DEPDC5
Ген, кодирующий белок у вида Homo sapiens
DEPDC5
Идентификаторы
ПсевдонимыDEPDC5 , DEP.5, FFEVF, домен DEP, содержащий 5, FFEVF1, домен DEP, содержащий 5, субъединица подкомплекса GATOR1
Внешние идентификаторыОМИМ : 614191; МГИ : 2141101; гомологен : 34718; GeneCards : DEPDC5; OMA :DEPDC5 — ортологи
Ортологи
РазновидностьЧеловекМышь
Энтрез

9681

277854

Ансамбль

ENSG00000100150

ENSMUSG00000037426

UniProt

О75140

Р61460

РефСек (мРНК)

NM_001025426
NM_001170567
NM_177786
NM_001360014

RefSeq (белок)
Местоположение (UCSC)Хр 22: 31,75 – 31,91 МбХр 5: 33.02 – 33.15 Мб
Поиск в PubMed[3][4]
Викиданные
Просмотр/редактирование человекаПросмотр/редактирование мыши

DEPDC5 (или домен DEP, содержащий 5 ) — это человеческий белок с плохо изученной функцией, но в нескольких исследованиях его связывали с раком . [5] [6] Он кодируется геном с таким же названием, расположенным на хромосоме 22 .

Функция

Функция DEPDC5 пока неизвестна, но предполагается, что она участвует во внутриклеточной передаче сигнала на основе гомологии между доменами DEP DEPDC5 и Dishevelled-1 ( DVL1 ). [7]

Мутации в этом гене связаны со случаями фокальной эпилепсии (doi:10.1038/ng.2601).

Ген

У Homo sapiens ген DEPDC5 локализован на длинном плече хромосомы 22, 22q12.2-q12.3, между генами PRRL14 и YWHAH . Клиническая значимость этого гена включает интронный SNP (rs1012068), который был связан с 2-кратным увеличением риска гепатоцеллюлярной карциномы . [5]

Структура

Домены

ДЕП

Домен DEP получил свое название от белков Dishevelled , Egl-10 и Pleckstrin , каждый из которых содержит вариант этого домена. [8] Он охватывает 82 остатка и составляет 343 аминокислоты от C-конца . SWISS-MODEL предсказывает два бета-слоя и три альфа-спирали, содержащиеся в домене. [9]

Хотя его точная функция неизвестна, домен DEPDC5 DEP имеет наибольшее структурное сходство с доменом DEP DVL1 при выполнении CBLAST в NCBI . [10] Выравнивание оценивается как Evalue 1.00e-08 и указывает на 30% идентичности между доменами DEP двух белков. В DVL1 домен DEP участвует в локализации белка на плазматической мембране как часть сигнального пути Wnt . [11]

ДУФ 3608

Домен DUF 3608 находится в 99 аминокислотах от N-конца и сам охватывает 280 аминокислот. PELE предсказывает по крайней мере один бета-лист и две альфа-спирали в пределах этого домена. [12] Он также содержит 26 высококонсервативных остатков и несколько посттрансляционных модификаций. Оба случая рассматриваются далее в этой статье.

Доказательства функции DUF 3608 были обнаружены в дрожжевом гомологе Iml1p. Считается, что DUF 3608 Imlp1 помогает связываться с двумя белками-партнерами, Npr2 и Npr3. Вместе эти три белка образуют комплекс Iml1-Npr2-Npr3 и участвуют в регуляции аутофагии «неазотного голодания» . Исследователи, которые это обнаружили, предлагают переименовать DUF 3608 в RANS (Required for Autophagy induced under Non-nitrogen Starvation conditions). [13]

Вторичная структура

На основе единогласного консенсуса инструмента прогнозирования вторичной структуры PELE, DEPDC5 содержит по крайней мере десять альфа-спиралей и девять бета-слоев. Расположение этих вторичных структур показано на изображении ниже: красные выделения — это альфа-спирали, а синие выделения — это бета-слои.

Гомология

Ортологи

Грибы являются наиболее отдаленно родственными организмами, содержащими белок, ортологичный человеческому DEPDC5, включая Saccharomyces cerevisiae и Albugo laibachii . У грибов название белка Iml1p или вакуолярный мембранно-ассоциированный белок Iml1. Отклонения в названии у других организмов включают CG12090 ( дрозофила ) и AGAP007010 ( комар ). [7] Консервация высока между людьми и другими видами позвоночных , варьируясь от 74% идентичности у цихлид до 99% идентичности у шимпанзе . [14]

В следующей таблице представлен анализ 20 белков, ортологичных человеческому DEPDC5.

РазновидностьОбщее названиеРегистрационный номер NCBIИмя NCBIДлинаИдентификация последовательностиСходство последовательностейГоды с момента расхождения с человеком (млн. лет назад) [15]
Пан троглодитыШимпанзеXP_003317262DEPDC51572 г. до н.э.99%99%6.4
Nomascus leucogenysГиббонXP_003258163DEPDC51602 г. до н.э.99%99%20.4
Mus musculusМышьNP_001164038DEPDC51591 г. до н.э.94%96%92.4
Бос ТаурусКороваXP_002694678DEPDC51593 г. до н.э.94%96%94.4
Sorex araneusЗемлеройкаACE77702DEPDC51570 г. до н.э.94%96%94.4
Монодельфис домашнийОпоссумXP_001378772DEPDC51522 г. до н.э.89%93%163,9
Галлус галлусКурицаXP_415249DEPDC51592 г. до н.э.88%93%301.7
Meleagris gallopavoТурцияXP_003211073DEPDC51592 г. до н.э.88%93%301.7
Taeniopygia guttataЗебровая амадинаXP_002199825DEPDC51572 г. до н.э.87%92%301.7
Xenopus tropicalisЛягушкаXP_002931964DEPDC5-подобный1574 г. до н.э.79%86%371.2
Данио рериоРыба-зебраXP_691450DEPDC5-подобный1590 г. до н.э.75%84%400.1
Ореохромис нилотическийЦихлидаXP_003459226DEPDC51577 г. до н.э.74%82%400.1
Strongylocentrotus purpuratusМорской ёжXP_794020похоже на DEPDC51608 г. до н.э.43%57%742.9
Дрозофила меланогастерДрозофилаNP_647618GC120901471 год до нашей эры41%57%782.7
Педикулюс человеческий корпорисВошьXP_002429401DEPDC, предполагаемый1538 г. до н.э.38%53%782.7
Anopheles gambiaeКомарXP_308760AGAP007010-PA1640 г. до н.э.36%51%782.7
Ascaris suumаскаридаADY40551DEPDCp51359 аа31%51%937,5
Ustilago maydisГоловня кукурузыXP_757759вакуолярно-ассоциированный белок Iml11867 г. до н.э.23%52%1215.8
Сахаромицеты cerevisiaeДрожжиNP_012672Iml1p1584 г. до н.э.20%50%1215.8
Альбуго лайбахиБелая ржавчинаCCA27519предполагаемый белок, ассоциированный с вакуолярной мембраной1591 г. до н.э.20%46%1362

С момента расхождения животных и грибов сохранилось 30 остатков, 26 из которых расположены в домене DUF 3608. [16] Следующее множественное выравнивание последовательностей иллюстрирует эту консервативность домена DUF ; представители кладов беспозвоночных и грибов выровнены с человеческим DUF 3608, при этом полностью сохранившиеся остатки окрашены в зеленый цвет.

Паралоги

Не существует известных паралогов человеческого DEPDC5 , [14] но существует 64 человеческих белка, содержащих гомологичный домен DEP. [17] Также не выявлено паралогов для дрожжевого белка Iml1, наиболее отдаленного ортолога человеческого DEPDC5. [14]

Выражение

Экспрессия DEPDC5 была охарактеризована как повсеместная в тканях человека с помощью анализа ОТ-ПЦР [18] и исследований ДНК-микрочипов, как показано в таблице ниже. [19]Профиль экспрессии DEPDC5 в 52 тканях человека

В одном исследовании пациентов с гепатоцеллюлярной карциномой была обнаружена более высокая экспрессия DEPDC5 в опухолевой ткани, чем в неопухолевой ткани. [5] Напротив, гомозиготная делеция трех генов, один из которых — DEPDC5, была обнаружена в двух случаях глиобластомы . [6] Другие аномалии экспрессии включают нулевую экспрессию в клеточной линии рака молочной железы MDA-MB-231 [20] и низкую экспрессию в клеточной линии P116 ( ZAP70- отрицательная). [21]

Посттрансляционные модификации

Следующие посттрансляционные модификации были предсказаны с помощью протеомных инструментов, составленных в ExPASy [22] и PhosphoSite Plus [23] для человеческого белка DEPDC5.

Посттрансляционная модификацияЧисло/МестоположениеИсточник
Фосфорилирование133/(Сер: 87 Трет: 23 Тир: 23)NetPhos
6/S579, S582, S1499, Y1515, Y1519, Y1543ФосфоСит Плюс
Гликация29/5, 8, 13, 14, 28, 34, 56, 59, 64, 93, 131, 147, 229, 247, 256, 319, 436, 528, 609, 710, 862, 878, 1008, 1185, 1233, 1387, 1408, 1499, 1567, 1597 гг.NetGlycate
Сайт N-гликозилирования9/Н201, Н298, Н311, Н384, Н684, Н1157, Н1377, Н1444, Н1529NetNGlyc
Сульфатирование3/Y397, Y459, Y462Сульфинатор
Сумоилирование2/К59, К147SUMOsp Архивировано 2013-05-10 в Wayback Machine
Расщепление пропептида2/R1004-M1005, R1528-N1529ProP
О-гликозилирование0NetOGlyc
C-маннозилирование0NetCGlyc
Миристоилирование0Миристоилирование
Пренилирование0PrePS Архивировано 2012-02-08 на Wayback Machine
Ацетилирование0NetAcet

Взаимодействие

DEPDC5, возможно, может взаимодействовать с субъединицей протеасомы PSMA3 , о чем свидетельствует коиммунопреципитация [24] и фактор транскрипции MYC . [25] DEPDC5 находится в комплексе «GATOR1» с NPRL2 и NPRL3 . [26]

Ссылки

  1. ^ abc GRCh38: Ensembl выпуск 89: ENSG00000100150 – Ensembl , май 2017 г.
  2. ^ abc GRCm38: Ensembl выпуск 89: ENSMUSG00000037426 – Ensembl , май 2017 г.
  3. ^ "Human PubMed Reference:". Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США .
  4. ^ "Mouse PubMed Reference:". Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США .
  5. ^ abc Miki D, Ochi H, Hayes CN и др. (август 2011 г.). «Изменение в локусе DEPDC5 связано с прогрессированием гепатоцеллюлярной карциномы у носителей хронического вируса гепатита С». Nat. Genet . 43 (8): 797– 800. doi :10.1038/ng.876. PMID  21725309. S2CID  205357903.
  6. ^ ab Seng TJ, Ichimura K, Liu L, Tingby O, Pearson DM, Collins VP (июнь 2005 г.). «Сложные перестройки хромосомы 22 в астроцитарных опухолях, выявленные с помощью микросателлитного анализа и анализа массива путей плитки хромосомы 22». Гены Хромосомы Рак . 43 (2): 181– 93. doi :10.1002/gcc.20181. PMID  15770670. S2CID  45003453.
  7. ^ ab "GeneCards: Домен DEP, содержащий 5".
  8. ^ "AceView: сложный локус DEPDC5 Homo sapiens, кодирующий домен DEP, содержащий 5".
  9. ^ "ШВЕЙЦАРСКАЯ МОДЕЛЬ".
  10. ^ "NCBI: CBLAST".
  11. ^ Pan WJ, Pang SZ, Huang T, Guo HY, Wu D, Li L (август 2004 г.). «Характеристика функции трех доменов в dishevelled-1: домен DEP отвечает за мембранную транслокацию dishevelled-1». Cell Res . 14 (4): 324–30 . doi : 10.1038/sj.cr.7290232 . PMID  15353129.
  12. ^ «Рабочий стол биологии: PELE».
  13. ^ Wu X, Tu BP (ноябрь 2011 г.). «Избирательная регуляция аутофагии комплексом Iml1-Npr2-Npr3 при отсутствии азотного голодания». Mol. Biol. Cell . 22 (21): 4124– 33. doi :10.1091/mbc.E11-06-0525. PMC 3204073. PMID  21900499 . 
  14. ^ abc "NCBI".
  15. ^ «TimeTree».
  16. ^ «Рабочий стол биологии: ClustalW».
  17. ^ Civera C, Simon B, Stier G, Sattler M, Macias MJ (февраль 2005 г.). «Структура и динамика домена DEP человеческого плекстрина: отличительные молекулярные особенности нового подсемейства доменов DEP». Proteins . 58 (2): 354– 66. doi :10.1002/prot.20320. PMID  15573383. S2CID  45722575.
  18. ^ Ishikawa K, Nagase T, Suyama M и др. (июнь 1998 г.). «Предсказание кодирующих последовательностей неидентифицированных генов человека. X. Полные последовательности 100 новых клонов кДНК из мозга, которые могут кодировать большие белки in vitro». DNA Res . 5 (3): 169–76 . doi : 10.1093/dnares/5.3.169 . PMID  9734811.
  19. ^ Джонсон Дж. М., Касл Дж., Гарретт-Энгеле П. и др. (декабрь 2003 г.). «Обзор генома альтернативного сплайсинга пре-мРНК человека с использованием микроматриц экзонных соединений». Science . 302 (5653): 2141– 4. Bibcode :2003Sci...302.2141J. doi :10.1126/science.1090100. PMID  14684825. S2CID  10007258.
  20. ^ Cappellen D, Schlange T, Bauer M, Maurer F, Hynes NE (январь 2007 г.). «Новые целевые гены c-MYC опосредуют дифференциальные эффекты на пролиферацию и миграцию клеток». EMBO Rep . 8 (1): 70– 6. doi :10.1038/sj.embor.7400849. PMC 1796762. PMID  17159920 . 
  21. ^ Roose JP, Diehn M, Tomlinson MG и др. (ноябрь 2003 г.). «Т-клеточный рецептор-независимый базальный сигнал через киназы Erk и Abl подавляет экспрессию гена RAG». PLOS Biol . 1 (2): E53. doi : 10.1371 /journal.pbio.0000053 . PMC 261890. PMID  14624253.  Значок открытого доступа
  22. ^ "ExPASy Proteomic Tools: Post-translational modification predicting". Архивировано из оригинала 2012-04-24 . Получено 2012-05-08 .
  23. ^ «ФосфоСайт Плюс: DEPDC5».
  24. ^ Lim J, Hao T, Shaw C и др. (май 2006 г.). «Сеть взаимодействия белок-белок при наследственных атаксиях и расстройствах дегенерации клеток Пуркинье у человека». Cell . 125 (4): 801– 14. doi : 10.1016/j.cell.2006.03.032 . PMID  16713569.
  25. ^ Zeller KI, Zhao X, Lee CW и др. (ноябрь 2006 г.). «Глобальное картирование участков связывания c-Myc и сетей целевых генов в человеческих В-клетках». Proc. Natl. Acad. Sci. USA . 103 (47): 17834– 9. Bibcode : 2006PNAS..10317834Z. doi : 10.1073/pnas.0604129103 . PMC 1635161. PMID  17093053 . 
  26. ^ Bar-Peled, L; Chantranupong, L; Cherniack, AD; Chen, WW; Ottina, KA; Grabiner, BC; Spear, ED; Carter, SL; Meyerson, M; Sabatini, DM (2013). "Комплекс супрессора опухолей с активностью GAP для Rag GTPases, которые сигнализируют о достаточности аминокислот для mTORC1". Science . 340 (6136): 1100– 6. Bibcode :2013Sci...340.1100B. doi :10.1126/science.1232044. PMC 3728654 . PMID  23723238. 
Взято с "https://en.wikipedia.org/w/index.php?title=DEPDC5&oldid=1241567258"