick M. (2014-10-01). «Повороты и неожиданности: мой карьерный путь и опасения по поводу будущего». Genetics . 198 (2): 431– 434. doi :10.1534/genetics.114.169102. ISSN 0016-6731. PMC 4196596 . PMID 25316778 . Получено 22.10.2017 .
^ "Эллиот Мейеровиц Кристофер Сомервилл - Премия Бальзана по молекулярной генетике растений". Milano Zurigo . Получено 20 декабря 2017 г.
^ "Исследователи программы по науке о растениях HHMI-GBMF 2011 года". HHMI . Получено 2021-07-02 .
^ "Новая программа усиливает поддержку ученых-ботанологов в критический момент". HHMI . Получено 2021-07-02 .
^ Гутман, Бенджамин Л.; Ниёги, Кришна К. (2004-06-01). «Chlamydomonas and Arabidopsis. A Dynamic Duo». Plant Physiology . 135 (2): 607– 610. doi :10.1104/pp.104.041491. ISSN 0032-0889 . PMC 514095. PMID 15208408. Получено 2021-07-02 .
^ "Джоан Чори". ХХМИ . Проверено 2 июля 2021 г.
^ "Премия за прорыв – Лауреаты премии за прорыв в области естественных наук – Джоан Чори" . Получено 26.08.2023 .
^ "Дафна Пройсс". HHMI . Получено 2021-07-02 .
^ "Стивен Э. Джейкобсен". ХХМИ . Проверено 2 июля 2021 г.
^ "Caroline Dean". Wolf Foundation . 2020-01-13. Архивировано из оригинала 25 января 2020 г. Получено 2023-09-13 .
^ Шнеебергер, Корбиниан (2014). «Использование секвенирования следующего поколения для изоляции мутантных генов из прямых генетических скринингов». Nature Reviews Genetics . 15 (10): 662– 676. doi : 10.1038/nrg3745. hdl : 11858/00-001M-0000-0024-CF80-4 . ISSN 1471-0056. PMID 25139187. S2CID 1822657.
^ Ли, Цзянь-Фэн; Норвилл, Джули Э.; Аах, Джон; МакКормак, Мэтью; Чжан, Дандан; Буш, Дженифер; Чёрч, Джордж М.; Шин, Джен (2013). «Мультиплексное и гомологичное рекомбинационно-опосредованное редактирование генома у Arabidopsis и Nicotiana benthamiana с использованием направляющей РНК и Cas9». Nature Biotechnology . 31 (8): 688– 691. doi :10.1038/nbt.2654. ISSN 1087-0156. PMC 4078740 . PMID 23929339.