АТУМ

АТУМ
Тип компании	Частный
Промышленность	Биотехнология
Основан	2003
Основатели	Шридхар Говиндараджан, Клаас Густафссон, Джереми Миншалл, Джон Несс
Штаб-квартира	Ньюарк , Калифорния, Соединенные Штаты
Продукция	Искусственный синтез генов , белковая инженерия , производство белков , биоинформатика , разработка клеточных линий, транспозазы

American biotechnology company

ATUM — американская биотехнологическая компания. ATUM предоставляет инструменты для проектирования и синтеза оптимизированной ДНК , а также производства белка и разработки клеточных линий GMP .

Компания

ATUM (ранее DNA2.0 ) была основана в 2003 году в Менло-Парке , Калифорния . Компания является частной ^[1] и продолжает вести все исследования, разработки и производство в Калифорнии, в настоящее время на своем предприятии площадью 50 000 кв. футов в Ньюарке. ^[2] Она начиналась и продолжает свою деятельность как поставщик услуг по генному синтезу и белковой инженерии для академических кругов, правительства, фармацевтической, химической, сельскохозяйственной и биотехнологической отраслей. Генный синтез быстро заменил молекулярное клонирование для многих академических и корпоративных лабораторий, как «литейные цеха для века биотехнологий», позволяющие изготавливать гены по индивидуальному заказу для биологических исследований. ^[3]

DNA2.0 был показан на шоу PBS Nova ScienceNow^[4] , чтобы показать, как гены создаются синтетически в лаборатории. В 2008 году компания предоставила некоторые из участков ДНК, используемых для создания синтетического бактериального генома . ^[5]

Dan Rather Reports включили DNA2.0 в свой эпизод, посвященный синтетической биологии ^[6], и рассказали о том, как эта область решает «некоторые из важнейших проблем, с которыми сталкивается мир».^[6]

В 2009 году журнал The Scientist назвал алгоритмы дизайна кодонов ^[7] (теперь торговая марка GeneGPS), разработанные DNA2.0, одной из «10 лучших инноваций» года для наук о жизни . ^[8] ATUM разработала систему Electra Vector System, универсальную систему клонирования , которая использует фермент рестрикции типа IIS SapI и ДНК-лигазу T4 в однопробирочной реакции. ^[9] ATUM сделала некоторые молекулярные компоненты, такие как синтетические флуоресцентные белки, доступными в коллекциях частей ДНК с открытым доступом ( BioBricks Foundation ). ^[10] Atum является одним из основателей Международного консорциума по синтезу генов (IGSC) для содействия биобезопасности в индустрии синтеза генов. ^[11]^[12] Опубликовано более 1200 ^[13] научных статей с использованием продуктов и/или услуг DNA2.0, из которых 44 ^[14] включают сотрудников компании в качестве авторов.

Инструменты исследования

Gene Designer — это бесплатный пакет программного обеспечения для биоинформатики . ^[15]^[16] Он используется молекулярными биологами для проектирования, ^[17] клонирования и проверки генетических последовательностей. ^[18]
Бесплатный инструмент проектирования gRNA с алгоритмами оценки для CRISPR .
DNA ATLAS — это бесплатный инструмент картирования плазмид, позволяющий отображать такие особенности, как промоторы , маркеры , сайты рестрикции и открытые рамки считывания в любой последовательности вектора ДНК .
Онлайн-инструментарий по биоинформатике был выбран журналом Genetic Engineering News в качестве лучшего в Интернете. ^[19]

Партнерства

Медицинская школа Перельмана при Пенсильванском университете будет использовать технологию GeneGPS, разработанную ATUM, в первую очередь для поддержки работы Программы генной терапии по разработке вакцины против ВИЧ-1 путем оптимизации экспрессии белка in vivo. ^[20]^[21]
Центр исследований инфекций и иммунитета при Университете Св. Георгия, Лондонский университет и Atum объединились для разработки фармацевтических препаратов на растительной основе. ^[22]
Компании Adimab LLC и ATUM объединили усилия в области открытия и биопроизводства антител посредством проектирования и создания библиотек антител.
Компания Cytovance Biologics использует GeneGPS от ATUM как часть своей системы экспрессии Keystone для разработки штаммов микроорганизмов для успешного биопроизводства.
Компания Archer Daniels Midland применяет фирменную технологию белковой инженерии ATUM, ProteinGPS, к промышленным процессам ферментной инженерии ADM . ^[23]
ATUM является спонсором BioBuilder — ресурса для практических занятий и познавательных анимаций по синтетической биологии для учащихся средних и старших классов, а также учителей; основанного доктором Натали Кулделл из Массачусетского технологического института.

Ссылки

^ Дуан, Мэри (18 октября 2009 г.). «Синтез генов: для ДНК 2.0 это не проблема». Silicon Valley Business Journal . Сан-Хосе, Калифорния.
^ "DNA2.0 создает современный биопроизводственный объект в Ньюарке, Калифорния". MercuryNews.com . The San Jose Mercury News . Получено 22 марта 2016 г. .
↑ Поллак (12 сентября 2007 г.). «Как вам ваши гены? Биофабы принимают заказы». The New York Times . Нью-Йорк.
^ "Искусственная жизнь". Nova ScienceNow . 18 октября 2005 г. PBS .
↑ Поллак (24 января 2008 г.). «Ученые делают новый шаг к рукотворной жизни». The New York Times . Нью-Йорк.
^ ab "Cutting Edge". Dan Rather Reports . 30 апреля 2013 г. AXS TV .
^ Уэлч; Говиндараджан; Несс; Виллалобос; Герни; Миншалл; Густафссон (14 сентября 2009 г.). «Параметры проектирования для управления экспрессией синтетических генов в Escherichia coli». PLOS ONE . 4 (9): e7002. doi : 10.1371/journal.pone.0007002 . PMC 2736378 . PMID 19759823.
^ "10 лучших инноваций 2009 года". The Scientist . 23 (12): 41–52 . 1 декабря 2009 г.
^ Уитмен; Гор; Несс; Теодору; Миншалл (июнь 2013 г.), «Быстрое, безрубцовое клонирование фрагментов генов с использованием SapI, ДНК-лигазы T4 и векторной системы DNA2.0 Electra» (PDF) , NEB Expressions , II : 8
^ Ледфорд, Хайди (4 июля 2013 г.). «Биоинженеры смотрят дальше патентов». Nature . 499 (7456). Macmillan Publishers Limited: 16– 17. doi : 10.1038/499016a . PMID 23823774.
^ Хейден, Эрика Чек (18 ноября 2009 г.). «Производители генов формируют коалицию безопасности». Nature . doi :10.1038/news.2009.1095.
^ «Геносинтезирующие компании устанавливают протокол биобезопасности», Genetic Engineering & Biotechnology News , 18 ноября 2009 г.
^ "Поиск по всем базам данных литературы". 29 апреля 2016 г.
^ "Поиск в базе данных литературы. Принадлежность автора:DNA2.0". 29 апреля 2016 г.
^ Виллалобос, Алан; Несс, Джон Э.; Густафссон, Клас; Миншалл, Джереми; Говиндараджан, Шридхар (2006). «Gene Designer: синтетический биологический инструмент для создания искусственных сегментов ДНК». BMC Bioinformatics . 7 : 285. doi : 10.1186/1471-2105-7-285 . PMC 1523223. PMID 16756672 .
^ Виллалобос, Алан; Уэлч, Марк; Миншалл, Джереми (2012). «In Silico Design of Functional DNA Constructs». Синтез генов . Методы в молекулярной биологии. Т. 852. С. 197–213 . doi :10.1007/978-1-61779-564-0_15. ISBN 978-1-61779-563-3. PMID 22328435.
^ Уэлч, М.; Виллалобос, А.; Густафссон, К.; Миншалл, Дж. (2011). Проектирование генов для успешной экспрессии белков . Методы в энзимологии. Т. 498. С. 43–66 . doi :10.1016/B978-0-12-385120-8.00003-6. ISBN 9780123851208. PMID 21601673.
↑ Дэнс, Эмбер (1 июля 2012 г.). «Подвинься, Мать-природа». The Scientist .
^ "Лучшее из Интернета". Новости генной инженерии . 15 апреля 2007 г.
^ «Оптимизация экспрессии генов с помощью технологии DNA2.0». GEN . 14 ноября 2012 г.
↑ McEnery, Regina (4 февраля 2013 г.), «Доставка ДНК», VAX: The Bulletin on AIDS Vaccine Research , 11 (1), архивировано из оригинала 29 ноября 2014 г. , извлечено 19 ноября 2014 г.
^ Коэн, Брайан (24 декабря 2013 г.). «DNA2.0 объявляет о биофармацевтическом партнерстве с St. George's». Новости о вакцинах .
^ "ADM и DNA2.0 заключают соглашение о доступе и обслуживании технологий белковой инженерии". San Jose Mercury News . Сан-Хосе, Калифорния. 17 ноября 2014 г.

[1] Дуан, Мэри (18 октября 2009 г.). «Синтез генов: для ДНК 2.0 это не проблема». Silicon Valley Business Journal . Сан-Хосе, Калифорния.

[2] "DNA2.0 создает современный биопроизводственный объект в Ньюарке, Калифорния". MercuryNews.com . The San Jose Mercury News . Получено 22 марта 2016 г. .

[3] Поллак (12 сентября 2007 г.). «Как вам ваши гены? Биофабы принимают заказы». The New York Times . Нью-Йорк.

[4] "Искусственная жизнь". Nova ScienceNow . 18 октября 2005 г. PBS .

[5] Поллак (24 января 2008 г.). «Ученые делают новый шаг к рукотворной жизни». The New York Times . Нью-Йорк.

[dan-6] "Cutting Edge". Dan Rather Reports . 30 апреля 2013 г. AXS TV .

[7] Уэлч; Говиндараджан; Несс; Виллалобос; Герни; Миншалл; Густафссон (14 сентября 2009 г.). «Параметры проектирования для управления экспрессией синтетических генов в Escherichia coli». PLOS ONE . 4 (9): e7002. doi : 10.1371/journal.pone.0007002 . PMC 2736378 . PMID 19759823.

[8] "10 лучших инноваций 2009 года". The Scientist . 23 (12): 41–52 . 1 декабря 2009 г.

[9] Уитмен; Гор; Несс; Теодору; Миншалл (июнь 2013 г.), «Быстрое, безрубцовое клонирование фрагментов генов с использованием SapI, ДНК-лигазы T4 и векторной системы DNA2.0 Electra» (PDF) , NEB Expressions , II : 8

[10] Ледфорд, Хайди (4 июля 2013 г.). «Биоинженеры смотрят дальше патентов». Nature . 499 (7456). Macmillan Publishers Limited: 16– 17. doi : 10.1038/499016a . PMID 23823774.

[11] Хейден, Эрика Чек (18 ноября 2009 г.). «Производители генов формируют коалицию безопасности». Nature . doi :10.1038/news.2009.1095.

[12] «Геносинтезирующие компании устанавливают протокол биобезопасности», Genetic Engineering & Biotechnology News , 18 ноября 2009 г.

[13] "Поиск по всем базам данных литературы". 29 апреля 2016 г.

[14] "Поиск в базе данных литературы. Принадлежность автора:DNA2.0". 29 апреля 2016 г.

[15] Виллалобос, Алан; Несс, Джон Э.; Густафссон, Клас; Миншалл, Джереми; Говиндараджан, Шридхар (2006). «Gene Designer: синтетический биологический инструмент для создания искусственных сегментов ДНК». BMC Bioinformatics . 7 : 285. doi : 10.1186/1471-2105-7-285 . PMC 1523223. PMID 16756672 .

[16] Виллалобос, Алан; Уэлч, Марк; Миншалл, Джереми (2012). «In Silico Design of Functional DNA Constructs». Синтез генов . Методы в молекулярной биологии. Т. 852. С. 197–213 . doi :10.1007/978-1-61779-564-0_15. ISBN 978-1-61779-563-3. PMID 22328435.

[17] Уэлч, М.; Виллалобос, А.; Густафссон, К.; Миншалл, Дж. (2011). Проектирование генов для успешной экспрессии белков . Методы в энзимологии. Т. 498. С. 43–66 . doi :10.1016/B978-0-12-385120-8.00003-6. ISBN 9780123851208. PMID 21601673.

[18] Дэнс, Эмбер (1 июля 2012 г.). «Подвинься, Мать-природа». The Scientist .

[19] "Лучшее из Интернета". Новости генной инженерии . 15 апреля 2007 г.

[20] «Оптимизация экспрессии генов с помощью технологии DNA2.0». GEN . 14 ноября 2012 г.

[21] McEnery, Regina (4 февраля 2013 г.), «Доставка ДНК», VAX: The Bulletin on AIDS Vaccine Research , 11 (1), архивировано из оригинала 29 ноября 2014 г. , извлечено 19 ноября 2014 г.

[22] Коэн, Брайан (24 декабря 2013 г.). «DNA2.0 объявляет о биофармацевтическом партнерстве с St. George's». Новости о вакцинах .

[23] "ADM и DNA2.0 заключают соглашение о доступе и обслуживании технологий белковой инженерии". San Jose Mercury News . Сан-Хосе, Калифорния. 17 ноября 2014 г.