Генный конструктор

Генный конструктор
	Gene Designer Sequence View позволяет манипулировать элементами последовательности, выбором кодонов и позициями олигонуклеотидов . Быстрый поиск мотивов последовательности , сайтов рестрикции и открытых рамок считывания .
Разработчик(и)	АТУМ
Первоначальный выпуск	2006 ; 19 лет назад ( 2006 )
Стабильный релиз	2.01.191 / 9 октября 2015 г. ; 9 лет назад ( 2015-10-09 )
Операционная система	Windows , MacOS , Linux
Платформа	x86 , x86-64
Доступно в	Английский
Тип	Инструментарий молекулярной биологии
Лицензия	Бесплатное ПО , требуется регистрация
Веб-сайт	www.atum.bio/resources/tools/gene-designer

Разработчик генов Atum

Gene Designer — это компьютерный программный пакет для биоинформатики . ^[1]^[2] Он используется молекулярными биологами из академических кругов, правительства, фармацевтической, химической, сельскохозяйственной и биотехнологической отраслей для проектирования, ^[3] клонирования и проверки генетических последовательностей. Это проприетарное программное обеспечение , выпущенное как бесплатное программное обеспечение, требующее регистрации.

Функции

Gene Designer позволяет молекулярным биологам управлять всем процессом проектирования генов в одном приложении, используя ряд инструментов проектирования.

Алгоритмы для клонирования in silico , оптимизации кодонов , обратной трансляции и проектирования праймеров
Графический молекулярный вид для отображения, аннотирования и редактирования конструкций
Настраиваемая база данных для хранения, управления и отслеживания генетических элементов, генов и конструкций
Интерфейс перетаскивания для перемещения элементов последовательности внутри конструкций или между ними (запатентованная функция)
Функция поиска мотивов последовательностей , сайтов рестрикции и открытых рамок считывания
Оптимизация кодонов для производства рекомбинантного белка в любом организме с использованием нескольких алгоритмов
Удалить или добавить сайты рестрикции или другие мотивы последовательности
Перекодировать открытые рамки считывания
Проверьте рамки трансляции и соединения слияния
Разработка олигонуклеотидов для секвенирования праймеров , включает калькулятор точки плавления в реальном времени
Инструмент клонирования с возможностью перетаскивания для вырезания, объединения и клонирования , вставки и векторизации

Gene Designer клонирует с помощью функции перетаскивания. Пользователи могут перетаскивать вектор и вставлять его в инструмент клонирования; вырезать, объединять и клонировать . Gene Designer собирает клон , который затем можно напрямую перетащить в проект.

Использование преподавателями и студентами

Это бесплатное программное обеспечение было включено в учебные планы классов и лабораторий по синтетической биологии, системной биологии, биоинженерии и биоинформатике. Студенты создают и завершают проекты, которые управляют полным процессом проектирования генов в одном приложении, используя ряд инструментов проектирования.

Примеры использования в учебных программах:

Курс синтетической фотоники; Университет штата Юта, Инженерный колледж ^[4]
Лабораторный проект с использованием Gene Designer 2.0 ^[5]
Обзор урока по системной биологии ^[6]
Обзор урока синтетической биологии ^[7]
Студенческие проекты ^[8]

Смотрите также

Ссылки

^ Виллалобос, Алан; Несс, Джон Э.; Густафссон, Клас; Миншалл, Джереми; Говиндараджан, Шридхар (2006). «Gene Designer: синтетический биологический инструмент для создания искусственных сегментов ДНК». BMC Bioinformatics . 7 : 285. doi : 10.1186/1471-2105-7-285 . PMC 1523223. PMID 16756672 .
^ Виллалобос, Алан; Уэлч, Марк; Миншалл, Джереми (2012). «In Silico Design of Functional DNA Constructs». В Peccoud, Jean (ред.). Gene Synthesis: Methods and Protocols . Methods in Molecular Biology. Vol. 852. pp. 197–213 . doi :10.1007/978-1-61779-564-0_15. ISBN 978-1-61779-563-3. PMID 22328435.
^ Welch, M; Villalobos, A; Gustafsson, C; Minshull, J (2011). «Проектирование генов для успешной экспрессии белков». В Voigt, Christopher (ред.). Synthetic Biology, Часть B: Computer Aided Design and DNA Assembly . Methods in Enzymology. Vol. 498. pp. 43–66 . doi :10.1016/B978-0-12-385120-8.00003-6. ISBN 9780123851208. PMID 21601673.
^ [1]
^ [2]
^ [3]
^ [4]
^ [5]

Патент США 7,805,252. Системы и методы для проектирования и упорядочивания полинуклеотидов. Густафссон, Говиндараджан, Несс, Виллалобос и Миншалл.

Внешние ссылки

Официальный сайт

[1] Виллалобос, Алан; Несс, Джон Э.; Густафссон, Клас; Миншалл, Джереми; Говиндараджан, Шридхар (2006). «Gene Designer: синтетический биологический инструмент для создания искусственных сегментов ДНК». BMC Bioinformatics . 7 : 285. doi : 10.1186/1471-2105-7-285 . PMC 1523223. PMID 16756672 .

[2] Виллалобос, Алан; Уэлч, Марк; Миншалл, Джереми (2012). «In Silico Design of Functional DNA Constructs». В Peccoud, Jean (ред.). Gene Synthesis: Methods and Protocols . Methods in Molecular Biology. Vol. 852. pp. 197–213 . doi :10.1007/978-1-61779-564-0_15. ISBN 978-1-61779-563-3. PMID 22328435.

[3] Welch, M; Villalobos, A; Gustafsson, C; Minshull, J (2011). «Проектирование генов для успешной экспрессии белков». В Voigt, Christopher (ред.). Synthetic Biology, Часть B: Computer Aided Design and DNA Assembly . Methods in Enzymology. Vol. 498. pp. 43–66 . doi :10.1016/B978-0-12-385120-8.00003-6. ISBN 9780123851208. PMID 21601673.

[4] [1]

[5] [2]

[6] [3]

[7] [4]

[8] [5]