Анализ сегрегации в массе

Идентификация генетических маркеров посредством анализа на основе фенотипа

Анализ сегрегантов методом Bulked ( BSA ) — это метод, используемый для идентификации генетических маркеров , связанных с мутантным фенотипом . Это позволяет генетикам обнаружить гены, отвечающие за определенные интересующие признаки, такие как устойчивость к болезням или восприимчивость.

Этот метод подразумевает формирование двух групп, которые демонстрируют противоположные фенотипы для интересующего признака. Например, особи в одной группе устойчивы к заболеванию, тогда как особи во второй группе — нет. Затем создаются два образца ДНК путем объединения ДНК всех особей в каждой группе.

Эти два объединенных образца затем можно проанализировать с помощью таких методов, как полиморфизм длины рестрикционных фрагментов или RAPD, чтобы обнаружить сходства и различия в различных локусах генома. Две группы будут иметь случайное распределение аллелей во всех локусах генома, за исключением локусов, которые связаны с мутацией. ^[1] Последовательное различие в локусе между двумя объединенными образцами, вероятно, означает, что локус связан с интересующей мутацией.

Формирование групп тестирования

У животных особи, составляющие две тестовые группы, обычно получаются путем скрещивания двух братьев и сестер , гетерозиготных по интересующей мутации. Использование братьев и сестер необходимо для того, чтобы гарантировать, что аллели, способствующие мутации, одинаковы у особей.

В различных локусах групп должно быть минимальное количество гетерозиготности, чтобы можно было идентифицировать гены, связанные с интересующим признаком. Поскольку большинство лабораторных штаммов являются инбридинговыми, ауткроссинг гомозиготной мутировавшей особи с полиморфным штаммом имеет важное значение для создания эффективных тестовых групп. Потомство скрещивается друг с другом для создания тестовых групп. ^[2]

Методы анализа

Образцы ДНК в больших объемах можно анализировать с помощью саузерн-блоттинга . Для анализа RFLP или RAPD требуется использование ферментов рестрикции или ПЦР-амплификации ДНК соответственно. В этих методах анализируемыми локусами являются сайты рестрикции и последовательности, к которым прикрепляются праймеры ПЦР. Эти сайты обычно располагаются по всему геному. После обнаружения связанных локусов их можно картировать и определять расстояния сцепления между ними. ^[3]

Ссылки

^ МакКлин, Филлип (1992). «Специализированные темы картографии». Университет штата Северная Дакота . Получено 9 ноября 2014 г.
^ Хенке, К; Боуэн, М; Харрис, М (15 августа 2013 г.). «Перспективы идентификации мутаций у рыбок данио-рерио: использование технологий секвенирования следующего поколения для передовых генетических подходов». Методы . 62 (3): 185– 196. doi :10.1016/j.ymeth.2013.05.015. PMID 23748111.
^ Michelmore, R; Paran, I; Kesseli, R (1 ноября 1991 г.). «Идентификация маркеров, связанных с генами устойчивости к болезням, с помощью анализа сегрегантов методом Bulked Segregant: быстрый метод обнаружения маркеров в определенных геномных регионах с использованием сегрегирующих популяций». Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки . 88 (21): 9828– 9832. doi : 10.1073/pnas.88.21.9828 . PMC 52814. PMID 1682921 .

[1] МакКлин, Филлип (1992). «Специализированные темы картографии». Университет штата Северная Дакота . Получено 9 ноября 2014 г.

[2] Хенке, К; Боуэн, М; Харрис, М (15 августа 2013 г.). «Перспективы идентификации мутаций у рыбок данио-рерио: использование технологий секвенирования следующего поколения для передовых генетических подходов». Методы . 62 (3): 185– 196. doi :10.1016/j.ymeth.2013.05.015. PMID 23748111.

[3] Michelmore, R; Paran, I; Kesseli, R (1 ноября 1991 г.). «Идентификация маркеров, связанных с генами устойчивости к болезням, с помощью анализа сегрегантов методом Bulked Segregant: быстрый метод обнаружения маркеров в определенных геномных регионах с использованием сегрегирующих популяций». Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки . 88 (21): 9828– 9832. doi : 10.1073/pnas.88.21.9828 . PMC 52814. PMID 1682921 .